SwissDock, a protein-small molecule docking web service based on EADock DSS.

Most life science processes involve, at the atomic scale, recognition between two molecules. The prediction of such interactions at the molecular level, by so-called docking software, is a non-trivial task. Docking programs have a wide range of applications ranging from protein engineering to drug design. This article presents SwissDock, a web server dedicated to the docking of small molecules on target proteins. It is based on the EADock DSS engine, combined with setup scripts for curating common problems and for preparing both the target protein and the ligand input files. An efficient Ajax/HTML interface was designed and implemented so that scientists can easily submit dockings and retrieve the predicted complexes. For automated docking tasks, a programmatic SOAP interface has been set up and template programs can be downloaded in Perl, Python and PHP. The web site also provides an access to a database of manually curated complexes, based on the Ligand Protein Database. A wiki and a forum are available to the community to promote interactions between users. The SwissDock web site is available online at http://www.swissdock.ch. We believe it constitutes a step toward generalizing the use of docking tools beyond the traditional molecular modeling community.

Ecologie industrielle de l'aluminium, flux de matières et d'énergie : réalités et enjeux du recyclage

Dans les dernières années du 20ème siècle, l'aluminium a fait l'objet de beaucoup de communications outrancières et divergentes cautionnées par des scientifiques et des organismes faisant autorité. En 1986, la société PECHINEY le décrète perpétuel tel le mouvement « L'aluminium est éternel. Il est recyclable indéfiniment sans que ses propriétés soient altérées », ce qui nous avait alors irrité. Peu de temps après, en 1990, une communication tout aussi outrancière et irritante d'une grande organisation environnementale, le World Wild Fund, décrète que « le recyclage de l'aluminium est la pire menace pour l'environnement. Il doit être abandonné ». C'est ensuite à partir de la fin des années 1990, l'explosion des publications relatives au développement durable, le bien mal nommé. Au développement, synonyme de croissance obligatoire, nous préférons société ou organisation humaine et à durable, mauvaise traduction de l'anglais « sustainable », nous préférons supportable : idéalement, nous aurions souhaité parler de société durable, mais, pour être compris de tous, nous nous sommes limités à parler dorénavant de développement supportable. Pour l'essentiel, ces publications reconnaissent les très graves défauts de la métallurgie extractive de l'aluminium à partir du minerai et aussi les mérites extraordinaires du recyclage de l'aluminium puisqu'il représente moins de 10% de la consommation d'énergie de la métallurgie extractive à partir du minerai (on verra que c'est aussi moins de 10% de la pollution et du capital). C'est précisément sur le recyclage que se fondent les campagnes de promotion de l'emballage boisson, en Suisse en particulier. Cependant, les données concernant le recyclage de l'aluminium publiées par l'industrie de l'aluminium reflètent seulement en partie ces mérites. Dans les années 1970, les taux de croissance de la production recyclée sont devenus plus élevés que ceux de la production électrolytique. Par contre, les taux de recyclage, établis à indicateur identique, sont unanimement tous médiocres comparativement à d'autres matériaux tels le cuivre et le fer. Composante de l'industrie de l'aluminium, le recyclage bénéficie d'une image favorable auprès du grand public, démontrant le succès des campagnes de communication. A l'inverse, à l'intérieur de l'industrie de l'aluminium, c'est une image dévalorisée. Les opinions émises par tous les acteurs, commerçants, techniciens, dirigeants, encore recueillies pendant ce travail, sont les suivantes : métier de chiffonnier, métier misérable, métier peu technique mais très difficile (un recycleur 15 d'aluminium n'a-t-il pas dit que son métier était un métier d'homme alors que celui du recycleur de cuivre était un jeu d'enfant). A notre avis ces opinions appartiennent à un passé révolu qu'elles retraduisent cependant fidèlement car le recyclage est aujourd'hui reconnu comme une contribution majeure au développement supportable de l'aluminium. C'est bien pour cette raison que, en 2000, l'industrie de l'aluminium mondiale a décidé d'abandonner le qualificatif « secondaire » jusque là utilisé pour désigner le métal recyclé. C'est en raison de toutes ces données discordantes et parfois contradictoires qu'a débuté ce travail