Evolutionary history of the greater white-toothed shrew (Crocidura russula) inferred from analysis of mtDNA, Y, and X chromosome markers.

We investigate the evolutionary history of the greater white-toothed shrew across its distribution in northern Africa and mainland Europe using sex-specific (mtDNA and Y chromosome) and biparental (X chromosome) markers. All three loci confirm a large divergence between eastern (Tunisia and Sardinia) and western (Morocco and mainland Europe) lineages, and application of a molecular clock to mtDNA divergence estimates indicates a more ancient separation (2.25 M yr ago) than described by some previous studies, supporting claims for taxonomic revision. Moroccan ancestry for the mainland European population is inconclusive from phylogenetic trees, but is supported by greater nucleotide diversity and a more ancient population expansion in Morocco than in Europe. Signatures of rapid population expansion in mtDNA, combined with low X and Y chromosome diversity, suggest a single colonization of mainland Europe by a small number of Moroccan shrews >38 K yr ago. This study illustrates that multilocus genetic analyses can facilitate the interpretation of species' evolutionary history but that phylogeographic inference using X and Y chromosomes is restricted by low levels of observed polymorphism.

Influence of Bacille Calmette-Guérin vaccination on size of tuberculin skin test reaction : to what size ?

RESUME Le diagnostic d'infection tuberculeuse repose essentiellement sur le test tuberculinique (test de Mantoux). Cependant, le résultat de ce dernier est également influencé par d'autres facteurs, le plus important étant la vaccination par le Bacille Calmette-Guérin (BCG), interaction connue depuis de nombreuses années. Il est généralement admis que l'effet de la vaccination peut entraîner des réactions positives jusqu'à un diamètre d'induration de 15 mm. Au-delà, la positivité du test est en général attribuée à une primo-infection tuberculeuse. Peu d'études se sont réellement penchées sur le sujet. Chez le personnel de soins soumis à des Mantoux répétés, cette notion revêt une importance particulière pour interpréter correctement une réaction fortement positive en l'absence de facteurs de risque tuberculeux, dans un pays à faible endémie tuberculeuse. Notre étude a cherché à déterminer si le diamètre transversal de l'induration du Mantoux était un critère fiable pour distinguer une positivité associée à une infection tuberculeuse de celle associée à une ancienne vaccination. Elle s'est attachée à rechercher un seuil au-delà duquel l'infection tuberculeuse pourrait être considérée comme probable. Entre janvier 1991 et mars 1998, tous les nouveaux employés du CHUV ont été invités à recevoir un test tuberculinique à l'occasion de leur visite d'entrée à la Médecine du personnel. En cas de réponse négative, un deuxième test a été pratiqué une semaine plus tard, pour détecter un éventuel effet booster. Lors de la première visite, l'infirmière a rempli un questionnaire comprenant les données démographiques usuelles, des informations concernant les facteurs pouvant influencer la positivité du test, notamment les antécédents de vaccination par le BCG, les expositions à la tuberculose et l'existence d'antécédents d'infection tuberculeuse. Parmi les 5117 sujets inclus dans l'étude, nous avons trouvé que l'influence de la vaccination variait en fonction de l'âge. Chez les sujets de moins de 40 ans, la vaccination par le BCG était le prédicteur le plus important d'un Mantoux positif inférieur à 18 mm, de loin supérieur aux facteurs de risque habituels pour une infection tuberculeuse, eux aussi significatifs. L'effet du BCG était présent pour des réactions allant jusqu'à 20 mm. Pour les Mantoux supérieurs à 20 mm, l'odds ratio (OR) relatif au BCG demeure clairement élevé (supérieur à 3,4) bien que non significatif. Par contre, pour les employés âgés de plus de 40 ans, le BCG est un facteur prédictif pour les tests supérieurs à 10 mm (OR 2.4) mais n'est plus un facteur significatif pour une taille supérieure à 15 mm. Ces résultats montrent que l'interprétation d'un test tuberculinique même fortement positif, doit être faite avec prudence et discernement. En effet, notre étude démontre que chez les sujets vaccinés de moins de 40 ans, dans les zones de faible endémie tuberculeuse particulièrement en l'absence de facteurs de risque pour une infection tuberculeuse, un Mantoux positif jusqu'à 18 mm est dû, le plus probablement, à une ancienne vaccination par le BCG, plutôt qu'à une infection par M tuberczilosis. L'interprétation des Mantoux de taille inférieure à 18 mm et les Mantoux effectués chez des sujets de moins de 40 ans, doit prendre en compte l'existence d'un BCG antérieur. En conséquence, la mise en évidence d'une réaction de Mantoux fortement positive ne devrait pas conduire systématiquement à un traitement préventif. L'absence de spécificité du test Mantoux, utilisé pour le dépistage de la tuberculose depuis bientôt une centaine d'année, est un problème connu. Nous démontrons que la taille de l'induration ne peut pas être utilisée de façon fiable comme critère pour identifier une infection tuberculeuse chez une personne vaccinée avec le BCG, avec le risque de sui-traiter un nombre important de sujets. Dans notre étude, 21% des sujets avaient un Mantoux supérieur ou égal à 15 mm et auraient dû être traités selon les recommandations en vigueur en Suisse si l'on ne tenait pas compte du BCG antérieur. Des tests plus spécifiques sont actuellement à l'étude et permettront vraisemblablement, à l'avenir, de palier au problème de l'absence de spécificité du test de Mantoux. Abstract : Background. Previous bacillus Calmette-Guerin (BCG) vaccination can confound the results of a tuberculin skin test (TST). We sought to determine a cutoff diameter of TST induration beyond which the influence of BCG vaccination was negligible in evaluating potential Mycobacterium tuberculosis infection in a population of health care workers with a high vaccination rate and low incidence of tuberculosis. Methods. From 1991 through 1998, all new employees at the University Hospital of Lausanne, Switzerland, underwent a 2-step TST at entry visit. We also gathered information on demographic characteristics, along with factors commonly associated with tuberculin positivity, including previous BCG vaccination, history of latent M. tuberculosis infection, and predictors for M. tuberculosis infection. Results. Among the 5117 investigated subjects, we found that influence of BCG vaccination on TST results varied across categories of age (likelihood ratio test, 0.0001). Prior BCG vaccination had a strong influence on skin test results of mm in diameter among persons <40 years old, compared with the influence of factors predictive of M. tuberculosis infection. Prior latent M. tuberculosis infection and travel or employment in a country in which tuberculosis is endemic also had significant influences. Conclusions. Interpretation of TST reactions of mm among BCG-vaccinated persons <40 years of age must be done with caution in areas with a low incidence of tuberculosis. In such a population, except for persons who have never been vaccinated, TST reactions of ---518 mm are more likely to be the result of prior vaccination than infection and should not systematically lead to preventive treatment.

