Naltrexone-assisted rapid methadone discontinuation : a pilot study

Rapport de Synthèse : Un sevrage lent comme méthode élective pour l'interruption de la méthadone est coûteux en termes de temps, le plus souvent associé à un taux élevé d'abandon. Bien que les méthodes ultrarapides de désintoxication des opiacés aient gagné en popularité récemment, elles sont chères et posent les problèmes spécifiques liés aux patients traités par la méthadone. Méthodologie: ont été inclus dans l'étude dix patients en traitement de substitution avec de la méthadone. La dernière dose de méthadone a été administrée le matin même du jour de l'admission, en préalable à l'hospitalisation. Les médicaments suivants ont été administrés le jour suivant l'admission: ondansetron 36mg, ranitidine 40mg, loperamide 8m., clonazepam 4m., promazine 1OOmg, metoclopramide 70mg, naltrexone 5Omg. L'échelle objective de sevrage des opiacés (Objective Opiate Withdrawal Scale) a été appliquée au deuxième, troisième et quatrième jour d'hospitalisation, deux fois par jour, à 8h00 et 18h00. Un suivi a été réalisé sous la forme d'entretiens téléphoniques pendant une semaine, respectivement six mois après la date de sortie de l'hôpital, faisant suite à la désintoxication. Un autre entretient téléphonique a été réalisé dans les six mois suivant le "post-sevrage", avec pour objectif d'investiguer la continuité du traitément, une éventuelle rechute dans l'abus de drogues et une possible réintroduction de la méthadone. Résultats: nous avons pu déterminer quatre groupes de symptômes, sur la base d'une observation de trois jours d'évolution: 1) Les signes typiques du syndrome de sevrage de retrait des opiacés, symptôme de froid et chaud, pilo-érection, anxiété caractérisée par une intensité initiale élevée et une disparition relativement continue. 2) Hyperactivité neurovégétative caractérisée par une intensité initiale élevée et une rapide disparition. 3) Phénomènes neurovégétatifs dont l'intensité s'est maintenue durant toute la période d'observation. 4) Contractions musculaires, insomnies et anorexie, manque d'appétit, réapparaissant chez certains patients au 2ème et au début du 3ème jour. Conclusions: une procédure courte de désintoxication utilisant une dose unique de naltrexone s'avère être une méthode alternative valable pour un sevrage de la méthadone. Cette méthode semble accélérer et écourter la symptomatologie associée au sevrage. Le cours des symptômes peut être interprété comme biphasique. Une première phase de retrait est éminemment caractérisée par tous les symptômes typiques eux-mêmes et probablement induits par la naltrexone. La seconde phase, pour un plus petit nombre de patients, peut être interprétée comme en corrélation avec une concentration de méthadone en diminution significative ultérieurement.

Conservation genetics and population monitoring of the Alpine Salamander (Salamandra Atra) :

