Analyzing the temporal regulation of translation efficiency in mouse liver.

Mammalian physiology and behavior follow daily rhythms that are orchestrated by endogenous timekeepers known as circadian clocks. Rhythms in transcription are considered the main mechanism to engender rhythmic gene expression, but important roles for posttranscriptional mechanisms have recently emerged as well (reviewed in Lim and Allada (2013) [1]). We have recently reported on the use of ribosome profiling (RPF-seq), a method based on the high-throughput sequencing of ribosome protected mRNA fragments, to explore the temporal regulation of translation efficiency (Janich et al., 2015 [2]). Through the comparison of around-the-clock RPF-seq and matching RNA-seq data we were able to identify 150 genes, involved in ribosome biogenesis, iron metabolism and other pathways, whose rhythmicity is generated entirely at the level of protein synthesis. The temporal transcriptome and translatome data sets from this study have been deposited in NCBI's Gene Expression Omnibus under the accession number GSE67305. Here we provide additional information on the experimental setup and on important optimization steps pertaining to the ribosome profiling technique in mouse liver and to data analysis.

The analgesic efficacy of ultrasound-guided transversus abdominis plane block (TAP Block) in adult patients : a meta-analysis

Introduction : Le bloc transverse de l'abdomen (bloc TAP, Transversus Abdominis Plane) échoguidé consiste en l'injection d'anesthésique local dans la paroi abdominale entre les muscles oblique interne et transverse de l'abdomen sous contrôle échographique. Ceci permet de bloquer l'innervation sensitive de la paroi antérolatérale de l'abdomen afin de soulager la douleur après des interventions chirurgicales. Auparavant, cette procédure reposait sur une technique dite « à l'aveugle » qui utilisait des repères anatomiques de surface. Depuis quelques années, cette technique est effectuée sous guidage échographique ; ainsi, il est possible de visualiser les structures anatomiques, l'aiguille et l'anesthésique local permettant ainsi une injection précise de l'anesthésique local à l'endroit désiré. Les précédentes méta- analyses sur le bloc TAP n'ont inclus qu'un nombre limité d'articles et n'ont pas examiné l'effet analgésique spécifique de la technique échoguidée. L'objectif de cette méta-analyse est donc de définir l'efficacité analgésique propre du bloc TAP échoguidé après des interventions abdominales chez une population adulte. Méthode : Cette méta-analyse a été effectuée selon les recommandations PRISMA. Une recherche a été effectuée dans les bases de donnée MEDLINE, Cochrane Central Register of Controlled Clinical Trials, Excerpta Medica database (EMBASE) et Cumulative Index to Nursing and Allied Health Literature (CINAHL). Le critère de jugement principal est la consommation intraveineuse de morphine cumulée à 6 h postopératoires, analysée selon le type de chirurgie (laparotomie, laparoscopie, césarienne), la technique anesthésique (anesthésie générale, anesthésie spinale avec/ou sans morphine intrathécale), le moment de l'injection (début ou fin de l'intervention), et la présence ou non d'une analgésie multimodale. Les critères de jugement secondaires sont, entre autres, les scores de douleur au repos et à l'effort à 6 h postopératoires (échelle analogique de 0 à 100), la présence ou non de nausées et vomissements postopératoires, la présence ou non de prurit, et le taux de complications de la technique. Résultats : Trente et une études randomisées contrôlées, incluant un total de 1611 adultes ont été incluses. Indépendamment du type de chirurgie, le bloc TAP échoguidé réduit la consommation de morphine à 6 h postopératoires (différence moyenne : 6 mg ; 95%IC : -7, -4 mg ; I =94% ; p<0.00001), sauf si les patients sont au bénéfice d'une anesthésie spinale avec morphine intrathécale. Le degré de réduction de consommation de morphine n'est pas influencé par le moment de l'injection (I2=0% ; p=0.72) ou la présence d'une analgésie multimodale (I2=73% ; p=0.05). Les scores de douleurs au repos et à l'effort à 6h postopératoire sont également réduits (différence moyenne au repos : -10 ; 95%IC : -15, -5 ; I =92% ; p=0.0002; différence moyenne en mouvement : -9 ; 95%IC : -14, -5 ; I2=58% ; p<0. 00001). Aucune différence n'a été retrouvée au niveau des nausées et vomissements postopératoires et du prurit. Deux complications mineures ont été identifiées (1 hématome, 1 réaction anaphylactoïde sur 1028 patients). Conclusions : Le bloc TAP échoguidé procure une analgésie postopératoire mineure et ne présente aucun bénéfice chez les patients ayant reçu de la morphine intrathécale. L'effet analgésique mineure est indépendant du moment de l'injection ou de la présence ou non d'une analgésie multimodale.

