Regulatory RNA binding molecules : implication for diabetes pathogenesis

Le glucose est notre principale source d'énergie. Après un repas, le taux de glucose dans le sang (glycémie) augmente, ce qui entraine la sécrétion d'insuline. L'insuline est une hormone synthétisée au niveau du pancréas par des cellules dites bêta. Elle agit sur différents organes tels que les muscles, le foie ou le tissu adipeux, induisant ainsi le stockage du glucose en vue d'une utilisation future.¦Le diabète est une maladie caractérisée par un taux élevé de glucose dans le sang (hyperglycémie), résultant d'une incapacité de notre corps à utiliser ou à produire suffisamment d'insuline. A long terme, cette hyperglycémie entraîne une détérioration du système cardio-vasculaire ainsi que de nombreuses complications. On distingue principalement deux type de diabète : le diabète de type 1 et le diabète de type 2, le plus fréquent (environ 90% des cas). Bien que ces deux maladies diffèrent sur beaucoup de points, elles partagent quelques similitudes. D'une part, on décèle une diminution de la quantité de cellules bêta. Cette diminution est cependant partielle dans le cas d'un diabète de type 2, et totale dans celui d'un diabète de type 1. D'autre part, la présence dans la circulation de médiateurs de l'inflammation nommés cytokines est décelée aussi bien chez les patients de type 1 que de type 2. Les cytokines sont sécrétées lors d'une inflammation. Elles servent de moyen de communication entre les différents acteurs de l'inflammation et ont pour certaines un effet néfaste sur la survie des cellules bêta.¦L'objectif principal de ma thèse a été d'étudier en détail l'effet de petites molécules régulatrices de l'expression génique, appelées microARNs. Basé sur le fait que de nombreuses publications ont démontré que les microARNs étaient impliqués dans différentes maladies telles que le cancer, j'ai émis l'hypothèse qu'ils pouvaient également jouer un rôle important dans le développement du diabète.¦Nous avons commencé par mettre des cellules bêta en culture en présence de cytokines, imitant ainsi un environnement inflammatoire. Nous avons pu de ce fait identifier les microARNs dont les niveaux d'expression étaient modifiés. A l'aide de méthodes biochimiques, nous avons ensuite observé que la modulation de certains microARNs par les cytokines avaient des effets néfastes sur la cellule bêta : sur sa production et sa sécrétion d'insuline, ainsi que sur sa mort (apoptose). Nous avons en conséquence pu démontrer que ces petites molécules avaient un rôle important à jouer dans le dysfonctionnement des cellules bêta induit par les cytokines, aboutissant au développement du diabète.¦-¦La cellule bêta pancréatique est une cellule endocrine présente dans les îlots de Langerhans, dans le pancréas. L'insuline, une hormone sécrétée par ces cellules, joue un rôle essentiel dans la régulation de la glycémie. Le diabète se développe si le taux d'insuline relâché par les cellules bêta n'est pas suffisant pour couvrir les besoins métaboliques corporels. Le diabète de type 1, qui représente environ 5 à 10% des cas, est une maladie auto-immune qui se caractérise par une réaction inflammatoire déclenchée par notre système immunitaire envers les cellules bêta. La conséquence de cette attaque est une disparition progressive des cellules bêta. Le diabète de type 2 est, quant à lui, largement plus répandu puisqu'il représente environ 90% des cas. Des facteurs à la fois génétiques et environnementaux sont responsables d'une diminution de la sensibilité des tissus métabolisant l'insuline, ainsi que d'une réduction de la sécrétion de l'insuline par les cellules bêta, ce qui a pour conséquence le développement de la maladie. Malgré les différences entre ces deux types de diabète, ils ont pour points communs la présence d'infiltrat immunitaire et la diminution de l'état fonctionnel des cellules bêta.¦Une meilleure compréhension des mécanismes aboutissant à l'altération de la cellule bêta est primordiale, avant de pouvoir développer de nouvelles stratégies thérapeutiques capables de guérir cette maladie. Durant ma thèse, j'ai donc étudié l'implication de petites molécules d'ARN, régulatrices de l'expression génique, appelées microARNs, dans les conditions physiopathologiques qui aboutissent au développement du diabète. J'ai débuté mon étude par l'identification de microARNs dont le niveau d'expression était modifié lorsque les cellules bêta étaient exposées à des conditions favorisant à la fois le développement du diabète de type 1 (cytokines) et celui du diabète de type 2 (palmitate). Nous avons découvert qu'une modification de l'expression des miR-21, -34a et -146a était commune aux deux traitements. Ces changements d'expressions ont également été confirmés dans deux modèles animaux : les souris NOD qui développent un diabète s'apparentant au diabète de type 1 et les souris db/db qui développent plutôt un diabète de type 2. Puis, à l'aide de puces à ADN, nous avons comparé l'expression de microARNs chez des souris NOD pré-diabétiques. Nous avons alors retrouvé des changements au niveau de l'expression des mêmes microARNs mais également au niveau d'une famille de microARNs : les miR-29a, -29b et -29c. De manière artificielle, nous avons ensuite surexprimé ou inhibé en conditions physiopathologiques l'expression de tous ces microARNs et nous nous sommes intéressés à l'impact d'un tel changement sur différentes fonctions de la cellule bêta comme la synthèse et la sécrétion d'insulinè ainsi que leur survie. Nous avons ainsi pu démontrer que les miR-21, -34a, -29a, -29b, -29c avaient un effet délétère sur la sécrétion d'insuline et que la surexpression de tous ces microARNs (excepté le miR-21) favorisait la mort. Finalement, nous avons démontré que la plupart de ces microARNs étaient impliqués dans la régulation d'importantes voies de signalisation responsables de l'apoptose des cellules bêta telles que les voies de NFKB, BCL2 ou encore JNK.¦Par conséquent, nos résultats démontrent que les microARNs ont un rôle important à jouer dans le dysfonctionnement des cellules bêta lors de la mise en place du diabète.

