Réplication cérébrale du VIH malgré une thérapie antirétrovirale efficace: impact clinique et prise en charge [Intracerebral HIV replication despite an efficient antiretroviral treatment: clinical impact and management].

Various neurological and neuropsychological manifestations are still relatively frequently reported in HIV infected patients in the highly active antiretroviral therapy era. A fraction of them could be related to HIV replication in the central nervous system (CNS) despite adequate peripheral viral suppression. This hypothesis is supported by numerous reports of detectable HIV RNA in the cerebrospinal fluid in the context of a low or undetectable viremia in association with neurological or neuropsychological complaints. In addition, some antiviral molecules may not achieve adequate levels in the CNS, thus potentially favoring intracerebral HIV replication and even antiretroviral resistance. Neurologic manifestations in the presence of CNS HIV replication often decrease after antiretroviral treatment CNS penetration optimization.

La relation intentionnelle dans la tradition aristotélicienne : étude de la réception des textes d'Aristote sur les corrélats psychiques

Ce travail a pour but d'identifier, dans la tradition aristotélicienne, un type particulier de relation entre les activités psychiques et leurs objets, une relation intentionnelle, exprimant la pure visée, et donc irréductible tant à une relation causale qu'à une relation de conformité (ou « aléthique ») des activités psychiques à la réalité. Après une étude des relations psychiques chez Aristote lui-même, le travail se tourne vers la réception de ses textes, plus précisément vers la réception de Catégories VII et, surtout, de Métaphysique Δ, 15. Durant l'Antiquité déjà, certains aristotéliciens - Alexandre d'Aphrodise, les néoplatoniciens - ont admis, sous l'autorité de Métaphysique Δ, 15, un concept de relation intentionnelle dans leur psychologie. Au Moyen-âge, de nombreux auteurs ont procédé de même. Alors que certains philosophes, à commencer par Thomas d'Aquin, ont réduit la dimension relationnelle du psychisme à la causalité exercée par la réalité sur l'activité psychique ou à la conformité de l'activité psychique à la réalité, d'autres, notamment Duns Scot, ont reconnu, sur la base de Métaphysique Δ, 15, un type de relation à l'objet n'exprimant rien d'autre que la pure visée. À la fin du 19e siècle, Brentano lisait Aristote de la même manière: la relation intentionnelle, irréductible à une relation causale ou à une relation de conformité, a ses origines en Métaphysique Δ, 15. En somme, ce travail analyse, d'Aristote à Brentano, les liens entre intentionnalité, causalité et vérité.

Role of hepatitis C virus genotype 3 in liver fibrosis progression : a systematic review and meta-analysis ; et, Impact of nurse vaccination program on hepatitis B immunity in a Swiss HIV clinic

