Study of drug tolerance mechanisms and of the calcineurin pathway in the opportunistic pathogen "Candida albicans"

ABSTRACT :Azole antifungal drugs possess fungistatic activity in Candida albicans making this human pathogen tolerant to these agents. The conversion of azoles into fungicidal agents is of interest since their fungistatic properties increase the ability of C. albicans to develop drug resistance. In C. albicans, the phosphatase calcineurin (calcineurin) is essential for antifungal drug tolerance. Up to now, the only known target of calcineurin is Crzl, which is a transcription factor (TF) involved in responses to ionic stress. Thus, most of the components of the calcineurin signaling remain to be identified in C. albicans.In this work, the calcineurin pathway was investigated in order to i) characterize the role of calcineurin in the biology of C. albicans, ii) identify putative targets of calcineurin and iii) characterize the phenomenon of tolerance to antifungal drugs. Towards these aims, four different approaches were used.First, using C. albicans microarrays, an attempt was made to identify a set of calcineurindependent genes (CDGs). Since CDGs were highly dependent upon the external stimulus used to activate calcineurin (Ca2+ or terbinafine), this stimulus bias was bypassed by the construction of strains expressing a truncated autoactive form of calcineurin (Cmp1tr) in a doxycyclinedependent manner. The characterization of Cmpltr was undertaken and results showed that it mimicked awild-type activated calcineurin for all tested phenotypes (i.e. Cnbl-dependence, inhibition by FK506, phosphatase 2B activity, ability to dephosphorylate Crzl and to regulate Crz1-and calcineurin-dependent genes, role in antifungal drug tolerance and susceptibility, role in colony formation on Spider agar). Cmp1tr was therefore considered as a valid tool to study the calcineurin signaling pathway. In silico analysis of CDGs allowed the identification of i) a significant overlap between CDGs and genes regulated by the Cyrl signalíng pathway, ii) putative interactions between calcineurin activation and cell wall reorganization and phospholipid transport, iii) a putative interactión between calcineurin and the regulation of translation and iv) a putative relation between calcineurin and proteasome regulation. Further in silico analyses of the promoters of Crz1-independent CDGs were performed to identify TFs (other than Crz1) that were likely to regulate CDGs and therefore to be a direct target of calcineurin. The analyses revealed that Rpn4 and Mnl1 were TFs likely to be regulated by calcineurin.Second, in order to better characterize azole tolerance, an attempt was made to i) confirm the role of Hsp90 in fluconazole tolerance with a doxycycline-dependent Hsp90 expression system and ii) assess its calcineurin-dependence. Hsp90 was found to be significantly involved in fluconazole tolerance. However, results were not in agreement with the hypothesis that Hsp90 mediates fluconazole tolerance by the only downstream effector calcineurin. Rather Hsp90 is interacting with numerous components for fluconazole tolerance.Third, a collection of C. albicans TFs mutants were screened for loss of tolerance to terbinafine and fluconazole in order to identify TFs involved in antifungal drug tolerance. Out of the 265 TFs mutants screened, only the upc2Δ/Δ mutant showed a loss of fluconazole and terbinafine tolerance. Interestingly, no relation between Upc2 and calcineurin activity was found. These results suggested that the tolerance to antifungal drugs must not be only considered as a calcineurin-dependent phenomenon in C. albicans.Fourth, using FRCS analyses, an attempt was made to identify putative signs of programmed cell death (PCD) in calcineurin mutant cells upon loss of tolerance to terbinafine. A high proportion of cells died from both RO5-dependent (which is a sign of PCD) and ROS-independent (which is a sign of loss of homeostasis) processes in the calcineurin mutant. While these results suggest that calcineurin represses both loss of homeostasis and PCD, the role of calcineurin in PCD is still an open question.In conclusion, this work allowed i) the identification of several putative calcineurin targets, ii) the discovery of several links between calcineurin and signaling pathways and important biological processes and iii) the identification of novel components of calcineurin-independent mechanisms that participate in tolerance to antifungal drugs in C. albicans.RÉSUME :Les azoles sont des antifongiques qui présentent une activité fongistatique contre Candida albicans et rendent cette levure tolérante à ces agents. La conversion des azoles en agents fongicides est d'intérêts car leurs propriétés fongistatiques favorisent le développement de résistance aux drogues chez C. albicans. La calcineurine (calcineurin) est une phosphatase essentielle pour la tolérance aux antifongiques chez C. albicans. La seule cible connue de la calcineurin est Crz1, un facteur de transcription (FT) impliqué dans la réponse aux stress ionique. Ainsi, la plupart des constituants de la voie de signalisation de la calcineurin restent encore à être identifiés chez C. albicans.Dans ce travail de thèse, la voie de signalisation de la calcineurin a été étudiée de sorte à i) caractériser le rôle de la calcineurin dans la biologie de C. albicans, ii) identifier de nouvelles cibles de la calcineurin et iii) caractériser le phénomène de tolérance aux antifongiques. A ce propos, quatre approches ont été entreprises.Premièrement, des puces à ADN de C. albicans ont été utilisées afin d'identifier les gènes dépendants de la calcineurin (GDCs). Les GDCs étant étroitement dépendants du stimulus utilisé pour activer la calcineurin, le biais «stimulus» a été évité via la construction d'une souche exprimant une forme tronquée et autoactive de la calcineurin (Cmp1tr), en présence de doxycycline. La caractérisation de Cmp1tr a été entreprise et les résultats ont montré qu'elle mimait une calcineurin sauvage et activée pour la plupart des phénotypes testés (i.e. dépendance à Cnb1, inhibition par le FK506, activité phosphatase 2B, déphosphorylation de Crz1 et régulation de gènes dépendant de la calcineurin, rôle dans la tolérance et la susceptibilité aux antifongiques, rôle dans la formation des colonies sur milieu Spider). Cmp1tr a donc été considéré comme un outil pertinent pour l'étude de la voie de signalisation de la calcineurin. Les analyses in silico des GDCs ont permis l'identification i) d'un chevauchement entre les GDCs èt les gènes régulés par la voie de signalisation de Cyrl, ii) d'une interaction entre la calcineurin et la réorganisation de la paroi cellulaire ainsi que le transport des phospholipides, iii) d'une interaction entre calcineurin et la régulation de la traduction et iv) une relation entre la calcineurin et la régulation du protéasome. De plus, une analyse in silico des promoteurs des GDCs avec une régulation indépendante de Crz1 a permis d'identifier deux FTs qui pourraient être des cibles directes de la calcineurin, Rpn4 et Mnll.Deuxièmement, afin de caractériser la tolérance aux azoles, il a été entrepris i) de confirmer le rôle de Hsp90 dans la tolérance au fluconazole en utilisant un système d'expression dépendant de la doxycycline et ii) de caractériser sa dépendance à la calcineurin. Hsp90 a été montré impliqué dans la tolérance aux azoles. Cependant, les résultats n'ont pas corroboré une hypothèse expliquant le rôle d'Hsp90 dans la tolérance aux antifongiques par son unique. interaction avec la calcineurin. Il a été proposé que le rôle d'Hsp90 dans la tolérance aux antifongiques soit dû à ces multiples interactions avec le protéome de C. albicans plutôt que par son interaction avec un partenaire unique.Troisièmement, une collection de mutant pour des FTs de C. albicans a été criblée pour une perte de tolérance au fluconazole ou à la terbinafine, de sorte à identifier les FTs impliqués dans la tolérance aux antifongiques. Sur les 265 FTs passés au crible, seul le mutant upc2Δ/Δ a montré une perte de tolérance au fluconazole et à la terbinafine. Aucune relation n'a été trouvée entre la calcineurin et l'activité d'Upc2. Ces résultats suggèrent que la perte de tolérance aux antifongiques ne doit pas être considérée comme un phénomène exclusivement lié à la voie de signalisation de la calcineurin.Quatrièmement, en utilisant la cytométrie de flux, la présence de signes de mort cellulaire programmée (MCP) a été recherchée lors de la perte de tolérance du mutant calcineurin incubé avec de la terbinafine. Une grande proportion de cellules mortes incluant ou non une production de ROS (un signe de MCP) a été détectée dans le mutant calcineurin. Ces résultats préliminaires suggèrent que la calcineurin réprime autant la perte d'homéostasie qu'elle régule l'entrée en MCP. Cependant d'autres analyses sont nécessaires pour démontrer clairement le rôle de la calcineurin dans la régulation de la MCP.En conclusion, ce travail de thèse a permis i) l'identification de plusieurs cibles possibles de la calcineurine, ii) la découverte de plusieurs interactions entre la calcineurine et d'autres voies de signalisation et processus biologiques importants et iii) de démontrer la présence de voies indépendantes de la calcineurine impliquées dans la tolérance aux antifongiques chez C. albicans.

Ultrastructural and molecular analysis of Bowman's layer corneal dystrophies: an epithelial origin?

PURPOSE: Two mutations (R555Q and R124L) in the BIGH3 gene have been described in anterior or Bowman's layer dystrophies (CDB). The clinical, molecular, and ultrastructural findings of five families with CDB was reviewed to determine whether there is a consistent genotype:phenotype correlation. METHODS: Keratoplasty tissue from each patient was examined by light and electron microscopy (LM and EM). DNA was obtained, and exons 4 and 12 of BIGH3 were analyzed by polymerase chain reaction and single-stranded conformation polymorphism/heteroduplex analysis. Abnormally migrating products were analyzed by direct sequencing. RESULTS: In two families with type I CDB (CDBI), the R124L mutation was defined. There were light and ultrastructural features of superficial granular dystrophy and atypical banding of the "rod-shaped bodies" ultrastructurally. Patients from three families with "honeycomb" dystrophy were found to carry the R555Q mutation and had characteristic features of Bowman's dystrophy type II (CDBII). CONCLUSIONS: There is a strong genotype:phenotype correlation among CBDI (R124L) and CDBII (R555Q). LM and EM findings suggest that epithelial abnormalities may underlie the pathology of both conditions. The findings clarify the confusion over classification of the Bowman's layer dystrophies.

