Rare earth elements and stable isotope geochemistry (δ13C and δ18O) of phosphorite deposits in the Gafsa Basin, Tunisia

Rare earth elements (REE) and stable isotope compositions (delta C-13 and delta O-18) of shark teeth and phosphatic coprolites were analyzed from the Lower Maastrichtian layers of the El Haria Formation and two sequences of the Paleocene-Eocene (P/E) Chouabine Formation in the Gafsa Basin (south western of Tunisia) in order to trace the sedimentological, climatic and oceanographic conditions. The REE chemistry and their distribution in the two archives are the same for each of the studied layers indicating that the coprolites and shark teeth experienced the same early diagenetic environments. However major differences occur between the Maastrichtian and the P/E reflecting changes in the depositional conditions. The Early Maastrichtian burial environment tended to be more anoxic with REE derived from reduced FeO. While in the P/E the REE patterns mimic the modern oxic-suboxic seawater, the REE source from remineralisation of organic coating could have more significance. The oxygen isotope compositions of the structural phosphates (delta O-18(PO4)) indicate a stable and warm climate during both studied time intervals. A small offset (-0.4 parts per thousand) in the delta O-18 value between the coprolites and shark teeth show minor thermal gradient between bottom and surface water. The pronounced negative shift of 34%. in delta C-13 values recorded in the upper part of the Chouabine Formation was ascribed to the Paleocene-Eocene boundary. At the same time the lack of negative change in the delta O-18 is explained by the semi-closed situation of the Gafsa Basin, which situation also played an important role in the evolution of the organic matters in the sediment resulting in the exceptional low delta C-13 values. (C) 2008 Elsevier B.V. All rights reserved.

Primary spinal epidural lymphoma: patients' profile, outcome, and prognostic factors: a multicenter Rare Cancer Network study

RESUME Objectif : Les lymphomes épiduraux primaires représentent moins de 10% des tumeurs épidurales et de 0,1 à 3,3% de tous les lymphomes. Le but de cette étude a été d'évaluer le profil clinique de cette maladie rare, son traitement, ses résultats ainsi que ses facteurs de pronostic. Matériel et méthode : Entre 1982 et 2002, 52 patients présentant un lymphome épidural primaire ont été traités dans neuf institutions membres du Rare Cancer Network. Les critères d'inclusion comprenaient : une biopsie confirmant le lymphome non-hodgkinien, un stade IE et IIE selon la classification de Ann Arbor, un traitement à visée curative de radiothérapie combinée ou non à une chimiothérapie et un suivi d'au moins six mois. Selon la Working Formulation, 12 patients (23%) présentaient un lymphome de bas grade, 28 (54%) un grade intermédiaire et 12 (23%) un haut grade. Les hommes étaient atteints 1.9 fois plus fréquemment que les femmes. L'âge moyen était de 61 ans (intervalle : 21 à 96). Le bilan incluait un Ct-scan spinal (98%), une IRM (52%), un CT-scan thoraco-abdominal (77%) et une aspiration ou biopsie de moelle osseuse (96%). Les symptômes les plus fréquents comprenaient des douleurs dorsales (79% des patients), une faiblesse musculaire (92%) et des déficits sensoriels (71 %). Quarante-huit patients ont subi une laminectomie de décompression avec résection partielle ou complète (42% et 13% des cas respectivement), tous ont reçu une radiothérapie seule (20 patients) ou en combinaison avec une chimiothérapie (32 patients). La dose médiane totale était de 36 Gy (intervalle 6-50 Gy) avec une moyenne de 20 Gy par fraction (intervalle : 1-25). Le suivi moyen était de 71 mois (intervalle : 22-165 mois). Résultats : Suite au traitement, une progression locale a été observée chez 6 patients après un temps de latence moyen de 6 mois. Le taux de rechute systémique a été de 42% (22 patients) le plus souvent dans les ganglions lymphatiques (n=9) après un intervalle de temps moyen de 20 mois. Lors du dernier contrôle, 28 patients étaient vivants et 24 patients étaient décédés. Le taux de survie à 5 ans, le taux de survie sans maladie et le contrôle local étaient de 69%, 57% et 88% respectivement. En analyse univariée, les facteurs pronostics favorables statistiquement significatifs concernant la survie sans maladie étaient un âge inférieur à 63 ans, ainsi qu'une réponse neurologique complète. Pour la survie à 5 ans, les facteurs favorables étaient un âge inférieur à 63 ans. En analyse multivariée, les facteurs pronostics favorables pour la survie globale à 5 ans étaient une réponse neurologique complète, un traitement combiné, un volume de radiothérapie plus que focal, une dose totale de radiothérapie supérieure à 36 Gy et une résection partielle ou complète de la tumeur. En ce qui concerne la survie sans maladie, les facteurs pronostics favorables étáient un âge inférieur à 63 ans et un traitement combiné. Conclusion : Ce qui ressort de cette analyse est que le bilan diagnostic devrait inclure une IRM ou un CT-scan, un échantillon de tissu pour poser le diagnostic pathologique définitif de la lésion, une histoire médicale et un examen physique complet, une chimie sanguine, un CTscan thoraco-abdominal et une biopsie de la moelle osseuse, un PET-scan devrait également faire partie du bilan. Le traitement devrait consister, dans la phase aiguë, en une chirurgie de décompression avec ou sans résection, suivie d'une radiothérapie d'au moins 36Gy en 2 Gy par fraction et d'une chimiothérapie. Tous les patients présentant un lymphome de haut grade ou de grade intermédiaire devraient pouvoir bénéficier d'un traitement combiné.