New York City: "gilt cage" or "promised land" ? : representations of urban space in Edith Wharton and Anzia Yezierska

This thesis explores the importance of literary New York City in the urban narratives of Edith Wharton and Anzia Yezierska. It specifically looks at the Empire City of the Progressive Period when the concept of the city was not only a new theme but also very much a typical American one which was as central to the American experience as had been the Western frontier. It could be argued, in fact, that the American city had become the new frontier where modern experiences like urbanization, industrialization, immigration, and also women's emancipation and suffrage, caused all kinds of sensations on the human scale from smoothly lived assimilation and acculturation to deeply felt alienation because of the constantly shifting urban landscape. The developing urban space made possible the emergence of new female literary protagonists like the working girl, the reformer, the prostitute, and the upper class lady dedicating her life to 'conspicuous consumption'. Industrialization opened up city space to female exploration: on the one hand, upper and middle class ladies ventured out of the home because of the many novel urban possibilities, and on the other, lower class and immigrant girls also left their domestic sphere to look for paid jobs outside the home. New York City at the time was not only considered the epicenter of the world at large, it was also a city of great extremes. Everything was constantly in flux: small brownstones made way for ever taller skyscrapers and huge waves of immigrants from Europe pushed native New Yorkers further uptown on the island, adding to the crowdedness and intensity of the urban experience. The city became a polarized urban space with Fifth Avenue representing one end of the spectrum and the Lower East Side the other. Questions of space and the urban home greatly mattered. It has been pointed out that the city setting functions as an ideal means for the display of human nature as well as social processes. Narrative representations of urban space, therefore, provide a similar canvas for a protagonist's journey and development. From widely diverging vantage points both Edith Wharton and Anzia Yezierska thus create a polarized city where domesticity is a primal concern. Looking at all of their New York narratives by close readings of exterior and interior city representations, this thesis shows how urban space greatly affects questions of identity, assimilation, and alienation in literary protagonists who cannot escape the influence of their respective urban settings. Edith Wharton's upper class "millionaire" heroines are framed and contained by the city interiors of "old" New York, making it impossible for them to truly participate in the urban landscape in order to develop outside of their 'Gilt Cages'. On the other side are Anzia Yezierska's struggling "immigrant" protagonists who, against all odds, never give up in their urban context of streets, rooftops, and stoops. Their New York City, while always challenging and perpetually changing, at least allows them perspectives of hope for a 'Promised Land' in the making. Central for both urban narrative approaches is the quest for a home as an architectural structure, a spiritual resting place, and a locus for identity forming. But just as the actual city embraces change, urban protagonists must embrace change also if they desire to find fulfillment and success. That this turns out to be much easier for Anzia Yezierska's driven immigrants rather than for Edith Wharton's well established native New Yorkers is a surprising conclusion to this urban theme.