Traçologie: la trace, vecteur fondamental de la police scientifique

Les développements technologiques et la spécialisation des laboratoires de police scientifique et de science forensique éloignent de plus en plus les spécialistes de leur objet d'étude: la trace comme vestige, avec toutes les difficultés associées à son caractère unique, non contrôlé qui lui donnent la dimension d'une recherche historique plus qu'expérimentale. Pour paraphraser Kirk (Kirk 1963), la discipline qui touche à l'exploitation des traces fait appel à une pléthore de moyens techniques, mais manque cruellement de recherches et de développements fondamentaux. Cela se reflète d'ailleurs dans l'absence de rigueur quant au vocabulaire utilisé et une confusion dans la nomenclature, par exemple entre l'empreinte (référent) et la trace, l'échantillon (statistiquement sélectionné) et le spécimen, l'analyse, qui n'est pas que chimique, la contamination et la pollution. Ce manque de rigueur traverse la littérature scientifique et cet essai vise à clarifier la terminologie et à proposer un emploi sémantique strict du vocabulaire et des notions de base qui touchent aux fondements de la discipline.

Modèle et application pour la génération automatique de parcours d'apprentissage personnalisés à partir de sources de confiance

Résumé Lors d'une recherche d'information, l'apprenant est très souvent confronté à des problèmes de guidage et de personnalisation. Ceux-ci sont d'autant plus importants que la recherche se fait dans un environnement ouvert tel que le Web. En effet, dans ce cas, il n'y a actuellement pas de contrôle de pertinence sur les ressources proposées pas plus que sur l'adéquation réelle aux besoins spécifiques de l'apprenant. A travers l'étude de l'état de l'art, nous avons constaté l'absence d'un modèle de référence qui traite des problématiques liées (i) d'une part aux ressources d'apprentissage notamment à l'hétérogénéité de la structure et de la description et à la protection en terme de droits d'auteur et (ii) d'autre part à l'apprenant en tant qu'utilisateur notamment l'acquisition des éléments le caractérisant et la stratégie d'adaptation à lui offrir. Notre objectif est de proposer un système adaptatif à base de ressources d'apprentissage issues d'un environnement à ouverture contrôlée. Celui-ci permet de générer automatiquement sans l'intervention d'un expert pédagogue un parcours d'apprentissage personnalisé à partir de ressources rendues disponibles par le biais de sources de confiance. L'originalité de notre travail réside dans la proposition d'un modèle de référence dit de Lausanne qui est basé sur ce que nous considérons comme étant les meilleures pratiques des communautés : (i) du Web en terme de moyens d'ouverture, (ii) de l'hypermédia adaptatif en terme de stratégie d'adaptation et (iii) de l'apprentissage à distance en terme de manipulation des ressources d'apprentissage. Dans notre modèle, la génération des parcours personnalisés se fait sur la base (i) de ressources d'apprentissage indexées et dont le degré de granularité en favorise le partage et la réutilisation. Les sources de confiance utilisées en garantissent l'utilité et la qualité. (ii) de caractéristiques de l'utilisateur, compatibles avec les standards existants, permettant le passage de l'apprenant d'un environnement à un autre. (iii) d'une adaptation à la fois individuelle et sociale. Pour cela, le modèle de Lausanne propose : (i) d'utiliser ISO/MLR (Metadata for Learning Resources) comme formalisme de description. (ii) de décrire le modèle d'utilisateur avec XUN1 (eXtended User Model), notre proposition d'un modèle compatible avec les standards IEEE/PAPI et IMS/LIP. (iii) d'adapter l'algorithme des fourmis au contexte de l'apprentissage à distance afin de générer des parcours personnalisés. La dimension individuelle est aussi prise en compte par la mise en correspondance de MLR et de XUM. Pour valider notre modèle, nous avons développé une application et testé plusieurs scenarii mettant en action des utilisateurs différents à des moments différents. Nous avons ensuite procédé à des comparaisons entre ce que retourne le système et ce que suggère l'expert. Les résultats s'étant avérés satisfaisants dans la mesure où à chaque fois le système retourne un parcours semblable à celui qu'aurait proposé l'expert, nous sommes confortées dans notre approche.

To Monty Kier, a friendly tribute.

In 2008 we published the first set of guidelines for standardizing research in autophagy. Since then, research on this topic has continued to accelerate, and many new scientists have entered the field. Our knowledge base and relevant new technologies have also been expanding. Accordingly, it is important to update these guidelines for monitoring autophagy in different organisms. Various reviews have described the range of assays that have been used for this purpose. Nevertheless, there continues to be confusion regarding acceptable methods to measure autophagy, especially in multicellular eukaryotes. A key point that needs to be emphasized is that there is a difference between measurements that monitor the numbers or volume of autophagic elements (e.g., autophagosomes or autolysosomes) at any stage of the autophagic process vs. those that measure flux through the autophagy pathway (i.e., the complete process); thus, a block in macroautophagy that results in autophagosome accumulation needs to be differentiated from stimuli that result in increased autophagic activity, defined as increased autophagy induction coupled with increased delivery to, and degradation within, lysosomes (in most higher eukaryotes and some protists such as Dictyostelium) or the vacuole (in plants and fungi). In other words, it is especially important that investigators new to the field understand that the appearance of more autophagosomes does not necessarily equate with more autophagy. In fact, in many cases, autophagosomes accumulate because of a block in trafficking to lysosomes without a concomitant change in autophagosome biogenesis, whereas an increase in autolysosomes may reflect a reduction in degradative activity. Here, we present a set of guidelines for the selection and interpretation of methods for use by investigators who aim to examine macroautophagy and related processes, as well as for reviewers who need to provide realistic and reasonable critiques of papers that are focused on these processes. These guidelines are not meant to be a formulaic set of rules, because the appropriate assays depend in part on the question being asked and the system being used. In addition, we emphasize that no individual assay is guaranteed to be the most appropriate one in every situation, and we strongly recommend the use of multiple assays to monitor autophagy. In these guidelines, we consider these various methods of assessing autophagy and what information can, or cannot, be obtained from them. Finally, by discussing the merits and limits of particular autophagy assays, we hope to encourage technical innovation in the field.

La prise en compte de la masse successorale étrangère en droit successoral suisse : étude de droit suisse et de droit comparé

Introduction : A l'heure de la mondialisation, bon nombre de relations juridiques connaissent des imbrications internationales, raison pour laquelle l'importance du droit international privé s'en trouve accrue. L'extension de l'Union européenne témoigne actuellement de la mobilité grandissante des personnes. Par le biais des accords bilatéraux, la Suisse est, dans certains domaines, directement concernée par cet espace communautaire et la règlementation européenne y relative. Nous pensons notamment aux accords de Schengen en vertu desquels la Suisse se trouve confrontée à un flux migratoire sensiblement plus important que par le passé. Sur le plan patrimonial, la principale conséquence de cette mobilité est celle de la dispersion du patrimoine des personnes sur le territoire de plusieurs Etats. En effet, la libre circulation des personnes et les facilités d'établissement dans les Etats occidentaux conduisent bon nombre d'individus à quitter leur Etat d'origine pour aller travailler et se domicilier dans un autre Etat. Ce simple cheminement a alors souvent pour effet de répartir le patrimoine du migrant entre son Etat d'origine et son Etat de domicile. Plus généralement, la liberté économique, produit essentiel du capitalisme, permet à une personne, tout en restant domiciliée dans son Etat d'origine, de placer une partie de ses biens dans un autre Etat que son Etat de domicile. Si l'existence d'un patrimoine éparpillé est certes une problématique relativement complexe du vivant de la personne, notamment en matière de droit fiscal, la transmission dudit patrimoine en matière successorale constitue un véritable casse-tête en droit civil. La présente thèse de doctorat a donc pour objet général l'observation et l'analyse du règlement des successions internationales supposant l'application du droit suisse et/ou la compétence des autorités suisses. A la lecture du livre troisième du Code civil suisse (article 457-640 CC), le règlement de la succession d'un défunt est un processus parfaitement réglé qui, s'il soulève encore un certain nombre de questions subtiles à l'instar de tous les domaines du droit, ne pose pas de problèmes fondamentaux auxquels le praticien pourrait se heurter. Selon l'art. 538 CC, la succession d'une personne s'ouvre à son dernier domicile, ce qui laisse penser que le droit successoral matériel suisse s'applique à quiconque est domicilié en Suisse. Toutefois, le droit successoral matériel prévu dans le Code civil suisse concerne avant tout les successions dites nationales, à savoir les successions de personnes décédées en étant domiciliées en Suisse et dont l'ensemble du patrimoine est situé en Suisse. Il n'est ainsi nullement fait mention d'une éventuelle prise en compte des facteurs tels que la nationalité du défunt ou le lieu de situation des biens extants. Pourtant, bien avant l'adoption du Code civil suisse, le législateur suisse a pris en compte les facteurs susmentionnés en adoptant des législations propres au droit des conflits de lois. L'actuelle réglementation suisse du droit des conflits est contenue dans la Loi fédérale du 18 décembre 1987 sur le droit international privé, dans laquelle les successions internationales font l'objet des articles 86 à 96 LDIP. Dès lors, malgré l'art. 538 CC et l'interprétation du champ d'application des art. 457-640 CC qui en découle, force est d'admettre que, au regard des art. 90 et 91 LDIP, le champ d'application du droit matériel successoral suisse ne dépend pas toujours du domicile du défunt en Suisse. Au contraire, celui-ci peut aussi résulter de la nationalité suisse du défunt ainsi que d'autres critères utilisés par le droit international privé d'un Etat étranger. Ainsi, il ressort des dispositions de la LDIP que les critères de rattachement ne sont pas immuables, en ce sens que le défunt étranger, domicilié en Suisse, peut choisir son droit national pour le règlement de sa succession et que le défunt suisse, domicilié à l'étranger, peut choisir le droit suisse pour le règlement d'une partie ou de la totalité de sa succession. Dès lors, au décès d'une personne, le premier réflexe du juriste suisse doit être de déterminer - la localisation du dernier domicile du défunt ; - la nationalité du défunt ; - la localisation des biens successoraux. Lorsque l'un de ces éléments se rattache à un Etat étranger, le juriste suisse est amené à constater' le caractère international de la succession. Si les critères de rattachement du droit des conflits de chaque Etat partie à la succession coïncident, la succession internationale peut être réglée sous l'empire d'une seule et même loi, ne soulevant ainsi pas plus de problèmes que le règlement d'une succession nationale. A l'inverse, si les critères de rattachement du droit des conflits de chaque Etat partie à la succession ne s'accordent pas, la succession internationale peut faire l'objet d'une scission successorale, selon laquelle le règlement de la succession d'une personne est soumis à une pluralité d'ordres juridiques. La survenance d'une scission successorale aboutit donc à la coexistence de plusieurs masses successorales chacune régie par un ordre juridique différent. Si ce phénomène a pour effet de mettre en échec les principes d'unité et d'universalité de la succession au profit d'un règlement constellé de la succession entre plusieurs ordres juridiques nationaux, la question se pose de savoir comment harmoniser le règlement de ces différentes masses. Pour répondre à cette interrogation, nous allons effectuer, dans un premier temps, un large tour d'horizon du droit successoral matériel suisse avant d'étudier les art. 86-96 LDIP et les règles de conflits y relatives. Dans un second temps, nous allons confronter les règles de conflit successorales suisses avec les règles de conflit successorales allemande, autrichienne, italienne, française, anglaise et liechtensteinoise afin de constater quelles peuvent être les conséquences de la scission successorale sur les expectatives des héritiers et sur les droits des créanciers. Ces constatations nous amèneront notamment à définir la nature des droits successoraux des héritiers, le rattachement des dettes successorales, ainsi que l'étendue de la responsabilité des héritiers pour le passif successoral. Finalement, nous allons nous efforcer d'imaginer un système de droit matériel suisse pour harmoniser le règlement d'une succession faisant l'objet d'une scission. En effet, après un important travail de droit comparé, nous constaterons que certains ordres juridiques prévoient des règles de droit matériel ou des règles de conflit unilatérales permettant de corriger certains effets provoqués par une scission successorale. L'intitulé de cette étude révèle donc sans équivoque notre volonté de trouver un système permettant d'appréhender les effets de la scission successorale par le biais d'une prise en compte des biens extants dévolus sous l'empire d'une loi étrangère dans le cadre du règlement de la succession en Suisse. Pareille prise en compte étant dictée, à notre sens, par le principe de droit successoral matériel suisse qu'est le principe de l'universalité de la succession.

