New developments and applications in modelling occupational exposure to airborne contaminants

Résumé: L'évaluation de l'exposition aux nuisances professionnelles représente une étape importante dans l'analyse de poste de travail. Les mesures directes sont rarement utilisées sur les lieux même du travail et l'exposition est souvent estimée sur base de jugements d'experts. Il y a donc un besoin important de développer des outils simples et transparents, qui puissent aider les spécialistes en hygiène industrielle dans leur prise de décision quant aux niveaux d'exposition. L'objectif de cette recherche est de développer et d'améliorer les outils de modélisation destinés à prévoir l'exposition. Dans un premier temps, une enquête a été entreprise en Suisse parmi les hygiénistes du travail afin d'identifier les besoins (types des résultats, de modèles et de paramètres observables potentiels). Il a été constaté que les modèles d'exposition ne sont guère employés dans la pratique en Suisse, l'exposition étant principalement estimée sur la base de l'expérience de l'expert. De plus, l'émissions de polluants ainsi que leur dispersion autour de la source ont été considérés comme des paramètres fondamentaux. Pour tester la flexibilité et la précision des modèles d'exposition classiques, des expériences de modélisations ont été effectuées dans des situations concrètes. En particulier, des modèles prédictifs ont été utilisés pour évaluer l'exposition professionnelle au monoxyde de carbone et la comparer aux niveaux d'exposition répertoriés dans la littérature pour des situations similaires. De même, l'exposition aux sprays imperméabilisants a été appréciée dans le contexte d'une étude épidémiologique sur une cohorte suisse. Dans ce cas, certains expériences ont été entreprises pour caractériser le taux de d'émission des sprays imperméabilisants. Ensuite un modèle classique à deux-zone a été employé pour évaluer la dispersion d'aérosol dans le champ proche et lointain pendant l'activité de sprayage. D'autres expériences ont également été effectuées pour acquérir une meilleure compréhension des processus d'émission et de dispersion d'un traceur, en se concentrant sur la caractérisation de l'exposition du champ proche. Un design expérimental a été développé pour effectuer des mesures simultanées dans plusieurs points d'une cabine d'exposition, par des instruments à lecture directe. Il a été constaté que d'un point de vue statistique, la théorie basée sur les compartiments est sensée, bien que l'attribution à un compartiment donné ne pourrait pas se faire sur la base des simples considérations géométriques. Dans une étape suivante, des données expérimentales ont été collectées sur la base des observations faites dans environ 100 lieux de travail différents: des informations sur les déterminants observés ont été associées aux mesures d'exposition des informations sur les déterminants observés ont été associé. Ces différentes données ont été employées pour améliorer le modèle d'exposition à deux zones. Un outil a donc été développé pour inclure des déterminants spécifiques dans le choix du compartiment, renforçant ainsi la fiabilité des prévisions. Toutes ces investigations ont servi à améliorer notre compréhension des outils des modélisations ainsi que leurs limitations. L'intégration de déterminants mieux adaptés aux besoins des experts devrait les inciter à employer cet outil dans leur pratique. D'ailleurs, en augmentant la qualité des outils des modélisations, cette recherche permettra non seulement d'encourager leur utilisation systématique, mais elle pourra également améliorer l'évaluation de l'exposition basée sur les jugements d'experts et, par conséquent, la protection de la santé des travailleurs. Abstract Occupational exposure assessment is an important stage in the management of chemical exposures. Few direct measurements are carried out in workplaces, and exposures are often estimated based on expert judgements. There is therefore a major requirement for simple transparent tools to help occupational health specialists to define exposure levels. The aim of the present research is to develop and improve modelling tools in order to predict exposure levels. In a first step a survey was made among professionals to define their expectations about modelling tools (what types of results, models and potential observable parameters). It was found that models are rarely used in Switzerland and that exposures are mainly estimated from past experiences of the expert. Moreover chemical emissions and their dispersion near the source have also been considered as key parameters. Experimental and modelling studies were also performed in some specific cases in order to test the flexibility and drawbacks of existing tools. In particular, models were applied to assess professional exposure to CO for different situations and compared with the exposure levels found in the literature for similar situations. Further, exposure to waterproofing sprays was studied as part of an epidemiological study on a Swiss cohort. In this case, some laboratory investigation have been undertaken to characterize the waterproofing overspray emission rate. A classical two-zone model was used to assess the aerosol dispersion in the near and far field during spraying. Experiments were also carried out to better understand the processes of emission and dispersion for tracer compounds, focusing on the characterization of near field exposure. An experimental set-up has been developed to perform simultaneous measurements through direct reading instruments in several points. It was mainly found that from a statistical point of view, the compartmental theory makes sense but the attribution to a given compartment could ñó~be done by simple geometric consideration. In a further step the experimental data were completed by observations made in about 100 different workplaces, including exposure measurements and observation of predefined determinants. The various data obtained have been used to improve an existing twocompartment exposure model. A tool was developed to include specific determinants in the choice of the compartment, thus largely improving the reliability of the predictions. All these investigations helped improving our understanding of modelling tools and identify their limitations. The integration of more accessible determinants, which are in accordance with experts needs, may indeed enhance model application for field practice. Moreover, while increasing the quality of modelling tool, this research will not only encourage their systematic use, but might also improve the conditions in which the expert judgments take place, and therefore the workers `health protection.

