Interpretation of partial fingermarks using an automated fingerprint identification system

Abstract : In the subject of fingerprints, the rise of computers tools made it possible to create powerful automated search algorithms. These algorithms allow, inter alia, to compare a fingermark to a fingerprint database and therefore to establish a link between the mark and a known source. With the growth of the capacities of these systems and of data storage, as well as increasing collaboration between police services on the international level, the size of these databases increases. The current challenge for the field of fingerprint identification consists of the growth of these databases, which makes it possible to find impressions that are very similar but coming from distinct fingers. However and simultaneously, this data and these systems allow a description of the variability between different impressions from a same finger and between impressions from different fingers. This statistical description of the withinand between-finger variabilities computed on the basis of minutiae and their relative positions can then be utilized in a statistical approach to interpretation. The computation of a likelihood ratio, employing simultaneously the comparison between the mark and the print of the case, the within-variability of the suspects' finger and the between-variability of the mark with respect to a database, can then be based on representative data. Thus, these data allow an evaluation which may be more detailed than that obtained by the application of rules established long before the advent of these large databases or by the specialists experience. The goal of the present thesis is to evaluate likelihood ratios, computed based on the scores of an automated fingerprint identification system when the source of the tested and compared marks is known. These ratios must support the hypothesis which it is known to be true. Moreover, they should support this hypothesis more and more strongly with the addition of information in the form of additional minutiae. For the modeling of within- and between-variability, the necessary data were defined, and acquired for one finger of a first donor, and two fingers of a second donor. The database used for between-variability includes approximately 600000 inked prints. The minimal number of observations necessary for a robust estimation was determined for the two distributions used. Factors which influence these distributions were also analyzed: the number of minutiae included in the configuration and the configuration as such for both distributions, as well as the finger number and the general pattern for between-variability, and the orientation of the minutiae for within-variability. In the present study, the only factor for which no influence has been shown is the orientation of minutiae The results show that the likelihood ratios resulting from the use of the scores of an AFIS can be used for evaluation. Relatively low rates of likelihood ratios supporting the hypothesis known to be false have been obtained. The maximum rate of likelihood ratios supporting the hypothesis that the two impressions were left by the same finger when the impressions came from different fingers obtained is of 5.2 %, for a configuration of 6 minutiae. When a 7th then an 8th minutia are added, this rate lowers to 3.2 %, then to 0.8 %. In parallel, for these same configurations, the likelihood ratios obtained are on average of the order of 100,1000, and 10000 for 6,7 and 8 minutiae when the two impressions come from the same finger. These likelihood ratios can therefore be an important aid for decision making. Both positive evolutions linked to the addition of minutiae (a drop in the rates of likelihood ratios which can lead to an erroneous decision and an increase in the value of the likelihood ratio) were observed in a systematic way within the framework of the study. Approximations based on 3 scores for within-variability and on 10 scores for between-variability were found, and showed satisfactory results. Résumé : Dans le domaine des empreintes digitales, l'essor des outils informatisés a permis de créer de puissants algorithmes de recherche automatique. Ces algorithmes permettent, entre autres, de comparer une trace à une banque de données d'empreintes digitales de source connue. Ainsi, le lien entre la trace et l'une de ces sources peut être établi. Avec la croissance des capacités de ces systèmes, des potentiels de stockage de données, ainsi qu'avec une collaboration accrue au niveau international entre les services de police, la taille des banques de données augmente. Le défi actuel pour le domaine de l'identification par empreintes digitales consiste en la croissance de ces banques de données, qui peut permettre de trouver des impressions très similaires mais provenant de doigts distincts. Toutefois et simultanément, ces données et ces systèmes permettent une description des variabilités entre différentes appositions d'un même doigt, et entre les appositions de différents doigts, basées sur des larges quantités de données. Cette description statistique de l'intra- et de l'intervariabilité calculée à partir des minuties et de leurs positions relatives va s'insérer dans une approche d'interprétation probabiliste. Le calcul d'un rapport de vraisemblance, qui fait intervenir simultanément la comparaison entre la trace et l'empreinte du cas, ainsi que l'intravariabilité du doigt du suspect et l'intervariabilité de la trace par rapport à une banque de données, peut alors se baser sur des jeux de données représentatifs. Ainsi, ces données permettent d'aboutir à une évaluation beaucoup plus fine que celle obtenue par l'application de règles établies bien avant l'avènement de ces grandes banques ou par la seule expérience du spécialiste. L'objectif de la présente thèse est d'évaluer des rapports de vraisemblance calcul és à partir des scores d'un système automatique lorsqu'on connaît la source des traces testées et comparées. Ces rapports doivent soutenir l'hypothèse dont il est connu qu'elle est vraie. De plus, ils devraient soutenir de plus en plus fortement cette hypothèse avec l'ajout d'information sous la forme de minuties additionnelles. Pour la modélisation de l'intra- et l'intervariabilité, les données nécessaires ont été définies, et acquises pour un doigt d'un premier donneur, et deux doigts d'un second donneur. La banque de données utilisée pour l'intervariabilité inclut environ 600000 empreintes encrées. Le nombre minimal d'observations nécessaire pour une estimation robuste a été déterminé pour les deux distributions utilisées. Des facteurs qui influencent ces distributions ont, par la suite, été analysés: le nombre de minuties inclus dans la configuration et la configuration en tant que telle pour les deux distributions, ainsi que le numéro du doigt et le dessin général pour l'intervariabilité, et la orientation des minuties pour l'intravariabilité. Parmi tous ces facteurs, l'orientation des minuties est le seul dont une influence n'a pas été démontrée dans la présente étude. Les résultats montrent que les rapports de vraisemblance issus de l'utilisation des scores de l'AFIS peuvent être utilisés à des fins évaluatifs. Des taux de rapports de vraisemblance relativement bas soutiennent l'hypothèse que l'on sait fausse. Le taux maximal de rapports de vraisemblance soutenant l'hypothèse que les deux impressions aient été laissées par le même doigt alors qu'en réalité les impressions viennent de doigts différents obtenu est de 5.2%, pour une configuration de 6 minuties. Lorsqu'une 7ème puis une 8ème minutie sont ajoutées, ce taux baisse d'abord à 3.2%, puis à 0.8%. Parallèlement, pour ces mêmes configurations, les rapports de vraisemblance sont en moyenne de l'ordre de 100, 1000, et 10000 pour 6, 7 et 8 minuties lorsque les deux impressions proviennent du même doigt. Ces rapports de vraisemblance peuvent donc apporter un soutien important à la prise de décision. Les deux évolutions positives liées à l'ajout de minuties (baisse des taux qui peuvent amener à une décision erronée et augmentation de la valeur du rapport de vraisemblance) ont été observées de façon systématique dans le cadre de l'étude. Des approximations basées sur 3 scores pour l'intravariabilité et sur 10 scores pour l'intervariabilité ont été trouvées, et ont montré des résultats satisfaisants.

