Genomics of "chlamydia"-related bacteria

AbstractThe Chlamydiales order is an important bacterial phylum that comprises some of the most successful human pathogens such as Chlamydia trachomatis, the leading infectious cause of blindness worldwide. Since some years, several new bacteria related to Chlamydia have been discovered in clinical or environmental samples and might represent emerging pathogens. The genome sequencing of classical Chlamydia has brought invaluable information on these obligate intracellular bacteria otherwise difficult to study due to the lack of tools to perform basic genetic manipulation. The recent emergence of high-throughput sequencing technologies yielding millions of reads in a short time lowered the costs of genome sequencing and thus represented a unique opportunity to study Chlamydia-re\ated bacteria. Based on the sequencing and the analysis of Chlamydiales genomes, this thesis provides significant insights into the genetic determinants of the intracellular lifestyle, the pathogenicity, the metabolism and the evolution of Chlamydia-related bacteria. A first approach showed the efficacy of rapid sequencing coupled to proteomics to identify immunogenic proteins. This method, particularly useful for an emerging pathogen such as Parachlamydia acanthamoebae, enabled us to discover good candidates for the development of diagnostic tools that would permit to evaluate at larger scale the role of this bacterium in disease. Second, the complete genome of Waddlia chondrophila, a potential agent of miscarriage, encodes numerous virulence factors to manipulate its host cell and resist to environmental stresses. The reconstruction of metabolic pathways showed that the bacterium possesses extensive capabilities compared to related organisms. However, it is still incapable of synthesizing some essential components and thus has to import them from its host. Third, the genome comparison of Protochlamydia naegleriophila to its closest known relative Protochlamydia amoebophila revealed a particular evolutionary dynamic with the occurrence of an unexpected genome rearrangement. Fourth, a phylogenetic analysis of P. acanthamoebae and Legionella drancourtii identified several genes probably exchanged by horizontal gene transfer with other intracellular bacteria that might occur within their amoebal host. These genes often encode mechanisms for resistance to metal or toxic compounds. As a whole, the analysis of the different genomes enabled us to highlight a large diversity in size, GC percentage, repeat content as well as plasmid organization. The abundant genomic data obtained during this thesis have a wide impact since they provide the necessary bases for detailed investigations on countless aspects of the biology and the evolution of Chlamydia-related bacteria, whether in wet lab or by bioinformatical analyses.RésuméL'ordre des Chlamydiales est un important phylum bactérien qui comprend de nombreuses espèces pathogènes pour l'homme et les animaux, dont Chlamydia trachomatis, responsable du trachome, la cause majeure de cécité d'origine infectieuse à travers le monde. Durant ces dernières décennies, de nombreuses bactéries apparentées aux Chlamydia ont été découvertes dans des échantillons environnementaux ou cliniques mais leur éventuel rôle pathogène dans le développement de maladies reste peu connu. Ces bactéries sont des intracellulaires obligatoires car elles ont besoin d'une cellule hôte pour se multiplier, ce qui rend leur étude particulièrement difficile. Le développement de nouvelles technologies permettant de séquencer le génome d'un organisme rapidement et à moindre coût ainsi que l'essor des méthodes d'analyse s'y rapportant représentent une opportunité exceptionnelle d'étudier ces organismes. Dans ce contexte, cette thèse démontre l'utilité de la génomique pour développer de nouveaux outils diagnostiques ainsi que pour étudier le métabolisme de ces bactéries, leurs facteurs de virulence et leur évolution.Ainsi, une première approche a illustré l'utilité d'un séquençage rapide pour obtenir les informations nécessaires à l'identification de protéines qui sont reconnues par des anticorps humains ou animaux. Cette méthode, particulièrement utile pour un pathogène émergent tel que Parachlamydia acanthamoebae, a permis de découvrir de bons candidats pour le développement d'un outil diagnostique qui permettrait d'évaluer à plus large échelle le rôle de cette bactérie notamment dans la pneumonie. L'analyse du contenu génique de Waddlia chondrophila, un autre germe qui pourrait être impliqué dans les avortements et tes fausses-couches, a en outre mis en évidence la présence de nombreux facteurs connus qui lui permettent de manipuler son hôte. Cette bactérie possède de plus grandes capacités métaboliques que les autres Chlamydia, mais elle est incapable de synthétiser certains composants et doit donc les importer de son hôte pour subvenir à ses besoins. La comparaison du génome de Protochlamydia naegleriophila à son plus proche parent, Protochlamydia amoebophila, a dévoilé une évolution dynamique particulière avec l'occurrence d'un réarrangement majeur inattendu après la séparation de ces deux espèces. En outre, ces études ont montré l'occurrence de plusieurs transferts de gène avec d'autres organismes plus éloignés, notamment d'autres intracellulaires d'amibes, souvent pour l'acquisition de mécanismes de résistances à des composés toxiques. Les données génomiques acquises durant ce travail posent les fondements nécessaires a de nombreuses analyses qui permettront progressivement de mieux comprendre de nombreux aspects de ces bactéries fascinantes.