Adaptively weighted maximum likelihood estimation of discrete distributions

SummaryDiscrete data arise in various research fields, typically when the observations are count data.I propose a robust and efficient parametric procedure for estimation of discrete distributions. The estimation is done in two phases. First, a very robust, but possibly inefficient, estimate of the model parameters is computed and used to indentify outliers. Then the outliers are either removed from the sample or given low weights, and a weighted maximum likelihood estimate (WML) is computed.The weights are determined via an adaptive process such that if the data follow the model, then asymptotically no observation is downweighted.I prove that the final estimator inherits the breakdown point of the initial one, and that its influence function at the model is the same as the influence function of the maximum likelihood estimator, which strongly suggests that it is asymptotically fully efficient.The initial estimator is a minimum disparity estimator (MDE). MDEs can be shown to have full asymptotic efficiency, and some MDEs have very high breakdown points and very low bias under contamination. Several initial estimators are considered, and the performances of the WMLs based on each of them are studied.It results that in a great variety of situations the WML substantially improves the initial estimator, both in terms of finite sample mean square error and in terms of bias under contamination. Besides, the performances of the WML are rather stable under a change of the MDE even if the MDEs have very different behaviors.Two examples of application of the WML to real data are considered. In both of them, the necessity for a robust estimator is clear: the maximum likelihood estimator is badly corrupted by the presence of a few outliers.This procedure is particularly natural in the discrete distribution setting, but could be extended to the continuous case, for which a possible procedure is sketched.RésuméLes données discrètes sont présentes dans différents domaines de recherche, en particulier lorsque les observations sont des comptages.Je propose une méthode paramétrique robuste et efficace pour l'estimation de distributions discrètes. L'estimation est faite en deux phases. Tout d'abord, un estimateur très robuste des paramètres du modèle est calculé, et utilisé pour la détection des données aberrantes (outliers). Cet estimateur n'est pas nécessairement efficace. Ensuite, soit les outliers sont retirés de l'échantillon, soit des faibles poids leur sont attribués, et un estimateur du maximum de vraisemblance pondéré (WML) est calculé.Les poids sont déterminés via un processus adaptif, tel qu'asymptotiquement, si les données suivent le modèle, aucune observation n'est dépondérée.Je prouve que le point de rupture de l'estimateur final est au moins aussi élevé que celui de l'estimateur initial, et que sa fonction d'influence au modèle est la même que celle du maximum de vraisemblance, ce qui suggère que cet estimateur est pleinement efficace asymptotiquement.L'estimateur initial est un estimateur de disparité minimale (MDE). Les MDE sont asymptotiquement pleinement efficaces, et certains d'entre eux ont un point de rupture très élevé et un très faible biais sous contamination. J'étudie les performances du WML basé sur différents MDEs.Le résultat est que dans une grande variété de situations le WML améliore largement les performances de l'estimateur initial, autant en terme du carré moyen de l'erreur que du biais sous contamination. De plus, les performances du WML restent assez stables lorsqu'on change l'estimateur initial, même si les différents MDEs ont des comportements très différents.Je considère deux exemples d'application du WML à des données réelles, où la nécessité d'un estimateur robuste est manifeste : l'estimateur du maximum de vraisemblance est fortement corrompu par la présence de quelques outliers.La méthode proposée est particulièrement naturelle dans le cadre des distributions discrètes, mais pourrait être étendue au cas continu.

