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The identification of cancer-specific enzymatic activities that can be therapeutically targeted is key to the development of suitable anti-cancer drugs. Primary effusion lymphoma (PEL) is a rare and incurable malignancy that can occur in immunodeficient patients as a consequence of latent infection of B-cells with Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus, KSHV (also known as human herpesvirus-8, HHV8). Malignant growth of KSHV-infected B cells requires the constitutive activity of the transcription factor NF-KB, which controls expression of viral genes required for maintenance of viral latency and suppression of the viral lytic program. Here we identify the protease mucosa-associated lymphoid tissue transformation protein 1 (MALTI), a key driver of NF-KB activation in lymphocytes, as an essential component in KSHV-dependent NF-KB activation and growth of latently infected PEL cell lines. Inhibition of the MALTI protease activity induced a switch from the latent to the lytic stage of viral infection, and led to reduced growth and survival of PEL cell lines in vitro and in a xenograft model. These results demonstrate a key role for the proteolytic activity of MALTI in PEL, and provide a rationale for the pharmacological targeting of MALTI in PEL therapy. -- L'identification d'activités enzymatiques propre au cancer est clé dans le développement des nouvaux médicaments anti-cancer. Le lymphome primitif des séreuses est un lymphome rare et incurable qui peut se developer chez les patients immunodéficients. Il est la conséquence d'une infection latente des cellules B, dûe à l'herpes virus 8, plus connu comme herpes virus associé au sarcome de Kaposi (KSHV). La croissance maligne des cellules B infecteés par KSHV requière l'activité constitutive du facteur de transcription NF-KB qui contrôle l'expression des genes viraux requis pour la maintenance latente et la suppression du programme de lyse du virus. Avec cette étude, nous avons identifié la protease MALTI comme un composant essentiel dans l'activation de NF-KB dans les cellules B du lymphome primitif des séreuses. L'inhibition de l'activité de la protéase MALTI induit un virement de la phase latente à la phase lytique du KSHV et conduit à une reduction de la viabilité des cellules tumorales in vitro et dans un modèle de xénogreffe. Ces résultats démontrent un rôle clé pour l'activité protéolytique de MALTI dans le développement du lymphome primitif des séreuses et soutiennent l'idée que MALTI pourrait être une cible pharmacologique dans la thérapie de cette forme rare du lymphome.
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Ce diplôme présente les marchés prédictifs, qui sont un moyen d'agréger l'information en utilisant les processus à la base des marchés financiers et en proposant des contrats à termes représentant la probabilité de survenance d'une proposition. Des publications dans le domaine de la finance, du management ou de l'informatique font référence à l'utilisation des marchés prédictifs et démontrent les bons résultats obtenus par cette méthode. Nous nous sommes demandé s'il était possible de concevoir et utiliser un tel marché dans un milieu académique, pour prédire l'émergence de nouvelles théories et applications dans le domaine des communications mobiles. Pour supporter notre réflexion, nous avons mis en place un prototype qui devrait pouvoir nous permettre de tester le concept, d'étudier les fonctions de calcul de prix et les mécanismes d'agrégation de l'information. Pour débuter, nous présentons l'état de l'art en nous appuyant sur la littérature parue depuis 1988 lorsque l'University of Iowa a lancé sa plate-forme Iowa Electronic Market (IEM) dans le cadre de l'élection présidentielle Bush-Dukakis. Depuis, plusieurs chercheurs se sont penchés sur les marchés prédictifs comme instrument de prévision dans de nombreux domaines: politique, sport, cinéma, marketing, ... Nous allons comparer les marchés prédictifs à d'autres outils de prévision puis nous présenterons en détail les marchés prédictifs ainsi qu'un essai d'en formaliser les spécifications. Nous illustrerons alors ceci par des exemples tirés des principales plates-formes en activité pour le moment. S'ensuit une discussion sur l'orientation ludique des plates-formes actuelles et une présentation des utilisations que l'on pourrait en faire et qui apporteraient un réel bénéfice. Nous nous penchons alors sur l'analyse des besoins tant de l'expérimentateur que des utilisateurs. Cherchant des raisons à l'absence totale de telles plates-formes dans le cadre de la recherche, nous avons mené une série d'entretiens avec des professeurs de l'EPFL engagés dans la direction du projet MICS. Leurs réticences