Improving the prediction of plant species distribution and community composition by adding edaphic to topo-climatic variables

Questions Soil properties have been widely shown to influence plant growth and distribution. However, the degree to which edaphic variables can improve models based on topo-climatic variables is still unclear. In this study, we tested the roles of seven edaphic variables, namely (1) pH; (2) the content of nitrogen and of (3) phosphorus; (4) silt; (5) sand; (6) clay and (7) carbon-to-nitrogen ratio, as predictors of species distribution models in an edaphically heterogeneous landscape. We also tested how the respective influence of these variables in the models is linked to different ecological and functional species characteristics. Location The Western Alps, Switzerland. Methods With four different modelling techniques, we built models for 115 plant species using topo-climatic variables alone and then topo-climatic variables plus each of the seven edaphic variables, one at a time. We evaluated the contribution of each edaphic variable by assessing the change in predictive power of the model. In a second step, we evaluated the importance of the two edaphic variables that yielded the largest increase in predictive power in one final set of models for each species. Third, we explored the change in predictive power and the importance of variables across plant functional groups. Finally, we assessed the influence of the edaphic predictors on the prediction of community composition by stacking the models for all species and comparing the predicted communities with the observed community. Results Among the set of edaphic variables studied, pH and nitrogen content showed the highest contributions to improvement of the predictive power of the models, as well as the predictions of community composition. When considering all topo-climatic and edaphic variables together, pH was the second most important variable after degree-days. The changes in model results caused by edaphic predictors were dependent on species characteristics. The predictions for the species that have a low specific leaf area, and acidophilic preferences, tolerating low soil pH and high humus content, showed the largest improvement by the addition of pH and nitrogen in the model. Conclusions pH was an important predictor variable for explaining species distribution and community composition of the mountain plants considered in our study. pH allowed more precise predictions for acidophilic species. This variable should not be neglected in the construction of species distribution models in areas with contrasting edaphic conditions.

Mandatory infectious diseases consultation for MRSA bacteremia is associated with reduced mortality.

OBJECTIVES: Although infectious disease (ID) consultation has been associated with lower mortality in Staphylococcus aureus bloodstream infections, it is still not mandatory in many centers. This study aimed at assessing the impact of ID consultation on diagnostic and therapeutic management of methicillin-resistant S. aureus (MRSA) bacteremia. METHODS: Retrospective cohort study of all patients with MRSA bacteremia from 2001 to 2010. ID consultations were obtained on request between 2001 and 2006 and became mandatory since 2007. RESULTS: 156 episodes of MRSA bacteremia were included, mostly from central venous catheter (32%) and skin and soft tissue (19%) infections. ID consultation coverage was 58% between 2001 and 2006 and 91% between 2007 and 2010. ID consultation was associated with more echocardiography (59% vs. 26%, p < 0.01), vancomycin trough level measurements (99% vs. 77%, p < 0.01), follow-up blood cultures (71% vs. 50%, p = 0.05), deep-seated infections (43% vs. 16%, p < 0.01), more frequent infection source control (83% vs. 57%, p = 0.03), a longer duration of MRSA-active therapy (median and IQR: 17 days, 13-30, vs. 12, 3-14, p < 0.01) and a 20% reduction in 7-day, 30-day and in-hospital mortality. CONCLUSIONS: ID consultation was associated with a better management of patients with MRSA bacteremia and a reduced mortality.

Collaboration entre cliniciens et chercheurs autour de la "consultation systémique": double regard sur un cas clinique

Cet article vise à montrer comment chercheurs et cliniciens peuvent collaborer et s'enrichir mutuellement en utilisant la «consultation systémique», en deux séances, dont le but est l'évaluation des interactions familiales, avec mise en lumière des ressources comme des difficultés de la famille. Lors d'une première rencontre, les questions qui motivent les parents et/ou le(s) thérapeute(s) à consulter sont formulées et la famille est invitée à faire des jeux familiaux semi-standardisés qui sont filmés. Lors d'une deuxième rencontre réunissant les mêmes personnes, un visionnement d'extraits des films sert de base aux réponses des chercheurs et à une discussion commune. Une vignette clinique, concernant des violences intrafamiliales, illustrera la richesse et l'utilité de ces consultations et montrera qu'une collaboration entre chercheurs et cliniciens est fructueuse pour toutes les parties concernées.

