Le code-switching comme ressource stratégique pour la gestion de l'interaction multilingue : coordination et leadership dans un groupe de travail

In this article, we analyze a multilingual interaction in a students' working group and hypothesize a correlation between management of languages in interaction and leadership. We consider Codeswitching as one of the most relevant observables in multilingual interaction and attempt to analyze how it is used by speakers. After a brief presentation of three theoretical and analytical conceptions of Code-switching in interaction (Auer, Mondada & Myers Scotton), we define Code-switching as an interactional, strategical, multilingual resource exploited by speakers to achieve various interactionaland non interactional goals. We then show in two CA-like analysis how multilingual strategical resources occur in the interactional practices of the analyzed working group, and how they are exploited by speakers in order to organize interaction, work, tasks, and to construct one's leadership.We also consider the metadiscourses of the students about their own practices and multilingualism in general, in order to confront them to their actual multilingual practices. We draw the hypothesis that discrepancies observed between metadiscourses and practices can be explained through the development of (meta)discourses showing a unilingual conception in describing multilingual practices.

Les débuts de la communication à trois. Interactions visuelles triadiques entre père, mère et bébé

Plusieurs auteurs ont montré que les échanges visuels entre des mères dépressives ou psychotiques et leur bébé présentent de multiples perturbations : dans cet article, les auteurs proposent une étude exploratoire portant sur les échanges visuels père-mère- bébé (9-18 semaines) dans deux groupes de familles, un groupe suivi pour des difficultés du post-partum et un groupe témoin. Les observations sont réalisées dans le cadre d'un jeu à trois structuré selon diverses modalités d'interaction (un parent joue avec l'enfant en présence de l'autre parent / les deux parents jouent conjointement avec le bébé). Les variables retenues concernent d'une part le niveau d'attention visuelle conjointe des partenaires, d'autre part l'évolution de cette attention visuelle au cours du jeu. Les résultats révèlent que les échanges visuels sont plus intenses dans les familles fonctionnelles, ce qui semble indiquer que l'engagement visuel triadique établi par les partenaires peut être représentatif du fonctionnement de la triade à un moment donné de son développement. D'autre part, l'analyse de l'évolution de l'engagement visuel au travers des différents contextes de jeu amène les auteurs à proposer l'hypothèse d'une « alliance triadique » établie conjointement par les trois partenaires et formant la matrice de leurs échanges dyadiques et triadiques. De façon plus générale, les auteurs supposent que l'établissement de cette alliance joue un rôle déterminant pour le développement et l'autonomisa- tion du bébé au sein de sa famille. Disorders in the visual interaction between depressive or psychotic mothers and their baby have been widely described : in this paper, the authors propose an exploratory study of father-mother-infant visual interaction (infants are 9-18 weeks old) in two groups of families, voluntary families and families in therapy for post-par turn disorders. The observations are gathered during a three-partner play, involving different kinds of triadic interaction (one parent plays with the infant, the other parent being « only present » / both parents play together with the child). The analyses have focused on the amount of visual attention shared by the partners and on the evolution of visual interaction during the game. Results show that triadic interaction is more intense in functional triads, which means that shared visual attention may be representative of the more general functioning of the family at a definite stage of its development. Furthermore, considering the sequential organization of visual interaction throughout the game led the authors to the construct of a « triadic alliance », jointly established by the three partners and providing a matrix for their dyadic and triadic interaction. On a more general level, such an alliance could play an important role for the development and the autonomy of the baby within his j her family.

Faire la ville juste : une analyse "in itinere" de la maîtrise publique d'ouvrage du projet urbain Carré de Soie (métropole lyonnaise)

Dans certaines portions des agglomérations (poches de pauvreté de centre-ville, couronnes suburbaines dégradées, espaces périurbains sans aménité), un cumul entre des inégalités sociales (pauvreté, chômage, etc.) et environnementales (exposition au bruit, aux risques industriels, etc.) peut être observé. La persistance de ces inégalités croisées dans le temps indique une tendance de fond : la capacité d'accéder à un cadre de vie de qualité n'est pas équitablement partagée parmi les individus. Ce constat interroge : comment se créent ces inégalités ? Comment infléchir cette tendance et faire la ville plus juste ?¦Apporter des réponses à cette problématique nécessite d'identifier les facteurs de causalités qui entrent en jeu dans le système de (re)production des inégalités urbaines. Le fonctionnement des marchés foncier et immobilier, la « tyrannie des petites décisions » et les politiques publiques à incidence spatiale sont principalement impliqués. Ces dernières, agissant sur tous les éléments du système, sont placées au coeur de ce travail. On va ainsi s'intéresser précisément à la manière dont les collectivités publiques pilotent la production de la ville contemporaine, en portant l'attention sur la maîtrise publique d'ouvrage (MPO) des grands projets urbains.¦Poser la question de la justice dans la fabrique de la ville implique également de questionner les référentiels normatifs de l'action publique : à quelle conception de la justice celle-ci doit- elle obéir? Quatre perspectives (radicale, substantialiste, procédurale et intégrative) sont caractérisées, chacune se traduisant par des principes d'action différenciés. Une méthodologie hybride - empruntant à la sociologie des organisations et à l'analyse des politiques publiques - vient clore le volet théorique, proposant par un détour métaphorique d'appréhender le projet urbain comme une pièce de théâtre dont le déroulement dépend du jeu d'acteurs.¦Cette méthodologie est utilisée dans le volet empirique de la recherche, qui consiste en une analyse de la MPO d'un projet urbain en cours dans la première couronne de l'agglomération lyonnaise : le Carré de Soie. Trois grands objectifs sont poursuivis : descriptif (reconstruire le scénario), analytique (évaluer la nature de la pièce : conte de fée, tragédie ou match d'improvisation ?) et prescriptif (tirer la morale de l'histoire). La description de la MPO montre le déploiement successif de quatre stratégies de pilotage, dont les implications sur les temporalités, le contenu du projet (programmes, morphologies) et les financements publics vont être déterminantes. Sur la base de l'analyse, plusieurs recommandations peuvent être formulées - importance de l'anticipation et de l'articulation entre planification et stratégie foncière notamment - pour permettre à la sphère publique de dominer le jeu et d'assurer la production de justice par le projet urbain (réalisation puis entretien des équipements et espaces publics, financement de logements de qualité à destination d'un large éventail de populations, etc.). Plus généralement, un décalage problématique peut être souligné entre les territoires stratégiques pour le développement de l'agglomération et les capacités de portage limitées des communes concernées. Ce déficit plaide pour le renforcement des capacités d'investissement de la structure intercommunale.¦La seule logique du marché (foncier, immobilier) mène à la polarisation sociale et à la production d'inégalités urbaines. Faire la ville juste nécessite une forte volonté des collectivités publiques, laquelle doit se traduire aussi bien dans l'ambition affichée - une juste hiérarchisation des priorités dans le développement urbain - que dans son opérationnalisation - une juste maîtrise publique d'ouvrage des projets urbains.¦Inner-city neighborhoods, poor outskirts, and peri-urban spaces with no amenities usually suffer from social and environmental inequalities, such as poverty, unemployment, and exposure to noise and industrial hazards. The observed persistence of these inequalities over time points to an underlying trend - namely, that access to proper living conditions is fundamentally unequal, thus eliciting the question of how such inequalities are effected and how this trend can be reversed so as to build a more equitable city.¦Providing answers to such questions requires that the causal factors at play within the system of (re)production of urban inequalities be identified. Real estate markets, "micromotives and macrobehavior", and public policies that bear on space are mostly involved. The latter are central in that they act on all the elements of the system. This thesis therefore focuses on the way public authorities shape the production of contemporary cities, by studying the public project ownership of major urban projects.¦The study of justice within the urban fabric also implies that the normative frames of reference of public action be questioned: what conception of justice should public action refer to? This thesis examines four perspectives (radical, substantialist, procedural, and integrative) each of which results in different principles of action. This theoretical part is concluded by a hybrid methodology that draws from sociology of organizations and public policy analysis and that suggests that the urban project may be understood as a play, whose outcome hinges on the actors' acting.¦This methodology is applied to the empirical analysis of the public project ownership of an ongoing urban project in the Lyon first-ring suburbs: the Carré de Soie. Three main objectives are pursued: descriptive (reconstructing the scenario), analytical (assessing the nature of the play - fairy tale, tragedy or improvisation match), and prescriptive (drawing the moral of the story). The description of the public project ownership shows the successive deployment of four control strategies, whose implications on deadlines, project content (programs, morphologies), and public funding are significant. Building on the analysis, several recommendations can be made to allow the public sphere to control the process and ensure the urban project produces equity (most notably, anticipation and articulation of planning and real- estate strategy, as well as provision and maintenance of equipment and public spaces, funding of quality housing for a wide range of populations, etc.). More generally, a gap can be highlighted between those territories that are strategic to the development of the agglomeration and the limited resources of the municipalities involved. This deficit calls for strengthening the investment abilities of the intermunicipal structure.¦By itself, the real-estate market logic brings about social polarization and urban inequalities. Building an equitable city requires a strong will on the part of public authorities, a will that must be reflected both in the stated ambition - setting priorities of urban development equitably - and in its implementation managing urban public projects fairly.