et craintes ont été prises en compte pour la définition des spécifications du prototype. Nous utilisons la méthode de (Spann and Skiera 2003) pour définir les spécifications de la plate-forme. Ces spécifications comprennent le choix du but prévisionnel, qui dans notre cas découle directement de notre proposition de recherche, des mécanismes financiers à la base des transactions, ainsi que des moyens incitatifs mis en place pour amener les utilisateurs à utiliser la plate-forme et surtout, pour amener les plus éclairés d'entre eux à transmettre leurs informations au marché. Ces spécifications débouchent sur la présentation de quatre cas d'utilisation. Notre objectif étant de développer un prototype pour y tester nos hypothèses, nous faisons un tour d'horizon des plates-formes à disposition et présentons l'architecture de ce dernier, basé sur les développements à la base d'USIFEX, qui n'est plus en activité depuis quatre ans. Le prototype utilise la souplesse de la programmation objet en se basant sur le langage Python dans sa version 2.3. Nous nous attardons ensuite sur la présentation de l'interface du prototype et des interactions avec les utilisateurs. Il faudra par la suite s'attacher à refondre l'interface pour le faire évoluer vers plus de convivialité, et nous permettre de guider l'utilisateur lors de ses sessions sur la plate-forme. Les parties théoriques et logicielles sous toit il nous reste encore à décrire les contrats et la manière de les formuler. A nouveau nous nous penchons sur les marchés actuels pour y tirer des enseignements qui pourraient nous être utiles. N'ayant malheureusement pas fait l'objet de publications, la définition des contrats est intimement liée avec les auteurs qui les rédigent. Nous tentons de tirer quelques enseignements provenant des contrats actifs sur les marchés des matières premières pour proposer un cadre nous permettant de formaliser la rédaction d'un contrat. Ne s'agissant que d'une proposition, il faudra encore tester et compléter ce cadre pour pouvoir s'assurer que la manière de rédiger les contrats n'influence pas sur la pertinence des prédictions. Finalement, nous esquissons les travaux qu'il reste à accomplir avant de pouvoir mener les premiers tests réels de la plate-forme. De la formulation des contrats à l'étude des mécanismes combinatoires d'agrégation de l'information en passant par les fonctions de fixation du prix. Nous revenons sur les travaux effectués dans le cadre de ce diplôme et présentons quelques idées de recherche futures.
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Le mélanome cutané est un des cancers les plus agressifs et dont l'incidence augmente le plus en Suisse. Une fois métastatique, le pronostic de survie moyenne avec les thérapies actuelles est d'environ huit mois, avec moins de 5% de survie à cinq ans. Les récents progrès effectués dans la compréhension de la biologie de la cellule tumorale mais surtout dans l'importance du système immunitaire dans le contrôle de ce cancer ont permis le développement de nouveaux traitements novateurs et prometteurs. Ces thérapies, appelées immunothérapies, reposent sur la stimulation et l'augmentation de la réponse immunitaire à la tumeur. Alors que les derniers essais cliniques ont démontré l'efficacité de ces traitements chez les patients avec des stades avancés de la maladie, le contrôle de la maladie à long- terme est seulement atteint chez une minorité des patients. La suppression locale et systémique de la réponse immunitaire spécifique anti-tumorale apparaitrait comme une des raisons expliquant la persistance d'un mauvais pronostic clinique chez ces patients. Des études sur les souris ont montré que les vaisseaux lymphatiques joueraient un rôle primordial dans ce processus en induisant une tolérance immune, ce qui permettrait à la tumeur d'échapper au contrôle du système immunitaire et métastatiser plus facilement. Ces excitantes découvertes n'ont pas encore été établi et prouvé chez l'homme. Dans cette thèse, nous montrons pour la première fois que les vaisseaux lymphatiques sont directement impliqués dans la modulation de la réponse immunitaire au niveau local et systémique dans le mélanome chez l'homme. Ces récentes découvertes montrent le potentiel de combiner des thérapies visant le système lymphatique avec les immunothérapies actuellement utilisées afin d'améliorer le pronostic des patients atteint du mélanome. -- Cutaneous melanoma is one of the most invasive and metastatic human cancers and causes 75% of skin cancer mortality. Current therapies such as surgery and chemotherapy fail to control metastatic disease, and relapse occurs frequently due to microscopic residual lesions. It is, thus, essential to develop and optimize novel therapeutic strategies to