Cultures jeunes et religions en Europe

Après la révolution religieuse des années 60, une nouvelle religiosité est-elle née ? Cette question est au coeur du livre. Il met, en effet, en scène les jeunes des années 80, les filles et les fils de la génération d'après-guerre, celle de Mai 68. Les parents ont pris leurs distances avec les différentes formes institutionnelles de l'autorité, y compris celle des Églises. Ils avaient été laissés libres de s'initier à une voie « spirituelle » : liberté de conscience et autonomie individuelle, deux valeurs clés attachées à la génération d'après-guerre, avaient orienté leur démarche religieuse. Les années 80 constituent de plus un contexte spécifique. Derrière le rideau de l'abondance, les contours de la précarité se dessinent. L'effondrement du mur de Berlin a entraîné celui des certitudes et des points de repère. L'apparition du sida a mis en cause le mythe dominant d'une jeunesse presque éternelle ouvrant sur une société sans âge et sans conflits de génération. Ces événements ont infléchi les quêtes de sens contemporaines. Fruit de la collaboration de vingt-deux sociologues venant de différents pays de l'Union européenne et de la Suisse, l'ouvrage, plutôt que de mettre côte à côte des observations empruntées aux pays concernés, propose des analyses transversales. Il permet ainsi de se faire une idée du changement religieux qui touche l'Europe dans son ensemble et de dégager quelques enjeux communs suscités par l'incertitude ambiante. Partant de l'analyse de la condition des jeunes dans les années 80, l'ouvrage aborde tour à tour la question de leur identité religieuse, celle de leurs systèmes de croyance, puis s'attarde sur les institutions qui ont contribué à leur socialisation religieuse. L'expérience constitue une caractéristique de la vie religieuse contemporaine, alors que la pluralité de l'offre reflète le changement socioculturel. Un chapitre est ainsi consacré à la présentation de quelques trajectoires typiques illustrant la gestion de l'incertitude dans laquelle est plongée la génération en cause. Enfin est abordée la question posée par une jeunesse qui apparaît aujourd'hui dépourvue d'encadrement institutionnel dans le champ religieux comme dans d'autres domaines : cette situation ne traduit-elle pas la crise de reproduction des institutions elles-mêmes ?

Lire, écrire : d'un désir l'autre : le "roman de Meliadus" du XIIIe au XVIIIe siècle

Continuation elleptique du Tristan en prose, qui s'inscrit dans l'interstice séparant la naissance de Tristan du remariage de Méliadus avec la fille du roi Hoël, le Roman de Meliadus (1235-1240) est une oeuvre fondamentalement ouverte, de par son inachèvement et de par le dialogue constant qu'il instaure avec les autres romans arthuriens. S'il revendique sa filiation et assume son statut de récit puîné, les réminiscences qu'il exhibe masquent aussi les gauchissements, les infléchissements qui lui permettent de faire du neuf avec du vieux. C'est ce jeu - aux deux sens du terme - que cette étude se propose de mettre en lumière et de voir fonctionner, non seulement dans le Roman de Meliadus proprement dit, mais également dans trois de ses relectures, qui actualisent et renouvellent la signification du roman en profondeur. La première est une continuation qui date de la toute fin du XIIIe ou du début du XIVe siècle et qui est aujourd'hui conservée par le seul manuscrit Ferrell 5. La deuxième actualisation retenue est celle qu'offre Meliadus de Leonnoys, l'imprimé publié en 1528 par Galliot du Pré, puis en 1532 par Denis Janot, fruit d'un minutieux travail de découpage et de remontage. La dernière enfin est l'extrait paru en 1776 dans la Bibliothèque Universelle des Romans sous le titre Méliadus de Léonnois. An ellipitic continuation of the Prose Tristan, which inscribes itself in the space separating the birth of Tristan from Meliadus' new marriage with king Hoël's daughter, the Meliadus' romance (1235-1240) is essentially an open text on account of its incompleteness and the dialogue it establishes with other arthurian romances. Even asserting filiation status, the reminiscences also show the reshaping and the inflection that allow the text to transform old into new. Analyzing this game is the central purpose of this work; to observe the operation in the Meliadus' romance, as well as in three of its recuperations that profoundly renew the significance of the novel; beginning with a continuation from the end of the 13th century or the early 14th century, preserved nowadays in only one manuscript (Ferrel 5); followed by the meticulous work of cutting and reassembling offered by the Meliadus of Leonnoys (printed by Galliot du Pré in 1528 first and again by Denis Janot in 1532) and finally an excerpt published in 1776 in the Bibliothèque Universelle des Romans with the title Méliadus of Leonnois.

Les Constitutions vaudoises (1803-2003). Miroir des idées politiques

L'année 2003 est l'année du Bicentenaire, mais aussi celle de l'entrée en vigueur d'une nouvelle Constitution vaudoise. Après quatre ans de travaux, l'Assemblée constituante a accouché d'une charte appelée à régir la vie politique du canton pendant plusieurs décennies. Les débats ont cependant fait peu de place à l'histoire des idées politiques, qui ont modelé l'action des gouvernants, et à l'histoire constitutionnelle, dans laquelle ont été façonnées à un degré ou à un autre les grandes questions du temps présent. Il existe certes un grand nombre d'études qui abordent ces thématiques. Une foule de questions n'ont cependant pas encore été explorées et, surtout, les tentatives de montrer les liens presque organiques entre l'histoire des constitutions et l'histoire des idées sont rares. Il était donc intéressant de regrouper sous un toit commun des études abordant ces deux aspects de notre histoire. Aucun examen exhaustif n'était bien sûr possible. Il s'agit d'éclairages qui montreront combien certains débats constitutionnels ont baigné dans des ambiances intellectuelles particulières, arrimées à des événements ou à des courants de pensée qui ne pouvaient laisser les Vaudois indifférents. L'ouvrage est subdivisé en trois parties : - droits politiques et institutions ; - justice et finances publiques ; - histoire des idées politiques. L'histoire du canton de Vaud issu de l'Acte de Médiation est riche de débats politiques d'une haute tenue, où se croisent les influences les plus variées. C'est à une découverte de certaines d'entre elles qu'invite le présent ouvrage ; une manière d'entrer dans les soubassements historiques de la nouvelle Constitution vaudoise. L'ouvrage rassemble dix-neuf contributions, qui mettent toutes en évidence le profond enracinement intellectuel des débats ayant entouré la naissance des diverses constitutions vaudoises. Les auteurs de ces textes sont juristes, politologues ou historiens, au seuil de leur carrière ou dotés d'une riche expérience professionnelle, rattachés aux différents camps qui segmentent la vie politique. Le livre se nourrit de ces multiples vocations, de ces multiples sensibilités, et montre que l'histoire ne peut être soumise à un angle de vue unique. Il est agrémenté de vingt-cinq illustrations environ, dont plusieurs sont tirées de journaux satiriques vaudois du XIXe et du XXe siècle.

