Added prognostic value of myocardial blood flow quantitation in rubidium-82 positron emission tomography imaging

Les maladies cardiovasculaires restent la cause de mortalité la plus élevée dans le monde occidental. Il s'agit d'un processus long et complexe, dont l'infarctus du myocarde et la mort cardiaque ne sont que la fin d'un spectrum. La perfusion myocardique joue un rôle central dans l'évolution de la maladie et survient chronologiquement en amont de la dysfonction diastolique et systolique, ainsi que de l'infarctus du myocarde. Une meilleure compréhension de la Physiopathologie sous-jacente est cruciale dans le diagnostique et la prise en charge du patient. Dans ce sens, ce travail tente d'évaluer l'apport de l'évaluation de la perfusion myocardique évaluée par la tomographic à émission de positron (PET/CT) quant à la prédiction d'événements cardiovasculaires. De plus, l'apport de l'évaluation quantitative par rapport à l'évaluation qualitative a été démontré dans ce travail. Nous avons utilisé un radiotraceur unique au regard de ses caractéristiques. En effet, Le Rubidium-82 est un traceur qui ne nécessite pas d'un cyclotron pour sa fabrication, dès lors qu'il est produit par un générateur, rendant ainsi sa disponibilité un atout et un avantage potentiel lors de futurs implémentations à plus grande échelle. Ce travail démontre la supériorité de l'analyse de perfusion myocardique quantitative par rapport à l'analyse traditionnelle qualitative, ce qui n'était pas encore confirmé avec le Rubidium-82. Les résultats montrent une démarcation significative entre les différentes valeurs de perfusion quantitative/absolue, permettant de distinguer différentes populations plus ou moins à risque en terme de prédiction d'événements cardiaques futurs. Il est intéressant de noter que dans un modèle combinant l'analyse qualitative et quantitative proposé dans ce travail, l'inclusion des résultats les plus ischémiques obtenus par l'analyse qualitative avec les résultats de perfusion les plus bas en terme de flux myocardique absolu (analyse quantitative) démarque une population à très bas risque d'événements cardiovasculaires majeurs, une prédiction pouvant être observée surplus de 1'000 jours. Ces résultats forment un ajout significatif quant à l'évaluation de la perfusion myocardique par la médecine nucléaire, notamment par ce model intégratif proposé, lequel permet une prédiction précise et contributive dans le cadre de futurs événements cardiovasculaires majeurs.

Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy.

In 2008 we published the first set of guidelines for standardizing research in autophagy. Since then, research on this topic has continued to accelerate, and many new scientists have entered the field. Our knowledge base and relevant new technologies have also been expanding. Accordingly, it is important to update these guidelines for monitoring autophagy in different organisms. Various reviews have described the range of assays that have been used for this purpose. Nevertheless, there continues to be confusion regarding acceptable methods to measure autophagy, especially in multicellular eukaryotes. A key point that needs to be emphasized is that there is a difference between measurements that monitor the numbers or volume of autophagic elements (e.g., autophagosomes or autolysosomes) at any stage of the autophagic process vs. those that measure flux through the autophagy pathway (i.e., the complete process); thus, a block in macroautophagy that results in autophagosome accumulation needs to be differentiated from stimuli that result in increased autophagic activity, defined as increased autophagy induction coupled with increased delivery to, and degradation within, lysosomes (in most higher eukaryotes and some protists such as Dictyostelium) or the vacuole (in plants and fungi). In other words, it is especially important that investigators new to the field understand that the appearance of more autophagosomes does not necessarily equate with more autophagy. In fact, in many cases, autophagosomes accumulate because of a block in trafficking to lysosomes without a concomitant change in autophagosome biogenesis, whereas an increase in autolysosomes may reflect a reduction in degradative activity. Here, we present a set of guidelines for the selection and interpretation of methods for use by investigators who aim to examine macroautophagy and related processes, as well as for reviewers who need to provide realistic and reasonable critiques of papers that are focused on these processes. These guidelines are not meant to be a formulaic set of rules, because the appropriate assays depend in part on the question being asked and the system being used. In addition, we emphasize that no individual assay is guaranteed to be the most appropriate one in every situation, and we strongly recommend the use of multiple assays to monitor autophagy. In these guidelines, we consider these various methods of assessing autophagy and what information can, or cannot, be obtained from them. Finally, by discussing the merits and limits of particular autophagy assays, we hope to encourage technical innovation in the field.

Acute total hip arthroplasty for acetabular fractures in the elderly: 11 patients followed for 2 years.

We describe the use of cable fixation and acute total hip replacement for acetabular fracture in the elderly. 12 patients with acetabular fractures, having a mean age of 79 (65-93) years, were treated with cable fixation and acute total hip arthroplasty. 8 were T-shaped fractures and 4 associated fractures of the posterior column and posterior wall. 1 patient died 5 months after surgery and the remaining 11 were followed for 2 years. All patients had a good clinical outcome. Radiographic assessment showed healing of the fracture and a satisfactory alignment of the cup without loosening. This surgical technique provides good primary fixation, stabilizes complex acetabular fractures in elderly patients with osteoporotic bone and permits early postoperative mobilization.

Biogeochemical evolution of a marine shore tailings deposit during bioremediation

