Tools in pharmacovigilance in psychiatry: therapeutic drug monitoring, pharmacogenetic tests and drug-drug interactions databases

SUMMARYIn order to increase drug safety we must better understand how medication interacts with the body of our patients and this knowledge should be made easily available for the clinicians prescribing the medication. This thesis contributes to how the knowledge of some drug properties can increase and how to make information readily accessible for the medical professionals. Furthermore it investigates the use of Therapeutic drug monitoring, drug interaction databases and pharmacogenetic tests in pharmacovigilance.Two pharmacogenetic studies in the naturalistic setting of psychiatric in-patients clinics have been performed; one with the antidepressant mirtazapine, the other with the antipsychotic clozapine. Forty-five depressed patients have been treated with mirtazapine and were followed for 8 weeks. The therapeutic effect was as seen in other previous studies. Enantioselective analyses could confirm an influence of age, gender and smoking in the pharmacokinetics of mirtazapine; it showed a significant influence of the CYP2D6 genotype on the antidepressant effective S-enantiomer, and for the first time an influence of the CYP2B6 genotype on the plasma concentrations of the 8-OH metabolite was found. The CYP2B6*/*6 genotype was associated to better treatment response. A detailed hypothesis of the metabolic pathways of mirtazapine is proposed. In the second pharmacogenetic study, analyses of 75 schizophrenic patients treated with clozapine showed the influence of CYP450 and ABCB1 genotypes on its pharmacokinetics. For the first time we could demonstrate an in vivo effect of the CYP2C19 genotype and an influence of P-glycoprotein on the plasma concentrations of clozapine. Further we confirmed in vivo the prominent role of CYP1A2 in the metabolism of clozapine.Identifying risk factors for the occurrence of serious adverse drug reactions (SADR) would allow a more individualized and safer drug therapy. SADR are rare events and therefore difficult to study. We tested the feasibility of a nested matched case-control study to examine the influence of high drug plasma levels and CYP2D6 genotypes on the risk to experience an SADR. In our sample we compared 62 SADR cases with 82 controls; both groups were psychiatric patients from the in-patient clinic Königsfelden. Drug plasma levels of >120% of the upper recommended references could be identified as a risk factor with a statistically significant odds ratio of 3.5, a similar trend could be seen for CYP2D6 poor metaboliser. Although a matched case-control design seems a valid method, 100% matching is not easy to perform in a relative small cohort of one in-patient clinic. However, a nested case-control study is feasible.On the base of the experience gained in the AMSP+ study and the fact that we have today only sparse data indicating that routine drug plasma concentration monitoring and/or pharmacogenetic testing in psychiatry are justified to minimize the risk for ADR, we developed a test algorithm named "TDM plus" (TDM plus interaction checks plus pharmacogenetic testing).Pharmacovigilance programs such as the AMSP project (AMSP = Arzneimittelsicherheit in der Psychiatrie) survey psychiatric in-patients in order to collect SADR and to detect new safety signals. Case reports of such SADR are, although anecdotal, valuable to illustrate rare clinical events and sometimes confirm theoretical assumptions of e.g. drug interactions. Seven pharmacovigilance case reports are summarized in this thesis.To provide clinicians with meaningful information on the risk of drug combinations, during the course of this thesis the internet based drug interaction program mediQ.ch (in German) has been developed. Risk estimation is based on published clinical and pharmacological information of single drugs and alimentary products, including adverse drug reaction profiles. Information on risk factors such as renal and hepatic insufficiency and specific genotypes are given. More than 20'000 drug pairs have been described in detail. Over 2000 substances with their metabolic and transport pathways are included and all information is referenced with links to the published scientific literature or other information sources. Medical professionals of more than 100 hospitals and 300 individual practitioners do consult mediQ.ch regularly. Validations with comparisons to other drug interaction programs show good results.Finally, therapeutic drug monitoring, drug interaction programs and pharmacogenetic tests are helpful tools in pharmacovigilance and should, in absence of sufficient routine tests supporting data, be used as proposed in our TDM plus algorithm.RESUMEPour améliorer la sécurité d'emploi des médicaments il est important de mieux comprendre leurs interactions dans le corps des patients. Ensuite le clinicien qui prescrit une pharmacothérapie doit avoir un accès simple à ces informations. Entre autres, cette thèse contribue à mieux connaître les caractéristiques pharmacocinétiques de deux médicaments. Elle examine aussi l'utilisation de trois outils en pharmacovigilance : le monitorage thérapeutique des taux plasmatiques des médicaments (« therapeutic drug monitoring »), un programme informatisé d'estimation du risque de combinaisons médicamenteuses, et enfin des tests pharmacogénétiques.Deux études cliniques pharmacogénétiques ont été conduites dans le cadre habituel de clinique psychiatrique : l'une avec la mirtazapine (antidépresseur), l'autre avec la clozapine (antipsychotique). On a traité 45 patients dépressifs avec de la mirtazapine pendant 8 semaines. L'effet thérapeutique était semblable à celui des études précédentes. Nous avons confirmé l'influence de l'âge et du sexe sur la pharmacocinétique de la mirtazapine et la différence dans les concentrations plasmatiques entre fumeurs et non-fumeurs. Au moyen d'analyses énantiomères sélectives, nous avons pu montrer une influence significative du génotype CYP2D6 sur l'énantiomère S+, principalement responsable de l'effet antidépresseur. Pour la première fois, nous avons trouvé une influence du génotype CYP2B6 sur les taux plasmatiques de la 8-OH-mirtazapine. Par ailleurs, le génotype CYP2B6*6/*6 était associé à une meilleure réponse thérapeutique. Une hypothèse sur les voies métaboliques détaillées de la mirtazapine est proposée. Dans la deuxième étude, 75 patients schizophrènes traités avec de la clozapine ont été examinés pour étudier l'influence des génotypes des iso-enzymes CYP450 et de la protéine de transport ABCB1 sur la pharmacocinétique de cet antipsychotique. Pour la première fois, on a montré in vivo un effet des génotypes CYP2C19 et ABCB1 sur les taux plasmatiques de la clozapine. L'importance du CYP1A2 dans le métabolisme de la clozapine a été confirmée.L'identification de facteurs de risques dans la survenue d'effets secondaire graves permettrait une thérapie plus individualisée et plus sûre. Les effets secondaires graves sont rares. Dans une étude de faisabilité (« nested matched case-control design » = étude avec appariement) nous avons comparé des patients avec effets secondaires graves à des patients-contrôles prenant le même type de médicaments mais sans effets secondaires graves. Des taux plasmatiques supérieurs à 120% de la valeur de référence haute sont associés à un risque avec « odds ratio » significatif de 3.5. Une tendance similaire est apparue pour le génotype du CYP2D6. Le « nested matched case-control design » semble une méthode valide qui présente cependant une difficulté : trouver des patients-contrôles dans le cadre d'une seule clinique psychiatrique. Par contre la conduite d'une « nested case-control study » sans appariement est recommandable.Sur la base de notre expérience de l'étude AMSP+ et le fait que nous disposons que de peux de données justifiant des monitorings de taux plasmatiques et/ou de tests pharmacogénétiques de routine, nous avons développé un test algorithme nommé « TDMplus » (TDM + vérification d'interactions médicamenteuses + tests pharmacogénétique).Des programmes de pharmacovigilances comme celui de l'AMSP (Arzneimittelsicherheit in der Psychiatrie = pharmacovigilance en psychiatrie) collectent les effets secondaires graves chez les patients psychiatriques hospitalisés pour identifier des signaux d'alertes. La publication de certains de ces cas même anecdotiques est précieuse. Elle décrit des événements rares et quelques fois une hypothèse sur le potentiel d'une interaction médicamenteuse peut ainsi être confirmée. Sept publications de cas sont résumées ici.Dans le cadre de cette thèse, on a développé un programme informatisé sur internet (en allemand) - mediQ.ch - pour estimer le potentiel de risques d'une interaction médicamenteuse afin d'offrir en ligne ces informations utiles aux cliniciens. Les estimations de risques sont fondées sur des informations cliniques (y compris les profils d'effets secondaires) et pharmacologiques pour chaque médicament ou substance combinés. Le programme donne aussi des informations sur les facteurs de risques comme l'insuffisance rénale et hépatique et certains génotypes. Actuellement il décrit en détail les interactions potentielles de plus de 20'000 paires de médicaments, et celles de 2000 substances actives avec leurs voies de métabolisation et de transport. Chaque information mentionne sa source d'origine; un lien hypertexte permet d'y accéder. Le programme mediQ.ch est régulièrement consulté par les cliniciens de 100 hôpitaux et par 300 praticiens indépendants. Les premières validations et comparaisons avec d'autres programmes sur les interactions médicamenteuses montrent de bons résultats.En conclusion : le monitorage thérapeutique des médicaments, les programmes informatisés contenant l'information sur le potentiel d'interaction médicamenteuse et les tests pharmacogénétiques sont de précieux outils en pharmacovigilance. Nous proposons de les utiliser en respectant l'algorithme « TDM plus » que nous avons développé.

