A cell therapy approach for erythropoietin delivery using encapsulated human primary fibroblasts

Summary Cell therapy has emerged as a strategy for the treatment of various human diseases. Cells can be transplanted considering their morphological and functional properties to restore a tissue damage, as represented by blood transfusion, bone marrow or pancreatic islet cells transplantation. With the advent of the gene therapy, cells also were used as biological supports for the production of therapeutic molecules that can act either locally or at distance. This strategy represents the basis of ex vivo gene therapy characterized by the removal of cells from an organism, their genetic modification and their implantation into the same or another individual in a physiologically suitable location. The tissue or biological function damage dictates the type of cells chosen for implantation and the required function of the implanted cells. The general aim of this work was to develop an ex vivo gene therapy approach for the secretion of erythropoietin (Epo) in patients suffering from Epo-responsive anemia, thus extending to humans, studies previously performed with mouse cells transplanted in mice and rats. Considering the potential clinical application, allogeneic primary human cells were chosen for practical and safety reasons. In contrast to autologous cells, the use of allogeneic cells allows to characterize a cell lineage that can be further transplanted in many individuals. Furthermore allogeneic cells avoid the potential risk of zoonosis encountered with xenogeneic cells. Accordingly, the immune reaction against this allogeneic source was prevented by cell macro- encapsulation that prevents cell-to-cell contact with the host immune system and allows to easy retrieve the implanted device. The first step consisted in testing the survival of various human primary cells that were encapsulated and implanted for one month in the subcutaneous tissue of immunocompetent and naturally or therapeutically immunodepressed mice, assuming that xenogeneic applications constitute a stringent and representative screening before human transplantation. A fibroblast lineage from the foreskin of a young donor, DARC 3.1 cells, showed the highest mean survival score. We have then performed studies to optimize the manufacturing procedures of the encapsulation device for successful engraftment. The development of calcifications on the polyvinyl alcohol (PVA) matrix serving as a scaffold for enclosed cells into the hollow fiber devices was reported after one month in vivo. Various parameters, including matrix rinsing solutions, batches of PVA and cell lineages were assessed for their respective role in the development of the phenomenon. We observed that the calcifications could be totally prevented by using ultra-pure sterile water instead of phosphate buffer saline solution in the rinsing procedure of the PVA matrix. Moreover, a higher lactate dehydrogenase activity of the cells was found to decrease calcium depositions due to more acidic microenvironment, inhibiting the calcium precipitation. After the selection of the appropriate cell lineage and the optimization of encapsulation conditions, a retroviral-based approach was applied to DARC 3.1 fibroblasts for the transduction of the human Epo cDNA. Various modifications of the retroviral vector and the infection conditions were performed to obtain clinically relevant levels of human Epo. The insertion of a post-transcriptional regulatory element from the woodchuck hepatitis virus as well as of a Kozak consensus sequence led to a 7.5-fold increase in transgene expression. Human Epo production was further optimized by increasing the multiplicity of infection and by selecting high producer cells allowing to reach 200 IU hEpo/10E6 cells /day. These modified cells were encapsulated and implanted in vivo in the same conditions as previously described. All the mouse strains showed a sustained increase in their hematocrit and a high proportion of viable cells were observed after retrieval of the capsules. Finally, in the perspective of human application, a syngeneic model using encapsulated murine myoblasts transplanted in mice was realized to investigate the roles of both the host immune response and the cells metabolic requirements. Various loading densities and anti-inflammatory as well as immunosuppressive drugs were studied. The results showed that an immune process is responsible of cell death in capsules loaded at high cell density. A supporting matrix of PVA was shown to limit the cell density and to avoid early metabolic cell death, preventing therefore the immune reaction. This study has led to the development of encapsulated cells of human origin producing clinically relevant amounts of human EPO. This work resulted also to the optimization of cell encapsulation technical parameters allowing to begin a clinical application in end-stage renal failure patients. Résumé La thérapie cellulaire s'est imposée comme une stratégie de traitement potentiel pour diverses maladies. Si l'on considère leur morphologie et leur fonction, les cellules peuvent être transplantées dans le but de remplacer une perte tissulaire comme c'est le cas pour les transfusions sanguines ou les greffes de moelle osseuse ou de cellules pancréatiques. Avec le développement de la thérapie génique, les cellules sont également devenues des supports biologiques pour la production de molécules