Updated response assessment criteria for high-grade gliomas: response assessment in neuro-oncology working group.

Currently, the most widely used criteria for assessing response to therapy in high-grade gliomas are based on two-dimensional tumor measurements on computed tomography (CT) or magnetic resonance imaging (MRI), in conjunction with clinical assessment and corticosteroid dose (the Macdonald Criteria). It is increasingly apparent that there are significant limitations to these criteria, which only address the contrast-enhancing component of the tumor. For example, chemoradiotherapy for newly diagnosed glioblastomas results in transient increase in tumor enhancement (pseudoprogression) in 20% to 30% of patients, which is difficult to differentiate from true tumor progression. Antiangiogenic agents produce high radiographic response rates, as defined by a rapid decrease in contrast enhancement on CT/MRI that occurs within days of initiation of treatment and that is partly a result of reduced vascular permeability to contrast agents rather than a true antitumor effect. In addition, a subset of patients treated with antiangiogenic agents develop tumor recurrence characterized by an increase in the nonenhancing component depicted on T2-weighted/fluid-attenuated inversion recovery sequences. The recognition that contrast enhancement is nonspecific and may not always be a true surrogate of tumor response and the need to account for the nonenhancing component of the tumor mandate that new criteria be developed and validated to permit accurate assessment of the efficacy of novel therapies. The Response Assessment in Neuro-Oncology Working Group is an international effort to develop new standardized response criteria for clinical trials in brain tumors. In this proposal, we present the recommendations for updated response criteria for high-grade gliomas.

SYSGENET: a meeting report from a new European network for systems genetics.

The first scientific meeting of the newly established European SYSGENET network took place at the Helmholtz Centre for Infection Research (HZI) in Braunschweig, April 7-9, 2010. About 50 researchers working in the field of systems genetics using mouse genetic reference populations (GRP) participated in the meeting and exchanged their results, phenotyping approaches, and data analysis tools for studying systems genetics. In addition, the future of GRP resources and phenotyping in Europe was discussed.

International Society of Urological Pathology (ISUP) Consensus Conference on Handling and Staging of Radical Prostatectomy Specimens. Working group 5: surgical margins.

The 2009 International Society of Urological Pathology Consensus Conference in Boston, made recommendations regarding the standardization of pathology reporting of radical prostatectomy specimens. Issues relating to surgical margin assessment were coordinated by working group 5. Pathologists agreed that tumor extending close to the 'capsular' margin, yet not to it, should be reported as a negative margin, and that locations of positive margins should be indicated as either posterior, posterolateral, lateral, anterior at the prostatic apex, mid-prostate or base. Other items of consensus included specifying the extent of any positive margin as millimeters of involvement; tumor in skeletal muscle at the apical perpendicular margin section, in the absence of accompanying benign glands, to be considered organ confined; and that proximal and distal margins be uniformly referred to as bladder neck and prostatic apex, respectively. Grading of tumor at positive margins was to be left to the discretion of the reporting pathologists. There was no consensus as to how the surgical margin should be regarded when tumor is present at the inked edge of the tissue, in the absence of transected benign glands at the apical margin. Pathologists also did not achieve agreement on the reporting approach to benign prostatic glands at an inked surgical margin in which no carcinoma is present.

Species distribution models for conservation-oriented studies in Switzerland : filling data and tools gaps