Role of vitreoretinal surgery in maximizing treatment outcome following complications after proton therapy for uveal melanoma.

L'utilisation de faisceaux de protons accélérés dans le traitement des mélanomes de l'uvée a été utilisée pour la première fois en Suisse (et par ailleurs en Europe) en 1984. Depuis, la protonthérapie a constamment évolué avec des logiciels toujours plus performants et précis pour devenir à l'heure actuelle le traitement de référence pour ce type de tumeurs. Ainsi, jusqu'à ce jour, l'Institut Paul Scherrer à Villigen a traité plus de 7000 cas de tumeurs oculaires. Mais la protonthérapie, aussi efficace soit-elle avec un taux de guérison de plus de 98%, comporte malheureusement un certain nom bre d'effets secondaires et indésirables pouvant parfois mener le patient jusqu'à l'énucléation secondai re. De la simple dermatite actinique à l'hémorragie intravitréenne massive, les complications induites sont pour la plupart bien connues et documentées mais leurs prises en charge, notamment sur un organe préalablement irradié diffèrent. Alors que nous avons beaucoup de recul sur la protonthérapie, la gestion de ses complications reste propre à chaque centre de soin et n'est que très peu documentée. Les complications majeures de la protonthérapie qui ont nécessité une prise en charge par le chirurgien vitrorétinien représentent souvent un défi majeur. Bien que rares, puisqu'elles ne représentent que 2% de notre collectif, celles-ci peuvent avoir de lourdes conséquences. Pa r exemple, une hémorragie intravitréenne massive, complication la plus fréquente dans notre série, compromet l'observation de la tumeur au fond d'oeil et empêche le bon suivi oncologique. La chirurgie vitrorétinienne a alors pour mission, de restaurer la transparence des milieux, élément indispensable à l'ophtalmologue pour le suivi clinique, iconographique et radiologique des mélanomes de l'uvée. Secondairement, cette chirurgie permet parfois d'augmenter l'acuité visuelle de l'oeil malade. La chirurgie vitrorétinienne est un précieux atout pour l'oncologue et permet d'éviter une énucléation secondaire. Elle participe ainsi à la prise en charge globale du patient atteint de mélanome de l'uvée.

Sentinel lymph node involvement and a high Breslow index are independent factors of risk for early relapse of melanoma

Rapport de synthèse : Le ganglion sentinelle (GS) se défini comme le premier ganglion de la chaîne ganglionnaire qui draine le territoire anatomique où siège une tumeur et, par conséquent, celui ayant le plus de possibilités de recevoir des métastases. La combinaison des deux techniques de détection du GS existantes, lymphoscintigraphie et coloration, permettent de déceler le GS dans 95-100% des cas. Le taux d'attente métastatique du GS varie entre 16 et 21 % des patients. Dans 50 à 87% des cas, le GS est le seul site de métastase et la probabilité de trouver des micro-métastases dans des ganglions appartenant aux relais supérieurs sans atteinte du GS est estimée à moins de 2%. Ces chiffres relèvent l'importance de la détection du GS. L'emploi de cette technique offre de nombreux avantages par rapport à la lymphadénéctomie élective que nous décrirons. Selon Rousseau et al., il existe une probable association entre le statut du GS et la survie de la maladie. Cette interprétation et celles d'autres auteurs soulignent la pertinence clinique du statut du GS dans le mélanome. En ce qui concerne la survie sans maladie (DFS) et la survie globale (OS), aucune différence significative n'a été observée entre les patients ayant subi une résection complète immédiate des ganglions lymphatiques et ceux qui d'abord ont subi une résection chirurgicale et analyse du GS secondaire, suivies par une dissection élective en cas de positivité. L'objectif de cette étude prospective était d'évaluer la pertinence de la positivité tumorale du GS dans l'évaluation des risques de rechute du mélanome. Cette étude a confirmé l'intérêt de la scintigraphie des ganglions lymphatiques (associée à la technique de coloration par bleu et celle de détection par sonde portable) dans l'identification du GS comme approche thérapeutique au stade précoce du mélanome. Elle a montré, en autre, que le statut du GS et l'indice de Breslow sont des facteurs de risque indépendants importants de rechute chez des patients atteints d'un mélanome au stade précoce. La combinaison de ces deux paramètres a permis de créer des groupes de patients à risque de rechute différents qui pourraient conduire à l'adaptation des protocoles de thérapie en fonction de ces risques.

La sécurité publique en Asie Mineure sous le Principat (Ier-IIIème s. ap. J.-C.) : institutions municipales et institutions impériales dans l'Orient romain