thérapeutiques. Cette stratégie représente le fondement de la thérapie génique ex vivo, caractérisée par le prélèvement de cellules d'un organisme, leur modification génétique et leur implantation dans le même individu ou dans un autre organisme. Le choix du type de cellule et la fonction qu'elle doit remplir pour un traitement spécifique dépend du tissu ou de la fonction biologique atteintes. Le but général de ce travail est de développer .une approche par thérapie génique ex vivo de sécrétion d'érythropoïétine (Epo) chez des patients souffrant d'anémie, prolongeant ainsi des travaux réalisés avec des cellules murines implantées chez des souris et des rats. Dans cette perpective, notre choix s'est porté sur des cellules humaines primaires allogéniques. En effet, contrairement aux cellules autologues, une caractérisation unique de cellules allogéniques peut déboucher sur de nombreuses applications. Par ailleurs, l'emploi de cellules allogéniques permet d'éviter les riques de zoonose que l'on peut rencontrer avec des cellules xénogéniques. Afin de protéger les cellules allogéniques soumises à une réaction immunitaire, leur confinement dans des macro-capsules cylindriques avant leur implantation permet d'éviter leur contact avec les cellules immunitaires de l'hôte, et de les retrouver sans difficulté en cas d'intolérance ou d'effet secondaire. Dans un premier temps, nous avons évalué la survie de différentes lignées cellulaires humaines primaires, une fois encapsulées et implantées dans le tissu sous-cutané de souris, soit immunocompétentes, soit immunodéprimées naturellement ou par l'intermédiaire d'un immunosuppresseur. Ce modèle in vivo correspond à des conditions xénogéniques et représente par conséquent un environnement de loin plus hostile pour les cellules qu'une transplantation allogénique. Une lignée fibroblastique issue du prépuce d'un jeune enfant, nommée DARC 3 .1, a montré une remarquable résistance avec un score de survie moyen le plus élevé parmi les lignées testées. Par la suite, nous nous sommes intéressés aux paramètres intervenant dans la réalisation du système d'implantation afin d'optimaliser les conditions pour une meilleure adaptation des cellules à ce nouvel environnement. En effet, en raison de l'apparition, après un mois in vivo, de calcifications au niveau de la matrice de polyvinyl alcohol (PVA) servant de support aux cellules encapsulées, différents paramètres ont été étudiés, tels que les procédures de fabrication, les lots de PVA ou encore les lignées cellulaires encapsulées, afin de mettre en évidence leur rôle respectif dans la survenue de ce processus. Nous avons montré que l'apparition des calcifications peut être totalement prévenue par l'utilisation d'eau pure au lieu de tampon phosphaté lors du rinçage des matrices de PVA. De plus, nous avons observe qu'un taux de lactate déshydrogénase cellulaire élevé était corrélé avec une diminution des dépôts de calcium au sein de la matrice en raison d'un micro-environnement plus acide inhibant la précipitation du calcium. Après sélection de la lignée cellulaire appropriée et de l'optimisation des conditions d'encapsulation, une modification génétique des fibroblastes DARC 3.1 a été réalisée par une approche rétrovirale, permettant l'insertion de l'ADN du gène de l'Epo dans le génome cellulaire. Diverses modifications, tant au niveau génétique qu'au niveau des conditions d'infection, ont été entreprises afin d'obtenir des taux de sécrétion d'Epo cliniquement appropriés. L'insertion dans la séquence d'ADN d'un élément de régulation post¬transcriptionnelle dérivé du virus de l'hépatite du rongeur (« woodchuck ») ainsi que d'une séquence consensus appelée « Kozak » ont abouti à une augmentation de sécrétion d'Epo 7.5 fois plus importante. De même, l'optimisation de la multiplicité d'infection et la sélection plus drastique des cellules hautement productrices ont permis finalement d'obtenir une sécrétion correspondant à 200 IU d'Epo/10E6 cells/jour. Ces cellules génétiquement modifiées ont été encapsulées et implantées in vivo dans les mêmes conditions que celles décrites plus haut. Toutes les souris transplantées ont montré une augmentation significative de leur hématocrite et une proportion importante de cellules présentait une survie conservée au moment de l'explantation des capsules. Finalement, dans la perspective d'une application humaine, un modèle syngénique a été proposé, basé sur l'implantation de myoblastes murins encapsulés dans des souris, afin d'investiguer les rôles respectifs de la réponse immunitaire du receveur et des besoins métaboliques cellulaires sur leur survie à long terme. Les cellules ont été encapsulées à différentes densités et les animaux transplantés se sont vus administrer des injections de molécules anti-inflammatoires ou immunosuppressives. Les résultats ont démontré qu'une réaction immunologique péri-capsulaire était à la base du rejet cellulaire dans le cas de capsules à haute densité cellulaire. Une matrice de PVA peut limiter cette densité et éviter une mort cellulaire précoce due à une insuffisance métabolique et par conséquent prévenir la réaction immunitaire. Ce travail a permis le développement de cellules encapsulées d'origine humaine sécrétant des taux d'Epo humaine adaptés à des traitements cliniques. De pair avec l'optimalisation des paramètres d'encapsulation, ces résultats ont abouti à l'initiation d'une application clinique destinée à des patients en insuffisance rénale terminale.

