Evaluation of the immune response to infection with metastatic and non-metastatic "Leishmania guyanensis" parasites

ABSTRACT : Les infections par le parasite Leishmania guyanensis se caractérisent par une dissémination depuis le site initial d'infection jusqu'aux tissus naso-pharyngés, responsable de la Leishmaniose à lésions secondaires muco-cutanées (LMC). Les lésions des patients atteints de LMC montrent une massive infiltration de cellules immunitaires, une réponse immunitaire élevée et la présence de parasites (bien qu'en très faible quantité). La LMC engendre une augmentation de l'expression de TNFa ainsi qu'un défaut dans le contrôle de la réponse immunitaire caractérisé par une absence de réponse à l'IL 10. La réponse immunitaire de l'hôte ainsi que la virulence du parasite sont deux facteurs reconnus pour le contrôle de l'infection. Le mécanisme de la pathogenèse de la LMC restent grandement incompris, surtout le mécanisme de dissémination de l'infection du site d'inoculation jusqu'aux sites secondaires d'infection (métastases) ainsi que les détails de la réponse de l'hôte contre le pathogène. Dans un modèle d'infection d' hamsters avec des parasites du Nouveau Monde, la classification des parasites Leishmania se fait en fonction de leur capacité à développer des métastases. Ce modéle d'infection a permis de caractériser différentes souches de parasites selon la classification de l'Organisation Mondiale de la Sante (OMS) tel que la souche de référence W>É-II/BR/78/M5313 qui est reconnue comme hautement métastatique alors que ces clones dérivés de M5313 montrent de grandes variations quand a leur capacité à créer des métastases. Les clones 13 et 21 sont métastatiques (M+) alors que les clones 3 et 17 sont nonmétastatiques (NI-). Les objectifs de cette thèse ont été d'étudier le rôle de la réponse immunitaire innée des macrophages après infection in vitro avec différents clones métastatiques et non-métastatiques du parasite L. guyanensis, ainsi que d'étudier la réponse immunitaire générée suite à une infection in vivo par les clones M+ et M- de L. guyanensis dans un modèle marin. L'analyse de la .réponse immunitaire des macrophages in vitro montrent qu'il y aune augmentation significative de leur statut d'activation après infection par des parasites M+ indiquée par la modulation des marqueurs d'activation de surface CD80, CD86 et CD40, ainsi que une augmentation significative de CXCL 10, CCLS, IL6 et TNFa au niveau transcription de l'ARNm et au niveau de la protéine. Cette phénomène d'activation a été observée chez les deux souches de souris C57BL/6 et BALB/c. L'utilisation d'un inhibiteur d'entrée des parasites (Cytochalsin D) ou d'un inhibiteur des fonctions endosomales (Chloroquine) diminue de manière significative la réponse des macrophages aux parasites M+. L'utilisation de macrophages déficients en TLR, MyD88, et TRIF a démontré que la réponse générée après infection par les parasites M+ était dépendante de la voie de signalisation de TRIF et TLR3. Lors d'infection in vivo par des parasites M5313, au moins 50% des souris BALB/c présentent un phénotype sensible caractérisé par des lésions non-nécrotiques qui ne guérissent pas, persistent plus de 13 semaines après infection et contiennent un nombre considérable de parasites. Ces souris développent une réponse immunitaire de type T helper 2 (Th2) avec un niveau élevé d'IL-4 et d'IL-10. Les autres souris ont un phénotype non-sensible, les souris développant peu ou pas de lésion, avec peu de parasites et une réponse immunitaire diminuée, caractérisée par un niveau faible d'IFNy, d'IL4 et d'IL10. De plus, les souris BALB/c infectées par un parasite L. guyanensis isolé à partir des lésions muco-cutanées d'un patient humain atteint de LMC ont démontrés un phénotype similaire aux souris infectées par la souche M5313 avec 50% des souris développant des lésions persistantes, alors qu'un parasite dérivé des lésions cutanées humains n'a montré qu'une faible sensibilité avec une lésion transitoire qui finit par guérir. Nous avons montré que la sensibilité de ces souris BALB/c dépend de l'IL-4 et de l'IL-10 car les souris IL-10-/sur fond génétique BALB/c ainsi que les souris BALB/c traitée avec de l'anti-IL4 étaient capables de contrôler l'infection par M5313. Les souris C57BL/6 sont résistantes à l'infection par le parasite M5313. Elles développent une lésion transitoire qui guérit 9 semaines après infection. Ces souris résistantes ont un très faible taux de parasites au site d'infection et développent une réponse immunitaire de type Thl avec un niveau élevé d'IFNr et peu d'IL4 et d'IL10. Les infections in vivo de souris déficientes en MyD88, TRIF, TLR3 ou TLR9 (sur fond génétique C57BL/6) ont indiqué que MyD88 et TLR9 étaient impliqués dans la résistance à l'infection par L. guyanensi, et que TRIF et TLR3 avaient un rôle important dans la sensibilité. Ce travail met en évidence le fait que la réponse immunitaire de l'hôte est modulée par le parasite selon leur caractérisation d'être soit M+ ou M-. Nous avons démontré également que plusieurs gènes et voies de signalisations étaient impliqués dans cette réponse favorisant le développement d'une LMC. ABSTRACT : Leishmania guyanensis parasites are able to disseminate from the initial site of cutaneous skin infection to the nasopharyngeal tissues resulting in destructive secondary lesions and the disease Mucocutaneous Leishmaniasis (MCL). The secondary lesions in patients have intense immune cell infiltration, elevated immune responses and the presence (albeit at low levels) of parasites. More specifically, MCL patients produce higher levels of TNFa and display impairment in their ability to control the immune response due to a defect in their ability to respond to IL10. Little is known about the pathogenesis of MCL, especially about the dissemination of the infection from the site of inoculation to secondary sites (metastasis) and the response of the host to the pathogen. The hamster model of L. guyanensis infection has previously characterized the WHO reference strain, L. guyanensis WHI/BR/78/M5313, as being highly metastatic. Clones of parasites derived from this reference strain show a differential ability to metastasize. This thesis studied the differential immune response generated by macrophages in vitro, or by mice in vivo, following infection with L. guyanensis parasites. A significant increase in the activation status of macrophages derived from C57BL/6 or BALB/c mice was observed after in vitro infection with L. guyanensis parasites when compared to non-metastatic parasites. This change in status was evidenced by the increased expression of surface activation markers, together with the chemokines, CXCL 10, CCLS, and cytokines, IL6 and TNFa. Furthermore, in vitro infection of macrophages isolated from mice deficient in either a specific Toll Like Receptor (TLR) or the adaptor molecules MyD88 or TRIF, indicated that the immune response generated following L. guyanensis metastatic parasite infection was reliant on the TRIF dependent TLR3 signalling pathway. In vivo footpad infection of BALB/c mice with the L. guyanensis M5313 parasites showed a reproducible susceptible phenotype, whereby at least 50% of infected mice developed non-healing, nonnecrosing lesions with high parasitemia that persisted over 13 weeks post infection. This phenotype was characterized by a Th2 type cytokine immune response with increased levels of IL4 and IL10 detected in the draining lymph nodes. IL 10 deficient mice on a BALB/c background, or BALB/c mice treated with anti-IL4 were able to control infection with L. guyanensis M5313 parasites, thereby proving that these cytokines were indeed implicated in the susceptibility to infection. Moreover, infection of BALB/c mice with patient isolated L. guyanensis parasites confirmed that MCL derived parasites were able to induce a susceptibility phenotype similar to that of L. guyanensis M5313. C57BL/6 mice, on the other hand, were highly resistant to infection with L. guyanensis M5313 parasites and produced transient footpad swelling that healed by week 9 post infection, together with low degrees of footpad parasitemia and a Thl polarized immune response. Infection of mice deficient in MyD88, TRIF, TLR3, and TLR9 (on a C57BL/6 background), indicated that MyD88 and TLR9 were involved in the resistance of these mice to infection, and that TRIF and TLR3 were involved in the susceptibility. This study has shown that the host response can be differentially modulated depending on the infecting parasite with several genes and pathways being identified that could be involved in promoting the development of MCL.