Quantitative ultrasound for the detection and management of osteoporosis.

Quantitative ultrasound (QUS) appears to be developing into an acceptable, low-cost and readily-accessible alternative to dual X-ray absorptiometry (DXA) measurements of bone mineral density (BMD) in the detection and management of osteoporosis. Perhaps the major difficulty with their widespread use is that many different QUS devices exist that differ substantially from each other, in terms of the parameters they measure and the strength of empirical evidence supporting their use. But another problem is that virtually no data exist outside of Caucasian or Asian populations. In general, heel QUS appears to be most tested and most effective. Some, but not all heel QUS devices are effective assessing fracture risk in some, but not all populations, the evidence being strongest for Caucasian females > 55 years old, though some evidence exists for Asian females > 55 and for Caucasian and Asian males > 70. Certain devices may allow to estimate the likelihood of osteoporosis, but very limited evidence exists supporting QUS use during the initiation or monitoring of osteoporosis treatment. Likely, QUS is most effective when combined with an assessment of clinical risk factors (CRF); with DXA reserved for individuals who are not identified as either high or low risk using QUS and CRF. However, monitoring and maintenance of test and instrument accuracy, precision and reproducibility are essential if QUS devices are to be used in clinical practice; and further scientific research in non-Caucasian, non-Asian populations clearly is compulsory to validate this tool for more widespread use.

The InterPro database, an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites.

Signature databases are vital tools for identifying distant relationships in novel sequences and hence for inferring protein function. InterPro is an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites, which amalgamates the efforts of the PROSITE, PRINTS, Pfam and ProDom database projects. Each InterPro entry includes a functional description, annotation, literature references and links back to the relevant member database(s). Release 2.0 of InterPro (October 2000) contains over 3000 entries, representing families, domains, repeats and sites of post-translational modification encoded by a total of 6804 different regular expressions, profiles, fingerprints and Hidden Markov Models. Each InterPro entry lists all the matches against SWISS-PROT and TrEMBL (more than 1,000,000 hits from 462,500 proteins in SWISS-PROT and TrEMBL). The database is accessible for text- and sequence-based searches at http://www.ebi.ac.uk/interpro/. Questions can be emailed to interhelp@ebi.ac.uk.

Méthodes de visualisation en analyse criminelle: approche générale de conception des schémas relationnels et développement d'un catalogue de patterns