Does introduction of thresholds in decision aids benefit the patient?: Comparison between findings-based and threshold-based diagnostic decision aids.

PURPOSE: To assess how different diagnostic decision aids perform in terms of sensitivity, specificity, and harm. METHODS: Four diagnostic decision aids were compared, as applied to a simulated patient population: a findings-based algorithm following a linear or branched pathway, a serial threshold-based strategy, and a parallel threshold-based strategy. Headache in immune-compromised HIV patients in a developing country was used as an example. Diagnoses included cryptococcal meningitis, cerebral toxoplasmosis, tuberculous meningitis, bacterial meningitis, and malaria. Data were derived from literature and expert opinion. Diagnostic strategies' validity was assessed in terms of sensitivity, specificity, and harm related to mortality and morbidity. Sensitivity analyses and Monte Carlo simulation were performed. RESULTS: The parallel threshold-based approach led to a sensitivity of 92% and a specificity of 65%. Sensitivities of the serial threshold-based approach and the branched and linear algorithms were 47%, 47%, and 74%, respectively, and the specificities were 85%, 95%, and 96%. The parallel threshold-based approach resulted in the least harm, with the serial threshold-based approach, the branched algorithm, and the linear algorithm being associated with 1.56-, 1.44-, and 1.17-times higher harm, respectively. Findings were corroborated by sensitivity and Monte Carlo analyses. CONCLUSION: A threshold-based diagnostic approach is designed to find the optimal trade-off that minimizes expected harm, enhancing sensitivity and lowering specificity when appropriate, as in the given example of a symptom pointing to several life-threatening diseases. Findings-based algorithms, in contrast, solely consider clinical observations. A parallel workup, as opposed to a serial workup, additionally allows for all potential diseases to be reviewed, further reducing false negatives. The parallel threshold-based approach might, however, not be as good in other disease settings.

A simple, robust and rapid approach to detect carbapenemases in Gram-negative isolates by MALDI-TOF mass spectrometry: validation with triple quadripole tandem mass spectrometry, microarray and PCR.

Carbapenemases should be accurately and rapidly detected, given their possible epidemiological spread and their impact on treatment options. Here, we developed a simple, easy and rapid matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight (MALDI-TOF)-based assay to detect carbapenemases and compared this innovative test with four other diagnostic approaches on 47 clinical isolates. Tandem mass spectrometry (MS-MS) was also used to determine accurately the amount of antibiotic present in the supernatant after 1 h of incubation and both MALDI-TOF and MS-MS approaches exhibited a 100% sensitivity and a 100% specificity. By comparison, molecular genetic techniques (Check-MDR Carba PCR and Check-MDR CT103 microarray) showed a 90.5% sensitivity and a 100% specificity, as two strains of Aeromonas were not detected because their chromosomal carbapenemase is not targeted by probes used in both kits. Altogether, this innovative MALDI-TOF-based approach that uses a stable 10-μg disk of ertapenem was highly efficient in detecting carbapenemase, with a sensitivity higher than that of PCR and microarray.

A design science approach to support the assessment of disruptive technology : the Swiss mobile payment case

Abstract In this thesis we present the design of a systematic integrated computer-based approach for detecting potential disruptions from an industry perspective. Following the design science paradigm, we iteratively develop several multi-actor multi-criteria artifacts dedicated to environment scanning. The contributions of this thesis are both theoretical and practical. We demonstrate the successful use of multi-criteria decision-making methods for technology foresight. Furthermore, we illustrate the design of our artifacts using build and-evaluate loops supported with a field study of the Swiss mobile payment industry. To increase the relevance of this study, we systematically interview key Swiss experts for each design iteration. As a result, our research provides a realistic picture of the current situation in the Swiss mobile payment market and reveals previously undiscovered weak signals for future trends. Finally, we suggest a generic design process for environment scanning.

Using niche-based models to improve the sampling of rare species

Because data on rare species usually are sparse, it is important to have efficient ways to sample additional data. Traditional sampling approaches are of limited value for rare species because a very large proportion of randomly chosen sampling sites are unlikely to shelter the species. For these species, spatial predictions from niche-based distribution models can be used to stratify the sampling and increase sampling efficiency. New data sampled are then used to improve the initial model. Applying this approach repeatedly is an adaptive process that may allow increasing the number of new occurrences found. We illustrate the approach with a case study of a rare and endangered plant species in Switzerland and a simulation experiment. Our field survey confirmed that the method helps in the discovery of new populations of the target species in remote areas where the predicted habitat suitability is high. In our simulations the model-based approach provided a significant improvement (by a factor of 1.8 to 4 times, depending on the measure) over simple random sampling. In terms of cost this approach may save up to 70% of the time spent in the field.

A novel approach to characterize clonality and differentiation of human melanoma-specific T cell responses: spontaneous priming and efficient boosting by vaccination.