Trace-element and phosphorus contents in sediment associated with Cretaceous oceanic anoxic events

ABSTRACT : During my SNSF-funded Ph.D. thesis project, I studied the evolution of redox conditions and organic-carbon preservation in the western Tethyan realm during three major positive excursions in the Cretaceous δ13C record, corresponding to the Valanginian, Early Aptian and Late Cenomanian. These periods were characterized by important global environmental and climate change, which was associated with perturbations in the carbon cycle. For the period of the Valanginian δ13C excursion, total organic carbon (TOC) contents and the quality of preserved organic matter are typical of oxic pelagic settings in the western Tethys. This is confirmed by the absence of major excursions in the stratigraphic distribution of RSTE during the δ13C shift. Published TOC data from other parts of the Valanginian oceans indicate that dys- to anaerobic zones were restricted to marginal seas within the Atlantic and Southern Ocean, and to the Pacific. Phosphorus (P) and mineralogical contents suggest a stepwise climatic evolution during the Valanginian, with a humid and warm climate prior to the δ13C shift leading to an increase in continental runoff. During the δ13C shift, a decrease in detrital input and P contents suggests a change in the climate towards more and conditions. During the early Aptian oceanic anoxic event (OAE 1a), a general increase followed by a rapid decrease in P contents suggests enhanced nutrient input at the beginning of OAE 1a. The return to lower values during OAE 1 a, associated with an increase in RSTE contents, may have been related to the weakened capacity to retain P in the sedimentary reservoir due to bottom-water oxygen depletion. In basinal settings, the RSTE distribution indicates well-developed anoxic conditions during OAE la, whereas in the shallower-water environments, conditions were oxic to suboxic, rather than anoxic. Furthermore, in the deeper part of the Tethys, two distinct enrichments have been observed, indicating fluctuations in the intensity of water column anoxia during the δ73C excursion. We also studied the effect of the end-Cenomanian oceanic anoxic event (OAE 2) on an expanded section in the Chrummflueschlucht (E of Euthal, Ct Switzerland). The goal here was to identify paleoceanographic and paleoenvironmental conditions during OAE 2 in this part of the northern Tethyan margin. The results show that this section is one of the most complete sections for the Cenomanian-Turonian boundary interval known from the Helvetic realm, despite a small hiatus between sediments corresponding to peaks 1 and 2 in the δ13C record. The evolution of P contents points to an increase in the input of this nutrient at the onset of OAE 2. The trends in RSTE contents show, however, that this part of the Helvetic realm was not affected by a strong depletion in oxygen conditions during OAE 2, despite its hemipelagic position. A further goal of this project was to submit the samples to a total extraction method (a combined HF/HNO3/HCI acid digestion) and compare the results obtained by the partial HNO3 acid extraction in order to standardize the analytical prócedures in the extraction of RSTE. The obtained results for samples of OAE 1 a suggest that RSTE trends using the partial HNO3 digestion are very comparable to those obtained by the total digestion method and subsequently normalized with