SUMMARYSpecies distribution models (SDMs) represent nowadays an essential tool in the research fields of ecology and conservation biology. By combining observations of species occurrence or abundance with information on the environmental characteristic of the observation sites, they can provide information on the ecology of species, predict their distributions across the landscape or extrapolate them to other spatial or time frames. The advent of SDMs, supported by geographic information systems (GIS), new developments in statistical models and constantly increasing computational capacities, has revolutionized the way ecologists can comprehend species distributions in their environment. SDMs have brought the tool that allows describing species realized niches across a multivariate environmental space and predict their spatial distribution. Predictions, in the form of probabilistic maps showing the potential distribution of the species, are an irreplaceable mean to inform every single unit of a territory about its biodiversity potential. SDMs and the corresponding spatial predictions can be used to plan conservation actions for particular species, to design field surveys, to assess the risks related to the spread of invasive species, to select reserve locations and design reserve networks, and ultimately, to forecast distributional changes according to scenarios of climate and/or land use change.By assessing the effect of several factors on model performance and on the accuracy of spatial predictions, this thesis aims at improving techniques and data available for distribution modelling and at providing the best possible information to conservation managers to support their decisions and action plans for the conservation of biodiversity in Switzerland and beyond. Several monitoring programs have been put in place from the national to the global scale, and different sources of data now exist and start to be available to researchers who want to model species distribution. However, because of the lack of means, data are often not gathered at an appropriate resolution, are sampled only over limited areas, are not spatially explicit or do not provide a sound biological information. A typical example of this is data on 'habitat' (sensu biota). Even though this is essential information for an effective conservation planning, it often has to be approximated from land use, the closest available information. Moreover, data are often not sampled according to an established sampling design, which can lead to biased samples and consequently to spurious modelling results. Understanding the sources of variability linked to the different phases of the modelling process and their importance is crucial in order to evaluate the final distribution maps that are to be used for conservation purposes.The research presented in this thesis was essentially conducted within the framework of the Landspot Project, a project supported by the Swiss National Science Foundation. The main goal of the project was to assess the possible contribution of pre-modelled 'habitat' units to model the distribution of animal species, in particular butterfly species, across Switzerland. While pursuing this goal, different aspects of data quality, sampling design and modelling process were addressed and improved, and implications for conservation discussed. The main 'habitat' units considered in this thesis are grassland and forest communities of natural and anthropogenic origin as defined in the typology of habitats for Switzerland. These communities are mainly defined at the phytosociological level of the alliance. For the time being, no comprehensive map of such communities is available at the national scale and at fine resolution. As a first step, it was therefore necessary to create distribution models and maps for these communities across Switzerland and thus to gather and collect the necessary data. In order to reach this first objective, several new developments were necessary such as the definition of expert models, the classification of the Swiss territory in environmental domains, the design of an environmentally stratified sampling of the target vegetation units across Switzerland, the development of a database integrating a decision-support system assisting in the classification of the relevés, and the downscaling of the land use/cover data from 100 m to 25 m resolution.The main contributions of this thesis to the discipline of species distribution modelling (SDM) are assembled in four main scientific papers. In the first, published in Journal of Riogeography different issues related to the modelling process itself are investigated. First is assessed the effect of five different stepwise selection methods on model performance, stability and parsimony, using data of the forest inventory of State of Vaud. In the same paper are also assessed: the effect of weighting absences to ensure a prevalence of 0.5 prior to model calibration; the effect of limiting absences beyond the environmental envelope defined by presences; four different methods for incorporating spatial autocorrelation; and finally, the effect of integrating predictor interactions. Results allowed to specifically enhance the GRASP tool (Generalized Regression Analysis and Spatial Predictions) that now incorporates new selection methods and the possibility of dealing with interactions among predictors as well as spatial autocorrelation. The contribution of different sources of remotely sensed information to species distribution models