Qualités des sites internet anglophones traitant du trouble obsessionnel complusif

Enjeux et contexte : Dans les questions de santé mentale, internet constitue de plus en plus une source d'information pour les personnes souffrant de troubles psychiatriques ainsi que de leurs proches. D'autre part, le trouble obsessionnel compulsif revêt une importance grandissante et bénéficie d'un intérêt croissant en raison de sa fréquence et de la charge qu'il représente pour le patient et pour la société. Les patients souffrant de trouble obsessionnel compulsif, qu'ils soient diagnostiqués ou non, ainsi que leurs proches peuvent être amenés à rechercher une information de bonne qualité sur net sur le sujet. Cette étude vise à évaluer la qualité de l'information issue de l'internet concernant les sites anglophones traitant du trouble obsessionnel compulsif et de comparer les résultats des requêtes en utilisant un moteur de recherche général (Google) à celles obtenues avec un moteur de recherche spécialisé (Omni Medical Search). Des mots-clés relatifs au trouble obsessionnel compulsif ont été introduits dans Google et Omni Medical Search. Les sites retenus ont été évalués selon leur responsabilité, interactivité, lisibilité et la qualité de leur contenu. Le Label HON et la version brève de l'échelle DISCERN ont été utilisés comme indicateurs possibles de la qualité du contenu. Sur les 235 adresses retrouvées, 53 sites retenus ont été analysés. Résultats : La qualité du contenu des sites examinés est relativement bonne. L'utilisation d'un moteur de recherche spécialisé ne constitue pas un avantage par comparaison au moteur général utilisé par la grande majorité des internautes. Un score > 16 de la version brève du DISCERN est associé à une meilleure qualité du contenu. En conclusion : cette étude montre que le contenu des sites web concernant le trouble obsessionnel compulsif est acceptable. L'utilisation d'un moteur de recherche spécialisé n'offre pas d'avantage par rapport à Google. Comme implications pratiques : internet renferme des sites de haute qualité sur le trouble obsessionnel compulsif. L'accès à ces sites ne nécessite pas l'utilisation d'un moteur de recherche spécialisé. En revanche, une discussion entre le patient et le soignant à propos de l'information disponible sur internet demeure indispensable Perspectives : en dépit des limitations de notre étude, on peut dire que l'information contenue dans le web concernant le trouble obsessionnel compulsif est acceptable. Le contenu et la présentation de cette information pourraient être améliorés. Quant à l'internaute qui cherche une information de qualité, il pourrait être guidé par deux éléments : le HON et la version brève du DISCERN.