Governance von Universitätsbibliotheken : Optimierungsmöglichkeiten aus institutioneller Sicht

Ausgangspunkt der Arbeit bildet die Beobachtung, dass Universitäts­biblio­theken unterschiedliche Aufgaben zu Händen verschiedener Akteure erfüllen - so nehmen Universitätsbibliotheken in der Schweiz häufig Aufgaben einer Kantonsbibliothek wahr. Universitätsbibliotheken zeichnen sich durch unterschiedliche Rechts- und Organisationsformen aus, unterhalten Beziehungen zu Dritten und sind deshalb verschiedenen Instanzen zur Rechenschaft verpflichtet. Sie sind, schliesslich, in Zusammenschlüsse unterschiedlicher Natur eingebunden. Vor diesem Hintergrund wirft die vorliegende Arbeit die Frage nach der Steuerung des Unternehmens Universitätsbibliothek auf. Anhand ausgewählter Fallbeispiele wird aufgezeigt, wie sich unterschiedliche Governance-Modelle gestalten. Dabei wird insbesondere auf die Rechts- und Organisationsform, auf institutionelle Strukturen, auf Steuerungsinstrumente (Auftrag und finanzielle Rahmenbedingungen), auf institutionelle Beziehungen sowie auf die Autonomie der Bibliothek eingegangen. Darauf auf­bau­end werden Vor- und Nachteile der Modelle hinsichtlich der Erfüllung des Doppelauftrags (Universitäts- und Kantonsbibliothek) diskutiert. Es zeigt sich, dass Universitäts- und Kantonsauftrag komplementäre Funktionen darstellen, wobei allerdings vereinzelt Schwierigkeiten auftreten können. Die Rechts- und Organisationsform sowie, insbesondere, die Trägerschaft bilden ein zentrales Element im Hinblick auf die Auftragserfüllung. Gleichzeitig sind auch weitere Elemente zentral, beispielsweise Instrumente, welche nicht nur die Aufgaben, sondern die Zuständigkeiten der beteiligten Akteure festhalten. Parmi les nombreuses fonctions remplies par les bibliothèques universitaires en Suisse, celle de bibliothèque cantonale est la plus fréquente. Les formes juridiques et/ou d'organisation des bibliothèques universitaires suisses sont multiples ; les bibliothèques entretiennent des liens avec des tiers et elles sont, par conséquent, tenues de rendre des comptes à diverses instances. Comme toutes les bibliothèques, elles s'intègrent, finalement, à des réseaux de nature différente. Dans ce contexte, le présent travail soulève la question de la gouvernance de la bibliothèque universitaire. Il décrit, à partir d'exemples choisis, différents modèles de gouvernance en s'intéressant surtout à la forme juridique et/ou d'organisation, aux structures institutionnelles, aux instruments de gouvernance concernant la mission et les conditions cadres financières de la bibliothèque, aux relations institutionnelles et à l'autonomie de la bibliothèque. L'analyse permet ainsi une réflexion sur les avantages et les inconvénients des différents modèles de gouvernance au vu de la double mission universitaire et cantonale des bibliothèques. Le présent travail montre que les fonctions universitaires et cantonales sont à priori complémentaires et ne donnent lieu qu'à des difficultés mineures. La forme juridique et/ou d'organisation ainsi que l'autorité de tutelle constituent des éléments déterminants pour l'accomplissement de la (double) mission de la bibliothèque. Parallèlement, d'autres éléments jouent également un rôle important - par exemple, les instruments permettant non seulement de régler les tâches de la bibliothèque, mais aussi de déterminer les compétences de tous les acteurs intéressés.

Nature et historicité : essai sur la philosophie de Herbert Marcuse

Résumé de Thèse Proche de Horkheimer, d'Adorno ou encore de Benjamin, ce philosophe issu de l'École de Francfort ne manque pas moins d'attirer la curiosité. On a tôt fait de classer Herbert Marcuse (1898-1979) aux oubliettes alors que sa pensée était peu connue, nonobstant une médiatisation très importante qui a dépassé le cadre classique des universités. Ce philosophe allemand atypique dont le nom surgit notamment suite à la publication de L'Homme unidimensionnel fut abondamment lu mais peu systématisé. Repris à tort et à travers, instrumentalisé aux temps des révoltes étudiantes des années 60, il ne lègue pas moins une pensée qui doit apparaître sous une forme nouvelle et prospective. Cette recherche vise prioritairement à l'extraire de ce brouhaha qui l'enveloppa et menaça de le faire disparaître. Cet essai insiste sur un retour à l'exigence scientifique via l'exhumation des textes méconnus du grand public et une insertion indispensable dans l'histoire des penseurs philosophiques. Accéder à la connaissance de ce philosophe passe par un certain nombre de clefs parmi lesquelles le concept de nature. Pour y arriver, cependant, la quête des fondements d'une philosophie dont les sources sont plurielles et inconciliables s'impose comme étape primordiale et pleine de promesses. A la vérité, le peu de systématisation de la pensée marcusienne est en grande partie liée à cette « prolifération » de références auxquelles s'est adonné Marcuse, laissant une mince passerelle susceptible de dégager une architecture globale et cohérente de sa pensée. Certes, la présentation de Marcuse est restée jusque-là prisonnière de l'influence de Hegel, Marx et Freud. L'auteur de cette thèse tente de démontrer que la pensée marcusienne s'oriente à partir de Kant. Attaché à la tradition philosophique germanique de l'Aufklärung, l'oeuvre du philosophe francfortois combat toutes sortes d'irrationalités qui obstruent la voie menant vers un humanisme réel. La nature reste un concept polémique parce qu'il ne saurait se résumer à l'étant. Ni la nature intérieure, ni la nature extérieure ne se limitent à cet horizon dépourvu de subjectivité. Disciple de Heidegger, Marcuse définit la nature à partir du Dasein, un être-là qui est jeté dans l'histoire et qui porte en lui la qualité de l'historicité. Contre la société dite unidimensionnelle postindustrielle qui annonce l'acmé du capitalisme triomphant, les travaux de Marcuse visent un retour à la nature autant qu'ils font de celle-ci un futur. La nature n'est pas seulement ce qu'elle a été, elle est aussi ce qui est à être. En invalidant le consumérisme ambiant, il décrit la publicité marchande comme un acte de négation des vraies valeurs humaines. Ni la superfluité secrétée par le marché, ni les systèmes communiste (le marxisme soviétique et ses sbires) et capitaliste ne sont capables de provoquer l'idéal de l'humain. Le discours marcusien fécondé par la « Théorie Critique » invente le concept de « Grand Refus » adossé à la dialectique hégélienne, obligeant la conscience à veiller sur le réel pour le conduire vers l'émancipation plutôt que vers un « chemin qui ne mène nulle part ». Attachée à la concrétude et la transformation historique héritée de Marx, il réoriente le Dasein heideggérien en lui donnant plus de chair. Nature et historicité, cette réalité duelle se complique parce qu'elle incarne une difficile révolution qui nécessitera davantage d'imagination. Le « Grand Refus » aura besoin d'un allié plus subtile : l'esthétique qui laisse apparaître la Troisième critique kantienne. Au-delà de ce refuge dans l'art, on aura toujours besoin de Marcuse pour mieux comprendre nos sociétés en pleine mutation et pour habiter en conséquence notre monde perfectible.

