Genetic investigation of the functions of c-Myc and N-Myc in Hematopoietic stem cells

Résumé : c-Myc, le premier facteur de transcription de la famille Myc a été découvert il y a maintenant trente ans. Il reste à l'heure actuelle parmi les plus puissants proto-oncogènes connus. c-Myc est dérégulé dans plus de 50% des cancers, où il promeut la prolifération, la croissance cellulaire, et la néoangiogenèse. Myc peut aussi influencer de nombreuses autres fonctions de par sa capacité à activer ou à réprimer la transcription de nombreux gènes, et à agir globalement sur le génome à travers des modifications épigénétiques de la chromatine. La famille d'oncogènes Myc comprend, chez les mammifères, trois protéines structurellement proches: c-Myc, N-Myc et L-Myc. Ces protéines ont les mêmes proprietés biochimiques, exercent les mêmes fonctions mais sont le plus souvent exprimées de façon mutuellement exclusive. Myc a été récemment identifié comme un facteur clef dans la maintenance des cellules souches embryonnaires et adultes ainsi que dans la réacquisition des proprietés des cellules souches. Nous avons précédemment démontré que l'élimination de c-Myc provoque une accumulation de cellules souches hématopoïétiques (CSH) suite à un défaut de différenciation lié à la niche. Les CSH sont responsables de la production de tous les éléments cellulaires du sang pour toute la vie de l'individu et sont définies par leur capacité à s'auto-renouveler tout en produisant des précurseurs hématopoïétiques. Afin de mieux comprendre la fonction de Myc dans les CSH, nous avons choisi de combiner l'utilisation de modèles de souris génétiquement modifiées à une caractérisation systématique des schémas d'expression de c-Myc, N-Myc et L-Myc dans tout le système hématopoïétique. Nous avons ainsi découvert que les CSH les plus immatures expriment des quantités équivalentes de transcrits de c-myc et N-myc. Si les CSH déficientes en N-myc seulement ont une capacité d'auto-renouvellement à long-terme réduite, l'invalidation combinée des gènes c-myc et N-myc conduit à une pan-cytopénie suivie d'une mort rapide de l'animal, pour cause d'apoptose de tous les types cellulaires hématopoïétiques. En particulier, les CSH en cours d'auto-renouvelemment, mais pas les CSH quiescentes, accumulent du Granzyme B (GrB), une molécule fortement cytotoxique qui provoque une mort cellulaire rapide. Ces données ont ainsi mis au jour un nouveau mécanisme dont dépend la survie des CSH, à savoir la répression du GrB, une enzyme typiquement utilisée par le système immunitaire inné pour éliminer les tumeurs et les cellules infectées par des virus. Dans le but d'évaluer l'étendue de la redondance entre c-Myc et N-Myc dans les CSH, nous avons d'une part examiné des souris dans lesquelles les séquences codantes de c-myc sont remplacées par celles de N-myc (NCR) et d'autre part nous avons géneré une série allèlique de myc en éliminant de façon combinatoire un ou plusieurs allèles de c-myc et/ou de N-myc. Alors que l'analyse des souris NCR suggère que c-Myc et N-Myc sont qualitativement redondants, la série allélique indique que les efficiences avec lesquelles ces deux protéines influencent des procédés essentiels à la maintenance des CSH sont différentes. En conclusion, nos données génétiques montrent que l'activité générale de MYC, fournie par c-Myc et N-Myc, contrôle plusieurs aspects cruciaux de la fonction des CSH, notamment l'auto-renouvellement, la survie et la différenciation. Abstract : c-Myc, the first Myc transcription factor was discovered 30 years ago and is to date one of the most potent proto-oncogenes described. It is found to be misregulated in over 50% of all cancers, where it drives proliferation, cell growth and neo-angiogenesis. Myc can also influence a variety of other functions, owing to its ability to activate and repress transcription of many target genes and to globally regulate the genome via epigenetic modifications of the chromatin. The Myc family of oncogenes consists of three closely related proteins in mammals: c-Myc, N-Myc and L-Myc. These proteins share the same biochemical properties, exert mostly the same functions, but are most often expressed in mutually exclusive patterns. Myc is now emerging as a key factor in maintenance of embryonic and adult stem cells as well as in