Nuclear and cytoplasmic triiodothyronine-binding sites in primary sensory neurons and Schwann cells: radioautographic study during development.

The effects of the thyroid hormones on target cells are mediated through nuclear T3 receptors. In the peripheral nervous system, nuclear T3 receptors were previously detected with the monoclonal antibody 2B3 mAb in all the primary sensory neurons throughout neuronal life and in peripheral glia at the perinatal period only (Eur. J. Neurosci. 5, 319, 1993). To determine whether these nuclear T3 receptors correspond to functional ones able to bind T3, cryostat sections and in vitro cell cultures of dorsal root ganglion (DRG) or sciatic nerve were incubated with 0.1 nM [125I]-labeled T3, either alone to visualize the total T3-binding sites or added with a 10(3) fold excess of unlabeled T3 to estimate the part due to the non-specific T3-binding. After glutaraldehyde fixation, radioautography showed that the specific T3-binding sites were largely prevalent. The T3-binding capacity of peripheral glia in DRG and sciatic nerve was restricted to the perinatal period in vivo and to Schwann cells cultured in vitro. In all the primary sensory neurons, specific T3-binding sites were disclosed in foetal as well as adult rats. The detection of the T3-binding sites in the nucleus indicated that the nuclear T3 receptors are functional. Moreover the concomitant presence of both T3-binding sites and T3 receptors alpha isoforms in the perikaryon of DRG neurons infers that: 1) [125I]-labeled T3 can be retained on the T3-binding 'E' domain of nascent alpha 1 isoform molecules newly-synthesized on the perikaryal ribosomes; 2) the alpha isoforms translocated to the nucleus are modified by posttranslational changes and finally recognized by 2B3 mAb as nuclear T3 receptor. In conclusion, the radioautographic visualization of the T3-binding sites in peripheral neurons and glia confirms that the nuclear T3 receptors are functional and contributes to clarify the discordant intracellular localization provided by the immunocytochemical detection of nuclear T3 receptors and T3 receptor alpha isoforms.

High-throughput SELEX SAGE method for quantitative modeling of transcription-factor binding sites.

The ability to determine the location and relative strength of all transcription-factor binding sites in a genome is important both for a comprehensive understanding of gene regulation and for effective promoter engineering in biotechnological applications. Here we present a bioinformatically driven experimental method to accurately define the DNA-binding sequence specificity of transcription factors. A generalized profile was used as a predictive quantitative model for binding sites, and its parameters were estimated from in vitro-selected ligands using standard hidden Markov model training algorithms. Computer simulations showed that several thousand low- to medium-affinity sequences are required to generate a profile of desired accuracy. To produce data on this scale, we applied high-throughput genomics methods to the biochemical problem addressed here. A method combining systematic evolution of ligands by exponential enrichment (SELEX) and serial analysis of gene expression (SAGE) protocols was coupled to an automated quality-controlled sequence extraction procedure based on Phred quality scores. This allowed the sequencing of a database of more than 10,000 potential DNA ligands for the CTF/NFI transcription factor. The resulting binding-site model defines the sequence specificity of this protein with a high degree of accuracy not achieved earlier and thereby makes it possible to identify previously unknown regulatory sequences in genomic DNA. A covariance analysis of the selected sites revealed non-independent base preferences at different nucleotide positions, providing insight into the binding mechanism.

Which anatomical sites should be sampled for screening of methicillin-resistant Staphylococcus aureus carriage by culture or by rapid PCR test?

The nose is the anatomical site usually recommended for methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) screening. Other sites are also recommended, but are more controversial. We showed that the sensitivities of MRSA detection from nasal swabs alone were 48% and 62% by culture or by rapid PCR test, respectively. These percentages increased to 79% and 92% with the addition of groin swabs, and to 96% and 99% with the addition of groin and throat swabs. In conclusion, neither by culture nor by rapid PCR test is nose sampling alone sufficient for MRSA detection. Additional anatomical sites should include at least the groin and throat.

Feasibility of RNA studies on illegitimate transcription for molecular characterization of splicing mutations in the ATP7B gene: a case report.

Approximately 520 Wilson disease-causing mutations in the ATP7B gene have been described to date. In this study we report DNA and RNA analyses carried out for molecular characterization of a consensus sequence splicing mutation found in homozygosity in a Swiss Wilson disease patient. RNA analysis of 1946 +6 T→C in both the peripheral lymphoblasts and liver resulted in the production in the propositus of only an alternative transcript lacking exons 6, 7, and 8 resulting most likely in alterations of cell biochemistry and disease. The patient presents an early form of severe hepatic disease characterized by hepatosplenomegaly, reduced hepatic function, anemia and thrombocytopenia indicating that 1946 +6 T→C is a severe mutation. Since identical results were obtained from both peripheral lymphoblasts and liver they also suggest that RNA studies of illegitimate transcripts can be safely used for molecular characterization of ATP7B splicing mutations, thus improving genetic counseling and diagnosis of Wilson disease. Moreover these studies, contribute to reveal the exact molecular mechanisms producing Wilson disease.