Selektive Vertriebssysteme und Belieferungsansprüche ausgeschlossener Händler

7. Kapitel: Thesen - Résumé sous forme de thèse Zusammenfassend lässt sich folgendes Untersuchungsergebnis festhalten: 1. Im Fall Depotkosmetik hätte der Antrag auf Feststellung der Belieferungspflicht als unzulässig abgewiesen werden müssen. Im Rahmen selektiver Vertriebssysteme hat ein kartellrechtswidrig ausgeschlossener Händler kein rechtliches Interesse an der Feststellung seines Belieferungsanspruchs. Das Belieferungsbegehren ist vorrangig im Wege der Leistungsklage durchzusetzen. Der Antrag ist auf Aufnahme in das Vertriebssystem und Abschluss eines entsprechenden Händlervertrages zu richten. 2. Grundlage hierfür ist ein Schadensersatzanspruch aus § 33 Abs. 1, 3 S. 1 GWB i.V.m. Art. 81 Abs. 1 EGV. Durch Aufnahme in das Vertriebssystem und Abschluss eines Händlervertrages wird der diskriminierte Außenseiter so gestellt, wie er bei gleichmäßiger Anwendung der Selektionskriterien stehen würde. Diese Rechtsfolge entspricht der im deutschen Recht vorrangig zu leistenden Naturalrestitution und stellt auf den Zeitpunkt der letzten mündlichen Verhandlung ab. Die für die Aufnahme in das Vertriebssystem und den Abschluss des Händlervertrags erforderlichen Willenserklärungen des Herstellers werden mit der Rechtskraft des Urteils gem. § 904 ZPO fingiert. 3. Aus dem Händlervertrag ergibt sich eine rahmenvertragliche Verpflichtung des Herstellers, die Bestellungen des Händlers entsprechend den Einzelheiten der Vereinbarung zu erfüllen. Soweit dies nicht explizit vereinbart ist, folgt sie aus Treu und Glauben. Die Lieferpflicht des Herstellers bildet die Kehrseite für die Vertriebsbindungen, welche dem Händler auferlegt werden. Kommt der Hersteller seiner Lieferverpflichtung nicht nach, so kann der Händler die Erfüllung seiner Bestellungen zeitnah im Wege eines einstweiligen Verfügungsverfahrens erzwingen. Diese Möglichkeit besteht, solange der Händlervertrag wirksam ist. Eine Kündigung des Händlervertrages ist nur aus wichtigem Grund möglich. Dies ergibt sich aus dem Grundsatz der gleichmäßigen Festlegung und Anwendung der festgesetzten Selektionskriterien, welcher in ständiger Rechtspraxis von den europäischen Wettbewerbsorganen angewandt wird. Im Streitfalle trägt der Hersteller die Beweislast für das Bestehen eines wichtigen Grundes. Daneben hat der Hersteller nur die Möglichkeit, das Vertriebssystem insgesamt zu kündigen. 4. Bei der gerade beschriebenen Vorgehensweise ist der Hauptsacheantrag nicht auf Belieferung über den Zeitpunkt der letzten mündlichen Verhandlung hinaus gerichtet, sondern auf Herstellung der Situation, die zum Zeitpunkt der letzten mündlichen Verhandlung bestehen würde, wenn der Hersteller den klagenden Händler nicht diskriminiert hätte. Die in Rechtsprechung und Literatur streitige Frage, ob der Schutzzweck des Art. 81 EGV auf zukünftige Belieferung gerichtet ist, kann somit dahinstehen. Grundlage für den Belieferungsantrag im Rahmen eines sich anschließenden Verfügungsverfahrens ist die rahmenvertragliche Lieferverpflichtung des Herstellers. Auch hier kommt es nicht auf den Schutzzweck des Art. 81 EGV an. 5. Im übrigen ist der Schutzzweck des Art. 81 EGV entgegen der Auffassung des BGH in der Entscheidung Depotkosmetik auf Belieferung eines im Rahmen selektiver Vertriebssysteme diskriminierten Händlers gerichtet. 6. Ein selektives Vertriebssystem kann sowohl in seiner vertraglichen Ausgestaltung als auch in seiner praktischen Handhabung gegen Art. 81 EGV verstoßen. 7. Ein selektives Vertriebssystem ist in seiner vertraglichen Ausgestaltung vom Tatbestand des Art. 81 Abs. 1 EGV nicht erfasst, wenn es folgende Voraussetzungen erfüllt: Aufgrund der Produktbeschaffenheit muss ein selektives Vertriebssystem erforderlich sein, um die Qualität und den richtigen Gebrauch des Produkts zu gewährleisten. Die Wahl der Wiederverkäufer muss aufgrund objektiver Selektionskriterien qualitativer Natur erfolgen, die sich auf die fachliche Eignung des Wiederverkäufers, seines Personals und seiner sachlichen Ausstattung beziehen. Die Selektionskriterien müssen erforderlich und verhältnismäßig zu einem wettbewerbsfördernden Zweck sein, welcher einen Ausgleich für die mit selektiven Vertriebssystemen verbundenen intra-brand Wettbewerbsbeschränkungen schafft. In solchen Fällen wird allgemein von einer einfachen Fachhandelsbindung gesprochen. B. Unter den genannten Voraussetzungen wird auch ein Totalverbot des Interneteinzelhandels nicht vom Kartellverbot des Art. 81 Abs. 1 EGV erfasst. 9. Ein Vertriebssystem, welches quantitative Selektionskriterien verwendet oder andere Kriterien, die die genannten Voraussetzungen nicht erfüllen, wird vom Verbotstatbestand des Art. 81 Abs. 1 EGV erfasst. Gleichwohl stellt es in seiner vertraglichen Ausgestaltung keinen Wettbewerbsverstoß dar, wenn es in den Anwendungsbereich der Gruppenfreistellungsverordnung 2790/99 fällt. Beschränkungen des Interneteinzelhandels, die das »Wie« des Internetvertriebs betreffen, sind freigestellt. Beschränkungen, die den Interneteinzelhandel ganz oder teilweise verhindern, also das »Ob« des Interneteinzelhandels berühren, sind nicht vom Verbotstatbestand des Art. 81 Abs. 1 EGV freigestellt. Weitergehend ist ein selektives Vertriebssystem im Einzelfall unter den Voraussetzungen des Art. 81 Abs. 3 EGV zulässig. 10. Ein selektives Vertriebssystem, welches in seiner vertraglichen Ausgestaltung gegen Art. 81 EGV verstößt, ist nach Art. 81 Abs. 2 EGV nichtig. Die Parteien sind an die Vertriebsbindungen nicht gebunden und in der Wahl ihrer Vertragspartner frei. Der Außenseiter hat die Möglichkeit zum Querbezug der Ware. An der gleichmäßigen Anwendung dieses bereits in seiner vertraglichen Ausgestaltung kartellrechtswidrigen Vertriebssystems besteht kein Interesse. Ein Anspruch auf Belieferung besteht nur unter den weiteren Voraussetzungen des Art. 82 EGV oder des § 20 Abs. 1 und 2 GWB. 11. Ein in seiner vertraglichen Ausgestaltung zulässiges selektives Vertriebssystem verstößt in seiner praktischen Handhabung gegen Art. 81 EGV, wenn die festgesetzten Selektionskriterien nicht gleichmäßig angewandt werden. 12. Erfolgt die ungleichmäßige Handhabung systematisch auf der Grundlage einer Absprache über wettbewerbswidrige Vertriebspraktiken zwischen allen Systembeteiligten, so ist das Vertriebssystem bereits in seiner vertraglichen Ausgestaltung wettbewerbswidrig. Die Rechtsfolgen sind dann entsprechend zu bestimmen. 13. Erfolgt die ungleichmäßige Handhabung einseitig durch den Hersteller oder auf der Grundlage einer Vereinbarung zwischen einzelnen Systemteilnehmern, so würde die Nichtigkeit des gesamten Vertriebssystems einen Eingriff in die Privatautonomie derjenigen Händler darstellen, die am Wettbewerbsverstoß nicht beteiligt sind. Sie sind in ihrem Vertrauen auf die Wirksamkeit der Händlerverträge schutzwürdig. Aus dem Sanktionscharakter des Art. 81 Abs. 2 EGV folgt dann, dass der Hersteller zur gleichmäßigen Handhabung des Vertriebssystems und zur Belieferung aller qualifizierten Händler verpflichtet ist. 14. Der Grundsatz der gleichmäßigen Anwendung der festgesetzten Selektionskriterien stellt sicher, dass die Marktausschlusswirkungen, welche von der praktischen Handhabung eines selektiven Vertriebssystems ausgehen, nicht über das Maß hinausgehen, welches bei der vertraglichen Ausgestaltung des Vertriebssystems zulässig ist. Er ist das entscheidende Kriterium für die kartellrechtliche Beurteilung eines selektiven Vertriebssystems und bezweckt den Schutz aller am Handel mit dem Systemprodukt interessierten und ausreichend qualifizierten Händler vor einer unzulässigen Marktausgrenzung. Diesem Schutzzweck entsprechend ist er als Verpflichtung des Herstellers zu interpretieren, deren Erfüllung ein diskriminierter Händler einklagen kann. Er konkretisiert den Schutzzweck des Art. 81 EGV im Rahmen selektiver Vertriebssysteme und zwingt zur Belieferung im Falle einer Diskriminierung. 15. Eine Beschränkung des Schadensersatzanspruchs aus § 33 Abs. 1, 3 S. 1 GWB i.V.m. Art. 81 EGV auf Geld würde gegen den Grundsatz des effet utile verstoßen. Ein Belieferungsanspruch beseitigt in unmittelbarer Weise den Verstoß gegen Art. 81 EGV. Ein Anspruch auf Ersatz des Diskriminierungsschadens in Geld ist kaum der Höhe nach substantiierbar. Selbst wenn es gelänge, ihn durchzusetzen, würde er lediglich den Händlerschaden ausgleichen, nicht jedoch den Verbraucherschaden. 16. Sowohl eine Analyse der Gemeinschaftsrechtspraxis zum Tatbestandsmerkmal der Wettbewerbsbeschränkung als auch das Verbotsprinzip des Art. 81 EGV verdeutlicht, dass dem Schutz der Marktzugangsfreiheit im Gemeinschaftsrecht ein besonderer Stellenwert zugemessen wird. Diesem Stellenwert entspricht es, einem kartellrechtswidrig vom Warenbezug ausgeschlossenen Händler einen Belieferungsanspruch zuzugestehen. 17. Das EuG hat sich in der Entscheidung Automec II obiter dafür ausgesprochen, dass nationale Zivilgerichte unter Rückgriff auf ihre Rechtsordnung einen Lieferzwang bei Verstoß gegen Art. 81 EGV aussprechen können. 18. Im Umkehrschluss aus § 611 a Abs. 2 BGB ergibt sich, dass ein Verstoß gegen Art. 81 EGV in Form einer Lieferdiskriminierung nach deutschem Recht einen Kontrahierungszwang zur Folge hat. Die Vorschrift beschränkt den Schadensersatzanspruch eines diskriminierten Arbeitsuchenden auf Geldersatz. § 611 a Abs. 2 BGB beruht auf arbeitsrechtlichen Besonderheiten und stellt eine Ausnahme von dem Grundsatz dar, dass Schadensersatz grundsätzlich in Form der Naturalrestitution zu leisten ist. Besteht die zum Schadensersatz verpflichtende Handlung in der diskriminierenden Verweigerung eines Vertragsabschlusses, so ergibt sich grundsätzlich aus der Verpflichtung zum Schadensersatz in natura die Pflicht zum Abschluss des verweigerten Vertrags. Dies hat der BGH in dem Urteil Cartier-Uhren bestätigt. 19. Aus der Entstehungsgeschichte der 7. GWB-Novelle ergibt sich, dass der deutsche Gesetzgeber die private Kartellrechtsdurchsetzung fördern wollte. Die zivilrechtlichen Folgen von Verstößen gegen Art. 81 EGV richten sich nun ebenso wie bei Verstößen gegen Vorschriften des GWB nach § 33 GWB. Unstreitig ist es, dass die Diskriminierungsfälle des § 20 GWB einen Kontrahierungszwang auslösen. Durch die einheitliche Regelung kommt der Wille des deutschen Gesetzgebers zum Ausdruck, Verstöße gegen Art: 81 EGV mit denselben Zivilrechtsfolgen zu belegen wie Verstöße gegen § 20 GWB. Zudem zwingt das europäische Äquivalenzgebot dazu, eine Lieferdiskriminierung im Rahmen selektiver Vertriebssysteme mit der Rechtsfolge des Kontrahierungszwangs zu belegen. Il est possible de résumer comme suit le résultat de l'analyse: 1. Dans l'affaire Depotkosmetik, la demande visant la constatation de l'obligation de livraison aurait dû être rejetée comme non recevable. Dans le cadre de systèmes de distribution sélective, un distributeur exclu en infraction à la législation sur les cartels n'a aucun intérêt, du point de vue juridique, à faire constater son droit à être approvisionné. La demande d'approvisionnement est à imposer prioritairement par le biais d'une action en exécution de prestation. La demande doit viser à l'intégration dans le système de distribution et à la conclusion d'un contrat de distribution adéquat. 