SUMMARYIn the context of the biodiversity crisis, amphibians are experiencing the most severe worldwide decline of all vertebrates and are in urgent need of better management. Efficient conservation strategies rely on sound knowledge of the species biology and of the genetic and demographic processes that might impair their welfare. Nonetheless, these processes are poorly understood in amphibians. Delineating population boundaries remains consequently problematic for these species, while it is of critical importance to define adequate management units for conservation. In this study, our attention focused on the alpine salamander (Salamandra atra), a species that deserves much interest in terms of both conservation biology and evolution. This endemic alpine species shows peculiar life-history traits (viviparity, reduced activity period, slow maturation) and has a slow population turnover, which might be problematic for its persistence in a changing environment. Due to its elusive behaviour (individuals spend most of their time underground and are unavailable for sampling), dynamic processes of gene and individuals were poorly understood for that species. Consequently, its conservation status could hardly be reliably assessed. Similarly the fire salamander (Salamandra salamandra) also poses special challenges for conservation, as no clear demarcation of geographical populations exists and dispersal patterns are poorly known. Through a phylogeographic analysis, we first studied the evolutionary history of the alpine salamander to better document the distribution of the genetic diversity along its geographical range. This study highlighted the presence of multiple divergent lineages in Italy together with a clear genetic divergence between populations from Northern and Dinaric Alps. These signs of cryptic genetic differentiation, which are not accounted for by the current taxonomy of the species, should not be neglected for further definition of conservation units. In addition, our data supported glacial survival of the species in northern peripheral glacial réfugia and nunataks, a pattern rarely documented for long-lived species. Then, we evaluated the level of gene flow between populations at the local scale and tested for asymmetries in male versus female dispersal using both field-based (mark-recapture) and genetic approaches. This study revealed high level of gene flow between populations, which stems mainly from male dispersal. This corroborated the idea that salamanders are much better dispersers than hitherto thought and provided a well- supported example of male-biased dispersal in amphibians. In a third step, based on a mark- recapture survey, we addressed the problem of sampling unavailability in alpine salamanders and evaluated its impact on two monitoring methods. We showed that about three quarters of individuals were unavailable for sampling during sampling sessions, a proportion that can vary with climatic conditions. If not taken into account, these complexities would result in false assumptions on population trends and misdirect conservation efforts. Finally, regarding the daunting task of delineating management units, our attention was drawn on the fire salamander. We conducted a local population genetic study that revealed high levels of gene flow among sampling sites. Management units for this species should consequently be large. Interestingly, despite the presence of several landscape features often reported to act as barriers, genetic breaks occurred at unexpected places. This suggests that landscape features may rather have idiosyncratic effects on population structure. In conclusion, this work brought new insights on both genetic and demographic processes occurring in salamanders. The results suggest that some biological paradigms should be taken with caution when particular species are in focus. Species- specific studies remain thus fundamental for a better understanding of species evolution and conservation, particularly in the context of current global changes.RESUMEDans le contexte de la crise de la biodiversité actuelle, les amphibiens subissent le déclin le plus important de tous les vertébrés et ont urgemment besoin d'une meilleure protection. L'établissement de stratégies de conservation efficaces repose sur des connaissances solides de la biologie des espèces et des processus génétiques et démographiques pouvant menacer leur survie. Ces processus sont néanmoins encore peu étudiés chez les amphibiens.Dans cette étude, notre attention s'est portée sur la salamandre noire (Salamandra atra), une espèce endémique des Alpes dont les traits d'histoire de vie atypiques (viviparité, phase d'activité réduite, lent turnover des populations) pourraient la rendre très vulnérable face aux changements environnementaux. Par ailleurs, en raison de son comportement cryptique (les individus passent la plupart de leur temps sous terre) la dynamique des gènes et des individus est mal comprise chez cette espèce. Il est donc difficile d'évaluer son statut de conservation de manière fiable. La salamandre tachetée {Salamandra salamandra), pour qui il n'existe aucune démarcation géographique apparente des populations, pose également des problèmes en termes de gestion. Dans un premier temps, nous avons étudié l'histoire évolutive de la salamandre noire afin de mieux décrire la distribution de sa diversité génétique au sein de son aire géographique. Cela a permis de mettre en évidence la présence de multiples lignées en Italie, ainsi qu'une nette divergence entre les populations du nord des Alpes et des Alpes dinariques. Ces résultats seront à prendre en compte lorsqu'il s'agira de définir des unités de conservation pour cette espèce. D'autre part, nos données soutiennent l'hypothèse d'une survie glaciaire dans des refuges nordiques périglaciaires ou dans des nunataks, fait rarement documenté pour une espèce longévive. Nous avons ensuite évalué la différentiation génétique des populations à l'échelle locale, ce qui a révélé d'important flux de gènes, ainsi qu'une asymétrie de dispersion en faveur des mâles. Ces résultats corroborent l'idée que les amphibiens dispersent mieux que ce que l'on pensait, et fournissent un exemple robuste de dispersion biaisée en faveur des mâles chez les amphibiens. Nous avons ensuite abordé le problème de Γ inaccessibilité des individus à la capture. Nous avons montré qu'environ trois quarts des individus sont inaccessibles lors des échantillonnages, une proportion qui peut varier en fonction des conditions climatiques. Ignoré, ce processus pourrait entraîner une mauvaise interprétation des fluctuations de populations ainsi qu'une mauvaise allocation des efforts de conservation. Concernant la définition d'unités de gestion pour la salamandre tachetée, nous avons pu mettre en évidence un flux de gènes important entre les sites échantillonnés. Les unités de gestion pour cette espèce devraient donc être étendues. Etonnamment, malgré la présence de nombreuses barrières potentielles au flux de gènes, les démarcations génétiques sont apparues à des endroits inattendus. En conclusion, ce travail a apporté une meilleure compréhension des processus génétiques et démographiques en action chez les salamandres. Les résultats suggèrent que certains paradigmes biologiques devraient être considérés avec précaution quand il s'agit de les appliquer à des espèces particulières. Les études spécifiques demeurent donc fondamentales pour une meilleure compréhension de l'évolution des espèces et leur conservation, tout particulièrement dans le contexte des changements globaux actuels.