encouragé par de nombreuses personnalités. Notre engagement a été incontestablement facilité par notre connaissance des savoirs indispensables (métallurgie, économie, statistiques) et surtout notre expérience acquise au cours d'une vie professionnelle menée à l'échelle mondiale dans (recherche et développement, production), pour (recherche, développement, marketing, stratégie) et autour (marketing, stratégie de produits connexes, les ferro-alliages, et concurrents, le fer) de l'industrie de l'aluminium. Notre objectif est de faire la vérité sur le recyclage de l'aluminium, un matériau qui a très largement contribué à faire le 20ème siècle, grâce à une revue critique embrassant tous les aspects de cette activité méconnue ; ainsi il n'y a pas d'histoire du recyclage de l'aluminium alors qu'il est plus que centenaire. Plus qu'une simple compilation, cette revue critique a été conduite comme une enquête scientifique, technique, économique, historique, socio-écologique faisant ressortir les faits principaux ayant marqué l'évolution du recyclage de l'aluminium. Elle conclut sur l'état réel du recyclage, qui se révèle globalement satisfaisant avec ses forces et ses faiblesses, et au-delà du recyclage sur l'adéquation de l'aluminium au développement supportable, adéquation largement insuffisante. C'est pourquoi, elle suggère les thèmes d'études intéressant tous ceux scientifiques, techniciens, historiens, économistes, juristes concernés par une industrie très représentative de notre monde en devenir, un monde où la place de l'aluminium dépendra de son aptitude à satisfaire les critères du développement supportable. ABSTRACT Owing to recycling, the aluminium industry's global energetic and environmental prints are much lower than its ore extractive metallurgy's ones. Likewise, recycling will allow the complete use of the expected avalanche of old scraps, consequently to the dramatic explosion of aluminium consumption since the 50's. The recycling state is characterized by: i) raw materials split in two groups :one, the new scrap, internal and prompt, proportional to semi-finished and finished products quantities, exhibits a fairly good and regular quality. The other, the old scrap, proportional to the finished products arrivïng at their end-of--life, about 22 years later on an average, exhibits a variable quality depending on the collect mode. ii) a poor recycling rate, near by that of steel. The aluminium industry generates too much new internal scrap and doesn't collect all the availa~e old scrap. About 50% of it is not recycled (when steel is recycling about 70% of the old scrap flow). iii) recycling techniques, all based on melting, are well handled in spite of aluminium atiiníty to oxygen and the practical impossibility to purify aluminium from any impurity. Sorting and first collect are critical issues before melting. iv) products and markets of recycled aluminium :New scraps have still been recycled in the production lines from where there are coming (closed loop). Old scraps, mainly those mixed, have been first recycled in different production lines (open loop) :steel deoxidation products followed during the 30's, with the development of the foundry alloys, by foundry pieces of which the main market is the automotive industry. During the 80's, the commercial development of the beverage can in North America has permitted the first old scrap recycling closed loop which is developing. v) an economy with low and erratic margins because the electrolytic aluminium quotation fixes scrap purchasing price and recycled aluminium selling price. vi) an industrial organisation historically based on the scrap group and the loop mode. New scrap is recycled either by the transformation industry itself or by the recycling industry, the remelter, old scrap by the refiner, the other component of the recycling industry. The big companies, the "majors" are often involved in the closed loop recycling and very seldom in the open loop one. To-day, aluminium industry's global energetic and environmental prints are too unbeara~ e and the sustainaЫe development criteria are not fully met. Critical issues for the aluminium industry are to better produce, to better consume and to better recycle in order to become a real sustainaЫe development industry. Specific issues to recycling are a very efficient recycling industry, a "sustainaЫe development" economy, a complete old scrap collect favouring the closed loop. Also, indirectly connected to the recycling, are a very efficient transformation industry generating much less new scrap and a finished products industry delivering only products fulfilling sustainaЫe development criteria.