Summary : Mining activities produce enormous amounts of waste material known as tailings which are composed of fine to medium size particles. These tailings often contain sulfides, which oxidation can lead to acid and metal contamination of water; therefore they need to be remediated. In this work a tailings bioremediation approach was investigated by an interdisciplinary study including geochemistry, mineralogy and microbiology. The aim of the work was to study the effect of the implementation of wetland above oxidizing tailings on the hydrogeology and the biogeochemical element cycles, and to assess the system evolution over time. To reach these goals, biogeochemical processes occurring in a marine shore tailings deposit were investigated. The studied tailings deposit is located at the Bahìa de Ite, Pacific Ocean, southern Peru, where between 1940 and 1996 the tailings were discharged from the two porphyry copper mines Cuajone and Toquepala. After the end of deposition, a remediation approach was initiated in 1997 with a wetland implementation above the oxidizing tailings. Around 90% of the tailings deposits (total 16 km2) were thus remediated, except the central delta area and some areas close to the shoreline. The multi-stable isotope study showed that the tailings were saturated with fresh water in spite of the marine setting, due to the high hydraulic gradient resulting from the wetland implementation. Submarine groundwater discharge (SGD) was the major source of SO4 2-, C1-, Na+, Fe2+, and Mn2+ input into the tailings at the original shelf-seawater interface. The geochemical study (aquatic geochemistry and X-Ray diffraction (XRD) and sequential extractions from the solid fraction) showed that iron and sulfur oxidation were the main processes in the non-remediated tailings, which showed a top a low-pH oxidation zone with strong accumulation of efflorescent salts at the surface due to capillary upward transport of heavy metals (Fe, Cu, Zn, Mn, Cd, Co, and Ni) in the arid climate. The study showed also that the implementation of the wetland resulted in very low concentrations of heavy metals in solution (mainly under the detection limit) due to the near neutral pH and more reducing conditions (100-150 mV). The heavy metals, which were taken from solution, precipitated as hydroxides and sulfides or were bound to organic matter. The bacterial community composition analysis by Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism (T-RFLP) and cloning and sequencing of 16S rRNA genes combined with a detailed statistical analysis revealed a high correlation between the bacterial distribution and the geochemical variables. Acidophilic autotrophic oxidizing bacteria were dominating the oxidizing tailings, whereas neutrophilic and heterotrophic reducing bacteria were driving the biogeochemical processes in the remediated tailings below the wetland. At the subsurface of the remediated tailings, an iron cycling was highlighted with oxidation and reduction processes due to micro-aerophilic niches provided by the plant rhizosphere in this overall reducing environment. The in situ bioremediation experiment showed that the main parameter to take into account for the effectiveness was the water table and chemistry which controls the system. The constructed remediation cells were more efficient and rapid in metal removal when saturation conditions were available. This study showed that the bioremediation by wetland implementation could be an effective and rapid treatment for some sulfidic mine tailings deposits. However, the water saturation of the tailings has to be managed on a long-term basis in order to guarantee stability. Résumé : L'activité minière produit d'énormes quantités de déchets géologiques connus sous le nom de « tailings » composées de particules de taille fine à moyenne. Ces déchets contiennent souvent des sulfures dont l'oxydation conduit à la formation d'effluents acides contaminés en métaux, d'où la nécessité d'effectuer une remédiation des sites de stockage concernés. Le but de ce travail est dans un premier temps d'étudier l'effet de la bio-remédiation d'un dépôt de tailings oxydés sur l'hydrogéologie du système et les cycles biogéochimiques des éléments et en second lieu, d'évaluer l'évolution du processus de remédiation dans le temps. Le site étudié dans ce travail est situé dans la Bahía de Ite, au sud du Pérou, au bord de l'Océan Pacifique. Les déchets miniers en question sont déposés dans un environnement marin. De 1940 à 1996, les déchets de deux mines de porphyre cuprifère - Cuajone et Toquepala - ont été acheminés sur le site via la rivière Locumba. En 1997, une première remédiation a été initiée avec la construction d'une zone humide sur les tailings. Depuis, environ 90% de la surface du dépôt (16 km2) a été traité, les parties restantes étant la zone centrale du delta du Locumba et certaines zones proches de la plage. Malgré la proximité de l'océan, les études isotopiques menées dans le cadre de ce travail ont montré que les tailings étaient saturés en eau douce. Cette saturation est due à la pression hydraulique résultant de la mise en place des zones humides. Un écoulement d'eau souterrain sous-marin a été à détecté à l'interface entre les résidus et l'ancien fond marin. En raison de la géologie locale, il constitue une source d'entrée de SO4 2-, Cl-, Na+, FeZ+, et Mn2+ dans le système. L'analyse de la géochimie aquatique, la Diffraction aux Rayons X (XRD) et l'extraction séquentielle ont montré que l'oxydation du fer et .des sulfures est le principal processus se produisant dans les déchets non remédiés. Ceci a entraîné le développement d'une zone d'oxydation à pH bas induisant une forte accumulation des sels efflorescents, conséquence de la migration capillaire des métaux lourds (Fe, Cu, Zn, Mn, Cd, Co et Ni) de la solution vers la surface dans ce climat aride. Cette étude a montré également que la construction de la zone humide a eu comme résultats une précipitation des métaux dans des phases minérales en raison du pH neutre et des conditions réductrices (100-150mV). Les métaux lourds ont précipité sous la forme d'hydroxydes et de sulfures ou sont adsorbés à la matière organique. L'analyse de la composition de la communauté bactérienne à l'aide la technique T-RFLP (Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism) et par le clonage/séquençage des gènes de l'ARNr 16S a été combinée à une statistique détaillée. Cette dernière a révélé une forte corrélation entre la distribution de bactéries spécifiques et la géochimie : Les bactéries autotrophes acidophiles dominent dans les déchets oxydés non remédiés, tandis que des bactéries hétérotrophes neutrophiles ont mené les processus microbiens dans les déchets remédiés sous la zone humide. Sous la surface de la zone humide, nos analyses ont également mis en évidence un cycle du fer par des processus d'oxydoréduction rendus possibles par la présence de niches micro-aérées par la rhizosphère dans cet environnement réducteur. L'expérience de bio-remédiation in situ a montré que les paramètres clés qui contrôlent l'efficacité du traitement sont le niveau de la nappe aquifère et la chimie de l'eau. Les cellules de remédiation se sont montrées plus efficaces et plus rapides lorsque le système a pu être saturé en eau. Finalement, cette étude a montré que la bio-remédiation de déchets miniers par la construction de zones humides est un moyen de traitement efficace, rapide et peu coûteux. Cependant, la saturation en eau du système doit être gérée sur le long terme afin de garantir la stabilité de l'ensemble du système.