Transforming scientific information with everyday thinking: A social representations perspective

Cette thèse examine la circulation et l'intégration des informations scientifiques dans la pensée quotidienne d'après la théorie des représentations sociales (TRS). En tant qu'alternative aux approches traditionnelles de la communication de la science, les transformations survenant entre le discours scientifique et le discours de sens commun sont considérées comme adaptatives. Deux études sur la circulation des informations dans les media (études 1 et 2) montrent des variations dans les thèmes de discours exposés aux profanes, et parmi les discours de ceux-ci, en fonction de différentes sources. Ensuite, le processus d'ancrage dans le positionnement préalable envers la science est étudié, pour l'explication qu'il fournit de la réception et de la transmission d'informations scientifiques dans le sens commun. Les effets d'ancrage dans les attitudes et croyances préexistants sont reportés dans différents contextes de circulation des informations scientifiques (études 3 à 7), incluant des études de type corrélationnel, experimental et de terrain. Globalement, cette thèse procure des arguments en faveur de la pertinence de la TRS pour la recherche sur la communication de la science, et suggère des développements théoriques et méthodologiques pour ces deux domaines de recherche. Drawing on the social representations theory (SRT), this thesis examines the circulation and integration of scientific information into everyday thinking. As an alternative to the traditional approaches of science communication, it considers transformations between scientific and common-sense discourses as adaptive. Two studies, focused on the spreading of information into the media (Studies 1 and 2), show variations in the themes of discourses introduced to laypersons and in the themes among laypersons' discourses, according to different sources. Anchoring in prior positioning toward science is then studied for the explanation it provides on the reception and transmission of scientific information into common sense. Anchoring effects in prior attitudes and beliefs are reported in different contexts of circulation of scientific information (Studies 3 to 7) by using results from correlational, field, and experimental studies. Overall, this thesis provides arguments for the relevance of SRT in science communication research and suggests theoretical and methodological developments for both domains of research.

" Ich habe viele namen " : Polyphonie und Dialogizität im autobiographischen Spätwerk Max Frischs und Friedrich Dürrenmatts

Zusammenfassung: Max Frisch und Friedrich Dürrenmatt, als Dioskuren der Schweizer Literatur zeitlebens aneinandergekettet, haben auf der Suche nach ihrem Selbst immer auch den anderen im Blick. Aus ihrer pointierten, gelegentlich polemischen wechselseitigen Abgrenzung entsteht ein künstlerisch höchst produktiver, impliziter Dialog. Er wird hier erstmals explizit gemacht. Unter den Gesichtspunkten von Polyphonie und Dialogizität wird die Konstruktion und Auflösung des autobiographischen Subjekts untersucht. Diese Fallstudien an einzelnen, repräsentativen Texten der beiden Autoren stellen neue Fragen, die für die gesamte Autobiographiediskussion relevant sind: Bei Dürrenmatts großem ,,Stoffe"-Komplex wird, unter Einbezug der textgenetischen Perspektive, der autobiographische Prozess als das Anprobieren von multiplen Ichs analysiert. Das Problem des Subjekts radikalisiert sich als Problem der Sprache, der "vielen Namen", mit denen sich das Subjekt selbst tauft. Bei Frisch deckt die Studie mit ihrem neuen Ansatz die architektonischen und musikalischen Kompositionsverfahren in "Montauk" und "Holozän" auf, eine Textarchitektur in der Zeit und im Medium der Sprache. Dabei werden bisher unbekannte Entwürfe zu diesen wichtigen Spätwerken Frischs erstmals genutzt und publiziert.