Despite major progress in T lymphocyte analysis in melanoma patients, TCR repertoire selection and kinetics in response to tumor Ags remain largely unexplored. In this study, using a novel ex vivo molecular-based approach at the single-cell level, we identified a single, naturally primed T cell clone that dominated the human CD8(+) T cell response to the Melan-A/MART-1 Ag. The dominant clone expressed a high-avidity TCR to cognate tumor Ag, efficiently killed tumor cells, and prevailed in the differentiated effector-memory T lymphocyte compartment. TCR sequencing also revealed that this particular clone arose at least 1 year before vaccination, displayed long-term persistence, and efficient homing to metastases. Remarkably, during concomitant vaccination over 3.5 years, the frequency of the pre-existing clone progressively increased, reaching up to 2.5% of the circulating CD8 pool while its effector functions were enhanced. In parallel, the disease stabilized, but subsequently progressed with loss of Melan-A expression by melanoma cells. Collectively, combined ex vivo analysis of T cell differentiation and clonality revealed for the first time a strong expansion of a tumor Ag-specific human T cell clone, comparable to protective virus-specific T cells. The observed successful boosting by peptide vaccination support further development of immunotherapy by including strategies to overcome immune escape.

Resilient housing : a new resource-oriented approach

The institutional regimes framework has previously been applied to the institutional conditions that support or hinder the sustainability of housing stocks. This resource-based approach identifies the actors across different sectors that have an interest in housing, how they use housing, the mechanisms affecting their use (public policy, use rights, contracts, etc.) and the effects of their uses on the sustainability of housing within the context of the built environment. The potential of the institutional regimes framework is explored for its suitability to the many considerations of housing resilience. By identifying all the goods and services offered by the resource 'housing stock', researchers and decision-makers could improve the resilience of housing by better accounting for the ecosystem services used by housing, decreasing the vulnerability of housing to disturbances, and maximizing recovery and reorganization following a disturbance. The institutional regimes framework is found to be a promising tool for addressing housing resilience. Further questions are raised for translating this conceptual framework into a practical application underpinned with empirical data.

Patterns of neurovascular compression in patients with classic trigeminal neuralgia: A high-resolution MRI-based study.

PURPOSE: To describe the anatomical characteristics and patterns of neurovascular compression in patients suffering classic trigeminal neuralgia (CTN), using high-resolution magnetic resonance imaging (MRI). MATERIALS AND METHODS: The analysis of the anatomy of the trigeminal nerve, brain stem and the vascular structures related to this nerve was made in 100 consecutive patients treated with a Gamma Knife radiosurgery for CTN between December 1999 and September 2004. MRI studies (T1, T1 enhanced and T2-SPIR) with axial, coronal and sagital simultaneous visualization were dynamically assessed using the software GammaPlan?. Three-dimensional reconstructions were also developed in some representative cases. RESULTS: In 93 patients (93%), there were one or several vascular structures in contact, either, with the trigeminal nerve, or close to its origin in the pons. The superior cerebellar artery was involved in 71 cases (76%). Other vessels identified were the antero-inferior cerebellar artery, the basilar artery, the vertebral artery, and some venous structures. Vascular compression was found anywhere along the trigeminal nerve. The mean distance between the nerve compression and the origin of the nerve in the brainstem was 3.76±2.9mm (range 0-9.8mm). In 39 patients (42%), the vascular compression was located proximally and in 42 (45%) the compression was located distally. Nerve dislocation or distortion by the vessel was observed in 30 cases (32%). CONCLUSIONS: The findings of this study are similar to those reported in surgical and autopsy series. This non-invasive MRI-based approach could be useful for diagnostic and therapeutic decisions in CTN, and it could help to understand its pathogenesis.

Structure-Based, Rational Design of T Cell Receptors.

Adoptive cell transfer using engineered T cells is emerging as a promising treatment for metastatic melanoma. Such an approach allows one to introduce T cell receptor (TCR) modifications that, while maintaining the specificity for the targeted antigen, can enhance the binding and kinetic parameters for the interaction with peptides (p) bound to major histocompatibility complexes (MHC). Using the well-characterized 2C TCR/SIYR/H-2K(b) structure as a model system, we demonstrated that a binding free energy decomposition based on the MM-GBSA approach provides a detailed and reliable description of the TCR/pMHC interactions at the structural and thermodynamic levels. Starting from this result, we developed a new structure-based approach, to rationally design new TCR sequences, and applied it to the BC1 TCR targeting the HLA-A2 restricted NY-ESO-1157-165 cancer-testis epitope. Fifty-four percent of the designed sequence replacements exhibited improved pMHC binding as compared to the native TCR, with up to 150-fold increase in affinity, while preserving specificity. Genetically engineered CD8(+) T cells expressing these modified TCRs showed an improved functional activity compared to those expressing BC1 TCR. We measured maximum levels of activities for TCRs within the upper limit of natural affinity, K D = ∼1 - 5 μM. Beyond the affinity threshold at K D < 1 μM we observed an attenuation in cellular function, in line with the "half-life" model of T cell activation. Our computer-aided protein-engineering approach requires the 3D-structure of the TCR-pMHC complex of interest, which can be obtained from X-ray crystallography. We have also developed a homology modeling-based approach, TCRep 3D, to obtain accurate structural models of any TCR-pMHC complexes when experimental data is not available. Since the accuracy of the models depends on the prediction of the TCR orientation over pMHC, we have complemented the approach with a simplified rigid method to predict this orientation and successfully assessed it using all non-redundant TCR-pMHC crystal structures available. These methods potentially extend the use of our TCR engineering method to entire TCR repertoires for which no X-ray structure is available. We have also performed a steered molecular dynamics study of the unbinding of the TCR-pMHC complex to get a better understanding of how TCRs interact with pMHCs. This entire rational TCR design pipeline is now being used to produce rationally optimized TCRs for adoptive cell therapies of stage IV melanoma.