Identification and modelling of human breast cancer subtypes

Résumé Le cancer du sein est le cancer le plus commun chez les femmes et est responsable de presque 30% de tous les nouveaux cas de cancer en Europe. On estime le nombre de décès liés au cancer du sein en Europe est à plus de 130.000 par an. Ces chiffres expliquent l'impact social considérable de cette maladie. Les objectifs de cette thèse étaient: (1) d'identifier les prédispositions et les mécanismes biologiques responsables de l'établissement des sous-types spécifiques de cancer du sein; (2) les valider dans un modèle ín vivo "humain-dans-souris"; et (3) de développer des traitements spécifiques à chaque sous-type de cancer du sein identifiés. Le premier objectif a été atteint par l'intermédiaire de l'analyse des données d'expression de gènes des tumeurs, produite dans notre laboratoire. Les données obtenues par puces à ADN ont été produites à partir de 49 biopsies des tumeurs du sein provenant des patientes participant dans l'essai clinique EORTC 10994/BIG00-01. Les données étaient très riches en information et m'ont permis de valider des données précédentes des autres études d'expression des gènes dans des tumeurs du sein. De plus, cette analyse m'a permis d'identifier un nouveau sous-type biologique de cancer du sein. Dans la première partie de la thèse, je décris I identification des tumeurs apocrines du sein par l'analyse des puces à ADN et les implications potentielles de cette découverte pour les applications cliniques. Le deuxième objectif a été atteint par l'établissement d'un modèle de cancer du sein humain, basé sur des cellules épithéliales mammaires humaines primaires (HMECs) dérivées de réductions mammaires. J'ai choisi d'adapter un système de culture des cellules en suspension basé sur des mammosphères précédemment décrit et pat décidé d'exprimer des gènes en utilisant des lentivirus. Dans la deuxième partie de ma thèse je décris l'établissement d'un système de culture cellulaire qui permet la transformation quantitative des HMECs. Par la suite, j'ai établi un modèle de xénogreffe dans les souris immunodéficientes NOD/SCID, qui permet de modéliser la maladie humaine chez la souris. Dans la troisième partie de ma thèse je décris et je discute les résultats que j'ai obtenus en établissant un modèle estrogène-dépendant de cancer du sein par transformation quantitative des HMECs avec des gènes définis, identifiés par analyse de données d'expression des gènes dans le cancer du sein. Les cellules transformées dans notre modèle étaient estrogène-dépendantes pour la croissance, diploïdes et génétiquement normales même après la culture cellulaire in vitro prolongée. Les cellules formaient des tumeurs dans notre modèle de xénogreffe et constituaient des métastases péritonéales disséminées et du foie. Afin d'atteindre le troisième objectif de ma thèse, j'ai défini et examiné des stratégies de traitement qui permettent réduire les tumeurs et les métastases. J'ai produit un modèle de cancer du sein génétiquement défini et positif pour le récepteur de l'estrogène qui permet de modéliser le cancer du sein estrogène-dépendant humain chez la souris. Ce modèle permet l'étude des mécanismes impliqués dans la formation des tumeurs et des métastases. Abstract Breast cancer is the most common cancer in women and accounts for nearly 30% of all new cancer cases in Europe. The number of deaths from breast cancer in Europe is estimated to be over 130,000 each year, implying the social impact of the disease. The goals of this thesis were first, to identify biological features and mechanisms --responsible for the establishment of specific breast cancer subtypes, second to validate them in a human-in-mouse in vivo model and third to develop specific treatments for identified breast cancer subtypes. The first objective was achieved via the analysis of tumour gene expression data produced in our lab. The microarray data were generated from 49 breast tumour biopsies that were collected from patients enrolled in the clinical trial EORTC 10994/BIG00-01. The data set was very rich in information and allowed me to validate data of previous breast cancer gene expression studies and to identify biological features of a novel breast cancer subtype. In the first part of the thesis I focus on the identification of molecular apacrine breast tumours by microarray analysis and the potential imptìcation of this finding for the clinics. The second objective was attained by the production of a human breast cancer model system based on primary human mammary epithelial cells {HMECs) derived from reduction mammoplasties. I have chosen to adopt a previously described suspension culture system based on mammospheres and expressed selected target genes using lentiviral expression constructs. In the second part of my thesis I mainly focus on the establishment of a cell culture system allowing for quantitative transformation of HMECs. I then established a xenograft model in immunodeficient NOD/SCID mice, allowing to model human disease in a mouse. In the third part of my thesis I describe and discuss the results that I obtained while establishing an oestrogen-dependent model of breast cancer by quantitative transformation of HMECs with defined genes identified after breast cancer gene expression data analysis. The transformed cells in our model are oestrogen-dependent for growth; remain diploid and genetically normal even after prolonged cell culture in vitro. The cells farm tumours and form disseminated peritoneal and liver metastases in our xenograft model. Along the lines of the third objective of my thesis I defined and tested treatment schemes allowing reducing tumours and metastases. I have generated a genetically defined model of oestrogen receptor alpha positive human breast cancer that allows to model human oestrogen-dependent breast cancer in a mouse and enables the study of mechanisms involved in tumorigenesis and metastasis.

Comparisons of preoperative three-dimensional planning and surgical reconstruction in primary cementless total hip arthroplasty.

Reconstruction of important parameters such as femoral offset and torsion is inaccurate, when templating is based on plain x-rays. We evaluate intraoperative reproducibility of pre-operative CT-based 3D-templating in a consecutive series of 50 patients undergoing primary cementless THA through an anterior approach. Pre-operative planning was compared to a postoperative CT scan by image fusion. The implant size was correctly predicted in 100% of the stems, 94% of the cups and 88% of the heads (length). The difference between the planned and the postoperative leg length was 0.3 + 2.3 mm. Values for overall offset, femoral anteversion, cup inclination and anteversion were 1.4 mm ± 3.1, 0.6° ± 3.3°, -0.4° ± 5° and 6.9° ± 11.4°, respectively. This planning allows accurate implant size prediction. Stem position and cup inclination are accurately reproducible.