Le travail policier et l'enquête judiciaire nécessitent de prendre de nombreuses décisions : choisir quelle trace analyser, mettre sous surveillance ou en détention un suspect, sont autant de décisions qui sont prises quotidiennement par les acteurs du système judiciaire. Ces décisions font l'objet de pesées d'intérêts qui se fondent sur l'analyse de l'information accessible. C'est le rôle de l'analyse criminelle de mettre en perspective l'information colligée pour la rendre intelligible aux décideurs compétents. L'usage de représentations graphiques est notamment recommandé pour soutenir l'analyse et la communication de ces informations.Des techniques de visualisation relationnelle sont notamment exploitées dans les enquêtes judiciaires afin de faciliter le traitement d'affaires d'envergure. Les éléments pertinents de l'enquête sont représentés sous la forme de schémas décrivant les relations entre les événements et les entités d'intérêts (tel que des personnes, des objets et des traces). Les exploitations classiques de ces techniques qui s'apparentent à des graphes, sont par exemple : la représentation de réseaux criminels, de trafics de marchandises, de chronologies d'événements, ainsi que la visualisation de relations téléphoniques et financières. Dans ce contexte, la visualisation soutient un nombre importants d'objectifs, tels qu'analyser les traces et les informations collectées, évaluer a posteriori une investigation, aider à qualifier les infractions, faciliter l'appréhension d'un dossier, voire soutenir une argumentation lors du procès.La pratique intègre des outils logiciels simples qui produisent des graphiques élégants et souvent percutants. Leur utilisation semble néanmoins soulever des difficultés. Cette recherche tend à montrer qu'il existe des disparités étonnantes lors de l'exploitation de ces techniques. Des biais de raisonnement et de perception peuvent être induits, allant jusqu'à provoquer des décisions aux conséquences parfois désastreuses. Ce constat révèle la nécessité de consolider les méthodes pratiquées.Pour mettre en évidence ces difficultés, des évaluations ont été effectuées avec des praticiens et des étudiants. Elles ont permis d'établir une image empirique de l'étendue des variations de conception et d'interprétation des représentations, ainsi que de leurs impacts sur la prise de décision. La nature et la diversité des concepts à représenter, l'absence d'un consensus émergeant sur la manière de représenter les données, la diversité des solutions visuelles envisageables, les contraintes imposées par les outils exploités et l'absence d'une formalisation claire du langage, sont autant de causes supposées des difficultés.Au cours des vingt dernières années, plusieurs axes de développement ont été proposés pour traiter les difficultés observées, tels que l'amélioration des automatismes facilitant la conception d'une représentation, l'exploitation des techniques de réseaux sociaux, l'automatisation de l'identification et de l'extraction des entités dans du texte non-structuré et la définition de langages formels. Cette recherche propose une approche parallèle fondée sur une exploitation adaptée de structures de graphe et de propriétés visuelles pour optimiser la représentation en fonction des objectifs définis et de la nature des informations à représenter.Des solutions ont été recherchées selon plusieurs axes. Des recommandations générales, issues de diverses communautés de recherche liées à la visualisation, ont été recherchées afin de proposer une démarche générale de conception des schémas relationnels. Par ailleurs, le développement d'un catalogue de bonnes pratiques formalisées sous la forme de patterns de visualisation a été amorcé. Chaque pattern décrit une solution particulière pour un problème d'analyse récurrent, tel que l'analyse d'une série de cambriolages. Finalement, l'impact sur les outils de la méthodologie proposée est discuté en regard des limites qu'ils imposent. Un prototype de visualisation multidimensionnel a été élaboré.Cette recherche met en évidence les difficultés rencontrées lors de l'exploitation de représentations graphiques pour soutenir le processus de l'enquête judiciaire et propose des éléments de méthode et des innovations techniques utiles tant pour l'enseignement de la discipline que pour sa pratique.

Inhibition of antigen-induced T-cell clone proliferation by antigen-specific antibodies.

Attempts to inhibit the recognition of soluble antigens by T lymphocytes using antibodies specific for the antigen in question have been uniformally unsuccessful, in contrast to the observed specific inhibition of antibody generation by B cells. One exception is the unique situation whereby anti-hapten antisera inhibit the T-cell proliferative responses observed when hapten-specific T lymphocytes or clones are cultured with hapten-derivatized cells or proteins. The inability to inhibit T-cell functions by antigen-specific antibodies has been interpreted in several ways: (1) T cells possess a different repertoire from B cells; (2) the antibodies tested recognize epitopes present on the native antigen, whereas T cells recognize non-native (processed) structures; (3) the antigenic determinant(s) recognized by T cells on the surface of antigen presenting cells are either not accessible to antibodies, or are present in low amounts. The development of antigen-specific T-cell clones and monoclonal antibodies both specific for the same antigenic determinants now allows this question to be investigated definitively. Here, we report for the first time the specific inhibition of antigen-induced T-cell clone proliferation by a monoclonal antibody directed against the relevant soluble protein antigen.

arrayMap 2014: an updated cancer genome resource.