La pseudo-clivée: étude en linguistique interactionnelle

2. Plan du travail Pour atteindre nos objectifs, notre travail sera essentiellement divisé en trois grandes sections. La première partie nous sert principalement à esquisser notre démarche et les enjeux de notre entreprise, ainsi qu'à la situer au sein d'un cadre théorique - la linguistique interactionnelle - combinant l'analyse grammaticale et l'analyse conversationnelle. Nous procéderons d'abord à une brève description de l'analyse conversationnelle ethnométhodologique, ensuite à celle du courant Interaction and Grammar. Dans le cadre de ces descriptions, nous illustrerons par des exemples les liens entre la grammaire et l'interaction sociale tels qu'ils ont été élaborés dans de nombreuses recherches dans le domaine. Finalement, nous résumerons nos objectifs et nos procédures d'analyse. La deuxième partie consiste essentiellement en une discussion et une problématisation de l'état de la recherche dans la littérature. L'exposé montrera les principaux problèmes que la pseudo-clivée pose aux différents niveaux d'analyse. Nous y traiterons des problèmes de définition et de délimitation de la construction en question au niveau syntaxique et sémantique. Nous enchaînerons avec l'exposé de l'état de la recherche au niveau pragmatique et discursif Cette discussion nous permettra de problématiser à la fois la fonction principale dévolue à la pseudo-clivée et l'établissement de la relation entre forme et fonction. Finalement, nous aborderons certains aspects dont nous ne nous occuperons pas ou seulement partiellement dans notre travail. Le résumé de cette deuxième partie nous servira à récapituler les problèmes soulevés par la pseudo-clivée française. La troisième partie - empirique et analytique - constitue la partie centrale de ce travail. Elle exposera nos résultats à travers l'analyse d'exemples qui exhibent les propriétés typiques des occurrences retenues dans notre corpus. Cette partie est donc consacrée aux formes, aux fonctionnements syntaxico-séquentiels et aux fonctions effectivement rencontrées dans nos données pour aboutir à une description de ses propriétés interactives et à une typologie compatible avec les usages interactifs réels. Après l'exposé de ce qui nous semble le plus typique dans l'usage interactif effectif de la pseudo-clivée par les interlocuteurs, nous nous dirigerons plus particulièrement vers la délimitation et la localisation de notre objet d'analyse, d'une part, par rapport à d'autres constructions (clivées, pseudo-clivées inversées, dislocations à gauche), et d'autre part, par rapport à d'autres unions d'unités qui n'ont pas le statut de construction en usage. Finalement, nous tenterons d'intégrer nos observations dans une description cohérente du "phénomène pseudo-clivé" dans l'usage des locuteurs. De plus, nous présenterons - sur la base de nos résultats - des réponses ou des éléments de réponse aux problématiques soulevées par notre objet d'analyse telles que nous les avons élaborées et discutées dans la partie II de ce travail. Nous terminerons par une discussion sur les apports de notre démarche, ainsi qu'à une évaluation de notre conception spécifique des faits de grammaire, et plus particulièrement d'une construction syntaxique (partie IV). Nous indiquerons des pistes de recherche possibles à suivre en fonction de nos résultats. Parmi d'éventuelles investigations futures, un accent particulier sera mis sur les aspects prosodiques et la recherche comparative.