THE ADULA NAPPE: STRATIGRAPHY, STRUCTURE AND KINEMATICS OF AN EXHUMED HIGH-PRESSURE NAPPE

This study analyses the stratigraphy, structure and kinematics of the northern part of the Adula nappe of the Central Alps. The Adula nappe is one of the highest basement nappes in the Lower Penninic nappe stack of the Lepontine Dome. This structural position makes possible the investigation of the transition between the Helvetic and North Penninic paleogeographic domains. The Adula nappe is principally composed of crystalline basement rocks. The investigation of the pre-Triassic basement shows that it contains several Palaeozoic detrital metasedimentary formations dated from the Cambrian to the Ordovician. These formations contain also some volcanic or intrusive magmatic rocks. Ordovician metagranites dated at ~450 Ma are also a common rock-type of the Adula basement. These formations underwent Alpine and Variscan deformation and metamorphism. Permian granites (Zervreila orthogneiss, dated at ~290 Ma) have intruded this pre-structured basement in a post-orogenic geodynamic context. Due to their age, the Zervreila orthogneiss are good markers for alpine deformation. The stratigraphy of the Mesozoic and Paleogene sedimentary cover of the Adula nappe is essential to unraveling its pre- orogenic history. The autochthonous cover is assigned to a North Penninic Triassic series that testifies for a transition between the Helvetic and Briançonnais Triassic domains. The Adula domain goes through an emersion during the Middle Jurassic, and is part of a topographic high during the first phase of the Alpine rift. The sediments of the late Middle Jurassic show a drowning phase associated with a tectonic activity and a breccia formation. In the neighbouring domains, coeval with the drowning phase in the Adula domain, a strong extensional crustal delamination and a scattered magmatic activity is associated with the main opening of the North Penninic domain. The Upper Jurassic of the Adula nappe is characterized by a carbonate formation comparable with those in the Helvetic or Subbriaçonnais domains. Flysch s.l. deposition starts probably at the end of the Cretaceous. These sediments are deposited on a large unconformity testifying for a Cretaceous sedimentary gap. The Adula nappe exhibits a very complex structure. This structure is formed by several deformation phases. Two ductile deformations are responsible for the nappe emplacement. The first deformation phase is associated with a folding compatible with a top-to-south movement at the top of the nappe. The second phase is dominant and pervasive throughout the whole nappe. It goes with a strong north vergent folding and the main nappe emplacement. These two phases cause the exhumation and emplacement of a coherent, although pre-structured, piece of continental crust. Two further deformation phases postdate the nappe emplacement. - Ce travail concerne l'étude géologique de la partie nord de la nappe de l'Adula dans les Alpes centrales. La nappe de l'Adula est l'une des nappes cristallines la plus élevée dans la pile des nappes du Pennique inférieur des Alpes lepontines. Cette position particulière permet d'étudier la transition entre les nappes des domaines helvétique et pennique inférieur. La nappe de l'Adula est principalement composée de socle cristallin : l'étude de l'histoire géologique du socle est donc l'un des thèmes de cette recherche. Ce socle contient plusieurs formations métasédimentaires paléozoïques du Cambrien à I'Ordovicien. Ces métasédiments sont issus de formations clastiques comprenant souvent des roches magmatiques volcaniques et intrusives. Ces métasédiments ont subi les cycles orogéniques varisque et alpin. La nappe de l'Adula contient plusieurs corps magmatiques granitiques métamorphisés. Les premiers métagranites sont Ordovicien et témoignent d'un environnement de marge active. Ces granites sont aussi polymétamorphiques. Les deuxièmes métagranites sont représentés par les orthogneiss de type Zervreila. Ce métagranite est d'âge permien (-290 Ma). Il est mis en place dans un contexte tectonique post-orogénique. Ce granite est un maqueur de la déformation alpine car il n'est pas affecté par les orogenèses précédentes, flippy Le contenu stratigraphique des roches mésozoïques et cénozoiques de la couverture sédimentaire de la nappe de l'Adula est'important pour en étudier son histoire pré-alpine. La couverture autochtone est composée d'une série d'âge triasique d'affinité nord-pennique, un faciès qui marque la transition entre les domaines helvétiques et briançonnais au Trias. Le domaine paléogéographique représenté dans la nappe de l'Adula connaît une émersion pendant le Jurassique moyen. Cette émersion marque le commencement du rift dans le domaine alpin. La sédimentation de la fin du Jurassique moyen est marquée par une transgression marine accompagnée par des mouvements tectoniques et la formation d'une brèche. Cette transgression est contemporaine des importants mouvements tectoniques et des manifestations magmatiques dans les unités voisines qui marquent la phase principale d'ouverture du bassin nord-pennique. Le Jurassique supérieur est caractérisé par l'instauration d'une sédimentation carbonatée comparable à celle du domaine helvétique ou subbriançonnais. Une sédimentation flyschoïde, probablement du Crétacé à Tertiaire, est déposée sur une importante discordance qui témoigne d'une lacune au Crétacé. La structure complexe de la nappe de l'Adula témoigne de nombreuses phases de déformation. Ces phases de déformation sont en partie issues de la mise en place de la nappe et de déformations plus tardives. La mise en place de la nappe produit deux phases de déformation ductile : la première produit un plissement compatible avec un cisaillement top-vers-le sud dans la partie supérieure de la nappe; la deuxième produit un intense plissement qui accompagne la mise en place de la nappe vers le nord. Ces deux phases de déformation témoignent d'un mécanisme d'exhumation par déformation ductile d'un bloc cohérent.