improve curative responses in these patients. In recent decades, tumor immunologists have revealed the development of spontaneous adaptive immune responses in melanoma patients, leading to the accumulation of highly differentiated tumor-specific T cells at the tumor site. This remains one of the most powerful prognostic markers to date. Immunotherapies that augment the natural function of these tumor-specific T cells have since emerged as highly attractive therapeutic approaches to eliminate melanoma cells. While recent clinical trials have demonstrated great progress in the treatment of advanced stage melanoma, long-term disease control is still only achieved in a minority of patients. Local and systemic immune suppression by the tumor appears to be responsible, in part, for this poor clinical evolution. These facts underscore the need for a better analysis and characterization of immune- related pathways within the tumor microenvironment (TME), as well as at the systemic level. The overall goal of this thesis is, thus, to obtain greater insight into the complexity and heterogeneity of the TME in human melanoma, as well as to investigate immune modulation beyond the TME, which ultimately influences the immune system throughout the whole body. To achieve this, we established two main objectives: to precisely characterize local and systemic immune modulation (i) in untreated melanoma patients and (ii) in patients undergoing peptide vaccination or checkpoint blockade therapy with anti-cytotoxic T- lymphocyte-asisctaed protein-4 (CTLA-4) antibody. In the first and main part of this thesis, we analyzed lymphatic vessels in relation to anti-tumor immune responses in tissues from vaccinated patients using a combination of immunohistochemistry (IHC) techniques, whole slide scanning/analysis, and an automatic quantification system. Strikingly, we found that increased lymphatic vessel density was associated with high expression of immune suppressive molecules, low functionality of tumor-infiltrating CD8+ T cells and decreased cytokine production by tumor-antigen specific CD8+ T cells in the blood. These data revealed a previously unappreciated local and systemic role of lymphangiogenesis in modulating T cell responses in human cancer and support the use of therapies that target lymphatic vessels combined with existing and future T cell based therapies. In the second objective, we describe a metastatic melanoma patient who developed pulmonary sarcoid-like granulomatosis following repetitive vaccination with peptides and CpG. We demonstrated that the onset of this pulmonary autoimmune adverse event was related to the development of a strong and long-lasting tumor-specific CD8+ T cell response. This constitutes the first demonstration that a new generation tumor vaccine can induce the development of autoimmune adverse events. In the third objective, we assessed the use of Fourier Transform Infrared (FTIR) imaging to identify melanoma cells and lymphocyte subpopulations in lymph node (LN) metastasis tissues, thanks to a fruitful collaboration with researchers in Brussels. We demonstrated that the different cell types in metastatic LNs have different infrared spectral features allowing automated identification of these cells. This technic is therefore capable of distinguishing known and novel biological features in human tissues and has, therefore, significant potential as a tool for histopathological diagnosis and biomarker assessment. Finally, in the fourth objective, we investigated the role of colony- stimulating factor-1 (CSF-1) in modulating the anti-tumor response in ipilimumab-treated patients using IHC and in vitro co-cultures, revealing that melanoma cells produce CSF-1 via CTL-derived cytokines when attacked by cytotoxic T lymphocytes (CTLs), resulting in the recruitment of immunosuppressive monocytes. These findings support the combined use of CSF-1R blockade with T cell based immunotherapy for melanoma patients. Taken together, our results reveal the existence of novel mechanisms of immune modulation and thus promote the optimization of combination immunotherapies against melanoma. -- Le mélanome cutané est un des cancers humains les plus invasifs et métastatiques et est responsable de 75% de la mortalité liée aux cancers de la peau. Les thérapies comme la chirurgie et la chimiothérapie ont échoué à contrôler le mélanome métastatique, par ailleurs les rechutes sous ces traitements ont été montrées fréquentes. Il est donc essentiel de développer et d'optimiser de nouvelles stratégies thérapeutiques pour améliorer les réponses thérapeutiques de ces patients. Durant les dernières décennies, les immunologistes spécialisés dans les tumeurs ont démontré qu'un patient atteint du mélanome pouvait