ECG interpretation during the acute phase of coronary syndromes: in need of improvement?

QUESTION UNDER STUDY: Emergency room (ER) interpretation of the ECG is critical to assessment of patients with acute coronary syndromes (ACS). Our aim was to assess its reliability in our institution, a tertiary teaching hospital. METHODS: Over a 6-month period all consecutive patients admitted for ACS were included in the study. ECG interpretation by emergency physicians (EPs) was recorded on a preformatted sheet and compared with the interpretation of two specialist physicians (SPs). Discrepancies between the 2 specialists were resolved by an ECG specialist. RESULTS: Over the 6-month period, 692 consecutive patients were admitted with suspected ACS. ECG interpretation was available in 641 cases (93%). Concordance between SPs was 87%. Interpretation of normality or abnormality of the ECG was concordant between EPs and SPs in 475 cases (74%, kappa = 0.51). Interpretation of ischaemic modifications was concordant in 69% of cases, and as many ST segment elevations were unrecognised as overdiagnosed (5% each). The same findings occurred for ST segment depressions and negative T waves (12% each). CONCLUSIONS: Interpretation of the ECG recorded during ACS by 2 SPs was discrepant in 13% of cases. Similarly, EP interpretation was discrepant from SP interpretation in 25% of cases, equally distributed between over- and underdiagnosing of ischaemic changes. The clinical implications and impact of medical education on ECG interpretation require further study.

Evolution of Y chromosomes : lessons from mammals and amphibians

RÉSUMÉ : Le sexe des individus peut être déterminé par l'environnement ou la génétique. Lorsque la détermination du sexe est génétique, il y a dans le génome, la présence de chromosomes spécifiques qui détermineront le sexe. Dans cette thèse, j'ai étudié l'évolution des chromosomes sexuels et dans quel contexte des marqueurs sur ces chromosomes peuvent être utilisés. Pour explorer la formation du chromosome Y, nous avons étudié les caractéristiques des chromosomes sexuels chez la rainette verte, Hyla arborea. Dans un premier temps, nous avons utilisé un marqueur situé sur les chromosomes sexuels X et Y chez plusieurs espèces appartenant au groupe de la rainette verte. Cela nous a permis de révéler chez toutes ces espèces une hétérogamétie mâle. Dans un deuxième temps, nous avons tiré profit de deux autres marqueurs situés sur les chromosomes sexuels pour montrer que la recombinaison est supprimée chez les mâles mais pas chez les femelles. Pour expliquer la réduction de la variabilité sur le chromosome Y, il n'est pas nécessaire d'invoquer le balayage sélectif ou la sélection d'arrière-plan : le nombre de copies plus petit du chromosome Y dans le génome et l'absence de recombinaison suffisent à l'expliquer. Nous avons également analysé plus en détail la suppression de la recombinaison chez les mâles de H. arborea. Les modèles classiques de l'évolution des chromosomes sexuels supposent que la taille de la région non-recombinante augmente progressivement pendant l'évolution du chromosome Y, due à l'accumulation de changements structuraux. Dans cette étude, nous montrons un modèle différent, à savoir que la recombinaison est supprimée ou diminuée non seulement sur les chromosomes sexuels mais aussi sur les autosomes chez les mâles, dû à l'action de modificateurs généraux. En utilisant des marqueurs localisés sur le chromosome Y, ainsi que sur l'ADN mitochondrial et le chromosome X, nous avons étudié l'histoire évolutive de la musaraigne musette, Crocidura russula. Cette étude illustre que les analyses génétiques avec plusieurs types de marqueurs génétiques peuvent faciliter l'interprétation de l'histoire évolutive des espèces, mais que l'utilisation des marqueurs sur les chromosomes X et Y pour des études phylogéographiques est limitée par le peu de polymorphisme observé sur ces deux types de marqueurs. Le même jeu de données combiné avec des simulations a été employé pour comprendre les facteurs responsables de la faible variabilité sur le chromosome Y qui peut être expliqué, dans notre étude, par la démographie et les traits d'histoire de vie de C. russula. SUMMARY The sex of an individual is determined either by its environment or its genetics. Genetic sex determination relies on the presence of specific chromosomes that will determine the sex of their bearer. In this thesis, I studied the evolution of the sex chromosomes and the context in which markers on this type of chromosomes can be used. To explore the evolution of a Y chromosome, we studied the nascent sex chromosomes in the European tree frog Hyla arborea. First; we amplified a sex specific marker in several related species of European tree frog and found a homogeneous pattern of male heterogamety. Secondly, we used two additional sex-specific markers to show that recombination is suppressed in males but not in females. There is, therefore, no need to invoke background selection or selective sweeps to explain the reduced genetic variability on the Y chromosome, because the lower number of copies of the Y chromosomes per breeding pair and the absence of recombination are sufficient. To further analyze the suppression of recombination in male European. tree frogs, we constructed a microsatellite linkage map for this species. Classical models of sex-chromosome evolution assume that the non-recombining region expands progressively during the long-term evolution of the Y chromosome, owing to the accumulation of structural changes. Here we show a strikingly different pattern: recombination is suppressed or depressed both on sex chromosomes and autosomes in the heterogametic sex, presumably due to the action of general modifiers. We investigated the evolutionary history of the greater white-toothed shrew, Crocidura russula, using markers on both sex chromosomes and mtDNA. This study illustrates that multilocus genetic analyses facilitates the interpretation of a species' evolutionary history. It also demonstrates that phylogeographic inferences from X and Y chromosomal markers are restricted by the low levels of observed polymorphism. Combining this genetic study with simulations, we determined that the demography and the life-history traits of this species can alone be responsible for the low Y diversity. In conclusion, this thesis shows that sex chromosomes, in combination with autosomes or mtDNA, are necessary to understand the evolution of sex chromosomes and to precisely infer the population history of a species.