Genome reconstruction and comparative genomics of pneumocystis jirovecii

Pneumocystis jirovecii is a fungus belonging to a basal lineage of the Ascomycotina, the Taphrinomycotina subphylum. It is a parasite specific to humans that dwells primarily in the lung and can cause severe pneumonia in individuals with debilitated immune system. Despite its clinical importance, many aspects of its biology remain poorly understood, at least in part because of the lack of a continuous in vitro cultivation system. The present thesis consists in the genome reconstruction and comparative genomics of P. jirovecii. It is made of three parts: (i) the de novo sequencing of P. jirovecii genome starting from a single broncho- alveolar lavage fluid of a single patient (ii) the de novo sequencing of the genome of the plant pathogen Taphrina deformans, a fungus closely related to P. jirovecii, and (iii) the genome scale comparison of P. jirovecii to other Taphrinomycotina members. Enrichment in P. jirovecii cells by immuno-precipitation, whole DNA random amplification, two complementary high throughput DNA sequencing methods, and in silico sorting and assembly of sequences were used for the de novo reconstruction of P. jirovecii genome from the microbiota of a single clinical specimen. An iterative ad hoc pipeline as well as numerical simulations was used to recover P. jirovecii sequences while purging out contaminants and assembly or amplification chimeras. This strategy produced a 8.1 Mb assembly, which encodes 3,898 genes. Homology searches, mapping on biochemical pathways atlases, and manual validations revealed that this genome lacks (i) most of the enzymes dedicated to the amino acids biosyntheses, and (ii) most virulence factors observed in other fungi, e.g. the glyoxylate shunt pathway and specific peptidases involved in the degradation of the host cell membrane. The same analyses applied to the available genomic sequences from Pneumocystis carinii the species infecting rats and Pneumocystis murina the species infecting mice revealed the same deficiencies. The genome sequencing of T. deformans yielded a 13 Mb assembly, which encodes 5,735 genes. T. deformans possesses enzymes involved plant cell wall degradation, secondary metabolism, the glyoxylate cycle, detoxification, sterol biosynthesis, as well as the biosyntheses of plant hormones such as abscisic acid or indole-3-acetic acid. T. deformans also harbors gene subsets that have counterparts in plant saprophytes or pathogens, which is consistent with its alternate saprophytic and pathogenic lifestyles. Mating genes were also identified. The homothallism of this fungus suggests a mating-type switching mechanism. Comparative analyses indicated that 81% of P. jirovecii genes are shared with eight other Taphrinomycotina members, including T. deformans, P. carinii and P. murina. These genes are mostly involved in housekeeping activities. The genes specific to the Pneumocystis genus represent 8%, and are involved in RNA metabolism and signaling. The signaling is known to be crucial for interaction of Pneumocystis spp with their environment. Eleven percent are unique to P. jirovecii and encode mostly proteins of unknown function. These genes in conjunction with other ones (e.g. the major surface glycoproteins) might govern the interaction of P. jirovecii with its human host cells, and potentially be responsible of the host specificity. P. jirovecii exhibits a reduced genome in size with a low GC content, and most probably scavenges vital compounds such as amino acids and cholesterol from human lungs. Consistently, its genome encodes a large set of transporters (ca. 22% of its genes), which may play a pivotal role in the acquisition of these compounds. All these features are generally observed in obligate parasite of various kingdoms (bacteria, protozoa, fungi). Moreover, epidemiological studies failed to evidence a free-living form of the fungus and Pneumocystis spp were shown to co-evolved with their hosts. Given also the lack of virulence factors, our observations strongly suggest that P. jirovecii is an obligate parasite specialized in the colonization of human lungs, and which causes disease only in individuals with compromised immune system. The same conclusion is most likely true for all other Pneumocystis spp in their respective mammalian host. - Pneumocystis jirovecii est un champignon appartenant à ine branche basale des Ascomycotina, le sous-embranchement des Taphrinomycotina. C'est un parasite spécifique aux humains qui réside principalement dans les poumons, et qui peut causer des pneumonies sévères chez des individus ayant un système immunitaire déficient. En dépit de son importance clinique, de nombreux aspects de sa biologie demeurent,largement méconnus, au moins en partie à cause de l'absence d'un système de culture in vitro continu. Cette thèse traite de la reconstruction du génome et de la génomique comparative de P. jirovecii. Elle comporte trois parties: (i) le séquençage de novo du génome de P. jirovecii à partir d'un lavage broncho-alvéolaire provenant d'un seul patient, (ii) le séquençage de novo du génome d'un champignon pathogène de plante Taphrina deformans qui est phylogénétiquement proche de P. jirovecii, et (iii) la comparaison du génome de P. jirovecii à celui d'autres membres du sous-embranchement des Taphrinomycotina. Un enrichissement en cellules de P. jirovecii par immuno-précipitation, une amplification aléatoire des molécules d'ADN, deux méthodes complémentaires de séquençage à haut débit, un tri in silico et un assemblage des séquences ont été utilisés pour reconstruire de novo le génome de P. jirovecii à partir du microbiote d'un seul échantillon clinique. Un pipeline spécifique ainsi que des simulations numériques ont été utilisés pour récupérer les séquences de P. jirovecii tout en éliminant les séquences contaminants et les chimères d'amplification ou d'assemblage. Cette stratégie a produit un assemblage de 8.1 Mb, qui contient 3898 gènes. Les recherches d'homologies, de cartographie des voies métaboliques et des validations manuelles ont révélé que ce génome est dépourvu (i) de la plupart des enzymes dédiées à la biosynthèse des acides aminés, et (ii) de la plupart des facteurs de virulence observés chez d'autres champignons, par exemple, le cycle du glyoxylate ainsi que des peptidases spécifiques impliquées dans la dégradation de la membrane de la cellule hôte. Les analyses appliquées aux données génomiques disponibles de Pneumocystis carinii, l'espèce infectant les rats, et de Pneumocystis murina, l'espèce infectant les souris, ont révélé les mêmes déficiences. Le séquençage du génome de T. deformans a généré un assemblage de 13.3 Mb qui contient 5735 gènes. T. deformans possède les gènes codant pour les enzymes impliquées dans la dégradation des parois cellulaires des plantes, le métabolisme secondaire, le cycle du glyoxylate, la détoxification, la biosynthèse des stérols ainsi que la biosynthèse d'hormones de plantes telles que l'acide abscissique ou l'acide indole 3-acétique. T. deformans possède également des sous-ensembles de gènes présents exclusivement chez des saprophytes ou des pathogènes de plantes, ce qui est consistent avec son mode de vie alternatif saprophyte et pathogène. Des gènes impliqués dans la conjugaison ont été identifiés. L'homothallisme de ce champignon suggère mécanisme de permutation du type conjuguant. Les analyses comparatives ont démontré que 81% des gènes de P. jirovecii sont présent chez les autres membres du sous-embranchement des Taphrinomycotina. Ces gènes sont essentiellement impliqués dans le métabolisme basai. Les gènes spécifiques au genre Pneumocystis représentent 8%, et sont impliqués dans le métabolisme de l'ARN et la signalisation. La signalisation est connue pour être cruciale pour l'interaction des espèces de Pneumocystis avec leur environnement. Les gènes propres à P. jirovecii représentent 11% et codent en majorité pour des protéines dont la fonction est inconnue. Ces gènes en conjonction avec d'autres (par exemple, les glycoprotéines de surface), pourraient être déterminants dans l'interaction de P. jirovecii avec les cellules de l'hôte humain, et être potentiellement responsable de la spécificité d'hôte. P. jirovecii possède un génome de taille réduite à faible pourcentage en GC et récupère très probablement des composés vitaux comme les acides aminés et le cholestérol à partir des poumons humains. De manière consistante, son génome code pour de nombreux transporteurs (22% de ses gènes), qui pourraient jouer un rôle essentiel dans l'acquisition de ces composés. Ces caractéristiques sont généralement observées chez les parasites obligatoires de plusieurs règnes (bactéries, protozoaires, champignons). De plus, les études épidémiologiques n'ont pas réussi à prouver l'existence d'ime forme vivant librement du champignon. Etant donné également l'absence de facteurs de virulence, nos observations suggèrent que P. jirovecii est un parasite obligatoire spécialisé dans la colonisation des poumons humains, ne causant une maladie que chez des individus ayant un système immunitaire compromis. La même conclusion est très probablement applicable à toutes les autres espèces de Pneumocystis dans leur hôte mammifère respectif.

