Simulation of stromatolite growth using diffusion-limited aggregation and a discrete model of biogeochemical exchanges in microbial mat

Resume : Mieux comprendre les stromatolithes et les tapis microbiens est un sujet important en biogéosciences puisque cela aide à l'étude des premières formes de vie sur Terre, a mieux cerner l'écologie des communautés microbiennes et la contribution des microorganismes a la biominéralisation, et même à poser certains fondements dans les recherches en exobiologie. D'autre part, la modélisation est un outil puissant utilisé dans les sciences naturelles pour appréhender différents phénomènes de façon théorique. Les modèles sont généralement construits sur un système d'équations différentielles et les résultats sont obtenus en résolvant ce système. Les logiciels disponibles pour implémenter les modèles incluent les logiciels mathématiques et les logiciels généraux de simulation. L'objectif principal de cette thèse est de développer des modèles et des logiciels pour aider a comprendre, via la simulation, le fonctionnement des stromatolithes et des tapis microbiens. Ces logiciels ont été développés en C++ en ne partant d'aucun pré-requis de façon a privilégier performance et flexibilité maximales. Cette démarche permet de construire des modèles bien plus spécifiques et plus appropriés aux phénomènes a modéliser. Premièrement, nous avons étudié la croissance et la morphologie des stromatolithes. Nous avons construit un modèle tridimensionnel fondé sur l'agrégation par diffusion limitée. Le modèle a été implémenté en deux applications C++: un moteur de simulation capable d'exécuter un batch de simulations et de produire des fichiers de résultats, et un outil de visualisation qui permet d'analyser les résultats en trois dimensions. Après avoir vérifié que ce modèle peut en effet reproduire la croissance et la morphologie de plusieurs types de stromatolithes, nous avons introduit un processus de sédimentation comme facteur externe. Ceci nous a mené a des résultats intéressants, et permis de soutenir l'hypothèse que la morphologie des stromatolithes pourrait être le résultat de facteurs externes autant que de facteurs internes. Ceci est important car la classification des stromatolithes est généralement fondée sur leur morphologie, imposant que la forme d'un stromatolithe est dépendante de facteurs internes uniquement (c'est-à-dire les tapis microbiens). Les résultats avancés dans ce mémoire contredisent donc ces assertions communément admises. Ensuite, nous avons décidé de mener des recherches plus en profondeur sur les aspects fonctionnels des tapis microbiens. Nous avons construit un modèle bidimensionnel de réaction-diffusion fondé sur la simulation discrète. Ce modèle a été implémenté dans une application C++ qui permet de paramétrer et exécuter des simulations. Nous avons ensuite pu comparer les résultats de simulation avec des données du monde réel et vérifier que le modèle peut en effet imiter le comportement de certains tapis microbiens. Ainsi, nous avons pu émettre et vérifier des hypothèses sur le fonctionnement de certains tapis microbiens pour nous aider à mieux en comprendre certains aspects, comme la dynamique des éléments, en particulier le soufre et l'oxygène. En conclusion, ce travail a abouti à l'écriture de logiciels dédiés à la simulation de tapis microbiens d'un point de vue tant morphologique que fonctionnel, suivant deux approches différentes, l'une holistique, l'autre plus analytique. Ces logiciels sont gratuits et diffusés sous licence GPL (General Public License). Abstract : Better understanding of stromatolites and microbial mats is an important topic in biogeosciences as it helps studying the early forms of life on Earth, provides clues re- garding the ecology of microbial ecosystems and their contribution to biomineralization, and gives basis to a new science, exobiology. On the other hand, modelling is a powerful tool used in natural sciences for the theoretical approach of various phenomena. Models are usually built on a system of differential equations and results are obtained by solving that system. Available software to implement models includes mathematical solvers and general simulation software. The main objective of this thesis is to develop models and software able to help to understand the functioning of stromatolites and microbial mats. Software was developed in C++ from scratch for maximum performance and flexibility. This allows to build models much more specific to a phenomenon rather than general software. First, we studied stromatolite growth and morphology. We built a three-dimensional model based on diffusion-limited aggregation. The model was implemented in two C++ applications: a simulator engine, which can run a batch of simulations and produce result files, and a Visualization tool, which allows results to be analysed in three dimensions. After verifying that our model can indeed reproduce the growth and morphology of several types of stromatolites, we introduced a sedimentation process as an external factor. This lead to interesting results, and allowed to emit the hypothesis that stromatolite morphology may be the result of external factors as much as internal factors. This is important as stromatolite classification is usually based on their morphology, imposing that a stromatolite shape is dependant on internal factors only (i.e. the microbial mat). This statement is contradicted by our findings, Second, we decided to investigate deeper the functioning of microbial mats, We built a two-dimensional reaction-diffusion model based on discrete simulation, The model was implemented in a C++ application that allows setting and running simulations. We could then compare simulation results with real world data and verify that our model can indeed mimic the behaviour of some microbial mats. Thus, we have proposed and verified hypotheses regarding microbial mats functioning in order to help to better understand them, e.g. the cycle of some elements such as oxygen or sulfur. ln conclusion, this PhD provides a simulation software, dealing with two different approaches. This software is free and available under a GPL licence.