Nucleation and growth of metamorphic minerals in contact aureoles

THESIS ABSTRACT Nucleation and growth of metamorphic minerals are the consequence of changing P-T-X-conditions. The thesis presented here focuses on processes governing nucleation and growth of minerals in contact metamorphic environments using a combination of geochemical analytics (chemical-, isotope-, and trace element composition), statistical treatments of spatial data, and numerical models. It is shown, that a combination of textural modeling and stable isotope analysis allows a distinction between several possible reaction paths for olivine growth in a siliceous dolomite contact aureole. It is suggested that olivine forms directly from dolomite and quartz. The formation of olivine from this metastable reaction implies metamorphic crystallization far from equilibrium. As a major consequence, the spatial distribution of metamorphic mineral assemblages in a contact aureole cannot be interpreted as a proxy for the temporal evolution of a single rock specimen, because each rock undergoes a different reaction path, depending on temperature, heating rate, and fluid-infiltration rate. A detailed calcite-dolomite thermometry study was initiated on multiple scales ranging from aureole scale to the size of individual crystals. Quantitative forward models were developed to evaluate the effect of growth zoning, volume diffusion and the formation of submicroscopic exsolution lamellae (<1 µm) on the measured Mg-distribution in individual calcite crystals and compare the modeling results to field data. This study concludes that Mg-distributions in calcite grains of the Ubehebe Peak contact aureole are the consequence of rapid crystal growth in combination with diffusion and exsolution. The crystallization history of a rock is recorded in the chemical composition, the size and the distribution of its minerals. Near the Cima Uzza summit, located in the southern Adamello massif (Italy), contact metamorphic brucite bearing dolomite marbles are exposed as xenoliths surrounded by mafic intrusive rocks. Brucite is formed retrograde pseudomorphing spherical periclase crystals. Crystal size distributions (CSD's) of brucite pseudomorphs are presented for two profiles and combined with geochemistry data and petrological information. Textural analyses are combined with geochemistry data in a qualitative model that describes the formation periclase. As a major outcome, this expands the potential use of CSD's to systems of mineral formation driven by fluid-infiltration. RESUME DE LA THESE La nucléation et la croissance des minéraux métamorphiques sont la conséquence de changements des conditions de pression, température et composition chimique du système (PT-X). Cette thèse s'intéresse aux processus gouvernant la nucléation et la croissance des minéraux au cours d'un épisode de métamorphisme de contact, en utilisant la géochimie analytique (composition chimique, isotopique et en éléments traces), le traitement statistique des données spatiales et la modélisation numérique. Il est montré que la combinaison d'un modèle textural avec des analyses en isotopes stables permet de distinguer plusieurs chemins de réactions possibles conduisant à la croissance de l'olivine dans une auréole de contact riche en Silice et dolomite. Il est suggéré que l'olivine se forme directement à partir de la dolomie et du quartz. Cette réaction métastable de formation de l'olivine implique une cristallisation métamorphique loin de l'équilibre. La principale conséquence est que la distribution spatiale des assemblages de minéraux métamorphiques dans une auréole de contact ne peut pas être considérée comme un témoin de l'évolution temporelle d'un type de roche donné, puisque chaque type de roche suit différents chemins de réactions, en fonction de la température, la vitesse de réchauffement et le taux d'infiltration du fluide. Une étude thermométrique calcite-dolomite détaillée a été réalisée à diverses échelles, depuis l'échelle de l'auréole de contact jusqu'à l'échelle du cristal. Des modèles numériques quantitatifs ont été développés pour évaluer l'effet des zonations de croissance, de la diffusion volumique et de la formation de lamelles d'exsolution submicroscopiques (<1µm) sur la distribution du magnésium mesuré dans des cristaux de calcite individuels. Les résultats de ce modèle ont été comparés ä des échantillons naturels. Cette étude montre que la distribution du Mg dans les grains de calcite de l'auréole de contact de l'Ubehebe Peak (USA) résulte d'une croissance cristalline rapide, associée aux processus de diffusion et d'exsolution. L'histoire de cristallisation d'une roche est enregistrée dans la composition chimique, la taille et la distribution de ses minéraux. Près du sommet Cima Uzza situé au sud du massif d'Adamello (Italie), des marbres dolomitiques à brucite du métamorphisme de contact forment des xénolithes dans une intrusion mafique. La brucite constitue des pseudomorphes rétrogrades du périclase. Les distributions de taille des cristaux (CSD) des pseudomorphes de brucite sont présentées pour deux profiles et sont combinées aux données géochimiques et pétrologiques. Les analyses textorales sont combinées aux données géochimiques dans un modèle qualitatif qui décrit la formation du périclase. Ceci élargit l'utilisation potentielle de la C5D aux systèmes de formation de minéraux controlés par les infiltrations fluides. THESIS ABSTRACT (GENERAL PUBLIC) Rock textures are essentially the result of a complex interaction of nucleation, growth and deformation as a function of changing physical conditions such as pressure and temperature. Igneous and metamorphic textures are especially attractive to study the different mechanisms of texture formation since most of the parameters like pressure-temperature-paths are quite well known for a variety of geological settings. The fact that textures are supposed to record the crystallization history of a rock traditionally allowed them to be used for geothermobarometry or dating. During the last decades the focus of metamorphic petrology changed from a static point of view, i.e. the representation of a texture as one single point in the petrogenetic grid towards a more dynamic view, where multiple metamorphic processes govern the texture formation, including