The role of Malt1 proteolytic activity in T cell activation and lymphoma development

Abstract Long term contact with pathogens induces an adaptive immune response, which is mainly mediated by T and B cells. Antigen-induced activation of T and B cells is an important event, since it facilitates the transition of harmless, low proliferative lymphocytes into powerful and fast expanding cells, which can, if deregulated, be extremely harmful and dangerous for the human body. One of the most important events during lymphocyte activation is the induction of NF-xB activity, a transcription factor that controls not only cytokine secretion, but also lymphocyte proliferation and survival. Recent discoveries identified the CBM complex as the central regulator of NF-xB activity in lymphocytes. The CBM complex consists of the three proteins Carma1, Bcl10 and Malt1, in which Carma1 serves as recruitment platform of the complex and Bcl10 as an adaptor to recruit Malt1 to this platform. But exactly how Malt1 activates NF-x6 is still poorly understood. We discovered that Malt1 is a protease, which cleaves its interaction partner Bcl10 upon T and B cell stimulation. We mapped the Bcl10 cleavage site by single point mutations as well as by a proteomics approach, and used this knowledge to design a fluorogenic Malt1 reporter peptide. With this tool were we able to the first time demonstrate proteolytic activity of Malt1 in vitro, using recombinant Malt1, and in stimulated T cells. Based on similarities to a metacaspase, we designed a Malt1inhibitor, which allowed unto investigate the role of Malt1 activity in T cells. Malt1-inhibited T cells showed a clear defect in NF-xB activity, resulting in impaired IL-2 cytokine secretion levels. We also found a new unexpected role for Bcl10; the blockade of Bcl10 cleavage resulted in a strongly impaired capability of stimulated T cells to adhere to the extracellular matrix protein fibronectin. Because of the central position of the C8M complex, it is not surprising that different lymphomas show abnormal expressions of Carma1, Bcl10 and Malt1. We investigated the role of Malt1 proteolytic activity in the most aggressive subtype of diffuse large B cell lymphomas called ABC, which was described to depend on the expression of Carmal, and frequently carries oncogenic Carmal mutations. We found constitutive high Malt1 activity in all tested ABC cell lines visualized by detection of cleavage products of Malt1 substrates. With the use of the Malt1-inhibitor, we could demonstrate that Malt-inhibition in those cells had two effects. First, the tumor cell proliferation was decreased, most likely because of lower autocrine stimulation by cytokines. Second, we could sensitize the ABC cells towards cell death, which is most likely caused by reduced expression of prosurvival NF-xB target gens. Taken together, we identified Malt1 as a protease in T and B cells, demonstrated its importance for NF-xB signaling and its deregulation in a subtype of diffuse large B cell lymphoma. This could allow the development of a new generation of immunomodulatory and anti-cancer drugs. Résumé Un contact prolongé avec des pathogènes provoque une réponse immunitaire adaptative qui dépend principalement des cellules T et 8. L'activation des lymphocytes T et B, suite à la reconnaissance d'un antigène, est un événement important puisqu'il facilite la transition pour ces cellules d'un état de prolifération limitée et inoffensive à une prolifération soutenue et rapide. Lorsque ce mécanisme est déréglé ìl peut devenir extrêmement nuisible et dangereux pour le corps humain. Un des événement les plus importants lors de l'activation des lymphocytes est l'induction du facteur de transcription NFxB, qui organise la sécrétion de cytokines ainsi que la prolifération et la survie des lymphocytes. Le complexe CBM, composé des trois protéines Carmai, Bc110 et Malt1, a été récemment identifié comme un régulateur central de l'activité de NF-x8 dans les lymphocytes. Carma1 sert de plateforme de recrutement pour ce complexe alors que Bc110 permet d'amener Malt1 dans cette plateforme. Cependant, le rôle exact de Malt1 dans l'activation de NF-tcB reste encore mal compris. Nous avons découvert que Malt1 est une protéase qui clive son partenaire d'interaction BcI10 après stimulation des cellules T et B. Nous avons identifié le site de clivage de BcI10 par une série de mutations ponctuelles ainsi que par une approche protéomique, ce qui nous a permis de fabriquer un peptide reporteur fluorogénique pour mesurer l'activité de Malt1. Grâce à cet outil, nous avons démontré pour la première fois l'activité protéolytique de Malt1 in vitro à l'aide de protéines Malt1 recombinantes ainsi que dans des cellules T stimulées. La ressemblance de Malt1 avec une métacaspase nous a permis de synthétiser un inhibiteur de Malt1 et d'étudier ainsi le rôle de l'activité de Malt1 dans les cellules T. L'inhibition de Malt1 dans les cellules T a révélé un net défaut de l'activité de NF-x8, ayant pour effet une sécrétion réduite de la cytokine IL-2. Nous avons également découvert un rôle inattendu pour Bcl10: en effet, bloquer le clivage de Bcl10 diminue fortement la capacité d'adhésion des cellules T stimulées à la protéine fïbronectine, un composant de la matrice extracellulaire. En raison de la position centrale du complexe CBM, il n'est pas étonnant que le niveau d'expression de Carmai, Bcl10 et Malt1 soit anormal dans plusieurs types de lymphomes. Nous avons examiné le rôle de l'activité protéolytique de Malt1 dans le sous-type le plus agressif des lymphomes B diffus à grandes cellules, appelé sous-type ABC. Ce sous-type de lymphomes dépend de l'expression de Carmai et présente souvent des mutations oncogéniques de Carma1. Nous avons démontré que l'activité de Malt1 était constitutivement élevée dans toutes les lignées cellulaires de type ABC testées, en mettant en évidence la présence de produits de clivage de différents substrats de Malt1. Enfin, l'utilisation de l'inhibiteur de Malt1 nous a permis de démontrer que l'inhibition de Malt1 avait deux effets. Premièrement, une diminution de la prolifération des cellules tumorales, probablement dûe à leur stimulation autocrine par des cytokines fortement réduite. Deuxièmement, une sensibilisation des cellules de type ABC à ia mort cellulaire, vraisemblablement causée par l'expression diminuée de gènes de survie dépendants de NF-tcB. En résumé, nous avons identifié Malt1 comme une protéase dans les cellules T et B, nous avons mis en évidence son importance pour l'activation de NF-xB ainsi que les conséquences du dérèglement de l'activité de Malt1 dans un sous-type de lymphome B diffus à larges cellules. Notre étude ouvre ainsi la voie au développement d'une nouvelle génération de médicaments immunomodulateurs et anti-cancéreux.

Toward a comprehensive conceptualization of business organizations and their members from a sensemaking perspective. Lessons learned from Picassoâeuro?s cubism

Until recently, much of the discussion regarding the type of organization theory needed in management studies focused on normative vs. descriptive roles of management science. Some authors however noticed that even a descriptive theory can have a normative impact. Among others, management theories are used by practitioners to make sense of their identity and roles in given contexts, and so guide their attitude, decision process, and behavior. The sensemaking potential of a theory might in this view represent an important element for predicting the adoption of a theory by practitioners. Accordingly, theories are needed which better grasp the increased complexity of today's business environment in order to be more relevant for practitioners. This article proposes a multi-faceted perspective of organizations. This implies leaving a simplistic view of organizations and building a 'cubist' conception. Picasso's cubism paintings are characterized by the use of multiple perspectives within a single drawing. Similarly, I argue here that managers must learn not only to add multiple responsibilities in their work, but to develop an integrated conception of their managerial identity and of their organizations in which the multiple social and economic dimensions are enmeshed. Social entrepreneurship is discussed as illustration of typical multi-faceted business.