New insights into the long-term evolutionary history of the avian MHC

SummaryGene duplication and neofunctidnalization are important processes in the evolution of phenotypic complexity. They account for important evolutionary novelties that confer ecological adaptation, such as the major histocompatibility complex (MHC), a multigene family with a central role in vertebrates' adaptive immune system. Multigene families, which evolved in large part through duplication, represent promising systems to study the still strongly depbated relative roles of neutral and adaptive processes in the evolution of phenotypic complexity. Detailed knowledge on ecological function and a well-characterized evolutionary history place the mammals' MHC amongst ideal study systems. However mammalian MHCs usually encompass several million base pairs and hold a large number of functional and non-functional duplicate genes, which makes their study complex. Avian MHCs on the other hand are usually way more compact, but the reconstruction of. their evolutionary history has proven notoriously difficult. However, no focused attempt has been undertaken so far to study the avian MHC evolutionary history in a broad phylogenetic context and using adequate gene regions.In the present PhD, we were able to make important contributions to the understanding of the long-term evolution of the avian MHC class II Β (MHCI1B). First, we isolated and characterized MHCIIB genes in barn owl (Tyto alba?, Strigiformes, Tytonidae), a species from an avian lineage in which MHC has not been studied so far. Our results revealed that with only two functional MHCIIB genes the MHC organization of barn owl may be similar to the 'minimal essential' MHC of chicken (Gallus gallus), indicating that simple MHC organization may be ancestral to birds. Taking advantage of the sequence information from barn owl, we studied the evolution of MHCIIB genes in 13 additional species of 'typical' owls (Strigiformes, Strigidae). Phylogenetic analyses revealed that according to their function, in owls the peptide-binding region (PBR) encoding exon 2 and the non-PBR encoding exon 3 evolve by different patterns. Exon 2 exhibited an evolutionary history of positive selection and recombination, while exon 3 traced duplication history and revealed two paralogs evolving divergently from each other in owls, and in a shorebird, the great snipe {Gallinago media). The results from exon 3 were the first ever from birds to demonstrate gene orthology in species that diverged tens of millions of years ago, and strongly questioned whether the taxa studied before provided an adequate picture of avian MHC evolution. In a follow-up study, we aimed at explaining a striking pattern revealed by phylogenetic trees analyzing the owl sequences along with MHCIIB sequences from other birds: One owl paralog (termed DAB1) grouped with sequences of passerines and falcons, while the other (DAB2) grouped with wildfowl, penguins and birds of prey. This could be explained by either a duplication event preceding the evolution of these bird orders, or by convergent evolution of similar sequences in a number of orders. With extensive phylogenetic analyses we were able to show, that indeed a duplication event preceeded the major avian radiation -100 my ago, and that following this duplication, the paralogs evolved under positive selection. Furthermore, we showed that the divergently evolving amino acid residues in the MHCIIB-encoded β-chain potentially interact with the MHCI I α-chain, and that molecular coevolution of the interacting residues may have been involved in the divergent evolution of the MHCIIB paralogs.The findings of this PhD are of particular interest to the understanding of the evolutionary history of the avian MHC and, by providing essential information on long-term gene history in the avian MHC, open promising perspectives for advances in the understanding of the evolution of multigene families in general, and for avian MHC organization in particular. Amongst others I discuss the importance of including protein structure in the phylogenetic study of multigene families, and the roles of ecological versus molecular selection pressures. I conclude by providing a population genomic perspective on avian MHC, which may serve as a basis for future research to investigate the relative roles of neutral processes involving effective population size effects and of adaptation in the evolution of avian MHC diversity and organization.RésuméLa duplication de gènes et leur néo-fonctionnalisation sont des processus importants dans l'évolution de la complexité phénotypique. Ils sont impliqués dans l'apparition d'importantes nouveautés évolutives favorisant l'adaptation écologique, comme c'est le cas pour le complexe majeur d'histocompatibilité celle "minimale" du poulet (Gallus gallus), ce qui suggère qu'une organisation simple du CMH pourrait être ancestrale chez les oiseaux. En se basant sur l'information obtenue pour cette espèce, nous avons ensuite étudié l'évolution des gènes CMHIIB chez 13 espèces de chouettes "typiques" (Strigiformes, Strigidae). Les analyses phylogénétiques ont révélé que chez les chouettes, selon leur fonction, l'exon 2 codant pour la 'peptide-binding region' (PBR) et l'exon 3 ne codant pas pour la région PBR évoluent de manière distincte. L'exon 2 montre une histoire évolutive de sélection positive et recombinaison, tandis que l'exon 3 retrace l'histoire de duplication et révèle deux paralogues évoluant de façon divergente chez les chouettes, ainsi que chez un limicole, la bécassine double (Gallinago media). Les résultats découlant de l'analyse de l'exon 3 ont montré pour la première fois chez les oiseaux une orthologie de gènes chez des espèces ayant divergé il y a des dizaines de millions d'années. Dans une deuxième étude, nous avons voulu expliquer le pattern surprenant révélé par les arbres phylogénétiques lorsque les séquences CMHIIB des chouettes sont analysées avec les séquences d'autres oiseaux: un paralogue de chouette (appelé DABI) forme un groupe avec les séquences de passereaux et faucons, tandis que l'autre (DAB2) se regroupe avec les gallo-ansériformes, les manchots et les rapaces diurnes. Ceci pourrait être expliqué soit par une duplication qui a précédé l'évolution de ces ordres aviaires soit par évolution convergente dans un certain nombre d'ordres. Grâce à des analyses phylogénétiques approfondies, nous avons pu montrer qu'un événement de duplication a effectivement précédé la radiation aviaire principale d'il y a environ 100 millions d'années, et qu'après cette duplication les paralogues ont évolué sous sélection positive. De plus, les résidus d'acides aminés évoluant de façon divergente dans la chaîne β codée par le CMHIIB interagissent potentiellement avec la chaîne α codée par le CMHII, et que la coévolution moléculaire de ces résidus pourrait être à la base de l'évolution divergente des paralogues CMHIIB.Dans cette thèse sont discutés entre autres l'importance d'inclure la structure des protéines dans l'étude phylogénétique des familles multigéniques, ainsi que les rôles respectifs des pressions sélectives écologique et moléculaire. La conclusion comporte une perspective sur la génomique des populations du CMH aviaire, qui pourrait servir de base pour de futures recherches sur les rôles relatifs joués par Îes processus neutres comprenant les effets de la taille efficace des populations et l'adaptation dans l'évolution de la diversité et l'organisation du MHC aviaire.

Characterization of high osmolarity-induced vacuole fragmentation in "Saccharomyces c."