reacquisition of stem cell properties, including induced reprogramming. We previously showed that c-Myc deficiency can cause the accumulation of hematopoietic stem cells (HSCs) due to a niche dependent differentiation defect. HSCs are responsible for life-long replenishment of all blood cell types, and are defined by their ability to self-renew while concomitantly giving rise to more commited progenitors. To gain further insight into the function of Myc in HSCs, in this study we combine the use of genetically-modified mouse models with the systematic characterization of c-myc, N-myc and L-myc transcription patterns throughout the hematopoietic system. Interestingly, the most immature HSCs express not only c-myc, but also about equal amounts of N-myc transcripts. Although conditional deletion of N-myc alone in the bone marrow does not affect steady-state hematopoiesis, N-myc null HSCs show impaired long-term self-renewal capacity. Strikingly, combined deficiency of c-Myc and N-Myc results in pan-cytopenia and rapid lethality, due to the apoptosis of most hematopoietic cell types. In particular, self-renewing HSCs, but not quiescent HSCs or progenitor cell types rapidly up-regulate and accumulate the potent cytotoxic molecule GranzymeB (GrB), causing their rapid cell death. These data uncover a novel pathway on which HSC survival depends on, namely repression of GrB, a molecule typically used by the innate immune system to eliminate tumor and virus infected cells. To evaluate the extent of redundancy between c-Myc and N-Myc in HSCs, we examined mice in which c-myc coding sequences are replaced by that of N-myc (NCR) and also generated an allelic series of myc, by combinatorially deleting one or several c-myc and/or N-myc alleles. While the analysis of NCR mice suggests that c-Myc and N-Myc are qualitatively functionally redundant, our allelic series indicates that the efficiencies with which these two proteins affect crucial HSC maintenance processes are likely to be distinct. Collectively, our genetic data show that general "MYC" activity delivered by c-Myc and N-Myc controls crucial aspects of HSC function, including self-renewal, survival and niche dependent differentiation.

Dépistage du VIH: les médecins aux urgences de Suisse Romande connaissent-­‐ils les recommandations suisses ?

Contexte¦Le VIH reste une des préoccupations majeures de santé publique dans le monde. Le nombre de patients infectés en Europe continue de croître et s'élève, en 2008, à 2.3 millions (1). De plus, environ 30 % des personnes séropositives ignorent leur statut et, de ce fait, contribuent à la propagation de l'épidémie. Ces patients sont responsables de la moitié des nouveaux cas du VIH (2) ; ils transmettent, en effet, 3.5 fois plus l'infection que les patients dont le diagnostic est connu (3).¦Aux USA, en raison de l'épidémiologie actuelle du VIH, les Centers for Disease Control and Prevention (CDC) ont, en septembre 2006, mis le point sur la nécessité d'étendre drastiquement les tests et, de ce fait, ont publié de nouvelles recommandations. Non seulement, le test devra dépasser les groupes à risque dans les zones à grande prévalence mais aussi, être répandu à toute la population adulte de 13 à 64 ans sauf si la prévalence du VIH est en dessous de 0.1 % (4). Cette démarche est appelée routine opt-out HIV screening et plusieurs arguments parlent en faveur d'un dépistage systématique. Cette maladie rempli tout d'abord les 4 critères pour l'introduction d'un dépistage systématique : une maladie grave pouvant être mise en évidence avant l'apparition des symptômes, son diagnostic améliore la survie par une progression moins rapide et diminution de la mortalité, des tests de dépistage sensibles et spécifiques sont disponibles et les coûts sont moindres en comparaison aux bénéfices (5). Aux USA, 73 % des patients diagnostiqués à un stade avancé de l'infection VIH entre 2001 et 2005 avaient eu recours à l'utilisation des systèmes de soins au moins une fois dans les 8 ans précédant le diagnostic (6). Ces occasions manquées font aussi partie des arguments en faveur d'un dépistage systématique. En règle générale, le médecin se basant uniquement sur les symptômes et signes, ainsi que sur l'anamnèse sexuelle sous-estime la population à tester. Ce problème de sélection des candidats n'a plus lieu d'être lors d'un tel screening. Après cette publication des recommandations du CDC, qui introduit le dépistage systématique, il a été constaté que seulement 1/3 du personnel soignant interrogé connaissait les nouvelles directives et seulement 20 % offrait un dépistage de routine à tous les patients concernés (7). Cette étude nous montre alors qu'il est impératif de vérifier le niveau de connaissances des médecins après la publication de nouvelles recommandations.