Pronostic factors in solitary plasmacytoma of the bone: A Rare Cancer Network study

Contexte Le plasmocytome isolé osseux est une tumeur maligne rare des cellules plasmocytaires. Les données issues de la littérature ne permettent pas de se déterminer sur la dose radiothérapeutique optimale. Dans cette perspective nous avons conduit une vaste étude rétrospective dans le but d'évaluer l'évolution, les facteurs pronostiques aunsi que la dose radiothérapeutique optimale chez les patients présentant un plasmocytome isolé. Méthodes Nous avons réunis les données de 206 patients présentant un plasmocytome isolé osseux sans évidence de myélome multiple. Chaque cas a été documenté histopathologiquement. La majorité des patients (n=169) ont été traités par radiothérapie seule, 32 par une combinaison radiothérapie-chimiothérapie, et 5 par chirurgie. La durée de suivi médiane fut de 54 mois (7-245) Résultats A 5 ans, la survie globale est de 70%, la survie sans maladie de 46% et le contrôle local de 88%. La durée médiane de développement vers une myélome multiple est de 21 mois (2-135) avec une probabilité à 5 ans de 51 %. Les analyses multivariées indiquent l'âge (<60 ans) et la taille de la tumeur (<5cm) comme facteur favorables pour survie. L'âge (<60ans) se dégage comme facteur favorable pour la survie sans maladie. La localisation de la tumeur (vertébrale vs autre) indique la probabilité de contrôle local. L'âge plus avancé (>60 ans) est le seul prédicteur de myélome multiple. Aucune relation dose-réponse n'est mise en évidence pour les doses supérieures à 30 Gy, même pour lés tumeurs les plus étendues. Conclusions Les patients les plus jeunes, principalement ceux présentant une localisation vertébrale, présentent la meilleure évolution sous traitement radiothérapeutique modéré. La progression vers le myélome multiple reste le problème thérapeutique principal. Les futures investigations devraient se focaliser sur les chimiothérapies adjuvantes ainsi que sur les nouveaux agents thérapeutiques.

Squamous cell carcinoma in 6 patients with chronic discharging osteomyelitis: Is it really rare?