La majorité des organelles d'une cellule adaptent leur nombre et leur taille pendant les processus de division cellulaire, de trafic vésiculaire ou suite à des changements environnementaux par des processus de fusion et de fragmentation membranaires. Ceci est valable notamment pour le golgi, les mitochondries, les péroxisomes et les lysosomes. La vacuole est le compartiment terminal de la voie endocytaire dans la levure Saccharomyces cerevisiae\ elle correspond aux lysosomes des cellules mammifères. Suite à un choc hyperosmotique, la vacuole se fragmente en plusieurs petites vésicules. Durant ce projet, cette fragmentation a été étudiée en utilisant la technique de microscopie confocale in vivo. J'ai observé que la division de la vacuole se produit d'une façon asymétrique. La première minute après le choc osmotique, les vacuoles rétrécissent et forment des longues invaginations tubulaires. Cette phase est dépendante de la protéine Vps1, un membre de la famille des protéines apparentées à la dynamine, ainsi que d'un gradient transmembranaire de protons. Pendant les 10-15 minutes qui suivent, des vésicules se détachent dans les régions où l'on observe les invaginations pendant la phase initiale. Cette deuxième phase qui mène à la fission des nouveaux compartiments vacuolaires dépend de la production du lipide PI(3,5)P2 par la protéine Fab1. J'ai établi la suite des événements du processus de fragmentation des vacuoles et propose la possibilité d'un rôle régulateur de la protéine kinase cycline-dépendante Pho85.¦En outre, j'ai tenté d'éclaircir plus spécifiquement le rôle de Vps1 pendant la fusion et fission des vacuoles. J'ai trouvé que tous les deux processus sont dépendants de l'activité GTPase de cette protéine. De plus l'association avec la membrane vacuolaire paraît régulée par le cycle d'hydrolyse du GTP. Vps1 peut lier la membrane sans la présence d'un autre facteur protéinique, ce qui permet de conclure à une interaction directe avec des lipides de la membrane. Cette interaction est au moins partiellement effectuée par le domaine GTPase, ce qui est une nouveauté pour un membre de cette famille de protéines. Une deuxième partie de Vps1, nommée insert B, est impliquée dans la liaison à la vacuole, soit par interaction directe avec la membrane, soit par régulation du domaine GTPase. En assumant que Vps1 détienne deux régions capables de liaison aux membranes, je conclus qu'elle pourrait fonctionner comme facteur de « tethering » lors de la fusion des vacuoles.¦-¦La cellule contient plusieurs sous-unités, appelées organelles, possédant chacune une fonction spécifique. Dépendant des processus qui s'y déroulent à l'intérieur, un environnement chimique spécifique est requis. Pour maintenir ces différentes conditions, les organelles sont séparées par des membranes. Lors de la division cellulaire ou en adaptation à des changements de milieu, les organelles doivent être capables de modifier leur morphologie. Cette adaptation a souvent lieu par fusion ou division des organelles. Le même principe est valable pour la vacuole dans la levure. La vacuole est une organelle qui sert principalement au stockage des aliments et à la dégradation des différents composants cellulaires. Alors que la fusion des vacuoles est un processus déjà bien décrit, la fragmentation des vacuoles a jusqu'ici été peu étudiée. Elle peut être induit par un choc osmotique: à cause de la concentration de sel élevé dans le milieu, le cytosol de la levure perd de l'eau. Par un flux d'eau de la vacuole au cytosol, la cellule est capable d'équilibrer celui-ci. Quand la vacuole perd du volume, elle doit réadapter le rapport entre surface membranaire et volume, ce qui se fait efficacement par une fragmentation d'une grande vacuole en plusieurs petites vésicules. Comment ce processus se déroule d'un point de vue morphologique n'a pas été décrit jusqu'à présent. En analysant la fragmentation vacuolaire par microscopie, j'ai trouvé que celle-ci se déroule en deux phases. Pendant la première minute suivant le choc osmotique, les vacuoles rétrécissent et forment des longues invaginations tubulaires. Cette phase dépend de la protéine Vps1, un membre de la famille des protéines apparentées à la dynamine, ainsi que du gradient transmembranaire de protons. Ce gradient s'établit par une pompe membranaire, la V-ATPase, qui transporte des protons dans la vacuole en utilisant l'énergie libérée par hydrolyse d'ATP. Après cette phase initiale, la formation de nouvelles vésicules vacuolaires dépend de la synthèse du lipide PI(3,5)P2.¦Dans la deuxième partie de l'étude, j'ai tenté de décrire comment Vps1 lie la membrane pour effectuer un remodelage de la vacuole. Vps1 est nécessaire pour la fusion et la fragmentation des vacuoles. J'ai découvert que tous les deux processus dépendent de sa capacité d'hydrolyser du GTP. Ainsi l'association avec la membrane est couplée au cycle d'hydrolyse du GTP. Vps1 peut lier la membrane sans la présence d'une autre protéine, et interagit donc très probablement avec les lipides de la membrane. Deux parties différentes de la protéine sont impliquées dans la liaison, dont une, inattendue, le domaine GTPase.¦-¦Numerous organelles undergo membrane fission and fusion events during cell division, vesicular traffic, or in response to changes in environmental conditions. Examples include Golgi (Acharya et al., 1998) mitochondria (Bleazard et al., 1999) peroxisomes (Kuravi et al., 2006) and lysosomes (Ward et al., 1997). In the yeast Saccharomyces cerevisiae the vacuole is the terminal component of the endocytic pathway and corresponds to lysosomes in mammalian cells. Yeast vacuoles fragment into multiple small vesicles in response to a hypertonic shock. This rapid and homogeneous reaction can serve as a model to study the requirements of the fragmentation process. Here, I investigated osmotically induced fragmentation by time-lapse microscopy. I observe that the small fragmentation products originate directly from the large central vacuole by asymmetric scission rather than by consecutive equal divisions and that fragmentation occurs in two distinct phases. During the first minute, vacuoles shrink and generate deep invaginations, leaving behind tubular structures. This phase requires the dynamin-like GTPase Vps1 and the vacuolar proton gradient. In the subsequent 10-15 minutes, vesicles pinch off from the tubular structures in a polarized fashion, directly generating fragmentation products of the final size. This phase depends on the production of phosphatidylinositol- 3,5-bisphosphate by the Fab1 complex. I suggest a possible regulation of vacuole fragmentation by the CDK Pho85. Based on my microscopy study I established a sequential involvement of the different fission factors.¦In addition to the morphological description of vacuole fragmentation I more specifically aimed to shed some light on the role of Vps1 in vacuole fragmentation and fusion. I find that both functions are dependent on the GTPase activity of the protein and that also the membrane association of the dynamin-like protein is coupled to the GTPase cycle. I found that Vps1 has the capacity for direct lipid binding on the vacuole and that this lipid binding is at least partially mediated through residues in the GTPase domain, a complete novelty for a dynamin family member. A second stretch located in the region of insert Β has also membrane-binding activity or regulates the association with the vacuole through the GTPase domain. Under the assumption of two membrane-binding regions I speculate on Vps1 as a possible tethering factor for vacuole fusion.

Pathogenèse, dépistage et prise en charge de l'anévrysme de l'aorte abdominale

RESUME L'anévrysme de l'aorte abdominale est une dilatation permanente et localisée de l'aorte abdominale d'un diamètre transverse supérieur à 30 mm. Il s'agit d'une maladie dégénérative et inflammatoire fréquente de l'aorte, présente chez environ 5% des hommes de 65 à 74 ans de la population générale, et chez 10% des hommes hospitalisés pour une revascularisation coronarienne chirurgicale. En effet, bien que la pathogenèse de l'anévrysme de l'aorte abdominale diffère de celle du processus d'athérosclérose, les deux maladies partagent de nombreux facteurs de risque, en particulier l'âge, l'hypertension artérielle et le tabagisme. L'anévrysme de l'aorte abdominale est une maladie silencieuse, et dans 20% des cas, sa première manifestation clinique est la rupture aiguë avec choc hémorragique. La mortalité totale d'une telle complication dépasse 90% et sa mortalité strictement opératoire est d'environ 50%. Ces chiffres contrastent étonnamment avec une mortalité inférieure à 5% en cas de cure chirurgicale élective de l'anévrysme, justifiant un programme de dépistage systématique de cette maladie par ultrasonographie abdominale. Plusieurs études ont actuellement prouvé l'efficience de tels programmes, tant du point de vue de leur impact sur la mortalité que de leur rapport coût-efficacité. La question d'un dépistage systématique de la population générale ou de celui de souspopulations sélectionnées en fonction de leurs facteurs de risque reste toutefois débattue. La prise en charge de l'anévrysme de l'aorte abdominale est en principe conservatrice pour les anévrysmes de faibles diamètres, la mortalité d'une telle approche étant comparable à celle d'une attitude d'emblée chirurgicale. L'indication opératoire est par contre posée pour les anévrysmes d'un diamètre supérieur à 55 mm en raison du risque inacceptable de rupture, la valeur du diamètre transverse de l'aorte représentant le facteur prédictif de rupture le plus fréquemment utilisé en pratique quotidienne. La cure chirurgicale ouverte est le traitement de référence de l'anévrysme de l'aorte abdominale, mais la cure minimale invasive par endoprothèse, disponible depuis le début des années 1990, représente une alternative attrayante. Le choix de l'approche thérapeutique dépend fortement des caractéristiques anatomiques de l'aorte, ainsi que des comorbidités et de la préférence du patient.