¦Devant le problème de l'épidémie du VIH, la Suisse opte pour une stratégie différente à celle des Etats-Unis. La Commission d'experts clinique et thérapie VIH et SIDA (CCT) de l'OFSP a tout d'abord publié, en 2007, des recommandations destinées à diminuer le nombre d'infections VIH non diagnostiquées, grâce à un dépistage initié par le médecin (8). Cette approche, appelée provider initiated counselling and testing (PICT), complétait alors celle du voluntary counselling and testing (VCT) qui préconisait un dépistage sur la demande du patient. Malheureusement, le taux d'infections diagnostiquées à un stade avancé a stagné aux environs de 30 % jusqu'en 2008 (9), raison pour laquelle l'OFSP apporte, en 2010, des modifications du PICT. Ces modifications exposent différentes situations où le test du VIH devrait être envisagé et apportent des précisions quant à la manière de le proposer. En effet, lors d'une suspicion de primo-infection, le médecin doit expliquer au patient qu'un dépistage du VIH est indiqué, un entretien conseil est réalisé avec des informations concernant la contagiosité élevée du virus à ce stade de l'infection. Si le patient présente un tableau clinique qui s'inscrit dans le diagnostic différentiel d'une infection VIH, le médecin propose le test de manière systématique. Il doit alors informer le patient qu'un tel test sera effectué dans le cadre d'une démarche diagnostique, sauf si celui-ci s'y oppose. Enfin, dans d'autres situations telles que sur la demande du patient ou si celui-ci fait partie d'un groupe de population à grande prévalence d'infection VIH, le médecin procède à une anamnèse sexuelle, suivie d'un entretien conseil et du test si l'accord explicite du patient a été obtenu (10).¦Nous pouvons donc constater les différentes stratégies face à l'épidémie du VIH entre les USA et la Suisse. Il est nécessaire d'évaluer les conséquences de ces applications afin d'adopter la conduite la plus efficace en terme de dépistage, pour amener à une diminution des transmissions, une baisse de la morbidité et mortalité. Aux USA, des études ont été faites afin d'évaluer l'impact de l'approche opt-out qui montrent que le screening augmente la probabilité d'être diagnostiqué (11). En revanche, en Suisse, aucune étude de ce type n'a été entreprise à l'heure actuelle. Nous savons également qu'il existe un hiatus entre la publication de nouvelles recommandations et l'application de celles-ci en pratique. Le 1er obstacle à la mise en oeuvre des guidelines étant leur méconnaissance (12), il est alors pertinent de tester les connaissances des médecins des urgences d'Hôpitaux de Suisse au sujet des nouvelles recommandations sur le dépistage du VIH de l'OFSP de mars 2010.¦Objectifs¦Montrer que les recommandations de l'OFSP de mars 2010 ne sont pas connues des médecins suisses.¦Méthodes¦Nous testerons la connaissance des médecins concernant ces recommandations via un questionnaire qui sera distribué lors d'un colloque organisé à cet effet avec tous les médecins du service des urgences d'un même établissement. Il n'y aura qu'une séance afin d'éviter d'éventuels biais (transmission d'informations d'un groupe à un autre). Ils recevront tout d'abord une lettre informative, accompagnée d'un formulaire de consentement pour l'utilisation des données de manière anonyme. La feuille d'information est rédigée de façon à ne pas influencer les candidats pour les réponses aux questions. Le questionnaire comprend deux parties, une première qui comprend divers cas cliniques. Les candidats devront dire si ces situations se trouvent, selon eux, dans les nouvelles recommandations de l'OFSP en termes de dépistage du VIH et indiquer la probabilité d'effectuer le test en pratique. La deuxième partie interrogera sur la manière de proposer le test au patient. La durée nécessaire pour remplir le questionnaire est estimée à 15 minutes.