Présentation du plan La présente recherche se divise en cinq chapitres, plus l'introduction et la conclusion. Chaque chapitre s'ouvre par quelques mots de présentation dévoilant son contenu et expliquant son objectif, ainsi que la méthode adoptée. C'est pourquoi je ne ferai ici que d'exposer en termes généraux la façon dont s'articule le travail dans son ensemble. Les chapitres I et II sont consacrés à l'étude du contexte historique, juridique et social dans lequel s'exerce le maintien de l'ordre dans les provinces romaines d'Asie Mineure à l'époque impériale. Ils permettront de saisir quelles sont les spécificités structurelles des provinces anatoliennes dans le domaine de la sécurité publique, ainsi que d'affiner notre définition du maintien de l'ordre. Le chapitre I donnera un aperçu historique de la pénétration romaine en Anatolie depuis la période républicaine en insistant sur les changements que cela a entraînés pour cette région dans le domaine de la sécurité publique. Quant au chapitre II, il dévoilera les principaux facteurs sociaux venant ordinairement menacer l'ordre public dans les provinces anatoliennes. Ces deux premiers chapitres serviront de préambule à l'analyse proprement dite des institutions chargées de veiller à la sécurité publique en Anatolie sous le Principat, qui sera proposée dans les chapitres suivants. Les chapitres III et IV, qui sont les plus volumineux, forment le coeur de l'étude. J'y examine en parallèle les institutions municipales et les structures impériales et militaires actives dans le maintien de l'ordre présentes en Asie Mineure. Ces deux chapitres sont les plus techniques dans ce sens que chaque institution répertoriée y est décrite et examinée en détail, principalement sur la base de sources épigraphiques et juridiques. Le but est de déterminer l'origine, la diffusion, les compétences et l'utilité de chacune des structures retenues. Le chapitre V, pour sa part, est réservé à l'étude des conditions nécessaires à l'intervention directe de l'armée romaine dans les provinces anatoliennes. J'y observe aussi plusieurs cas limites où l'action des cités et celle de l'armée romaine s'entremêlent. Ce sera l'occasion de s'interroger sur l'existence d'une éventuelle répartition des tâches entre les cités et les autorités impériales en matière d'ordre public dans les provinces. Les chapitres II à V se terminent, en outre, par un bilan où les principales idées qui y ont été développées sont reprises sous la forme d'une conclusion intermédiaire. Dans la conclusion générale, j'analyse l'interaction des diverses institutions que j'aurai étudiées, dans l'intention de porter un jugement global sur la manière dont la sécurité publique est gérée dans les provinces d'Asie Mineure durant les trois premiers siècles de notre ère. Je chercherai également à savoir si la situation que j'aurai reconnue pour le cas des provinces anatoliennes est la règle pour le reste de l'empire ou si, au contraire, il s'agit d'une exception. J'en tirerai des observations générales sur le mode d'organisation et de gestion de l'empire sous le Principat, comme je me suis proposé de le faire. On trouvera à la fin du volume trois appendices historiques rassemblant de courtes digressions qui viennent s'adjoindre au corps central de l'étude; des appendices épigraphiques énumérant sous forme de listes un grand nombre des inscriptions utiles à l'élaboration de cette recherche; une bibliographie générale avec mention des abréviations employées; des illustrations et cartes; enfin, des index. Je terminerai par quelques avertissements d'ordre pratique nécessaires à la bonne consultation de ce livre. Pour ce qui est des renvois internes (lorsque je renvoie à un chapitre ou à une section de chapitre en général, et non à des pages précises), les numéros des chapitres sont exprimés en chiffres romains, tandis que les numéros des sous-chapitres sont exprimés en chiffres arabes: «Voir chap. V. 2.» signifie donc «voir section 2 du chapitre V». En ce qui concerne les inscriptions contenues dans les appendices épigraphiques, elles sont citées sous la forme d'une lettre suivie d'un numéro, par exemple «B 24»: la lettre renvoie aux listes des appendices épigraphiques (liste B dans cet exemple), le chiffre arabe au numéro de l'inscription dans la liste en question (inscription n° 24 de la liste B en l'occurrence). Quant aux notes de bas de page, la numérotation reprend au début de chaque chapitre. Sauf mention contraire, les dates s'entendent après Jésus-Christ et les traductions sont les miennes. Les abréviations utilisées pour les références aux sources primaires (sources littéraires, juridiques, épigraphiques, papyrologiques, numismatiques) et à la littérature secondaire sont développées dans la bibliographie. Enfin, je voudrais préciser que mon travail ne se veut pas une étude de géographie historique. Je ne me suis donc pas servi, en général, de cartes archéologiques, mais j'ai recouru le plus souvent, pour la localisation des villes et des régions que je mentionne, aux cartes du nouvel atlas Barrington, qui sont très commodes et tout à fait satisfaisantes pour une étude historique d'ensemble comme la mienne.

Respecte-t-on les bonnes pratiques de prescriptions des anti-inflammatoires non stéroïdiens en Suisse?

Introduction :¦Les anti-inflammatoires non stéroïdiens (AINS) sont une classe de médicaments fréquemment utilisée. Bien qu'ils soient utiles pour leurs propriétés analgésiques, antipyrétiques et anti-inflammatoires, ils sont à l'origine d'effets indésirables nombreux et potentiellement graves. Neuf recommandations de bonne pratique ont été établies en France en 1994 dans le but de limiter les prescriptions inutiles ou dangereuses. Nous avons examiné ces recommandations, pour savoir si elles sont encore pertinentes, et avons évalué leur suivi en Suisse.¦Méthode :¦La population étudiée consiste en 53 891 patients de plus de 16 ans, suivis en 2005 et 2006, qui ont eu au moins une fois la délivrance d'un AINS (voie non locale).¦Résultats :¦60% des prescriptions d'AINS excèdent 14 jours de traitement standard et 25% des renouvellements de traitement surviennent avant le nombre de jours correspondant à une prescription journalière standard. 2,7% des prescriptions contiennent deux ou plus d'AINS. Un tiers des prescriptions d'AINS sont associées à un protecteur gastrique dans les 3 mois. Cette proportion augmente avec les facteurs de risque des complications gastro-intestinales : l'âge, la prescription d'autres médicaments gastro-toxiques et la dose d'AINS prescrite. Toutefois, moins d'un patient sur deux de plus de 70 ans bénéficie d'un protecteur gastrique. Une prescription d'AINS sur mille concerne une femme au 3ème trimestre de grossesse. La prescription concomitante d'un médicament susceptible d'augmenter la fréquence des événements indésirables des AINS est fréquente : 25% d'anticoagulant ou anti-thrombotique, 30,5% d'inhibiteur de l'enzyme de conversion, diurétique ou antagoniste des récepteurs à l'angiotensine II, et 5,3% de corticothérapie. Ces proportions augmentent avec l'âge. La plupart des taux définis ci-dessus varient en fonction du canton de résidence, après ajustement sur le sexe et l'âge.¦Conclusion:¦Nos résultats suggèrent qu'en Suisse, les AINS sont fréquemment prescrits à doses trop élevées ou pendant une trop longue durée et souvent associés à d'autres médicaments susceptibles d'augmenter le risque d'effets secondaires, et ce particulièrement chez les sujets les plus âgés. La fréquence de prescriptions chez les femmes au 3ème trimestre de grossesse est inférieure à celles publiées ailleurs. Il est probable que les protecteurs gastriques soient sous-utilisés chez les personnes âgées. Les variations inter-cantonales suggèrent que certaines pratiques pourraient être améliorées

Infarctus cérébraux artériels d'origine hématologique : expérience lausannoise et revue de la littérature

RÉSUMÉ Introduction. Les hémopathies représentent une cause rare d'accident vasculaire cérébral (AVC), faisant l'objet de peu de publications, mais sont très fréquemment recherchées après un AVC par de coûteux bilans dont la rentabilité reste à définir. Matériel et Méthodes. Dans le registre lausannois des AVC, nous nous sommes intéressés de façon rétrospective aux dossiers des patients hospitalisés entre 1979 et 2001 pour un premier AVC ischémique artériel, dont la cause a été attribuée à une pathologie hématologique. Sur 4 697 patients, 22 (0,47 p. 100) ont vu leur AVC imputé à l'une des causes hématologiques suivantes : maladie de Vaquez , polyglobulie secondaire , thrombocytémie essentielle , thrombocytose secondaire , myélome multiple , MD , déficit en protéine S , syndrome anticorps antiphospholipides , hyperhomocystéinémie . Chaque hémopathie retrouvée a donné lieu à une revue de la littérature. Conclusion. À la lumière de ces données, nous concluons qu'une formule sanguine représente un bilan hématologique de dépistage suffisant pour l'immense majorité des patients hospitalisés pour un premier AVC artériel ischémique. Les recherches d'anticorps antiphospholipides, de thrombophilies héréditaires et d'hyperhomocystéinémie peuvent être limitées à des cas sélectionnés. SUMMARY Cerebral infarction of arterial origin and haematological causation: the Lausanne experience and a review of the literature. Introduction. Hematological diseases are seldom found as the etiology of ischemic strokes, but are frequently investigated by expensive laboratory tests after a first cerebral vascular event. Methods. In the Lausanne Stroke Registry, we retrospectively reviewed the cases of patients hospitalized between 1979 and 2001 for a first ischemic arterial stroke which was attributed to a hematological etiology. Of 4697 patients, 22 (0.47 per cent) had a stroke due to one of the following hematological pathology: polycythemia vera, secondary polycythemia, essential thrombocytemia, secondary thrombocytosis, multiple myeloma, CIVD, protein S deficiency, antiphospholipid antibody syndrome, moderate homocysteinemia. A literature review was undertaken for each hemopathy. Conclusion. In light of the results of these data, we concluded that a complete blood count provides sufficient hematological screening for the majority of patients hospitalized for an arterial stroke. The antiphospholipid antibody syndrome is a rare cause of cerebral infarction, which needs to be investigated in young patients, in cases of multiple or recurring stroke or in the presence of a typical history. Inherited thrombophilias are not a significant risk factor for arterial cerebral infarction and their investigation is only warranted for a sub-group of young patients with a cryptogenic stroke, in which group the prevalence is slightly increased. Moderate homocysteinemia must be considered as a cerebrovascular risk factor of minor importance, but potentially treatable by a substitution of vitamin B12, B 6 and folates. The efficacy of this substitution in the prevention of cardiovascular events needs yet to be demonstrated.