L'effet de la gémellité associée à la prématurité sur l'interaction précoce et les processus d'attachement

Objectif Le but de cette recherche est d'observer un possible rôle de la gémellité dans la qualité de l'interaction précoce mère-enfant et dans le développement de l'attachement à une année par rapport à des non-jumeaux respectivement prématurés et non prématurés selon l'observation directe selon la description des enfants par leurs mères. Méthode Il s'agit d'une étude longitudinale exploratoire qui vise à comparer les compétences sociales et communicatives de trois populations: prématurés respectivement jumeaux et non- jumeaux ainsi qu'enfants nés à terme non-jumeaux à 4, 6, 12 et 18 mois. Cette recherche est réalisée dans le cadre de deux études prospectives menées au Service Universitaire de Psychiatrie de l'Enfant et de l'Adolescent sur le devenir des grands prématurés. Les outils utilisés sont le CARE-Index qui évalue la qualité de l'interaction mère-enfant, la situation étrange qui détermine le type d'attachement de l'enfant et le Toddler tempérament scale (TTS) qui permet d'apprécier le tempérament de l'enfant tel que perçu par leurs mères. Limites Les deux principales limites de ce travail sont certainement le nombre restreint de sujets observés et le fait que les sujets étudiés proviennent de deux études différentes et soient comparés entre eux. Les questionnaires du TTS remplis par les mères représentent également une limite car peuvent comporter une part de "désirabilité sociale". Résultats Cette étude a permis de retrouver les résultats de certaines théories de base de l'interaction mère-enfant et du processus d'attachement en les appliquant à un groupe de jumeaux prématurés. Nous avons retrouvé des différences significatives dans les résultats du CARE- Index qui suggère que la gémellité influencerait la qualité de l'interaction précoce. Celle-ci ne semble par contre pas empêcher le développement d'un attachement secure à une année.

Monitoring de la problématique du cannabis en Suisse: étude sentinelle 2004-2009

Le monitoring de la problématique du cannabis en Suisse constitue un ensemble de travaux qui permettent le suivi de la situation au niveau national et qui sont mis en oeuvre par un consortium d'institutions de recherche. Ce monitoring comprend l'étude présentée dans ce rapport, l'étude sentinelle. Celle-ci s'intéresse à l'évolution de la situation en matière de cannabis ainsi qu'à la gestion de cette situation au niveau local. Il s'agit de répondre aux questions suivantes : - quelle est la situation en matière de consommation de cannabis et de marché et quelle est son évolution ? - quels sont les principaux problèmes rencontrés sur le terrain ? - quelles sont les mesures et interventions qui ont été développées dans ce domaine ? Pour y répondre, on a choisi de suivre la situation dans quatre cantons suisses dits "sentinelle" (St-Gall, Tessin, Vaud, Zurich). Les critères de choix de ces cantons font appel à leur taille, au rapport ville/campagne et à la présence de frontière avec des états voisins, à la langue, au type de politique drogue pratiqué. Dans chaque canton on a constitué des panels d'experts formés par des profes-sionnels de terrain dans trois domaines différents (santé et social, école, police et justice). Leurs observations ainsi que les données cantonales disponibles sont récoltées et discutées lors d'un workshop et analysées sur plusieurs années. Le présent rapport fait état des résultats des quatre workshops de suivi (2005, 2006, 2008, 2009). [Résumé, p. 5]

Developmental and Anatomical Constraints on Vertebrate Genome Evolution

Pendant ma thèse de doctorat, j'ai utilisé des espèces modèles, comme la souris et le poisson-zèbre, pour étudier les facteurs qui affectent l'évolution des gènes et leur expression. Plus précisément, j'ai montré que l'anatomie et le développement sont des facteurs clés à prendre en compte, car ils influencent la vitesse d'évolution de la séquence des gènes, l'impact sur eux de mutations (i.e. la délétion du gène est-elle létale ?), et leur tendance à se dupliquer. Où et quand il est exprimé impose à un gène certaines contraintes ou au contraire lui donne des opportunités d'évoluer. J'ai pu comparer ces tendances aux modèles classiques d'évolution de la morphologie, que l'on pensait auparavant refléter directement les contraintes s'appliquant sur le génome. Nous avons montré que les contraintes entre ces deux niveaux d'organisation ne peuvent pas être transférées simplement : il n'y a pas de lien direct entre la conservation du génotype et celle de phénotypes comme la morphologie. Ce travail a été possible grâce au développement d'outils bioinformatiques. Notamment, j'ai travaillé sur le développement de la base de données Bgee, qui a pour but de comparer l'expression des gènes entre différentes espèces de manière automatique et à large échelle. Cela implique une formalisation de l'anatomie, du développement et de concepts liés à l'homologie grâce à l'utilisation d'ontologies. Une intégration cohérente de données d'expression hétérogènes (puces à ADN, marqueurs de séquence exprimée, hybridations in situ) a aussi été nécessaire. Cette base de données est mise à jour régulièrement et disponible librement. Elle devrait contribuer à étendre les possibilités de comparaison de l'expression des gènes entre espèces pour des études d'évo-devo (évolution du développement) et de génomique. During my PhD, I used model species of vertebrates, such as mouse and zebrafish, to study factors affecting the evolution of genes and their expression. More precisely I have shown that anatomy and development are key factors to take into account, influencing the rate of gene sequence evolution, the impact of mutations (i.e. is the deletion of a gene lethal?), and the propensity of a gene to duplicate. Where and when genes are expressed imposes constraints, or on the contrary leaves them some opportunity to evolve. We analyzed these patterns in relation to classical models of morphological evolution in vertebrates, which were previously thought to directly reflect constraints on the genomes. We showed that the patterns of evolution at these two levels of organization do not translate smoothly: there is no direct link between the conservation of genotype and phenotypes such as morphology. This work was made possible by the development of bioinformatics tools. Notably, I worked on the development of the database Bgee, which aims at comparing gene expression between different species in an automated and large-scale way. This involves the formalization of anatomy, development, and concepts related to homology, through the use of ontologies. A coherent integration of heterogeneous expression data (microarray, expressed sequence tags, in situ hybridizations) is also required. This database is regularly updated and freely available. It should contribute to extend the possibilities for comparison of gene expression between species in evo-devo and genomics studies.

