Assaying the regulatory potential of mammalian conserved non-coding sequences in human cells.

BACKGROUND: Conserved non-coding sequences in the human genome are approximately tenfold more abundant than known genes, and have been hypothesized to mark the locations of cis-regulatory elements. However, the global contribution of conserved non-coding sequences to the transcriptional regulation of human genes is currently unknown. Deeply conserved elements shared between humans and teleost fish predominantly flank genes active during morphogenesis and are enriched for positive transcriptional regulatory elements. However, such deeply conserved elements account for <1% of the conserved non-coding sequences in the human genome, which are predominantly mammalian. RESULTS: We explored the regulatory potential of a large sample of these 'common' conserved non-coding sequences using a variety of classic assays, including chromatin remodeling, and enhancer/repressor and promoter activity. When tested across diverse human model cell types, we find that the fraction of experimentally active conserved non-coding sequences within any given cell type is low (approximately 5%), and that this proportion increases only modestly when considered collectively across cell types. CONCLUSIONS: The results suggest that classic assays of cis-regulatory potential are unlikely to expose the functional potential of the substantial majority of mammalian conserved non-coding sequences in the human genome.

Cerebral extracellular lactate increase is predominantly non ischemic in patients with severe traumatic brain injury

Le cerveau est l'organe avec les besoins en énergie les plus élevés du corps humain, et le glucose est un substrat énergétique cérébral essentiel. Ces dernières décennies, la compréhension de la neuroénergétique a beaucoup évolué et un rôle du lactate comme substrat énergétique important a été mis en évidence, notamment suite à l'introduction du modèle de l'ANLS (astrocyte-neuron lactate shuttle). Selon celui-ci, les astrocytes convertissent le glucose en lactate par réaction de glycolyse, puis il est transporté jusqu'aux neurones qui l'utilisent comme source d'énergie à travers le cycle de Krebs. Chez l'homme, divers travaux récents ont montré que le lactate peut servir de « carburant » cérébral chez le sujet sain, après effort intense ou chez le patient diabétique. La régulation métabolique et le rôle du lactate après lésion cérébrale aiguë sont encore peu connus. Présentation de l'article Le but de ce travail a été d'étudier le métabolisme cérébral du lactate chez les patients atteints de traumatisme crânien (TCC) sévère. Nous avons émis l'hypothèse que l'augmentation du lactate cérébral chez ces patients n'était pas associée de manière prédominante à une hypoxie ou une ischémie mais plutôt à une glycolyse aérobie, et également à une perfusion cérébrale normale. L'étude a porté sur une cohorte prospective de 24 patients avec TCC sévère admis au service de médecine intensive du CHUV (centre hospitalier universitaire vaudois), monitorés par un système combinant microdialyse cérébrale (outil permettant de mesurer divers métabolites cérébraux, tels que le lactate, le pyruvate et le glucose), mesure de la pression cérébrale en oxygène et de la pression intracrânienne. Cet outil nous a permis de déterminer si l'élévation du lactate était principalement associée à une glycolyse active ou plutôt à une hypoxie. L'utilisation du CTde perfusion a permis d'évaluer la relation entre les deux patterns d'élévation du lactate (glycolytique ou hypoxique) et la perfusion cérébrale globale. Nos résultats ont montré que l'augmentation du lactate cérébral chez les patients avec TCC sévère était associée de manière prédominante à une glycolyse aérobie plutôt qu'à une hypoxie/ischémie. D'autre part, nous avons pu confirmer que les épisodes de lactate glycolytique étaient toujours associés à une perfusion cérébrale normale ou augmentée, alors que les épisodes de lactate hypoxique étaient associés à une hypoperfusion cérébrale. Conclusions et perspectives Nos résultats, qui ont permis de mieux comprendre le métabolisme cérébral du lactate chez les patients avec TCC sévère, soutiennent le concept que le lactate est produit dans des conditions aérobes et pourrait donc être utilisé comme source d'énergie par le cerveau lésé pour subvenir à des besoins augmentas. Etant donné que la dysfonction énergétique est une des probables causes de perte neuronale après traumatisme crânien, ces résultats ouvrent des perspectives thérapeutiques nouvelles après agression cérébrale chez l'homme, visant à tester un potentiel effet neuroprotecteur via l'administration de lactate exogène.

Laboratory-based versus non-laboratory-based CVD risk analysis.

Commentaire de: Gaziano TA, Young CR, Fitzmaurice G, Atwood S, Gaziano JM. Laboratory-based versus non-laboratory-based method for assessment of cardiovascular disease risk: the NHANES I Follow-up Study cohort. Lancet. 2008;371(9616):923-31. PMID: 18342687

Mediastinal lymph node clearance after docetaxel-cisplatin neoadjuvant chemotherapy is prognostic of survival in patients with stage IIIA pN2 non-small-cell lung cancer: a multicenter phase II trial.

PURPOSE: A multicenter, phase II trial investigated the efficacy and toxicity of neoadjuvant docetaxel-cisplatin in locally advanced non-small-cell lung cancer (NSCLC) and examined prognostic factors for patients not benefiting from surgery. PATIENTS AND METHODS: Ninety patients with previously untreated, potentially operable stage IIIA (mediastinoscopically pN2) NSCLC received three cycles of docetaxel 85 mg/m2 day 1 plus cisplatin 40 mg/m2 days 1 and 2, with subsequent surgical resection. RESULTS: Administered dose-intensities were docetaxel 85 mg/m2/3 weeks (range, 53 to 96) and cisplatin 95 mg/m2/3 weeks (range, 0 to 104). The 265 cycles were well tolerated, and the overall response rate was 66% (95% confidence interval [CI], 55% to 75%). Seventy-five patients underwent tumor resection with positive resection margin and involvement of the uppermost mediastinal lymph node in 16% and 35% of patients, respectively (perioperative mortality, 3%; morbidity, 17%). Pathologic complete response occurred in 19% of patients with tumor resection. In patients with tumor resection, downstaging to N0-1 at surgery was prognostic and significantly prolonged event-free survival (EFS) and overall survival (OS; P =.0001). At median follow-up of 32 months, the median EFS and OS were 14.8 months (range, 2.4 to 53.4) and 33 months (range, 2.4 to 53.4), respectively. Local relapse occurred in 27% of patients with tumor resection, with distant metastases in 37%. Multivariate analyses identified mediastinal clearance (hazard ratio, 0.22; P =.0003) and complete resection (hazard ratio, 0.26; P =.0006) as strongly prognostic for increased survival. CONCLUSION: Neoadjuvant docetaxel-cisplatin is effective and tolerable in stage IIIA pN2 NSCLC. Resection is recommended only for patients with mediastinal downstaging after chemotherapy.