Santé et besoins en soins des personnes âgées: différences liées au genre [Health status and care giving needs in the elderly: gender related differences].

The health status and need for care differ depending on the gender. The most notable differences are life expectancy, life expectancy in good health and the prevalence of geriatric syndromes or chronic illnesses. Some social health determinants (social isolation or financial precariousness) seem to act as risk factors for vulnerability, mostly amongst old or very old women. Through some examples of differences between men and women in terms of health and caregiving needs, this article tries to heighten the awareness of health professionals to a gender based approach of the elderly patient in order to promote the best possible equity in healthcare.

Clinical and pharmacogenetic study on smoking and smoking cessation

Currently, smoking cessation represents one of the main strategies to reduce the incidence of tobacco-related diseases in the population. Smoking can also influence pharmacotherapy through several pharmacokinetic or pharmacodynamic interactions. Some of the most concerned drugs are those metabolized by the cytochrome P450 (CYP) 1A2 enzyme (e.g. caffeine, theophylline, clozapine, olanzapine, duloxetine), whose activity is induced by the polycyclic aromatic hydrocarbons found in tobacco smoke. This can result in a clinically significant decrease in the pharmacological effect of the drugs and the need of higher doses in smokers. Conversely, upon smoking cessation, toxic plasma levels of the drugs can be reached. The main objective of this thesis was to study the interindividual variability in CYP1A2 induction in a large cohort of smokers, by measuring CYP1A2 activity before smoking cessation and one month later in continuously abstinent subjects. For this purpose, a clinical study was conducted, including 194 smokers from the general population who wished to participate in a smoking cessation program and therefore received medical counseling and substitution therapy (nicotine or varenicline). An analytical method for the simultaneous quantification of nicotine, its metabolites and varenicline in plasma was developed and validated using ultra performance liquid chromatography coupled with tandem mass spectrometry. This method was used to confirm abstinence at different time points during the follow-up. Moreover, it was used to determine plasma levels of the smoking cessation drugs, to be used in the study of their pharmacogenetics, which was the secondary objective of this thesis. High interindividual variability in CYP1A2 induction by smoking was observed, ranging from no change to approximately 7 times decreased CYP1A2 activity after smoking cessation. Several clinical and genetic factors were investigated in an attempt to explain this variability. Firstly, a significant influence of CYP1A2*1F and *1D alleles, of contraceptive use and of the number of cigarettes smoked per day on CYP1A2 induced activity was observed, and of CYP1A2*1F and the use of contraceptives on the basal activity. But no influence of these factors was found on CYP1A2 inducibility. Given that known genetic polymorphisms in CYP1A2 gene were shown to explain only poorly the observed variations in activity, additional genetic factors were studied. SNPs in the CYP oxidoreductase (POR) gene were found to influence CYP1A2 basal activity, but not the induction. Finally, a pathway-based approach allowed to identify SNPs in genes coding for nuclear receptors (CAR, RXRa, VDR, PXR) and induction-mediating receptors (AhR), which significantly influenced CYP1A2 inducibility and basal activity (SNPs in the gene coding for CAR and RXRa). As secondary objective of the study, the pharmacogenetics of nicotine and varenicline is being investigated. Therefore, the nicotine metabolite ratio is used in the attempt to better explain nicotine dependence and the failure/success of quitting smoking. A population pharmacokinetic model is being developed for varenicline, integrating clinical and genetic factors (genes coding for its metabolizing enzymes and transporters), with the purpose of trying to predict efficacy and side effects. These findings suggest that the influence of smoking on pharmacotherapy could be better managed by including clinical and possibly in the future genetic factors, in the assessment of the adaptations needed when a person starts or stops smoking.  - L'arrêt du tabac représente une des principales stratégies pour diminuer l'incidence des maladies causées par celui-ci. Le tabagisme peut influencer la thérapie médicamenteuse par des interactions pharmacocinétiques ou pharmacodynamiques. Parmi les médicaments concernés, il y a ceux métabolisés par le cytochrome P450 (CYP) 1A2 (caféine, théophylline, clozapine, olanzapine, duloxétine, etc), dont l'activité enzymatique est induite par les hydrocarbures aromatiques polycycliques présents dans la fumée de cigarette. Ceci peut se traduire par une diminution de l'effet pharmacologique du traitement et la nécessité d'augmenter les doses d'entretien chez les fumeurs. Au contraire, à l'arrêt de la cigarette, les taux plasmatiques des médicaments peuvent devenir toxiques. L'objectif principal de cette thèse était d'étudier la variabilité interindividuelle dans l'induction du CYP1A2 dans une large cohorte de fumeurs, par la mesure de l'activité du CYP1A2 avant l'arrêt de la cigarette, ainsi qu'un mois après chez les sujets abstinents. Pour ce faire, une étude clinique a été conduite, incluant 194 fumeurs de la population générale dans un programme d'arrêt du tabac offrant des consultations spécifiques et un traitement pharmacologique (nicotine ou varénicline). Une méthode analytique pour la quantification simultanée de la nicotine, ses métabolites et la varénicline dans le plasma par chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse en tandem à été développée et validée. Cette méthode a été utilisée pour confirmer l'abstinence pendant l'étude et déterminer les taux plasmatiques des médicaments, dans le but d'étudier leur pharmacogénétique. Une grande variabilité interindividuelle dans l'induction du CYP1A2 par la fumée a été observée, parfois sans changement et pouvant aller jusqu'à une diminution d'environ 7 fois l'activité du CYP1A2 après l'arrêt de la cigarette. Plusieurs facteurs cliniques et génétiques ont été étudiés pour essayer d'expliquer cette variabilité. Tout d'abord, on a observé une influence significative: des allèles CYP1A2*1F et *1D, des contraceptifs et du nombre de cigarettes fumées par jour sur l'activité induite du CYP1A2, ainsi que l'influence de l'allèle *1F et des contraceptifs sur l'activité basale. Cependant, aucune influence de ces facteurs n'a été démontrée sur l'inductibilité du CYP1A2. Étant donné que les polymorphismes génétiques du CYP1A2 apportent peu de renseignements sur la variabilité de son activité, des facteurs génétiques supplémentaires ont été étudiés. Des polymorphismes dans le gène POR (CYP oxidoreductase) ont été associés à l'activité basale du CYP1A2, mais pas à l'induction. Finalement, une approche basée sur la voie de signalisation du CYP1A2 a permis d'identifier des polymorphismes dans des gènes codant pour des récepteurs nucléaires (CAR, RXRa, VDR, PXR) et d'autres liés à l'induction (AhR) qui influencent significativement l'inductibilité et l'activité basale (les SNPs du CAR et RXRa). L'objectif secondaire de cette étude était d'investiguer la pharmacogénétique de la nicotine et de la varénicline. Le ratio métabolique de la nicotine est utilisé pour mieux expliquer la dépendance à la nicotine et le succès/échec de l'arrêt de la cigarette. Un modèle pharmacocinétique de population est en cours de développement pour la varénicline, intégrant des facteurs cliniques et génétiques (gènes codant pour ses enzymes de métabolisme et transporteurs), pour tenter de prédire son efficacité et ses effets secondaires. Les résultats de cette thèse suggèrent que l'influence du tabagisme sur la pharmacothérapie serait mieux gérée par l'inclusion des facteurs cliniques et peut-être, dans le futur, génétiques, dans l'évaluation des adaptations nécessaires lorsqu'une personne fume ou arrête de fumer.  - l'arrêt du tabac représente une des principales stratégies pour diminuer l'incidence des maladies causées par celui-ci dans la population. Le tabagisme peut influencer les traitements médicamenteux, soit en modifiant leur élimination par l'organisme, soit en agissant sur leur mode d'action. Parmi les médicaments les plus concernés, on retrouve par exemple: la caféine, la théophylline, la clozapine, l'olanzapine, la duloxétine, dont l'élimination est accélérée par la fumée de cigarette (induction enzymatique). Ceci peut se traduire par une diminution de l'effet du traitement et la nécessité d'en augmenter les doses chez les fumeurs. Au contraire, à l'arrêt de la cigarette, on observe un ralentissement de la fonction enzymatique, qui a pour conséquence une augmentation du taux de médicament dans le sang, pouvant devenir toxique. L'objectif principal de cette thèse était d'étudier comment cette induction par le tabac varie dans une population de fumeurs, par la mesure de l'activité de l'enzyme avant l'arrêt de la cigarette, ainsi qu'un mois après chez les sujets abstinents. Pour ce faire, une étude clinique a été conduite, incluant 194 fumeurs de la population générale dans un programme d'arrêt du tabac offrant des consultations spécifiques et un traitement médicamenteux (nicotine ou varénicline). Une méthode analytique a été mise au point pour mesurer la quantité de nicotine, de ses produits de dégradation et de la varénicline dans le sang des participants à l'étude. De plus, cette méthode a été utilisée pour confirmer l'abstinence pendant l'étude. Une grande variabilité interindividuelle a été observée dans l'induction de l'enzyme par la fumée; il en résulte aucun changement d'activité chez certains sujets après l'arrêt de la cigarette, alors que pour d'autres elle peut être diminuée jusqu'à 7 fois. Plusieurs facteurs cliniques et génétiques ont été étudiés pour essayer d'expliquer cette variabilité. Premièrement, une influence sur l'activité de l'enzyme a été observée pour les contraceptifs hormonaux et le nombre de cigarettes fumées par jour, ainsi que pour certaines variations génétiques dans le gène codant pour l'enzyme d'intérêt, mais il η y a pas eu d'influence sur l'induction. Par la suite, des variations génétiques dans d'autres gènes influençant le fonctionnement de l'enzyme ont été associées soit avec son activité, soit avec son induction par le tabac. Finalement, l'étude propose également d'investiguer si le métabolisme de la nicotine a une influence sur la dépendance, les symptômes de sevrage et le succès/échec de l'arrêt de la cigarette. Des variations génétiques dans les gènes du métabolisme de la varénicline sont également étudiées en lien avec les quantités de varénicline mesurées dans le sang ainsi que les effets du médicament. Ceci permettra peut-être de prédire son efficacité et ses effets secondaires. Les résultats de cette thèse suggèrent que l'influence du tabagisme sur la thérapie médicamenteuse serait mieux gérée en tenant compte des facteurs cliniques et peut-être, dans le futur, de la génétique dans l'adaptation des traitements, que la personne soit fumeuse ou en phase d'arrêt.