Early tailored assertive community case management for hard-to-engage adolescents suffering from psychiatric disorders: an exploratory pilot study.

AIM: The study aims to evaluate the effects of assertive community treatment (ACT) on the mental health and overall functioning of adolescents suffering from severe psychiatric disorders and who refuse any traditional child psychiatric care. There are a few studies evaluating the effects of ACT on a population of adolescents with psychiatric disorders. This short report highlights the impact of an ACT programme tailored to the needs of these patients, not only as an alternative to hospitalization, but also as a new form of intervention for patients that are difficult to engage. METHODS: The effect of ACT on 35 adolescents using the Health of the Nation Outcome Scales for Children and Adolescents (HoNOSCA) as a measuring tool in pre- and post-intervention was evaluated. RESULTS: The results show that the intervention was associated with a significant improvement on the HoNOSCA overall score, with the following items showing significant amelioration: hyperactivity/focus problems, non-organic somatic symptoms, emotional symptoms, scholastic/language skills, peer relationships, family relationships and school attendance. CONCLUSION: ACT appears as a feasible intervention for hard-to-engage adolescents suffering from psychiatric disorders. The intervention seems to improve their mental health and functioning. This pilot study may serve as a basis to prepare a controlled study that will also take the costs of the intervention into account.

La « présence thérapeutique » en contexte scolaire, éducatif et pédagogique : esquisse d'un modèle de consultation psychanalytique

Cet article présente une pratique de consultation psychanalytique développée par des psychologues tra- vaillant en milieux éducatifs et pédagogiques. Les auteurs se réfèrent à des concepts issus de l'école de psychanalyse britannique de la relation d'objet pour monter comment le processus de «présence théra- peutique » peut améliorer et enrichir les interventions en milieu scolaire. Les bénéfices engendrés par une « présence thérapeutique » sur les lieux scolaires et éducatifs et les défis rencontrés seront discutés. Des illustrations cliniques ainsi que des exemples issus de notre pratique avec les enfants, leur famille et les professionnels de l'enfance, que ce soit dans les écoles primaires et secondaires, les garderies, les services spécialisés ou les lieux de formation serviront d'illustration des concepts théoriques présentés.

Community Policing in Switzerland's Major Urban Areas: An Observational Study of the Implementation and Impact Using Geospatial Data Mining