2. Ce constat se base sur le droit à dommages et intérêts découlant de l'article 33, al. 1, 3, phr. 1 GWB (loi allemande sur le maintien de la libre concurrence) en association avec l'art. 81, al. 1 du Traité instituant la Communauté Européenne (TCE). Par son intégration dans le système de distribution et la conclusion d'un contrat de distribution, le distributeur externe discriminé se retrouve dans la position qui eût été la sienne si les critères de sélection avaient été appliqués de manière uniforme. Cette conséquence juridique correspond à la restitution en nature, prioritaire en droit allemand, et se base sur le moment de la dernière négociation verbale. Les déclarations d'intention du fabricant nécessaires à l'intégration au système de distribution et à la conclusion d'un contrat de distribution sont réputées effectives aux termes de l'article 904 ZPO (Code allemand de procédure civile) lorsque le jugement passe en force de chose jugée. 3. Le contrat de distribution stipule pour le fabricant une obligation contractuelle d'honorer les commandes du distributeur conformément aux détails de la convention conclue. En l'absence de convention explicite, ladite obligation découle de la bonne foi. L'obligation de livraison du fabricant représente la contrepartie des restrictions de revente imposées au distributeur. Si le fabricant ne remplit pas son obligation de livraison, le distributeur est en droit de le contraindre à honorer rapidement ses commandes par l'intermédiaire d'une action en référé. Cette possibilité existe pendant toute la durée de validité du contrat de distribution. Toute résiliation du contrat de distributeur requiert un motif grave pour être valable. Ceci résulte du principe de l'uniformité de définition et d'application des critères de sélection fixés, principe appliqué dans la jurisprudence constante des organes européens en matière de concurrence. En cas de litige, la charge de la preuve de l'existence d'un motif grave incombe au fabricant. En l'absence d'un tel motif, le fabricant peut uniquement procéder à la résiliation du système de distribution dans son ensemble. 4. Dans le cas du mode de procédure décrit ci-dessus, le fond du litige ne concerne pas l'approvisionnement au-delà de la date de la dernière négociation verbale, mais vise à rétablir la situation qui aurait existé au moment de la dernière négociation verbale si le fabricant n'avait pas discriminé le distributeur plaignant. La question litigieuse, autant dans la jurisprudence que dans la littérature, de savoir si la protection visée à l'art. 81 du TCE concerne l'approvisionnement futur, n'a donc pas d'impact dans cette affaire. La demande à être approvisionné dans le cadre d'une action en référé consécutive se base sur l'obligation de livraison du fabricant aux termes du contrat. Là encore, la protection visée à l'art. 81 du TCE n'est pas enjeu. 5. Par ailleurs, l'objectif de protection dudit art. 81, contrairement à l'interprétation de la Cour fédérale de justice allemande (BGH) dans son arrêt dans l'affaire Depotkosmetik, vise à l'approvisionnement d'un distributeur discriminé dans le cadre d'un système de distribution sélective. 6. Un système de distribution sélective peut enfreindre l'art. 81 du TCE, tant par les termes du contrat que par son application pratique. 7. Un système de distribution sélective n'est pas concerné dans ses termes contractuels par l'art. 81 sus-mentionné s'il remplit les conditions ci-après: La nature du produit doit requérir un système de distribution sélective pour en garantir la qualité et l'utilisation appropriée. Le choix des revendeurs doit être basé sur des critères de sélection qualitatifs objectifs relatifs à l'aptitude professionnelle du revendeur, à son personnel et à son équipement matériel. Les critères de sélection doivent être nécessaires et appropriés à un objectif visant à favoriser la concurrence, constituant en ceci une compensation pour les restrictions de concurrence internes à la marque, liées au système de distribution sélective. Dans de tels cas de figure, on parle en règle générale d'un «engagement simple » du commerce spécialisé. 8. Dans les conditions sus-mentionnées, l'interdiction de cartels ressortant dudit art. 81 ne s'applique pas dans le cas d'une interdiction totale de distribution sur Internet. 9. Tout système de distribution qui fait appel à des critères de sélection quantitatifs, ou à d'autres critères qui ne satisfont pas aux conditions précitées, est concerné par l'interdiction visée à l'art. 81 al. 1 du TCE. Il ne constitue cependant aucune infraction à la loi sur la concurrence de par ses termes contractuels s'il tombe dans le domaine d'application du règlement d'exemption par catégorie (règlement 2790/99). Les restrictions auxquelles est soumise la distribution par Internet, s'agissant du «comment » de cette distribution, ne sont pas réglementées. Les restrictions empêchant totalement ou partiellement la vente par Internet, et qui concernent par conséquent une autorisation ou interdiction de la distribution sur Internet, ne sont pas exemptées par l'interdiction visée à l'art. 81 al. 1. Au-delà, dans certains cas spécifiques, un système de distribution sélective peut être admissible selon les conditions dudit art. 81 al. 3. 10. Un système de distribution sélective dont les termes contractuels sont contraires à l'art. 81 du TCE est nul est non avenu aux termes dudit article. Les parties contractantes ne sont alors pas liées aux obligations de distribution et peuvent librement choisir leurs partenaires contractuels. Tout commerçant non intégré dans le système peut donc se procurer les produits de manière horizontale. Il n'y a aucun intérêt à appliquer de manière uniforme ce système de distribution dont les termes contractuels enfreignent la législation sur les cartels. Le droit à être approvisionné n'existe que selon les autres conditions de l'art. 82 du TCE ou de l'art. 20 al. 1 et 2 GWB (loi allemande sur le maintien de la libre concurrence). 11. Un système de distribution sélective admissible dans ses termes contractuels enfreint dans la pratique l'art. 81 du TCE, lorsque les critères de sélection fixés ne sont pas appliqués de manière uniforme. 12. Lorsque l'application hétérogène a lieu systématiquement sur la base d'une entente entre tous les participants au système visant à des pratiques de distribution contraires aux règles de libre concurrence, le système de distribution est contraire aux règles la libre concurrence dans ses termes contractuels. Les suites juridiques seront alors à déterminer en fonction de l'infraction. 13. Si l'application hétérogène a lieu unilatéralement de la part du fabricant ou sur la base d'une entente entre quelques participants au système, une nullité de l'ensemble du système de distribution constituerait une atteinte à l'autonomie privée des distributeurs qui ne participent pas aux actes de concurrence déloyale. Ils ont droit à une protection du fait de la confiance qu'ils ont accordée à la validité des contrats de distribution. Le caractère de sanction de l'art. 81 al. 2 du TCE dispose alors que le fabricant soit contraint à appliquer le système de distribution de manière uniforme et d'approvisionner tous les distributeurs qualifiés. 14. Le principe de l'application uniforme des critères de sélection fixés garantit que les effets d'exclusion du marché émanant de l'application pratique d'un système de distribution sélective n'outrepassent pas la mesure admissible dans les termes du contrat de distribution. Cette application uniforme constitue le critère décisif permettant d'évaluer un système de distribution sélective au regard de la législation sur les cartels, et visant à protéger d'une exclusion inadmissible du marché tous les distributeurs suffisamment qualifiés et intéressés par la vente du produit. Suivant cette fonction protectrice, ce principe doit être interprété comme une obligation du fabricant dont tout distributeur discriminé peut réclamer l'exécution. Il concrétise la fonction protectrice de l'art. 81 du TCE dans le cadre de systèmes de distribution sélective, et oblige à l'approvisionnement en cas de discrimination. 15. Toute limitation du droit à dommages et intérêts résultant de l'article 33, al. 1 et 3 phr. 1 GWB (loi allemande sur le maintien de la libre concurrence), en association avec l'art. 81 du TCE, à un dédommagement pécuniaire enfreindrait le principe de l'effet utile. Le droit à être approvisionné élimine de manière directe l'infraction à l'art. 81 du TCE. Il est pratiquement impossible de chiffrer le montant d'un droit à dédommagement pécuniaire pour le préjudice subi du fait de la discrimination. Même s'il était possible de l'obtenir, il compenserait uniquement le préjudice subi par le distributeur, à l'exclusion de celui subi par le consommateur. 16. Autant l'analyse de la pratique du droit communautaire concernant l'élément constitutif de la restriction de la concurrence que le principe d'interdiction de l'art. 81 du TCE mettent en évidence que le droit communautaire accort importance particulière à la protection du libre accès au marché. Il résulte de cette importance qu'il convient d'accorder le droit à être approvisionné distributeur exclu de l'approvisionnement du produit en infraction a~ législation sur les cartels. 17. La Cour européenne a statué dans la décision Automec II orbiter que les tribunaux civils nationaux peuvent, en cas d'infraction à l'art. 81 du TCE, si prononcer en faveur d'une obligation de livraison en se référant à leur législation sur les cartels. 18. Inversement, il découle de l'article 611a, al. 2 du BGB (Code civil aller que toute infraction à l'art. 81 du TCE sous forme de discrimination à l'a visionnement entraîne selon le droit allemand une obligation de contracter. Ledit règlement limite à un dédommagement pécuniaire le droit à dommages intérêts d'un demandeur d'emploi discriminé. L'article 611a, al. 2 du Code allemand est basé sur des particularités du droit du travail et constitue une exception au principe du dédommagement prioritaire sous forme de restitution en nature. Si l'action obligeant au dédommagement consiste en un refus discriminatoire de conclure un contrat, un dédommagement en nature implique l'obligation de signer ledit contrat. Ceci a été confirmé par la Cour fédérale allemande dans le jugement des Montres Cartier. 19. L'historique de la naissance du 7ème amendement de la GWB (loi allemande sur le maintien de la libre concurrence) montre que le législateur allemand souhaitait favoriser l'application privée de la législation sur les cartels. Les suit droit civil d'infractions à l'art. 81 du TCE sont donc les mêmes que dans 1 d'infractions aux règles de la GWB aux termes de l'article 33 GWB. Il est incontesté que les cas de discrimination selon l'article 20 GWB entraînent une obligation de contracter. La réglementation uniformisée exprime la volonté du législateur allemand de poursuivre des infractions à l'art. 81 du TCE avec les mêmes suites de droit civil que les infractions à l'article 20 GWB. Par ailleurs l'injonction européenne d'équivalence prescrit la poursuite de discrimination à l'approvisionnement dans le cadre de systèmes de distribution sélective au moyen de la conséquence juridique de l'obligation de contracter.