Introduction: Development of a squamous cell carcinoma (Marjolin's ulcer) is a rare but well-known complication of chronic discharging osteomyelitis. A high index of suspicion and highquality of histopathological examination are paramount in order to make the correct diagnosis. Methods: During a 15-year period (1993 and 2008), patients with long-standing chronic osteomyelitis with clinical symptoms of >1 year of duration, were retrospectively reviewed. Included were patients with histologically confirmed squamous-cell carcinoma associated with chronic wound overlying the site of chronic osteomyelitis. Clinical features and treatment approaches of these patients were analyzed. Results: During the study period, 6 patients were identified (2 women and 4 men) aged 52 to 67 years (mean 59 years). All patients had a long history of chronic discharging osteomyelitis (12, 19, 21, 30, 39 and 40 years), localized in the lower (5 patients) or upper extremitiy (1 patient). All tumors were histologically highly-differentiated squamous-cell carcinomas involving the deep soft tissues and the bone. 5 of 6 patients were initially misdiagnosed as chronic bone infection since bacteria were isolated in wound swabs, including Staphylococcus aureus (n = 3), Escherichia coli (n = 1) and Staphylococcus epidermidis (n = 1). Treatment consisted of major amputation in 4 patients and radical surgical excision in 2 patients refusing amputation. 4 patients were lost to follow-up due to return to their country of origin, the remaining 2 patients were without signs of tumor recurrence (both after major amputation). Conclusion: Malignant transformation of is a rare, but serious complication of long-standing discharging chronic osteomyelitis. All 6 patients were diagnosed after >10 years of persistent or recurrent wounds. It should be particularly suspected in case of a pathological fracture, development of exophytic mass and changes in local pattern of the ulcers itself. Multiple biopsies, including deep soft tissues and bone, are recommended to distinguish between chronic osteomyelitis, pseudoepitheliomatous hyperplasia and highly-differentiated squamous cell carcinoma. Early diagnosis and a team approach (orthopaedic and plastic surgeon) are crucial for optimal management of the patient

Comparative genomics of ParaHox clusters of teleost fishes: gene cluster breakup and the retention of gene sets following whole genome duplications.

BACKGROUND: The evolutionary lineage leading to the teleost fish underwent a whole genome duplication termed FSGD or 3R in addition to two prior genome duplications that took place earlier during vertebrate evolution (termed 1R and 2R). Resulting from the FSGD, additional copies of genes are present in fish, compared to tetrapods whose lineage did not experience the 3R genome duplication. Interestingly, we find that ParaHox genes do not differ in number in extant teleost fishes despite their additional genome duplication from the genomic situation in mammals, but they are distributed over twice as many paralogous regions in fish genomes. RESULTS: We determined the DNA sequence of the entire ParaHox C1 paralogon in the East African cichlid fish Astatotilapia burtoni, and compared it to orthologous regions in other vertebrate genomes as well as to the paralogous vertebrate ParaHox D paralogons. Evolutionary relationships among genes from these four chromosomal regions were studied with several phylogenetic algorithms. We provide evidence that the genes of the ParaHox C paralogous cluster are duplicated in teleosts, just as it had been shown previously for the D paralogon genes. Overall, however, synteny and cluster integrity seems to be less conserved in ParaHox gene clusters than in Hox gene clusters. Comparative analyses of non-coding sequences uncovered conserved, possibly co-regulatory elements, which are likely to contain promoter motives of the genes belonging to the ParaHox paralogons. CONCLUSION: There seems to be strong stabilizing selection for gene order as well as gene orientation in the ParaHox C paralogon, since with a few exceptions, only the lengths of the introns and intergenic regions differ between the distantly related species examined. The high degree of evolutionary conservation of this gene cluster's architecture in particular - but possibly clusters of genes more generally - might be linked to the presence of promoter, enhancer or inhibitor motifs that serve to regulate more than just one gene. Therefore, deletions, inversions or relocations of individual genes could destroy the regulation of the clustered genes in this region. The existence of such a regulation network might explain the evolutionary conservation of gene order and orientation over the course of hundreds of millions of years of vertebrate evolution. Another possible explanation for the highly conserved gene order might be the existence of a regulator not located immediately next to its corresponding gene but further away since a relocation or inversion would possibly interrupt this interaction. Different ParaHox clusters were found to have experienced differential gene loss in teleosts. Yet the complete set of these homeobox genes was maintained, albeit distributed over almost twice the number of chromosomes. Selection due to dosage effects and/or stoichiometric disturbance might act more strongly to maintain a modal number of homeobox genes (and possibly transcription factors more generally) per genome, yet permit the accumulation of other (non regulatory) genes associated with these homeobox gene clusters.