La présente étude est à la fois une évaluation du processus de la mise en oeuvre et des impacts de la police de proximité dans les cinq plus grandes zones urbaines de Suisse - Bâle, Berne, Genève, Lausanne et Zurich. La police de proximité (community policing) est à la fois une philosophie et une stratégie organisationnelle qui favorise un partenariat renouvelé entre la police et les communautés locales dans le but de résoudre les problèmes relatifs à la sécurité et à l'ordre public. L'évaluation de processus a analysé des données relatives aux réformes internes de la police qui ont été obtenues par l'intermédiaire d'entretiens semi-structurés avec des administrateurs clés des cinq départements de police, ainsi que dans des documents écrits de la police et d'autres sources publiques. L'évaluation des impacts, quant à elle, s'est basée sur des variables contextuelles telles que des statistiques policières et des données de recensement, ainsi que sur des indicateurs d'impacts construit à partir des données du Swiss Crime Survey (SCS) relatives au sentiment d'insécurité, à la perception du désordre public et à la satisfaction de la population à l'égard de la police. Le SCS est un sondage régulier qui a permis d'interroger des habitants des cinq grandes zones urbaines à plusieurs reprises depuis le milieu des années 1980. L'évaluation de processus a abouti à un « Calendrier des activités » visant à créer des données de panel permettant de mesurer les progrès réalisés dans la mise en oeuvre de la police de proximité à l'aide d'une grille d'évaluation à six dimensions à des intervalles de cinq ans entre 1990 et 2010. L'évaluation des impacts, effectuée ex post facto, a utilisé un concept de recherche non-expérimental (observational design) dans le but d'analyser les impacts de différents modèles de police de proximité dans des zones comparables à travers les cinq villes étudiées. Les quartiers urbains, délimités par zone de code postal, ont ainsi été regroupés par l'intermédiaire d'une typologie réalisée à l'aide d'algorithmes d'apprentissage automatique (machine learning). Des algorithmes supervisés et non supervisés ont été utilisés sur les données à haute dimensionnalité relatives à la criminalité, à la structure socio-économique et démographique et au cadre bâti dans le but de regrouper les quartiers urbains les plus similaires dans des clusters. D'abord, les cartes auto-organisatrices (self-organizing maps) ont été utilisées dans le but de réduire la variance intra-cluster des variables contextuelles et de maximiser simultanément la variance inter-cluster des réponses au sondage. Ensuite, l'algorithme des forêts d'arbres décisionnels (random forests) a permis à la fois d'évaluer la pertinence de la typologie de quartier élaborée et de sélectionner les variables contextuelles clés afin de construire un modèle parcimonieux faisant un minimum d'erreurs de classification. Enfin, pour l'analyse des impacts, la méthode des appariements des coefficients de propension (propensity score matching) a été utilisée pour équilibrer les échantillons prétest-posttest en termes d'âge, de sexe et de niveau d'éducation des répondants au sein de chaque type de quartier ainsi identifié dans chacune des villes, avant d'effectuer un test statistique de la différence observée dans les indicateurs d'impacts. De plus, tous les résultats statistiquement significatifs ont été soumis à une analyse de sensibilité (sensitivity analysis) afin d'évaluer leur robustesse face à un biais potentiel dû à des covariables non observées. L'étude relève qu'au cours des quinze dernières années, les cinq services de police ont entamé des réformes majeures de leur organisation ainsi que de leurs stratégies opérationnelles et qu'ils ont noué des partenariats stratégiques afin de mettre en oeuvre la police de proximité. La typologie de quartier développée a abouti à une réduction de la variance intra-cluster des variables contextuelles et permet d'expliquer une partie significative de la variance inter-cluster des indicateurs d'impacts avant la mise en oeuvre du traitement. Ceci semble suggérer que les méthodes de géocomputation aident à équilibrer les covariables observées et donc à réduire les menaces relatives à la validité interne d'un concept de recherche non-expérimental. Enfin, l'analyse des impacts a révélé que le sentiment d'insécurité a diminué de manière significative pendant la période 2000-2005 dans les quartiers se trouvant à l'intérieur et autour des centres-villes de Berne et de Zurich. Ces améliorations sont assez robustes face à des biais dus à des covariables inobservées et covarient dans le temps et l'espace avec la mise en oeuvre de la police de proximité. L'hypothèse alternative envisageant que les diminutions observées dans le sentiment d'insécurité soient, partiellement, un résultat des interventions policières de proximité semble donc être aussi plausible que l'hypothèse nulle considérant l'absence absolue d'effet. Ceci, même si le concept de recherche non-expérimental mis en oeuvre ne peut pas complètement exclure la sélection et la régression à la moyenne comme explications alternatives. The current research project is both a process and impact evaluation of community policing in Switzerland's five major urban areas - Basel, Bern, Geneva, Lausanne, and Zurich. Community policing is both a philosophy and an organizational strategy that promotes a renewed partnership between the police and the community to solve problems of crime and disorder. The process evaluation data on police internal reforms were obtained through semi-structured interviews with key administrators from the five police departments as well as from police internal documents and additional public sources. The impact evaluation uses official crime records and census statistics as contextual variables as well as Swiss Crime Survey (SCS) data on fear of crime, perceptions of disorder, and public attitudes towards the police as outcome measures. The SCS is a standing survey instrument that has polled residents of the five urban areas repeatedly since the mid-1980s. The process evaluation produced a "Calendar of Action" to create panel data to measure community policing implementation progress over six evaluative dimensions in intervals of five years between 1990 and 2010. The impact evaluation, carried out ex post facto, uses an observational design that analyzes the impact of the different community policing models between matched comparison areas across the five cities. Using ZIP code districts as proxies for urban neighborhoods, geospatial data mining algorithms serve to develop a neighborhood typology in order to match the comparison areas. To this end, both unsupervised and supervised algorithms are used to analyze high-dimensional data on crime, the socio-economic and demographic structure, and the built environment in order to classify urban neighborhoods into clusters of similar type. In a first step, self-organizing maps serve as tools to develop a clustering algorithm that reduces the within-cluster variance in the contextual variables and simultaneously maximizes the between-cluster variance in survey responses. The random forests algorithm then serves to assess the appropriateness of the resulting neighborhood typology and to select the key contextual variables in order to build a parsimonious model that makes a minimum of classification errors. Finally, for the impact analysis, propensity score matching methods are used to match the survey respondents of the pretest and posttest samples on age, gender, and their level of education for each neighborhood type identified within each city, before conducting a statistical test of the observed difference in the outcome measures. Moreover, all significant results were subjected to a sensitivity analysis to assess the robustness of these findings in the face of potential bias due to some unobserved covariates. The study finds that over the last fifteen years, all five police departments have undertaken major reforms of their internal organization and operating strategies and forged strategic partnerships in order to implement community policing. The resulting neighborhood typology reduced the within-cluster variance of the contextual variables and accounted for a significant share of the between-cluster variance in the outcome measures prior to treatment, suggesting that geocomputational methods help to balance the observed covariates and hence to reduce threats to the internal validity of an observational design. Finally, the impact analysis revealed that fear of crime dropped significantly over the 2000-2005 period in the neighborhoods in and around the urban centers of Bern and Zurich. These improvements are fairly robust in the face of bias due to some unobserved covariate and covary temporally and spatially with the implementation of community policing. The alternative hypothesis that the observed reductions in fear of crime were at least in part a result of community policing interventions thus appears at least as plausible as the null hypothesis of absolutely no effect, even if the observational design cannot completely rule out selection and regression to the mean as alternative explanations.