Genome reconstruction and comparative genomics of pneumocystis jirovecii

Pneumocystis jirovecii is a fungus belonging to a basal lineage of the Ascomycotina, the Taphrinomycotina subphylum. It is a parasite specific to humans that dwells primarily in the lung and can cause severe pneumonia in individuals with debilitated immune system. Despite its clinical importance, many aspects of its biology remain poorly understood, at least in part because of the lack of a continuous in vitro cultivation system. The present thesis consists in the genome reconstruction and comparative genomics of P. jirovecii. It is made of three parts: (i) the de novo sequencing of P. jirovecii genome starting from a single broncho- alveolar lavage fluid of a single patient (ii) the de novo sequencing of the genome of the plant pathogen Taphrina deformans, a fungus closely related to P. jirovecii, and (iii) the genome scale comparison of P. jirovecii to other Taphrinomycotina members. Enrichment in P. jirovecii cells by immuno-precipitation, whole DNA random amplification, two complementary high throughput DNA sequencing methods, and in silico sorting and assembly of sequences were used for the de novo reconstruction of P. jirovecii genome from the microbiota of a single clinical specimen. An iterative ad hoc pipeline as well as numerical simulations was used to recover P. jirovecii sequences while purging out contaminants and assembly or amplification chimeras. This strategy produced a 8.1 Mb assembly, which encodes 3,898 genes. Homology searches, mapping on biochemical pathways atlases, and manual validations revealed that this genome lacks (i) most of the enzymes dedicated to the amino acids biosyntheses, and (ii) most virulence factors observed in other fungi, e.g. the glyoxylate shunt pathway and specific peptidases involved in the degradation of the host cell membrane. The same analyses applied to the available genomic sequences from Pneumocystis carinii the species infecting rats and Pneumocystis murina the species infecting mice revealed the same deficiencies. The genome sequencing of T. deformans yielded a 13 Mb assembly, which encodes 5,735 genes. T. deformans possesses enzymes involved plant cell wall degradation, secondary metabolism, the glyoxylate cycle, detoxification, sterol biosynthesis, as well as the biosyntheses of plant hormones such as abscisic acid or indole-3-acetic acid. T. deformans also harbors gene subsets that have counterparts in plant saprophytes or pathogens, which is consistent with its alternate saprophytic and pathogenic lifestyles. Mating genes were also identified. The homothallism of this fungus suggests a mating-type switching mechanism. Comparative analyses indicated that 81% of P. jirovecii genes are shared with eight other Taphrinomycotina members, including T. deformans, P. carinii and P. murina. These genes are mostly involved in housekeeping activities. The genes specific to the Pneumocystis genus represent 8%, and are involved in RNA metabolism and signaling. The signaling is known to be crucial for interaction of Pneumocystis spp with their environment. Eleven percent are unique to P. jirovecii and encode mostly proteins of unknown function. These genes in conjunction with other ones (e.g. the major surface glycoproteins) might govern the interaction of P. jirovecii with its human host cells, and potentially be responsible of the host specificity. P. jirovecii exhibits a reduced genome in size with a low GC content, and most probably scavenges vital compounds such as amino acids and cholesterol from human lungs. Consistently, its genome encodes a large set of transporters (ca. 22% of its genes), which may play a pivotal role in the acquisition of these compounds. All these features are generally observed in obligate parasite of various kingdoms (bacteria, protozoa, fungi). Moreover, epidemiological studies failed to evidence a free-living form of the fungus and Pneumocystis spp were shown to co-evolved with their hosts. Given also the lack of virulence factors, our observations strongly suggest that P. jirovecii is an obligate parasite specialized in the colonization of human lungs, and which causes disease only in individuals with compromised immune system. The same conclusion is most likely true for all other Pneumocystis spp in their respective mammalian host. - Pneumocystis jirovecii est un champignon appartenant à ine branche basale des Ascomycotina, le sous-embranchement des Taphrinomycotina. C'est un parasite spécifique aux humains qui réside principalement dans les poumons, et qui peut causer des pneumonies sévères chez des individus ayant un système immunitaire déficient. En dépit de son importance clinique, de nombreux aspects de sa biologie demeurent,largement méconnus, au moins en partie à cause de l'absence d'un système de culture in vitro continu. Cette thèse traite de la reconstruction du génome et de la génomique comparative de P. jirovecii. Elle comporte trois parties: (i) le séquençage de novo du génome de P. jirovecii à partir d'un lavage broncho-alvéolaire provenant d'un seul patient, (ii) le séquençage de novo du génome d'un champignon pathogène de plante Taphrina deformans qui est phylogénétiquement proche de P. jirovecii, et (iii) la comparaison du génome de P. jirovecii à celui d'autres membres du sous-embranchement des Taphrinomycotina. Un enrichissement en cellules de P. jirovecii par immuno-précipitation, une amplification aléatoire des molécules d'ADN, deux méthodes complémentaires de séquençage à haut débit, un tri in silico et un assemblage des séquences ont été utilisés pour reconstruire de novo le génome de P. jirovecii à partir du microbiote d'un seul échantillon clinique. Un pipeline spécifique ainsi que des simulations numériques ont été utilisés pour récupérer les séquences de P. jirovecii tout en éliminant les séquences contaminants et les chimères d'amplification ou d'assemblage. Cette stratégie a produit un assemblage de 8.1 Mb, qui contient 3898 gènes. Les recherches d'homologies, de cartographie des voies métaboliques et des validations manuelles ont révélé que ce génome est dépourvu (i) de la plupart des enzymes dédiées à la biosynthèse des acides aminés, et (ii) de la plupart des facteurs de virulence observés chez d'autres champignons, par exemple, le cycle du glyoxylate ainsi que des peptidases spécifiques impliquées dans la dégradation de la membrane de la cellule hôte. Les analyses appliquées aux données génomiques disponibles de Pneumocystis carinii, l'espèce infectant les rats, et de Pneumocystis murina, l'espèce infectant les souris, ont révélé les mêmes déficiences. Le séquençage du génome de T. deformans a généré un assemblage de 13.3 Mb qui contient 5735 gènes. T. deformans possède les gènes codant pour les enzymes impliquées dans la dégradation des parois cellulaires des plantes, le métabolisme secondaire, le cycle du glyoxylate, la détoxification, la biosynthèse des stérols ainsi que la biosynthèse d'hormones de plantes telles que l'acide abscissique ou l'acide indole 3-acétique. T. deformans possède également des sous-ensembles de gènes présents exclusivement chez des saprophytes ou des pathogènes de plantes, ce qui est consistent avec son mode de vie alternatif saprophyte et pathogène. Des gènes impliqués dans la conjugaison ont été identifiés. L'homothallisme de ce champignon suggère mécanisme de permutation du type conjuguant. Les analyses comparatives ont démontré que 81% des gènes de P. jirovecii sont présent chez les autres membres du sous-embranchement des Taphrinomycotina. Ces gènes sont essentiellement impliqués dans le métabolisme basai. Les gènes spécifiques au genre Pneumocystis représentent 8%, et sont impliqués dans le métabolisme de l'ARN et la signalisation. La signalisation est connue pour être cruciale pour l'interaction des espèces de Pneumocystis avec leur environnement. Les gènes propres à P. jirovecii représentent 11% et codent en majorité pour des protéines dont la fonction est inconnue. Ces gènes en conjonction avec d'autres (par exemple, les glycoprotéines de surface), pourraient être déterminants dans l'interaction de P. jirovecii avec les cellules de l'hôte humain, et être potentiellement responsable de la spécificité d'hôte. P. jirovecii possède un génome de taille réduite à faible pourcentage en GC et récupère très probablement des composés vitaux comme les acides aminés et le cholestérol à partir des poumons humains. De manière consistante, son génome code pour de nombreux transporteurs (22% de ses gènes), qui pourraient jouer un rôle essentiel dans l'acquisition de ces composés. Ces caractéristiques sont généralement observées chez les parasites obligatoires de plusieurs règnes (bactéries, protozoaires, champignons). De plus, les études épidémiologiques n'ont pas réussi à prouver l'existence d'ime forme vivant librement du champignon. Etant donné également l'absence de facteurs de virulence, nos observations suggèrent que P. jirovecii est un parasite obligatoire spécialisé dans la colonisation des poumons humains, ne causant une maladie que chez des individus ayant un système immunitaire compromis. La même conclusion est très probablement applicable à toutes les autres espèces de Pneumocystis dans leur hôte mammifère respectif.