Evolution of decision-making and learning under fluctuating social environments

The capacity to learn to associate sensory perceptions with appropriate motor actions underlies the success of many animal species, from insects to humans. The evolutionary significance of learning has long been a subject of interest for evolutionary biologists who emphasize the bene¬fit yielded by learning under changing environmental conditions, where it is required to flexibly switch from one behavior to another. However, two unsolved questions are particularly impor¬tant for improving our knowledge of the evolutionary advantages provided by learning, and are addressed in the present work. First, because it is possible to learn the wrong behavior when a task is too complex, the learning rules and their underlying psychological characteristics that generate truly adaptive behavior must be identified with greater precision, and must be linked to the specific ecological problems faced by each species. A framework for predicting behavior from the definition of a learning rule is developed here. Learning rules capture cognitive features such as the tendency to explore, or the ability to infer rewards associated to unchosen actions. It is shown that these features interact in a non-intuitive way to generate adaptive behavior in social interactions where individuals affect each other's fitness. Such behavioral predictions are used in an evolutionary model to demonstrate that, surprisingly, simple trial-and-error learn¬ing is not always outcompeted by more computationally demanding inference-based learning, when population members interact in pairwise social interactions. A second question in the evolution of learning is its link with and relative advantage compared to other simpler forms of phenotypic plasticity. After providing a conceptual clarification on the distinction between genetically determined vs. learned responses to environmental stimuli, a new factor in the evo¬lution of learning is proposed: environmental complexity. A simple mathematical model shows that a measure of environmental complexity, the number of possible stimuli in one's environ¬ment, is critical for the evolution of learning. In conclusion, this work opens roads for modeling interactions between evolving species and their environment in order to predict how natural se¬lection shapes animals' cognitive abilities. - La capacité d'apprendre à associer des sensations perceptives à des actions motrices appropriées est sous-jacente au succès évolutif de nombreuses espèces, depuis les insectes jusqu'aux êtres hu¬mains. L'importance évolutive de l'apprentissage est depuis longtemps un sujet d'intérêt pour les biologistes de l'évolution, et ces derniers mettent l'accent sur le bénéfice de l'apprentissage lorsque les conditions environnementales sont changeantes, car dans ce cas il est nécessaire de passer de manière flexible d'un comportement à l'autre. Cependant, deux questions non résolues sont importantes afin d'améliorer notre savoir quant aux avantages évolutifs procurés par l'apprentissage. Premièrement, puisqu'il est possible d'apprendre un comportement incorrect quand une tâche est trop complexe, les règles d'apprentissage qui permettent d'atteindre un com¬portement réellement adaptatif doivent être identifiées avec une plus grande précision, et doivent être mises en relation avec les problèmes écologiques spécifiques rencontrés par chaque espèce. Un cadre théorique ayant pour but de prédire le comportement à partir de la définition d'une règle d'apprentissage est développé ici. Il est démontré que les caractéristiques cognitives, telles que la tendance à explorer ou la capacité d'inférer les récompenses liées à des actions non ex¬périmentées, interagissent de manière non-intuitive dans les interactions sociales pour produire des comportements adaptatifs. Ces prédictions comportementales sont utilisées dans un modèle évolutif afin de démontrer que, de manière surprenante, l'apprentissage simple par essai-et-erreur n'est pas toujours battu par l'apprentissage basé sur l'inférence qui est pourtant plus exigeant en puissance de calcul, lorsque les membres d'une population interagissent socialement par pair. Une deuxième question quant à l'évolution de l'apprentissage concerne son lien et son avantage relatif vis-à-vis d'autres formes plus simples de plasticité phénotypique. Après avoir clarifié la distinction entre réponses aux stimuli génétiquement déterminées ou apprises, un nouveau fac¬teur favorisant l'évolution de l'apprentissage est proposé : la complexité environnementale. Un modèle mathématique permet de montrer qu'une mesure de la complexité environnementale - le nombre de stimuli rencontrés dans l'environnement - a un rôle fondamental pour l'évolution de l'apprentissage. En conclusion, ce travail ouvre de nombreuses perspectives quant à la mo¬délisation des interactions entre les espèces en évolution et leur environnement, dans le but de comprendre comment la sélection naturelle façonne les capacités cognitives des animaux.

Effets hémodynamiques d'un inhibiteur de l'effet vasculaire de la vasopressine chez des patients avec insuffisance cardiaque congestive [Hemodynamic effects of an inhibitor of the vascular effects of vasopressin in patients with congestive heart failure]