Projets de coopération universitaire : l'émergence de nouvelles structures de gouvernance

Depuis le début des années quatre-vingt-dix, le modèle classique de l'université est fortement remis en question: pénétration accrue des acteurs privés, attentes de la société civile, contractualisation et «horizontalisation» des relations, etc. L'université bouge et doit s'adapter à un environnement en mutation. En Suisse, les projets de coopération inter universités semblent être une des réponses privilégiées par les acteurs dominants du système pour faire face à ces changements. Toutefois, la mise en place de nouveaux arrangements institutionnels notamment sous la forme de réseaux d'enseignement et de recherche ne va pas sans soulever de nombreuses interrogations. Premièrement, et notamment du fait de bases légales peu développées, les collaborations institutionnalisées n'ont pas toutes la même configuration. Nous devons donc nous questionner sur les formes concrètes prises par ces réseaux d'enseignement et de recherche et sur les raisons qui ont conduit à l'adoption d'un type particulier de structure de coopération. Ensuite, comme ces structures ne viennent pas remplacer, mais plutôt se superposer à celles préexistantes, il convient de comprendre la redistribution du pouvoir au sein de formes institutionnelles complexes. Plus précisément, l'analyse de la nouvelle répartition des compétences entre les institutions hiérarchiques (les universités) et les coopérations (réseaux) en particulier sous l'angle de l'autonomie dont ces dernières disposent, se révèle être un angle d'approche fructueux. Finalement, la question de l'évaluation de ces nouvelles formes de gouvernance va se poser. Outre les formes prises par ces structures, une discussion doit être menée autour des limites démocratiques de cette nouvelle forme du secteur public. Ce working paper présente dans un premier temps quelques facteurs qui ont contraints les universités à une remise en cause de leurs structures de gouvernance. Il introduit ensuite quelques éléments théoriques faisant référence aux théories portant sur les réseaux et plus particulièrement à l'approche institutionnelle de ceux-ci. La troisième partie de ce papier présente brièvement les structures de gouvernance du système universitaire helvétique ainsi que les récentes pressions au changement ayant favorisé la mise en place de ces réseaux. Finalement, la quatrième partie étudie, au travers de six cas de coopérations inter-universitaires suisses, la forme prise par ces réseaux, essentiellement sous l'angle de leur degré d'autonomie.

D'une langue l'autre : l'écriture de C.F. Ramuz à travers le prisme de sa réception germanophone