Candidoses en réanimation [Candidiasis and intensive care patients]

Le développement dune candidose invasive est une complication hospitalière particulièrement redoutée en raison de sa mortalité élevée, comparable à celle du choc septique (40 %-60 %). La candidémie survient chez 0,05 % des patients hospitalisés, mais touche près de 1 % de ceux séjournant en réanimation, et est responsable de 5 à 10 % des bactériémies nosocomiales. Bien quune proportion élevée de patients hospitalisés soient colonisés par des levures du genre Candida, seule une minorité développe une candidose sévère. Celle-ci est toutefois difficile à diagnostiquer : les signes évocateurs dune dissémination ne surviennent habituellement que tardivement. Un traitement empirique précoce ou préemptif pourrait améliorer le pronostic, mais pour des raisons tant épidémiologiques quéconomiques, un tel traitement ne peut être appliqué à tous les patients à risque de développer une candidose sévère. Chez les patients présentant des facteurs de risque, la pratique de cultures de surveillance systématiques permet de déceler le développement dune colonisation et d'en quantifier le degré, de manière à ne débuter un traitement préemptif que lorsque lindex de colonisation dépasse un seuil critique prédictif d'infection secondaire. Ces éléments physiopathologiques et la mise à disposition des dérivés triazolés moins toxiques que l'amphotéricine B ont permis l'application de traitements prophylactiques. Chez les patients immunosupprimés, la généralisation de cette approche a été incriminée comme lun des éléments déterminant de lémergence dinfections à Candida non albicans dont le pronostic est moins favorable. Pour les patients de réanimation, une stricte limitation aux groupes soigneusement identifiés comme étant à risque élevé et chez lesquels lefficacité de la prophylaxie a pu être démontrée doit contribuer à limiter cet impact épidémiologique défavorable.

La communication intersubjective du bébé dans le triangle primaire

L'étude de la communication à trois entre le bébé, le père et la mère au travers du jeu du trilogue lausannois montre que la communication intersubjective dans la famille suit la même trajectoire développementale que la communication intersubjective à deux entre le bébé et sa mère ou son père : d'une forme primaire ou directe, elle évolue vers une forme secondaire ou référentielle, pour intégrer ensuite des formes symbolique et morale et enfin narrative.

Hypolipidemic therapeutics and muscle metabolism

Summary : Lipid metabolism disorders, leading to obesity and cardiovascular diseases, are a major public health issue worldwide. These diseases have been treated by drugs and surgery, leading to tremendous costs and secondary morbidity. The aim of this thesis work is to investigate the mechanisms of actions of a new, micronutrition-based, approach to prevent obesity and cardiovascular diseases. This specific combination of micronutrients, Lipistase, incorporated into any dietary ail can be used in the daily food. Micronutrients are substances used by the living organism in small quantities to maintain physiological homeostasis. However, the human body is not able to produce them and has to obtain them from dietary sources. The combination of micronutrients investigated here, is composed of 26 compounds including trace elements, vitamins, minerals, ails and plant extracts, known to have individually a beneficial effect on lipid metabolism regulation. These specific micronutrients are used for the first time in a combinatorial mode targeting several metabolic pathways for better homeostasis control as opposed to a single target treatment, either chemical or natural. Short and long term studies, in different mouse strains, showed a significant decrease in plasma triglycerides, body weight gain and body fat mass in animals that were fed with a standard diet containing Lipistase. Additionally, a greatly reduced fat accumulation was observed in adipose tissue and liver of Lipistase-treated animals, while lipid and glucose utilization by skeletal muscle was enhanced. Moreover, the size of atherosclerotic plaques was significantly reduced in mice whose masher was treated during pregnancy and suckling, without showing any adverse effect. Finally, Lipistase has been shown to increase longevity by 20%. The control mice that did not receive Lipistase in their diet did not show all these beneficial effects. These micronutrients are used at the lowest dosage ever reported for treating Lipid disorders, resulting in far much lower costs as well as probably a higher safety. This is the first approach being very suitable for an effective large scale prevention policy for obesity and cardiovascular diseases, like iodine in dietary salt has been for goiter. Résumé : Les dysrégulations du métabolisme des lipids, à l'origine d'obésité et de maladies cardiovasculaires, sont un problème de santé publique majeur et mondial. Ces maladies impliquent des traitements médicamenteux et chirurgicaux dont le coût la morbidité secondaire sont très important. Le but de ce travail de thèse est d'étudier les mécanismes d'action d'une nouvelle approche préventive, basée sur la micronutrition. Cette combinaison spécifique de micronutriments, Lipistase, peut être incorporée dans n'importe quelle huile alimentaire et utilisée dans l'alimentation quotidienne. Les micronutrirnents sont des substances essentielles, à très faibles doses, pour le maintien de l'homéostasie physiologique des organismes vivants. Cependant, étant incapable de les synthétiser, le corps humain est dépendant en cela de l'apport alimentaire. La combinaison de micronutriments que nous avons étudié contient 26 composants, incluant des extraits de plantes, des huiles, des vitamines, des métaux et des minéraux, tous connus pour avoir individuellement des effets bénéfiques sur la régulation du métabolisme des lipides. Ces micronutriments spécifiques sont utilisés pour la première fois en mode combinatoire, ciblant ainsi plusieurs voies métaboliques pour un meilleur control de l'homéostasie, par opposition monothérapies chimiques ou naturelles. Des expériences de court et long terme, avec divers modèles de souris, ont montré une diminution significative des taux de triglycérides plasmatiques, de la prise de poids et de la masse graisseuse corporelle chez les animaux qui ont reçu Lipistase dans la nourriture standard. Une accumulation significativement moins importante des graisses a été observée dans le tissu adipeux et hépatique des souris traitées, alors que l'utilisation des lipides et glucose a été favorisée dans le muscle. En outre, la taille des plaques d'athérosclérose aété significativement réduite chez les souris dont la mère a été traitée pendant la grossesse et l'allaitement, sans montrer aucun effet indésirable. Enfin, les souris traitées par Lipistase ont vécu 20% plus longtèmps. Les souris contrôles qui n'ont pas reçu Lipistase dans la nourriture n'ont montré aucun de ces effets bénéfiques. Ces micronutriments sont utilisés au dosage le plus faible jamais rapporté pour le traitement des maladies du métabolisme lipidique, permettant ainsi un coût plus faible et surtout une meilleure sécurité. C'est une approche adéquate pour une politique de prévention de santé publique à large échelle de l'obésité et des maladies cardiovasculaires. C'est en cela et sous bien d'autres aspects, une première dans la prise en charge des maladies du métabolisme lipidique et pourrait même être pour ces dernières ce que l'iode du sel de cuisine a été pour le goitre.