Somatic copy number aberrations (CNA) represent a mutation type encountered in the majority of cancer genomes. Here, we present the 2014 edition of arrayMap (http://www.arraymap.org), a publicly accessible collection of pre-processed oncogenomic array data sets and CNA profiles, representing a vast range of human malignancies. Since the initial release, we have enhanced this resource both in content and especially with regard to data mining support. The 2014 release of arrayMap contains more than 64,000 genomic array data sets, representing about 250 tumor diagnoses. Data sets included in arrayMap have been assembled from public repositories as well as additional resources, and integrated by applying custom processing pipelines. Online tools have been upgraded for a more flexible array data visualization, including options for processing user provided, non-public data sets. Data integration has been improved by mapping to multiple editions of the human reference genome, with the majority of the data now being available for the UCSC hg18 as well as GRCh37 versions. The large amount of tumor CNA data in arrayMap can be freely downloaded by users to promote data mining projects, and to explore special events such as chromothripsis-like genome patterns.

Short term evolution of a highly transmissible methicillin-resistant Staphylococcus aureus clone (ST228) in a tertiary care hospital.

Staphylococcus aureus is recognized as one of the major human pathogens and is by far one of the most common nosocomial organisms. The genetic basis for the emergence of highly epidemic strains remains mysterious. Studying the microevolution of the different clones of S. aureus is essential for identifying the forces driving pathogen emergence and spread. The aim of the present study was to determine the genetic changes characterizing a lineage belonging to the South German clone (ST228) that spread over ten years in a tertiary care hospital in Switzerland. For this reason, we compared the whole genome of eight isolates recovered between 2001 and 2008 at the Lausanne hospital. The genetic comparison of these isolates revealed that their genomes are extremely closely related. Yet, a few more important genetic changes, such as the replacement of a plasmid, the loss of large fragments of DNA, or the insertion of transposases, were observed. These transfers of mobile genetic elements shaped the evolution of the ST228 lineage that spread within the Lausanne hospital. Nevertheless, although the strains analyzed differed in their dynamics, we have not been able to link a particular genetic element with spreading success. Finally, the present study showed that new sequencing technologies improve considerably the quality and quantity of information obtained for a single strain; but this information is still difficult to interpret and important investments are required for the technology to become accessible for routine investigations.

Accès à l'information médico-sociale dans le canton de Vaud : degré et sources d'information des personnes âgées