Application of low temperature thermochronology to understanding cooling and exhumation in the Central Swiss Alps

THESIS ABSTRACT : Low-temperature thermochronology relies on application of radioisotopic systems whose closure temperatures are below temperatures at which the dated phases are formed. In that sense, the results are interpreted as "cooling ages" in contrast to "formation ages". Owing to the low closure-temperatures, it is possible to reconstruct exhumation and cooling paths of rocks during their residence at shallow levels of the crust, i.e. within first ~10 km of depth. Processes occurring at these shallow depths such as final exhumation, faulting and relief formation are fundamental for evolution of the mountain belts. This thesis aims at reconstructing the tectono-thermal history of the Aar massif in the Central Swiss Alps by means of zircon (U-Th)/He, apatite (U-Th)/He and apatite fission track thermochronology. The strategy involved acquisition of a large number of samples from a wide range of elevations in the deeply incised Lötschen valley and a nearby NEAT tunnel. This unique location allowed to precisely constrain timing, amount and mechanisms of exhumation of the main orographic feature of the Central Alps, evaluate the role of topography on the thermochronological record and test the impact of hydrothermal activity. Samples were collected from altitudes ranging between 650 and 3930 m and were grouped into five vertical profiles on the surface and one horizontal in the tunnel. Where possible, all three radiometric systems were applied to each sample. Zircon (U-Th)/He ages range from 5.1 to 9.4 Ma and are generally positively correlated with altitude. Age-elevation plots reveal a distinct break in slope, which translates into exhumation rate increasing from ~0.4 to ~3 km/Ma at 6 Ma. This acceleration is independently confirmed by increased cooling rates on the order of 100°C/Ma constrained on the basis of age differences between the zircon (U-Th)/He and the remaining systems. Apatite fission track data also plot on a steep age-elevation curve indicating rapid exhumation until the end of the Miocene. The 6 Ma event is interpreted as reflecting tectonically driven uplift of the Aar massif. The late Miocene timing implies that the increase of precipitation in the Pliocene did not trigger rapid exhumation in the Aar massif. The Messinian salinity crisis in the Mediterranean could not directly intensify erosion of the Aar but associated erosional output from the entire Alps may have tapered the orogenic wedge and caused reactivation of thrusting in the Aar massif. The high exhumation rates in the Messinian were followed by a decrease to ~1.3 km/Ma as evidenced by ~8 km of exhumation during last 6 Ma. The slowing of exhumation is also apparent from apatite (U-Th)1He age-elevation data in the northern part of the Lötschen valley where they plot on a ~0.5km/Ma line and range from 2.4 to 6.4 Ma However, from the apatite (U-Th)/He and fission track data from the NEAT tunnel, there is an indication of a perturbation of the record. The apatite ages are youngest under the axis of the valley, in contrast to an expected pattern where they would be youngest in the deepest sections of the tunnel due to heat advection into ridges. The valley however, developed in relatively soft schists while the ridges are built of solid granitoids. In line with hydrological observations from the tunnel, we suggest that the relatively permeable rocks under the valley floor, served as conduits of geothermal fluids that caused reheating leading to partial Helium loss and fission track annealing in apatites. In consequence, apatite ages from the lowermost samples are too young and the calculated exhumation rates may underestimate true values. This study demonstrated that high-density sampling is indispensable to provide meaningful thermochronological data in the Alpine setting. The multi-system approach allows verifying plausibility of the data and highlighting sources of perturbation. RÉSUMÉ DE THÈSE : La thermochronologie de basse température dépend de l'utilisation de systèmes radiométriques dont la température de fermeture est nettement inférieure à la température de cristallisation du minéral. Les résultats obtenus sont par conséquent interprétés comme des âges de refroidissement qui diffèrent des âges de formation obtenus par le biais d'autres systèmes de datation. Grâce aux températures de refroidissement basses, il est aisé de reconstruire les chemins de refroidissement et d'exhumation des roches lors de leur résidence dans la croute superficielle (jusqu'à 10 km). Les processus qui entrent en jeu à ces faibles profondeurs tels que l'exhumation finale, la fracturation et le faillage ainsi que la formation du relief sont fondamentaux dans l'évolution des chaînes de montagne. Ces dernières années, il est devenu clair que l'enregistrement thermochronologique dans les orogènes peut être influencé par le relief et réinitialisé par l'advection de la chaleur liée à la circulation de fluides géothermaux après le refroidissement initial. L'objectif de cette thèse est de reconstruire l'histoire tectono-thermique du massif de l'Aar dans les Alpes suisses Centrales à l'aide de trois thermochronomètres; (U-Th)/He sur zircon, (U-Th)/He sur apatite et les traces de fission sur apatite. Afin d'atteindre cet objectif, nous avons récolté un grand nombre d'échantillons provenant de différentes altitudes dans la vallée fortement incisée de Lötschental ainsi que du tunnel de NEAT. Cette stratégie d'échantillonnage nous a permis de contraindre de manière précise la chronologie, les quantités et les mécanismes d'exhumation de cette zone des Alpes Centrales, d'évaluer le rôle de la topographie sur l'enregistrement thermochronologique et de tester l'impact de l'hydrothermalisme sur les géochronomètres. Les échantillons ont été prélevés à des altitudes comprises entre 650 et 3930m selon 5 profils verticaux en surface et un dans le tunnel. Quand cela à été possible, les trois systèmes radiométriques ont été appliqués aux échantillons. Les âges (U-Th)\He obtenus sur zircons sont compris entre 5.l et 9.4 Ma et sont corrélés de manière positive avec l'altitude. Les graphiques représentant l'âge et l'élévation montrent une nette rupture de la pente qui traduisent un accroissement de la vitesse d'exhumation de 0.4 à 3 km\Ma il y a 6 Ma. Cette accélération de l'exhumation est confirmée par les vitesses de refroidissement de l'ordre de 100°C\Ma obtenus à partir des différents âges sur zircons et à partir des autres systèmes géochronologiques. Les données obtenues par traces de fission sur apatite nous indiquent également une exhumation rapide jusqu'à la fin du Miocène. Nous interprétons cet évènement à 6 Ma comme étant lié à l'uplift tectonique du massif de l'Aar. Le fait que cet évènement soit tardi-miocène implique qu'une augmentation des précipitations au Pliocène n'a pas engendré cette exhumation rapide du massif de l'Aar. La crise Messinienne de la mer méditerranée n'a pas pu avoir une incidence directe sur l'érosion du massif de l'Aar mais l'érosion associée à ce phénomène à pu réduire le coin orogénique alpin et causer la réactivation des chevauchements du massif de l'Aar. L'exhumation rapide Miocène a été suivie pas une diminution des taux d'exhumation lors des derniers 6 Ma (jusqu'à 1.3 km\Ma). Cependant, les âges (U-Th)\He sur apatite ainsi que les traces de fission sur apatite des échantillons du tunnel enregistrent une perturbation de l'enregistrement décrit ci-dessus. Les âges obtenus sur les apatites sont sensiblement plus jeunes sous l'axe de la vallée en comparaison du profil d'âges attendus. En effet, on attendrait des âges plus jeunes sous les parties les plus profondes du tunnel à cause de l'advection de la chaleur dans les flancs de la vallée. La vallée est creusée dans des schistes alors que les flancs de celle-ci sont constitués de granitoïdes plus durs. En accord avec les observations hydrologiques du tunnel, nous suggérons que la perméabilité élevée des roches sous l'axe de la vallée à permi l'infiltration de fluides géothermaux qui a généré un réchauffement des roches. Ce réchauffement aurait donc induit une perte d'Hélium et un recuit des traces de fission dans les apatites. Ceci résulterait en un rajeunissement des âges apatite et en une sous-estimation des vitesses d'exhumation sous l'axe de la vallée. Cette étude à servi à démontrer la nécessité d'un échantillonnage fin et précis afin d'apporter des données thermochronologiques de qualité dans le contexte alpin. Cette approche multi-système nous a permi de contrôler la pertinence des données acquises ainsi que d'identifier les sources possibles d'erreurs lors d'études thermochronologiques. RÉSUMÉ LARGE PUBLIC Lors d'une orogenèse, les roches subissent un cycle comprenant une subduction, de la déformation, du métamorphisme et, finalement, un retour à la surface (ou exhumation). L'exhumation résulte de la déformation au sein de la zone de collision, menant à un raccourcissement et un apaissessement de l'édifice rocheux, qui se traduit par une remontée des roches, création d'une topographie et érosion. Puisque l'érosion agit comme un racloir sur la partie supérieure de l'édifice, des tentatives de corrélation entre les épisodes d'exhumation rapide et les périodes d'érosion intensive, dues aux changements climatiques, ont été effectuées. La connaissance de la chronologie et du lieu précis est d'une importance capitale pour une quelconque reconstruction de l'évolution d'une chaîne de montagne. Ces critères sont donnés par un retraçage des changements de la température de la roche en fonction du temps, nous donnant le taux de refroidissement. L'instant auquel les roches ont refroidit, passant une certaine température, est contraint par l'application de techniques de datation par radiométrie. Ces méthodes reposent sur la désintégration des isotopes radiogéniques, tels que l'uranium et le potassium, tous deux abondants dans les roches de la croûte terrestre. Les produits de cette désintégration ne sont pas retenus dans les minéraux hôtes jusqu'au moment du refroidissement de la roche sous une température appelée 'de fermeture' , spécifique à chaque système de datation. Par exemple, la désintégration radioactive des atomes d'uranium et de thorium produit des atomes d'hélium qui s'échappent d'un cristal de zircon à des températures supérieures à 200°C. En mesurant la teneur en uranium-parent, l'hélium accumulé et en connaissant le taux de désintégration, il est possible de calculer à quel moment la roche échantillonnée est passée sous la température de 200°C. Si le gradient géothermal est connu, les températures de fermeture peuvent être converties en profondeurs actuelles (p. ex. 200°C ≈ 7km), et le taux de refroidissement en taux d'exhumation. De plus, en datant par système radiométrique des échantillons espacés verticalement, il est possible de contraindre directement le taux d'exhumation de la section échantillonnée en observant les différences d'âges entre des échantillons voisins. Dans les Alpes suisses, le massif de l'Aar forme une structure orographique majeure. Avec des altitudes supérieures à 4000m et un relief spectaculaire de plus de 2000m, le massif domine la partie centrale de la chaîne de montagne. Les roches aujourd'hui exposées à la surface ont été enfouies à plus de 10 km de profond il y a 20 Ma, mais la topographie actuelle du massif de l'Aar semble surtout s'être développée par un soulèvement actif depuis quelques millions d'années, c'est-à-dire depuis le Néogène supérieur. Cette période comprend un changement climatique soudain ayant touché l'Europe il y a environ 5 Ma et qui a occasionné de fortes précipitations, entraînant certainement une augmentation de l'érosion et accélérant l'exhumation des Alpes. Dans cette étude, nous avons employé le système de datation (U-TH)/He sur zircon, dont la température de fermeture de 200°C est suffisamment basse pour caractériser l'exhumation du Néogène sup. /Pliocène. Les échantillons proviennent du Lötschental et du tunnel ferroviaire le plus profond du monde (NEAT) situé dans la partie ouest du massif de l'Aar. Considérés dans l'ensemble, ces échantillons se répartissent sur un dénivelé de 3000m et des âges de 5.1 à 9.4 Ma. Les échantillons d'altitude supérieure (et donc plus vieux) documentent un taux d'exhumation de 0.4 km/Ma jusqu'à il y a 6 Ma, alors que les échantillons situés les plus bas ont des âges similaires allant de 6 à 5.4 Ma, donnant un taux jusqu'à 3km /Ma. Ces données montrent une accélération dramatique de l'exhumation du massif de l'Aar il y a 6 Ma. L'exhumation miocène sup. du massif prédate donc le changement climatique Pliocène. Cependant, lors de la crise de salinité d'il y a 6-5.3 Ma (Messinien), le niveau de la mer Méditerranée est descendu de 3km. Un tel abaissement de la surface d'érosion peut avoir accéléré l'exhumation des Alpes, mais le bassin sud alpin était trop loin du massif de l'Aar pour influencer son érosion. Nous arrivons à la conclusion que la datation (U-Th)/He permet de contraindre précisément la chronologie et l'exhumation du massif de l'Aar. Concernant la dualité tectonique-érosion, nous suggérons que, dans le cas du massif de l'Aar, la tectonique prédomine.

Guidelines for the use and interpretation of assays for monitoring autophagy.

