The Confidence Information Ontology: a step towards a standard for asserting confidence in annotations.

Biocuration has become a cornerstone for analyses in biology, and to meet needs, the amount of annotations has considerably grown in recent years. However, the reliability of these annotations varies; it has thus become necessary to be able to assess the confidence in annotations. Although several resources already provide confidence information about the annotations that they produce, a standard way of providing such information has yet to be defined. This lack of standardization undermines the propagation of knowledge across resources, as well as the credibility of results from high-throughput analyses. Seeded at a workshop during the Biocuration 2012 conference, a working group has been created to address this problem. We present here the elements that were identified as essential for assessing confidence in annotations, as well as a draft ontology--the Confidence Information Ontology--to illustrate how the problems identified could be addressed. We hope that this effort will provide a home for discussing this major issue among the biocuration community. Tracker URL: https://github.com/BgeeDB/confidence-information-ontology Ontology URL: https://raw.githubusercontent.com/BgeeDB/confidence-information-ontology/master/src/ontology/cio-simple.obo

Eye-tracking of nodule detection in lung CT volumetric data.

PURPOSE: Signal detection on 3D medical images depends on many factors, such as foveal and peripheral vision, the type of signal, and background complexity, and the speed at which the frames are displayed. In this paper, the authors focus on the speed with which radiologists and naïve observers search through medical images. Prior to the study, the authors asked the radiologists to estimate the speed at which they scrolled through CT sets. They gave a subjective estimate of 5 frames per second (fps). The aim of this paper is to measure and analyze the speed with which humans scroll through image stacks, showing a method to visually display the behavior of observers as the search is made as well as measuring the accuracy of the decisions. This information will be useful in the development of model observers, mathematical algorithms that can be used to evaluate diagnostic imaging systems. METHODS: The authors performed a series of 3D 4-alternative forced-choice lung nodule detection tasks on volumetric stacks of chest CT images iteratively reconstructed in lung algorithm. The strategy used by three radiologists and three naïve observers was assessed using an eye-tracker in order to establish where their gaze was fixed during the experiment and to verify that when a decision was made, a correct answer was not due only to chance. In a first set of experiments, the observers were restricted to read the images at three fixed speeds of image scrolling and were allowed to see each alternative once. In the second set of experiments, the subjects were allowed to scroll through the image stacks at will with no time or gaze limits. In both static-speed and free-scrolling conditions, the four image stacks were displayed simultaneously. All trials were shown at two different image contrasts. RESULTS: The authors were able to determine a histogram of scrolling speeds in frames per second. The scrolling speed of the naïve observers and the radiologists at the moment the signal was detected was measured at 25-30 fps. For the task chosen, the performance of the observers was not affected by the contrast or experience of the observer. However, the naïve observers exhibited a different pattern of scrolling than the radiologists, which included a tendency toward higher number of direction changes and number of slices viewed. CONCLUSIONS: The authors have determined a distribution of speeds for volumetric detection tasks. The speed at detection was higher than that subjectively estimated by the radiologists before the experiment. The speed information that was measured will be useful in the development of 3D model observers, especially anthropomorphic model observers which try to mimic human behavior.

University Hospital Struck Deaf and Silent by Lightning: Lessons to Learn.

We describe how an electromagnetic wave after a lightning strike affected a university hospital, including the communication shutdown that followed, the way it was handled, and the lessons learned from this incident.

Balayage visuel des sujets effectuant l'auto-évaluation de l'échelle ELADEB

Introduction Les Echelles Lausannoises d'Auto-Evaluation des Difficultés et des Besoins ELADEB, est un outil utilisé en réhabilitation psychiatrique permettant de dresser le profil des problèmes rencontrés par les patients psychiatriques dans les principaux domaines de la vie quotidienne, ainsi que le besoin d'aide supplémentaire à celle déjà existante. Cet outil a déjà été validé dans une étude1 portant sur 94 patients et recueille un intérêt grandissant. Afin de compléter les données de validation recueillies lors de la première étude, nous présentons ici une seconde étude visant à comprendre d'avantage cet outil en le couplant à l'Eye tracker qui permet une étude du regard et ainsi observer des phénomènes visuels des sujets qui pratiquent l'auto-évaluation des difficultés et des besoins d'aide. Objectifs Cette étude pilote et exploratrice a pour but de mesurer l'exploration visuelle des cartes lors de l'évaluation d'ELADEB au travers des trois variables suivantes d'oculométrie récoltées au travers de l'outil de mesure de l'Eye tracker : (1) la variation de la taille pupillaire (pixels), (2) le rapport des nombres de points de fixation/temps, et (3) de la durée totale du temps de traitement de l'information de la carte (ms). Hypothèses. Le traitement visuel des cartes sélectionnées comme problèmes versus non problèmes sera différent chez tout le monde d'une part au niveau de : (1) la variation pupillaire, (2) du nombre de points de fixation de l'oeil/temps ainsi que (3) de la durée totale du traitement de l'information de la carte en fonction de notre compréhension. On peut poser l'hypothèse que l'émotion sera différente selon que la personne rencontre un problème ou non et ainsi, on peut s'attendre à ce que les cartes sélectionnées comme problèmes soient associées à une réaction émotionnelle plus importante que les autres, ce qui nous permettrait d'observer une corrélation entre le balayage visuel et ELADEB. Méthodes Cette étude exploratoire porte sur un échantillon de 10 sujets passant un test d'évaluation des difficultés et des besoins ELADEB, couplé à un appareil d'Eye tracking. Les critères d'inclusion des sujets sont : (1) hommes entre 30 et 40 ans, (2) dépourvu de symptômes psychotiques ou de psychoses. Les critères d'exclusion des sujets sont : (1) consommation d'alcool ou de drogues, (2) troubles psycho-organiques, (3) retard mental, (4) difficulté de compréhension de la langue française, (5) état de décompensation aiguë empêchant la réalisation de l'étude. Trois instruments sont utilisés comme supports d'analyses pour cette étude : (1) ELADEB, (2) l'Eye tracking et (3) le Gaze tracker. Le dispositif (2) d'Eye tracking se présente sous forme de lunettes particulières à porter par le sujet et qui permet de suivre les mouvements de l'oeil. L'une des caméras suit et enregistre les mouvements oculaires du sujet et permet de « voir en temps réel ce que voit le sujet et où il regarde » tandis que la seconde caméra scrute et analyse sa pupille. Les données sont ensuite répertoriées par le logiciel de mesures (3) « Gaze tracker », qui les analyse avec, à la fois une évaluation quantitative des points de fixation2 en se basant sur leurs nombres et leurs durées, ainsi qu'une mesure de la variation pupillaire fournie en pixels par le logiciel. Résultat(s) escompté(s) Il s'agit d'une étude exploratoire dans laquelle on espère retrouver les variations moyennes intra-sujets selon les hypothèses carte problème versus non problèmes. On peut s'attendre à trouver une retraduction des mesures de l'échelle ELADEB au travers de l'Eye tracking, ce qui concorderait avec les hypothèses énoncées et ajouterait encore d'avantage de validation à ELADEB au travers d'un outil pointu de mesure physiologique.