High-magnification vascular imaging to reject false-positive sites in situ during Hexvix® fluorescence cystoscopy

Fluorescence imaging for detection of non-muscle-invasive bladder cancer is based on the selective production and accumulation of fluorescing porphyrins-mainly, protoporphyrin IX-in cancerous tissues after the instillation of Hexvix®. Although the sensitivity of this procedure is very good, its specificity is somewhat limited due to fluorescence false-positive sites. Consequently, magnification cystoscopy has been investigated in order to discriminate false from true fluorescence positive findings. Both white-light and fluorescence modes are possible with the magnification cystoscope, allowing observation of the bladder wall with magnification ranging between 30× for standard observation and 650×. The optical zooming setup allows adjusting the magnification continuously in situ. In the high-magnification (HM) regime, the smallest diameter of the field of view is 600 microns and the resolution is 2.5 microns when in contact with the bladder wall. With this cystoscope, we characterized the superficial vascularization of the fluorescing sites in order to discriminate cancerous from noncancerous tissues. This procedure allowed us to establish a classification based on observed vascular patterns. Seventy-two patients subject to Hexvix® fluorescence cystoscopy were included in the study. Comparison of HM cystoscopy classification with histopathology results confirmed 32/33 (97%) cancerous biopsies and rejected 17/20 (85%) noncancerous lesions.

Current state of vaccine therapies in non-small-cell lung cancer.

A large variety of cancer vaccines have undergone extensive testing in early-phase clinical trials. A limited number have also been tested in randomized phase II clinical trials. Encouraging trends toward increased survival in the vaccine arms have been recently observed for 2 vaccine candidates in patients with non-small-cell lung cancer. These have provided the impetus for the initiation of phase III trials in large groups of patients with lung cancer. These vaccines target 2 antigens widely expressed in lung carcinomas: melanoma-associated antigen 3, a cancer testis antigen; and mucin 1, an antigen overexpressed in a largely deglycosylated form in advanced tumors. Therapeutic cancer vaccines aim at inducing strong CD8 and CD4 T-cell responses. The majority of vaccines recently tested in phase I clinical trials show efficacy in terms of induction of specific tumor antigen immunity. However, clinical efficacy remains to be determined but appears limited. Efforts are thus aimed at understanding the basis for this apparent lack of effect on tumors. Two major factors are involved. On one hand, current vaccines are suboptimal. Strong adjuvant agents and appropriate tumor antigens are needed. Moreover, dose, route, and schedule also need optimization. On the other hand, it is now clear that large tumors often present a tolerogenic microenvironment that hampers effective antitumor immunity. The partial understanding of the molecular pathways leading to functional inactivation of T cells at tumor sites has provided new targets for intervention. In this regard, blockade of cytotoxic T-lymphocyte antigen-4 and programmed death-1 with humanized monoclonal antibodies has reached the clinical testing stage. In the future, more potent cancer vaccines will benefit from intense research in antigen discovery and adjuvant agents. Furthermore, it is likely that vaccines need to be combined with compounds that reverse major tolerogenic pathways that are constitutively active at the tumor site. Developing these combined approaches to vaccination in cancer promises new, exciting findings and, at the same time, poses important challenges to academic research institutions and the pharmaceutical industry.