Parts, places, and perspectives : a theory of spatial relations based an mereotopology and convexity

This thesis suggests to carry on the philosophical work begun in Casati's and Varzi's seminal book Parts and Places, by extending their general reflections on the basic formal structure of spatial representation beyond mereotopology and absolute location to the question of perspectives and perspective-dependent spatial relations. We show how, on the basis of a conceptual analysis of such notions as perspective and direction, a mereotopological theory with convexity can express perspectival spatial relations in a strictly qualitative framework. We start by introducing a particular mereotopological theory, AKGEMT, and argue that it constitutes an adequate core for a theory of spatial relations. Two features of AKGEMT are of particular importance: AKGEMT is an extensional mereotopology, implying that sameness of proper parts is a sufficient and necessary condition for identity, and it allows for (lower- dimensional) boundary elements in its domain of quantification. We then discuss an extension of AKGEMT, AKGEMTS, which results from the addition of a binary segment operator whose interpretation is that of a straight line segment between mereotopological points. Based on existing axiom systems in standard point-set topology, we propose an axiomatic characterisation of the segment operator and show that it is strong enough to sustain complex properties of a convexity predicate and a convex hull operator. We compare our segment-based characterisation of the convex hull to Cohn et al.'s axioms for the convex hull operator, arguing that our notion of convexity is significantly stronger. The discussion of AKGEMTS defines the background theory of spatial representation on which the developments in the second part of this thesis are built. The second part deals with perspectival spatial relations in two-dimensional space, i.e., such relations as those expressed by 'in front of, 'behind', 'to the left/right of, etc., and develops a qualitative formalism for perspectival relations within the framework of AKGEMTS. Two main claims are defended in part 2: That perspectival relations in two-dimensional space are four- place relations of the kind R(x, y, z, w), to be read as x is i?-related to y as z looks at w; and that these four-place structures can be satisfactorily expressed within the qualitative theory AKGEMTS. To defend these two claims, we start by arguing for a unified account of perspectival relations, thus rejecting the traditional distinction between 'relative' and 'intrinsic' perspectival relations. We present a formal theory of perspectival relations in the framework of AKGEMTS, deploying the idea that perspectival relations in two-dimensional space are four-place relations, having a locational and a perspectival part and show how this four-place structure leads to a unified framework of perspectival relations. Finally, we present a philosophical motivation to the idea that perspectival relations are four-place, cashing out the thesis that perspectives are vectorial properties and argue that vectorial properties are relations between spatial entities. Using Fine's notion of "qua objects" for an analysis of points of view, we show at last how our four-place approach to perspectival relations compares to more traditional understandings.

A review of malaria vaccine clinical projects based on the WHO rainbow table.

Development and Phase 3 testing of the most advanced malaria vaccine, RTS,S/AS01, indicates that malaria vaccine R&D is moving into a new phase. Field trials of several research malaria vaccines have also confirmed that it is possible to impact the host-parasite relationship through vaccine-induced immune responses to multiple antigenic targets using different platforms. Other approaches have been appropriately tested but turned out to be disappointing after clinical evaluation. As the malaria community considers the potential role of a first-generation malaria vaccine in malaria control efforts, it is an apposite time to carefully document terminated and ongoing malaria vaccine research projects so that lessons learned can be applied to increase the chances of success for second-generation malaria vaccines over the next 10 years. The most comprehensive resource of malaria vaccine projects is a spreadsheet compiled by WHO thanks to the input from funding agencies, sponsors and investigators worldwide. This spreadsheet, available from WHO's website, is known as "the rainbow table". By summarizing the published and some unpublished information available for each project on the rainbow table, the most comprehensive review of malaria vaccine projects to be published in the last several years is provided below.

Quelle place pour la psychologie positive dans le champ de la psychothérapie ? Perspectives théoriques et empiriques

Ce travail vise à exposer le courant de la psychologie positive et à présenter une tentative d'articulation entre ce courant et le champ de la pratique psychothérapeutique. Nous présenterons, dans un premier temps, les fondements de la psychologie positive et les axes principaux qui la constituent. Dans cette perspective, la théorie des émotions positives de Fredrickson et la classification des vertus et des forces de caractères de Peterson et Seligman sont exposées plus en détails. Dans un second temps et à partir des travaux récents, deux facçons d'établir un pont entre psychologie positive et la psychothérapie sont discutées : (i) le développement de nouvelles stratégies thérapeutiques issues de la psychologie positive et (ii) une relecture des principaux modèles psychothérapeutiques au regard de la psychologie positive. / This article aims to present the field of positive psychology and the way it could be integrated in the area of psychotherapy. First, the historical grounding and the main contributions of positive psychology are presented. In this perspective, the Fredrickson's theory of positive emotions and the Peterson's classification of character strengths and virtues are particularly detailed. Secondly, based on recent research, two ways to link positive psychology to clinical practice emerged: (i) the development of new therapeutic strategies anchored in the positive psychology, and (ii) a critical look at different psychotherapeutic modalities based on positive psychology.