TECTONICS OF THE HELVETIC NAPPE SYSTEM (W SWITZERLAND): CONTROL OF STRAIN LOCALIZATION AND BASEMENT-COVER DEFORMATION. Insights from models based on continuum mechanics

The Helvetic nappe system in Western Switzerland is a stack of fold nappes and thrust sheets em-placed at low grade metamorphism. Fold nappes and thrust sheets are also some of the most common features in orogens. Fold nappes are kilometer scaled recumbent folds which feature a weakly deformed normal limb and an intensely deformed overturned limb. Thrust sheets on the other hand are characterized by the absence of overturned limb and can be defined as almost rigid blocks of crust that are displaced sub-horizontally over up to several tens of kilometers. The Morcles and Doldenhom nappe are classic examples of fold nappes and constitute the so-called infra-Helvetic complex in Western and Central Switzerland, respectively. This complex is overridden by thrust sheets such as the Diablerets and Wildhörn nappes in Western Switzerland. One of the most famous example of thrust sheets worldwide is the Glariis thrust sheet in Central Switzerland which features over 35 kilometers of thrusting which are accommodated by a ~1 m thick shear zone. Since the works of the early Alpine geologist such as Heim and Lugeon, the knowledge of these nappes has been steadily refined and today the geometry and kinematics of the Helvetic nappe system is generally agreed upon. However, despite the extensive knowledge we have today of the kinematics of fold nappes and thrust sheets, the mechanical process leading to the emplacement of these nappe is still poorly understood. For a long time geologist were facing the so-called 'mechanical paradox' which arises from the fact that a block of rock several kilometers high and tens of kilometers long (i.e. nappe) would break internally rather than start moving on a low angle plane. Several solutions were proposed to solve this apparent paradox. Certainly the most successful is the theory of critical wedges (e.g. Chappie 1978; Dahlen, 1984). In this theory the orogen is considered as a whole and this change of scale allows thrust sheet like structures to form while being consistent with mechanics. However this theoiy is intricately linked to brittle rheology and fold nappes, which are inherently ductile structures, cannot be created in these models. When considering the problem of nappe emplacement from the perspective of ductile rheology the problem of strain localization arises. The aim of this thesis was to develop and apply models based on continuum mechanics and integrating heat transfer to understand the emplacement of nappes. Models were solved either analytically or numerically. In the first two papers of this thesis we derived a simple model which describes channel flow in a homogeneous material with temperature dependent viscosity. We applied this model to the Morcles fold nappe and to several kilometer-scale shear zones worldwide. In the last paper we zoomed out and studied the tectonics of (i) ductile and (ii) visco-elasto-plastic and temperature dependent wedges. In this last paper we focused on the relationship between basement and cover deformation. We demonstrated that during the compression of a ductile passive margin both fold nappes and thrust sheets can develop and that these apparently different structures constitute two end-members of a single structure (i.e. nappe). The transition from fold nappe to thrust sheet is to first order controlled by the deformation of the basement. -- Le système des nappes helvétiques en Suisse occidentale est un empilement de nappes de plis et de nappes de charriage qui se sont mis en place à faible grade métamorphique. Les nappes de plis et les nappes de charriage sont parmi les objets géologiques les plus communs dans les orogènes. Les nappes de plis sont des plis couchés d'échelle kilométrique caractérisés par un flanc normal faiblement défor-mé, au contraire de leur flanc inverse, intensément déformé. Les nappes de charriage, à l'inverse se caractérisent par l'absence d'un flanc inverse bien défini. Elles peuvent être définies comme des blocs de croûte terrestre qui se déplacent de manière presque rigide qui sont déplacés sub-horizontalement jusqu'à plusieurs dizaines de kilomètres. La nappe de Mordes et la nappe du Doldenhorn sont des exemples classiques de nappes de plis et constitue le complexe infra-helvétique en Suisse occidentale et centrale, respectivement. Ce complexe repose sous des nappes de charriages telles les nappes des Diablerets et du Widlhörn en Suisse occidentale. La nappe du Glariis en Suisse centrale se distingue par un déplacement de plus de 35 kilomètres qui s'est effectué à la faveur d'une zone de cisaillement basale épaisse de seulement 1 mètre. Aujourd'hui la géométrie et la cinématique des nappes alpines fait l'objet d'un consensus général. Malgré cela, les processus mécaniques par lesquels ces nappes se sont mises en place restent mal compris. Pendant toute la première moitié du vingtième siècle les géologues les géologues ont été confrontés au «paradoxe mécanique». Celui-ci survient du fait qu'un bloc de roche haut de plusieurs kilomètres et long de plusieurs dizaines de kilomètres (i.e., une nappe) se fracturera de l'intérieur plutôt que de se déplacer sur une surface frictionnelle. Plusieurs solutions ont été proposées pour contourner cet apparent paradoxe. La solution la plus populaire est la théorie des prismes d'accrétion critiques (par exemple Chappie, 1978 ; Dahlen, 1984). Dans le cadre de cette théorie l'orogène est considéré dans son ensemble et ce simple changement d'échelle solutionne le paradoxe mécanique (la fracturation interne de l'orogène correspond aux nappes). Cette théorie est étroitement lié à la rhéologie cassante et par conséquent des nappes de plis ne peuvent pas créer au sein d'un prisme critique. Le but de cette thèse était de développer et d'appliquer des modèles basés sur la théorie de la méca-nique des milieux continus et sur les transferts de chaleur pour comprendre l'emplacement des nappes. Ces modèles ont été solutionnés de manière analytique ou numérique. Dans les deux premiers articles présentés dans ce mémoire nous avons dérivé un modèle d'écoulement dans un chenal d'un matériel homogène dont la viscosité dépend de la température. Nous avons appliqué ce modèle à la nappe de Mordes et à plusieurs zone de cisaillement d'échelle kilométrique provenant de différents orogènes a travers le monde. Dans le dernier article nous avons considéré le problème à l'échelle de l'orogène et avons étudié la tectonique de prismes (i) ductiles, et (ii) visco-élasto-plastiques en considérant les transferts de chaleur. Nous avons démontré que durant la compression d'une marge passive ductile, a la fois des nappes de plis et des nappes de charriages peuvent se développer. Nous avons aussi démontré que nappes de plis et de charriages sont deux cas extrêmes d'une même structure (i.e. nappe) La transition entre le développement d'une nappe de pli ou d'une nappe de charriage est contrôlé au premier ordre par la déformation du socle. -- Le système des nappes helvétiques en Suisse occidentale est un emblement de nappes de plis et de nappes de chaînage qui se sont mis en place à faible grade métamoiphique. Les nappes de plis et les nappes de charriage sont parmi les objets géologiques les plus communs dans les orogènes. Les nappes de plis sont des plis couchés d'échelle kilométrique caractérisés par un flanc normal faiblement déformé, au contraire de leur flanc inverse, intensément déformé. Les nappes de charriage, à l'inverse se caractérisent par l'absence d'un flanc inverse bien défini. Elles peuvent être définies comme des blocs de croûte terrestre qui se déplacent de manière presque rigide qui sont déplacés sub-horizontalement jusqu'à plusieurs dizaines de kilomètres. La nappe de Morcles and la nappe du Doldenhorn sont des exemples classiques de nappes de plis et constitue le complexe infra-helvétique en Suisse occidentale et centrale, respectivement. Ce complexe repose sous des nappes de charriages telles les nappes des Diablerets et du Widlhörn en Suisse occidentale. La nappe du Glarüs en Suisse centrale est certainement l'exemple de nappe de charriage le plus célèbre au monde. Elle se distingue par un déplacement de plus de 35 kilomètres qui s'est effectué à la faveur d'une zone de cisaillement basale épaisse de seulement 1 mètre. La géométrie et la cinématique des nappes alpines fait l'objet d'un consensus général parmi les géologues. Au contraire les processus physiques par lesquels ces nappes sont mises en place reste mal compris. Les sédiments qui forment les nappes alpines se sont déposés à l'ère secondaire et à l'ère tertiaire sur le socle de la marge européenne qui a été étiré durant l'ouverture de l'océan Téthys. Lors de la fermeture de la Téthys, qui donnera naissance aux Alpes, le socle et les sédiments de la marge européenne ont été déformés pour former les nappes alpines. Le but de cette thèse était de développer et d'appliquer des modèles basés sur la théorie de la mécanique des milieux continus et sur les transferts de chaleur pour comprendre l'emplacement des nappes. Ces modèles ont été solutionnés de manière analytique ou numérique. Dans les deux premiers articles présentés dans ce mémoire nous nous sommes intéressés à la localisation de la déformation à l'échelle d'une nappe. Nous avons appliqué le modèle développé à la nappe de Morcles et à plusieurs zones de cisaillement provenant de différents orogènes à travers le monde. Dans le dernier article nous avons étudié la relation entre la déformation du socle et la défonnation des sédiments. Nous avons démontré que nappe de plis et nappes de charriages constituent les cas extrêmes d'un continuum. La transition entre nappe de pli et nappe de charriage est intrinsèquement lié à la déformation du socle sur lequel les sédiments reposent.