Signalling pathways in skin homeostasis

SUMMARY The results presented here contribute to a better understanding of the crucial molecular relationships and signalling cues exchanged by several fundamental cell types (epidermal keratinocytes, dermal fibroblasts, immune and endothelial cells) of the skin. Importantly we provide evidence to directly implicate Wnt/ß-catenin signalling as a putative player in different cell types (keratinocytes and neutrophils) in mediation of the cutaneous inflammatory response (Fart A). Finally we highlight the importance of several molecules, specifically expressed in the hair follicle stem cell niche to the morphogenesis and homeostasis of the hair follicle (Part B). PART A Currently the body of work pertaining to Wnt signalling and immune cells largely focuses on Wnt signalling in the development of these cells. The data presented here suggests a novel mechanism in which Wnt signalling appears to modulate immune cell recruitment to the skin. Keratinocytes are major contributors to early inflammatory responses by the release of chemokines which recruit immune cells. The resultant inflammatory response is a dynamic process of sequentially infiltrating immune cells governed by a network of growth factors, chemokines and cytokines. In wild type mice the response is typified by a rapid and substantial infiltration of neutrophils followed at later time points by macrophages and Tcells. The expression of the canonical Wnt pathway activating ligand, Wnt3a, is able to induce a strong neutrophil infiltration in the dermis. This response originates in keratinocytes, as it is abrogated upon keratinocyte-specific ablation of ß-catenin. Notably, this suggests that the crucial cross talk between these resident cells and recruited immune cells is, in part, mediated by Wnt signalling. In corroboration of this role of Wnt-mediated recruitment of neutrophils, expression of the Wnt inhibitory ligand sFRPI during acute inflammation results in a dramatic 'dampening' of immune cell infiltration in particular of neutrophil chemoattraction. Importantly, an intrinsic Wnt signalling pathway is essential for neutrophil chemoattraction in response to inflammatory stimuli. There is a marked reduction of neutrophil infiltration in mice grafted with a ß-catenin deficient bone marrow upon TPA induced cutaneous inflammation. Additionally, neutrophils lacking Wnt/ß-catenin fail to respond to IFNγ, an early inflammatory cue, in vitro. In combination, these data indicate a potent function of Wnt signalling in immune cell recruitment and the modulation of the inflammatory response. PART B Tissue specific stem cells form the cellular base on which tissue homeostasis and repair of adult tissue relies. The maintenance of this stem cell pool is highly dependent on the immediate environment or niche. We have identified three genes, the fibroblast growth factor receptor 1 (FGFR1), serpin protease inhibitor (serpin F1) and the haematopoietic cell phosphatase (Hcph) to be specifically expressed in a small population of stromal cells which are in close contact to bulge stem cells. These specialized stromal cells might represent an essential mesenchymal component of the skin stem cell niche and may regulate stem cell proliferation and differentiation. Multiple FGFR1 isoforms are generated through alternate transcript splicing and are able to interact with both FGFs and cell adhesion molecules. Two predominant forms of the receptor are FGFR1-α and FGFR1-ß. Expression of a dominant negative form of the alpha isoform prevents hair follicle morphogenesis altogether. Given that FGFR1-ß signals principally through the FGF ligands, this data indicates that FGF signalling is dispensable for follicle morphogenesis. Moreover the loss of follicular morphogenesis upon suggests a requirement for signalling via cell adhesion molecule association with the receptor as FGFR1 α has a greater affinity for these molecules. The expression of the second candidate niche gene serpin f1, lead to the complete ablation of hair follicle morphogenesis. The serpin f1 product, pigment-epithelial derived factor (PEDF) has potent anti-angiogenic effects. Immunohistochemical analysis using CD31, a endothelial cell marker, revealed that although these cells are present, they have are disorganised and do not form vessels. Interestingly, endothelial cells have been found to contribute to the neuronal stem cell niche and our results suggest a similar mechanism in the skin. SHP1, the Hcph gene product, is a phosphatase which acts in the haematopoetic system. Motheaten mice carrying spontaneous mutations in the Hcph gene have patchy alopecia in their skin and severe defects in their haematopoietic system. However the haematopoietic rescue of the mouse does not result in normal follicular homeostasis. Additionally, ablation of Hcph in either the dermal or keratinocyte compartments of the skin produces hair follicles with abberant morphologies. This data indicates that although SHP1 is not essential for hair follicle morphogenesis it is required in both epidermal and dermal compartments to maintain follicular morphology. RÉSUMÉ PARTIE A Jusqu'à présent, les travaux dédiés à l'étude de la voie de signalisation Wnt dans le système immunitaire se sont essentiellement concentrés sur son rôle dans le développement des cellules immunitaires. Les données présentées ici suggèrent fortement et de manière nouvelle, l'existence d'un mécanisme par lequel la voie de signalisation Wnt/ß-caténine module le recrutement de cellules immunitaires dans un tissu périphérique, la peau, et ainsi la réponse inflammatoire cutanée. La réponse inflammatoire cutanée est un processus dynamique d'infiltration séquentielle de diverses cellules immunitaires, orchestré par un réseau de facteurs de croissance, chémokines et cytokines. Les kératinocytes sont des contributeurs majeurs à la réponse inflammatoire précoce par la libération de chémokines qui permettent ensuite de recruter les cellules immunitaires. Dans des souris sauvages, la réponse est d'abord caractérisée par une infiltration rapide et substantielle de neutrophiles, suivie par celle des macrophages et des lymphocytes T. L'expression d'un ligand activateur de le voie canonique de signalisation Wnt (après injection infra-dermique de fibroblastes sur-exprimant Wnt-3a) induit une infiltration dermique très marquée