was also assessed. The second paper (to be submitted) explores the combined effects of sample size and data post-stratification on the accuracy of models using data on grassland distribution across Switzerland collected within the framework of the Landspot project and supplemented with other important vegetation databases. For the stratification of the data, different spatial frameworks were compared. In particular, environmental stratification by Swiss Environmental Domains was compared to geographical stratification either by biogeographic regions or political states (cantons). The third paper (to be submitted) assesses the contribution of pre- modelled vegetation communities to the modelling of fauna. It is a two-steps approach that combines the disciplines of community ecology and spatial ecology and integrates their corresponding concepts of habitat. First are modelled vegetation communities per se and then these 'habitat' units are used in order to model animal species habitat. A case study is presented with grassland communities and butterfly species. Different ways of integrating vegetation information in the models of butterfly distribution were also evaluated. Finally, a glimpse to climate change is given in the fourth paper, recently published in Ecological Modelling. This paper proposes a conceptual framework for analysing range shifts, namely a catalogue of the possible patterns of change in the distribution of a species along elevational or other environmental gradients and an improved quantitative methodology to identify and objectively describe these patterns. The methodology was developed using data from the Swiss national common breeding bird survey and the article presents results concerning the observed shifts in the elevational distribution of breeding birds in Switzerland.The overall objective of this thesis is to improve species distribution models as potential inputs for different conservation tools (e.g. red lists, ecological networks, risk assessment of the spread of invasive species, vulnerability assessment in the context of climate change). While no conservation issues or tools are directly tested in this thesis, the importance of the proposed improvements made in species distribution modelling is discussed in the context of the selection of reserve networks.RESUMELes modèles de distribution d'espèces (SDMs) représentent aujourd'hui un outil essentiel dans les domaines de recherche de l'écologie et de la biologie de la conservation. En combinant les observations de la présence des espèces ou de leur abondance avec des informations sur les caractéristiques environnementales des sites d'observation, ces modèles peuvent fournir des informations sur l'écologie des espèces, prédire leur distribution à travers le paysage ou l'extrapoler dans l'espace et le temps. Le déploiement des SDMs, soutenu par les systèmes d'information géographique (SIG), les nouveaux développements dans les modèles statistiques, ainsi que la constante augmentation des capacités de calcul, a révolutionné la façon dont les écologistes peuvent comprendre la distribution des espèces dans leur environnement. Les SDMs ont apporté l'outil qui permet de décrire la niche réalisée des espèces dans un espace environnemental multivarié et prédire leur distribution spatiale. Les prédictions, sous forme de carte probabilistes montrant la distribution potentielle de l'espèce, sont un moyen irremplaçable d'informer chaque unité du territoire de sa biodiversité potentielle. Les SDMs et les prédictions spatiales correspondantes peuvent être utilisés pour planifier des mesures de conservation pour des espèces particulières, pour concevoir des plans d'échantillonnage, pour évaluer les risques liés à la propagation d'espèces envahissantes, pour choisir l'emplacement de réserves et les mettre en réseau, et finalement, pour prévoir les changements de répartition en fonction de scénarios de changement climatique et/ou d'utilisation du sol. En évaluant l'effet de plusieurs facteurs sur la performance des modèles et sur la précision des prédictions spatiales, cette thèse vise à améliorer les techniques et les données disponibles pour la modélisation de la distribution des espèces et à fournir la meilleure information possible aux gestionnaires pour appuyer leurs décisions et leurs plans d'action pour la conservation de la biodiversité en Suisse et au-delà. Plusieurs programmes de surveillance ont été mis en place de l'échelle nationale à l'échelle globale, et différentes sources de données sont désormais disponibles pour les chercheurs qui veulent modéliser la distribution des espèces. Toutefois, en raison du manque de moyens, les données sont souvent collectées à une résolution inappropriée, sont échantillonnées sur des zones limitées, ne sont pas spatialement explicites ou ne fournissent pas une information écologique suffisante. Un exemple typique est fourni par les données sur 'l'habitat' (sensu biota). Même s'il s'agit d'une information essentielle pour des mesures de conservation efficaces, elle est souvent approximée par l'utilisation du sol, l'information qui s'en approche le plus. En outre, les données ne sont souvent pas échantillonnées selon un plan d'échantillonnage établi, ce qui biaise les échantillons et par conséquent les résultats de la modélisation. Comprendre les sources de variabilité liées aux différentes phases du processus de modélisation s'avère crucial afin d'évaluer l'utilisation des cartes de distribution prédites à des fins de conservation.La recherche présentée