Analyse rétrospective de la prise en charge du cancer ovarien au Centre Hospitalier Universitaire Vaudois

Introduction:¦L'incidence annuelle du cancer de l'ovaire en Suisse est de 600 cas, il touche principalement les femmes âgées de plus de 60 ans. Le cancer de l'ovaire est aujourd'hui la 1ère cause de mortalité par cancer gynécologique chez la femme. Le but de notre recherche, est de créer une base de données de toutes les¦patientes atteintes d'un cancer de l'ovaire et hospitalisées au CHUV pour la prise en charge de leur maladie.¦Cette étude rétrospective monocentrique nous permettra en premier lieu d'analyser les caractéristiques de¦cette tumeur présentées par les patientes, les traitements instaurés pour traiter ce cancer et les taux de¦récidives et de survie des patientes en fonction de ces variables.¦Méthodologie:¦Analyse rétrospective de 147 patientes diagnostiquées d'un cancer de l'ovaire et hospitalisées au CHUV entre¦septembre 2001 et mars 2010 pour la prise en charge de leur tumeur ovarienne. Utilisation du programme informatique ARCHIMED qui contient les dossiers médicaux de toutes les patientes inclues dans l'étude et création de 2 bases des données. La 1ère base de données regroupe l'ensemble des patientes de l'étude y¦compris les tumeurs type borderline, la 2ème base de données concerne uniquement les patientes ayant récidivé de leur tumeur. Les tumeurs bénignes ont été exclues de l'étude.¦Résultats:¦La probabilitéde survie à 1 an chez les patientes avec un cancer de l'ovaire, tous stades FIGO et prises en¦charge confondus, hospitalisées au CHUV est de 88,04% (95% CI = 0.7981-­‐0.9306), à 3 ans la probabilité de survie est de 70,4% (95% CI = 0.5864-­‐0.7936), et à plus de 5 ans, elle est de 60% (95% CI = 0.4315-­‐0.6859).¦Nous avons comparé le taux de survie en fonction du stade FIGO de la tumeur ovarienne et nous avons observé une différence significative de survie entre les stades FIGO précoces et les stades avancés (Pvaleur=¦0.0161).¦En plus d'une intervention chirurgicale, les patientes atteintes d'un cancer de l'ovaire sont normalement traitées par une chimiothérapie. Dans notre étude, 70 patientes ont bénéficié d'une chimiothérapie; un¦traitement adjuvant a été donné dans 78 % des cas (N = 55), un traitement néoadjuvant a été administré chez 22% des patientes (N=15). Le type combiné carboplatine-­‐taxane est la chimiothérapie la plus fréquente (75%). Au total sur l'étude, 66 patientes sur les 147 (44%) ont récidivé de leur tumeur. En ce qui¦concerne leur prise en charge, 46% des patientes ont reçu une chimiothérapie unique comme du gemzar, cealyx ou taxotère après leur récidive. Une cytoréduction secondaire a également été effectuée chez 33% de ces patientes ayant une récidive. Nous avons également étudié l'intervalle de temps entre la date de la¦récidive et celle du décès. Parmi les 28 patientes décédées chez les récidives, 10 d'entre-­‐elles (36%) ont survécu moins d'un an une fois la récidive diagnostiquée, 8 (28%) patientes ont survécu jusqu'à 2 ans, et¦les 10 (36%) autres patientes ont survécu de 2 à 5 ans. En ce qui concerne le taux de mortalité; 39 patientes sur les 147 étudiées sont décédées pendant la période d'observation, soit 26% des cas. La tumeur¦type borderline, présente une prolifération épithéliale atypique sans invasion dans le stroma et représente¦10 à 20% de toutes les tumeurs ovariennes. Dans notre étude, 41 patientes sont porteuses de cette tumeur¦(28%) et la moyenne d'âge est de 49 ans. En ce qui concerne leur prise en charge, l'intervention chirurgicale¦la plus fréquente, soit 23% des cas, est l'annexectomie unilatérale, qui reste une attitude conservative pour¦ces patientes désirant préserver leur fertilité. 6 patientes présentant ce type de tumeur ont récidivé, soit 14% des cas, avec une progression pelvienne, et 3 de ces 6 patientes sont décédées. Dans notre analyse, on observe que la probabilité de vivre plus longtemps que 1an pour les patientes ayant une tumeur borderline est de 93,8% (95% CI= 0.6323-­‐ 0.9910), à 3 ans elle est également de 93,8% (95% CI = 0.6323-­‐0.9910) et à 5 ans elle est de 78,1% (95% CI = 0.3171-­‐0.9483). Nous n'avons pas observé de¦différence de survie dans notre étude entre les patientes présentant une tumeur borderline et le « non‐borderline ». (Pvaleur=0.3301)