In 2008 we published the first set of guidelines for standardizing research in autophagy. Since then, research on this topic has continued to accelerate, and many new scientists have entered the field. Our knowledge base and relevant new technologies have also been expanding. Accordingly, it is important to update these guidelines for monitoring autophagy in different organisms. Various reviews have described the range of assays that have been used for this purpose. Nevertheless, there continues to be confusion regarding acceptable methods to measure autophagy, especially in multicellular eukaryotes. A key point that needs to be emphasized is that there is a difference between measurements that monitor the numbers or volume of autophagic elements (e.g., autophagosomes or autolysosomes) at any stage of the autophagic process vs. those that measure flux through the autophagy pathway (i.e., the complete process); thus, a block in macroautophagy that results in autophagosome accumulation needs to be differentiated from stimuli that result in increased autophagic activity, defined as increased autophagy induction coupled with increased delivery to, and degradation within, lysosomes (in most higher eukaryotes and some protists such as Dictyostelium) or the vacuole (in plants and fungi). In other words, it is especially important that investigators new to the field understand that the appearance of more autophagosomes does not necessarily equate with more autophagy. In fact, in many cases, autophagosomes accumulate because of a block in trafficking to lysosomes without a concomitant change in autophagosome biogenesis, whereas an increase in autolysosomes may reflect a reduction in degradative activity. Here, we present a set of guidelines for the selection and interpretation of methods for use by investigators who aim to examine macroautophagy and related processes, as well as for reviewers who need to provide realistic and reasonable critiques of papers that are focused on these processes. These guidelines are not meant to be a formulaic set of rules, because the appropriate assays depend in part on the question being asked and the system being used. In addition, we emphasize that no individual assay is guaranteed to be the most appropriate one in every situation, and we strongly recommend the use of multiple assays to monitor autophagy. In these guidelines, we consider these various methods of assessing autophagy and what information can, or cannot, be obtained from them. Finally, by discussing the merits and limits of particular autophagy assays, we hope to encourage technical innovation in the field.

The mechanisms of centriole biogenesis

Résumé : Le centrosome contient une paire de centrioles entourée par du matériel péricentriolaire (PCM) et cet ensemble constitue le centre organisateur des microtubules de la majorité des cellules animales. Tout comme l'ADN, 1'unique centrosome présent au début du cycle cellulaire est dupliqué une et une seule fois pour former deux centrosomes qui vont orchestrer la mise en place du fuseau mitotique. La duplication du centrosome doit être soumise à une régulation précise car la présence d'un seul ou de plus de deux centrosomes peut entraîner la formation d'un fuseau mitotique aberrant, la mauvaise ségrégation des chromosomes et l'aneuploïdie. Bien que la duplication des centrioles soit un phénomène clé pour la duplication du centrosome lui-même, les mécanismes impliqués dans la formation des centrioles sont peu connus et constituent une importante question de biologie cellulaire. Dans cette thèse, nous nous sommes concentrés sur l'analyse de HsSAS-6. Nous avons trouvé que cette protéine est nécessaire pour la formation d'un centriole et qu'elle est localisée spécifiquement à la base des nouveaux centrioles formés. Les niveaux de HsSAS-6 oscillent pendant le cycle cellulaire : la protéine est absente en G1, commence à s'accumuler au niveau du centriole et dans le cytoplasme dès le début de la phase S de synthèse et disparaît abruptement pendant l'anaphase, où probablement APC/CCdlh1 la dirige vers une dégradation par le protéasome 26S. Il est important de noter que la surexpression de HsSAS-6 entraîne la formation de multiples centrioles au lieu d'un seul, ce qui indique que les niveaux de HsSAS-6 déterminent le nombre de centrioles formés. En plus de HsSAS-6, nous avons aussi étudié la lignée mutante sas-2 de C. elegans qui quelques fois assemble un fuseau multi-polaire dans l'embryon à une cellule. Nous avons montré que ce phénotype est la conséquence de la présence de multiples centrioles dans les cellules du sperme. Enfin, nous avons aussi préparé une palette de vecteurs compatibles avec le système Gateway pour permettre la génération rapide de lignées cellulaires humaines exprimant des protéines de manière inductible. De plus, nous avons commencé à développer une méthode pour évaluer la duplication des centrioles par le biais d'une plateforme de criblage d'une librairie de siRNA humains. Dans l'ensemble, notre travail a pu apporter une nouvelle compréhension du processus de duplication des centrioles et a contribué au développement de nouveaux outils de recherche de ce processus. Summary : Centrosomes contain a pair of centrioles surrounded by pericentriolar material (PCM) and serve as the main microtubule organizing centers (MTOCs) of most animal cells. Just like the DNA, the single centrosome present early in the cell cycle duplicates once and only once to give rise to two centrosomes which will then direct assembly of a bipolar spindle. Centrosome duplication must be precisely regulated because the presence of either one or more than two centrosomes can lead to the assembly of an aberrant spindle, chromosome missegregation and aneuploidy. Although duplication of centrioles is key for that of the entire centrosome, the mechanisms underlying centriole formation are poorly understood and represent an important question in cell biology. In this thesis, we focused on the analysis of HsSAS-6. We found that this protein is required for centriole formation and that it is localized specifically at the base of newly forming centrioles. The levels of HsSAS-6 oscillate across the cell cycle. The protein is absent during G1, starts to accumulate at the centriole and in the cytoplasm at the onset of S phase and disappears abruptly during anaphase when it is targeted for 26S proteasome dependent degradation probably by the APC/CCdh1. Importantly, overexpression of HsSAS-6 leads to the formation of multiple centrioles instead of just one, indicating that levels of HsSAS-6 determine the number of centrioles at each cell cycle. Besides HsSAS-6 that is the main focus of this thesis, we have also investigated the C. elegans mutant strain sas-2, which sometimes assembles a multipolar spindle in the one cell stage embryo. We have shown that this phenotype derives from the presence of multiple centrioles in sperm cells. Moreover, we prepared a set of Gateway compatible vectors for fast generation of human cell lines with inducible protein expression. Finally, we started to develop an assay for centriole duplication that can be used in a high throughput setting for screening of human siRNA libraries. Taken together, our work brought novel insights into the process of centriole duplication and lead to the development of new tools for further investigation of this process.

Laparoscope use and surgical site infections in digestive surgery

Rapport de synthèse : But: comparer les taux d'infections du site chirurgical (ISC) en fonction de la voie d'abord, ouverte ou laparoscopique, pour 3 procédures : l'appendicectomie, la cholécystectomie et la colectomie. Evaluer l'effet de la laparoscopie sur l'ISC pour ces trois interventions. Contexte : la laparoscopie est associée à de nombreux avantages par rapport à la chirurgie ouverte. Parmi ceux-ci, des taux inférieurs d'ISC ont été rapportés lors de laparoscopie. Ceci a été décrit en particulier lors de cholécystectomie. Mais des biais tels que le manque de suivi après la sortie de l'hôpital, et certains facteurs confondants, auraient pu contribuer à l'observation de différences entre ces deux techniques. Méthode : étude descriptive basée sur des données collectées entre mars 1998 et décembre 2004 de manière prospective dans le cadre d'un programme de surveillance des ISC dans 8 hôpitaux suisses. Ce programme comportait un suivi standardisé après le départ de l'hôpital. Les taux d'ISC ont été comparés après interventions faites par laparoscopie et chirurgie ouverte. Différents paramètres pouvant influencer la survenue d'une infection ont été identifiés en utilisant des modèles de régression logistiques. Résultats : les taux d'ISC après interventions par laparoscopie et par voie ouverte ont été respectivement de 59/1051 (5.6%) versus 117/1417 (8.3%) après appendicectomie (p = 0.01), 46/2606 (1.7%) versus 35/144 (7.9%) après cholécystectomie (p < 0.0001), et 35/311 (11.3%) versus 400/1781 (22.5%) après colectomie (p < 0,0001). Après ajustement, les interventions par laparoscopie étaient associées à un taux inférieur d'ISC : odds ratio = 0.61 (IC 95% : 0.43 - 0.87) pour l'appendicectomie, 0.27 (0.16 - 0.43) pour la cholécystectomie et 0.43 (0.29 - 0.63) pour la colectomie. Discussion et conclusion : bien que les patients aient quitté plus tôt l'hôpital après une intervention laparoscopique, leur suivi à un mois a été identique, ce qui a permis d'éviter une sous-estimation des ISC après chirurgie laparoscopique. De plus, l'analyse multivariée a inclus de nombreux facteurs potentiellement confondants, et l'utilisation de la laparoscopie était indépendamment et significativement liée à un effet protecteur à l'égard de l'ISC. La laparoscopie lors d'appendicectomie, cholécystectomie et colectomie semble diminuer le taux d'ISC en comparaison à la même chirurgie pratiquée par voie ouverte. Lorsqu'elle est faisable, cette voie d'abord minimalement invasive devrait être préférée à la chirurgie ouverte.