non-equilibrium processes. This thesis tries to advance our understanding on the processes governing nucleation and growth of minerals in contact metamorphic environments and their dynamic interplay by using a combination of geochemical analyses (chemical-, isotope-, and trace element composition), statistical treatments of spatial data and numerical models. In a first part the thesis describes the formation of metamorphic olivine porphyroblast in the Ubehebe Peak contact aureole (USA). It is shown that not the commonly assumed succession of equilibrium reactions along a T-t-path formed the textures present in the rocks today, but rather the presence of a meta-stable reaction is responsible for forming the olivine porphyroblast. Consequently, the spatial distribution of metamorphic minerals within a contact aureole can no longer be regarded as a proxy for the temporal evolution of a single rock sample. Metamorphic peak temperatures for samples of the Ubehebe Peak contact aureole were determined using calcite-dolomite. This geothermometer is based on the temperature-dependent exchange of Mg between calcite and dolomite. The purpose of the second part of this thesis was to explain the interfering systematic scatter of measured Mg-content on different scales and thus to clarify the interpretation of metamorphic temperatures recorded in carbonates. Numerical quantitative forward models are used to evaluate the effect of several processes on the distribution of magnesium in individual calcite crystals and the modeling results were then compared to measured field. Information about the crystallization history is not only recorded in the chemical composition of grains, like isotope composition or mineral zoning. Crystal size distributions (CSD's) provide essential information about the complex interaction of nucleation and growth of minerals. CSD's of brucite pseudomorphs formed retrograde after periclase of the southern Adamello massif (Italy) are presented. A combination of the textural 3D-information with geochemistry data is then used to evaluate reaction kinetics and to constrain the actual reaction mechanism for the formation of periclase. The reaction is shown to be the consequence of the infiltration of a limited amount of a fluid phase at high temperatures. The composition of this fluid phase is in large disequilibrium with the rest of the rock resulting in very fast reaction rates. RESUME DE LA THESE POUR LE GRAND PUBLIC: La texture d'une roche résulte de l'interaction complexe entre les processus de nucléation, croissance et déformation, en fonction des variations de conditions physiques telles que la pression et la température. Les textures ignées et métamorphiques présentent un intérêt particulier pour l'étude des différents mécanismes à l'origine de ces textures, puisque la plupart des paramètres comme les chemin pression-température sont relativement bien contraints dans la plupart des environnements géologiques. Le fait que les textures soient supposées enregistrer l'histoire de cristallisation des roches permet leur utilisation pour la datation et la géothermobarométrie. Durant les dernières décennies, la recherche en pétrologie métamorphique a évolué depuis une visualisation statique, c'est-à-dire qu'une texture donnée correspondait à un point unique de la grille pétrogénétique, jusqu'à une visualisation plus dynamique, où les multiples processus métamorphiques qui gouvernent 1a formation d'une texture incluent des processus hors équilibre. Cette thèse a pour but d'améliorer les connaissances actuelles sur les processus gouvernant la nucléation et la croissance des minéraux lors d'épisodes de métamorphisme de contact et l'interaction dynamique existant entre nucléation et croissance. Pour cela, les analyses géochimiques (compositions chimiques en éléments majeurs et traces et composition isotopique), le traitement statistique des données spatiales et la modélisation numérique ont été combinés. Dans la première partie, cette thèse décrit la formation de porphyroblastes d'olivine métamorphique dans l'auréole de contact de l'Ubehebe Peak (USA). Il est montré que la succession généralement admise des réactions d'équilibre le long d'un chemin T-t ne peut pas expliquer les textures présentes dans les roches aujourd'hui. Cette thèse montre qu'il s'agirait plutôt d'une réaction métastable qui soit responsable de la formation des porphyroblastes d'olivine. En conséquence, la distribution spatiale des minéraux métamorphiques dans l'auréole de contact ne peut plus être interprétée comme le témoin de l'évolution temporelle d'un échantillon unique de roche. Les pics de température des échantillons de l'auréole de contact de l'Ubehebe Peak ont été déterminés grâce au géothermomètre calcite-dolomite. Celui-ci est basé sur l'échange du magnésium entre la calcite et la dolomite, qui est fonction de la température. Le but de la deuxième partie de cette thèse est d'expliquer la dispersion systématique de la composition en magnésium à différentes échelles, et ainsi d'améliorer l'interprétation des températures du métamorphisme enregistrées dans les carbonates. Des modèles numériques quantitatifs ont permis d'évaluer le rôle de différents processus sur la distribution du magnésium dans des cristaux de calcite individuels. Les résultats des modèles ont été comparés aux échantillons naturels. La composition chimique des grains, comme la composition isotopique ou la zonation minérale, n'est pas le seul témoin de l'histoire de la cristallisation. La distribution de la taille des cristaux (CSD) fournit des informations essentielles sur les interactions entre nucléation et croissance des minéraux. La CSD des pseudomorphes de brucite retrograde formés après le périclase dans le sud du massif Adamello (Italie) est présentée dans la troisième partie. La combinaison entre les données textorales en trois dimensions et les données géochimiques a permis d'évaluer les cinétiques de réaction et de contraindre les mécanismes conduisant à la formation du périclase. Cette réaction est présentée comme étant la conséquence de l'infiltration d'une quantité limitée d'une phase fluide à haute température. La composition de cette phase fluide est en grand déséquilibre avec le reste de la roche, ce qui permet des cinétiques de réactions très rapides.