dans cette thèse a été essentiellement menée dans le cadre du projet Landspot, un projet soutenu par le Fond National Suisse pour la Recherche. L'objectif principal de ce projet était d'évaluer la contribution d'unités 'd'habitat' pré-modélisées pour modéliser la répartition des espèces animales, notamment de papillons, à travers la Suisse. Tout en poursuivant cet objectif, différents aspects touchant à la qualité des données, au plan d'échantillonnage et au processus de modélisation sont abordés et améliorés, et leurs implications pour la conservation des espèces discutées. Les principaux 'habitats' considérés dans cette thèse sont des communautés de prairie et de forêt d'origine naturelle et anthropique telles que définies dans la typologie des habitats de Suisse. Ces communautés sont principalement définies au niveau phytosociologique de l'alliance. Pour l'instant aucune carte de la distribution de ces communautés n'est disponible à l'échelle nationale et à résolution fine. Dans un premier temps, il a donc été nécessaire de créer des modèles de distribution de ces communautés à travers la Suisse et par conséquent de recueillir les données nécessaires. Afin d'atteindre ce premier objectif, plusieurs nouveaux développements ont été nécessaires, tels que la définition de modèles experts, la classification du territoire suisse en domaines environnementaux, la conception d'un échantillonnage environnementalement stratifié des unités de végétation cibles dans toute la Suisse, la création d'une base de données intégrant un système d'aide à la décision pour la classification des relevés, et le « downscaling » des données de couverture du sol de 100 m à 25 m de résolution. Les principales contributions de cette thèse à la discipline de la modélisation de la distribution d'espèces (SDM) sont rassemblées dans quatre articles scientifiques. Dans le premier article, publié dans le Journal of Biogeography, différentes questions liées au processus de modélisation sont étudiées en utilisant les données de l'inventaire forestier de l'Etat de Vaud. Tout d'abord sont évalués les effets de cinq méthodes de sélection pas-à-pas sur la performance, la stabilité et la parcimonie des modèles. Dans le même article sont également évalués: l'effet de la pondération des absences afin d'assurer une prévalence de 0.5 lors de la calibration du modèle; l'effet de limiter les absences au-delà de l'enveloppe définie par les présences; quatre méthodes différentes pour l'intégration de l'autocorrélation spatiale; et enfin, l'effet de l'intégration d'interactions entre facteurs. Les résultats présentés dans cet article ont permis d'améliorer l'outil GRASP qui intègre désonnais de nouvelles méthodes de sélection et la possibilité de traiter les interactions entre variables explicatives, ainsi que l'autocorrélation spatiale. La contribution de différentes sources de données issues de la télédétection a également été évaluée. Le deuxième article (en voie de soumission) explore les effets combinés de la taille de l'échantillon et de la post-stratification sur le la précision des modèles. Les données utilisées ici sont celles concernant la répartition des prairies de Suisse recueillies dans le cadre du projet Landspot et complétées par d'autres sources. Pour la stratification des données, différents cadres spatiaux ont été comparés. En particulier, la stratification environnementale par les domaines environnementaux de Suisse a été comparée à la stratification géographique par les régions biogéographiques ou par les cantons. Le troisième article (en voie de soumission) évalue la contribution de communautés végétales pré-modélisées à la modélisation de la faune. C'est une approche en deux étapes qui combine les disciplines de l'écologie des communautés et de l'écologie spatiale en intégrant leurs concepts de 'habitat' respectifs. Les communautés végétales sont modélisées d'abord, puis ces unités de 'habitat' sont utilisées pour modéliser les espèces animales. Une étude de cas est présentée avec des communautés prairiales et des espèces de papillons. Différentes façons d'intégrer l'information sur la végétation dans les modèles de répartition des papillons sont évaluées. Enfin, un clin d'oeil aux changements climatiques dans le dernier article, publié dans Ecological Modelling. Cet article propose un cadre conceptuel pour l'analyse des changements dans la distribution des espèces qui comprend notamment un catalogue des différentes formes possibles de changement le long d'un gradient d'élévation ou autre gradient environnemental, et une méthode quantitative améliorée pour identifier et décrire ces déplacements. Cette méthodologie a été développée en utilisant des données issues du monitoring des oiseaux nicheurs répandus et l'article présente les résultats concernant les déplacements observés dans la distribution altitudinale des oiseaux nicheurs en Suisse.L'objectif général de cette thèse est d'améliorer les modèles de distribution des espèces en tant que source d'information possible pour les différents outils de conservation (par exemple, listes rouges, réseaux écologiques, évaluation des risques de propagation d'espèces envahissantes, évaluation de la vulnérabilité des espèces dans le contexte de changement climatique). Bien que ces questions de conservation ne soient pas directement testées dans cette thèse, l'importance des améliorations proposées pour la modélisation de la distribution des espèces est discutée à la fin de ce travail dans le contexte de la sélection de réseaux de réserves.