The normative dimension of social life from a second-person perspective

This thesis argues that insofar as we want to account for the normative dimension of social life, we must be careful to avoid construing that normative dimension in such a way as to exclude that which the second-person perspective reveals is important to social life and our ability to participate in it.¦The second-person perspective reveals that social life ought to be understood as a mix or balance of the regular and the irregular, where, in addition, those one interacts with are always to some extent experienced as other in a way that is neither immediately, nor perhaps ultimately, understandable. For persons to be able to participate in social life, conceived of in this way, they must have abilities that allow them to be, to some extent, hesitant and tentative in their relations with others, and thus tolerant of ambiguity, uncertainty and unpredictability, and responsive to and capable of learning from the otherness of others in the course of interacting with them.¦Incorporating the second-person perspective means we have to make some changes to the way we think about the normative in general, and the normative dimension of social life in particular. It does not mean giving up on the distinction between the normative and the regular - that continues to be fundamentally important but it does mean not excluding, as part of social life and as worthy of explanation, all that which is irregular. A radical way of putting it would be to say that there must be a sense in which the irregular is part of the normative. A less radical way, and the way adopted by this thesis, is to say that any account of the normative dimension of social life must not be such as to exclude the importance of irregularity from social life. This will mean 1) not characterising conventions, norms and rules as determinants of appropriateness and inappropriateness; 2) not thinking of them as necessary; 3) not thinking of them as necessarily governing minds; and 4) not thinking of them as necessarily shared.¦-¦L'argument principal de la thèse est que, pour rendre compte de la dimension normative de la vie sociale, il faut veiller à ne pas exclure la perspective de la deuxième personne - une perspective importante pour comprendre la vie sociale et la capacité requise pour y participer.¦Cette perspective nous permet d'imaginer la vie sociale comme un mélange ou un équilibre entre le régulier et l'irrégulier, l'interaction entre des individus pouvant être appréhendée comme l'expérience de chaque personne avec «l'autre» d'une manière qui n'est pas immédiatement compréhensible, et qui ne peut pas, peut-être, être ultimement comprise. Pour participer à la vie sociale, l'on doit avoir la capacité de rester hésitant et «réactif» dans ses relations avec les autres, de rester ouvert à leur altérité et de tolérer l'ambiguïté, l'incertitude et l'imprévisibilité des interactions sociales.¦Adopter une perspective «à la deuxième personne» conduit à une autre manière de penser la normativité en général, et la dimension normative de la vie sociale en particulier. Cela ne veut pas dire qu'il faut abandonner la distinction entre le normatif et le régulier - une distinction qui garde une importance fondamentale - mais qu'il faut reconnaître l'irrégulier comme faisant partie de la vie sociale et comme étant digne, en tant que tel, d'être expliqué. Une conception radicale pourrait même concevoir l'irrégulier comme faisant partie intégrante de la normativité. Une approche moins radicale, qui est celle adoptée dans cette thèse, est de dire que tout compte-rendu de la dimension normative de la vie sociale doit prendre en considération l'importance de l'irrégularité dans la vie sociale. Une telle approche implique que les conventions, normes et règles (1) ne déterminent pas ce qui est approprié ou inapproprié; (2) ne sont pas toujours nécessaires ; (3) ne gouvernent pas le fonctionnement de l'esprit ; et (4) ne sont pas nécessairement partagées.

On the use of reporter bacteria for measuring availability of organic contaminants