¦Le questionnaire élaboré avec la collaboration de Mme Dubois de l'UMSP à Lausanne et vont être testés par une vingtaine de médecins de premier recours de Vidy Med et Vidy Source, deux centres d'urgences lausannois.¦Réstulats escomptés¦Les médecins suisse ne sont pas au courant des nouvelles recommandations concernant le dépistage du VIH.¦Plus-value escomptée¦Après le passage du questionnaire, nous ferons une succincte présentation afin d'informer les médecins au sujet de ces recommandations. Aussi, l'analyse des résultats du questionnaire nous permettra d'agir au bon niveau pour que les nouvelles recommandations de l'OFSP de mars 2010 soient connues et appliquées, tout en ayant comme objectif l'amélioration du dépistage du VIH.

Role of ALK gene and mutations in initiation and progression of neuroblastoma

Introduction Le neuroblastome (NB) est la tumeur maligne solide extra-crânienne la plus fréquente chez l'enfant. Sa présentation clinique est très hétérogène, allant d'une tumeur localisée à une atteinte métastatique sévère. Malgré des traitements agressifs, environ 55% des NB de hauts risques sont actuellement résistants aux thérapies. L'espoir réside dans le développement de traitements ciblant les mécanismes moléculaires responsables du développement et de la progression du NB. Le gène Anaplastic Lymphoma Kinase (ALK) codant pour un récepteur tyrosine kinase a été particulièrement étudié ces dernières années car il est muté, amplifié ou surexprimé dans une majorité des NBs. Le but de ce projet était d'investiguer le rôle de ALK-wt, ainsi que de ces deux plus fréquentes mutations, ALK- F1174L et ALK-R1245Q, dans l'oncogenèse du NB. Le NB étant originaire des cellules de la crête neurale, nous avons analysé le potentiel oncogénique de ces différentes formes de ALK dans des cellules progénitrices de la crête neurale (NCPC). Méthode Des NCPC de souris (JoMal), possédant un c-MycER inductible pour leur maintien en culture in vitro, ont été transduites par un rétrovirus permettant l'expression stable de ALK-wt, ALK-F1174L et ALK-R1245Q. Des tests in vitro ont d'abord été effectués pour tester le système c-MycER, la stabilité de nos cellules transduites, leur phénotype, leur capacité de croissance et leur tumorigénicité. Les cellules transduites ont ensuite été injectées dans des souris immunosupprimées en sous-cutané, puis en orthotopique, c'est-à-dire dans leur glande surrénale, afin de mesurer leur tumorigénicité in vivo. Résultats La transduction et l'expression stable de ALK n'ont pas modifié le phénotype indifférencié des JoMal, ni de manière significative la capacité de croissance des cellules in vitro en absence d'activation de c-MycER. Par contre, lorsque c-MycER est actif, les cellules porteuses des mutations Fl 174L et R1245Q ont montré une meilleure capacité de prolifération et de formation de colonies, par rapport aux JoMal-ALK-wt et aux cellules contrôles en culture 3D dans de la méthylcellulose et dans un test de formation de neurosphères. In vivo, les souris injectées avec les cellules JoMal-ALK- F1174L en sous-cutané ou dans la glande surrénale ont rapidement développé des tumeurs, suivies par le groupe JoMal-ALK-R1245Q et le groupe JoMal-ALK-wt, alors que les groupes de souris contrôles n'ont présenté aucune tumeur. En orthotopique, nous avons obtenu 5/6 tumeurs ALK-F1174L, 7/7 tumeurs ALK-R1245Q et 6/7 tumeurs ALK-wt. Les tumeurs sous-cutanées ne présentaient pas de différences morphologiques et histologiques entre les différents groupes et montraient une histologie compatible avec un NB. Les tumeurs orthotopiques restent encore à analyser. Conclusion Cette étude a permis de démontrer que les mutations activatrices Fl 174L et R1245Q ont des propriétés tumorigéniques in vitro dans des NCPC et in vivo tandis que la forme sauvage de ALK montre une capacité oncogénique uniquement in vivo. Bien que la caractérisation des tumeurs orthotopiques n'a pas encore été effectuée, l'analyse des tumeurs sous-cutanées nous suggère que l'expression de ALK- wt ou muté est suffisante pour induire la formation de NB à partir des cellules progénitrices de la crête neurale. Le gène ALK semble donc jouer un rôle important dans l'oncogénèse du NB, aussi bien par la présence de mutations activatrices que par sa fréquente surexpression.