Embolisation de l'artère splénique principale : complications dans deux groupes

Objectifs L'embolisation de l'artère splénique (EAS) proximale serait mieux tolérée que la distale ou segmentaire, les mêmes objectifs cliniques étant remplis. Notre hypothèse est que l'EAS proximale aurait un taux de complications inférieur notamment concernant les infections et infarcissements. Matériels et méthodes Soixante-treize patients ont bénéficié d'une EAS proximale vs. distale ou segmentaire dans un centre universitaire sur une période de 5 ans. Les données cliniques et l'imagerie préinterventionnelle ont été revues avec détermination du grade de la lésion traumatique splénique et de la quantité d'hémopéritoine. Les complications dues à l'intervention, 0 = pas de complications à 3 = complications importantes, ont été identifiées par le suivi postinterventionnel. Résultats Les complications dues à l'EAS proximale (N=11, médian = 1,0, range = 0-2, moyenne = 0,64) ne différaient pas de manière significative par rapport à celles de l'EAS distale (N=62, médian = 1,0, range = 0-3, moyenne = 0,87), U=303,0, Z = − 0,63, p = 0,30, r = − 0,07. Conclusion L'EAS proximale est une intervention sûre et efficace. Elle démontre de façon non-significative moins de complications postinterventionnelles et en particulier pas de splénectomie secondaire supplémentaire par rapport à l'EAS distale. Ces résultats nous encouragent à poursuivre une étude prospective qui pourrait révéler un avantage significatif de l'EAS proximale.

Le couvent de Romainmôtier du début de l'époque clunisienne à la fin du XIIe siècle : étude archivistique, diplomatique et historique, suivie de l'édition du chatrier

Les chartes de l'ancien couvent de Romainmôtier constituent une source d'information essentielle pour l'histoire du Pays de Vaud aux Xe et XIe siècles. Toutefois, malgré leur importance, elles n'ont jamais fait l'objet d'une étude d'ensemble. Les historiens dépendent encore aujourd'hui de transcriptions partielles et fautives, imprimées au XIXe siècle. Afin de remédier à cette carence historiographique, Alexandre Pahud, qui a réuni l'ensemble des documents entre 888 et 1190, propose dans sa thèse de doctorat, soutenue à l'Université de Lausanne le 25 novembre 2008, une édition critique de tous ces textes, selon les principes de l'érudition moderne. Si les Archives cantonales vaudoises conservent la majeure partie de la documentation, d'autres institutions en Suisse et à l'étranger fournissent un apport substantiel concernant Romainmôtier avant le XIIIe siècle. Il s'agit en particulier des Archives de l'Etat de Fribourg, des Archives de l'Etat de Berne et de la Bibliothèque royale de Turin. En raison d'une importante dispersion des fonds, A. Pahud a entrepris de reconstituer le chartrier du couvent, tel qu'il devait exister à l'époque médiévale. Pour cela, il s'est basé sur les notes dorsales qui figurent au verso des parchemins, ainsi que sur les anciens inventaires. La méthode utilisée a permis de retrouver plusieurs chartes du début de l'an mil, sous la forme de copies intégrales, ainsi qu'une vingtaine de notices en allemand résumant des actes des Xe-XIIe siècles, tous ces textes étant demeurés inconnus des spécialistes. Ainsi, la thèse de A. Pahud démontre qu'il est possible d'apporter de nouveaux matériaux destinés à enrichir notre connaissance de cette période reculée et mal documentée au niveau local. En parallèle, l'auteur de la thèse a mené une expertise diplomatique des chartes de Romainmôtier, c'est-à-dire une étude de leurs caractéristiques matérielles et formelles. A l'examen, il apparaît que les moines ont davantage acquis de biens qu'ils n'en ont concédé à des tiers, symptôme d'un patrimoine en voie de formation. Les actes privés, qui relatent des transactions entre le monastère et ses voisins, représentent le 80% du corpus étudié. Ils sont rédigés tantôt au présent et à la première personne, tantôt au passé et à la troisième personne, lorsqu'ils ne mélangent pas les deux types de discours. Leur valeur juridique est assurée par une liste de témoins, à défaut de tout scellement. Dans la majorité des cas, un unique scribe établit son texte en une seule fois, après la cérémonie sanctionnant le transfert de propriété. Jusqu'en 1050, ce sont généralement des personnes extérieures à Romainmôtier qui instrumentent au profit du couvent; par la suite, les clunisiens reprennent à leur compte la confection des actes qui les concernent. Curieusement, on constate une disparition radicale de l'acte privé à Romainmôtier entre 1167 et 1198, phénomène qui tranche complètement sur la conjoncture régionale. Dans la dernière partie de sa thèse, A. Pahud présente une nouvelle histoire du couvent de Romainmôtier, qui aborde à la fois les questions politiques et les structures socioéconomiques. Durant le premier tiers du XIe siècle, les clunisiens de Romainmôtier bénéficient de la protection du dernier roi de Bourgogne, Rodolphe III (993-1032), qui fonde la puissance temporelle du monastère. A cette époque, l'institution est administrée directement par l'abbé de Cluny, Odilon, responsable de Romainmôtier à titre personnel. Cependant, la disparition de Rodolphe III, dont la succession est contestée, inaugure une période de grave insécurité dans nos régions. Ces troubles profitent avant tout aux seigneurs locaux, qui prennent appui sur un château pour imposer leur domination au détriment des pouvoirs ecclésiastiques. Au milieu du XIe siècle, les possessions de Romainmôtier, qui s'étendent de chaque côté du Jura, sont menacées par trois puissants lignages, les Grandson, les Salins et les Joux. Face à cette situation périlleuse, les religieux s'adressent tour à tour au pape, à l'empereur germanique, ainsi qu'aux comtes de Bourgogne, dépositaires d'une autorité publique en Franche-Comté. Mais bien souvent, les moines doivent transiger avec leurs adversaires, en passant avec eux des accords coûteux et fragiles. Cela n'empêche pas qu'une certaine coopération s'établisse à l'occasion avec le monde laïque, qui contribue par ses aumônes au développement économique du monastère. Romainmôtier tire ses principales ressources de l'agriculture, tant au Pays de Vaud qu'en Franche-Comté; le travail de la vigne est bien attesté sur La Côte, dès la fin du Xe siècle, tandis que l'élevage ne joue qu'un rôle secondaire; là où ils sont bien implantés, les moines parviennent à prendre le contrôle des moulins; à Salins (France), ils exploitent eux-mêmes le sel nécessaire à leurs besoins. L'ensemble de ces observations s'appuie sur des tableaux et des annexes, qui ajoutent à la critique interne des sources une dimension quantitative. Afin de divulguer les résultats obtenus, A. Pahud envisage de publier prochainement sa thèse dans les Mémoires et documents de la Société d'histoire de la Suisse romande.