Natural environments are constantly challenged by the release of hydrophobic organic contaminants, which represent a threat for both the ecosystem and human health. Despite a substantial degradation by naturally occurring micro-organisms, a non negligible fraction of these pollutants tend to persist in soil and sediments due to their reduced accessibility to microbial degraders. This lack of 'bioavailability' is acknowledged as a key parameter for the natural and stimulated clean-up (bioremediation) of contaminated sites. We developed a bacterial bioreporter that responds to the presence of polyaromatic hydrocarbons (PAHs) by the production of the green fluorescent protein (GFP), based on the PAH-degrading bacterium Burkholderia sartisoli. We showed in this study that the bacterial biosensor B. sartisoli strain RP037 was faithfully reporting the degradation of naphthalene and phenanthrene (two PAHs of low molecular weight) via the production of GFP. What is more, the magnitude of GFP induction was influenced by change in the PAH flux triggered by a variety of physico-chemical parameters, such as the contact surface between the pollutant and the aqueous suspension. Further experiments permitted to test the influence of dissolved organic matter, which is an important component of natural habitats and can interact with organic pollutants. In addition, we tested the influence of two types of biosurfactants (tensio-active agents produced by living organisms) on phenanthrene's degradation by RP037. Interestingly, the surfactant's effects on the biodegradation rate appeared to depend on the type of biosurfactant and probably on the type of bacterial strain. Finally, we tagged B. sartisoli strain RP037 with a constitutively expressed mCherry fluorescent protein. The presence of mCherry allowed us to visualize the bacteria in complex samples even when GFP production was not induced. The new strain RP037-mChe embedded in a gel patch was used to detect PAH fluxes from a point source, such as a non-aqueous liquid or particles of contaminated soil. In parallel, we also developed and tested a so-called multiwell bacterial biosensor platform, which permitted the simultaneous use of four different reporter strains for the detection of major crude oil components (e.g., saturated hydrocarbons, mono- and polyaromatics) in aqueous samples. We specifically constructed the strain B. sartisoli RP007 (pPROBE-phn-luxAB) for the detection of naphthalene and phenanthrene. It was equipped with a reporter plasmid similar to the one in strain RP037, except that the gfp gene was replaced by the genes luxAB, which encoded the bacterial luciferase. The strain was implemented in the biosensor platform and detected an equivalent naphthalene concentration in oil spilled-sea water. We also cloned the gene for the transcriptional activator AlkS and the operator/promoter region of the operon alkSB1GHJ from the alkane-degrader bacterium Alcanivorax borkumensis strain SK2 in order to construct a new bacterial biosensor with higher sensitivity towards long-chain alkanes. However, the resulting strain showed no increased light emission in presence of tetradecane (C14), while it still efficiently reported low concentrations of octane (C8). RÉSUMÉ : Les écosystèmes naturels sont constamment exposés à nombre de contaminants organiques hydrophobes (COHs) d'origine industrielle, agricole ou même naturelle. Les COHs menacent à la fois l'environnement, le bien-être des espèces animales et végétales et la santé humaine, mais ils peuvent être dégradés par des micro-organismes tels que les bactéries et les champignons, qui peuvent être capables des les transformer en produits inoffensifs comme le gaz carbonique et l'eau. La biodégradation des COHs est cependant fréquemment limitée par leur pauvre disponibilité envers les organismes qui les dégradent. Ainsi, bien que la biodégradation opère partiellement, les COHs persistent dans l'environnement à de faibles concentrations qui potentiellement peuvent encore causer des effets toxiques chroniques. Puisque la plupart des COHs peuvent être métabolisés par l'activité microbienne, leur persistance a généralement pour origine des contraintes physico-chimiques plutôt que biologiques. Par exemple, leur solubilité dans l'eau très limitée réduit leur prise par des consommateurs potentiels. De plus, l'adsorption à la matière organique et la séquestration dans les micropores du sol participent à réduire leur disponibilité envers les microbes. Les processus de biodisponibilité, c'est-à-dire les processus qui gouvernent la dissolution et la prise de polluants par les organismes vivants, sont généralement perçus comme des paramètres clés pour la dépollution (bioremédiation) naturelle et stimulée des sites contaminés. Les hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAPs) sont un modèle de COH produits par les activités aussi bien humaines que naturelles, et listés comme des contaminants chroniques de l'air, des sols et des sédiments. Ils peuvent être dégradés par un vaste nombre d'espèces bactériennes mais leur taux de biodégradation est souvent limité par les contraintes mentionnées ci-dessus. Afin de comprendre les processus de biodisponibilité pour les cellules bactériennes, nous avons décidé d'utiliser les bactéries elles-mêmes pour détecter et rapporter les flux de COH. Ceci a été réalisé par l'application d'une stratégie de conception visant à produire des bactéries `biocapteurs-rapporteurs', qui littéralement s'allument lorsqu'elles détectent un composé cible pour lequel elles ont été conçues. En premier lieu, nous nous sommes concentrés sur Burkholderia sartisoli (souche RP007), une bactérie isolée du sol et consommatrice de HAP .Cette souche a servi de base à la construction d'un circuit génétique permettant la formation de la protéine autofluorescente GFP dès que les cellules détectent le naphtalène ou le phénanthrène, deux HAP de faible masse moléculaire. En effet, nous avons pu montrer que la bactérie obtenue, la souche RP037 de B. sartisoli, produit une fluorescence GFP grandissante lors d'une exposition en culture liquide à du phénanthrène sous forme cristalline (0.5 mg par ml de milieu de culture). Nous avons découvert que pour une induction optimale il était nécessaire de fournir aux cellules une source additionnelle de carbone sous la forme d'acétate, ou sinon seul un nombre limité de cellules deviennent induites. Malgré cela, le phénanthrène a induit une réponse très hétérogène au sein de la population de cellules, avec quelques cellules pauvrement induites tandis que d'autres l'étaient très fortement. La raison de cette hétérogénéité extrême, même dans des cultures liquides mélangées, reste pour le moment incertaine. Plus important, nous avons pu montrer que l'amplitude de l'induction de GFP dépendait de paramètres physiques affectant le flux de phénanthrène aux cellules, tels que : la surface de contact entre le phénanthrène solide et la phase aqueuse ; l'ajout de surfactant ; le scellement de phénanthrène à l'intérieur de billes de polymères (Model Polymer Release System) ; la dissolution du phénanthrène dans un fluide gras immiscible à l'eau. Nous en avons conclu que la souche RP037 détecte convenablement des flux de phénantrène et nous avons proposé une relation entre le transfert de masse de phénanthrène et la production de GFP. Nous avons par la suite utilisé la souche afin d'examiner l'effet de plusieurs paramètres chimiques connus dans la littérature pour influencer la biodisponibilité des HAP. Premièrement, les acides humiques. Quelques rapports font état que la disponibilité des HAP pourrait être augmentée par la présence de matière organique dissoute. Nous avons mesuré l'induction de GFP comme fonction de l'exposition des cellules RP037 au phénanthrène ou au naphtalène en présence ou absence d'acides humiques dans la culture. Nous avons testé des concentrations d'acides humiques de 0.1 et 10 mg/L, tandis que le phénanthrène était ajouté via l'heptamethylnonane (HMN), un liquide non aqueux, ce qui au préalable avait produit le plus haut flux constant de phénanthrène aux cellules. De plus, nous avons utilisé des tests en phase gazeuse avec des concentrations d'acides humiques de 0.1, 10 et 1000 mg/L mais avec du naphtalène. Contrairement à ce que décrit la littérature, nos résultats ont indiqué que dans ces conditions l'expression de GFP en fonction de l'exposition au phénanthrène dans des cultures en croissance de la souche RP037 n'était pas modifiée par la présence d'acides humiques. D'un autre côté, le test en phase gazeuse avec du naphtalène a montré que 1000 mg/L d'acides humiques abaissent légèrement mais significativement la production de GFP dans les cellules de RP037. Nous avons conclu qu'il n'y a pas d'effet général des acides humiques sur la disponibilité des HAP pour les bactéries. Par la suite, nous nous sommes demandé si des biosurfactants modifieraient la disponibilité du phénanthrène pour les bactéries. Les surfactants sont souvent décrits dans la littérature comme des moyens d'accroître la biodisponibilité des COHs. Les surfactants sont des agents tensio-actifs qui augmentent la solubilité apparente de COH en les dissolvant à l'intérieur de micelles. Nous avons ainsi testé si des biosurfactants (des surfactants produits par des organismes vivants) peuvent être utilisé pour augmenter la biodisponibilité du phénanthrène pour la souche B. sartisoli RP037. Premièrement, nous avons tenté d'obtenir des biosurfactants produits par une autre bactérie vivant en co-culture avec les biocapteurs bactériens. Deuxièmement, nous avons utilisé des biosurfactants purifiés. La co-cultivation en présence de la bactérie productrice de lipopeptide Pseudomonas putida souche PCL1445 a augmenté l'expression de GFP induite par le phénanthrène chez B. sartisoli en comparaison des cultures simples, mais cet effet n'était pas significativement différent lorsque la souche RP037 était co-cultivée avec un mutant de P. putida ne produisant pas de lipopeptides. L'ajout de lipopeptides partiellement purifiés dans la culture de RP037 a résulté en une réduction de la tension de surface, mais n'a pas provoqué de changement dans l'expression de GFP. D'un autre côté, l'ajout d'une solution commerciale de rhamnolipides (un autre type de biosurfactants produits par Pseudomonas spp.) a facilité la dégradation du phénanthrène par la souche RP037 et induit une expression de GFP élevée dans une plus grande proportion de cellules. Nous avons ainsi conclu que les effets des biosurfactants sont mesurables à l'aide de la souche biocapteur, mais que ceux-ci sont dépendants du type de surfactant utilisé conjointement avec le phénanthrène. La question suivante que nous avons abordée était si les tests utilisant des biocapteurs peuvent être améliorés de manière à ce que les flux de HAP provenant de matériel contaminé soient détectés. Les tests en milieu liquide avec des échantillons de sol ne fournissant pas de mesures, et sachant que les concentrations de HAP dans l'eau sont en général extrêmement basses, nous avons conçu des tests de diffusion dans lesquels nous pouvons étudier l'induction par les HAPs en fonction de la distance aux cellules. Le biocapteur bactérien B. sartisoli souche RP037 a été marqué avec une seconde protéine fluorescente (mCherry), qui est constitutivement exprimée dans les cellules et leur confère une fluorescence rouge/rose. La souche résultante RP037-mChe témoigne d'une fluorescence rouge constitutive mais n'induit la fluorescence verte qu'en présence de naphtalène ou de phénanthrène. La présence d'un marqueur fluorescent constitutif nous permet de visualiser les biocapteurs bactériens plus facilement parmi des particules de sol. Un test de diffusion a été conçu en préparant un gel fait d'une suspension de cellules mélangées à 0.5 % d'agarose. Des bandes de gel de dimensions 0.5 x 2 cm x 1 mm ont été montées dans des chambres d'incubation et exposées à des sources de HAP (soit dissouts dans du HMN ou en tant que matériel solide, puis appliqués à une extrémité de la bande). En utilisant ce montage expérimental, le naphtalène ou le phénanthrène (dissouts dans du HMN à une concentration de 2.5 µg/µl) ont induit un gradient d'intensité de fluorescence GFP après 24 heures d'incubation, tandis que la fluorescence mCherry demeurait comparable. Un sol contaminé par des HAPs (provenant d'un ancien site de production de gaz) a induit la production de GFP à un niveau comparable à celui du naphtalène. Des biocapteurs bactériens individuels ont également détecté un flux de phénanthrène dans un gel contenant des particules de sol amendées avec 1 et 10 mg/g de phénanthrène. Ceci a montré que le test de diffusion peut être utilisé pour mesurer des flux de HAP provenant de matériel contaminé. D'un autre côté, la sensibilité est encore très basse pour plusieurs sols contaminés, et l'autofluorescence de certains échantillons rend difficile l'identification de la réponse de la GFP chez les cellules. Pour terminer, un des points majeurs de ce travail a été la production et la validation d'une plateforme multi-puits de biocapteurs bactériens, qui a permis l'emploi simultané de plusieurs souches différentes de biocapteurs pour la détection des constituants principaux du pétrole. Pour cela nous avons choisi les alcanes linéaires, les composés mono-aromatiques, les biphényls et les composés poly-aromatiques. De plus, nous avons utilisé un capteur pour la génotoxicité afin de détecter la `toxicité globale' dans des échantillons aqueux. Plusieurs efforts d'ingénierie ont été investis de manière à compléter ce set. En premier lieu, chaque souche a été équipée avec soit gfp, soit luxAB en tant que signal rapporteur. Deuxièmement, puisqu'aucune souche de biocapteur n'était disponible pour les HAP ou pour les alcanes à longues chaînes, nous avons spécifiquement construit deux nouveaux biocapteurs. L'un d'eux est également basé sur B. sartisoli RP007, que nous avons équipé avec le plasmide pPROBE-phn-luxAB pour la détection du naphtalène et du phénanthrène mais avec production de luciférase bactérienne. Un autre est un nouveau biocapteur bactérien pour les alcanes. Bien que nous possédions une souche Escherichia coli DHS α (pGEc74, pJAMA7) détectant les alcanes courts de manière satisfaisante, la présence des alcanes à longues chaînes n'était pas rapportée efficacement. Nous avons cloné le gène de l'activateur transcriptionnel A1kS ainsi que la région opérateur/promoteur de l'opéron alkSB1GHJ chez la bactérie dégradant les alcanes Alcanivorax borkumensis souche SK2, afin de construire un nouveau biocapteur bactérien bénéficiant d'une sensibilité accrue envers les alcanes à longues chaînes. Cependant, la souche résultante E. coli DHSα (pAlk3} n'a pas montré d'émission de lumière augmentée en présence de tétradécane (C14), tandis qu'elle rapportait toujours efficacement de basses concentrations d'octane (C8). De manière surprenante, l'utilisation de A. borkumensis en tant que souche hôte pour le nouveau plasmide rapporteur basé sur la GFP a totalement supprimé la sensibilité pour l'octane, tandis que la détection de tétradécane n'était pas accrue. Cet aspect devra être résolu dans de futurs travaux. Pour calibrer la plateforme de biocapteurs, nous avons simulé une fuite de pétrole en mer dans une bouteille en verre ouverte de 5L contenant 2L d'eau de mer contaminée avec 20 ml (1%) de pétrole brut. La phase aqueuse a été échantillonée à intervalles réguliers après la fuite durant une période allant jusqu'à une semaine tandis que les principaux contaminants pétroliers étaient mesurés via les biocapteurs. L'émission de bioluminescence a été mesurée de manière à déterminer la réponse des biocapteurs et une calibration intégrée faite avec des inducteurs types a servi à calculer des concentrations d'équivalents inducteurs dans l'échantillon. E. coli a été utilisée en tant que souche hôte pour la plupart des spécificités des biocapteurs, à l'exception de la détection du naphtalène et du phénanthrène pour lesquels nous avons utilisé B. sartisoli. Cette souche, cependant, peut être employée plus ou moins selon la même procédure. Il est intéressant de noter que le pétrole répandu a produit une apparition séquentielle de composés dissouts dans la phase aqueuse, ceux-ci .étant détectables par les biocapteurs. Ce profil contenait d'abord les alcanes à courtes chaînes et les BTEX (c'est-à dire benzène, toluène, éthylbenzène et xylènes), apparaissant entre des minutes et des heures après que le pétrole a été versé. Leurs concentrations aqueuses ont par la suite fortement décru dans l'eau échantillonnée après 24 heures, à cause de la volatilisation ou de la biodégradation. Après quelques jours d'incubation, ces composés sont devenus indétectables. Les HAPs, en revanche, sont apparus plus tard que les alcanes et les BTEX, et leur concentration a augmenté de pair avec un temps d'incubation prolongé. Aucun signal significatif n'a été mis en évidence avec le biocapteur pour le biphényl ou pour la génotoxicité. Ceci démontre l'utilité de ces biocapteurs, spécifiquement pour la détection des composés pétroliers, comprenant les alcanes à courtes chaînes, les BTEX et les HAPs légers.