La recherche biomédicale en Suisse : espace social, discours et pratiques

Cette étude porte sur la recherche biomédicale en Suisse dans une perspective interprétative. Elle s'intéresse à l'usage que font les acteurs scientifiques et institutionnels de la catégorie «biomédical», à la signification qu'ils en donnent et aux processus de structuration de la recherche biomédicale autour de ces enjeux de catégorisation. Nous avons formulé l'hypothèse que le «biomédical» pouvait être considéré comme un label, à savoir une stratégie discursive de positionnement des acteurs, ou pouvait constituer un champ, à savoir un espace social de recherche fortement structuré. Pour pouvoir vérifier la validité de ces hypothèses, trois perspectives analytiques ont été retenues: topographie, discours et pratiques. Dans un premier temps, nous avons établi une topographie de la recherche biomédicale en repérant les acteurs (et leur appartenance disciplinaire) et les institutions qui s'associent au terme «biomédical», que ce soit pour décrire des institutions ou des projets de recherche. Les résultats de cette analyse offrent une première approximation d'un espace de la recherche en donnant une image d'un domaine peu unifié. Ainsi, l'usage de la catégorie «biomédical» dans les projets des chercheurs n'est pas le fait des seuls médecins et biologistes, mais également de représentants d'autres disciplines. La physique, la chimie et les sciences de l'ingénieur occupent ainsi également une place très importante dans cet espace de recherche. Puis, dans une perspective discursive, nous avons analysé le «biomédical» non seulement comme un label, mais également comme un objet-frontière permettant d'articuler différentes significations, de produire du sens là où des univers de recherche pourraient s'opposer, ou à coordonner des politiques qui ne l'étaient pas. L'analyse des différentes définitions du «biomédical» nous a confirmé l'existence d'un espace social marqué par une grande diversité disciplinaire, toutefois articulé autour d'un coeur médical et, plus particulièrement, d'une application médicale (potentielle ou actuelle). De plus, il ne semble pas y avoir de profondes luttes pour l'établissement de limites claires au «biomédical». Finalement, nous avons étudié les différentes activités de la production des savoirs (carrières, financement, collaboration, publication, etc.). Cette analyse a permis de comprendre que la diversité des définitions et des significations que les acteurs attribuent à la catégorie «biomédical» a aussi un ancrage dans la matérialité des réseaux sociotechniques dans lesquels les chercheurs s'inscrivent. Ces éléments confirment l'idée d'une fragmentation et d'une hétérogénéité de l'espace de la recherche biomédicale. En dépit de cette fragmentation, nous avons également montré que différentes mesures et instruments d'action publique visant à organiser et réguler les pratiques des chercheurs sont mis en oeuvre. Néanmoins et paradoxalement, la recherche biomédicale ne constitue pas pour autant un objet de politique scientifique abordé par les autorités politiques, en tous les cas pas sous l'angle de la catégorie «biomédical». Ces différents niveaux d'analyse ont permis d'arriver à la conclusion que la catégorie «biomédical» n'est pas suffisamment institutionnalisée et que le degré d'interaction entre l'ensemble des chercheurs qui en font usage est trop faible pour que l'on puisse considérer le «biomédical» comme un espace social fortement organisé et structuré, à savoir un champ de la recherche biomédicale. Cela est principalement lié au fait que les acteurs ne partagent pas les mêmes définitions de ce qu'est (ou devrait être) le «biomédical», que leurs pratiques de recherche s'inscrivent dans des univers relativement séparés, et que cette diversité ne donne pas lieu à de fortes luttes pour l'imposition d'une définition légitime ou de normes d'excellence scientifiques dominantes. Par contre, les analyses ont permis de confirmer la validité du «biomédical» comme label, puisque les acteurs se servent de cette catégorie pour valoriser leurs pratiques de recherche et se positionner, même si d'autres notions ont émergé ces dernières années («translationnel», «biotech», «medtech», médecine personnalisée, etc.). On peut, in fine, considérer le «biomédical» comme un probable langage commun («objet-frontière») reposant tant sur la scientificisation du médical que sur la médicalisation des sciences («de base» et «techniques »), visant à améliorer les conditions de possibilité d'un dialogue fructueux entre chercheurs fondamentaux et cliniciens.