Prenatal detection of rare chromosomal autosomal abnormalities in Europe.

The aim of the present study was to evaluate the prenatal detection of rare chromosomal autosomal abnormalities by ultrasound (US) examination. Data were obtained from 19 congenital malformation registries from 11 European countries, between 01/07/96 and 31/12/98. A total of 664,340 births were covered and 7,758 cases with congenital malformations were recorded. Rare autosomal abnormalities were diagnosed in 114 cases (6.6%) from a total of 1,738 chromosome abnormalities. There were a wide variety of autosomal abnormalities: the most common were deletions (33 cases), duplications (32 cases), trisomies of chromosomes 8, 9, 10, 14, 15, and 16 (23 cases), and unbalanced rearrangements (19 cases). Out of these cases, 45.6% were detected prenatally by US examination due to the presence of congenital anomaly. As for the types of chromosomal anomaly, unbalanced rearrangements and deletions were the most frequently detected by US. A high percentage of cases with balanced rearrangements were associated with severe congenital anomalies. The most frequent congenital anomalies detected by US were cystic hygroma (20.6%), central nervous system defects (17.6%), cardiac defects (13.2%), and diaphragm defects (10.3%). This large series offers useful information about prenatal diagnosis by US of congenital defects associated with rare autosomal abnormalities and it provides a valuable knowledge about outcome. Fetal anomalies detected by US that were associated with rare autosomal abnormalities were significantly more frequent than those associated with common chromosomal abnormalities (45.6 vs. 34.7%). This study indicates the need to increase the detection of congenital anomalies by US.

Molecular genetics of rare hereditary diseases via genome-wide and integrated approaches

ABSTRACTThe Online Mendelian Inheritance in Man database (OMIM) reports about 3000 Mendelian diseases of known causal gene and about 2000 that remain to be mapped. These cases are often difficult to solve because of the rareness of the disease, the structure of the family (too big or too small) or the heterogeneity of the phenotype. The goal of this thesis is to explore the current genetic tools, before the advent of ultra high throughput sequencing, and integrate them in the attempt to map the genes behind the four studied cases. In this framework we have studied a small family with a recessive disease, a modifier gene for the penetrance of a dominant mutation, a large extended family with a cardiac phenotype and clinical and/or allelic heterogeneity and we have molecularly analyzed a balanced chromosomal translocation.RESUMELa base de données des maladies à transmission mendélienne, Online Mendelian Inheritance in Man (OMIM), contient environ 3000 affections à caractère mendélien pour lesquelles le gène responsable est connu et environ 2000 qui restent à élucider.Les cas restant à résoudre sont souvent difficiles soit par le caractère intrinsèquement rare de ces maladies soit à cause de difficultés structurelles (famille trop petite ou trop étendue) ou hétérogénéité du phénotype ou génétique. Cette thèse s'inscrit avant l'arrivée des nouveaux outils de séquençage à haut débit. Son but est d'explorer les outils génétiques actuels, et de les intégrer pour trouver les gènes impliqués dans quatre cas représentant chacun une situation génétique différente : nous avons étudié une famille de quatre individus avec une transmission récessive, recherché un gène modificateur de la pénétrance de mutations dominantes, étudié une famille étendue présentant un phénotype cardiaque cliniquement et/ou allèliquement hétérogène et nous avons fait l'analyse moléculaire d'une translocation chromosomique balancée.