Une approche causale des comportements d'achat et post-achat de produits écolabellisés

RESUMÉ Objectifs de la recherche: Depuis quelques années, l'utilisation de l'écologie dans le marketing a connu un essor considérable, aussi bien dans le monde académique que dans la pratique. De nos jours, la notion de label suscite un vif intérêt auprès des entreprises désireuses de promouvoir des produits "verts". Le principe de l'écolabellisation consiste à fournir aux consommateurs, en plus du prix, un nouvel élément de comparaison des produits. Les écolabels sont considérés comme l'un des meilleurs outils pour informer le consommateur, d'une manière claire et compréhensible, de l'impact du produit sur l'environnement. Nous nous intéressons, dans le cadre de notre travail, à l'étude du comportement d'achat des produits écolabellisés. En dépit de leur popularité croissante, les études académiques portant sur les labels écologiques sont relativement rares et de nombreuses problématiques demeurent en suspens. L'étude du comportement d'achat - au sens large - mérite notamment d'être approfondie. Notre recherche a plusieurs volets. Premièrement, nous étudions l'impact des valeurs, de l'implication vis-à-vis de l'écologie, du scepticisme, de la compréhension du label et de la connaissance de l'écologie sur le comportement d'achat de produits écolabellisés. Ensuite, nous testons la cohérence entre comportements écologiques en introduisant un comportement post- achat (le triage des déchets ménagers). Théories sous-jacentes: Notre étude repose sur différents apports académiques relatifs au comportement du consommateur "vert" mais également sur des concepts issus de la psychologie et de la sociologie. Nous présentons d'abord la littérature portant sur la caractérisation du consommateur "vert" (Webster, 1975; Arbuthnot, 1977; Van Liere et Dunlap, 1981; Balderjahn, 1988; Antil, 1984; Grunert et Juhl, 1995; Roberts, 1996). Nous abordons ensuite les études portant sur les valeurs (Schwartz, 1992; 1994), l'implication (Zaichkowsy, 1994), le scepticisme (Gray-Lee, Scammon et Mayer, 1994; Mohr et al., 1998), la compréhension des écolabels (van Dam et Reuvekamp, 1995; Thogersen, 2000) et la connaissance de l'écologie (Maloney et al., 1973, 1975; Arbuthnot, 1977; Pickett et al., 1993). Ces variables nous semblent être les plus à même d'influencer le comportement d'achat de produits écolabellisés. Enfin, sur la base des travaux de Valette-Florence et Roehrich (1993), nous développons un modèle de causalité, centré sur la relation entre les valeurs, l'implication et le comportement. Hypothèses de recherche et opérationnalisation des variables: Nous développons 16 hypothèses de recherche dont 12 portent sur les rapports de causalité entre construits. Par ailleurs, pour mieux comprendre la personnalité du consommateur de produits écolabellisés, nous distinguons les variables reflétant un intérêt collectif (altruisme) de celles reflétant un intérêt individuel (égocentrisme). La mesure des différents construits reposent sur la liste de Schwartz (1992, 1994) pour les valeurs, l'échelle d'implication de Zaichkowsy (1994) pour la publicité, l'échelle développée par Mohs et al. (1998) pour mesurer le scepticisme et une liste de questions portant sur l'écologie (Diekmann, 1996) pour tester le niveau de connaissance. Les comportements d'achat et post-achat sont mesurés respectivement à l'aide de questions relatives à la fréquence d'achat de produits écolabellisés et du triage des déchets ménagers. Collecte des données: Le recueil des données s'effectue par sondage, en ayant recours à des questionnaires auto-administrés. L'échantillon comprend de 368 étudiants provenant de diverses facultés de sciences humaines de Suisse Romande. Analyse des données et interprétation des résultats: Notre étude porte sur le comportement d'achat de trois labels écologiques et sur le triage de 7 déchets ménagers. Les différentes analyses montrent que certaines valeurs ont un impact sur l'implication et que l'implication a une influence positive sur le comportement d'achat et post-achat. Par ailleurs, nous montrons que l'implication sert de variable médiatrice entre les valeurs et le comportement. De plus, la compréhension de l'écolabel influence de manière positive l'achat de produits écolabellisés, la connaissance de l'écologie a une influence positive sur le comportement post-achat et le scepticisme vis-à-vis de l'utilité du triage des déchets ménagers influence négativement le comportement de triage. Implications managériales: Les résultats obtenus suggèrent qu'outre la valeur "protection de l'environnement", d'autres valeurs comme "la stimulation" ou encore "l'accomplissement" influencent de manière significative l'implication vis-à-vis de l'écologie qui à son tour influence l'achat de produits écolabellisés. Le manager doit donc tenir compte du fait que le consommateur est impliqué dans l'écologie. Ensuite, la compréhension du label joue un rôle prépondérant dans l'achat. De plus, le consommateur ne semble pas être sceptique par rapport aux informations fournies par les écolabels et le niveau de connaissance de l'écologie n'affecte pas son comportement. Enfin, le consommateur semble agir de manière cohérente en achetant différents produits écolabellisés. Apports, limites et voies de recherche: Notre étude contribue à l'enrichissement de la recherche sur le comportement du consommateur dans un contexte écologique à plusieurs égards, notamment par l'étude de la relation entre les valeurs, l'implication et le comportement. Néanmoins, la portée de notre recherche est naturellement restreinte en raison du nombre limité de cas étudiés, soit 3 labels écologiques relativement peu connus de notre échantillon. Il serait utile de répéter l'étude en utilisant des labels plus populaires. Par ailleurs, nous avons eu recours à des échelles développées dans des contextes quelque peu différents. En particulier, une échelle d'implication devrait être développée spécifiquement pour le contexte écologique.