Analysis of Centrosome duplication in "Caenorhabditis elegans" : the role of "sas" genes

Abstract: The centrosome is the major microtubule organizing center (MTOC) of most animal cells. As such, it is essential for a number of processes, including polarized secretion or bipolar spindle assembly. Hence, centrosome number needs to be controlled precisely in coordination with DNA replication. Cells early in the cell cycle contain one centrosome that duplicates during S-phase to give rise to two centrosomes that organize a bipolar spindle during mitosis. A failure in this process is likely to engage the spindle assembly checkpoint and threaten genome stability. Despite its importance for normal and uncontrolled proliferation the mechanisms underlying centrosome duplication are still unclear. The Caenorhabditis elegans embryo is well suited to study the mechanisms of centrosome duplication. It allows for the analysis of cellular processes with high temporal and spatial resolution. Gene identification and inactivation techniques are very powerful and a wide set of mutant and transgenic strains facilitates analysis. My thesis project consisted of characterizing three sas-genes: sas-4, sas-5 and sas-¬6. Embryos lacking these genes fail to form a bipolar spindle, hence their name (spindle assembly). I established that sas-4(RNAi) and sas-6(RNAi) embryos do not form daughter centrioles and thus do not duplicate their centrosomes. Furthermore, I showed that both proteins localize to the cytoplasm and are strikingly enriched at centrioles throughout the cell cycle. By performing fluorescent recovery after photobleaching (FRAP) experiments and differentially labeling centrioles, I established that both proteins are recruited to centrioles once per cell cycle when daughter centrioles form. In contrast, SAS-5, PLK-1 and SPD-2 shuttle permanently between the cytoplasm and centrioles. By showing that SAS-5 and SAS-6 interact in vivo, I established a functional relationship between the proteins. Testing the putative human homologue of SAS-6 (HsSAS-6) and a distant relative of SAS-4 (CPAP), I was able to show that these proteins are required for centrosome duplication in human cells. In addition I found that overexpression of GFP¬HsSAS-6 leads to formation of extra centrosomes. In conclusion, we identified and gained important insights into proteins required for centrosome duplication in C. elegans and in human cells. Thus, our work contributes to further elucidate an important step of cell division in normal and malignant tissues. Eventually, this may allow for the development of novel diagnostic or therapeutic reagents to treat cancer patients. Résumé: Le centrosome est le principal centre organisateur des microtubules dans les cellules animales. De ce fait, il est essentiel pour un certain nombre de processus, comme l'adressage polarisé ou la mise en place d'un fuseau bipolaire. Le nombre de centrosome doit être contrôlé de façon précise et en coordination avec la réplication de l'ADN. Au début du cycle cellulaire, les cellules n'ont qu'un seul centrosome qui se duplique au cours de la phase S pour donner naissance à deux centrosomes qui forment le fuseau bipolaire pendant la mitose. Des défauts dans ce processus déclencheront probablement le "checkpoint" d'assemblage du fuseau et menaceront la stabilité du génome. Malgré leurs importances pour la prolifération normale ou incontrôlée des cellules, les mécanismes gouvernant la duplication des centrosomes restent obscures. L'embryon de Caenorhabditis elegans est bien adapté pour étudier les mécanismes de duplication des centrosomes. Il