Rôle du génotype 3 du virus de l'hépatite C dans la progression de la fibrose hépatique, une revue systématique avec méta-analyse. On estime à 170 millions le nombre de personnes atteintes d'hépatite C chronique dans le monde. La principale conséquence de cette maladie est la fibrose du foie, qui évolue plus ou moins rapidement, pour aboutir au développement d'une cirrhose et/ou d'un hépatocarcinome. Certains des facteurs accélérateurs de la fibrose, comme l'âge avancé au moment de l'infection, le sexe masculin, la consommation d'alcool, sont bien connus. On a longtemps considéré que les six différents génotypes viraux n'influençaient pas la progression de la fibrose. Des études récentes ont cependant suggéré que certains génotypes, en particulier ie génotype 3, pouvaient entraîner une fibrose plus rapide. Le but de ce travail de thèse était de déterminer à l'aide d'une méta-analyse le rôle du génotype viral dans la progression de la fibrose dans l'infection chronique au virus de l'hépatite C. Les études ont été sélectionnées dans la littérature médicale à partir d'une série de mots-clés. Le degré de fibrose a été estimé par biopsie, en utilisant le score Metavir. Deux types d'études ont décrits de manière différente la durée d'infection. Les premières ont calculé la progression de la fibrose depuis le moment estimée de l'infection (« études avec une biopsie »), les secondes ont exprimés cette durée comme étant l'intervalle entre deux biopsies (« études avec deux biopsies »). L'analyse a permis d'identifier 8 études avec une biopsie pour un collectif total de 3182 patients ainsi que 8 études avec deux biopsies pour un collectif de 896 patients. Dans une méta-analyse de type « random effect », le rapport de cote pour l'association du génotype 3 avec une fibrose accélérée est de 1.52 (95% IC 1.12-2.07, p=0.007) pour les études à une biopsie. Pour les études à deux biopsies, le rapport de cote pour cette association est de 1.37 (95% IC 0.87-2.17, P=0.17). Cette étude montre que les patients avec une hépatite C chronique due au génotype 3 ont une progression de fibrose plus rapide que ceux qui sont infectés par les autres génotypes. Alors que la méta-analyse des études avec une biopsie est clairement significative, celle des études avec deux biopsies est au-dessous du seuil de significativité. Les études à deux biopsies peuvent être limitées par plusieurs facteurs, comprenant un « biais d'indication » (seuls les patients évoluant rapidement vers la cirrhose ont plus de risque d'avoir une deuxième biopsie), une durée d'observation très courte (5 années comparée à 13 années pour les études à 2 biopsies), et un nombre de patient limité (896 pour le études à 2 biopsies comparé à 3182 pour les études à 1 biopsie). Impact d'un programme de vaccination sur l'immunité contre l'hépatite Β dans une clinique suisse du VIH Le virus de l'hépatite Β cause une infection aigûe dont la symptomatologie varie d'une présentation subclinique à une progression fulminante. Dans une minorité de cas, l'infection aigiie est suivie d'une infection chronique pouvant évoluer vers une cirrhose hépatique et/ou un hépatocarcinome. La prévalence de l'hépatite Β aiguë et chronique chez les personnes vivant avec le virus d'immunodéficience humaine (VIH) est supérieure à celle de la population générale. Par ailleurs la co-infection avec le virus du VIH entraine une progression plus rapide de l'hépatite B. Dès lors, l'immunité pour le virus de l'hépatite Β représente un facteur primordial de prévention dans la population infectée par le virus de l'HIV. Bien que l'administration d'un vaccin contre l'hépatite Β soit particulièrement recommandée chez tous les individus infectés par le VIH, la couverture vaccinale dans cette population est souvent insuffisante. Le but de cette étude était de déterminer l'état d'immunisation contre le virus de l'hépatite Β dans la population infectée par le VIH de la cohorte Suisse HIV et d'analyser l'efficacité d'un programme de vaccination administré par le personnel soignant. L'immunité avant et après intervention dans notre centre a été comparée aux autres centres de la cohorte HIV en Suisse. L'immunité pour le centre d'intervention a passé de 32% avant intervention à 76% après intervention alors que pour les autres centres, l'immunité n'a progressé que de 33% à 39% dans le même laps de temps (n=2712, P=0.001). Cette étude montre qu'un contrôle systématique de l'immunité par du personnel soignant augmente de manière significative l'immunité pour le vaccin de l'hépatite Β dans la population HIV.