Améliorer la coordination des soins est un des points cardinaux de la politique Vieillissement et Santé du canton de Vaud. Ceci se traduit notamment par une volonté d'optimiser l'accès des personnes âgées à l'information médico-sociale. Un des projets qui en découle consiste à mettre en place un guichet intégré, soit un système centralisé, qui permettrait d'être renseigné·e ou orienté·e sur les prestations existantes efficacement et correctement, quelle que soit l'entité à laquelle on s'adresse. C'est dans ce contexte que le Centre d'Observation et d'Analyse du Vieillissement (COAV) a réalisé en 2013 une enquête sur l'accès à l'information médico-sociale auprès des personnes de 65 ans et plus non-institutionnalisées du canton. Ses résultats montrent que : ? Les besoins en prestations médico-sociales sont potentiellement importants car ces dernières sont susceptibles d'intéresser directement, du fait de difficultés fonctionnelles, un peu plus d'un tiers des personnes non institutionnalisées de plus de 65 ans, et indirectement 17 % des personnes du même âge qui sont aussi des aidant·e·s. Les femmes et les personnes bénéficiant de prestations complémentaires à l'assurance vieillesse (PC), étant plus fragiles, sont particulièrement concernées. ? Si cette population a potentiellement d'importants besoins en prestations médico-sociales, les portes d'accès à l'information sur ces prestations restent dans leur ensemble encore mal connues, même si l'on observe de grandes variations selon le type de services en question (selon les prestations, 27% à 57% des personnes interrogées ont déclaré ne pas savoir où s'adresser pour trouver de l'information à leur sujet). ? Les femmes, les personnes recevant des PC, ainsi que les personnes vulnérables et dépendantes sont proportionnellement plus actives dans la recherche d'information. ? Bien que les personnes ayant récemment eu l'occasion de rechercher de l'information sur certaines prestations médico-sociales semblent mieux connaître le système, 7% d'entre elles ont qualifié cette information de plutôt indisponible, 21% d'incomplète, 33% de dispersée et 15% de contradictoire. ? Deux tiers des personnes âgées pensent que l'information médico-sociale devrait être plus accessible sur l'existence de prestations, leur coût et les possibilités d'aide financière pour pouvoir en bénéficier. ? Parmi les personnes n'ayant pas récemment recherché d'information, les habitants de la région Nord sauraient plus souvent où s'adresser pour s'informer que ceux des autres régions. RAISONS DE SANTÉ 221 ? Etre un homme, être défavorisé financièrement (présence de PC) et, au niveau du statut fonctionnel, être vulnérable plutôt que robuste, sont des facteurs de risque d'accès limité à l'information. ? Les mêmes facteurs de risque se retrouvent en conduisant les analyses par type de prestations, excepté pour l'aide relative aux démarches administratives. L'information sur cette aide est mieux connue des personnes recevant des PC parmi celles ayant récemment recherché de l'information. ? Il n'a cependant pas été possible d'identifier un profil-type de la personne à risque face à l'accès à l'information sur la base des données socio-démographiques et fonctionnelles disponibles. ? D'autre part, cette enquête a mis en évidence le fait que le médecin traitant (désigné par 77% des individus) et le CMS (64 %), ainsi que, dans une moindre mesure, la commune (35%), sont les acteurs vers lesquelles les personnes âgées du canton se dirigeraient le plus volontiers pour trouver des informations sur diverses prestations médico-sociales. ? Cependant, au vu des variations constatées en comparant certains sous-groupes, d'autres sources ne sont pas à négliger lors de la mise en place d'un guichet intégré (telles qu'Internet, les EMS, Pro Senectute, les pharmacies, les BRIO, les hôpitaux, la garde médicale, etc.). Cette enquête montre que malgré les efforts entrepris pour faire connaître les prestations médico-sociales, une proportion non négligeable de ces services est peu connue des bénéficiaires potentiels. Ainsi, il serait intéressant de réitérer une telle étude après la mise en place du guichet intégré afin de pouvoir évaluer son impact.

Les symbioses industrielles : une nouvelle stratégie pour l'amélioration de l'utilisation des ressources matérielles et énergétiques par les activités économiques