Phylogeny of shrews (Soricidae) : taxonomic and biogeographic implications

Résumé Les Soricidae sont l'une des plus grandes familles de mammifères avec plus de 300 espèces décrites. Elle a été récemment divisée en trois sous-familles, les Soricidae, qui sont distribuées dans la région Holarctique, les Crocidurinae en Afrique et en Eurasie, et les Myosoricinae en Afrique. La diversité spécifique de cette famille a conduit à des interprétations taxonomiques multiples, qui sont à l'origine de polémiques entre spécialistes, et même les premiers résultats moléculaires ont été fortement contradictoires. Le but de cette thèse est donc d'appliquer des meilleures techniques sur des échantillons mieux ciblés, afin de résoudre les contradictions taxonomiques et comprendre l'histoire de cette famille. Par le biais de marqueurs génétiques mitochondriaux et nucléaires, j'ai étudié: (i) Les relations taxonomiques à différent niveaux hiérarchiques au sein des Soricidae, c'est-à dire, entre les sous-familles, tribus, et genres, ainsi qu'au sein de deux complexes d'espèces largement distribués, et d'une espèce européenne, le but étant d'établir la congruence entre les données génétiques et les interprétations morphologiques classiques. (ii) Les relations biogéographiques, soit l'origine potentielle des différentes sous-familles, tribus, et genres, le nombre d'échanges intercontinentaux, ainsi que la structure phylogéographique à un niveau (péri)-spécifique, afin d'établir l'histoire de la diversification de cette famille. Les analyses combinées d'ADN mitochondrial et nucléaire ont montré un rapport clair entre les taxa à un niveau taxonomique élevé, mettant en évidence les rapports entre les sous-familles, les tribus, et les genres. Bien que Myosorex constitue un groupe monophylétique distinct, sa définition en tant que sous-famille séparée ne peut pas être reconnue. Ainsi, nous proposons d'attribuer un niveau de tribu pour ce clade (inclus dans les Crocidurinae). Nous avons également montré l'inclusion du genre Anourosorex dans les Soricinae et non en position basale dans les Soricidae. Au sein des Crocidurinae, Suncus s'est révélé être paraphylétique, et le genre Diplomesodon devrait être considéré d'un point de vue génétique comme invalide, puisque il se trouve au sein du clade du genre Crocidura. À un niveau taxonomique plus bas, nous avons montré la monophylie de deux complexes d'espèces largement distribués, le groupe de C. suaveolens et de C. olivieri. Néanmoins à l'intérieur de ceux-ci, des différences majeures avec la classification morphologique se sont révélées. Par exemples, C. sibirica n'est pas une espèce valide, les analyses de phylogénie moléculaire ne montrant pas de variations génétiques entre celle-ci et un échantillon de la localité type de C. suaveolens. D'un point de vue biogéographique, les fluctuations climatiques et les activités tectoniques des 20 derniers millions d'années ont fortement influencé la diversité actuelle des Soricidae. À un niveau taxonomique élevé, l'apparition de connexions de terre temporaires entre le Vieux et le Nouveau Monde au Miocène moyen ont mené à plusieurs colonisations indépendantes de l'Amérique par les Soricinae. Celles-ci ónt conduit à une diversification d'une tribu (Notiosoricini), ainsi que de genres (par ex: Cryptotis, Blarina) et d'un sous-genre (Otisorex) endémique au Néarctique. Dans le Vieux Monde, les barrières entre l'Afrique et Eurasie étaient plus perméables, menant à plusieurs échanges bidirectionnels de Crocidurinae. La diversification des clades principaux s'est produite au Miocène, certains clades étant endémiques d'Afrique ou d'Eurasie, tandis que d'autres se sont diversifiés à travers le Vieux Monde. À un niveau spécifique ou péri-spécifique, la fluctuation climatique du Pliocène et les glaciations du Pléistocène ont fortement divisé les populations dans tout le Paléarctique, menant à des entités génétiques distinctes. En Europe, les populations du groupe de C. suaveolens ont été divisées en une lignée Sud-Ouest et une Sud-Est, alors qu'au Proche-Orient et au Moyen-Orient, la diversité de clades est plus importante. En conclusion, mes études ont révélé que du Miocène à nos jours, la diversification des Soricidae a été provoquée par la colonisation de nouveaux habitats (dispersion), ainsi que par l'isolement des populations par diverses barrières (vicariance). Abstract The Soricidae is one of the largest mammalian families with more than 300 species described. It has been recently divided into three subfamilies, the Soricinae, which are distributed in the Holartic region, the Crocidurinae in Africa and Eurasia, and the Myosoricinae in Africa. The specific diversity of this family have led to multiple systematic interpretations and controversies between authors. Fortunately, today, cytotaxonomic, allozymic and molecular studies have permitted to clarify some uncertainties. Nevertheless, the Soricidae remains still poorly known. In this thesis, we aim at understanding with the use of mitochondrial and nuclear markers: (i) the taxonomic relationships at different hierarchical levels within Soricidae, i.e., between the subfamilies, tribes, and genera, as well as within two largely distributed species complexes, and within a European species, the goal being to establish congruence between the genetic data and traditional morphological interpretations; (ii) the biogeographic relationships, especially the potential origin of the different subfamilies, tribes, and genera, the number of transcontinental exchanges, as well as the phylogeographic structure at a (peri)-specific level, in order to establish the history of the genetic diversification of this family. The combined analyses of mitochondrial and nuclear DNA highlight for the first time a clear relationship between taxa at a high taxonomical level, permitting to distinguish the relationships between subfamilies, tribes, and genera. Although Myosorex formed a distinct monophyletic group, its definition as a distinct sub-family cannot be advocated. Thus, we propose to attribute a tribe level for this Glade (included within the Crocidurinae). Additionally, this combination of genes pleads in favour of the inclusion of the genus Anourosorex within the Soricinae and not in a basal position within the Soricidae. Within the Crocidurinae, Suncus appeared to be paraphyletic, and Diplomesodon should be considered from a genetic point of view as invalid, and is presently considered as Crocidura. At a lower taxonomic level, we showed the monophyly of two widely distributed species complexes, the C. suaveolens group and the C. olivieri group. Nevertheless within those, we showed major differences compared to morphological classification. For examples, C. sibirica revealed to not be a valid species, the molecular phylogenetic analyses failed to evidence genetical variations between it and samples of the type locality of C. suaveolens. In a biogeographic point of view, the climatic fluctuations and the tectonic plate activities of the last 20 Myr have strongly influenced the actual diversity of the family. At a high taxonomic level, the successive land bridge connections between the Old and the New World, which occurred during the Middle Miocene, have led to several independent colonisations of America by Soricinae, and a subsequent diversification of endemic Nearctic's tribe (Notiosoricini), genera (e.g. Cryptotis, Blaring) and sub-genus (Otisorex) within the Soricinae. Within the Old World, the barriers between Africa and Eurasia were more permeable, leading to several bidirectional exchanges within the Crocidurinae. The diversification of major clades occurred through the Miocene, some clades being endemic to Africa or Eurasia, whereas others diversified through the Old World. At a species level or a peri-specific level, the Pliocene climatic fluctuation and the Pleistocene glaciations have strongly divided the populations throughout the Palaearctic, leading to well defined genetic entities. In Europe, populations of the C. suaveolens group were split in a classical south-western and south-eastern lineage. In contrast, the Near East and the Middle East reveal many differentiated clades. In conclusion, our studies revealed that, from the Miocene to present, the diversification and speciation events within the Soricidae were caused by natural colonisation of new habitats (dispersion) and isolation of populations by various barriers (vicariance).

Direct visualization of the trimeric structure of the ASIC1a channel, using AFM imaging.

There has been confusion about the subunit stoichiometry of the degenerin family of ion channels. Recently, a crystal structure of acid-sensing ion channel (ASIC) 1a revealed that it assembles as a trimer. Here, we used atomic force microscopy (AFM) to image unprocessed ASIC1a bound to mica. We detected a mixture of subunit monomers, dimers and trimers. In some cases, triple-subunit clusters were clearly visible, confirming the trimeric structure of the channel, and indicating that the trimer sometimes disaggregated after adhesion to the mica surface. This AFM-based technique will now enable us to determine the subunit arrangement within heteromeric ASICs.

L'intégration de la sexualité en consultation gynécologique : discordances entre les perceptions des femmes et celles des gynécologues.

Dès les années 2000, l'Office Fédéral de la Santé Publique recommande aux médecins de premier recours, dont les gynécologues, d'aborder activement la sexualité en consultation, en raison notamment de l'augmentation des infections sexuellement transmissibles asymptomatiques (1ST). Dans le même sens, comme le montrent nombre d'études, plus de 70% des patientes souhaiteraient être interrogées au sujet de leur sexualité en consultation gynécologique. Or, il semble que peu de médecins intègrent systématiquement des questions de sexualité dans leur anamnèse. La revue de la littérature relève que les recherches réalisées à ce jour ont été menées principalement à l'aide de questionnaire selon une perspective naturaliste, qui étudie la sexualité de manière décontextualisée et qui la conçoit comme un invariant biologique et par conséquent universel. Notre objectif est de saisir en profondeur les perceptions et le vécu des gynécologues et des femmes, face à l'intégration de la sexualité en consultation gynécologique. Nous avons adopté une perspective critique en psychologie de la santé (Santiago-Delefosse & Chamberlain, 2008 ; Murray, 2004a ; Lyons & Chamberlain, 2006) qui permet de privilégier d'une part, l'étude de la signification que les sujets donnent à la sexualité dans leur contexte socio-historique et, d'autre part, une vision de l'être humain comprenant des dimensions corporelles, psychologiques et sociétales (Santiago-Delefosse, 2011). Pour ce faire, nous avons utilisé un dispositif de méthodes mixtes en deux phases. Dans la première phase, nous avons mené 21 entretiens semi directifs avec des gynécologues hommes et femmes. Puis, nous avons réalisé 3 groupes focalisés (N=16) avec des femmes âgées de 23 à 65 ans. La seconde phase a consisté à créer un questionnaire, élaboré à partir des résultats de la première phase, afin d'élargir l'expérience de l'intégration de la sexualité en consultation, à une population plus diversifiée de femmes (N=421). Les données récoltées par le biais de ces trois méthodes nous ont permis d'esquisser un modèle présentant les processus en jeu dans la situation de non intégration de la sexualité en consultation gynécologique. Celui-ci relève non seulement des lacunes dans le cursus universitaire de médecine en matière de sexualité, mais également d'importantes discordances entre les gynécologues et les femmes interviewés concernant le rôle du gynécologue, la perception de l'intime, la perception d'introduire le sujet de la sexualité en consultation, ainsi que de la définition même de la sexualité. Nos résultats ouvrent sur des perspectives pratiques pour la consultation gynécologique, ainsi que sur des pistes pour des recherches futures dans l'étude de la sexualité, selon une perspective plus intégrative. -- Since the 2000's, the Swiss Federal Office of Public Health recommended primary care physicians, including gynaecologists, to actively address sexuality issues in consultation, namely because of the increasing incidence of Sexually Transmitted Infections (STI). In line with this, studies have shown that more than 70% of patients would like to be asked about their sexuality by their gynaecologist. However, physicians do not take systematically sexual histories from their patients. Literature in the field has highlighted that most research has been restricted to using questionnaires following a naturalist theoretical perspective according to which sexual behaviour is defined as biologically invariant, hence, universal. Our objective is to deepen understand perceptions from gynaecologists and women with regard to the integration of sexuality in consultations. A critical health psychology approach allows us to consider on the one hand sexuality as a construct that is inseparable from a given socio-historical context. On the other hand, this approach takes into consideration an embodied, social and psychological definition of human beings. Therefore, we used a mixed methods design that included two main research steps : First, we conducted 21 semi-structured interviews with male and female gynaecologists. In this phase, we also led 3 focus groups made up of 16 women aged from 21 to 65. Second, a survey was implemented (N= 421) based on findings stemming from the first phase. This allowed us to further analyse experiences on the integration of sexuality and to extend findings to a more diversified population of women. The data analysis allowed us to create a model that highlights the processes involved in the non integration of sexuality during gynaecological consultation. It shows a lack of training in sexology within medical programs. Moreover, it emphasises the mismatches on perceptions between gynaecologists and women concerning the gynaecologist's role ; intimacy, the issue of whether introducing sexuality topics, and finally, on the actual definition of sexuality itself. Our findings open new research perspectives for the study of sexuality by proposing a more integrative approach. They also provide practical and clinical perspectives concerning consultations in gynaecology.