Clinical proteomics : a focus on transformed human T and B lymphocytes

Résumé large public La protéomique clinique est une discipline qui vise l'étude des protéines dans un but diagnostique ou thérapeutique. Nous avons utilisé cette approche pour étudier les lymphocytes T «tueurs » ou cytotoxiques qui font partie des globules blancs du système sanguin et agissent dans la lutte contre les infections et les tumeurs. Ces cellules sont impliquées dans l'immunothérapie cellulaire qui se fonde sur la capacité naturelle des ces lymphocytes à repérer les cellules tumorales et à les détruire. L'introduction du gène de la télomérase dans les lymphocytes T résulte en une prolongation de leur longévité, ce qui en ferait des candidats intéressants pour l'immunothérapie cellulaire. Il subsiste cependant des doutes quant aux conséquences de l'utilisation de ces lymphocytes «immortalisés ». Pour répondre à cette question, nous avons comparé le profile protéique de lymphocytes T cytotoxiques «jeunes » et vieux » avec celui des lymphocytes «immortalisés ». Nous avons trouvé que ces derniers présentent une double face et partagent à la fois les caractéristiques de la jeunesse et de la vieillesse. Dans une seconde étude de protéomique clinique, nous nous sommes penchés sur les lymphocytes B «immortalisés » cette fois-ci non pas avec la télomérase, mais avec le virus d'Epstein-Barr. Ces derniers sont utilisés comme modèle dans l'étude de la leucodystrophie, une maladie génétique rare qui affecte le cerveau. Notre but est d'identifier des marqueurs biologiques potentiels qui pourraient aider le diagnostic et le traitement de cette maladie neurodégénérative. Nous avons pour ce faire comparé les profiles protéiques des lymphocytes B «immortalisés » provenant d'individus sains et malades. Malheureusement, notre analyse n'a pas révélé de différences notoires entre ces deux classes de lymphocytes. Ceci nous permet toutefois de conclure que la maladie n'affecte pas la synthèse des protéines de manière prépondérante dans ces cellules sanguines. En résumé, le travail présenté dans cette thèse montre à la fois le potentiel et les limites de l'analyse des protéines lymphocytaires, dans différentes situations biologiques. Résumé La protéomique clinique ouvre la porte vers de multiples horizons relatifs au traitement de diverses maladies. Ce domaine particulier alliant la protéomique à la médecine, implique l'intervention de la biologie moléculaire et cellulaire. Dans notre étude, nous nous sommes d'abord intéressés aux lymphocytes T CD8+ cytotoxiques dans le contexte de l'immunothérapie adoptive. Le fondement de cette thérapie repose sur la capacité naturelle de ces lymphocytes à reconnaître les cellules tumorales et à les détruire chez les patients atteints de cancer. L'introduction du gène de la transcriptase réverse de la télomérase (hTERT) dans les lymphocytes T humains permet de rallonger leur durée de vie, sans toutefois induire d'altérations liées à la transformation. Cependant, des incertitudes subsistent quant à la ressemblance physiologique et biochimique entre ces cellules surexprirnant la télomérase et les cellules normales. Afin de répondre à cette question, nous avons comparé l'expression des protéines de lymphocytes humains T CD8+ «jeunes » et «vieux »avec celle de lymphocytes transduits avec hTERT. Nous avons trouvé que les lymphocytes T surexprimant la télomérase ont un profile protéique intermédiaire, avec certaines expressions protéiques similaires aux jeunes cellules T et d'autres se rapprochant des cellules vieilles. Dans la seconde partie de notre étude, nous nous sommes intéressés aux lymphocytes B transformés avec le virus d'Epstein-Barr provenant de patients atteints d'une maladie génétique rare du cerveau, la leucodystrophie. Dans cette maladie, des mutations dans le facteur de transcription eIF2B, impliqué dans la synthèse protéique, ont été trouvées. Afin d'analyser les conséquences de ces mutations et de trouver des biomarqueurs spécifiques à cette maladie, nous avons effectué une analyse protéomique des lymphoblastes provenant de malades et d'individus sains. Nous avons trouvé que les mutations dans le complexe ubiquitaire eIF2B n'affectent pas de manière significative l'expression des protéines des lymphoblastes mutés. En conclusion, notre travail illustre le potentiel et les limitations des technologies protéomiques utilisées pour disséquer l'implication des protéines dans différentes situations biologiques. Summary Clinical proteomics opens the door to multiple applications related to the treatment of diseases. This particular field is at the crossroad of proteomics and medicine and involves tools from cellular and molecular biology. We focused first our investigations on cytotoxic T cells in the context of adoptive immunotherapy, which is an interesting and evolving field. The basis of this therapy relies on the natural capacity of cytotoxic CD8+ T lymphocytes in recognizing tumor cells and destroying them in cancer patients. As their number is reduced, the idea would be to use transformed T lymphocytes with extended life span. Overexpression of telomerase into human T lymphocytes results in the extension of their replicative life span, but it still remains unclear whether these cells are physiologically indistinguishable from normal ones. To address this question, we compared the proteome of young and aged CD8+ T lymphocytes with that of T cells transduced with hTERT and found that the latter cells displayed an intermediate protein pattern, sharing similar protein expression with young, but also with aged T cells. We were then interested in studying Epstein-Barr virus transformed B lymphocytes in the context of a rare human brain genetic disorder called leukodystrophy. In this disease, mutations in the ubiquitous factor eIF2B involved in protein synthesis and its regulation have been reported. In order to analyze the functional consequences of the mutations and to find out specific biomarkers of eIF2B-related disorders, proteomic and peptidomic studies were carried out on lymphoblasts from eIF2Bmutated patients versus healthy patients. Following two-dimensional gel electrophoresis and mass fingerprints, mutations in the eIF2B complex did not appear to significantly affect the proteome of the mutated lymphoblasts extracts. To conclude, our work emphasizes the potentials and the limitations of the proteomic technologies used to analyze the role of lymphocyte proteins in different biological situations.