To assess the role of vasopressin (AVP) in congestive heart failure (CHF), we investigated 10 patients with CHF refractory to conventional treatment, before and 60 minutes after intravenous administration of 5 micrograms/kg of d(CH2)5Tyr(Me)AVP, a specific antagonist of AVP at the vascular receptor level. Heart rate, systemic arterial pressure, pulmonary arterial pressure, pulmonary capillary wedge pressure, cardiac index by thermodilution, and cutaneous blood flow by laser-Doppler technique were measured. In 9 patients there was no significant hemodynamic and cutaneous blood flow response to the AVP antagonist. Plasma AVP was 2.3 +/- 0.8 pg/ml and plasma osmolality 284 +/- 14 mosm/kg H2O. The tenth patient had the most severe CHF. His plasma AVP was 55 pg/ml and plasma osmolality 290 mosm/kg. He responded to the AVP antagonist with a marked decrease in systemic arterial pressure from 115/61 to 79/41 mm Hg, in pulmonary arterial pressure from 58/31 to 33/13 mm Hg and in pulmonary capillary wedge pressure from 28 to 15 mm Hg. Simultaneously cardiac index increased from 1.1 to 2.21 X min-1 X m-2 and cutaneous blood flow rose 5-fold. Thus, most patients with CHF have only moderately elevated plasma AVP and its role in determining peripheral vascular resistance appears to be limited. AVP may become important in rare patients presenting with marked hemodynamic instability and very high plasma AVP.

Mothers' and Fathers' Early Relationship With Their Infant: Similar Yet Temporally Discordant Themes [La relation initiale des parents avec leur nourrisson: Thèmes similaires quoique temporellement discordants]

Objective: To examine first-time mothers' and fathers' themes in their relationship with their infant, how these themes change during the first four months postpartum, and similarities and differences in mothers' and fathers' themes. Participants: Eighteen first-time mother-father couples were separately interviewed at one; six and 16 weeks postpartum. Data Analysis: Audio-taped, transcribed interviews were analysed using a Grounded Theory approach. Results: Our findings reveal a common set of themes for mothers and fathers in relation to the infant : 1: Discovery, 2: Physical Proximity, 3: Emotional Closeness, 4: Initiation of Complementary Interactions and 5: Commitment to Love and Care. However, there was a striking lack of concordance between mothers and fathers for these themes at each point in time. Conclusions: Mothers' and fathers' experience of the early relationship with their infant is unique. Focussing on maternal as well as paternal ways of experiencing the early relationship with their infant sets the way to understanding early developing relationships in the family context.

Neuro-developmental follow-up of neonates treated with magnesium sulfate for persistent pulmonary hypertension