de neutrophiles. De plus, la réponse est éliminée en l'absence de ß-caténine spécifiquement dans les kératinocytes, indiquant que ces cellules sont à l'origine de la réponse. De manière remarquable, ceci suggère qu'une signalisation cruciale entre ces cellules résidentes de la peau et les cellules immunitaires recrutées est, au moins en partie, médiée par la voie Wnt. Corroborant ce rôle de la voie Wnt/ß-caténine dans le recrutement des neutrophiles, l'expression d'un ligand inhibiteur de la voie (sFRP1) résulte au cours d'une inflammation aigüe en une réduction spectaculaire de l'infiltration des cellules immunitaires en général, et des neutrophiles en particulier. De manière importante, la voie de signalisation Wnt est intrinsèquement requise pour la chémoattraction des neutrophiles en réponse à un stimulus inflammatoire. En effet, suite à une inflammation cutanée induite par un ester de phorbol (TPA), une réduction notable de l'infiltration des neutrophiles est observée dans des souris préalablement greffées avec de la moelle osseuse constituée de cellules déficientes en ß-caténine. De plus, in vitro, les neutrophiles sans ß-caténine ne répondent pas à une stimulation par l'interféron γ, qui est pourtant un signal inflammatoire établi in vivo. En conclusion, nos données indiquent que la voie de signalisation Wnt/ß-caténine joue une fonction active dans le recrutement des cellules immunitaires vers un organe périphérique, la peau, ainsi que dans la modulation, à plusieurs niveaux, de la réponse inflammatoire cutanée. PARTIE B Les cellules souches tissu-spécifiques forment la base cellulaire sur laquelle repose l'homéostase et la réparation tissulaires chez l'adulte. La maintenance de ce réservoir de cellules souches est hautement dépendante de leur environnement cellulaire immédiat, encore appelé «niche des cellules souches». Dans la peau, ces cellules stromales spécialisées représentent un compartiment mésenchymateux essentiel de la niche des cellules souches en régulant leurs prolifération et différentiation. Nous avons identifié trois gènes, le «récepteur 1 àux facteurs de croissance des fibroblastes » (Fgfr1 ), l' «inhibiteur de protéase à sérine » (serpinf1 ou pedf) et la « phosphatase des cellules hématopoiétiques » (Hcph ou Ptpn6), comme spécifiquement exprimés par une petite population de cellules stromales qui sont étroitement associées aux cellules souches de la peau (localisées au niveau du bombement du follicule pileux). Pour analyser leur fonction dans ce contexte, nous avons utilisé un test de reconstitution complète de peau murine en combinaison à des. transductions géniques basées sur l'utilisation de lentivirus. Ce test repose sur le mélange de deux compartiments cellulaires, épidermique (kératinocytes) et dermique (fibroblastes), greffés sur une zone ouverte de peau du dos d'une souris pour ensemble reconstituer la peau. Des isoformes multiples de FGFR1 sont générées par épissage alternatif de transcrits et sont capables d'interagir à la fois avec les FGFs (facteurs de croissance des fibroblastes) et les molécules d'adhésion cellulaires. Les deux formes prédominantes du récepteur, FGFR1-α et FGFR1-ß, ne différent que par le «domaine ressemblant aux immunoglobulines 1 » (immunoglobulin-like 1 domain), absent de FGFR1-ß. De plus, FGFR1-ß a une affinité plus grande pour les FGFs et plus faible pour les molécules d'adhésion cellulaires telles que la Ncadhérine (connue pour activer FGFR). La sur-expression de l'une ou l'autre des formes n'empêche pas la morphogenèse folliculaire mais conduit à la formation de follicules aberrants. Toutefois, une différence phénotypique majeure est observée lorsqu'une forme «Dominant-Négatif » (DN) est exprimée dans le compartiment dermique. La sur-expression de FGFR1-ß DN conduit en effet à la formation de follicules petits et tronqués, avec des gaines épithéliales et un bulbe élargis ainsi qu'une petite papille dermique. Par contre, l'expression de FGFR1-α DN abolit complètement la morphogenèse folliculaire. Etant donné que la signalisation par FGFR1-ß est principalement dépendante des ligands FGFs, ces données indiquent que la signalisation par ceux-cì est non-nécessaire à la morphogenèse folliculaire. De plus, l'abolition du processus par la sur-expression de FGFR1-a DN suggëre une signalisation nécessaire entre le récepteur FGFR1 et une ou des molécules d'adhésion cellulaire. L'expression de notre second candidat comme gène spécifique de la niche des cellules souches de la peau, serpinf1, prévient la morphogenèse folliculaire. Seules de petites structures ressemblant à des cystes sont observées après reconstitution de la peau. De plus, dans ces transplants, aucune cellule CD34-positive (marqueur des cellules souches) n'est retrouvée associé à ces cystes. Le produit du gène serpin f1, le «facteur dérivé d'épithélium pigmentaire » (PEDF) est un puissant facteur anti-angiogénique. Nous avons donc analysé la vascularisation des transplants par immunohistochirnies utilisant CD31, un marqueur des cellules endothéliales. Nos résultats révèlent que les cellules endothéliales sont bien présentes, mais de manière désorganisée et ne formant pas de vaisseaux. De manière intéressante, les cellules endothéliales contribuent activement à la niche des cellules souches neuronales, et nos résultats suggèrent donc l'existence possible d'un mécanisme similaire dans la peau. SHP1, le produit du gène Hcph, est une phosphatase quì agit dans le système hématopoiétique. Les souris « motheaten »qui portent des mutations spontanées du gène ont une alopécie inégale au niveau de la peau et de sévères troubles du système hématopoiétique. Pour s'assurer que le phénotype observé au niveau de la peau n'est pas une conséquence d'un défaut du système hématopoiétique, nous avons transplanté des souris Hcph -/- avec de la moelle osseuse sauvage afin de restaurer la fonction de SHP 1 dans le système hématopoiétique. Toutefois, le défaut de morphologie folliculaire est maintenu. De plus, l'ablation d'Hcph dans le compartiment dermique ou épidermique d'essais de reconstitution de peau conduit à la production de follicules pileux avec des morphologies aberrantes. Ces données indiquent que SHP1 n'est pas essentiel à la morphogenèse folliculaire mais est toutefois requis à la fois dans les compartiments épidermiques et dermiques pour la maintenance de la forme du follicule.