Overcoming the rare species modelling paradox: test of a novel hierarchical framework with an Iberian endemic plant

Rare species have restricted geographic ranges, habitat specialization, and/or small population sizes. Datasets on rare species distribution usually have few observations, limited spatial accuracy and lack of valid absences; conversely they provide comprehensive views of species distributions allowing to realistically capture most of their realized environmental niche. Rare species are the most in need of predictive distribution modelling but also the most difficult to model. We refer to this contrast as the "rare species modelling paradox" and propose as a solution developing modelling approaches that deal with a sufficiently large set of predictors, ensuring that statistical models aren't overfitted. Our novel approach fulfils this condition by fitting a large number of bivariate models and averaging them with a weighted ensemble approach. We further propose that this ensemble forecasting is conducted within a hierarchic multi-scale framework. We present two ensemble models for a test species, one at regional and one at local scale, each based on the combination of 630 models. In both cases, we obtained excellent spatial projections, unusual when modelling rare species. Model results highlight, from a statistically sound approach, the effects of multiple drivers in a same modelling framework and at two distinct scales. From this added information, regional models can support accurate forecasts of range dynamics under climate change scenarios, whereas local models allow the assessment of isolated or synergistic impacts of changes in multiple predictors. This novel framework provides a baseline for adaptive conservation, management and monitoring of rare species at distinct spatial and temporal scales.

Type A quadricuspid aortic valve and ascending aorta aneurysm: a rare combination.

Quadricuspid aortic valve (QAV) is a rare congenital anomaly associated with aortic valve insufficiency and significant morbidity, and requires the replacement or, rarely, the repair of the malfunctioning heart valve. A QAV associated with an ascending aorta aneurysm is an extremely rare anatomic combination with a hypothetical, but not clear, shared embryological etiology. To date, only two cases of type B QAV with ascending aorta aneurysm have been reported. Herein is described the first ever case of a 38-year-old male suffering from severe symptomatic aortic valve regurgitation due to a type A QAV, associated with an ascending aorta aneurism, who underwent a successful combined replacement of the aortic valve and ascending aorta.

Using environmental niche modeling to understand biological invasions in a changing world