regards to AI contents. RÉSUMÉ : Durant ce projet de thèse, financé par le Swiss National Science Funding (SNSF), j'ai étudié l'évolution des conditions redox et de la préservation de carbone organique dans le domnaine ouesttéthysien pendant trois excursions majeures du δ13C au Crétacé correspondant au Valanginien, à l'Aptien inférieur et à la limite Cénomanien-Turonien. Ces périodes sont caractérisées par des changements climatiques et environnementaux globaux associés à des perturbations dans le cylce du carbone. Pour L'excursion positive en δ13C du Valanginien, les analyses du carbone organique total (COT) et les observations palynologiques du domaine téthysien ont présenté des indications d'environnement pélagique relativementbienoxygéné. L'absence d'enrichissements en éléments traces sensibles aux conditions redox (TE) pendant l'excursion positive en δ13C confirme ces interprétations. Les données publiées de COT dans d'autres partie du globe indiquent cependant l'existence de conditions dys- à anaérobiques dans certains bassins restreints de l'Atlantique, l'Océan Austral et du Pacifique. L'évolution du phosphore (P) et la composition minéralogique des sédiments semblent indiquer un climat relativement chaud et humide avant l'excursion en δ13C entraînant une augmentation de l'altération continentale. Pendant le shift isotopique, une diminution des apports détritiques et du P suggèrent une transition vers des conditions plus arides. À l'Aptien Inférieur, le début de l'événement anoxique (OAE 1a) est marqué par une augmentation générale du P dans les sédiments indiquant une augmentation du niveau trophique à la base de l'excursion isotopique. Durant l'événement anoxique, les sédiments sont relativement appauvris en P. Cette diminution rapide associée à des enrichissements en TE est probablement liée à une remobilisation plus importante du P lors de la mise en place de conditions anoxiques dans les eaux de fond. Dans les environnements de bassin, le comportement des TE (enrichissements bien marqués) attestent de conditions réductrices bien marquées alors que dans les environnements moins profonds, les conditions semblent plutôt oxiques à dysoxiques. De plus, deux niveaux d'enrichissement en TE ont été observés dans la partie plus profonde de la Téthys, indiquant des fluctuations assez rapides dans l'intensité de l'anoxie de la colonne d'eau. Nous avons ensuite étudié les effets de l'événement anoxique de la fin du Cenomanien (OAE 2) dans un basin marginal de la marge nord de la Téthys avec la coupe de Chrummflueschlucht (à l'est de Euthal, Ct Schwyz). Les résultats ont montré que cette coupe présente un des enregistrements sédimentaires des plus complets de l'OAE 2 dans le domaine helvétique malgré un hiatus entre le pic 1 et 2 de l'excursion en δ13C. L'évolution du P montre une augmentation au début de l'OAE 2. Cependant, la distribution des TE indique que cette région n'a pas été affectée par des conditions réductrices trop importantes. Un second aspect de ce travail a été l'étude des différentes méthodes sur l'analyse de la distribution des TE. Des échantillons de l'OAE 1a ont été soumis à deux types d'extractions, l'une dite «totale » (attaque combinée d'acides HF/HNO3/HCI) et l'autre dite partielle » (HNO3). Les résultats obtenus suggèrent que les courbes de tendances des TE acquises par extraction partielle sont semblables à celle obtenues par extraction totale et normalisées par l'AI.