Involvement of PPARβ/δ in mesenchymal-epidermal interactions during skin wound healing

SUMMARY : Skin wound repair is a complex and highly coordinated process, where a variety of cell types unite to regenerate the damaged tissue. Several works have elucidated cellular and molecular mechanisms, in which mesenchymal-epidermal interactions play an essential role for the regulation of skin homeostasis and repair. Peroxisome Proliferator-Activated Receptors (PPARs) are ligand-activated transcription factors that belong to the nuclear receptor superfamily. Three related isotypes (PPARα, PPARß/δ and PPARγ) have been found, which exhibit distinct tissue distribution and specific physiological functions. PPARß/δ was identified as a crucial player of skin homeostasis. In the mouse skin, PPARß/δ has been described to control proliferation-differentiation state, adhesion and migration, and survival of the keratinocytes during healing. PPARß/δ has been implicated as well in the development of the hair follicles, in which mesenchymal-secreted hepatocyte growth factor (HGF) is involved. These data suggest that the biological activity of PPARß/δ is modulated by mesenchymal-epidermal interactions and that, in turn, PPARß/δ also modulates some of these signals. The aim of the present work was to elucidate the nature of the signals exchanged between the epidermis and dermis compartments, and more particularly those which are under the control of PPARß/δ. In the first part of the study, we showed that PPARß/8 in dermal fibroblasts down-regulates the mitotic activity of keratinocytes by inhibiting the IL-1 signalling pathway via the production of secreted IL-1 receptor antagonist (sIL-1Ra), a natural antagonist of this signalling. The regulation of IL-1 signalling by PPARß/δ is required for anon-pathological skin wound repair. These findings provide evidence for a novel homeostatic control of keratinocyte proliferation and differentiation mediated by the regulation of IL-1 signalling via dermal PPARß/δ fibroblasts. Proteolysis of the extracellular matrix (ECM) is a key process involved in wound repair and modifications in its activity are often associated with an alteration óf the wound closure. This process implies specific proteinases, as matrix metalloproteinases (MMPs), which are finely modulated by IL-1 signalling. In line with the first results, the second part of the work showed that MMP8 and MMP13, which are two important collagenases involved in mouse skin wound repair, are regulated by PPARß/δ. Their expression is indirectly down-regulated by dermal PPARß/δ, via the production of sIL-1Ra, resulting in the inhibition of IL-1 signalling, known to regulate the expression of numerous MMPs. We suggest that, in absence of PPARß/δ, the positive regulation of these two collagenases could participate to the delay of skin wound healing, which has been observed in mice deleted for PPARßlS. The potential therapeutic role of PPARß/b could be as well extending to inflammatory and hyperproliferative skin diseases involving IL-1 signalling, such as psoriasis or skin cancers. Quite interestingly, MMP1 (analogue of mouse MMP13) plays an essential role in human photoaging, suggesting that PPARß/δ could as well be an attractive target for photoprotection. RESUME : La cicatrisation est un processus complexe et extrêmement organisé, impliquant un grand nombre de cellules qui s'unissent pour régénérer le tissu endommagé. De nombreux travaux nous ont éclairés sur les mécanismes cellulaires et moléculaires, dans lesquels les interactions épidermo-mésenchymateuses détiennent un rôle capital à la fois dans la régulation de l'homéostasie et dans la réparation de la peau. PPAR (Peroxisome proliferatar-activated receptor), qui appartient à la superfamille des récepteurs nucléaires, se définit comme un facteur de transcription activé par des ligands très spécifiques. Trois isotypes (PPARa, PPARß/δ et PPARy) ont été décrits et sont caractérisés par une distribution tissulaire et des fonctions physiologiques clairement définies. PPARß/δ a été identifié comme étant un important acteur dans l'homéostasie de la peau. Chez la souris, il a été décrit comme contrôlant l'état de prolifération et de différenciation, le processus d'adhésion et de migration, ainsi que la survie des kératinocytes au cours de la cicatrisation. PPARßIS a également été défini comme contrôlant le développement des follicules pileux, impliquant la sécrétion par le mésenchyme du facteur de croissance HGF. Ces données suggèrent que l'activité biologique de PPARß/δ est modulée par des interactions épidermo-mésenchymateuses, et qu'en retour, il possède la capacité de moduler certains de ces signaux. L`objectif de ce travail a été d'élucider la nature des signaux échangés entre les compartiments épidermique et dermique, et plus particulièrement ceux qui sont sous le contrôle de PPARß/δ. Dans la première partie de l'étude, nous avons montré que les fibroblastes exprimant PPARß/δ réduisent l'activité mitotique des kératinocytes en inhibant la voie de signalisation IL-1, via la production de sIL-1Ra (secreted IL-1 receptor antagonist), défini comme un antagoniste naturel de cette voie de signalisation. La régulation de cette dernière par PPARß/δ est donc nécessaire pour une cicatrisation de type non pathologique. Ces résultats offrent donc une nouvelle preuve du contrôle de l'homéostasie et de l'état de prolifération/différenciation des kératinocytes par les fibroblastes exprimant PPARß/δ, en régulant la voie de signalisation IL-1. Le mécanisme de dégradation de la matrice extracellulaire (MEC) est une étape essentielle lors du processus de cicatrisation. Ainsi des modifications de cette activité protéolytïque sont souvent associées à une altération de la fermeture de la plaie. Ce processus implique des protéinases, comme les MMPs, qui sont finement modulés par la voie de signalisation IL-1. En accord avec les premiers résultats, la seconde partie des nos travaux a montré que les collagénases MMP8 et MMP13, connues pour être d'importantes molécules impliquées lors de la réparation tissulaire chez la souris, sont modulées par l'activité de PPARß/δ. Leurs expressions sont indirectement régulées par PPARß/δ, via la production. de sIL-1 Ra, entraînant ainsi l'inhibition de la voie de signalisation IL-1, décrite pour réguler l'expression de nombreuses MMPs, Nous suggérons donc qu'en absence de PPARß/δ, la régulation de ces deux collagénases pourrait être impliquée dans le retard de cicatrisation, observé chez les souris déficientes pour PPARß/δ. L'activité biologique de PPARß/δ pourrait être ainsi étendue à des maladies hyperproliferatives et inflammatoires de la peau, impliquant la voie de signalisation IL-1, comme le psoriasis ou certains cancers de la peau, et ce à des fins thérapeutiques. Il est aussi intéressant de relever que chez l'homme, MMP1 (présenté comme l'analogue de MMP13 de la souris} joue un rôle primordial dans le photo-vieillissement, nous suggérons donc que PPARß/δ pourrait ainsi être une cible attrayante concernant la photoprotection.