Exercice physique et athérosclérose : quels sont les mécanismes physiologiques et moléculaires de l'exercice qui préviennent et protègent de l'athérosclérose? : approche chez un modèle expérimental d'athérosclérose : la souris génétiquement dépourvue en apolipoprotéine E (apoE-/-)

RESUME : L'athérosclérose, pathologie inflammatoire artérielle chronique, est à l'origine de la plupart des maladies cardiovasculaires qui constituent l'une des premières causes de morbidité et mortalité en France. Les études observationnelles et expérimentales montrent que l'exercice physique prévient la mortalité cardiovasculaire. Cependant, les mécanismes précisant les bénéfices cliniques de l'exercice sur l'athérosclérose sont encore largement inconnus. Le but général de ce travail a donc été d'explorer, en utilisant un modèle expérimental d'athérosclérose, la souris hypercholestérolémique génétiquement dépourvue en apolipoprotéine E (apoE-/-), les mécanismes athéroprotecteurs de l'exercice. La dysfonction endothéliale, généralement associée aux facteurs de risque cardiovasculaire, serait l'une des étapes précoces majeures de l'athérogenèse. Elle est caractérisée par une diminution de la biodisponibilité en monoxyde d'azote (NO) avec la perte de ses propriétés vasculo-protectrices, ce qui favorise un climat pro-athérogène (stress oxydatif, adhésion et infiltration des cellules inflammatoires dans la paroi artérielle...) conduisant à la formation de la plaque athéromateuse. L'objectif de notre premier travail a donc été d'explorer les effets de l'exercice d'une part, sur le développement des plaques athéromateuses et d'autre part, sur la fonction endothéliale de la souris apoE-/-. Nos résultats montrent que l'exercice réduit significativement l'extension de l'athérosclérose et prévient la dysfonction endothéliale. L'explication pharmacologique montre que l'exercice stimule la fonction endothéliale via, notamment, une plus grande sensibilité des récepteurs endothéliaux muscariniques, ce qui active les événements signalétiques cellulaires récepteurs-dépendants à l'origine d'une bioactivité accrue de NO. Les complications cliniques graves de l'athérosclérose sont induites par la rupture de la plaque instable provoquant la formation d'un thrombus occlusif et l'ischémie du territoire tissulaire en aval. L'objectif de notre deuxième travail a été d'examiner l'effet de l'exercice sur la qualité/stabilité de la plaque. Nos résultats indiquent que l'exercice de longue durée stabilise la plaque en augmentant le nombre de cellules musculaires lisses et en diminuant le nombre de macrophages intra-plaques. Nos résultats montrent aussi que la phosphorylation de la eNOS (NO Synthase endothéliale) Akt-dépendante n'est pas le mécanisme moléculaire majeur à l'origine de ce bénéfice. Enfin, dans notre troisième travail, nous avons investigué l'effet de l'exercice sur le développement de la plaque vulnérable. Nos résultats montrent, chez un modèle murin de plaque instable (modèle d'hypertension rénovasculaire à rénine et angiotensine II élevés) que l'exercice prévient l'apparition de la plaque vulnérable indépendamment d'un effet hémodynamique. Ce bénéfice serait associé à une diminution de l'expression vasculaire des récepteurs AT1 de l'Angiotensine II. Nos résultats justifient l'importance de l'exercice comme outil préventif des maladies cardiovasculaires. ABSTRACT : Atherosclerosis, a chronic inflammatory disease, is one of the main causes of morbidity