Understanding the concepts of community phylogenetics

Background: Community phylogenetics is an emerging field of research that has made important contributions to understanding community assembly. The rapid development of this field can be attributed to the merging of phylogenetics and community ecology research to provide improved clarity on the processes that govern community structure and composition. Question: What are the major challenges that impede the sound interpretation of the patterns and processes of phylogenetic community assembly? Methods: We use four scenarios to illustrate explicitly how the phylogenetic structure of communities can exist in stable or transient phases, based on the different combinations of phylogenetic relationships and phenotypic traits among co-occurring species. We discuss these phases by implicating a two-way process in the assembly and disintegration of the given ecological community. Conclusions: This paper synthesizes the major concepts of community phylogenetics using habitat filtering and competition processes to elucidate how the understanding of phylogenetic community structure is currently hindered by the dynamics of community assembly and disassembly.

"Quitter le milieu" Une étude sociologique des processus de désaffiliation religieuse du milieu évangélique suisse

La thématique des désaffiliations religieuses du milieu évangélique est le parent pauvre des études faites jusqu'à ce jour sur ce courant religieux. En effet, l'accent est généralement mis sur son développement en termes d'affiliation faisant alors l'impasse sur les pertes qu'il connaît pourtant. De plus, la question des désaffiliations religieuses est un angle d'approche sociologique particulièrement fécond pour étudier les groupes religieux en permettant, entre autres, de cerner plus en profondeur leur identité, les mécanismes qui favorisent leur pérennisation, mais aussi leur rapport à la société environnante. Dans ce travail, qui s'inscrit en sociologie des religions et qui puise autant dans la littérature sur les désaffiliations religieuses que dans celle des désengagements militants, l'analyse s'est focalisée sur les processus de désengagement au niveau microsociologique : quels sont les motifs qui président les désaffiliations, comment se déroulent ces dernières, quels effets ont-elles sur l'individu en termes identitaires et comment sont-elles perçues par ceux qui restent ? Ces principales questions ont permis de (re] questionner des éléments constitutifs de l'engagement évangélique : les processus de socialisation ; la structuration des liens intragroupe développés par le milieu et son rapport à l'extérieur ; son système normatif; son système de représentation du monde et la démarche religieuse qu'il valorise, qui sont autant d'aspects qui jouent un rôle dans les processus de désaffiliation. Plus précisément, ces éléments agissent en tant que mécanismes de rétention tant sociaux que psychologiques compliquant ainsi le désengagement. Cette thèse s'est construite sur dix-sept entretiens semi directifs menés auprès de personnes ayant grandi pour la plupart dans une famille évangélique et qui ont décidé, un jour, de ne plus fréquenter ce milieu religieux. Pour élargir la perspective analytique et pour permettre de comprendre et d'expliquer les processus de désaffiliation en lien avec le groupe quitté, un ensemble de septante-huit entretiens semi directifs et de mille cent questionnaires standardisés de membres d'Eglises évangéliques a été mobilisé. Partant des logiques du désengagement, cette thèse affine les connaissances actuelles sur l'évangélisme dans le contexte de la modernité, grâce à l'éclairage inédit qu'elle lui donne. Elle développe également le champ des connaissances sur les désaffiliations religieuses en lui fournissant un nouvel exemple de cas tout en lui offrant une autre façon de théoriser les sorties de groupes religieux qui valorisent un engagement de type militant. - Religious disaffiliations from the evangelical milieu have not yet been investigated. Indeed, former studies have usually focused on the development of the milieu by looking at conversions. However, it appears that the study of the disaffiliation processes may not only give results on the reasons and experiences of those disaffiliating, but also shed light on the attributes and the development of the evangelical milieu itself. The main goal of this thesis was to fill this gap in the literature. From a microsociological approach, this thesis sought to answer the following central question : Why, how and with what effects do individuals leave the evangelical milieu and how is this phenomenon perceived, interpreted and managed by the individuals who leave the evangelical community and by the members of the evangelical milieu? These questions enabled me to investigate the functioning of the evangelical milieu : its processes of socialization ; internal and external relationships ; normative system ; belief system or its religious engagement. This set of aspects can influence and complicate the processes of disaffiliation. The analysis of religious disaffiliation was based on seventeen qualitative interviews with former members of evangelical chrurches who decided, one day, not to attend an evangelical church anymore and who question more or less strongly the « system of evangelical thought ». Seventy-eight qualitative interviews with members of evangelical free churches and a representative survey with members of evangelical free churches (N = 1100] completed the analysis and inserted the individual disengagement in the « milieu's logics ». This thesis complements and enriches the literature on evangelism as well as on religious disaffiliation in general.