The expression of GABA receptors in the human auditory cortex

Abstract : GABA, the primary inhibitory neurotransmitter, and its receptors play an important role in modulating neuronal activity in the central nervous system and are implicated in many neurological disorders. In this study, GABAA and GABAB receptor subunit expression was visualized by immunohistochemistry in human auditory areas TC (= primary auditory area), TB, and TA. Both hemispheres from nine neurologically normal subjects and from four patients with subacute or chronic stroke were included. In normal brains, GABAA receptor subunit (α1, α2, & β2/3) labeling produced neuropil staining throughout all cortical layers as well as labeling fibers and neurons in layer VI for all auditory areas. Densitometry profiles displayed differences in GABAA subunit expression between primary and non-primary areas. In contrast to the neuropil labeling of GABAA subunits, GABAB1 and GABAB2 subunit immunoreactivity was revealed on neuronal somata and proximal dendritic shafts of pyramidal and non-pyramidal neurons in layers II-III, more strongly on supra- than in infragranular layers. No differences were observed between auditory areas. In stroke cases, we observed a downregulation of the GABAA receptor α2 subunit in granular and infragranular layers, while the other GABAA and the two GABAB receptor subunits remained unchanged. Our results demonstrate a strong presence of GABAA and GABAB receptors in the human auditory cortex, suggesting a crucial role of GABA in shaping auditory responses in the primary and non-primary auditory areas. The differential laminar and area expression of GABAA subunits that we have found in the auditory areas and which is partially different from that in other cortical areas speaks in favor of a fine turning of GABA-ergic transmission in these different compartments. In contrast, GABAB expression displayed laminar, but not areal differences; its basic pattern was also very similar to that of other cortical areas, suggesting a more uniform role within the cerebral cortex. In subacute and chronic stroke, the selective GABAA α2 subunit downregulation is likely to influence postlesional plasticity and susceptibility to medication. The absence of changes in the GABAB receptors suggests different regulation than in other pathological conditions, such as epilepsy, schizophrenia or bipolar disorder, in which a downregulation has been reported. Résumé : GABA, le principal neurotransmetteur inhibiteur, et ses récepteurs jouent un rôle important en tant que modulateur de l'activité neuronale dans le système nerveux central et sont impliqués dans de nombreux désordres neurologiques. Dans cette étude, l'expression des sous-unités des récepteur GABAA et GABAB a été visualisée par immunohistochimie dans les aires auditives du cortex humains: le TC (= aire auditif primaire), le TB, et le TA. Les deux hémisphères de neuf sujets considérés normaux du point de vue neurologique et de quatre patients ayant subis un accident cérébro-vasculaire et se trouvant dans la phase subaiguë ou chronique étaient inclues. Dans les cerveaux normaux, les immunohistochimies contre les sous-unités α1, α2, & β2/3 du récepteur GABAA ont marqué le neuropil dans toutes les couches corticales ainsi que les fibres et les neurones de la couche VI dans toutes les aires auditives. Le profile densitométrique montre des différences dans l'expression des sous-unités du récepteur GABAA entre les aires primaires et non-primaires. Contrairement au marquage de neuropil par les sous-unités du recepteur GABAA, 1'immunoréactivité des sous-unités GABAB1 et GABAB2 a été révélée sur les corps cellulaires neuronaux et les dendrites proximaux des neurones pyramidaux et non-pyramidaux dans les couches II-III et est plus dense dans les couches supragranulaires que dans les couches infragranulaires. Aucune différence n'a été observée entre les aires auditives. Dans des cas lésionnels, nous avons observé une diminution de la sous-unité α2 du récepteur GABAA dans les couches granulaires et infragranulaires, alors que le marquage des autres sous-unités du récepteur GABAA et des deux sous-unités de récepteur GABAB reste inchangé. Nos résultats démontrent une présence forte des récepteurs GABAA et GABAB dans le cortex auditif humain, suggérant un rôle crucial du neurotransmetteur GABA dans la formation de la réponse auditive dans les aires auditives primaires et non-primaires. L'expression différentielle des sous-unités de GABAA entre les couches corticales et entre les aires auditives et qui est partiellement différente de celle observée dans d'autres aires corticales préconise une modulation fine de la transmission GABA-ergic en ces différents compartiments. En revanche, l'expression de GABAB a montré des différences laminaires, mais non régionales ; son motif d'expression de base est également très semblable à celui d'autres aires corticales, suggérant un rôle plus uniforme dans le cortex cérébral. Dans les phases subaiguë et chronique des accidents cérébro-vasculaires, la diminution sélective de la sous-unité α2 du recepteur GABAA est susceptible d'influencer la plasticité et la susceptibilité postlésionnelle au médicament. L'absence de changement pour les récepteurs GABAB suggère que le récepteur est régulé différemment après un accident cerebro-vasculaire par rapport à d'autres conditions pathologiques, telles que l'épilepsie, la schizophrénie ou le désordre bipolaire, dans lesquels une diminution de ces sous-unités a été rapportée.

La psychothérapie en région romande: un regard en arrière, une projection vers l'avant

Les auteurs Valentino Pomini, Yves de Roten et Nicolas Favez dressent le bilan de l'évolution de la psychothérapie en Suisse romande au cours des 25 dernières années. Ils expliquent notamment comment s'est construite la place des psychologues dans le champ de la psychothérapie, et celle des différents courants en psychothérapie, jusqu'au développement d'une collaboration qui tend vers la maturité.

Bacterial flagellin elicits innate immune defenses and cardiac dysfunction in vivo