Analyse des cannabinoïdes par spectrométrie de masse en mode tandem = Analysis of cannabinoids by tandem mass spectrometry

Depuis quelques années, la spectrométrie de masse en tandem (MS/MS) ne cesse de gagner du terrain comme méthode d'analyse en toxicologie forensique, notamment pour le dosage des cannabinoïdes. Couplée à la chromatographie liquide (LC) ou gazeuse (GC), elle permet l'identification fiable et le dosage rapide du THC, de son précurseur acide, et de ses principaux métabolites, y compris les glucuronides. Au cours de ces dix dernières années, un nombre significatif de publications sont parues sur ce sujet. L'objectif de cet article est de passer en revue les analyses par spectrométrie de masse en tandem des cannabinoïdes dans diverses matrices biologiques. In recent years, tandem mass spectrometry (MS/MS) is gaining ground as a reference method of analysis in clinical and forensic toxicology, especially for the determination of cannabinoids. Coupled to liquid chromatography (LC) or gas chromatography (GC), it allows the definitive identification and rapid determination of THC, its acid precursor, and its major metabolites, including the glucuronides. During the past decade, several methods of analysis of cannabinoids in different matrices have appeared on this subject. The aim of this paper is to review the analysis of cannabinoids by tandem mass spectrometry methods in various biological matrices

LES LINGUISTIQUES DE L'EUROPE NOUVELLE : Analyse comparée de l'utilisation des représentations sur la langue et de la linguistique dans la construction de l'Europe de Versailles et de l'URSS (1914-1953)

Le but principal de ce travail est de comparer les idées sur la langue et sur la linguistique a l'intérieur de deux processus de « construction de monde », à savoir le réagencement de l'Europe après la Première guerre mondiale et la création du monde nouveau voulu par l'Union soviétique. La comparaison est rendue pertinente par le fait que ces deux « constructions de monde » eurent lieu dans des atmosphères idéologiques opposées, puisque la Première guerre mondiale et la révolution bolchevique s'opposent radicalement en représentant, respectivement, le triomphe des nations et celui de l'internationalisme de classe. La comparaison se fera aussi à l'intérieur de l'Union soviétique, puisque l'internationalisme des années 1920 laissera la place dans les années 1930 et jusqu'à la mort de Staline en 1953 à un nationalisme soviétique représenté par la métaphore de la « citadelle assiégée ». L'hypothèse du travail est la suivante : la façon d'utiliser les faits de langue et la linguistique, et la façon de considérer l'objet-langue dans un processus de construction étatique dépendent de l'atmosphère idéologique à l'intérieur de laquelle cette utilisation a lieu. Dans la première partie, nous analysons les idées de trois linguistes professionnels (Antoine Meillet, Aleksandar Belic et Jordan Ivanov) relatives au réagencement de l'Europe après la guerre. De l'analyse de ces trois corpus de textes ressortira une espèce de contradiction, puisque ces linguistes qui, au début du XXème siècle, entendaient user de la science linguistique pour asseoir sur des bases solides la nouvelle Europe, le firent avec une « conscience linguistique » d'inspiration romantique, tout droit sortie du XIXeme siècle. La nécessité de proposer pour l'Europe une solution pratique et durable a très certainement amené ces linguistes à privilégier, peut-être inconsciemment, des théories linguistiques certes dépassées, mais qui avaient l'avantage de considérer les langues comme des objets discontinus et homogènes. Dans notre deuxième partie consacrée à l'Union soviétique, nous analysons des textes (d'auteurs parfois méconnus) traitant de ce que nous avons appelé la « révolution en langue » : partant du principe que le monde nouveau de la dictature du prolétariat allait être totalement différent du monde que l'on avait connu précédemment, certains auteurs des années 1920 furent convaincus que ce monde nouveau allait avoir besoin d'une langue nouvelle. Mais au lieu d'attendre que cette langue nouvelle apparaisse spontanément, par évolution, certains proposèrent d'introduire consciemment dans la langue, par révolution, les changements selon eux nécessaires pour que la langue corresponde aux nouveaux besoins. Dans ce contexte, l'objet-langue est considéré comme un simple outil de communication qu'il est possible de modifier à sa guise, et la linguistique comme une discipline technique. Cette idée de changer la langue disparaîtra de l'URSS des années 1930, avec le passage vers le nationalisme soviétique. A la place, on préférera rappeler que les langues ne peuvent évoluer que par évolution, que l'on ne peut pas changer la langue, que l'on ne peut pas créer une langue selon notre volonté. Dans le contexte de la « citadelle assiégée », la langue russe deviendra le signe distinctif de l'Union soviétique qu'il sera impossible de toucher et de modifier. La langue n'est plus un outil, elle est désormais un symbole. Avec la comparaison de ces deux situations particulières (trois si l'on distingue les deux atmosphères de l'URSS), nous pensons avoir montré que l'apparition de certaines idées sur la langue et sur la linguistique est liée au contexte et aux besoins.