Résumé de thèseC.F. Ramuz (1878-1947) compte parmi les auteurs de Suisse française les plus traduits au cours du XXe siècle. Ses romans, nouvelles, poèmes et essais ont circulé à travers le monde entier dans une trentaine de langues, totalisant plus de trois cents documents traduits. Malgré cette très large diffusion, aucune étude détaillée n'a permis à ce jour de présenter les enjeux de sa réception en dehors de l'aire francophone. Cette recherche vise à combler en partie cette lacune, en s'attachant à l'analyse de la réception germanophone de Ramuz. Comme celle-ci se concentre essentiellement sur un espace de production, de circulation et de discussion alémanique, ce travail aborde aussi une histoire des échanges littéraires en Suisse. Les aspects développés dans ce travail permettent d'identifier les facteurs qui ont conféré à Ramuz, dans le contexte spécifiquement suisse, la stature d'un écrivain national.C'est en 1921 que paraissent les premières traductions allemandes en volume, sous l'égide du traducteur bâlois Albert Baur. Werner Johannes Guggenheim, un homme de théâtre très engagé dans la vie culturelle suisse, lui emboîte le pas pour devenir dès 1927 le traducteur attitré de Ramuz. Entre 1927 et 1945, il signe vingt et une traductions qui feront l'objet de nombreuses rééditions. Durant cette large période, la lecture des textes de Ramuz est placée sous le sceau de la Défense spirituelle et le travail du traducteur contribue à renforcer les valeurs fondatrices du pays, par-delà les barrières linguistiques. Mais les textes de Ramuz prêtent aussi le flanc à un autre type de lecture idéologique : l'attachement de l'auteur au sol qui l'a vu naître fournit un terreau propice aux thèses du IIIe Reich et plusieurs travaux universitaires allemands investiguent la mystique paysanne de Ramuz pour le rattacher au canon de la littérature « Blut-und-Boden ». Il faut attendre les années 1970 pour qu'un vaste projet éditorial s'engage dans une réévaluation de l'oeuvre ramuzienne : entre 1972 et 1978, la maison Huber Verlag à Frauenfeld confie à différents traducteurs le soin de traduire les grands romans et les principaux essais de Ramuz sous le titre des Werke in sechs Bänden. La modernité de son écriture, son rythme et sa narration polyphonique ressortent alors à travers ces retraductions. Parallèlement, la réception germanophone de Ramuz est animée à la fin des années 1970 par une série de traductions en dialecte bernois réalisées par Hans Ulrich Schwaar. Depuis le début des années 1980, l'oeuvre de Ramuz se trouve toujours au catalogue des éditeurs de langue allemande, mais principalement en réédition. Pastorale, un recueil de nouvelles traduit par Peter Sidler en 1994 chez Limmat Verlag, représente toutefois une exception et semble ranimer dans l'aire germanophone la discussion autour des oeuvres de Ramuz.La recherche souligne ainsi les dynamiques particulières qui ont conditionné le transfert des textes de Ramuz en langue allemande. Elle révèle comment les traductions peuvent être le miroir des différentes politiques culturelles qui ont régi les échanges littéraires au sein de la Suisse durant tout le siècle passé. Cette étude permet aussi d'explorer la façon dont les instances littéraires suisses ont négocié le passage vers l'Allemagne, notamment sous le régime nazi. Enfin, sur le plan littéraire, l'analyse des textes traduits invite à une relecture des explorations stylistiques de l'écrivain romand : le regard transversal des traducteurs éclaire sous un jour différent les débats qui animent la réception de Ramuz en langue française, en même temps qu'il y apporte des réponses nouvelles et parfois inattendues.

Le carcinome rénal à cellules chromophobes : une tumeur rare et de bon pronostic

Résumé :Il existe peu d'études dans la littérature comparant les caractéristiques anatomo-cliniques et évolutives des principales formes histologiques de carcinome rénal. Dans nombre de ces études, les carcinomes rénaux étudiés étaient de grades et de stades différents.Buts de l'étude :L'objet de notre étude était d'examiner les caractéristiques anatomo-cliniques d'une série de carcinome rénaux à cellules chromophobes (CRCCh) et de les comparer à celles des carcinomes rénaux conventionnels (CRC) et des carcinomes rénaux papillaires de type 1 (CRP1), à grade et stade équivalents.Matériel et méthodes :41 CRCCh, 40 CRP1 et 153 CRC ont été examinés en se concentrant sur les paramètres suivants : âge et sexe du patient, taille de la tumeur, stade, grade et caractéristiques histologiques. Les survies globales, survies sans récidive et survies sans métastase de chaque groupe tumoral ont été comparées, à grade et stade équivalents (méthode de Kaplan Meier). Les facteurs pronostiques les plus importants ont été recherchés (modèle de Cox).Résultats :En analyse univariée, le CRCCh est celui qui a le meilleur pronostic en terme de survie globale et de survie sans métastase parmi les tumeurs de grade et de stade équivalents. En analyse multivariée, l'histologie CRC est le facteur pronostique le plus important et le plus défavorable.Conclusion A grade et stade équivalents, le pronostic du CRCCh est sensiblement le même que celui du CRP 1 mais significativement meilleur que celui du CRC, avec lequel il ne doit pas être confondu.

Stress et satisfaction au travail des cadres intermédiaires dans les hôpitaux de Suisse romande dans un contexte de réformes

L'article vise à identifier les déterminants du stress et de la satisfaction au travail parmi une population de cadres intermédiaires exerçant dans des établissements hospitaliers de Suisse romande. Il vise également à combler un vide dans les études sur les administrations publiques suisses: mieux saisir, au moyen d'une enquête par questionnaires, quels sont les principales variables qui se trouvent à l'origine de la satisfaction au travail et qui peuvent être des ressources pour les acteurs afin de faire face au stress. L'étude confirme des résultats de recherches internationales, montrant que des facteurs relationnels et des caractéristiques du travail sont les principaux déterminants du stress et de la satisfaction. Elle souligne dès lors l'importance d'adopter une lecture « structurelle » et « organisationnelle » du stress et de la satisfaction, soulignant aussi que les caractéristiques individuelles de la population étudiée n'expliquent qu'une très infime variance de ces phénomènes.