Résumé Les agents pathogènes responsables d'infection entraînent chez l'hôte deux types de réponses immunes, la première, non spécifique, dite immunité innée, la seconde, spécifique à l'agent concerné, dite immunité adaptative. L'immunité innée, qui représente la première ligne de défense contre les pathogènes, est liée à la reconnaissance par les cellules de l'hôte de structures moléculaires propres aux micro-organismes (« Pathogen-Associated Molecular Patterns », PAMPs), grâce à des récepteurs membranaires et cytoplasmiques (« Pattern Recognition Receptors », PRRs) identifiant de manière spécifique ces motifs moléculaires. Les récepteurs membranaires impliqués dans ce processus sont dénommés toll-like récepteurs, ou TLRS. Lorsqu'ils sont activés par leur ligand spécifique, ces récepteurs activent des voies de signalisation intracellulaires initiant la réponse inflammatoire non spécifique et visant à éradiquer l'agent pathogène. Les deux voies de signalisation impliquées dans ce processus sont la voie des « Mitogen-Activated Protein Kinases » (MAPKs) et celle du « Nuclear Factor kappaB » (NF-κB), dont l'activation entraîne in fine l'expression de protéines de l'inflammation dénommées cytokines, ainsi que certaines enzymes produisant divers autres médiateurs inflammatoires. Dans certaines situations, cette réponse immune peut être amplifiée de manière inadéquate, entraînant chez l'hôte une réaction inflammatoire systémique exagérée, appelée sepsis. Le sepsis peut se compliquer de dysfonctions d'organes multiples (sepsis sévère), et dans sa forme la plus grave, d'un collapsus cardiovasculaire, définissant le choc septique. La défaillance circulatoire du choc septique touche les vaisseaux sanguins d'une part, le coeur d'autre part, réalisant un tableau de «dysfonction cardiaque septique », dont on connaît mal les mécanismes pathogéniques. Les bactéries à Gram négatif peuvent déclencher de tels phénomènes, notamment en libérant de l'endotoxine, qui active les voies de l'immunité innée par son interaction avec un toll récepteur, le TLR4. Outre l'endotoxine, la plupart des bactéries à Gram négatif relâchent également dans leur environnement une protéine, la flagelline, qui est le constituant majeur du flagelle bactérien, organelle assurant la mobilité de ces micro-organismes. Des données récentes ont indiqué que la flagelline active, dans certaines cellules, les voies de l'immunité innée en se liant au récepteur TLRS. On ne connaît toutefois pas les conséquences de l'interaction flagelline-TLRS sur le développement de l'inflammation et des dysfonctions d'organes au cours du sepsis. Nous avons par conséquent élaboré le présent travail en formulant l'hypothèse que la flagelline pourrait déclencher une telle inflammation et représenter ainsi un médiateur potentiel de la dysfonction d'organes au cours du sepsis à Gram négatif, en nous intéressant plus particulièrement àl'inflammation et à la dysfonction cardiaque. Dans la première partie de ce travail, nous avons étudié les effets de la flagelline sur l'activation du NF-κB et des MAPKs, et sur l'expression de cytokines inflammatoires au niveau du myocarde in vitro (cardiomyocytes en culture) et in vivo (injection de flagelline recombinante à des souris). Nous avons observé tout d'abord que le récepteur TLRS est fortement exprimé au niveau du myocarde. Nous avons ensuite démontré que la flagelline active la voie du NF-κB et des MAP kinases (p38 et JNK), stimule la production de cytokines et de chemokines inflammatoires in vitro et in vivo, et entraîne l'activation de polynucléaires neutrophiles dans le tissu cardiaque in vivo. Finalement, au plan fonctionnel, nous avons pu montrer que la flagelline entraîne une dilatation et une réduction aiguë de la contractilité du ventricule gauche chez la souris, reproduisant les caractéristiques de la dysfonction cardiaque septique. Dans la deuxième partie, nous avons déterminé la distribution du récepteur TLRS dans les autres organes majeurs de la souris (poumon, foie, intestin et rein}, et avons caractérisé dans ces organes l'effet de la flagelline sur l'activation du NF-κB et des MAPKs, l'expression de cytokines, et l'induction de l'apoptose. Nous avons démontré que le TLRS est exprimé de façon constitutive dans ces organes, et que l'injection de flagelline y déclenche les cascades de l'immunité innée et de processus apoptotiques. Finalement, nous avons également déterminé que la flagelline entraîne une augmentation significative de multiples cytokines dans le plasma une à six heures après son injection. En résumé, nos données démontrent que la flagelline bactérienne (a) entraîne une inflammation et une dysfonction importantes du myocarde et (b) active de manière très significative les mécanismes d'immunité innée dans les principaux organes et entraîne une réponse inflammatoire systémique. Par conséquent, la flagelline peut représenter un médiateur puissant de l'inflammation et de la dysfonction d'organes, notamment du coeur, au cours du choc septique déclenché par les bactéries à Gram négatif. Summary Pathogenic microorganisms trigger two kinds of immune responses in the host. The first one is immediate and non-specific and is termed innate immunity, whereas the second one, specifically targeted at the invading agent, is termed adaptative immunity. Innate immunity, which represents the first line of defense against invading pathogens, confers the host the ability to recognize molecular structures common to many microbial pathogens, ("Pathogen-Associated Molecular Patterns", PAMPs), through cytosolic or membrane-associated receptors ("Pattern Recognition Receptors", PRRs), the latter being represented by a family of receptors termed "toll-like receptors or TLRs". Once activated by the binding of their specific ligand, these receptors activate intracellular signaling pathways, which initiate the non-specific inflammatory response aimed at eradicating the pathogens. The two pathways implicated in this process are the mitogen-activated protein kinases (MAPK) and the nuclear factor kappa B (NF-κB) signaling pathways, whose activation elicit in fine the expression of inflammatory proteins termed cytokines, as well as various enzymes producing a wealth of additional inflammatory mediators. In some circumstances, the innate immune response can become amplified and dysregulated, triggering an overwhelming systemic inflammatory response in the host, identified as sepsis. Sepsis can be associated with multiple organ dysfunction (severe sepsis), and in its most severe form, with cardiovascular collapse, defming septic shock. The cardiovascular failure associated with septic shock affects blood vessels as well as the heart, resulting in a particular form of acute heart failure termed "septic cardiac dysfunction ", whose pathogenic mechanisms remain partly undefined. Gram-negative bacteria can initiate such phenomena, notably by releasing lipopolysaccharide (LPS), which activates innate immune signaling by interacting with its specific toll receptor, the TLR4. Besides LPS, most Gram-negative bacteria also release flagellin into their environment, which is the main structural protein of the bacterial flagellum, an appendage extending from the outer bacterial membrane, responsible for the motility of the microorganism. Recent data indicated that flagellin activate immune responses upon binding to its receptor, TLRS, in various cell types. However, the role of flagellin/TLRS interaction in the development of inflammation and organ dysfunction during sepsis is not known. Therefore, we designed the present work to address the hypothesis that flagellin might trigger such inflammatory responses and thus represent a potential mediator of organ dysfunction during Gram-negative sepsis, with a particular emphasis on cardiac inflammation and contractile dysfunction. In the first part of this work, we investigated the effects of flagellin on NF-κB and MAPK activation and the generation of pro-inflammatory mediators within the heart in vitro (cultured cardiomyocytes) and in vivo (injection of recombinant flagellin into mice). We first observed that TLRS protein is strongly expressed by the myocardium. We then demonstrated that flagellin activates NF-κB and MAP kinases (p38 and JNK), upregulates the transcription of pro-inflammatory cytokines and chemokines in vitro and in vivo, and stimulates the activation of polymorphonuclear neutrophils within the heart in vivo. Finally, we demonstrated that flagellin triggers acute cardiac dilation, and a significant reduction of left ventricular contractility, mimicking characteristics of clinical septic cardiac dysfunction. In the second part, we determined the TLRS distribution in other mice major organs (lung, liver, gut and kidney) and we characterized in these organs the effects of flagellin on NF-κB and MAPK activation, on the expression of pro-inflammatory çytokines, and on the induction of apoptosis. We demonstrated that TLRS protein is constitutively expressed and that flagellin activates prototypical innate immune responses and pro-apoptotic pathways in all these organs. Finally, we also observed that flagellin induces a significant increase of multiple cytokines in the plasma from 1 to 6 hours after its intravenous administration. Altogether, these data provide evidence that bacterial flagellin (a) triggers an important inflammatory response and an acute dysfunction of the myocardium, and (b) significantly activates the mechanisms of innate immunity in most major organs and elicits a systemic inflammatory response. In consequence, flagellin may represent a potent mediator of inflammation and multiple organ failure, notably cardiac dysfunction, during Gram-negative septic shock.