Accès à l'information médico-sociale dans le canton de Vaud : degré et sources d'information des personnes âgées

Améliorer la coordination des soins est un des points cardinaux de la politique Vieillissement et Santé du canton de Vaud. Ceci se traduit notamment par une volonté d'optimiser l'accès des personnes âgées à l'information médico-sociale. Un des projets qui en découle consiste à mettre en place un guichet intégré, soit un système centralisé, qui permettrait d'être renseigné·e ou orienté·e sur les prestations existantes efficacement et correctement, quelle que soit l'entité à laquelle on s'adresse. C'est dans ce contexte que le Centre d'Observation et d'Analyse du Vieillissement (COAV) a réalisé en 2013 une enquête sur l'accès à l'information médico-sociale auprès des personnes de 65 ans et plus non-institutionnalisées du canton. Ses résultats montrent que : ? Les besoins en prestations médico-sociales sont potentiellement importants car ces dernières sont susceptibles d'intéresser directement, du fait de difficultés fonctionnelles, un peu plus d'un tiers des personnes non institutionnalisées de plus de 65 ans, et indirectement 17 % des personnes du même âge qui sont aussi des aidant·e·s. Les femmes et les personnes bénéficiant de prestations complémentaires à l'assurance vieillesse (PC), étant plus fragiles, sont particulièrement concernées. ? Si cette population a potentiellement d'importants besoins en prestations médico-sociales, les portes d'accès à l'information sur ces prestations restent dans leur ensemble encore mal connues, même si l'on observe de grandes variations selon le type de services en question (selon les prestations, 27% à 57% des personnes interrogées ont déclaré ne pas savoir où s'adresser pour trouver de l'information à leur sujet). ? Les femmes, les personnes recevant des PC, ainsi que les personnes vulnérables et dépendantes sont proportionnellement plus actives dans la recherche d'information. ? Bien que les personnes ayant récemment eu l'occasion de rechercher de l'information sur certaines prestations médico-sociales semblent mieux connaître le système, 7% d'entre elles ont qualifié cette information de plutôt indisponible, 21% d'incomplète, 33% de dispersée et 15% de contradictoire. ? Deux tiers des personnes âgées pensent que l'information médico-sociale devrait être plus accessible sur l'existence de prestations, leur coût et les possibilités d'aide financière pour pouvoir en bénéficier. ? Parmi les personnes n'ayant pas récemment recherché d'information, les habitants de la région Nord sauraient plus souvent où s'adresser pour s'informer que ceux des autres régions. RAISONS DE SANTÉ 221 ? Etre un homme, être défavorisé financièrement (présence de PC) et, au niveau du statut fonctionnel, être vulnérable plutôt que robuste, sont des facteurs de risque d'accès limité à l'information. ? Les mêmes facteurs de risque se retrouvent en conduisant les analyses par type de prestations, excepté pour l'aide relative aux démarches administratives. L'information sur cette aide est mieux connue des personnes recevant des PC parmi celles ayant récemment recherché de l'information. ? Il n'a cependant pas été possible d'identifier un profil-type de la personne à risque face à l'accès à l'information sur la base des données socio-démographiques et fonctionnelles disponibles. ? D'autre part, cette enquête a mis en évidence le fait que le médecin traitant (désigné par 77% des individus) et le CMS (64 %), ainsi que, dans une moindre mesure, la commune (35%), sont les acteurs vers lesquelles les personnes âgées du canton se dirigeraient le plus volontiers pour trouver des informations sur diverses prestations médico-sociales. ? Cependant, au vu des variations constatées en comparant certains sous-groupes, d'autres sources ne sont pas à négliger lors de la mise en place d'un guichet intégré (telles qu'Internet, les EMS, Pro Senectute, les pharmacies, les BRIO, les hôpitaux, la garde médicale, etc.). Cette enquête montre que malgré les efforts entrepris pour faire connaître les prestations médico-sociales, une proportion non négligeable de ces services est peu connue des bénéficiaires potentiels. Ainsi, il serait intéressant de réitérer une telle étude après la mise en place du guichet intégré afin de pouvoir évaluer son impact.