La reconnaissance des troubles musculo-squelettiques (TMS) comme maladies professionnelles: controverses sociales et trajectoires personnelles

La reconnaissance des troubles musculo-squelettiques (TMS) comme maladies professionnelles : controverses sociales et trajectoires personnelles¦Les TMS sont actuellement considérés comme des problèmes majeurs de santé au travail, mais leur reconnaissance comme maladies professionnelles reste controversée. L'objectif central de cette thèse est de comprendre, dans une perspective de psychologie socio-culturelle intégrant certains apports de la sociologie interactionniste, les conséquences que cette situation peut avoir pour des travailleuses et travailleurs souffrant de ces affections. Au préalable, il s'agira de saisir comment se constituent les controverses sur les TMS et pourquoi ces derniers sont si rarement reconnus comme maladies professionnelles en Suisse. Les principales données sont constituées de documents institutionnels et d'entretiens avec des ouvrières et ouvriers atteints de TMS.¦Les résultats montrent que les enjeux de la reconnaissance des maladies professionnelles ne se limitent pas aux prestations d'assurance et à la prise en charge des coûts engendrés par les maladies. En effet, leur non-reconnaissance contribue à définir les TMS comme des problèmes personnels plutôt que professionnels, ce qui peut entraver les capacités des ouvrières et ouvriers à agir sur leurs conditions de travail. En outre, les explications qui circulent sur les TMS par le biais de discours institutionnels ou informels ont des conséquences sur la manière dont une personne appréhende sa propre maladie. Ces explications de la maladie peuvent être des outils de compréhension, mais aussi contribuer à définir l'identité de la personne malade. Dans ce cas, la reconnaissance du caractère professionnel de la maladie touche aussi à des questions de reconnaissance sociale.¦MSDs are currently considered major occupational health problems, but their recognition as occupational illnesses remains controversial. The central objective of the thesis is to grasp, from a socio-cultural psychology perspective that integrates certain contributions of interactionist sociology, the consequences that these circumstances can have for workers suffering from such ailments. Further, the thesis first aims to understand how controversies about MSDs emerge and why these disorders are so rarely recognized as occupational illnesses in Switzerland. Most of the data used stems from institutional documents and from interviews with workers suffering from MSDs.¦The results show that the stakes of recognizing occupational illnesses are not limited to issues of insurance benefits and the coverage of costs generated by the disorders. In fact, the non-recognition of MSDs contributes to their characterization as personal rather than professional problems, which can in turn impede workers' ability to act to change their working conditions. Furthermore, accounts of and explanations about MSDs circulating by means of institutional or informal discourse have consequences on the way a person may perceive his or her own illness. Such explanations of the illness can be tools for understanding it, but they may also contribute to defining the identity of the affected person. In this case, the recognition of the occupational nature of the illness is also closely related to questions of social recognition.