Mutations in DNAH5 account for only 15% of a non-preselected cohort of patients with primary ciliary dyskinesia.

BACKGROUND: Primary ciliary dyskinesia (PCD) is characterised by recurrent infections of the upper respiratory airways (nose, bronchi, and frontal sinuses) and randomisation of left-right body asymmetry. To date, PCD is mainly described with autosomal recessive inheritance and mutations have been found in five genes: the dynein arm protein subunits DNAI1, DNAH5 and DNAH11, the kinase TXNDC3, and the X-linked retinitis pigmentosa GTPase regulator RPGR. METHODS: We screened 89 unrelated individuals with PCD for mutations in the coding and splice site regions of the gene DNAH5 by denaturing high performance liquid chromatography (DHPLC) and sequencing. Patients were mainly of European origin and were recruited without any phenotypic preselection. RESULTS: We identified 18 novel (nonsense, splicing, small deletion and missense) and six previously described mutations. Interestingly, these DNAH5 mutations were mainly associated with outer + inner dyneins arm ultrastructural defects (50%). CONCLUSION: Overall, mutations on both alleles of DNAH5 were identified in 15% of our clinically heterogeneous cohort of patients. Although genetic alterations remain to be identified in most patients, DNAH5 is to date the main PCD gene.

Prognostic factors affecting long-term outcomes in patients with resected stage IIIA pN2 non-small-cell lung cancer: 5-year follow-up of a phase II study.

The aim was to investigate the efficacy of neoadjuvant docetaxel-cisplatin and identify prognostic factors for outcome in locally advanced stage IIIA (pN2 by mediastinoscopy) non-small-cell lung cancer (NSCLC) patients. In all, 75 patients (from 90 enrolled) underwent tumour resection after three 3-week cycles of docetaxel 85 mg m-2 (day 1) plus cisplatin 40 or 50 mg m-2 (days 1 and 2). Therapy was well tolerated (overall grade 3 toxicity occurred in 48% patients; no grade 4 nonhaematological toxicity was reported), with no observed late toxicities. Median overall survival (OS) and event-free survival (EFS) times were 35 and 15 months, respectively, in the 75 patients who underwent surgery; corresponding figures for all 90 patients enrolled were 28 and 12 months. At 3 years after initiating trial therapy, 27 out of 75 patients (36%) were alive and tumour free. At 5-year follow-up, 60 and 65% of patients had local relapse and distant metastases, respectively. The most common sites of distant metastases were the lung (24%) and brain (17%). Factors associated with OS, EFS and risk of local relapse and distant metastases were complete tumour resection and chemotherapy activity (clinical response, pathologic response, mediastinal downstaging). Neoadjuvant docetaxel-cisplatin was effective and tolerable in stage IIIA pN2 NSCLC, with chemotherapy contributing significantly to outcomes.

Mutational screening of splicing factor genes in cases with autosomal dominant retinitis pigmentosa.

PURPOSE: Mutations in genes encoding proteins from the tri-snRNP complex of the spliceosome account for more than 12% of cases of autosomal dominant retinitis pigmentosa (adRP). Although the exact mechanism by which splicing factor defects trigger photoreceptor death is not completely clear, their role in retinitis pigmentosa has been demonstrated by several genetic and functional studies. To test for possible novel associations between splicing factors and adRP, we screened four tri-snRNP splicing factor genes (EFTUD2, PRPF4, NHP2L1, and AAR2) as candidate disease genes. METHODS: We screened up to 303 patients with adRP from Europe and North America who did not carry known RP mutations. Exon-PCR and Sanger methods were used to sequence the NHP2L1 and AAR2 genes, while the sequences of EFTUD2 and PRPF4 were obtained by using long-range PCRs spanning coding and non-coding regions followed by next-generation sequencing. RESULTS: We detected novel missense changes in individual patients in the sequence of the genes PRPF4 and EFTUD2, but the role of these changes in relationship to disease could not be verified. In one other patient we identified a novel nucleotide substitution in the 5' untranslated region (UTR) of NHP2L1, which did not segregate with the disease in the family. CONCLUSIONS: The absence of clearly pathogenic mutations in the candidate genes screened in our cohort suggests that EFTUD2, PRPF4, NHP2L1, and AAR2 are either not involved in adRP or are associated with the disease in rare instances, at least as observed in this study in patients of European and North American origin.

Quantitative modelling of transcription factor binding sites

Abstract One of the most important issues in molecular biology is to understand regulatory mechanisms that control gene expression. Gene expression is often regulated by proteins, called transcription factors which bind to short (5 to 20 base pairs),degenerate segments of DNA. Experimental efforts towards understanding the sequence specificity of transcription factors is laborious and expensive, but can be substantially accelerated with the use of computational predictions. This thesis describes the use of algorithms and resources for transcriptionfactor binding site analysis in addressing quantitative modelling, where probabilitic models are built to represent binding properties of a transcription factor and can be used to find new functional binding sites in genomes. Initially, an open-access database(HTPSELEX) was created, holding high quality binding sequences for two eukaryotic families of transcription factors namely CTF/NF1 and LEFT/TCF. The binding sequences were elucidated using a recently described experimental procedure called HTP-SELEX, that allows generation of large number (> 1000) of binding sites using mass sequencing technology. For each HTP-SELEX experiments we also provide accurate primary experimental information about the protein material used, details of the wet lab protocol, an archive of sequencing trace files, and assembled clone sequences of binding sequences. The database also offers reasonably large SELEX libraries obtained with conventional low-throughput protocols.The database is available at http://wwwisrec.isb-sib.ch/htpselex/ and and ftp://ftp.isrec.isb-sib.ch/pub/databases/htpselex. The Expectation-Maximisation(EM) algorithm is one the frequently used methods to estimate probabilistic models to represent the sequence specificity of transcription factors. We present computer simulations in order to estimate the precision of EM estimated models as a function of data set parameters(like length of initial sequences, number of initial sequences, percentage of nonbinding sequences). We observed a remarkable robustness of the EM algorithm with regard to length of training sequences and the degree of contamination. The HTPSELEX database and the benchmarked results of the EM algorithm formed part of the foundation for the subsequent project, where a statistical framework called hidden Markov model has been developed to represent sequence specificity of the transcription factors CTF/NF1 and LEF1/TCF using the HTP-SELEX experiment data. The hidden Markov model framework is capable of both predicting and classifying CTF/NF1 and LEF1/TCF binding sites. A covariance analysis of the binding sites revealed non-independent base preferences at different nucleotide positions, providing insight into the binding mechanism. We next tested the LEF1/TCF model by computing binding scores for a set of LEF1/TCF binding sequences for which relative affinities were determined experimentally using non-linear regression. The predicted and experimentally determined binding affinities were in good correlation.