RésuméCette thèse traite d'un domaine d'application de l'écologie industrielle, les symbioses industrielles, comme stratégie d'amélioration de la consommation des ressources matérielles et énergétiques et de la gestion des déchets par les activités économiques. Les symbioses industrielles cherchent à créer de nouvelles collaborations directement entre les acteurs économiques d'un territoire dans le but d'échanger de l'information, des matières premières et des déchets, et d'intensifier les mutualisations de services et d'infrastructures possibles entre entreprises voisines. Ces quatre types de collaboration sont représentés schématiquement dans la figure ci-dessous.Dans ce travail, la détection et la mise en oeuvre de symbioses industrielles sont abordées sous plusieurs angles. Les recherches réalisées concernent le développement de procédures de mise en oeuvre s'adressant aux collectivités publiques, aux institutions académiques et aux bureaux de conseil dans le domaine de l'environnement. Les objectifs des procédures sont de créer une dynamique de collaboration et de confiance entre les acteurs économiques et l'administration publique d'un territoire afin de détecter des symbioses industrielles potentielles. Ces procédures requièrent la gestion de grandes quantités d'informations relatives aux flux de matière et d'énergie.Un travail de terrain, réalisé sur les territoires du canton de Genève et de Lausanne Région et utilisé comme études de cas, a permis de mettre en évidence un grand nombre de symbioses industrielles qui existent déjà en Suisse romande. Plusieurs dizaines d'exemples ont été identifiés principalement dans lesdomaines de la gestion de l'eau, de l'énergie, des produits chimiques et des matériaux de construction. La législation suisse autoriserait cependant la concrétisation de nombreuses autres opportunités. Dans cette recherche, celles-ci sont évaluées techniquement, légalement, économiquement et environnementalement. La création d'un référentiel d'évaluation des opportunités permet de déterminer quelles sont les symbioses industrielles techniquement réalisables et pertinentes dans le contexte suisse et dans quels cas celles-ci représenteraient une réelle plus-value par rapport à l'utilisation actuelle de la ressource et aux filières existantes de collecte et de valorisation des déchets.Finalement, un logiciel, SymbioGIS, destiné à soutenir la détection et l'évaluation de symbioses industrielles potentielles a été développé. Il s'agit d'une interface web accessible pour de nombreux utilisateurs, couplée à une interface de systèmes d'information géographique. En plus de la détection de symbioses industrielles, plusieurs fonctionnalités sont proposées pour faciliter la prise en compte des flux de matière et d'énergie dans les problématiques liées à l'aménagement du territoire et au positionnement des activités économiques.En conclusion, cette recherche met en évidence la nécessité de rapprocher les institutions publiques en charge de la protection de l'environnement, de la promotion économique et de l'aménagement du territoire pour favoriser l'essor des symbioses industrielles comme stratégie pour la gestion des ressources matérielles et énergétiques. Elle propose des pistes pour intensifier les collaborations entre ces domaines et accélérer le partage des connaissances liées aux flux de matière et d'énergie et à leur cheminement au sein des activités économiques afin de rendre le système industriel existant en Suisse romande viable à long terme. Parallèlement, elle étudie les possibilités de transposer ces considérations et les procédures et outils développés dans le contexte économique et social de la région Asie-Pacifique, où se trouvent aujourd'hui de nombreuses activités de production.SummaryIndustrial symbioses: A new strategy for improving how economic activities use material and energy resourcesThis thesis focuses on one application of industrial ecology, industrial symbioses, as a strategy for improving how economic activities consume material and energy resources. Industrial symbioses seek to create new collaborations among economic players with the goal of exchanging information, raw materials, and waste directly among area businesses, and to step up the potential pooling of services and infrastructure among neighboring companies.The identification and implementation of industrial symbioses are studied from several angles. The research first examines the development of implementation procedures for government bodies, academic institutions, and environmental consulting services. The purpose of the procedures is to create a dynamic of collaboration and trust between the economic players and the public officials in a region in order to identify potential industrial symbioses. The procedures necessitate managing large amounts of information about material and energy flows.Fieldwork conducted in the canton of Geneva and the Lausanne region, and used as case studies for the research, highlights a great number of industrial symbioses that already exist in French-speaking Switzerland. Several dozen examples are identified, primarily in the areas of water management, energy, chemical products, and building materials; however, Swiss law would permit many others. The research evaluates these opportunities from a technical, legal, economic, and environmental standpoint. By developing an assessment framework it is possible to determine which industrial symbioses are technically feasible and pertinent in Switzerland, and under what circumstances they would represent real added value compared to the current use of the resource and to existing systems for collecting and reusing waste.Lastly, SymbioGIS software was developed to help identify and assess potential industrial symbioses. The program's Web-based interface can be accessed by multiple users and is coupled with an interface that provides geographic information. In addition to identifying industrial symbioses, several program functionalities make it easier to consider material and energy flows with regard to local development issues and siting economic activities.In conclusion, the research highlights the need to bring together public institutions charged with protecting the environment, promoting economic activity, and overseeing development in order to foster the expansion of industrial symbioses as a strategy for managing material and energy resources. It proposes solutions for stepping up collaboration among these players and accelerating the sharing of knowledge about material and energy flows and their paths within economic activities with the goal of making theexisting industrial system in French-speaking Switzerland viable long-term. Also examined were thepossibilities of transposing these considerations and the study's findings about Switzerland to the economic and social context of the Asia-Pacific region, where much production is now located.