L'activité humaine affecte particulièrement la biodiversité, qui décline à une vitesse préoccupante. Parmi les facteurs réduisant la biodiversité, on trouve les espèces envahissantes. Symptomatiques d'un monde globalisé où l'échange se fait à l'échelle de la planète, certaines espèces, animales ou végétales, sont introduites, volontairement ou accidentellement par l'activité humaine (par exemple lors des échanges commerciaux ou par les voyageurs). Ainsi, ces espèces atteignent des régions qu'elles n'auraient jamais pu coloniser naturellement. Une fois introduites, l'absence de compétiteur peut les rendre particulièrement nuisibles. Ces nuisances sont plus ou moins directes, allant de problèmes sanitaires (p. ex. les piqûres très aigües des fourmis de feu, originaires d'Amérique du Sud et colonisant à une vitesse fulgurante les USA, l'Australie ou la Chine) à des nuisances sur la biodiversité (p. ex. les ravages de la perche du Nil sur la diversité unique des poissons Cichlidés du Lac Victoria). Il est donc important de pouvoir prévenir de telles introductions. De plus, pour le biologiste, ces espèces représentent une rare occasion de pouvoir comprendre les mécanismes évolutifs et écologiques qui expliquent le succès des envahissantes dans un monde où les équilibres sont bouleversés. Les modèles de niche environnementale sont un outil particulièrement utile dans le cadre de cette problématique. En reliant des observations d'espèces aux conditions environnementales où elles se trouvent, ils peuvent prédire la distribution potentielle des envahissantes, permettant d'anticiper et de mieux limiter leur impact. Toutefois, ils reposent sur des hypothèses pas évidentes à démontrer. L'une d'entre elle étant que la niche d'une espèce reste constante dans le temps, et dans l'espace. Le premier objectif de mon travail est de comparer si la niche d'une espèce envahissante diffère entre sa distribution d'origine native et celle d'origine introduite. En étudiant 50 espèces de plantes et 168 espèces de Mammifères, je démontre que c'est le cas et que par corolaire, il est possible de prédire leurs distributions. La deuxième partie de mon travail consiste à comprendre quelles seront les interactions entre le changement climatiques et les envahissantes, afin d'estimer leur impact sous un climat réchauffé. En étudiant la distribution de 49 espèces de plantes envahissantes, je démontre que les montagnes, régions relativement préservée par ce problème, deviendront bien plus exposées aux risques d'invasions biologiques. J'expose aussi comment les interactions entre l'activité humaine, le réchauffement climatique et les espèces envahissantes menacent la vigne sauvage en Europe et propose des zones géographiques particulièrement adaptée pour sa conservation. Enfin, à une échelle beaucoup plus locale, je montre qu'il est possible d'utiliser ces modèles de niches le long d'une rivière à une échelle extrêmement fine (1 mètre), potentiellement utile pour rationnaliser des mesures de conservations sur le terrain. - Biodiversity is significantly negatively affected by human activity. Invasive species are one of the most important factors causing biodiversity's decline. Intimately linked to the era of global trade, some plant or animal species can be accidentally or casually introduced with human activity (e.g. trade or travel). In this way, these species reach areas they could never reach through natural dispersal. Once naturalized, the lack of competitors can make these species highly noxious. Their effect is more or less direct, from sanitary problems (e.g. the harmful sting of Fire Ants, originating from South America and now spreading throughout USA, China and Australia) or can affect biodiversity (e.g. the Nile perch, devastating the one of the richest hotspot of Cichlid fishes diversity in Lake Victoria). It is thus important to prevent such harmful introductions. Moreover, invasive species represent for biologists one of the rare occasions to understand the evolutionary and ecological mechanisms behind the success of invaders in a world where natural equilibrium is already disturbed. Environmental niche models are particularly useful to tackle this problematic. By relating species observation to the environmental conditions where they occur, they can predict the potential distribution of invasive species, allowing a better anticipation and thus limiting their impact. However, they rely on strong assumption, one of the most important being that the modeled niche remains constant through space and time. The first aim of my thesis is to quantify the difference between the native and the invaded niche. By investigating 50 plant and 168 mammal species, I show that the niche is at least partially conserved, supporting for reliable predictions of invasive' s potential distributions. The second aim of my thesis is to understand the possible interactions between climate change and invasive species, such as to assess their impact under a warmer climate. By studying 49 invasive plant species, I show that mountain areas, which were relatively preserved, will become more suitable for biological invasions. Additionally, I show how interactions between human activity, global warming and invasive species are threatening the wild grapevine in Europe and propose geographical areas particularly adapted for conservation measures. Finally, at a much finer scale where conservation plannings ultimately take place, I show that it is possible to model the niche at very high resolution (1 meter) in an alluvial area allowing better prioritizations for conservation.

A dramatic lung cancer course in a patient with a rare EGFR germline mutation exon 21 V843I: Is EGFR TKI resistance predictable?

We report on the medical history of a Caucasian smoker woman diagnosed with a stage IV NSCLC adenocarcinoma, characterized by a rare epidermal growth factor receptor (EGFR) point mutation in exon 21 codon 843 (p.V843I/c.2527G>A/COSMIC ID 85894). This genetic alteration revealed to be germline, after its presence was demonstrated in chondroblasts from the bone biopsy. While it is the first description of germline V843I mutation without concomitant additional known EGFR activating mutation, we modeled the EGFR ATP catalytic domain in complex with ATP, gefitinib and erlotinib using computer-aided approaches to estimate possible changes in affinity upon the V843I mutation.