Plate tectonics of the Altaids

Abstract: The Altaids consist in a huge accretionary-type belt extending from Siberia through Mon-golia, northern China, Kyrgyzstan and Kazakhstan. They were formed from the Vendian through the Jurassic by the accretion of numerous displaced and exotic terranes (e.g. island arc, ribbon microcontinent, seamount, basaltic plateau, back-arc basin). The number, nature and origin of the terranes differ according to the palaeotectonic models of the different authors. Thanks to a geo- dynamic study (i.e. definition of tectonic settings and elaboration of geodynamic scenarios) and plate tectonics modelling, this work aims to present an alternative model explaining the Palaeozoic palaeotectonic evolution of the Altaids. Based on a large set of compiled geological data related to palaeogeography and geodyna¬mic (e.g. sedimentology, stratigraphy, palaeobiogeography, palaeomagnetism, magmatism, me- tamorphism, tectonic...), a partly new classification of the terranes and sutures implicated in the formation of the Altaids is proposed. In the aim to elaborate plate tectonics reconstructions, it is necessary to fragment the present arrangement of continents into consistent geological units. To avoid confusion with existing terminology (e.g. tectonic units, tectono-stratigraphic units, micro- continents, terranes, blocks...), the new concept of "Geodynamic Units (GDU)" was introduced. A terrane may be formed by a set of GDUs. It consists of a continental and/or oceanic fragment which has its own kinematic and geodynamic evolution for a given period. With the same ap-proach, the life span and type of the disappeared oceans is inferred thanks to the study of the mate-rial contained in suture zones. The interpretation of the tectonic settings within the GDUs comple-ted by the restoration of oceans leads to the elaboration of geodynamic scenarios. Since the Wilson cycle was presented in 1967, numerous works demonstrated that the continental growth is more complex and results from diverse geodynamic scenarios. The identification of these scenarios and their exploitation enable to elaborate plate tectonics models. The models are self-constraining (i.e. space and time constraints) and contest or confirm in turn the geodynamic scenarios which were initially proposed. The Altaids can be divided into three domains: (1) the Peri-Siberian, (2) the Kazakhstan, and (3) the Tarim-North China domains. The Peri-Siberian Domain consists of displaced (i.e. Sayan Terrane Tuva-Mongolian, Lake-Khamsara Terrane) and exotic terranes (i.e. Altai-Mongolian and Khangai-Argunsky Terrane) accreted to Siberia from the Vendian through the Ordovician. Fol-lowing the accretion of these terranes, the newly formed Siberia active margin remained active un-til its part collision with the Kazakhstan Superterrane in the Carboniferous. The eastern part of the active margin (i.e. East Mongolia) continued to act until the Permian when the North-China Tarim Superterrane collided with it. The geodynamic evolution of the eastern part of the Peri-Siberian Domain (i.e. Eastern Mongolia and Siberia) is complicated by the opening of the Mongol-Okhotsk Ocean in the Silurian. The Kazakhstan Domain is composed of several continental terranes of East Gondwana origin amalgamated together during the Ordovician-Silurian time. After these different orogenic events, the Kazakhstan Superterrane evolved as a single superterrane until its collision with a Tarim-North China related-terrane (i.e. Tianshan-Hanshan Terrane) and Siberian Continent during the Devonian. This new organisation of the continents imply a continued active margin from Siberia, to North China through the Kazakhstan Superterrane and the closure of the Junggar- Balkash Ocean which implied the oroclinal bending of the Kazakhstan Superterrane during the entire Carboniferous. The formation history of the Tarim-North China Domain is less complex. The Cambrian northern passive margin became active in the Ordovician. In the Silurian, the South Tianshan back-arc Ocean was open and led to the formation of the Tianshan-Hanshan Terrane which collided with the Kazakhstan Superterrane during the Devonian. The collision between Siberia and the eastern part of the Tarim-North China continents (i.e. Inner Mongolia), implied by the closure of the Solonker Ocean, took place in the Permian. Since this time, the major part of the Altaids was formed, the Mongol-Okhotsk Ocean only was still open and closed during the Jurassic. Résumé: La chaîne des Altaïdes est une importante chaîne d'accrétion qui s'étend en Sibérie, Mon-golie, Chine du Nord, Kirghizstan et Kazakhstan. Elle s'est formée durant la période du Vendian au Jurassique par l'accrétion de nombreux terranes déplacés ou exotiques (par exemple arc océa-nique, microcontinent, guyot, plateau basaltique, basin d'arrière-arc...). Le nombre, la nature ou encore l'origine diffèrent selon les modèles paléo-tectoniques proposés par les différents auteurs. Grâce à une étude géodynamique (c'est-à-dire définition des environnements tectoniques et éla-boration de scénarios géodynamiques) et à la modélisation de la tectonique des plaques, ce travail propose un modèle alternatif expliquant l'évolution paléo-tectonique des Altaïdes. Basé sur une large compilation de données géologiques pertinentes en termes de paléo-géographie et de géodynamique (par exemple sédimentologie, stratigraphie, paléo-biogéographie, paléomagnétisme, magmatisme, métamorphisme, tectonique...), une nouvelle classification des terranes et des sutures impliqués dans la formation des Altaïdes est proposée. Dans le but d'élabo¬rer des reconstructions de plaques tectoniques, il est nécessaire de fragmenter l'arrangement actuel des continents en unités tectoniques cohérentes. Afin d'éviter les confusions avec la terminolo¬gie existante (par exemple unité tectonique, unité tectono-stratigraphique, microcontinent, block, terrane...), le nouveau concept d' "Unité Géodynamique (UGD)" a été introduit. Un terrane est formé d'une ou plusieurs UGD et représente un fragment océanique ou continental défini pas sa propre cinétique et évolution géodynamique pour une période donnée. Parallèlement, la durée de vie et le type des océans disparus (c'est-à-dire principal ou secondaire) est déduite grâce à l'étude du matériel contenu dans les zones de sutures. L'interprétation des environnements tectoniques des UGD associés à la restauration des océans mène à l'élaboration de scénarios géodynamiques. Depuis que le Cycle de Wilson a été présenté en 1967, de nombreux travaux ont démontré que la croissance continentale peut résulter de divers scénarios géodynamiques. L'identification et l'ex-ploitation de ces scénarios permet finalement l'élaboration de modèles de tectonique des plaques. Les modèles sont auto-contraignants (c'est-à-dire contraintes spatiales et temporelles) et peuvent soit contester ou confirmer les scénarios géodynamiques initialement proposés. Les Altaïdes peuvent être divisées en trois domaines : (1) le Domaine Péri-Sibérien, (2) le Domaine Kazakh, et (3) le Domaine Tarim-Nord Chinois. Le Domaine Péri-Sibérien est composé de terranes déplacés (c'est-à-dire Terrane du Sayan, Tuva-Mongol et Lake-Khamsara) et exotiques (c'est-à-dire Terrane Altai-Mongol et Khangai-Argunsky) qui ont été accrétés au craton Sibérien durant la période du Vendien à l'Ordovicien. Suite à l'accrétion de ces terranes, la marge sud-est de la Sibérie nouvellement formée reste active jusqu'à sa collision partielle avec le Superterrane Ka-zakh au Carbonifère. La partie est de la marge active (c'est-à-dire Mongolie de l'est) continue son activité jusqu'au Permien lors de sa collision avec le Superterrane Tarim-Nord Chinois. L'évolu¬tion géodynamique de la partie est du Domaine Sibérien est compliquée par l'ouverture Silurienne de l'Océan Mongol-Okhotsk qui disparaîtra seulement au Jurassique. Le Domaine Kazakh est composé de plusieurs terranes d'origine est-Gondwanienne accrétés les uns avec les autres avant ou pendant le Silurien inférieur et leurs evolution successive sous la forme d'un seul superterrane. Le Superterrane Kazakh collisione avec un terrane Tarim-Nord Chinois (c'est-à-dire Terrane du Tianshan-Hanshan) durant le Dévonien et le continent Sibérien au Dévonien supérieur. Ce nouvel agencement des plaques induit une marge active continue le long des continents Sibérien, Kazakh et Nord Chinois et la fermeture de l'Océan Junggar-Balkash qui provoque le plissement oroclinal du Superterrane Kazakh durant le Carbonifère. L'histoire de la formation du Domaine Tarim-Nord Chinois est moins complexe. La marge passive nord Cambrienne devient active à l'Ordovicien et l'ouverture Silurienne du bassin d'arrière-arc du Tianshan sud mène à la formation du terrane du Tianshan-Hanshan. La collision Dévonienne entre ce dernier et le Superterrane Kazakh provoque la fermerture de l'Océan Tianshan sud. Finalement, la collision entre la Sibérie et la partie est du continent Tarim-Nord Chinois (c'est-à-dire Mongolie Intérieure) prend place durant le Permien suite à la fermeture de l'Océan Solonker. La majeure partie des Altaïdes est alors formée, seul l'Océan Mongol-Okhotsk est encore ouvert. Ce dernier se fermera seulement au Jurassique.