Rapport de synthèse : DEVENIR NEURO-DEVELOPPEMENTAL DE NOUVEAU-NES TRAITES PAR DU SULFATE DE MAGNESIUM POUR UNE HYPERTENSION PULMONAIRE PERSISTANTE L'hypertension pulmonaire persistante du nouveau-né (HTPP) est un trouble de l'adaptation post-natale de la circulation pulmonaire caractérisé par une défaillance de la diminution normale des résistances vasculaires pulmonaires, accompagné d'un shunt droite-gauche, résultant en une hypoxémie profonde. C'est une pathologie sévère nécessitant des soins intensifs avec un risque augmenté de handicaps neurologiques chez les survivants. Le traitement de l'HTPP du nouveau-né inclut une ventilation mécanique ainsi que différents agents pharmacologiques pour dilater les vaisseaux pulmonaires, dont le sulfate de magnésium (MgSO4) à hautes doses par voie intraveineuse et le monoxyde d'azote par voie inhalée (iN0). Le MgSO4 est une alternative thérapeutique de l'HTPP du nouveau-né avec peu d'effets secondaires et une mortalité basse. Il a aussi été démontré que le MgSO4 est un traitement de l'HTPP du nouveau-né autant efficace que le iN0 et moins coüteux. Des études sur le suivi neuro-développemental de nouveau-nés avec HTPP traités selon différentes méthodes ont été publiées reportant des taux élevés de handicaps majeurs et mineurs. Plus récemment, des études de suivi après traitement par iN0 ont montré des taux plus bas qu'avec des traitements antérieurs. Le devenir neuro-développemental àlong terme d'enfants traités avec du MgSO4 n'a pas été documenté. Le but de cette étude est de décrire le développement des enfants qui ont présenté une HTPP traitée seulement avec du MgS04, de reporter l'incidence de handicaps majeurs et mineurs, et de les comparer à un groupe contrôle d'enfants sains du même âge ainsi qu'aux données de la littérature. La population consiste en 33 nouveau-nés traités pour une HTPP avec seulement du MgSO4 (groupe étude) et 32 nouveau-nés à terme sains (groupe contrôle). Un suivi neurodéveloppemental standardisé et approfondi a été effectué aux âges clés de 18 mois et 5 ans. Les taux de handicaps majeurs à 18 mois et 5 ans dans le groupe étude étaient de 6% et 11,4% respectivement, et de 0% aux deux âges dans le groupe contrôle. Les taux de handicaps mineurs aux mêmes âges étaient de 3% et 26,9% pour le groupe étude, et de 0% et 26,1% pour le groupe contrôle. Les quotients développementaux moyens à 18 mois étaient de 106,6 (DS 1,6) dans le groupe étude et de 118,3 (DS 1,0) dans le groupe contrôle (P < 0,001). L'index général intellectuel en âge préscolaire était de 112.6 (DS 3.7), respectivement de 119.3 (DS 3.1 ), sans différence significative entre les deux groupes. A 18 mois, les taux de handicaps majeurs et mineurs dans les groupes études et contrôle étaient de 6% et 3%. Dans la littérature, des taux entre 0% et 33% ont été décrits. A cet âge, il y avait une différence significative pour tous les scores du test de Griffiths, mëme en tenant compte du status socio-économique de la famille. Ceci suggère un léger retard du développement global et non une altération spécifique. Ces différences n'étaient plus significatives en âge préscolaire, suggérant un rattrapage développemental. Le taux de handicaps majeurs en âge préscolaire pour le groupe étude était de 11.5%, sans aucune infirmité motrice cérébrale. Ces résultats correspondent à ceux d'études de suivi après d'autres traitements jusqu'à l'âge de 24 mois avec des taux variant de 0% à 15%. Le taux de handicaps mineurs était de 26.9% dans le groupe étude et de 26.1% dans le groupe contrôle, sans différence significative entre les deux groupes. L'incidence de handicaps mineurs dans le groupe étude était plutôt élevée en comparaison aux données de la littérature (6 à 22% à 6 ans). Une explication possible est que nous avons considéré des problèmes de langage et de comportement comme handicaps mineurs. Ceci suggère une différence méthodologique et non une plus mauvaise issue dans nos deux groupes. Les évaluations cognitives des enfants des deux groupes se trouvaient dans la norme, ce qui est aussi le cas dans la littérature. En conclusion, cette étude longitudinale non randomisée d'enfants traités avec du MgSO4 seul pour une HTPP sévère ne montre pas de conséquences sur le devenir neuro-développemental à long terme. Cette étude le démontre pour la première fois. Malgré le fait que iN0 soit le traitement actuellement recommandé pour l'HTPP du nopuveau-né, le MgSO4 reste largement utilisé, en particulier dans des pays en voie de développement. L'absence de complications neuro-développementales majeures à long terme permet de considérer l'administration du MgSO4 pour le traitement de l'HTPP du nouveau-né en cas de non réponse ou d'inaccessibilité au iNO.

Systems biology of plants : from intraspecific genome variation to computational morphodynamics