and mortality in France. Observational and experimental data indicate that regular physical exercise has a positive impact on cardiovascular mortality. However, the mechanisms by which exercise exerts clinical benefits on atherosclerosis are still unknown. The general aim of this work was to elucidate the anti-atherosclerotic effects of exercise, using a mouse model of atherosclerosis: the apolipoprotein E-deficient mice (apoE-/- mice). Endothelial dysfunction, generally associated with cardiovascular risk factors, has been recognized to be a major and early step in atherogenesis. Endothelial dysfunction is characterized by Nitric Oxide (NO) biodisponibility reduction with loss of NO-mediated vasculoprotective actions. This leads to vascular effects such as increased oxidative stress and increased adhesion of inflammatory cells into arterial wall thus playing a role in atherosclerotic plaque development. Therefore, one of the objective of our study was to explore the effects of exercise on atherosclerotic plaque extension and on endothelial function in apoE-/- mice. Results show that exercise significantly reduces plaque progression and prevents endothelial dysfunction. Pharmacological explanation indicates that exercise stimulates endothelial function by increasing muscarinic receptors sensitivity which in turn activates intracellular signalling receptor-dependent events leading to increased NO bioactivity. The clinical manifestations of atherosclerosis are the consequences of unstable plaque rupture with thrombus formation leading to tissue ischemia. The second aim of our work was to determine the effect of exercise on plaque stability. We demonstrate that long-term exercise stabilizes atherosclerotic plaques as shown by decreased macrophage and increased Smooth Muscle Cells plaque content. Our results also suggest that the Akt-dependent eNOS phosphorylation pathway is not the primary molecular mechanism mediating these beneficial effects. Finally, we assessed a putative beneficial effect of exercise on vulnerable plaque development. In a mouse model of Angiotensine II (Ang II)-mediated vulnerable atherosclerotic plaques, we provide fist evidence that exercise prevents atherosclerosis progression and plaque vulnerability. The beneficial effect of swimming was associated with decreased aortic Ang II AT1 receptor expression independently from any hemodynamic change. These findings suggest clinical benefit of exercise in terms of cardiovascular event protection.

Application extraterritoriale du droit international des droits de l'homme

Les obligations de l'Etat en matière de droits de l'homme s'étendent-elles au-delà de ses frontières? Le sujet prend une importance considérable actuellement: interventions militaires à l'étranger, opérations de paix, occupation militaire, centres de détention à l'étranger, mouvements séparatistes soutenus par un Etat étranger, éloignement des étrangers, entraide judiciaire et administrative internationale, exequatur de décisions étrangères violant les droits de l'homme... Ces thèmes, et d'autres, sont abordés dans l'ouvrage sous l'angle du Pacte ONU II, de la CEDH, et de la Convention et la Déclaration américaines dans une approche comparative et systématique. L'ouvrage analyse en détail la jurisprudence et la pratique internationales relatives à ces instruments. L'auteur est avocat au Barreau du Canton de Vaud (Lausanne) et titulaire d'un LL.M. de l'Université de Cambridge.