Des données aux connaissances, un chemin difficile: réflexion sur la place du data mining en analyse criminelle

Le "data mining", ou "fouille de données", est un ensemble de méthodes et de techniques attractif qui a connu une popularité fulgurante ces dernières années, spécialement dans le domaine du marketing. Le développement récent de l'analyse ou du renseignement criminel soulève des problèmatiques auxqwuelles il est tentant de d'appliquer ces méthodes et techniques. Le potentiel et la place du data mining dans le contexte de l'analyse criminelle doivent être mieux définis afin de piloter son application. Cette réflexion est menée dans le cadre du renseignement produit par des systèmes de détection et de suivi systématique de la criminalité répétitive, appelés processus de veille opérationnelle. Leur fonctionnement nécessite l'existence de patterns inscrits dans les données, et justifiés par les approches situationnelles en criminologie. Muni de ce bagage théorique, l'enjeu principal revient à explorer les possibilités de détecter ces patterns au travers des méthodes et techniques de data mining. Afin de répondre à cet objectif, une recherche est actuellement menée au Suisse à travers une approche interdisciplinaire combinant des connaissances forensiques, criminologiques et computationnelles.

Strategie für eine Informationsgesellschaft in der Schweiz : eine zehnjährige Politik im Lichte empirischer Analyse

Im Februar 1998 schuf der Bundesrat mit der Strategie für eine Informationsgesellschaft in der Schweiz die Grundlage für eine heute noch aktuelle Politik. Diese wird in der vorliegenden Arbeit einer empirischen, quellenbasierten Analyse unterzogen. Hierbei wird gefragt, welches Bild einer realen, möglichen oder künftigen Informationsgesellschaft den untersuchten Texten zugrundeliegt und wie es sich während der Umsetzung der Strategie im Laufe von zehn Jahren verändert hat. Als Vergleichsmassstab dient das entsprechende Programm der UNO, das auf dem World Summit on the Information Society 2003 und 2005 formuliert wurde. In einer Detailanalyse wird darüber hinaus beschrieben, wie sich die Strategie für eine Informationsgesellschaft auf die Arbeit in Schweizer Archiven und Bibliotheken ausgewirkt hat. Insgesamt entsteht das Bild einer in Zielen und Inhalten erstaunlich variablen und wirtschaftsorientierten Politik. En adoptant la Stratégie pour une société de l'information en Suisse, en février 1998, le Conseil fédéral a jeté les bases d'une politique qui a gardé toute son actualité. Dans le présent travail, celle-ci fait l'objet d'une analyse empirique, basée sur les sources. On y cherche à savoir sur quelle vision d'une société d'information réelle, possible ou future reposent les textes étudiés, et de quelle manière cette image s'est modifiée sur une période de dix ans de mise en oeuvre de la stratégie. Le programme de même type de l'ONU, élaboré en 2003 et 2005 lors du World Summit on the Information Society, fait office de base de comparaison. Une analyse détaillée décrit par ailleurs quels effets la Stratégie pour une société de l'information a eus sur le travail des archives et bibliothèques suisses. Il en résulte un tableau d'ensemble d'une politique étonnamment diversifiée et proche de la réalité économique, tant sur le plan des objectifs que du contenu.