Role of AP-1 family members in lymphomagenesis

Constitutive activation of the nuclear factor-KB (NF-KB) transcriptional pathway is the main characteristic of the activated B-cell-like (ABC) subtype of diffuse large B- cell lymphoma (DLBCL). This has been attributed to oncogenic mutations in the CARMA1, CD79A/B, MyD88 or RNF31 signaling proteins, which control NF-kB activation at different levels. Since several of these mutations lead to a state that mimics chronically antigen receptor-stimulated B-cells, and since the antigen receptor also triggers other transcription pathways, these might be important in ABC DLBCL malignancy too. In this study we analyzed whether abnormal expression and activity of members of the AP-1 transcription factor family could contribute to the pathogenesis of ABC DLBCL. Here, we identified activation of Jun as well as ATF members of the dimeric AP-1 transcription factor family, as a hallmark of ABC but not of germinal center B- cell-like (GCB) DLBCL cell lines. ABC DLBCL cell lines harbored an upregulated expression of c-Jun, JunB, JunD and ATF3 proteins. We could show that the upregulation of c-Jun, JunB and ATF3 was dependent on constitutive BCR and MyD88 signaling. Since AP-1 transcription factors need to dimerize to be active, Jun binding partners were investigated and we could demonstrate the presence of several ATF/Jun heterodimers (including c-Jun/ATF2, c-Jun/ATF3, c-Jun/ATF7, JunB/ATF2, JunB/ATF3, JunB/ATF7, JunD/ATF2, JunD/ATF3 and JunD/ATF7 heterodimers). The disruption of ATF/Jun heterodimers by A-Fos, a dominant negative form of Jun members, was toxic to ABC but not to GCB DLBCL cell lines. Finally, ATF3 immunohistochemistry on DLBCL patient samples revealed that samples classified as non-GCB had more intense and preferentially nuclear staining of ATF3, which could be of diagnostic relevance since the histological classification of the ABC and GCB DLBCL subtypes is difficult in clinical practice. In conclusion, we could show that ABC DLBCL are not only addicted to NF-KB signaling, but also to signaling by some members of the AP-1 transcription factor family. Thus, the AP-1 pathway might be a promising therapeutic target for the treatment of ABC DLBCL. Additionally, monitoring ATF3 levels could improve the diagnosis of ABC DLBCL by IHC. -- L'activation constitutive du facteur de transcription NF-KB est l'une des caractéristiques principales des lymphomes B du type ABC-DLBCL. Cette addiction est dépendante de mutations oncogéniques de CARMA1, CD79A/B, MyD88 et RNF31 qui contrôlent NF-KB à différents niveaux. Etant donné que la plupart de ces mutations mène à un état d'activation chronique du récepteur des cellules B (BCR) et que le BCR active d'autres voies de signalisation, d'autres facteurs de transcription pourraient être impliqués dans la lymphomagénèse des ABC-DLBCL. Dans cette étude, nous nous sommes demandé si les membres de la famille du facteur de transcription AP-1 contribuaient à la pathogénèse de ce type de lymphome. Dans des lignées cellulaires de lymphomes du type ABC-DLBCL en comparaison avec le type GCB-DLBCL, nous avons pu identifier une activation anormale de plusieurs membres de la famille Jun et ATF, deux sous-familles du facteur de transcription AP-1. Les lignées cellulaires dérivées de lymphomes du type ABC-DLBCL surexpriment les facteurs de transcription c-Jun, JunB, JunD et ATF3. Leur surexpression dépend de l'activation constitutive de la voie du BCR et de MyD88. Etant donné qu'AP-1 requiert la formation de dimères pour être actif, nous nous sommes intéressés aux partenaires d'interactions de c-Jun, JunB et JunD et avons pu montrer la formation de plusieurs hétérodimères Jun/ATF (incluant les hétérodimères c-Jun/ATF2, c-Jun/ATF3, c-Jun/ATF7, JunB/ATF2, JunB/ATF3, JunB/ATF7, JunD/ATF2, JunD/ATF3 et JunD/ATF7). Lorsque l'on empêche la formation de ces hétérodimères avec A-Fos, un dominant négatif des membres Jun, la survie des lignées cellulaires du type ABC-DLBCL est diminuée, tandis que les lignées cellulaires GCB-DLBCL ne sont pas affectées. Pour finir, des immunohistochimies (IHC) pour ATF3 sur des échantillons de patients classifiés comme GCB et non-GCB ont pu montrer une coloration d'ATF3 nucléaire et beaucoup plus intense que les échantillons du type GCB. Ainsi, ATF3 pourrait être potentiellement utile en clinique pour différencier le sous type non-GCB des GCB. En conclusion, nous avons pu montrer que les lymphomes du type ABC- DLBCL ne présentent pas uniquement une addiction à NF-KB, mais également de certains membres de la famille de facteur de transcription AP-1. Par conséquent, AP- 1 pourrait être une cible thérapeutique prometteuse pour le développement de futures stratégies. En outre, la détermination des niveaux d'ATF3 par IHC pourraient améliorer le diagnostic des patients du type ABC DLBCL.