The mzTab Data Exchange Format: Communicating Mass-spectrometry-based Proteomics and Metabolomics Experimental Results to a Wider Audience.

The HUPO Proteomics Standards Initiative has developed several standardized data formats to facilitate data sharing in mass spectrometry (MS)-based proteomics. These allow researchers to report their complete results in a unified way. However, at present, there is no format to describe the final qualitative and quantitative results for proteomics and metabolomics experiments in a simple tabular format. Many downstream analysis use cases are only concerned with the final results of an experiment and require an easily accessible format, compatible with tools such as Microsoft Excel or R. We developed the mzTab file format for MS-based proteomics and metabolomics results to meet this need. mzTab is intended as a lightweight supplement to the existing standard XML-based file formats (mzML, mzIdentML, mzQuantML), providing a comprehensive summary, similar in concept to the supplemental material of a scientific publication. mzTab files can contain protein, peptide, and small molecule identifications together with experimental metadata and basic quantitative information. The format is not intended to store the complete experimental evidence but provides mechanisms to report results at different levels of detail. These range from a simple summary of the final results to a representation of the results including the experimental design. This format is ideally suited to make MS-based proteomics and metabolomics results available to a wider biological community outside the field of MS. Several software tools for proteomics and metabolomics have already adapted the format as an output format. The comprehensive mzTab specification document and extensive additional documentation can be found online.

Le Sûtra des contemplations du Buddha Vie-Infinie : Essai d'interprétation textuelle et iconographique

Le "Sūtra des contemplations de Vie-Infinie" a joué un rôle déterminant dans l'histoire de la Terre pure, cette tradition qui occupe jusqu'à nos jours une place majeure dans le bouddhisme de l'Extrême-Orient. Typique de l'idéal du Grand Véhicule, ce texte fournit une méthode complexe pour visualiser le Buddha Amida et son royaume en cette vie-ci, ainsi qu'une pratique plus accessible : la récitation du nom de ce buddha (nembutsu) pour aller naître auprès de lui dès la vie prochaine. Inconnu des sources indiennes mais traduit en chinois au début du Ve siècle de notre ère, ce sūtra est depuis une cinquantaine d'annés l'objet d'un débat sur son origine véritable. Cependant, il occupe une position clef entre les traductions chinoises archaïques du "Grand Sūtra de l'agencement de la Sukhāvatī" (IIIe s.) et la floraison de l'école de la Terre pure à l'ère des Tang (VIIe s.). En outre, le "Sūtra des contemplations" se distingue comme l'une des sources importantes de l'art bouddhique sino-japonais, depuis l'Asie centrale jusqu'au Japon médiéval. Ses représentations sur les grandes fresques et bannières peintes des VIIIe et IXe siècles, découvertes dans les grottes de Dunhuang, témoignent d'un long développement iconographique, dont les étapes antérieures peuvent être retracées par l'archéologie. Le double intérêt philologique et iconographique de ce texte en fait donc un jalon déterminant dans l'enquête tentant de cerner le processus de l'acclimatation en sol chinois de cette tradition venue de l'Inde via la Route de la soie. Pour la première fois, la présente étude traite de ces deux dimensions conjointement, en fournissant une introduction détaillée et une traduction commentée du texte, doublée d'une analyse fouillée de son évolution artistique en Chine jusqu'à sa représentation classique au Japon, le « Mandala de Taima ».

Dynamic simulation of regulatory networks using SQUAD.