développer spontanément une réponse immune adaptative à sa tumeur et que l'accumulation de cellules T spécifiques tumorales au sein même de la tumeur était un des plus puissants facteurs pronostiques. Les immunothérapies qui ont pour but d'augmenter les fonctions naturelles de ces cellules T spécifiques tumorales ont donc émergé comme des approches thérapeutiques très attractives pour éliminer les cellules du mélanome. Alors que les derniers essais cliniques ont démontré un progrès important dans le traitement des formes avancées du mélanome, le contrôle de la maladie à long-terme est seulement atteint chez une minorité des patients. La suppression immune locale et systémique apparaitrait comme une des raisons expliquant la persistance d'un mauvais pronostic clinique chez ces patients. Ces considérations soulignent la nécessité de mieux analyser et caractériser les voies immunitaires non seulement au niveau local dans le microenvironement tumoral mais aussi au niveau systémique dans le sang des patients. Le but de cette thèse est d'obtenir une plus grande connaissance de la complexité et de l'hétérogénéité du microenvironement tumoral dans les mélanomes mais aussi d'investiguer la modulation immunitaire au delà du microenvironement tumoral au niveau systémique. Afin d'atteindre ce but, nous avons établi deux objectifs principaux : caractériser précisément la modulation locale et systémique du système immunitaire (i) chez les patients atteints du mélanome qui n'ont pas reçu de traitement et (ii) chez les patients qui ont été traités soit par des vaccins soit par des thérapies qui bloquent les points de contrôles. Dans la première et majeure partie de cette thèse, nous avons analysé les vaisseaux lymphatiques en relation avec la réponse immunitaire anti-tumorale dans les tissus des patients vaccinés grâce à des techniques d'immunohistochimie et de quantification informatisé et automatique des marquages. Nous avons trouvé qu'une densité élevée de vaisseaux lymphatiques dans la tumeur était associée à une plus grande expression de molécules immunosuppressives ainsi qu'à une diminution de la fonctionnalité des cellules T spécifiques tumoral dans la tumeur et dans le sang des patients. Ces résultats révèlent un rôle jusqu'à là inconnu des vaisseaux lymphatiques dans la modulation directe du système immunitaire au niveau local et systémique dans les cancers de l'homme. Cette recherche apporte finalement des preuves du potentiel de combiner des thérapies visant le système lymphatique avec des autres immunothérapies déjà utilisées en clinique. Dans le second objectif, nous rapportons le cas d'un patient atteint d'un mélanome avec de multiples métastases qui a développé à la suite de plusieurs vaccinations répétées et consécutives avec des peptides et du CpG, un évènement indésirable sous la forme d'une granulomatose pulmonaire sarcoid-like. Nous avons démontré que l'apparition de cet évènement était intimement liée au développement d'une réponse immunitaire durable et spécifique contre les antigènes de la tumeur. Par là- même, nous prouvons pour la première fois que la nouvelle génération de vaccins est aussi capable d'induire des effets indésirables auto-immuns. Pour le troisième objectif, nous avons voulu savoir si l'utilisation de la spectroscopie infrarouge à transformée de Fourier (IRTF) était capable d'identifier les cellules du mélanome ainsi que les différents sous-types cellulaires dans les ganglions métastatiques. Grâce à nos collaborateurs de Bruxelles, nous avons pu établir que les diverses composantes cellulaires des ganglions atteints par des métastases du mélanome présentaient des spectres infrarouges différents et qu'elles pouvaient être identifiées d'une façon automatique. Cette nouvelle technique permettrait donc de distinguer des caractéristiques biologiques connues ou nouvelles dans les tissus humains qui auraient des retombées pratiques importantes dans le diagnostic histopathologique et dans l'évaluation des biomarqueurs. Finalement dans le dernier objectif, nous avons investigué le rôle du facteur de stimulation des colonies (CSF-1) dans la modulation de la réponse immunitaire anti-tumorale chez les patients qui ont été traités par l'Ipilimumab. Nos expériences in vivo au niveau des tissus tumoraux et nos co-cultures in vitro nous ont permis de démontrer que les cytokines secrétées par les cellules T spécifiques anti-tumorales induisaient la sécrétion de CSF-1 dans les cellules du mélanome ce qui résultait en un recrutement de monocytes immunosuppresseurs. Dans son ensemble, cette thèse révèle donc l'existence de nouveaux mécanismes de modulation de la réponse immunitaire anti-tumorale et propose de nouvelles optimisations de combinaison d'immunothérapies contre le mélanome.