Transition épidémiologique et évolution des facteurs de risque cardiovasculaire aux Seychelles

Les Seychelles connaissent une transition épidémiologique accélérée, parallèlement au développement socio-économique rapide au cours des trois dernières décennies. Les ressources des Seychelles, qui reposaient traditionnellement sur la production de copra, proviennent actuellement de la pêche industrielle, du tourisme et de services. Le produit national brut par habitant était inférieur à US$ 500 en 1970 et s'élève actuellement à US$ 14'000 actuellement, ce qui place les Seychelles parmi les pays à revenu intermédiaire supérieur. L'étude de la transition aux Seychelles est non seulement intéressante dans ce contexte de transformation socio-économique rapide, mais aussi parce que des données fiables permettent de documenter cette transition depuis trois décennies. Premièrement, la population est régulièrement énumérée et les données montrent un vieillissement rapide, avec un doublement de la population adulte en 25 ans, ce qui entraîne inévitablement une augmentation du nombre total de patients souffrant de maladies chroniques. Deuxièmement, 4 enquêtes de population ont été effectuées en 25 ans (1989, 1994, 2004 et 2013). Il ressort des prévalences élevées de plusieurs facteurs de risque des malades cardiovasculaires (MCV), mais les tendances sont, heureusement, à la baisse pour les facteurs de risque « traditionnels » (tabagisme, hypertension, dyslipidémie) mais, malheureusement, à la hausse pour les facteurs métaboliques « modernes » (obésité, diabète).

Detection of four Plasmodium species in blood from humans by 18S rRNA gene subunit-based and specific real-time PCR assays

Résumé : Un nombre croissant de cas de malaria chez les voyageurs et migrants a été rapporté. Bien que l'analyse microscopique des frottis sanguins reste traditionnellement l'outil diagnostic de référence, sa fiabilité dépend considérablement de l'expertise de l'examinateur, pouvant elle-même faire défaut sous nos latitudes. Une PCR multiplex en temps réel a donc été développée en vue d'une standardisation du diagnostic. Un ensemble d'amorces génériques ciblant une région hautement conservée du gène d'ARN ribosomial 18S du genre Plasmodium a tout d'abord été conçu, dont le polymorphisme du produit d'amplification semblait suffisant pour créer quatre sondes spécifiques à l'espèce P. falciparum, P. malariae, P. vivax et P. ovale. Ces sondes utilisées en PCR en temps réel se sont révélées capables de détecter une seule copie de plasmide de P. falciparum, P. malariae, P. vivax et P. ovale spécifiquement. La même sensibilité a été obtenue avec une sonde de screening pouvant détecter les quatre espèces. Quatre-vingt-dix-sept échantillons de sang ont ensuite été testés, dont on a comparé la microscopie et la PCR en temps réel pour 66 (60 patients) d'entre eux. Ces deux méthodes ont montré une concordance globale de 86% pour la détection de plasmodia. Les résultats discordants ont été réévalués grâce à des données cliniques, une deuxième expertise microscopique et moléculaire (laboratoire de Genève et de l'Institut Suisse Tropical de Bâle), ainsi qu'à l'aide du séquençage. Cette nouvelle analyse s'est prononcé en faveur de la méthode moléculaire pour tous les neuf résultats discordants. Sur les 31 résultats positifs par les deux méthodes, la même réévaluation a pu donner raison 8 fois sur 9 à la PCR en temps réel sur le plan de l'identification de l'espèce plasmodiale. Les 31 autres échantillons ont été analysés pour le suivi de sept patients sous traitement antimalarique. Il a été observé une baisse rapide du nombre de parasites mesurée par la PCR en temps réel chez six des sept patients, baisse correspondant à la parasitémie déterminée microscopiquement. Ceci suggère ainsi le rôle potentiel de la PCR en temps réel dans le suivi thérapeutique des patients traités par antipaludéens. Abstract : There have been reports of increasing numbers of cases of malaria among migrants and travelers. Although microscopic examination of blood smears remains the "gold standard" in diagnosis, this method suffers from insufficient sensitivity and requires considerable expertise. To improve diagnosis, a multiplex real-time PCR was developed. One set of generic primers targeting a highly conserved region of the 18S rRNA gene of the genus Plasmodium was designed; the primer set was polymorphic enough internally to design four species-specific probes for P. falciparum, P. vivax, P. malarie, and P. ovale. Real-time PCR with species-specific probes detected one plasmid copy of P. falciparum, P. vivax, P. malariae, and P. ovale specifically. The same sensitivity was achieved for all species with real-time PCR with the 18S screening probe. Ninety-seven blood samples were investigated. For 66 of them (60 patients), microscopy and real-time PCR results were compared and had a crude agreement of 86% for the detection of plasmodia. Discordant results were reevaluated with clinical, molecular, and sequencing data to resolve them. All nine discordances between 18S screening PCR and microscopy were resolved in favor of the molecular method, as were eight of nine discordances at the species level for the species-specific PCR among the 31 samples positive by both methods. The other 31 blood samples were tested to monitor the antimalaria treatment in seven patients. The number of parasites measured by real-time PCR fell rapidly for six out of seven patients in parallel to parasitemia determined microscopically. This suggests a role of quantitative PCR for the monitoring of patients receiving antimalaria therapy.

Use of trochanteric nail for proximal femoral extracapsular fractures

Résumé Les fractures extra capsulaires du fémur proximal sont connues pour le risque élevé de morbidité et de mortalité en cas de traitement non chirurgical. Ainsi, le clou Gamma standard a été produit pour garantir une fixation stable de ces fractures permettant par conséquent une mobilisation rapide et en charge des personnes en âge avancé et présentant ce genre de fracture. Mais il a été reproché à ce type de clou un nombre relativement élevé de fracture per ou post opératoire (environ 17%). Cette complication est liée au design de cet implant. Et, de ce fait, le clou Trochantéric a été créé pour remédier à cette complication en changeant la forme du clou et notamment sa courbure. Entre juillet 2000 et janvier 2001, 88 patients ont été traités par clou Trochantéric pour une fracture pertrochantérienne et suivis consécutivement dans notre Service. 75 patients, soit 76 fractures, ont pu être évalués cliniquement et radiologiquement durant une évolution de deux ans.