International Society of Urological Pathology (ISUP) Consensus Conference on Handling and Staging of Radical Prostatectomy Specimens. Working group 3: extraprostatic extension, lymphovascular invasion and locally advanced disease.

The International Society of Urological Pathology Consensus Conference on Handling and Staging of Radical Prostatectomy Specimens in Boston made recommendations regarding the standardization of pathology reporting of radical prostatectomy specimens. Issues relating to extraprostatic extension (pT3a disease), bladder neck invasion, lymphovascular invasion and the definition of pT4 were coordinated by working group 3. It was agreed that prostate cancer can be categorized as pT3a in the absence of adipose tissue involvement when cancer bulges beyond the contour of the gland or beyond the condensed smooth muscle of the prostate at posterior and posterolateral sites. Extraprostatic extension can also be identified anteriorly. It was agreed that the location of extraprostatic extension should be reported. Although there was consensus that the amount of extraprostatic extension should be quantitated, there was no agreement as to which method of quantitation should be employed. There was overwhelming consensus that microscopic urinary bladder neck invasion by carcinoma should be reported as stage pT3a and that lymphovascular invasion by carcinoma should be reported. It is recommended that these elements are considered in the development of practice guidelines and in the daily practice of urological surgical pathology.

Encoding dysfunctions in a dynamic-static paradigm for visuospatial working memory in first-episode psychosis patients: a 2-year follow-up study.

Aim: To investigate static and dynamic visuospatial working memory (VSWM) processes in first-episode psychosis (FEP) patients and explore the validity of such measures as specific trait markers of schizophrenia. Methods: Twenty FEP patients and 20 age-, sex-, laterality- and education-matched controls carried out a dynamic and static VSWM paradigm. At 2-year follow up 13 patients met Diagnostic and Statistical Manual (of Mental Health Disorders) - Fourth Edition (DSM-IV) criteria for schizophrenia, 1 for bipolar disorder, 1 for brief psychotic episode and 5 for schizotypal personality disorder. Results: Compared with controls, the 20 FEP patients showed severe impairment in the dynamic VSWM condition but much less impairment in the static condition. No specific bias in stimulus selection was detected in the two tasks. Two-year follow-up evaluations suggested poorer baseline scores on the dynamic task clearly differentiated the 13 FEP patients who developed schizophrenia from the seven who did not. Conclusions: Results suggest deficits in VSWM in FEP patients. Specific exploratory analyses further suggest that deficit in monitoring-manipulation VSWM processes, especially involved in our dynamic VSWM task, can be a reliable marker of schizophrenia.