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Le tabac à priser, appelé "snuff" ou encore "chnouff", est la plus ancienne forme de tabac connue en Europe (1). Il aurait été importé en Europe en 1493 par un moine Franciscain voyageant avec Christophe Colomb au retour des Caraïbes (2). Le tabac à priser consiste en une fine poudre de tabac communément brune actuellement vendue dans de petites boîtes de métal rondes. Dans la suite du manuscrit nous utiliserons le terme snuff pour désigner le tabac à priser. Il fait partie d'un groupe de produits appelé "tabac sans fumée" (en anglais "smokeless tobacco") comprenant également la snus (« moist snuff » en anglais, tabac non- fermenté destiné à une absorption par la muqueuse orale à ne pas confondre avec la snuff), et le tabac à mâcher (feuilles de tabac broyées ou compacts mastiquées puis recrachées). La plupart des articles scientifiques publiés sur le tabac sans fumée concernent la snus car elle est largement consommée dans les pays nordiques (en Suède et en Norvège plus particulièrement) et dans certains milieux sportifs.
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Contexte: Présent sous forme physiologique chez environ 60% des nourrissons normaux de moins de quatre mois, le reflux gastro-oesophagien (RGO) n'est symptomatique que chez 10% d'entre eux. Il est également plus fréquent chez les enfants atteints de troubles neurologiques quelque soit leur âge. Non traité, il peut avoir des conséquences graves (oesophagite, sténose peptique, endobrachyoesophage (Barrett) puis adénocarcinome de l'oesophage). Il s'agit donc d'un problème qu'il faut savoir détecter et traiter précocement. Les signes et symptômes du RGO sont multiples et varient en fonction de l'âge. Ils ne se limitent pas au seul vomissement. Le traitement initial du RGO chez l'enfant est médical. En cas d'échec de celui-ci ou dans certaines indications (comme les RGO récidivants, les malformations congénitales, les anomalies morphologiques ou les pathologies neurologiques) un traitement chirurgical est nécessaire. L'évolution des traitements conservateurs et des techniques chirurgicales lors de ces dernières années en font un bon sujet pour une étude rétrospective. Objectif: Le but de cette étude est de mettre en évidence dans une population d'enfants ayant bénéficié d'une cure chirurgicale anti-reflux la fréquence relative des symptômes selon la pathologie initiale de l'enfant, puis de préciser le choix de traitement et sa durée. Nous analyserons également les risques d'échec qui s'y rapportent. Ces conclusions devraient nous permettre de proposer un algorithme décisionnel de prise en charge du RGO de l'enfant en pré et post-opératoire. Méthodologie: Étude rétrospective sur 9 ans se basant sur les dossiers médicaux-chirurgicaux de 132 enfants opérés d'un reflux gastro-oesophagien dans le Service de Chirurgie Pédiatrique du Centre Hospitalier Universitaire Vaudois (CHUV) par le Professeur Olivier Reinberg et son équipe entre le 1er janvier 2003 et le 31 décembre 2012. Résultats: Sur les 132 enfants, 93 ont bénéficié d'une fundoplicature selon Toupet, 34 selon Nissen et 5 selon Dor. 57% des enfants présentant un déficit neurologique ont été opérés selon la technique de Nissen contre 7% des enfants "sains". Les taux de démontage et de récidive sont respectivement 5.4% et 3.5 % pour la technique selon Toupet et 2.9% et 0% pour la technique de Nissen. Le taux de démontage global de la fundoplicature est de 4.6% (N=6) Conclusions: La fundoplicature est une méthode de choix pour les enfants chez qui tous les autres traitements ont échoué ou chez qui la présence concomitante du RGO et des comorbidités est délétère à une croissance harmonieuse. Grâce à la chirurgie, la qualité de vie d'au moins 95% des enfants est grandement améliorée après la disparition de symptômes quotidiens et qui peuvent donner lieu à des complications graves.