Comparison of a multiplexed bead-based assay with an immunofluorescence and an enzyme-immuno assay for the assessment of Epstein-Barr virus serologic status.

We have compared a multiplexed bead-based assay (BBA) with an enzyme immunoassay (EIA) and immunofluorescence assay (IFA) for the assessment of the Epstein-Barr virus (EBV) serostatus. Three hundred and ninety-three sera, classified according to IFA results as seronegative (n=100), acute infection (n=100), past infection (n=100) and indeterminate (n=93), were tested by BBA and EIA. Overall, the three methods gave similar results with a relatively high (75.2%) concordance with the consensus interpretation of the serostatus. The most significant discordances were: (i) 58 samples had uninterpretable results for BBA, in majority due to the detection of non-antigen specific antibody binding by control beads. (ii) almost half the samples positive for anti-Epstein-Barr nuclear antigen (EBNA) IgG by BBA or EIA were negative by IFA. Among the latter, only a minority had a history of immunocompromise or treatment, or detectable anti-early antigen antibody. This discrepancy probably reflects a poor sensitivity of IFA for anti-EBNA IgG detection. EIA and BBA had a similar performance and had substantial practical advantages over IFA with respect to testing for EBV serostatus.

Pore-scale modeling of two-phase flow instabilities in porous media

Les problèmes d'écoulements multiphasiques en média poreux sont d'un grand intérêt pour de nombreuses applications scientifiques et techniques ; comme la séquestration de C02, l'extraction de pétrole et la dépollution des aquifères. La complexité intrinsèque des systèmes multiphasiques et l'hétérogénéité des formations géologiques sur des échelles multiples représentent un challenge majeur pour comprendre et modéliser les déplacements immiscibles dans les milieux poreux. Les descriptions à l'échelle supérieure basées sur la généralisation de l'équation de Darcy sont largement utilisées, mais ces méthodes sont sujettes à limitations pour les écoulements présentant de l'hystérèse. Les avancées récentes en terme de performances computationnelles et le développement de méthodes précises pour caractériser l'espace interstitiel ainsi que la distribution des phases ont favorisé l'utilisation de modèles qui permettent une résolution fine à l'échelle du pore. Ces modèles offrent un aperçu des caractéristiques de l'écoulement qui ne peuvent pas être facilement observées en laboratoire et peuvent être utilisé pour expliquer la différence entre les processus physiques et les modèles à l'échelle macroscopique existants. L'objet premier de la thèse se porte sur la simulation numérique directe : les équations de Navier-Stokes sont résolues dans l'espace interstitiel et la méthode du volume de fluide (VOF) est employée pour suivre l'évolution de l'interface. Dans VOF, la distribution des phases est décrite par une fonction fluide pour l'ensemble du domaine et des conditions aux bords particulières permettent la prise en compte des propriétés de mouillage du milieu poreux. Dans la première partie de la thèse, nous simulons le drainage dans une cellule Hele-Shaw 2D avec des obstacles cylindriques. Nous montrons que l'approche proposée est applicable même pour des ratios de densité et de viscosité très importants et permet de modéliser la transition entre déplacement stable et digitation visqueuse. Nous intéressons ensuite à l'interprétation de la pression capillaire à l'échelle macroscopique. Nous montrons que les techniques basées sur la moyenne spatiale de la pression présentent plusieurs limitations et sont imprécises en présence d'effets visqueux et de piégeage. Au contraire, une définition basée sur l'énergie permet de séparer les contributions capillaires des effets visqueux. La seconde partie de la thèse est consacrée à l'investigation des effets d'inertie associés aux reconfigurations irréversibles du ménisque causé par l'interface des instabilités. Comme prototype pour ces phénomènes, nous étudions d'abord la dynamique d'un ménisque dans un pore angulaire. Nous montrons que, dans un réseau de pores cubiques, les sauts et reconfigurations sont si fréquents que les effets d'inertie mènent à différentes configurations des fluides. A cause de la non-linéarité du problème, la distribution des fluides influence le travail des forces de pression, qui, à son tour, provoque une chute de pression dans la loi de Darcy. Cela suggère que ces phénomènes devraient être pris en compte lorsque que l'on décrit l'écoulement multiphasique en média poreux à l'échelle macroscopique. La dernière partie de la thèse s'attache à démontrer la validité de notre approche par une comparaison avec des expériences en laboratoire : un drainage instable dans un milieu poreux quasi 2D (une cellule Hele-Shaw avec des obstacles cylindriques). Plusieurs simulations sont tournées sous différentes conditions aux bords et en utilisant différents modèles (modèle intégré 2D et modèle 3D) afin de comparer certaines quantités macroscopiques avec les observations au laboratoire correspondantes. Malgré le challenge de modéliser des déplacements instables, où, par définition, de petites perturbations peuvent grandir sans fin, notre approche numérique apporte de résultats satisfaisants pour tous les cas étudiés. - Problems involving multiphase flow in porous media are of great interest in many scientific and engineering applications including Carbon Capture and Storage, oil recovery and groundwater remediation. The intrinsic complexity of multiphase systems and the multi scale heterogeneity of geological formations represent the major challenges to understand and model immiscible displacement in porous media. Upscaled descriptions based on generalization of Darcy's law are widely used, but they are subject to several limitations for flow that exhibit hysteric and history- dependent behaviors. Recent advances in high performance computing and the development of accurate methods to characterize pore space and phase distribution have fostered the use of models that allow sub-pore resolution. These models provide an insight on flow characteristics that cannot be easily achieved by laboratory experiments and can be used to explain the gap between physical processes and existing macro-scale models. We focus on direct numerical simulations: we solve the Navier-Stokes equations for mass and momentum conservation in the pore space and employ the Volume Of Fluid (VOF) method to track the evolution