Impact of Pseudomonas fluorescens strain CHA0 and a derivative with improved biocontrol activity on the culturable resident bacterial community on cucumber roots

Information on the effects of released wild-type or genetically engineered bacteria on resident bacterial communities is important to assess the potential risks associated with the introduction of these organisms into agroecosystems. The rifampicin-resistant biocontrol strain Pseudomonas fluorescens CHA0-Rif and its derivative CHA0-Rif/pME3424, which has improved biocontrol activity and enhanced production of the antibiotics 2,4-diacetylphloroglucinol (Phl) and pyoluteorin (Plt), were introduced into soil microcosms and the culturable bacterial community developing on cucumber roots was investigated 10 and 52 days later. The introduction of either of the two strains led to a transiently enhanced metabolic activity of the bacterial community on glucose dimers and polymers as measured with BIOLOG GN plates, but natural succession between the two sampling dates changed the metabolic activity of the bacterial community more than did the inoculants. The introduced strains did not significantly affect the abundance of dominant genotypic groups of culturable bacteria discriminated by restriction analysis of amplified 16S rDNA of 2500 individual isolates. About 30-50% of the resident bacteria were very sensitive to Phl and Plt, but neither the wild-type nor CHA0-Rif/pME3424 changed the proportion of sensitive and resistant bacteria in situ. In microcosms with a synthetic bacterial community, both biocontrol strains reduced the population of a strain of Pseudomonas but did not affect the abundance of four other bacterial strains including two highly antibiotic-sensitive isolates. We conclude that detectable perturbations in the metabolic activity of the resident bacterial community caused by the biocontrol strain CHA0-Rif are (i) transient, (ii) similar for the genetically improved derivative CHA0-Rif/pME3424 and (iii) less pronounced than changes in the community structure during plant growth.