Species distribution models for conservation-oriented studies in Switzerland : filling data and tools gaps

SUMMARYSpecies distribution models (SDMs) represent nowadays an essential tool in the research fields of ecology and conservation biology. By combining observations of species occurrence or abundance with information on the environmental characteristic of the observation sites, they can provide information on the ecology of species, predict their distributions across the landscape or extrapolate them to other spatial or time frames. The advent of SDMs, supported by geographic information systems (GIS), new developments in statistical models and constantly increasing computational capacities, has revolutionized the way ecologists can comprehend species distributions in their environment. SDMs have brought the tool that allows describing species realized niches across a multivariate environmental space and predict their spatial distribution. Predictions, in the form of probabilistic maps showing the potential distribution of the species, are an irreplaceable mean to inform every single unit of a territory about its biodiversity potential. SDMs and the corresponding spatial predictions can be used to plan conservation actions for particular species, to design field surveys, to assess the risks related to the spread of invasive species, to select reserve locations and design reserve networks, and ultimately, to forecast distributional changes according to scenarios of climate and/or land use change.By assessing the effect of several factors on model performance and on the accuracy of spatial predictions, this thesis aims at improving techniques and data available for distribution modelling and at providing the best possible information to conservation managers to support their decisions and action plans for the conservation of biodiversity in Switzerland and beyond. Several monitoring programs have been put in place from the national to the global scale, and different sources of data now exist and start to be available to researchers who want to model species distribution. However, because of the lack of means, data are often not gathered at an appropriate resolution, are sampled only over limited areas, are not spatially explicit or do not provide a sound biological information. A typical example of this is data on 'habitat' (sensu biota). Even though this is essential information for an effective conservation planning, it often has to be approximated from land use, the closest available information. Moreover, data are often not sampled according to an established sampling design, which can lead to biased samples and consequently to spurious modelling results. Understanding the sources of variability linked to the different phases of the modelling process and their importance is crucial in order to evaluate the final distribution maps that are to be used for conservation purposes.The research presented in this thesis was essentially conducted within the framework of the Landspot Project, a project supported by the Swiss National Science Foundation. The main goal of the project was to assess the possible contribution of pre-modelled 'habitat' units to model the distribution of animal species, in particular butterfly species, across Switzerland. While pursuing this goal, different aspects of data quality, sampling design and modelling process were addressed and improved, and implications for conservation discussed. The main 'habitat' units considered in this thesis are grassland and forest communities of natural and anthropogenic origin as defined in the typology of habitats for Switzerland. These communities are mainly defined at the phytosociological level of the alliance. For the time being, no comprehensive map of such communities is available at the national scale and at fine resolution. As a first step, it was therefore necessary to create distribution models and maps for these communities across Switzerland and thus to gather and collect the necessary data. In order to reach this first objective, several new developments were necessary such as the definition of expert models, the classification of the Swiss territory in environmental domains, the design of an environmentally stratified sampling of the target vegetation units across Switzerland, the development of a database integrating a decision-support system assisting in the classification of the relevés, and the downscaling of the land use/cover data from 100 m to 25 m resolution.The main contributions of this thesis to the discipline of species distribution modelling (SDM) are assembled in four main scientific papers. In the first, published in Journal of Riogeography different issues related to the modelling process itself are investigated. First is assessed the effect of five different stepwise selection methods on model performance, stability and parsimony, using data of the forest inventory of State of Vaud. In the same paper are also assessed: the effect of weighting absences to ensure a prevalence of 0.5 prior to model calibration; the effect of limiting absences beyond the environmental envelope defined by presences; four different methods for incorporating spatial autocorrelation; and finally, the effect of integrating predictor interactions. Results allowed to specifically enhance the GRASP tool (Generalized Regression Analysis and Spatial Predictions) that now incorporates new selection methods and the possibility of dealing with interactions among predictors as well as spatial autocorrelation. The contribution of different sources of remotely sensed information to species distribution models was also assessed. The second paper (to be submitted) explores the combined effects of sample size and data post-stratification on the accuracy of models using data on grassland distribution across Switzerland collected within the framework of the Landspot project and supplemented with other important vegetation databases. For the stratification of the data, different spatial frameworks were compared. In particular, environmental stratification by Swiss Environmental Domains was compared to geographical stratification either by biogeographic regions or political states (cantons). The third paper (to be submitted) assesses the contribution of pre- modelled vegetation communities to the modelling of fauna. It is a two-steps approach that combines the disciplines of community ecology and spatial ecology and integrates their corresponding concepts of habitat. First are modelled vegetation communities per se and then these 'habitat' units are used in order to model animal species habitat. A case study is presented with grassland communities and butterfly species. Different ways of integrating vegetation information in the models of butterfly distribution were also evaluated. Finally, a glimpse to climate change is given in the fourth paper, recently published in Ecological Modelling. This paper proposes a conceptual framework for analysing range shifts, namely a catalogue of the possible patterns of change in the distribution of a species along elevational or other environmental gradients and an improved quantitative methodology to identify and objectively describe these patterns. The methodology was developed using data from the Swiss national common breeding bird survey and the article presents results concerning the observed shifts in the elevational distribution of breeding birds in Switzerland.The overall objective of this thesis is to improve species distribution models as potential inputs for different conservation tools (e.g. red lists, ecological networks, risk assessment of the spread of invasive species, vulnerability assessment in the context of climate change). While no conservation issues or tools are directly tested in this thesis, the importance of the proposed improvements made in species distribution modelling is discussed in the context of the selection of reserve networks.RESUMELes modèles de distribution d'espèces (SDMs) représentent aujourd'hui un outil essentiel dans les domaines de recherche de l'écologie et de la biologie de la conservation. En combinant les observations de la présence des espèces ou de leur abondance avec des informations sur les caractéristiques environnementales des sites d'observation, ces modèles peuvent fournir des informations sur l'écologie des espèces, prédire leur distribution à travers le paysage ou l'extrapoler dans l'espace et le temps. Le déploiement des SDMs, soutenu par les systèmes d'information géographique (SIG), les nouveaux développements dans les modèles statistiques, ainsi que la constante augmentation des capacités de calcul, a révolutionné la façon dont les écologistes peuvent comprendre la distribution des espèces dans leur environnement. Les SDMs ont apporté l'outil qui permet de décrire la niche réalisée des espèces dans un espace environnemental multivarié et prédire leur distribution spatiale. Les prédictions, sous forme de carte probabilistes montrant la distribution potentielle de l'espèce, sont un moyen irremplaçable d'informer chaque unité du territoire de sa biodiversité potentielle. Les SDMs et les prédictions spatiales correspondantes peuvent être utilisés pour planifier des mesures de conservation pour des espèces particulières, pour concevoir des plans d'échantillonnage, pour évaluer les risques liés à la propagation d'espèces envahissantes, pour choisir l'emplacement de réserves et les mettre en réseau, et finalement, pour prévoir les changements de répartition en fonction de scénarios de changement climatique et/ou d'utilisation du sol. En évaluant l'effet de plusieurs facteurs sur la performance des modèles et sur la précision des prédictions spatiales, cette thèse vise à améliorer les techniques et les données disponibles pour la modélisation de la distribution des espèces et à fournir la meilleure information possible aux gestionnaires pour appuyer leurs décisions et leurs plans d'action pour la conservation de la biodiversité en Suisse et au-delà. Plusieurs programmes de surveillance ont été mis en place de l'échelle nationale à l'échelle globale, et différentes sources de données sont désormais disponibles pour les chercheurs qui veulent modéliser la distribution des espèces. Toutefois, en raison du manque de moyens, les données sont souvent collectées à une résolution inappropriée, sont échantillonnées sur des zones limitées, ne sont pas spatialement explicites ou ne fournissent pas une information écologique suffisante. Un exemple typique est fourni par les données sur 'l'habitat' (sensu biota). Même s'il s'agit d'une information essentielle pour des mesures de conservation efficaces, elle est souvent approximée par l'utilisation du sol, l'information qui s'en approche le plus. En outre, les données ne sont souvent pas échantillonnées selon un plan d'échantillonnage établi, ce qui biaise les échantillons et par conséquent les résultats de la modélisation. Comprendre les sources de variabilité liées aux différentes phases du processus de modélisation s'avère crucial afin d'évaluer l'utilisation des cartes de distribution prédites à des fins de conservation.La recherche présentée dans cette thèse a été essentiellement menée dans le cadre du projet Landspot, un projet soutenu par le Fond National Suisse pour la Recherche. L'objectif principal de ce projet était d'évaluer la contribution d'unités 'd'habitat' pré-modélisées pour modéliser la répartition des espèces animales, notamment de papillons, à travers la Suisse. Tout en poursuivant cet objectif, différents aspects touchant à la qualité des données, au plan d'échantillonnage et au processus de modélisation sont abordés et améliorés, et leurs implications pour la conservation des espèces discutées. Les principaux 'habitats' considérés dans cette thèse sont des communautés de prairie et de forêt d'origine naturelle et anthropique telles que définies dans la typologie des habitats de Suisse. Ces communautés sont principalement définies au niveau phytosociologique de l'alliance. Pour l'instant aucune carte de la distribution de ces communautés n'est disponible à l'échelle nationale et à résolution fine. Dans un premier temps, il a donc été nécessaire de créer des modèles de distribution de ces communautés à travers la Suisse et par conséquent de recueillir les données nécessaires. Afin d'atteindre ce premier objectif, plusieurs nouveaux développements ont été nécessaires, tels que la définition de modèles experts, la classification du territoire suisse en domaines environnementaux, la conception d'un échantillonnage environnementalement stratifié des unités de végétation cibles dans toute la Suisse, la création d'une base de données intégrant un système d'aide à la décision pour la classification des relevés, et le « downscaling » des données de couverture du sol de 100 m à 25 m de résolution. Les principales contributions de cette thèse à la discipline de la modélisation de la distribution d'espèces (SDM) sont rassemblées dans quatre articles scientifiques. Dans le premier article, publié dans le Journal of Biogeography, différentes questions liées au processus de modélisation sont étudiées en utilisant les données de l'inventaire forestier de l'Etat de Vaud. Tout d'abord sont évalués les effets de cinq méthodes de sélection pas-à-pas sur la performance, la stabilité et la parcimonie des modèles. Dans le même article sont également évalués: l'effet de la pondération des absences afin d'assurer une prévalence de 0.5 lors de la calibration du modèle; l'effet de limiter les absences au-delà de l'enveloppe définie par les présences; quatre méthodes différentes pour l'intégration de l'autocorrélation spatiale; et enfin, l'effet de l'intégration d'interactions entre facteurs. Les résultats présentés dans cet article ont permis d'améliorer l'outil GRASP qui intègre désonnais de nouvelles méthodes de sélection et la possibilité de traiter les interactions entre variables explicatives, ainsi que l'autocorrélation spatiale. La contribution de différentes sources de données issues de la télédétection a également été évaluée. Le deuxième article (en voie de soumission) explore les effets combinés de la taille de l'échantillon et de la post-stratification sur le la précision des modèles. Les données utilisées ici sont celles concernant la répartition des prairies de Suisse recueillies dans le cadre du projet Landspot et complétées par d'autres sources. Pour la stratification des données, différents cadres spatiaux ont été comparés. En particulier, la stratification environnementale par les domaines environnementaux de Suisse a été comparée à la stratification géographique par les régions biogéographiques ou par les cantons. Le troisième article (en voie de soumission) évalue la contribution de communautés végétales pré-modélisées à la modélisation de la faune. C'est une approche en deux étapes qui combine les disciplines de l'écologie des communautés et de l'écologie spatiale en intégrant leurs concepts de 'habitat' respectifs. Les communautés végétales sont modélisées d'abord, puis ces unités de 'habitat' sont utilisées pour modéliser les espèces animales. Une étude de cas est présentée avec des communautés prairiales et des espèces de papillons. Différentes façons d'intégrer l'information sur la végétation dans les modèles de répartition des papillons sont évaluées. Enfin, un clin d'oeil aux changements climatiques dans le dernier article, publié dans Ecological Modelling. Cet article propose un cadre conceptuel pour l'analyse des changements dans la distribution des espèces qui comprend notamment un catalogue des différentes formes possibles de changement le long d'un gradient d'élévation ou autre gradient environnemental, et une méthode quantitative améliorée pour identifier et décrire ces déplacements. Cette méthodologie a été développée en utilisant des données issues du monitoring des oiseaux nicheurs répandus et l'article présente les résultats concernant les déplacements observés dans la distribution altitudinale des oiseaux nicheurs en Suisse.L'objectif général de cette thèse est d'améliorer les modèles de distribution des espèces en tant que source d'information possible pour les différents outils de conservation (par exemple, listes rouges, réseaux écologiques, évaluation des risques de propagation d'espèces envahissantes, évaluation de la vulnérabilité des espèces dans le contexte de changement climatique). Bien que ces questions de conservation ne soient pas directement testées dans cette thèse, l'importance des améliorations proposées pour la modélisation de la distribution des espèces est discutée à la fin de ce travail dans le contexte de la sélection de réseaux de réserves.