Coevolution of restriction factors and retroviruses

Les virus exploitent la machinerie cellulaire de l'hôte pour se répliquer. Ils doivent s'adapter pour infecter la cellule hôte de manière optimale tout en échappant à la vigilance du système de défense de l'hôte. Ainsi l'hôte et les virus se livrent à de constantes batailles évolutives. Mon travail de thèse a porté sur l'étude des signatures évolutives de facteurs de l'hôte agissant comme des 'facteurs de restriction' en bloquant la réplication rétrovirale chez les primates. Plus spécifiquement, mon travail a visé à utiliser des données évolutives pour renseigner les analyses fonctionnelles et la biologie. Nous avons étudié le facteur anti-VIH-1 nommé TRIM5a (i) chez les prosimiens pour mieux comprendre son rôle dans le contrôle d'un lentivirus endogène, (ii) dans son activité contre d'autres anciennes infections représentées par des rétrovirus endogènes humains et (iii) en tant que protéine capable de générer des mutants de la capside. Premièrement nous nous sommes intéressés à TRIM5a chez deux espèces de lémuriens dont Microcebus murinus qui porte le lentivirus endogène PSIV dans son génome depuis plusieurs millions d'années,. Nous avons observé que TRIM5a chez M. murinus a un spectre d'activité antivirale réduit à l'opposé de TRIM5a chez le Lemur catta - non porteur du PSIV endogène - qui bloque une large variété de rétrovirus dont le PSIV. De ce fait TRIM5a aurait pu contribuer à protéger certaines espèces de lémuriens vis-à-vis d'anciennes infections par le PSIV. A l'inverse du PSIV, des virus dérivés des rétrovirus endogènes humains HERV-K and HERV-H se sont révélés largement résistants à l'inhibition par TRIM5a. Ces données illustrent une absence de protection par TRIM5a face à d'autres anciennes infections rétrovirales. Puis, pour évaluer l'impact de la protéine TRIM5a humaine sur le VIH-1, nous avons testé l'effet de mutations des résidues sous sélection positive dans la capside du VIH-1 sur l'inhibition par TRIM5a. Nos résultats montrent que TRIM5a ne jouerait pas un rôle significatif dans l'évolution de la capside du VIH-1. Enfin notre travail a porté sur le facteur anti-VIH-1 SAMHD1 récemment découvert, que nous avons séquencé chez 25 espèces de primates. L'analyse évolutive des sites sous sélection positive et des expériences fonctionnelles ont permis d'identifier le domaine de SAMHD1 interagissant avec la protéine lentivirale Vpx. De même que d'autres protéines virales contrecarrent les facteurs de restriction en les menant à la dégradation, nous avons observé que Vpx induit la dégradation de SAMHD1 de manière spécifique à l'espèce. Ces découvertes contribuent à comprendre comment les facteurs de restriction et les virus co-évoluent pour se neutraliser l'un l'autre. - Viruses hijack the host cellular machinery to replicate. They adapt to infect optimally host cells while escaping host defense systems. Viruses and the host coevolve in an evolutionary struggle. My thesis work has been devoted to study the evolutionary signatures of host factors acting as restriction factors that block retroviral replication in primates. Specifically, my work aimed at using evolutionary data to inform functional analyses and biology. We studied the anti-HIV-1 factor TRIM5a (i) in prosimians to better understand its possible role in the control of an endogenous lentivirus, (ii) in its activity against other ancient infections - as represented by HERVs, and (iii) as a protein capable of generating escape mutants in the viral capsid. First, my work focused on two lemur species, one of which was the gray mouse lemur that carries the endogenous lentivirus PSIV integrated in its genome for several million years. TRIM5a from gray mouse lemur exhibited a limited antiviral spectrum as opposed to TRIM5a from ring-tailed lemur - not a host of PSIV - that is able to block diverse retroviruses notably PSIV. These results support the possible contribution of TRIM5a in protecting lemur species from ancient infection by PSIV. In contrast, chimeric viruses derived from two human endogenous retroviruses were broadly resistant to TRIM5a-mediated restriction, suggesting TRIM5a lack of activity against other types of ancient infections. To evaluate the recent impact of human TRIM5a on HIV-1 evolution, we tested whether variants at positively selected sites in the HIV-1 capsid affected the ability of human TRIM5a alleles to restrict HIV-1. Our results indicate that TRIM5a does not play a significant role in the evolution of HIV1 capsid. At last, our work concentrated on the newly discovered anti-HIV-1 restriction factor SAMHD1. We determined its coding sequence in a panel of 25 species of primates. Evolutionary analyses of positively selected sites in SAMHD1 domains and functional assays identified the domain of SAMHD1 interacting with the lentiviral protein Vpx. Similar to other viral countermeasures targeting cellular restriction factors, Vpx was responsible of the degradation of SAMHD1 orthologs in a species-specific manner. These findings contributed to understanding how restriction factors and viruses evolve to counteract each other.