La "satisfaction" du médecin lors d'une première consultation diffère-t-elle selon l'origine du patient? Une étude prospective. [Does physician's satisfaction with an initial consultation differ according to the patient's origin? A prospective study].

Difficulties in the doctor-patient relationship may arise because of differences in socio-cultural background. The aim of this study was to evaluate the doctors' satisfaction in an ambulatory care setting when confronted with 3 different cultural groups (Swiss, foreign residents, refugees) and to review some preconceived ideas. Actually, the foreign population did not consult more often in emergencies than the Swiss population, nor did it present more frequently with somatizations in first interview. However, the doctors felt globally less satisfied with the refugees than with the other patients, mainly because of communication difficulties and therefore a less satisfying doctor-patient relationship. Nevertheless, the doctors felt they had the same diagnostic accuracy in the 3 groups. Studies on the satisfaction of primary care doctors are important, because the quality of the doctor-patient relationship directly influences the quality of medical care.

Epidémiologie de la psychiatrie de consultation-liaison du Centre Psychosocial Neuchâtelois dans le service de Médecine interne de l'Hôpital de la Chaux-de-Fonds en 1994 et 1998 : Interactions et régulations

Résumé La psychiatrie de consultation-liaison (CL) connaît depuis une décennie un essor majeur en Europe sous l'impulsion des recherches multicentriques du groupe European Consultation Liaison Psychiatry - ECLVV (Huyse). En Suisse, la discipline reste à développer par manque de consultants spécialisés selon le rapport 2000 de l'Association des professeurs titulaires de chaires. Néanmoins une harmonisation progressive des standards européens de documentation et d'évaluation apparaît progressivement, notamment dans les travaux du Service de Psychiatrie de Liaison du Centre Hospitalier Universitaire Vaudois. Afin d'améliorer sa pratique de consultation-liaison qui restait jusqu'alors frustrante par un sentiment de débordement et d'absence de feed-back des interventions, le Centre Psychosocial Neuchâtelois de La Chaux-de-Fonds (CPS) a constitué une base de données informatisée de CL à des fins de recherche-action selon les recommandations du groupe ECLVV. Nous avons comparé les valeurs de prévalence de notre activité de CL dans le service de médecine interne de l'Hôpital de La Chaux-de-Fonds en 1994, année du début de l'informatisation des données du CPS, et en 1998, année des plus récents résultats exploitables. La taille de l'échantillon était de 78 cas pour 1994 et de 108 cas pour 1998. Les résultats de notre étude épidémiologique rétrospective et descriptive montraient une augmentation en volume des demandes de CL, une diversification et une complexification des cas. Cette charge croissante sur la psychiatrie de consultation-liaison s'observait également dans les données de la littérature. La réponse psychiatrique du CPS montrait une modestie de moyens et du pragmatisme dans le style des interventions. Ces dernières étaient essentiellement de nature de psychiatrie générale et d'urgence, focalisée sur les tentatives de suicides. Les tentamens, ici comme ailleurs, restent le noyau dur de toute pratique de psychiatrie à l'hôpital général. L'état de lieu de notre pratique de consultation-liaison issu de ce travail a permis de créer une base de données simplifée étendue à l'ensemble des demandes de consultation au CPS afin de réguler le flux de toutes ses interventions face aux demandes toujours croissantes. Dans ce sens, notre étude a montré la nécessité de formaliser les demandes de consultation psychiatrique à l'hôpital général afin d'optimaliser les réponses des consultants.