Ecologie et liberté : libéralisme versus républicanisme

La question centrale de ce travail est celle de la relation entre finitude environnementale et liberté individuelle. Par finitude environnementale il faut entendre l'ensemble des contraintes écologiques variées qui posent des limites à l'action humaine. Celles-ci sont de deux types généraux : les limites de disponibilité des ressources naturelles et: les limites de charge des écosystèmes et des grands cycles biogéochimiques globaux (chapitre 1). La thèse défendue ici est que les conceptions libertariennes et libérales de la liberté sont en conflit avec la nécessité de prendre en compte de telles limites et qu'une approche néo-républicaine est mieux à même de répondre à ces enjeux écologiques. Les théories libertariennes, de droite comme de gauche, sont inadaptées à la prise en compte de la finitude des ressources naturelles car elles maintiennent un droit à l'appropriation illimitée de ces dernières par les individus. Ce point est en contradiction avec le caractère systémique de la rareté et avec l'absence de substitut pour certaines ressources indispensables à la poursuite d'une vie décente (chapitres 2 et 3). La théorie libérale de la neutralité, appuyée par le principe du tort (harm principle), est quant à elle inadaptée à la prise en compte des problèmes environnementaux globaux comme le changement climatique. Les mécanismes causaux menant à la création de dommages environnementaux sont en effet indirects et diffus, ce qui empêche l'assignation de responsabilités au niveau individuel. La justification de politiques environnementales contraignantes s'en trouve donc mise en péril (chapitre 4). Ces difficultés proviennent avant tout de deux traits caractéristiques de ces doctrines : leur ontologie sociale atomiste et leur conception de la liberté comme liberté de choix. Le néo-républicanisme de Philip Pettit permet de répondre à ces deux problèmes grâce à son ontologie holiste et à sa conception de la liberté comme non- domination. Cette théorie permet donc à la fois de proposer une conception de la liberté compatible avec la finitude environnementale et de justifier des politiques environnementales exigeantes, sans que le sacrifice en termes de liberté n'apparaisse trop important (chapitre 5). - The centrai issue of this work is that of the relationship between environmental finiteness and individual liberty. By environmental finiteness one should understand the set of diverse ecological constraints that limit human action. These limits are of two general kinds: on the one hand the availability of natural resources, and on the other hand the carrying capacity of ecosystems and biogeochemical cycles (chapter 1}. The thesis defended here is that libertarian and liberal conceptions of liberty conflict with the necessity to take such limits into account, and that a neo-republican approach is best suited to address environmental issues. Libertarian theories, right-wing as well as left-wing, are in particular not able to take resource scarcity into account because they argue for an unlimited right of individuals to appropriate those resources. This point is in contradiction with the systemic nature of scarcity and with the absence of substitutes for some essential resources (chapters 2 and 3). The liberal doctrine of neutrality, as associated with the harm principle, is unsuitable when addressing global environmental issues like climate change. Causal mechanisms leading to environmental harm are indirect and diffuse, which prevents the assignation of individual responsibilities. This makes the justification of coercive environmental policies difficult (chapter 4). These difficulties stem above all from two characteristic features of libertarian and liberal doctrines: their atomistic social ontology and their conception of freedom as liberty of choice. Philip Pettit's neo- republicanism on the other hand is able to address these problems thanks to its holist social ontology and its conception of liberty as non-domination. This doctrine offers a conception of liberty compatible with environmental limits and theoretical resources able to justify demanding environmental policies without sacrificing too much in terms of liberty (chapter 5).