Recently, the introduction of second generation sequencing and further advance-ments in confocal microscopy have enabled system-level studies for the functional characterization of genes. The degree of complexity intrinsic to these approaches needs the development of bioinformatics methodologies and computational models for extracting meaningful biological knowledge from the enormous amount of experi¬mental data which is continuously generated. This PhD thesis presents several novel bioinformatics methods and computational models to address specific biological questions in Plant Biology by using the plant Arabidopsis thaliana as a model system. First, a spatio-temporal qualitative analysis of quantitative transcript and protein profiles is applied to show the role of the BREVIS RADIX (BRX) protein in the auxin- cytokinin crosstalk for root meristem growth. Core of this PhD work is the functional characterization of the interplay between the BRX protein and the plant hormone auxin in the root meristem by using a computational model based on experimental evidence. Hyphotesis generated by the modelled to the discovery of a differential endocytosis pattern in the root meristem that splits the auxin transcriptional response via the plasma membrane to nucleus partitioning of BRX. This positional information system creates an auxin transcriptional pattern that deviates from the canonical auxin response and is necessary to sustain the expression of a subset of BRX-dependent auxin-responsive genes to drive root meristem growth. In the second part of this PhD thesis, we characterized the genome-wide impact of large scale deletions on four divergent Arabidopsis natural strains, through the integration of Ultra-High Throughput Sequencing data with data from genomic hybridizations on tiling arrays. Analysis of the identified deletions revealed a considerable portion of protein coding genes affected and supported a history of genomic rearrangements shaped by evolution. In the last part of the thesis, we showed that VIP3 gene in Arabidopsis has an evo-lutionary conserved role in the 3' to 5' mRNA degradation machinery, by applying a novel approach for the analysis of mRNA-Seq data from random-primed mRNA. Altogether, this PhD research contains major advancements in the study of natural genomic variation in plants and in the application of computational morphodynamics models for the functional characterization of biological pathways essential for the plant. - Récemment, l'introduction du séquençage de seconde génération et les avancées dans la microscopie confocale ont permis des études à l'échelle des différents systèmes cellulaires pour la caractérisation fonctionnelle de gènes. Le degrés de complexité intrinsèque à ces approches ont requis le développement de méthodologies bioinformatiques et de modèles mathématiques afin d'extraire de la masse de données expérimentale générée, des information biologiques significatives. Ce doctorat présente à la fois des méthodes bioinformatiques originales et des modèles mathématiques pour répondre à certaines questions spécifiques de Biologie Végétale en utilisant la plante Arabidopsis thaliana comme modèle. Premièrement, une analyse qualitative spatio-temporelle de profiles quantitatifs de transcripts et de protéines est utilisée pour montrer le rôle de la protéine BREVIS RADIX (BRX) dans le dialogue entre l'auxine et les cytokinines, des phytohormones, dans la croissance du méristème racinaire. Le noyau de ce travail de thèse est la caractérisation fonctionnelle de l'interaction entre la protéine BRX et la phytohormone auxine dans le méristème de la racine en utilisant des modèles informatiques basés sur des preuves expérimentales. Les hypothèses produites par le modèle ont mené à la découverte d'un schéma différentiel d'endocytose dans le méristème racinaire qui divise la réponse transcriptionnelle à l'auxine par le partitionnement de BRX de la membrane plasmique au noyau de la cellule. Cette information positionnelle crée une réponse transcriptionnelle à l'auxine qui dévie de la réponse canonique à l'auxine et est nécessaire pour soutenir l'expression d'un sous ensemble de gènes répondant à l'auxine et dépendant de BRX pour conduire la croissance du méristème. Dans la seconde partie de cette thèse de doctorat, nous avons caractérisé l'impact sur l'ensemble du génome des délétions à grande échelle sur quatre souches divergentes naturelles d'Arabidopsis, à travers l'intégration du séquençage à ultra-haut-débit avec l'hybridation génomique sur puces ADN. L'analyse des délétions identifiées a révélé qu'une proportion considérable de gènes codant était affectée, supportant l'idée d'un historique de réarrangement génomique modelé durant l'évolution. Dans la dernière partie de cette thèse, nous avons montré que le gène VÏP3 dans Arabidopsis a conservé un rôle évolutif dans la machinerie de dégradation des ARNm dans le sens 3' à 5', en appliquant une nouvelle approche pour l'analyse des données de séquençage d'ARNm issue de transcripts amplifiés aléatoirement. Dans son ensemble, cette recherche de doctorat contient des avancées majeures dans l'étude des variations génomiques naturelles des plantes et dans l'application de modèles morphodynamiques informatiques pour la caractérisation de réseaux biologiques essentiels à la plante. - Le développement des plantes est écrit dans leurs codes génétiques. Pour comprendre comment les plantes sont capables de s'adapter aux changements environnementaux, il est essentiel d'étudier comment leurs gènes gouvernent leur formation. Plus nous essayons de comprendre le fonctionnement d'une plante, plus nous réalisons la complexité des mécanismes biologiques, à tel point que l'utilisation d'outils et de modèles mathématiques devient indispensable. Dans ce travail, avec l'utilisation de la plante modèle Arabidopsis thalicinci nous avons résolu des problèmes biologiques spécifiques à travers le développement et l'application de méthodes informatiques concrètes. Dans un premier temps, nous avons investigué comment le gène BREVIS RADIX (BRX) régule le développement de la racine en contrôlant la réponse à deux hormones : l'auxine et la cytokinine. Nous avons employé une analyse statistique sur des mesures quantitatives de transcripts et de produits de gènes afin de démontrer que BRX joue un rôle antagonisant dans le dialogue entre ces deux hormones. Lorsque ce-dialogue moléculaire est perturbé, la racine primaire voit sa longueur dramatiquement réduite. Pour comprendre comment BRX répond à l'auxine, nous avons développé un modèle informatique basé sur des résultats expérimentaux. Les simulations successives ont mené à la découverte d'un signal positionnel qui contrôle la réponse de la racine à l'auxine par la régulation du mouvement intracellulaire de BRX. Dans la seconde partie de cette thèse, nous avons analysé le génome entier de quatre souches naturelles d'Arabidopsis et nous avons trouvé qu'une grande partie de leurs gènes étaient manquant par rapport à la souche de référence. Ce résultat indique que l'historique des modifications génomiques conduites par l'évolution détermine une disponibilité différentielle des gènes fonctionnels dans ces plantes. Dans la dernière partie de ce travail, nous avons analysé les données du transcriptome de la plante où le gène VIP3 était non fonctionnel. Ceci nous a permis de découvrir le rôle double de VIP3 dans la régulation de l'initiation de la transcription et dans la dégradation des transcripts. Ce rôle double n'avait jusqu'alors été démontrée que chez l'homme. Ce travail de doctorat supporte le développement et l'application de méthodologies informatiques comme outils inestimables pour résoudre la complexité des problèmes biologiques dans la recherche végétale. L'intégration de la biologie végétale et l'informatique est devenue de plus en plus importante pour l'avancée de nos connaissances sur le fonctionnement et le développement des plantes.