Le mouvement peut-il guérir? : histoire de l'engagement des médecins français dans l'élaboration de l'éducation physique (1741-1888)

Résumé : Cette recherche doctorale analyse l'engagement des médecins français autour de l'éducation physique entre 1741 et 1888. Basé sur un travail prosopographique d'identification des médecins qui ont participé à l'élaboration de l'éducation physique, ce travail repose sur une mise en dialogue de leurs prises de position respectives. Pour réaliser cette enquête, nous avons compulsé un large corpus de sources primaires, composé des ouvrages consacrés à la gymnastique médicale mais aussi une très large portion de la production d'imprimés touchant à l'anatomie, l'hygiène, la thérapeutique, la physiologie, l'orthopédie, etc. Le corpus contient également des articles des principaux dictionnaires médicaux de la période et des principales revues médicales du XIXe siècle. Avec une approche critique de l'historiographie et à partir de ce corpus, nous avons travaillé dans le cadre de contextes définis pour saisir au plus près les logiques sociales et scientifiques amenant les médecins auprès de l'éducation physique. Trois conjonctures successives structurent l'engagement médical. Entre 1741 et 1817, la thèse retrace l'émergence d'un questionnement ; les années 1817-1847 constituent un « moment orthopédique » dans la formulation de la gymnastique ; et finalement entre 1847 et 1888, on observe une diversification des voies de légitimation médicale des exercices du corps. Ces trois moments de l'histoire des « discours gymniques médicaux » proposent un certain nombre de convergences : la prégnance de l'orthopédie, une certaine concentration autour de la santé des corps féminins, l'inclusion dans un « projet hygiéniste » ; mais aussi des divergences et des singularités : relatives à la progressive structuration en cours du champ médical, à l'implication progressive du politique (surtout après 1845/1850), aux transformations des pathologies/doctrines médicales « dominantes », ainsi qu'à l'importance plus ou moins forte de l'une ou l'autre des facettes de l'éducation physique (militaire, athlétique, « médicinale » ou pédagogique). Le processus est aussi celui de l'expérimentation de la curation de certaines pathologies (scolioses, affections nerveuses), dans des configurations idéologiques/scientifiques marquées par la « dégénération » (XVIIIe siècle), l'anatomie pathologique (début du XIXe siècle) et plus tard la « dégénérescence » et les affections nerveuses (après 1850). Dans le cadre d'une dynamique d'inspiration « foucaldienne », ces recommandations évoluent d'une anatomopolitique - caractérisée par un essor de discours empreints d'anatomie au XVIIIe siècle - vers une biopolitique - caractérisée par l'engagement de l'Etat qui fait de la gymnastique une discipline d'enseignement, pensée à des fins hygiéniques dans la seconde moitié du XIXe - où le processus réside en fait dans une biologisation progressive des recommandations pratiques. Observée à l'aune de la formulation médicale de l'éducation physique, la biopolitique n'est pas réalisée dans la seconde moitié du XVIIIe, elle se compose lentement aux marges de l'institution scolaire et des gymnastiques pédagogico-militaires pour constituer un projet thérapeutique et hygiénique plus construit après 1850. Abstract : This dissertation analyzes French doctor's involvement in debates and initiatives concerning physical education between 1741 and 1888. Based on a prosopographic inventory of those physicians who participated in the development of physical education, it explores the variety of their discourses with respect to the practice of physical exercises. This investigation relies on a large selection of primary sources: works devoted to medical gymnastic, but also medical treatises related to anatomy, hygiene, therapeutics, physiology, orthopedics, etc. The sources also include articles from the major medical dictionaries and journals of the nineteenth century. These documents are used to explore the socio-scientific mechanisms that underlay physicians' commitment to physical education. Three chronological periods structure medical engagement in the area of physical education. Between 1741 and 1817 the thesis traces the emergence of a questioning; the years 1817 to 1847 represent an « orthopedic moment » in the development of gymnastics; finally between 1847 and 1888, one witnesses a diversification of the legitimation process between medicine and gymnastics. These three moments in the history of « medical and gymnastic discourses » offer a number of similarities: the weight of orthopedics, the ongoing focus on the health of the female body, and the association of these discourses with a « hygienic project ». But differences also distinguish these periods as the medical field became more structured and new medical doctrines became dominant, with the increasing involvement of politics (especially after 1850), and with the changing weight of priorities within physical education (military, athletic, « medical » or pedagogic). Medical discourses centered on the curing of certain diseases (scoliosis or nervous disorders) are analyzed within an ideological configuration marked by the idea of « degeneration » (in the eighteenth century), « pathological anatomy » (in the early nineteenth century) and later « dégénérescence » associated with nervous disorders (after 1850). The dissertation draws on Foucault's historical epistemology to understand how medical recommendations evolve from an anatomopolitics - characterized by a surge in anatomical discourses - toward a biopolitics - characterized by the commitment of the State to introduce gymnastics for hygienic purposes into schools in the second half of the nineteenth century. This process reveals a progressive "biologization" of practical recommendations. The medical discourses about physical education show that Foucault's biopolitical power is not achieved in the second half of the eighteenth century, but develops slowly at the margins of the school system and of pedagogical and military gymnastic, becoming a veritable hygienic and therapeutic project only after 1850.