Recurrent left colonic diverticulis episodes : more severe than the intial diverticulis ?

Rapport de Synthése : Introducfíon : la maladie diverticulaire est devenue un problème majeur de santé communautaire et occupe la cinquième place en termes de coûts des maladies digestives. La diverticulite représente sa complication la plus fréquente chez environ 20-25% des patients avec une maladie diverticulaire. Son taux de récidive après un premier épisode de diverticulite est estimé à 20%. Historiquement, il était accepté que le taux de complications et d'échec du traitement conservateur de la diverticulite soient plus élevés lors de récidive qu'après un épisode initial. Ceci a amené la communauté médicale ä un consensus qui est de proposer une sigmoidectomie élective suite à un 2ème épisode de diverticulite. De nouvelles données et réinterprétations de travaux antérieurs ont remis en question ce consensus. Par ces faits, les dernières recommandations de la société américaine de chirurgie colorectale restent encore évasives dues au manque d'évidence. Le but de cette thèse est de déterminer si la récidive de diverticulite a une présentation clinique et radiologique différente d'un épisode initiale et si le risque d'échec du traitement est réellement plus élevé. Méthode : étude rétrospective .de 271 patients consécutifs admis dans le service. de chirurgie viscérale CHUV pour diverticulite, confirmée par CT-scan, de 2001 à 2004. 202 patients présentaient un épisode initial (groupe I), et 69 une récidive (groupe R). Au total 20 paramètres cliniques et 15 radiologiques ont été analysés et comparés entre les 2 groupes, dont le taux de prise en charge chirurgicale, la présentation clinique initiale, la réponse au traitement, les complications, les paramètres de laboratoires, la présence de liquide libre, d'abcès ou de pneumopéritoine au scanner. Une analyse statistique univariée a été effectuée. Résultats : aucun des paramètres cliniques ou radiologiques n'étaient différents entre les deux groupes. Concernant la chirurgie, 15.8% des patients dans le groupe I ont nécessité une prise en charge chirurgicale à l'admission comparé à 5.8% dans le groupe R (p=0.04). Le taux d'échec du traitement conservateur dans les deux groupes était similaire (10.7% vs 10.0% ; p=0.84). Le taux de mortalité à 30 jours était de 3% dans le groupe I et 0% dans le groupe R (p= 0.34). Conclusion : selon les résultats de cette étude, la récidive de diverticulite n'entraîne pas plus de complications ni d'échec du traitement conservateur. De plus, le taux de prise en charge chirurgicale à l'admission du patient est moins fréquent en cas de récidive. Ces résultats remettent en questions le consensus actuel de prise en charge chirurgicale élective.