Résurrection. L'après-mort dans le monde ancien et le Nouveau Testament

Les débats actuels sur la mort et l'après-mort et le faible niveau d'information du public indiquent la nécessité de reprofiler la conception chrétienne de la résurrection. L'ambition de ce livre est ainsi de montrer quelle est la genèse de la foi résurrectionnelle, quels langages elle requiert pour se dire, à quelles nécessités répond l'argumentation des premiers chrétiens, comment elle s'articule à la vision du monde et de l'histoire. Globalement, il s'agit de décrisper une compréhension de la résurrection fixée sur la matérialité des faits pour envisager son rôle structurant dans la christologie et l'anthropologie.

Luc-Actes: La résurrection à l'oeuvre dans l'histoire

(Résumé de l'ouvrage) Les débats actuels sur la mort et l'après-mort et le faible niveau d'information du public indiquent la nécessité de reprofiler la conception chrétienne de la résurrection. L'ambition de ce livre est ainsi de montrer quelle est la genèse de la foi résurrectionnelle, quels langages elle requiert pour se dire, à quelles nécessités répond l'argumentation des premiers chrétiens, comment elle s'articule à la vision du monde et de l'histoire. Globalement, il s'agit de décrisper une compréhension de la résurrection fixée sur la matérialité des faits pour envisager son rôle structurant dans la christologie et l'anthropologie.

Hegel, Heidegger : pensée absolue, pensée abyssale (Heidegger lit Hegel)

Cette thèse de doctorat porte sur l'endurant travail d'interprétation auquel Martin Heidegger (1889-1976) s'est livré à propos de la pensée de Hegel (1770-1831), l'un des représentants de ce que l'on appelle « l'idéalisme allemand ». Ce travail d'interprétation résulte et prend place dans ce que Heidegger entend par le mot allemand Aus-einander-setzung : non pas la recherche de points communs entre deux pensées, par-delà des différences particulières qu'il s'agirait dès lors dépasser, mais au contraire la mise en évidence de leurs différends au sein même d'une appartenance commune à la pensée européo-occidentale. Notre présent travail s'est donné trois tâches : reconstruire l'explication de Heidegger avec Hegel qui se déroule sur près de quarante ans et qui se trouve éparpillée dans une multitude de textes d'époques et de statuts fort divers ; réfléchir et exposer le sens et les enjeux d'une telle explication ; indiquer et mettre à l'épreuve, par une étude immanente de plusieurs textes du corpus hégélien, l'apport de la phénoménologie herméneutique heideggerienne à l'intelligibilité actuelle de la pensée hégélienne. La pensée occidentale, qui a pour nom la philosophie, s'interroge toujours d'une manière ou d'une autre à propos de l'être. Et cela, à partir de Platon, dans un mouvement métaphysique qui va de ce qui est ou de l'étant à son être, ce dernier étant lui-même compris comme le genre commun de l'étant, soit comme « étantité (ousía, Seiendheit) ». Chez Hegel, cette manière bimillénaire de s'enquérir ainsi de l'être de l'étant parvient à son aboutissement, dans une compréhension dialectico-spéculative de l'être en tant que ce processus d'autocompréhension et d'autoproduction que Hegel nomme « l'esprit absolu ». À partir de cet aboutissement, de l'être, il n'en sera plus rien pour la pensée occidentale - « dernière fumée d'une réalité s'évaporant » dira Nietzsche. C'est ce phénomène, nommé par Heidegger « l'oubli de l'être (die Seinsvergessenheit) », qui constituera pour lui la motivation centrale de sa tentative de commencer autrement à penser l'être : dans un mouvement qui ne va plus de l'étant à l'être en tant qu'étantité, mais de l'être (Sein ou Seyn) à l'étant : où cela, qui d'ores et déjà se refuse (sich verweigert) à être un étant, ouvre par là même la possibilité à l'étant d'être ce qu'il est en propre. L'être est alors pensé en tant qu'Ereignis, cela qui advient en appropriant, c'est-à-dire en conduisant l'homme et l'étant à leur propre. Notre travail distingue, dans la lecture heideggerienne de Hegel, deux grandes périodes. Cellesci sont solidaires des deux manières non-métaphysiques d'élaborer la question de l'être qui rythment le chemin de pensée de Heidegger (la première ayant abouti à une impasse) : 1°) l'élaboration horizontaletranscendantale de la question de l'être, centrée sur le premier Hauptwerk de Heidegger de 1927, Être et temps, où la question de l'être est considérée primordialement à partir de ce phénomène qu'est l'entente qu'a l'homme de son être et de son destin qui est celui d'être l'espace ouvert, le là pour l'être en général (Dasein) ; 2°) l'élaboration destinale (seynsgeschichtliche) de la question de l'être, centrée sur le deuxième Hauptwerk de Heidegger que sont les Apports à la philosophie (Beiträge zur Philosophie) (1936- 1938), où la question de l'être est considérée cette fois à partir de l'être lui-même en tant qu'Ereignis. Dans l'interprétation horizontale-transcendantale de Hegel, Heidegger oppose à l'être hégélien en tant qu'esprit absolu, éternel et infini, la transcendance finie du rapport temporel de l'homme à l'être. L'explication se concentre ainsi sur les notions de finitude (chapitre II de notre thèse), de transcendance (chapitre III) et de temporalité (chapitre IV), dans laquelle Heidegger fait jouer son interprétation de Kant contre Hegel. Dans l'interprétation destinale de Hegel, qui est l'interprétation décisive, Hegel est compris, dans la perspective de l'histoire-destinée de l'estre (die Geschichte des Seyns), comme celui qui accomplit ce qui se trouve au coeur même de cette histoire-destinée, dès Héraclite et Parménide : le refus qu'a l'homme occidental de prendre en garde la nihilité (Nichthaftigkeit) de l'être. Hegel serait ainsi celui qui accomplit l'occidental refus du refus (Verweigerung) de l'être. Heidegger repère le site de cet accomplissement hégélien dans la conception dialectico-spéculative de la négativité, laquelle en tant que « négativité absolue (absolute Negativität) » constitue le coeur et l'âme de l'être qu'est le processus de l'esprit absolu (chapitre V). L'enjeu de l'interprétation heideggerienne de Hegel devient dès lors de montrer qu'une négativité plus originaire que la négativité absolue se trouve à l'oeuvre en l'être, une négativité non dialectique que nous avons nommé la « négativité abyssale » (chapitre VII). C'est de la compréhension et l'élaboration de cette dernière que dépend la possibilité pour la pensée occidentale de surmonter une bonne fois le nihilisme - gisant au coeur de la métaphysique - tel qu'il se déchaîne actuellement dans la civilisation technique devenue aujourd'hui planétaire (chapitre VI). Tels sont selon nous le sens et l'enjeu derniers de l'explication de Heidegger avec Hegel.

Le Protévangile de Jacques latin dans l'homélie Inquirendum est pour la fête de la Nativité de Marie

L'article est le fruit d'une recherche sur la survie du Protévangile de Jacques en latin. Il contient l'édition critique et la traduction d'une homélie pour la fête de la Nativité de Marie, désignée par son incipit, Inquirendum est, et conservant les ch. 1-8 du Protévangile de Jacques (PJ). Dans trois des six manuscrits utilisés pour l'édition, l'homélie fait partie d'un recueil de sermons de l'époque carolingienne, l'« Homéliaire de Saint-Père de Chartres ». Elle a été composée en même temps que cet homéliaire, entre 820 et 950, dans un milieu marqué par des échanges entre l'Angleterre et la France. L'auteur de l'homélie a inséré dans un cadre homilétique les ch. 1-8 du PJ. Il a utilisé une version latine amplifiée du Protévangile (traduction II), dont dépendent également plusieurs autres témoins: le manuscrit de Paris, Sainte-Geneviève 2787 (PJlatG); les Latin Infancy Gospels édités par M. R. James (JAr et JHer, formes Arundel et Hereford de la « compilation J »); le récit irlandais de l'enfance du Liber Flavus Fergusiorum (InfLFF). Certaines amplifications du récit primitif sont présentes dans l'ensemble de ces témoins, comme l'épisode de la révélation céleste du nom de Marie (traduction IIa). D'autres sont communes à l'homélie, à JAr-JHer et/ou à InfLFF, comme l'ordre supplémentaire donné par Joachim à ses bergers (traduction IIb). A côté de ces éléments traditionnels, l'article met en évidence une série de particularités rédactionnelles (omissions, retouches, additions). L'auteur de l'homélie tient notamment à souligner le caractère naturel de la conception de Marie.