Géotourisme et utilisation de sites naturels d'intérêt pour les sciences de la Terre: les régions de Crans-Montana-Sierre (Valais, Alpes suisses) et Chamonix-Mont-Blanc (Haute-Savoie, Alpes françaises)

Résumé : Au travers de l'étude des régions de Crans-Montana-Sierre (Valais, Suisse) et de Chamonix-Mont-Blanc (Haute-Savoie, France), cette recherche considère les liens existants entre activités touristiques et sciences de la Terre. Ainsi, les sites géologiques et géomorphologiques pris en compte sont perçus comme ayant non seulement une valeur scientifique, mais aussi un intérêt scénique, culturel et économique. D'un point de vue (géo)touristique, différents modèles d'analyse sont proposés pour expliciter les composantes de l'offre et de la demande et comprendre le cycle de vie des objets étudiés. L'offre que constituent ces sites est tout d'abord présentée afin d'évaluer leurs différents potentiels, ainsi que l'utilisation spatio-temporelle, didactique et économique qui en est faite. Ensuite, les logiques d'acteurs sont analysées au travers des phases de valorisation, d'exploitation et de transformation, dans le but de comprendre les facteurs et les projets d'utilisation les concernant. Enfin, la demande des différents publics cibles, de même que leurs caractéristiques socio-touristiques et (géo)didactiques, sont discutées. Pour ce faire, des méthodes d'inventaire, d'évaluation, d'entretien et de questionnaire ont été utilisées, à différentes échelles d'analyse. On constate d'abord que le pôle des valeurs scénique et économique présente une plus forte mise à contribution, par rapport à l'utilisation didactique. De plus, le niveau de protection des sites ne restreint généralement pas leur exploitation, au contraire du facteur risque. Du point de vue des publics cibles, une forte demande d'explications didactiques est exprimée, s'orientant vers une approche multithématique des potentiels à mettre en valeur; des biens et services de base sont ainsi demandés. Enfin, force est de constater que seuls de grands projets peuvent rendre les activités (géo)touristiques rentables. A l'avenir, sachant que le géotourisme peut répondre à une demande touristique liée au rêve et à l'émotion, l'approche de l'offre devrait intégrer une réflexion en didactique des sciences de la Terre, d'autant que cette forme de tourisme tend à devenir une composante du développement économique régional, notamment en dehors de la saison d'hiver. Idéalement, l'utilisation touristique de la géodiversité devrait s'accompagner d'une politique de protection dynamique, combinant préservation et mise en valeur. A terme, le but ultime de cette entreprise est notamment d'élargir la notion de patrimoine culturel, pour favoriser une approche transdisciplinaire du paysage Abstract : Based on the study of the areas of Crans-Montana-Sierre (Valais, Switzerland) and Chamonix-Mont-Blanc (Haute-Savoie, France), this study considers the links between tourism activities and Earth science. Thus, the studied geological and geomorphological sites have not only a scientific va1ue, but also scenic, cultural and economic value. From a point of view of tourism, different models of analysis are examined in order to explain the components of the supply and the demand, and to understand the life cycles of the considered objects. The primary product of these sites is first presented, in order to assess their different potential as well as their didactic, economic, spatial and temporal use. The stakeholders' behaviour is then analysed to understand the factors and projected use, with the help of the optimisation, exploitation and transformation phases. Finally, the demand of the different target markets as well as their socio-tourist and (geo)didactic characteristics are discussed. To complete this study, methods of census, assessment, interviewing and questionnaire surveying are used, at different scales of analysis. The main results appear to demonstrate that the scenic and economic values present a higher value relative to the didactic use. Moreover, the required conservation measures for the studied sites do not generally restrict the use, on the contrary to the "risk" factor. From the point of view of the target market, a relevant requirement for explanatory commentary is expressed and tends towards an approach optimising different themes to utilise potential; basic popular goods and services are also requested. Finally, it is clearly demonstrated that only relevant projects are able to make this kind of activity profitable. For the future, geotourism may be marketed to a tourist demand for imagination and emotion. Consequently, the product approach should integrate a reflection on Earth science popularisation given that this branch of tourism tends to receive a component of the economic and regional development, notably during the summer period. However, the use of geodiversity should include a concept of dynamic management, taking into account conservation as well as tourism development. Thus, the final aim of this process is to r,r'iden the notion of cultural heritage, in order to stimulate a multidisciplinary approach to the landscape.

Le coeur des ARN non codants - Un long chemin à découvrir [In the heart of noncoding RNA: a long way to go].

The identification and characterization of long noncoding RNA in a variety of tissues represent major achievements that contribute to our understanding of the molecular mechanisms controlling gene expression. In particular, long noncoding RNA play crucial roles in the epigenetic regulation of the adaptive response to environmental cues via their capacity to target chromatin modifiers to specific locus. In addition, these transcripts have been implicated in controlling splicing, translation and degradation of messenger RNA. Long noncoding RNA have also been shown to act as decoy molecules for microRNA. In the heart, a few long noncoding RNA have been demonstrated to regulate cardiac commitment and differentiation during development. Furthermore, recent findings suggest their involvement as regulators of the pathophysiological response to injury in the adult heart. Their high cellular specificity makes them attractive target molecules for innovative therapies and ideal biomarkers.