Améliorer la prise en charge de l'hypertension arterielle en favorisant la collaboration avec les pharmaciens et les infirmières [Team-based care involving pharmacists and nurses to improve the management of hypertension].

Only half of hypertensive patients has controlled blood pressure. Chronic kidney disease (CKD) is also associated with low blood pressure control, 25-30% of CKD patients achieving adequate blood pressure. The Community Preventive Services Task Force has recently recommended team-based care to improve blood pressure control. Team-based care of hypertension involves facilitating coordination of care among physician, pharmacist and nurse and requires sharing clinical data, laboratory results, and medications, e.g., electronically or by fax. Based on recent studies, development and evaluation of team-based care of hypertensive patients should be done in the Swiss healthcare system.

An alternative socio-ecological strategy? International Trade Unions' engagement with climate change

In the context of a global ecological crisis, it is an important move when trade unions turn to environmentalism. Yet, the form that this environmentalism takes is often overlooked. This is especially the case with international trade unions. Based on an empirical study of international trade unions' engagement with the climate change issue, this article argues that international trade unions follow three different (and partially conflicting) strategies. I label these strategies as 'deliberative', 'collaborative growth' and 'socialist', and I examine each in turn. I argue that such analysis is important if we want to identify the potential for transforming the social relations of production that are at the root of the current climate crisis, and for identifying an alternative socio-ecological strategy.

Adverse life events among community-dwelling persons aged 65-70 years: gender differences in occurrence and perceived psychological consequences.

OBJECTIVES: To describe the occurrence of selected adverse life events in young-old men and women, as well as their perceived psychological consequences. METHODS: In 2005, 1,422 participants in the Lausanne Cohort 65+ study, born in 1934-1938, self-reported whether they experienced any of 26 life events during the preceding year. Most participants (N = 1,309, 92%) completed the geriatric adverse life events scale during a face-to-face interview, by rating the level of stress associated with each event, as well as its impact on their psychological well-being. RESULTS: Overall, 72% of the participants experienced at least one of the 26 events in the preceding year (range 1-9). Disease affecting the respondent (N = 525) or a close relative (N = 276) was most frequent, as well as the death of a friend or non-close relative (N = 274). Women indicated a higher frequency of events (mean 2.1 vs. 1.7 events, P < 0.001), as well as a higher level of stress and a stronger negative impact on well-being than men. In multivariate analyses adjusting for self-rated health, depressive symptoms and comorbidity, female gender remained significantly associated with the level of stress and negative impact on psychological well-being. CONCLUSION: This exploratory study shows that several types of adverse life events frequently occur at age 65-70, with gender differences both in the frequency of reporting and consequences of these events. However, information on this topic is limited and studies based on different populations and designs are needed to better understand the impact of such events.