Performance of 18F-FET versus 18F-FDG-PET for the diagnosis and grading of brain tumors: systematic review and meta-analysis.

BACKGROUND: For the past decade (18)F-fluoro-ethyl-l-tyrosine (FET) and (18)F-fluoro-deoxy-glucose (FDG) positron emission tomography (PET) have been used for the assessment of patients with brain tumor. However, direct comparison studies reported only limited numbers of patients. Our purpose was to compare the diagnostic performance of FET and FDG-PET. METHODS: We examined studies published between January 1995 and January 2015 in the PubMed database. To be included the study should: (i) use FET and FDG-PET for the assessment of patients with isolated brain lesion and (ii) use histology as the gold standard. Analysis was performed on a per patient basis. Study quality was assessed with STARD and QUADAS criteria. RESULTS: Five studies (119 patients) were included. For the diagnosis of brain tumor, FET-PET demonstrated a pooled sensitivity of 0.94 (95% CI: 0.79-0.98) and pooled specificity of 0.88 (95% CI: 0.37-0.99), with an area under the curve of 0.96 (95% CI: 0.94-0.97), a positive likelihood ratio (LR+) of 8.1 (95% CI: 0.8-80.6), and a negative likelihood ratio (LR-) of 0.07 (95% CI: 0.02-0.30), while FDG-PET demonstrated a sensitivity of 0.38 (95% CI: 0.27-0.50) and specificity of 0.86 (95% CI: 0.31-0.99), with an area under the curve of 0.40 (95% CI: 0.36-0.44), an LR+ of 2.7 (95% CI: 0.3-27.8), and an LR- of 0.72 (95% CI: 0.47-1.11). Target-to-background ratios of either FDG or FET, however, allow distinction between low- and high-grade gliomas (P > .11). CONCLUSIONS: For brain tumor diagnosis, FET-PET performed much better than FDG and should be preferred when assessing a new isolated brain tumor. For glioma grading, however, both tracers showed similar performances.

A Meta-Analysis of Trabecular Bone Score in Fracture Risk Prediction and Its Relationship to FRAX.

Trabecular bone score (TBS) is a gray-level textural index of bone microarchitecture derived from lumbar spine dual-energy X-ray absorptiometry (DXA) images. TBS is a bone mineral density (BMD)-independent predictor of fracture risk. The objective of this meta-analysis was to determine whether TBS predicted fracture risk independently of FRAX probability and to examine their combined performance by adjusting the FRAX probability for TBS. We utilized individual-level data from 17,809 men and women in 14 prospective population-based cohorts. Baseline evaluation included TBS and the FRAX risk variables, and outcomes during follow-up (mean 6.7 years) comprised major osteoporotic fractures. The association between TBS, FRAX probabilities, and the risk of fracture was examined using an extension of the Poisson regression model in each cohort and for each sex and expressed as the gradient of risk (GR; hazard ratio per 1 SD change in risk variable in direction of increased risk). FRAX probabilities were adjusted for TBS using an adjustment factor derived from an independent cohort (the Manitoba Bone Density Cohort). Overall, the GR of TBS for major osteoporotic fracture was 1.44 (95% confidence interval [CI] 1.35-1.53) when adjusted for age and time since baseline and was similar in men and women (p > 0.10). When additionally adjusted for FRAX 10-year probability of major osteoporotic fracture, TBS remained a significant, independent predictor for fracture (GR = 1.32, 95% CI 1.24-1.41). The adjustment of FRAX probability for TBS resulted in a small increase in the GR (1.76, 95% CI 1.65-1.87 versus 1.70, 95% CI 1.60-1.81). A smaller change in GR for hip fracture was observed (FRAX hip fracture probability GR 2.25 vs. 2.22). TBS is a significant predictor of fracture risk independently of FRAX. The findings support the use of TBS as a potential adjustment for FRAX probability, though the impact of the adjustment remains to be determined in the context of clinical assessment guidelines. © 2015 American Society for Bone and Mineral Research.