Référentiels des compétences et des métiers : une approche ontologique

Résumé La mondialisation des marchés, les mutations du contexte économique et enfin l'impact des nouvelles technologies de l'information ont obligé les entreprises à revoir la façon dont elles gèrent leurs capitaux intellectuel (gestion des connaissances) et humain (gestion des compétences). II est communément admis aujourd'hui que ceux-ci jouent un rôle particulièrement stratégique dans l'organisation. L'entreprise désireuse de se lancer dans une politique gestion de ces capitaux devra faire face à différents problèmes. En effet, afin de gérer ces connaissances et ces compétences, un long processus de capitalisation doit être réalisé. Celui-ci doit passer par différentes étapes comme l'identification, l'extraction et la représentation des connaissances et des compétences. Pour cela, il existe différentes méthodes de gestion des connaissances et des compétences comme MASK, CommonKADS, KOD... Malheureusement, ces différentes méthodes sont très lourdes à mettre en oeuvre, et se cantonnent à certains types de connaissances et sont, par conséquent, plus limitées dans les fonctionnalités qu'elles peuvent offrir. Enfin, la gestion des compétences et la gestion des connaissances sont deux domaines dissociés alors qu'il serait intéressant d'unifier ces deux approches en une seule. En effet, les compétences sont très proches des connaissances comme le souligne la définition de la compétence qui suit : « un ensemble de connaissances en action dans un contexte donné ». Par conséquent, nous avons choisi d'appuyer notre proposition sur le concept de compétence. En effet, la compétence est parmi les connaissances de l'entreprise l'une des plus cruciales, en particulier pour éviter la perte de savoir-faire ou pour pouvoir prévenir les besoins futurs de l'entreprise, car derrière les compétences des collaborateurs, se trouve l'efficacité de l'organisation. De plus, il est possible de décrire grâce à la compétence de nombreux autres concepts de l'organisation, comme les métiers, les missions, les projets, les formations... Malheureusement, il n'existe pas réellement de consensus sur la définition de la compétence. D'ailleurs, les différentes définitions existantes, même si elles sont pleinement satisfaisantes pour les experts, ne permettent pas de réaliser un système opérationnel. Dans notre approche; nous abordons la gestion des compétences à l'aide d'une méthode de gestion des connaissances. En effet, de par leur nature même, connaissance et compétence sont intimement liées et donc une telle méthode est parfaitement adaptée à la gestion des compétences. Afin de pouvoir exploiter ces connaissances et ces compétences nous avons dû, dans un premier temps, définir les concepts organisationnels de façon claire et computationnelle. Sur cette base, nous proposons une méthodologie de construction des différents référentiels d'entreprise (référentiel de compétences, des missions, des métiers...). Pour modéliser ces différents référentiels, nous avons choisi l'ontologie, car elle permet d'obtenir des définitions cohérentes et consensuelles aux concepts tout en supportant les diversités langagières. Ensuite, nous cartographions les connaissances de l'entreprise (formations, missions, métiers...) sur ces différentes ontologies afin de pouvoir les exploiter et les diffuser. Notre approche de la gestion des connaissances et de la gestion des compétences a permis la réalisation d'un outil offrant de nombreuses fonctionnalités comme la gestion des aires de mobilités, l'analyse stratégique, les annuaires ou encore la gestion des CV. Abstract The globalization of markets, the easing of economical regulation and finally the impact of new information and communication technologies have obliged firms to re-examine the way they manage their knowledge capital (knowledge management) and their human capital (competence management). It is commonly admitted that knowledge plays a slightly strategical role in the organization. The firms who want to establish one politic of management of these capitals will have to face with different problems. To manage that knowledge, a long process of capitalization must be done. That one has different steps like identification, extraction and representation of knowledge and competences. There are some different methods of knowledge management like MASK, CommonKADS or KOD. Unfortunately, those methods are very difficult to implement and are using only some types of knowledge and are consequently more limited in the functionalities they can offer. Knowledge management and competence management are two different domain where it could be interesting to unify those to one. Indeed, competence is very close than knowledge as underline this definition: "a set of knowledge in action in a specified context". We choose in our approach to rely on the concept of competence. Indeed, the competence is one of crucial knowledge in the company, particularly to avoid the loss of know-how or to prevent future needs. Because behind collaborator's competence, we can find company efficiency. Unfortunately, there is no real consensus on the definition of the concept of competence. Moreover, existing different definitions don't permit to develop an operational system. Among other key concept, we can find jobs, mission, project, and training... Moreover, we approach different problems of the competence management under the angle of the knowledge management. Indeed, knowledge and competence are closely linked. Then, we propose a method to build different company repositories (competence, jobs, projects repositories). To model those different repositories we choose ontology because it permits to obtain coherent and consensual definitions of the concepts with support of linguistics diversities too. This building repositories method coupled with this knowledge and competence management approach permitted the realization of a tool offering functionalities like mobility management, strategical analysis, yellow pages or CV management.