of the interface. In the VOF the distribution of the phases is described by a fluid function (whole-domain formulation) and special boundary conditions account for the wetting properties of the porous medium. In the first part of this thesis we simulate drainage in a 2-D Hele-Shaw cell filled with cylindrical obstacles. We show that the proposed approach can handle very large density and viscosity ratios and it is able to model the transition from stable displacement to viscous fingering. We then focus on the interpretation of the macroscopic capillary pressure showing that pressure average techniques are subject to several limitations and they are not accurate in presence of viscous effects and trapping. On the contrary an energy-based definition allows separating viscous and capillary contributions. In the second part of the thesis we investigate inertia effects associated with abrupt and irreversible reconfigurations of the menisci caused by interface instabilities. As a prototype of these phenomena we first consider the dynamics of a meniscus in an angular pore. We show that in a network of cubic pores, jumps and reconfigurations are so frequent that inertia effects lead to different fluid configurations. Due to the non-linearity of the problem, the distribution of the fluids influences the work done by pressure forces, which is in turn related to the pressure drop in Darcy's law. This suggests that these phenomena should be taken into account when upscaling multiphase flow in porous media. The last part of the thesis is devoted to proving the accuracy of the numerical approach by validation with experiments of unstable primary drainage in a quasi-2D porous medium (i.e., Hele-Shaw cell filled with cylindrical obstacles). We perform simulations under different boundary conditions and using different models (2-D integrated and full 3-D) and we compare several macroscopic quantities with the corresponding experiment. Despite the intrinsic challenges of modeling unstable displacement, where by definition small perturbations can grow without bounds, the numerical method gives satisfactory results for all the cases studied.

Debating the centre : the theory of principal qualificand (mukhyavisesya) in classical Indian philosophy

The theory of language has occupied a special place in the history of Indian thought. Indian philosophers give particular attention to the analysis of the cognition obtained from language, known under the generic name of śābdabodha. This term is used to denote, among other things, the cognition episode of the hearer, the content of which is described in the form of a paraphrase of a sentence represented as a hierarchical structure. Philosophers submit the meaning of the component items of a sentence and their relationship to a thorough examination, and represent the content of the resulting cognition as a paraphrase centred on a meaning element, that is taken as principal qualificand (mukhyaviśesya) which is qualified by the other meaning elements. This analysis is the object of continuous debate over a period of more than a thousand years between the philosophers of the schools of Mimāmsā, Nyāya (mainly in its Navya form) and Vyākarana. While these philosophers are in complete agreement on the idea that the cognition of sentence meaning has a hierarchical structure and share the concept of a single principal qualificand (qualified by other meaning elements), they strongly disagree on the question which meaning element has this role and by which morphological item it is expressed. This disagreement is the central point of their debate and gives rise to competing versions of this theory. The Mïmāmsakas argue that the principal qualificand is what they call bhāvanā ̒bringing into being̒, ̒efficient force̒ or ̒productive operation̒, expressed by the verbal affix, and distinct from the specific procedures signified by the verbal root; the Naiyāyikas generally take it to be the meaning of the word with the first case ending, while the Vaiyākaranas take it to be the operation expressed by the verbal root. All the participants rely on the Pāninian grammar, insofar as the Mimāmsakas and Naiyāyikas do not compose a new grammar of Sanskrit, but use different interpretive strategies in order to justify their views, that are often in overt contradiction with the interpretation of the Pāninian rules accepted by the Vaiyākaranas. In each of the three positions, weakness in one area is compensated by strength in another, and the cumulative force of the total argumentation shows that no position can be declared as correct or overall superior to the others. This book is an attempt to understand this debate, and to show that, to make full sense of the irreconcilable positions of the three schools, one must go beyond linguistic factors and consider the very beginnings of each school's concern with the issue under scrutiny. The texts, and particularly the late texts of each school present very complex versions of the theory, yet the key to understanding why these positions remain irreconcilable seems to lie elsewhere, this in spite of extensive argumentation involving a great deal of linguistic and logical technicalities. Historically, this theory arises in Mimāmsā (with Sabara and Kumārila), then in Nyāya (with Udayana), in a doctrinal and theological context, as a byproduct of the debate over Vedic authority. The Navya-Vaiyākaranas enter this debate last (with Bhattoji Dïksita and Kaunda Bhatta), with the declared aim of refuting the arguments of the Mïmāmsakas and Naiyāyikas by bringing to light the shortcomings in their understanding of Pāninian grammar. The central argument has focused on the capacity of the initial contexts, with the network of issues to which the principal qualificand theory is connected, to render intelligible the presuppositions and aims behind the complex linguistic justification of the classical and late stages of this debate. Reading the debate in this light not only reveals the rationality and internal coherence of each position beyond the linguistic arguments, but makes it possible to understand why the thinkers of the three schools have continued to hold on to three mutually exclusive positions. They are defending not only their version of the principal qualificand theory, but (though not openly acknowledged) the entire network of arguments, linguistic and/or extra-linguistic, to which this theory is connected, as well as the presuppositions and aims underlying these arguments.