Genomics of "chlamydia"-related bacteria

AbstractThe Chlamydiales order is an important bacterial phylum that comprises some of the most successful human pathogens such as Chlamydia trachomatis, the leading infectious cause of blindness worldwide. Since some years, several new bacteria related to Chlamydia have been discovered in clinical or environmental samples and might represent emerging pathogens. The genome sequencing of classical Chlamydia has brought invaluable information on these obligate intracellular bacteria otherwise difficult to study due to the lack of tools to perform basic genetic manipulation. The recent emergence of high-throughput sequencing technologies yielding millions of reads in a short time lowered the costs of genome sequencing and thus represented a unique opportunity to study Chlamydia-re\ated bacteria. Based on the sequencing and the analysis of Chlamydiales genomes, this thesis provides significant insights into the genetic determinants of the intracellular lifestyle, the pathogenicity, the metabolism and the evolution of Chlamydia-related bacteria. A first approach showed the efficacy of rapid sequencing coupled to proteomics to identify immunogenic proteins. This method, particularly useful for an emerging pathogen such as Parachlamydia acanthamoebae, enabled us to discover good candidates for the development of diagnostic tools that would permit to evaluate at larger scale the role of this bacterium in disease. Second, the complete genome of Waddlia chondrophila, a potential agent of miscarriage, encodes numerous virulence factors to manipulate its host cell and resist to environmental stresses. The reconstruction of metabolic pathways showed that the bacterium possesses extensive capabilities compared to related organisms. However, it is still incapable of synthesizing some essential components and thus has to import them from its host. Third, the genome comparison of Protochlamydia naegleriophila to its closest known relative Protochlamydia amoebophila revealed a particular evolutionary dynamic with the occurrence of an unexpected genome rearrangement. Fourth, a phylogenetic analysis of P. acanthamoebae and Legionella drancourtii identified several genes probably exchanged by horizontal gene transfer with other intracellular bacteria that might occur within their amoebal host. These genes often encode mechanisms for resistance to metal or toxic compounds. As a whole, the analysis of the different genomes enabled us to highlight a large diversity in size, GC percentage, repeat content as well as plasmid organization. The abundant genomic data obtained during this thesis have a wide impact since they provide the necessary bases for detailed investigations on countless aspects of the biology and the evolution of Chlamydia-related bacteria, whether in wet lab or by bioinformatical analyses.RésuméL'ordre des Chlamydiales est un important phylum bactérien qui comprend de nombreuses espèces pathogènes pour l'homme et les animaux, dont Chlamydia trachomatis, responsable du trachome, la cause majeure de cécité d'origine infectieuse à travers le monde. Durant ces dernières décennies, de nombreuses bactéries apparentées aux Chlamydia ont été découvertes dans des échantillons environnementaux ou cliniques mais leur éventuel rôle pathogène dans le développement de maladies reste peu connu. Ces bactéries sont des intracellulaires obligatoires car elles ont besoin d'une cellule hôte pour se multiplier, ce qui rend leur étude particulièrement difficile. Le développement de nouvelles technologies permettant de séquencer le génome d'un organisme rapidement et à moindre coût ainsi que l'essor des méthodes d'analyse s'y rapportant représentent une opportunité exceptionnelle d'étudier ces organismes. Dans ce contexte, cette thèse démontre l'utilité de la génomique pour développer de nouveaux outils diagnostiques ainsi que pour étudier le métabolisme de ces bactéries, leurs facteurs de virulence et leur évolution.Ainsi, une première approche a illustré l'utilité d'un séquençage rapide pour obtenir les informations nécessaires à l'identification de protéines qui sont reconnues par des anticorps humains ou animaux. Cette méthode, particulièrement utile pour un pathogène émergent tel que Parachlamydia acanthamoebae, a permis de découvrir de bons candidats pour le développement d'un outil diagnostique qui permettrait d'évaluer à plus large échelle le rôle de cette bactérie notamment dans la pneumonie. L'analyse du contenu génique de Waddlia chondrophila, un autre germe qui pourrait être impliqué dans les avortements et tes fausses-couches, a en outre mis en évidence la présence de nombreux facteurs connus qui lui permettent de manipuler son hôte. Cette bactérie possède de plus grandes capacités métaboliques que les autres Chlamydia, mais elle est incapable de synthétiser certains composants et doit donc les importer de son hôte pour subvenir à ses besoins. La comparaison du génome de Protochlamydia naegleriophila à son plus proche parent, Protochlamydia amoebophila, a dévoilé une évolution dynamique particulière avec l'occurrence d'un réarrangement majeur inattendu après la séparation de ces deux espèces. En outre, ces études ont montré l'occurrence de plusieurs transferts de gène avec d'autres organismes plus éloignés, notamment d'autres intracellulaires d'amibes, souvent pour l'acquisition de mécanismes de résistances à des composés toxiques. Les données génomiques acquises durant ce travail posent les fondements nécessaires a de nombreuses analyses qui permettront progressivement de mieux comprendre de nombreux aspects de ces bactéries fascinantes.

Long-term stability of retinal function despite retained intraocular metallic foreign body.