Arterial properties in relation to genetic variations in the adducin subunits in a white population.

BACKGROUND: Adducin is a membrane skeleton protein, which consists of either alpha- and beta- or alpha- and gamma-subunits. We investigated whether arterial characteristics might be related to the genes encoding ADD1 (Gly460Trp-rs4961), ADD2 (C1797T-rs4984), and ADD3 (IVS11+386A>G-rs3731566). METHODS: We randomly recruited 1,126 Flemish subjects (mean age, 43.8 years; 50.3% women). Using a wall-tracking ultrasound system, we measured the properties of the carotid, femoral, and brachial arteries. We studied multivariate-adjusted phenotype-genotype associations, using a population- and family-based approach. RESULTS: In single-gene analyses, brachial diameter was 0.15 mm (P = 0.0022) larger, and brachial distensibility and cross-sectional compliance were 1.55 x 10(-3)/kPa (P = 0.013) and 0.017 mm(2)/kPa (P = 0.0029) lower in ADD3 AA than ADD3 GG homozygotes with an additive effect of the G allele. In multiple-gene analyses, the association of brachial diameter and distensibility with the ADD3 G allele occurred only in ADD1 GlyGly homozygotes. Otherwise, the associations between the arterial phenotypes in the three vascular beds and the ADD1 or ADD2 polymorphisms were not significant. In family-based analyses, the multivariate-adjusted heritability was 0.52, 0.38, and 0.30 for brachial diameter, distensibility, and cross-sectional compliance, respectively (P < 0.001). There was no evidence for population stratification (0.07 < or = P < or = 0.96). Transmission of the mutated ADD3 G allele was associated with smaller brachial diameter in 342 informative offspring (-0.12 +/- 0.04 mm; P = 0.0085) and in 209 offspring, who were ADD1 GlyGly homozygotes (-0.14 +/- 0.06 mm; P = 0.018). CONCLUSIONS: In ADD1 GlyGly homozygotes, the properties of the brachial artery are related to the ADD3 (A386G) polymorphism, but the underlying mechanism needs further clarification.

Flow-R, a model for susceptibility mapping of debris flows and other gravitational hazards at a regional scale: some case studies

Every year, debris flows cause huge damage in mountainous areas. Due to population pressure in hazardous zones, the socio-economic impact is much higher than in the past. Therefore, the development of indicative susceptibility hazard maps is of primary importance, particularly in developing countries. However, the complexity of the phenomenon and the variability of local controlling factors limit the use of processbased models for a first assessment. A debris flow model has been developed for regional susceptibility assessments using digital elevation model (DEM) with a GIS-based approach.. The automatic identification of source areas and the estimation of debris flow spreading, based on GIS tools, provide a substantial basis for a preliminary susceptibility assessment at a regional scale. One of the main advantages of this model is its workability. In fact, everything is open to the user, from the data choice to the selection of the algorithms and their parameters. The Flow-R model was tested in three different contexts: two in Switzerland and one in Pakistan, for indicative susceptibility hazard mapping. It was shown that the quality of the DEM is the most important parameter to obtain reliable results for propagation, but also to identify the potential debris flows sources.

Why do scientists migrate? A diffusion model

The article is intended to improve our understanding of the reasons underlying the intellectual migration of scientists from well-known cognitive domains to nascent scientific fields. To that purpose we present, first, a number of findings from the sociology of science that give different insights about this phenomenon. We then attempt to bring some of these insights together under the conceptual roof of an actor-based approach linking expected utility and diffusion theory. Intellectual migration is regarded as the rational choice of scientists who decide under uncertainty and on the base of a number of decision-making variables, which define probabilities, costs, and benefits of the migration.