Tintin, oui mais avec modération. Les tâtonnements de la bande dessinée en Suisse romande

L'arrivée des aventures de Tintin dans la presse illustrée helvétique ne se fera pas sans heurts. Au-delà de l'habituelle réappropriation nationale du héros belge, d'importants réaménagements sont pratiqués par l'hebdomadaire catholique genevois L'Écho Illustré, et ce surtout pendant les années 1930. En analysant cette réadaptation, cet article tente de questionner le rapport à l'image distrayante d'un magazine confessionnel qui souhaiterait y voir figurer une portée éducative et morale. D'autre part, le contexte de la presse suisse pendant cette période est encore relativement peu enclin à accueillir la publication de bandes dessinées. Il s'agit donc d'observer de quelle manière ce nouveau média s'intègre dans un support déjà bien établi comme la presse illustrée de la Suisse de l'Entre-deux-guerres. The way Tintin becomes part of the Swiss illustrated press is at least eventful. Beside the usual re-nationalization of the Belgian hero, the catholic weekly magazine from Geneva, L'Écho Illustré, realizes important changes in the comics layout, mostly through the Thirties. By analyzing these readjustments, we would like to explore the link between a confessional magazine and entertaining images, considering that this kind of press would like these images to achieve an additional educative and moral goal. Moreover, the Swiss press's context studied here is still relatively unresponsive to publish comics. The aim of this paper is finally to observe how a new media is integrated into an already well-established framework such as the illustrated press in Switzerland during the inter-war years.

Recommandations de pratique clinique dans la schizophrénie: de la théorie à la mise en application = Clinical practice guidelines for the treatment of schizophrenia: from theory to practice

Dans le cadre d'une étude rétrospective au sein d'une unité de réhabilitation, nous avons cherché à examiner le degré de respect de recommandations de pratique clinique (RPC) abordant le traitement pharmacologique au long cours de la schizophrénie, par des médecins qui n'en ont qu'une connaissance indirecte. The Expert Consensus Guideline for the treatment of schizophrenia (ECGTS) a été retenu comme référence sur la base d'une comparaison avec cinq autres RPC principales. Sur un collectif de 20 patients, les recommandations de l'ECGTS sont totalement respectées dans 65 % des cas, partiellement respectées dans 10 % et non respectées dans 25 %, démontrant ainsi que la pratique clinique est clairement perfectible (principalement dans le traitement des symptômes psychotiques et dépressifs). Cependant, le respect des RPC ne garantit pas forcément la résolution de tous les problèmes cliniques rencontrés : 12 patients sur 20 présentent des effets secondaires à l'évaluation clinique et pour huit d'entre eux, les recommandations à ce niveau, sont respectées. Notre étude montre cependant que le choix et l'application d'une RPC ne sont pas simples. Les RPC actuelles donnent peu ou pas d'instruments de mesure, ni de critères précis pour évaluer les problèmes cliniques auxquels elles font référence. L'avenir appartient donc à des RPC qui proposent, outre les recommandations cliniques elles-mêmes, les moyens de leur vérification et de leur application sur le terrain.