BACKGROUND: Persisting metallic intraocular foreign bodies (IOFB) with a ferrous content have been associated with ocular siderosis and retinal degeneration. We describe two patients in whom a metallic IOFB containing iron was left embedded for many years in the choroid and sclera after having penetrated through the vitreous and the retina. HISTORY AND SIGNS: Two male patients, aged 41 and 48 years, presented with a metallic IOFB sustained during a work accident involving metal tools. THERAPY AND OUTCOME: For the first patient it was deemed unwise to operate, as the IOFB was also lodged very deeply in the choroid and sclera in the inferior temporal quadrant. The second patient underwent pars plana vitrectomy, but the IOFB could not be removed surgically as it was too deeply embedded in the sclera and choroid. After a period of 6 years (Case 1) and 4 years (Case 2) of follow-up, visual acuity remained at 1.0 and the IOFB was encased in a fibrotic capsule in both cases. Full-field and multifocal electroretinograms showed an inter-ocular asymmetry at baseline, which remained stable during the follow-up. CONCLUSIONS: Ocular siderosis may not develop in patients with a deeply embedded metallic IOFB. Regular monitoring of both visual function and the electroretinogram is mandatory when the IOFB is left inside the eye.

Generation of polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) during woodworking operations.

Occupational exposures to wood dust have been associated with an elevated risk of sinonasal cancer (SNC). Wood dust is recognized as a human carcinogen but the specific cancer causative agent remains unknown. One possible explanation is a co-exposure to; wood dust and polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs). PAHs could be generated during incomplete combustion of wood due to heat created by use of power tools. To determine if PAHs are generated from wood during common wood working operations, PAH concentrations in wood dust samples collected in an experimental chamber operated under controlled conditions were analyzed. In addition, personal air samples from workers exposed to wood dust (n = 30) were collected. Wood dust was generated using three different power tools: vibrating sander, belt sander, and saw; and six wood materials: fir, Medium Density Fiberboard (MDF), beech, mahogany, oak and wood melamine. Monitoring of wood workers was carried out by means of personal sampler device during wood working operations. We measured 21 PAH concentrations in wood dust samples by capillary gas chromatography-ion trap mass spectrometry (GC-MS). Total PAH concentrations in wood dust varied greatly (0.24-7.95 ppm) with the lowest being in MDF dust and the highest in wood melamine dust. Personal PAH exposures were between 37.5-119.8 ng m(-3) during wood working operations. Our results suggest that PAH exposures are present during woodworking operations and hence could play a role in the mechanism of cancer induction related to wood dust exposure.

Cerebellar transcranial direct current stimulation modulates verbal working memory.

BACKGROUND: Neuroimaging studies show cerebellar activations in a wide range of cognitive tasks and patients with cerebellar lesions often present cognitive deficits suggesting a cerebellar role in higher-order cognition. OBJECTIVE: We used cathodal transcranial direct current stimulation (tDCS), known to inhibit neuronal excitability, over the cerebellum to investigate if cathodal tDCS impairs verbal working memory, an important higher-order cognitive faculty. METHOD: We tested verbal working memory as measured by forward and backward digit spans in 40 healthy young participants before and after applying cathodal tDCS (2 mA, stimulation duration 25 min) to the right cerebellum using a randomized, sham-controlled, double-blind, cross-over design. In addition, we tested the effect of cerebellar tDCS on word reading, finger tapping and a visually cued sensorimotor task. RESULTS: In line with lower digit spans in patients with cerebellar lesions, cerebellar tDCS reduced forward digit spans and blocked the practice dependent increase in backward digit spans. No effects of tDCS on word reading, finger tapping or the visually cued sensorimotor task were found. CONCLUSION: Our results support the view that the cerebellum contributes to verbal working memory as measured by forward and backward digit spans. Moreover, the induction of reversible "virtual cerebellar lesions" in healthy individuals by means of tDCS may improve our understanding of the mechanistic basis of verbal working memory deficits in patients with cerebellar lesions.