Etude clinique et analyse de liaison au locus 3q28 de deux familles suisses avec atrophie optique dominante de Kjer (OPA1) [Clinical study and genetic 3q28 locus linkage in 2 Swiss families with Kjer dominant optic atrophy (OPA1)]

METHODS: We examined 20 patients from 2 unrelated Swiss families to describe their clinical phenotype. In addition, a linkage analysis was performed in an attempt to confirm the reported genetic homogeneity of this condition as well as to refine its genomic localization. RESULTS: Two point analysis provided a cumulative LOD-score of 3.03 with marker D3S 2305. The absence of recombination precluded further refinement of the disease interval. CONCLUSIONS: Our data confirm the genetic homogeneity and the extreme variability of expression, occasionally mimicking low tension glaucoma.

L'hémorragie cérébrale pour diminuer l'angoisse ? : une réflexion clinique et théorique sur la question de l'angoisse et de son apaisement

Le propos de cette thèse est de discuter la question de la causalité psychique dans les phénomènes d'angoisse, en partant d'un cas de notre pratique clinique. Notre patient est un jeune homme, victime d'une hémorragie sous-corticale frontale droite, qui présente principalement un hémisyndrome sensitivo-moteur gauche. De façon surprenante, un apaisement de son angoisse survient, alors qu'avant l'accident vasculaire ce symptôme était bien présent. A partir de ce cas et en prenant appui sur la littérature médicale et psychanalytique, nous tentons d'expliquer l'apaisement de l'angoisse. Finalement, nous proposons une manière d'appréhender et de soutenir les patients atteints d'un accident vasculaire cérébral, en particulier lorsqu'ils souffrent de symptômes de la lignée psychiatrique, une problématique qui s'observe fréquemment.