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Le cinéma des premiers temps, c'est-à-dire la production des deux premières décennies du cinéma, majoritairement caractérisée par des plans autonomes, des histoires courtes et un cadre fixe, n'a essentiellement connu d'études esthétiques que sous un angle narratologique, centrées notamment sur les prémisses du montage. Cette thèse déplace le regard - ou plus simplement le convoque -, en proposant de faire sa place à l'image. Car à qui sait les regarder, les premiers films dévoilent une parenté picturale jusqu'alors ignorée. Les images du cinéma des premiers temps - alors significativement appelées « tableaux » - se sont en effet définies à l'aune de la peinture, et même plus précisément par une imitation littérale des oeuvres d'art. Cette étude révèle que le tableau vivant, défini dans les termes stricts de la reconstitution d'une composition picturale par des acteurs vivants (que ceux-ci tiennent la pose ou non), est au fondement d'une esthétique du film des premiers temps. L'argument est structuré par les illustrations que l'auteure exhume (et compare, à la manière d'un spectaculaire et vivant jeu des 7 différences) parmi cette production filmique majoritairement disparue, brûlée, effacée, et ces références picturales aujourd'hui perdues, dénigrées, oubliées... Néanmoins ce ne sont pas quelques exemples isolés, mais un vrai phénomène historique qui est mis au jours à travers un corpus de films traversant tous les genres du cinéma des premiers temps, et prouvant que les productions du Film d'Art et des séries d'art ou le film Corner in Wheat (D.W. Griffith, 1909), souvent tenus comme un commencement, consistent bien plus en un aboutissement de cette tradition qui consiste à créer des images filmiques sous forme de tableaux vivants. Traçant d'abord ses « contexte et contours », le texte montre que la reconstitution picturale hante toutes les formes de spectacle à l'heure de l'émergence du cinéma. Les scènes de l'époque cultivent internationalement une esthétique de tableau vivant. Et la scène n'a pas l'exclusivité du phénomène : le médium photographique, dès son apparition, s'approprie le procédé, pour (chose jusqu'alors impossible) documenter l'effet visuel de ces reconstitutions, mais aussi pour les réinventer, en particulier pour se légitimer en tant que moyen artistique capable de rivaliser avec la peinture. Le cinéma émergent procède à une appropriation similaire du tableau vivant, qui fait le coeur de ce travail en y étant analysée selon quatre axes théoriques : Reproduire - où l'on découvre le caractère fondamentalement indirect de la filiation picturale de ces tableaux vivants, pris dans une dynamique de reproduction intermédiale qui en fait de véritables exercices de style, par lesquels les producteurs expérimentent et prennent conscience des moyens .artistiques de l'image filmique - ; Réincarner - où l'on étudie les problématiques engagées par la « mise en vie », et plus précisément la « mise en corps » des figures picturales (en particulier de Jésus et du nu), impliquant des enjeux de censure et un questionnement du regard sur l'art, sur le corps, et sur le statut de ces images qui semblent plus originales que l'original - ; Réanimer - où l'on examine la manière dont le cinéma mouvemente la peinture, en remettant la composition en action, en en redéployant l'instant prégnant, en expérimentant la pose gestuelle, l'arrêt du photogramme et tout le spectre de la temporalité cinématographique - ; enfin Recadrer - où l'on analyse le cadrage de ces tableaux repensés à l'aune de la caméra et de l'écran, qui nécessitent de complexifier les catégories théoriques baziniennes, et qui font émerger le tableau vivant comme un lieu de cristallisation d'une image filmique tabu/aire, offrant une résistance au montage linéaire. Or cette résistance se vérifiera jusque dans les films très contemporains, qui, en réactualisant le motif du tableau vivant, briseront la linéarité narrative du montage et feront rejaillir le poids artistique de l'image - ravivant en cela une esthétique fondatrice du cinéma.
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Les normes internationales occupent une place de plus en plus importante dans la gouvernance des marchés et ont souvent une incidence directe sur la santé, la sécurité et l'environnement. Mais la société civile est le plus souvent absente des procédures de normalisation. Il est recommandé de favoriser la participation des acteurs de la société civile dans la normalisation par une mise en forme des travaux de normalisation à même d'encourager leur mobilisation selon les thèmes et enjeux abordés et par l'organisation de l'expertise plurielle requise pour une participation effective à même de leur conférer une certaine influence.