BACKGROUND: The ambition of most molecular biologists is the understanding of the intricate network of molecular interactions that control biological systems. As scientists uncover the components and the connectivity of these networks, it becomes possible to study their dynamical behavior as a whole and discover what is the specific role of each of their components. Since the behavior of a network is by no means intuitive, it becomes necessary to use computational models to understand its behavior and to be able to make predictions about it. Unfortunately, most current computational models describe small networks due to the scarcity of kinetic data available. To overcome this problem, we previously published a methodology to convert a signaling network into a dynamical system, even in the total absence of kinetic information. In this paper we present a software implementation of such methodology. RESULTS: We developed SQUAD, a software for the dynamic simulation of signaling networks using the standardized qualitative dynamical systems approach. SQUAD converts the network into a discrete dynamical system, and it uses a binary decision diagram algorithm to identify all the steady states of the system. Then, the software creates a continuous dynamical system and localizes its steady states which are located near the steady states of the discrete system. The software permits to make simulations on the continuous system, allowing for the modification of several parameters. Importantly, SQUAD includes a framework for perturbing networks in a manner similar to what is performed in experimental laboratory protocols, for example by activating receptors or knocking out molecular components. Using this software we have been able to successfully reproduce the behavior of the regulatory network implicated in T-helper cell differentiation. CONCLUSION: The simulation of regulatory networks aims at predicting the behavior of a whole system when subject to stimuli, such as drugs, or determine the role of specific components within the network. The predictions can then be used to interpret and/or drive laboratory experiments. SQUAD provides a user-friendly graphical interface, accessible to both computational and experimental biologists for the fast qualitative simulation of large regulatory networks for which kinetic data is not necessarily available.

Ambulatory measurement of ankle kinetics for clinical applications.

This study aimed to design and validate the measurement of ankle kinetics (force, moment, and power) during consecutive gait cycles and in the field using an ambulatory system. An ambulatory system consisting of plantar pressure insole and inertial sensors (3D gyroscopes and 3D accelerometers) on foot and shank was used. To test this system, 12 patients and 10 healthy elderly subjects wore shoes embedding this system and walked many times across a gait lab including a force-plate surrounded by seven cameras considered as the reference system. Then, the participants walked two 50-meter trials where only the ambulatory system was used. Ankle force components and sagittal moment of ankle measured by ambulatory system showed correlation coefficient (R) and normalized RMS error (NRMSE) of more than 0.94 and less than 13% in comparison with the references system for both patients and healthy subjects. Transverse moment of ankle and ankle power showed R>0.85 and NRMSE<23%. These parameters also showed high repeatability (CMC>0.7). In contrast, the ankle coronal moment of ankle demonstrated high error and lower repeatability. Except for ankle coronal moment, the kinetic features obtained by the ambulatory system could distinguish the patients with ankle osteoarthritis from healthy subjects when measured in 50-meter trials. The proposed ambulatory system can be easily accessible in most clinics and could assess main ankle kinetics quantities with acceptable error and repeatability for clinical evaluations. This system is therefore suggested for field measurement in clinical applications.

Thymic selection generates a large T cell pool recognizing a self-peptide in humans.

The low frequency of self-peptide-specific T cells in the human preimmune repertoire has so far precluded their direct evaluation. Here, we report an unexpected high frequency of T cells specific for the self-antigen Melan-A/MART-1 in CD8 single-positive thymocytes from human histocompatibility leukocyte antigen-A2 healthy individuals, which is maintained in the peripheral blood of newborns and adults. Postthymic replicative history of Melan-A/MART-1-specific CD8 T cells was independently assessed by quantifying T cell receptor excision circles and telomere length ex vivo. We provide direct evidence that the large T cell pool specific for the self-antigen Melan-A/MART-1 is mostly generated by thymic output of a high number of precursors. This represents the only known naive self-peptide-specific T cell repertoire directly accessible in humans.

Un visage m'appelle

Cet article discute l'hypothèse d'un lien entre l'émergence du thème du visage dans des textes ou des productions iconographiques provenant de diverses traditions religieuses et une expérience primordiale de contemplation d'un visage face à face. Pour dire la quête du transcendant, de ce qui n'est pas immédiatement accessible, l'être humain puiserait ainsi dans l'expérience d'une des premières grandes quêtes de tout humain : la recherche du face à face entre le nourrisson et sa mère qui se met peu à peu en place entre la naissance et l'âge de trois mois. C'est cette expérience qui serait élaborée par les textes parlant du désir de voir Dieu face à face et par les productions iconographiques représentant le visage de figures divines. Loin de répondre à un penchant régressif, cette reprise d'une des premières expériences enfantines serait l'expression d'un mouvement progressif : la référence à une victoire durement acquise durant les premiers mois de la vie pour parler d'un désir actuel de dépassement. Les pages qui suivent examinent successivement différents aspects de cette question.