Heritage Sporting Event : An Old Recipe for a New Problem

In the last decades, the globalized competition among cities and regions made them develop new strategies for branding and promoting their territory to attract tourists, investors, companies and residents. Major sports events - such as the Olympic Games, the FIFA World Cup or World and Continental Championships - have played an integral part in these strategies. Believing, with or without evidence, in the capacity of those events to improve the visibility and the economy of the host destination, many cities, regions and even countries have engaged in establishing sports events hosting strategies. The problem of the globalized competition in the sports events "market" is that many cities and regions do not have the resources - either financial, human or in terms of infrastructure - to compete in hosting major sports events. Consequently, many cities or regions have to turn to second-tier sports events. To organise those smaller events means less media coverage and more difficulty in finding sponsors, while the costs - both financial and in terms of services - stay high for the community. This paper analyses how Heritage Sporting Events (HSE) might be an opportunity for cities and regions engaged in sports events hosting strategies. HSE is an emerging concept that to date has been under-researched in the academic literature. Therefore, this paper aims to define the concept of HSE through an exploratory research study. A multidisciplinary literature review reveals two major characteristics of HSEs: the sustainability in the territory and the authenticity of the event constructed through a differentiation process. These characteristics, defined through multiple variables, give us the opportunity to observe the construction process of a sports event into a heritage object. This paper argues that HSEs can be seen as territorial resources that can represent a competitive advantage for host destinations. In conclusion, academics are invited to further research HSEs to better understand their construction process and their impacts on the territory, while local authorities are invited to consider HSEs for the branding and the promotion of their territory.

Improve the quality of care for diabetic patients in the hospital. [Améliorer la qualité de la prise en charge des patients diabétiques à l'hôpital.]

Objectif : La prise en charge des patients avec hyperglycémie en soins aigus estdifficile et les erreurs de prescription d'insuline sont fréquentes. Notre objectifest de promouvoir l'évolution des pratiques vers une gestion efficace et sécuritairede l'hyperglycémie.Matériels et méthodes : Création d'un programme de formation structuré pourla gestion de l'hyperglycémie en soins aigus. Ce programme est le produit dumétissage entre le modèle de l'accompagnement thérapeutique et la systémiquedu management. Il vise l'acquisition d'une métacognition pour une réflexiontransversale face à l'hyperglycémie. Les objectifs spécifiques sont : comprendreles particularités de l'hyperglycémie en aigu ; gérer le basal/bolus ; argumenterle choix thérapeutique ; s'approprier l'outil sécuritaire d'aide à l'insulinothérapie ;anticiper la sortie du patient. Une analyse mixte a été effectuée : quantitative,glycémies, hypoglycémies, durée de séjour et qualitative, évolution de la réflexionautour de l'hyperglycémie.Résultats : Nov. 2009-2010, dans le Service de Médecine du CHUV, nous avonsdispensé 3 sessions de formation (15 cours), suivies d'une période de coaching,pour 78 internes. Évaluation quantitative : 85 patients (56,4 % H), âge moyen72,7 ± 9,6 ans, glycémies à J3 dans la cible (4-8,5 mmol/l) 44,6 %, glycémiemoyenne 8,5 ± 1,8 mmol/l, hypoglycémies 0,9 %, durée moyenne de séjour9,7 ± 5,4 J. Évaluation qualitative : choix du schéma thérapeutique pertinentdans la majorité des cas, environ 90 % des internes ont intégré les éléments depondération de l'insulinothérapie, estiment que cette formation a eu un impactpositif sur leur gestion, sont plus confiants dans leurs capacités et ont unmeilleur sentiment d'auto-efficacité. Les modalités pédagogiques adoptées ontfavorisé le transfert des compétences et le niveau de satisfaction globale atteint90 %.Conclusion : Le développement d'un programme de formation des soignants,basé sur l'approche réflexive et participative, permet une amélioration importantede la gestion de l'hyperglycémie. Notre projet s'inscrit dans une démarcheglobale visant à doter les bénéficiaires d'une vision systémique du diabète.

Évaluation d'une nouvelle méthode pour l'essai de stérilité des préparations pharmaceutiques

Introduction : Au CHUV, les contrôles microbiologiques des préparations pharmaceutiques stériles produites par la pharmacie de l'hôpital se basent sur l'essai de stérilité de la Pharmacopée Européenne. Avant 2000, une méthode en circuit ouvert était utilisée, puis, dès l'année 2000, une nouvelle méthode développée par H. Ing du service de pharmacie des HUG a été adoptée (méthode « Ing »). Cette dernière permet d'opérer en circuit fermé et de filtrer le milieu de culture. De plus, elle utilise du matériel bon marché (trousse de perfusion, filtres à usage unique). Objectifs : Le présent travail avait pour but : 1) l'évaluation préliminaire de cette méthode (validation). 2) l'évaluation du bénéfice apporté en terme d'incidence de faux positifs sur les préparations stériles filtrables. Matériel et méthode : La validation a été effectuée en analysant des flexs de NaCl 0.9% préalablement inoculés avec 10-100 CFU de 6 souches microbiennes décrites dans la Pharmacopée pour le test de validation, ainsi qu'un flex « contrôle » non inoculé. Le bénéfice de la méthode a été évalué à partir des résultats des essais de routine effectués au laboratoire. Un taux de faux positifs imputable à chaque méthode a ainsi pu être déterminé (i.e. croissance microbienne due à une contamination lors de l'essai et non à une contamination initiale de la préparation pharmaceutique) et la comparaison a été effectuée à l'aide du test statistique de Fisher. Résultats : Une croissance a été observée dans toutes les préparations préalablement inoculées par des micro-organismes. La méthode a donc pu être implantée dans le laboratoire pour les analyses de routine dès février 2000. L'analyse rétrospective des résultats des essais de stérilité effectués sur une période de plus de 4 ans (2 ans avec l'ancienne méthode (système ouvert) et de presque 3 ans avec la nouvelle méthode) montre que l'ancienne méthode produisait un taux de faux positifs de 1.57 %, alors que ce taux n'est que de 0.21% avec la méthode « Ing ». Cette dernière se caractérise donc par un taux de faux positifs significativement plus bas que celui de l'ancienne méthode (p < 0.0001). Conclusion : La méthode « Ing » constitue une technique bien adaptée à l'essai de stérilité pour l'hôpital, suffisamment sensible et conforme aux recommandations de la Pharmacopée. En maintenant le produit dans un espace clos, elle permet de diminuer les risques de contamination susceptibles de se produire lors de l'essai.