Bases moléculaires de la dysplasie pseudorhumatoïde progressive

La dysplasie pseudorhumatoïde progressive (PPRD) est une arthropathie non- inflammatoire causée par des mutations récessives du gène WISP3. Elle se manifeste pendant la petite enfance avec une raideur progressive des articulations et des douleurs. Les patients sont référées habituellement aux rhumatologues pédiatres et aux orthopédistes, et seulement dans un deuxième temps, vers les généticiens et/ou experts dans les dysplasies osseuses. Pour cette raison le diagnostic clinique, qui repose sur les signes radiologiques typiques et l'expérience clinique, est souvent retardé et les patients peuvent recevoir des traitements anti-inflammatoires et immunosuppresseurs innécessaires. Nous reportons ici une large série de patients atteints de PPRD avec confirmation du diagnostic au niveau moléculaire, et nous soulignons les caractéristiques cliniques et radiologiques de la maladie. Il existe une fenêtre d'âge dans laquelle les signes radiologiques sont spécifiquement reconnaissables. Des anomalies spondyloépiphyseales très légères peuvent apparaître avant l'âge de 9 ans et une perte de cartilage non-spécifique qui ressemble à une ostéoarthrite avancée est présente chez les jeunes adultes. Les articulations interphalangiennes sont les premières à être atteintes, suivis par les genoux et les hanches. L'atteint de la colonne arrive chez les enfants plus grands et dans l'adolescence. Une cyphose est fréquente et une scoliose survienne chez une minorité de patients. Des signes d'ostéoarthrite avancée comme des formations ostéophytiques et/ou des calcifications périarticulaires sont observés chez les jeunes adultes atteints de PPRD et peuvent être responsables d'une certaine inflammation secondaire. L'analyse moléculaire du gène WISP3 par séquençage de l'ADN génomique permet de confirmer le diagnostic dans la plupart des cas. Néanmoins, des splicings alternatives causés par des mutations introniques peuvent être détectés dans le cDNA des fibroblastes. Dans le cas où l'analyse génomique ne montre aucune mutation chez un individu présentant les signes et symptômes typiques de la maladie, une biopsie de peau est indiquée pour analyse moléculaire du cDNA. La prise en charge de la PPRD est symptomatique et largement insatisfaisante. Le remplacement des articulations les plus atteintes est souvent nécessaire dès l'adolescence afin de diminuer les douleurs et maintenir la mobilité.

Dose-dependent acute and sustained renal effects of the endothelin receptor antagonist avosentan in healthy subjects

Enjeu : L'incidence d'insuffisance rénale terminale augmente d'environ 5-6% par année dans nos régions. L'une des causes majeures d'insuffisance rénale est la néphropathie diabétique qui représente selon les pays entre 25 et 40% des néphropathies terminales. La progression de la néphropathie diabétique peut être ralentie de manière efficace par un bon contrôle du diabète et de l'hypertension artérielle et par le blocage du système rénine-angiotensine. Néanmoins, malgré l'application stricte de ces thérapies préventives, la néphropathie de bons nombres de patients diabétiques continue de progresser. Il est donc important de développer de nouvelles stratégies permettant de préserver la fonction rénale des patients diabétiques soit en améliorant le contrôle de la pression artérielle soit en diminuant la protéinurie. Contexte : Il existe un certain nombre d'évidences expérimentales que le blocage des récepteurs de l'endothéline pourrait avoir un effet positif sur le devenir de la néphropathie diabétique en diminuant de manière efficace la protéinurie même chez des animaux déjà traités efficacement avec un bloqueur du système rénine-angiotensine. Dans des études de phase 2 impliquant l'avosentan, un antagoniste des récepteurs de l'endothéline actuellement en cours de développement pour le traitement de la néphropathie diabétique, on a pu démontrer que cet antagoniste, prescrit à des doses oscillant entre 5 et 50 mg par jour per os, diminue la protéinurie d'environ 20-40% chez des patients déjà traités avec un IEC ou un antagoniste de l'angiotensine. Toutefois, une grande étude de phase III conduite avec ce médicament chez des patients diabétiques a du être interrompue précocement en raison de l'apparition d'oedèmes et d'une surcharge hydrosodée conduisant dans certains cas à une décompensation cardiaque aiguë. La rétention hydrosodée est un effet secondaire connu des antagonistes de l'endothéline déjà sur le marché. Toutefois, pour l'avosentan, on ne savait pas si des doses plus faibles du médicament avaient aussi un effet négative sur la balance hydrosodée. En outre, les mécanismes rénaux responsables de la rétention hydrosodée sont encore mal connus chez l'homme. C'est pourquoi, nous avons organisé et réalisé cette étude de pharmacologie clinique chez le volontaire sain posant 2 questions : 1) des doses faibles d'avosentan produisent-elles aussi une rétention hydrosodée chez l'homme ? et 2) quels sont les mécanismes rénaux pouvant expliquer la rétention hydrosodée ? Cette thèse est donc une étude clinique de phase I testant chez 23 volontaires sains les effets rénaux de différentes doses d'avosentan ou d'un placebo pour établir la courbe dose-réponse des effets rénaux de ce médicament. L'idée était également de définir quelle dose est sure et bien tolérée pour être utilisée dans une nouvelle étude de phase II. L'avosentan a été administré par voie orale une fois par jour pendant 8 jours à des doses de 0.5, 1.5, 5 et 50 mg. Les effets rénaux hémodynamiques et tubulaires ont été étudiés chez chaque sujet lors de la première administration (jour 1) et après une semaine de traitement (jour 8). Le médicament a induit une prise de poids dose-dépendante déjà présente à 5 mg et maximale à 50 mg (+ 0.8 kg au jour 8). Nous n'avons pas mesuré d'impact de l'avosentan sur l'hémodynamique rénale ni sur les électrolytes plasmatiques. En revanche, nous avons constaté une diminution dose-dépendante de la fraction d'excrétion de sodium (jusqu'à -8.7% avec avosentan 50 mg). Cette diminution était en rapport avec une augmentation dose-dépendante de la réabsorption proximale de sodium. Nous avons également constaté une baisse de la pression artérielle aux doses élevées et une hémodilution marquée par une baisse de l'hématocrite suggérant une rétention hydrique à la plus haute dose. Nos résultats suggèrent donc que l'avosentan induit une rétention sodée rénale dose-dépendante expliquée avant tout par une rétention du sodium au niveau du tubule proximal. Cet effet n'est pas observé à des doses plus basses que 5 mg chez le volontaire sain, suggérant que ce médicament devrait être évalué pour son activité réno-protectrice à des doses inférieures ou égales à 5 mg par jour. La raison pour laquelle les hautes doses produisent plus de rétention sodée est peut être liée à une perte de sélectivité pour les sous-types (A et B) de récepteurs à l'endothéline lorsque l'on administre des doses plus élevées que 5 mg. Perspectives : Les résultats de ce travail de thèse ont donc permis de caractériser les propriétés rénales d'un nouvel antagoniste des récepteurs de l'endothéline chez l'homme. Ces résultats ont aussi permis de guider le développement futur de ce médicament vers des doses plus faibles avec l'espoir de garder les effets bénéfiques sur la protéinurie tout en améliorant le profil de tolérance du médicament par l'utilisation de doses plus faibles. ANGLAIS The endothelin receptor antagonist avosentan may cause fluid overload at doses of 25 and 50 mg, but the actual mechanisms of this effect are unclear. We conducted a placebo-controlled study in 23 healthy subjects to assess the renal effects of avosentan and the dose dependency of these effects. Oral avosentan was administered once daily for 8 days at doses of 0.5, 1.5, 5, and 50 mg. The drug induced a dose-dependent median increase in body weight, most pronounced at 50 mg (0.8 kg on day 8). Avosentan did not affect renal hemodynamics or plasma electrolytes. A dose-dependent median reduction in the fractional renal excretion of sodium was found (up to 8.7% at avosentan 50 mg); this reduction was paralleled by a dose-related increase in proximal sodium reabsorption. It is suggested that avosentan dose-dependently induces sodium retention by the kidney, mainly through proximal tubular effects. The potential clinical benefits of avosentan should therefore be investigated at doses of ≤ 5 mg.