Insights into the biogeographical history of the Lower Guinea Forest Domain: evidence for the role of refugia in the intraspecific differentiation of Aucoumea klaineana.

Determining the biogeographical histories of rainforests is central to our understanding of the present distribution of tropical biodiversity. Ice age fragmentation of central African rainforests strongly influenced species distributions. Elevated areas characterized by higher species richness and endemism have been postulated to be Pleistocene forest refugia. However, it is often difficult to separate the effects of history and of present-day ecological conditions on diversity patterns at the interspecific level. Intraspecific genetic variation could yield new insights into history, because refugia hypotheses predict patterns not expected on the basis of contemporary environmental dynamics. Here, we test geographically explicit hypotheses of vicariance associated with the presence of putative refugia and provide clues about their location. We intensively sampled populations of Aucoumea klaineana, a forest tree sensitive to forest fragmentation, throughout its geographical range. Characterizing variation at 10 nuclear microsatellite loci, we were able to obtain phylogeographic data of unprecedented detail for this region. Using Bayesian clustering approaches, we demonstrated the presence of four differentiated genetic units. Their distribution matched that of forest refugia postulated from patterns of species richness and endemism. Our data also show differences in diversity dynamics at leading and trailing edges of the species' shifting distribution. Our results confirm predictions based on refugia hypotheses and cannot be explained on the basis of present-day ecological conditions.

Olmsted, De Bow, and the Weight of Evidence on the American Slave South

Scholarship on the American Slave South generally agrees that John Eliot Cairnes's The Slave Power provided a highly biased interpretation of the functioning and long-term viability of the southern slave economy. Published shortly after the outbreak of the Civil War, its partisanship is partly attributed to its clearly stated goal to shift British support from the secession states to the states of the Union. Thus, it is generally agreed, Cairnes sifted his sources to obtain the desired outcome. A more balanced use of the sources at his possession would have provided a very different outcome. This paper will challenge this general assessment of Cairnes's book by examining in some detail two of Cairnes's most important sources: Frederic Law Olmsted's travelogues on the American Slave South and James D. B. De Bow's compilation of statistical data and essays in his Industrial Resources, etc., of the Southern and Western States (1852-53). By contrasting De Bow's use of statistical evidence with Olmsted's travelogues, my final purpose is to question the weight of evidence on the American Slave South. Cairnes aimed, I will argue, much more to balance the evidence than is generally acknowledged, but it is misleading to think that balancing a wide range of evidence washes out bias if this evidence itself is politically skewed, as is the rule rather than the exception.

Timing History: The Introduction of Graphical Analysis in 19th Century British Economics

The introduction of time-series graphs into British economics in the 19th century depended on the « timing » of history. This involved reconceptualizing history into events which were both comparable and measurable and standardized by time unit. Yet classical economists in Britain in the early 19th century viewed history as a set of heterogenous and complex events and statistical tables as giving unrelated facts. Both these attitudes had to be broken down before time-series graphs could be brought into use for revealing regularities in economic events by the century's end.

A practical guide for the formulation of propositions in the bayesian approach to DNA evidence interpretation in an adversarial environment

The interpretation of complex DNA profiles is facilitated by a Bayesian approach. This approach requires the development of a pair of propositions: one aligned to the prosecution case and one to the defense case. This note explores the issue of proposition setting in an adversarial environment by a series of examples. A set of guidelines generalize how to formulate propositions when there is a single person of interest and when there are multiple individuals of interest. Additional explanations cover how to handle multiple defense propositions, relatives, and the transition from subsource level to activity level propositions. The propositions depend on case information and the allegations of each of the parties. The prosecution proposition is usually known. The authors suggest that a sensible proposition is selected for the defense that is consistent with their stance, if available, and consistent with a realistic defense if their position is not known.

Ab initio modeling and molecular dynamics simulation of the alpha 1b-adrenergic receptor activation.

This work describes the ab initio procedure employed to build an activation model for the alpha 1b-adrenergic receptor (alpha 1b-AR). The first version of the model was progressively modified and complicated by means of a many-step iterative procedure characterized by the employment of experimental validations of the model in each upgrading step. A combined simulated (molecular dynamics) and experimental mutagenesis approach was used to determine the structural and dynamic features characterizing the inactive and active states of alpha 1b-AR. The latest version of the model has been successfully challenged with respect to its ability to interpret and predict the functional properties of a large number of mutants. The iterative approach employed to describe alpha 1b-AR activation in terms of molecular structure and dynamics allows further complications of the model to allow prediction and interpretation of an ever-increasing number of experimental data.

Raising the Level of Moral Thinking among Managers Will Not Help. Kohlberg's Conventionality and Systemic Ethical Flaws in Business

Business ethicists often assume that unethical behavior arises when individuals deviate from the norms and responsibilities that are institutionalized to frame economic activities. People's greed motivates them to violate the rules of the game. In Kohlberg's terms, it is assumed that such actors make decisions in a preconventional way and act opportunistically. In this article, we propose an alternative interpretation of deviant behavior, arguing that such behavior does not result from a lack of conventional moral guidance but rather from the fact that characteristics attributed to preconventional morality by Kohlberg - the purely incentive and punishment driven opportunistic morality - have become the conventionalized morality. The prevailing norms that economic actors have internalized as their yardstick are those of the preconventional Homo economicus. Not the deviation from, but the compliance with the rules of the game explains many forms of harmful and illegal decisions made in corporations.