permet l'analyse des processus cellulaires avec une haute résolution spatiale et temporelle. L'identification des gènes et les techniques d'inactivation sont très puissantes et de larges collections de mutants et de lignées transgéniques facilitent les analyses. Mon projet de thèse a consisté à caractérisé trois gènes: sas-4, sas-5 et sas-6. Les embryons ne possédant pas ces gènes ne forment pas de fuseaux bipolaires, d'où leur nom (spindle assembly). J'ai établi que les embryons sas-4(RNAi) et sas-6(RNAi) ne forment pas de centrioles fils, et donc ne dupliquent pas leur centrosome. De plus, j'ai montré que les deux protéines sont localisées dans le cytoplasme et sont étonnamment enrichies aux centrioles tout le long du cycle cellulaire. En réalisant des expériences de FRAP (fluorscence recovery after photobleaching) et en marquant différentiellement les centrioles, j'ai établi que ces deux protéines sont recrutées une fois par cycle cellulaire aux centrioles, au moment de la duplication. Au contraire, SAS-5, PLK-1 et SPD-2 oscillent en permanence entre le cytoplasme et les centrioles. En montrant que SAS-5 et SAS-6 interagissent in vivo, j'ai établi une relation fonctionnelle entre les deux protéines. En testant les homologues humains putatifs de SAS-6 (HsSAS-6) et de SAS-4 (CPAP), j'ai été capable de montrer que ces protéines étaient aussi requises pour la duplication des centrosomes dans les cellules humaines. De plus, j'ai montré que la surexpression de GFP-HsSAS-6 entrainait la formation de centrosomes surnuméraires. En conclusion, nous avons identifié et progressé dans la compréhension de protéines requises pour la duplication des centrosomes chez C. elegans et dans les cellules humaines. Ainsi, notre travail contribue à mieux élucider une étape importante du la division cellulaire dans les cellules normales et malignes. A terme, ceci devrait aider au développement de nouveaux diagnostics ou de traitements thérapeuthiques pour soigner les malades du cancer.

Saccharomyces cerevisiae, a tool to study the β-oxidation through the synthesis of polyhydroxyalkanoates

Summary Polyhydroxyalkanoates (PHAs) represent a family of polyesters naturally synthesized by a wide variety of bacteria. Through their thermoplastic and elastomeric qualities, together with their biodegradable and renewable properties, they are predicted to be a good alternative to the petroleum- derived plastics. Nevertheless, as PHA production costs using bacteria fermentation are still too high, PHA synthesis within eukaryotic systems, such as plants, has been elaborated. Although the costs were then efficiently lowered, the yield of PHAs produced remained low. In this study, Saccharomyces cerevisae has been used as another eukaryotic model in order to reveal the steps which limit PHA production. These cells express the PHA synthase of Pseudomonas aeruginosa and the PHAs obtained were analyzed to understand the flux of fatty acids towards and through the peroxisomal β-oxidation core cycle, generating the main substrate of the PHA synthase. When S. cerevisiae wild-type cells are grown in a media containing glucose as carbon source as well as fatty acids, the PHA monomer composition is largely influenced by the nature of the external fatty acid used. Thus, even-chain PHA monomers are generated from oleic acid (18:1Δ9cis) and odd- chain PHA monomers are generated from heptadecenoic acid (17:1Δ. 10 cis). Moreover, PHA synthesis is dependent on the first two enzymes of the 0-oxidation core cycle, the acyl-CoA oxidase and the multifunctional enzyme enoyl-CoA hydratase II / R-3-hydroxyacyl-CoA dehydrogenase. S. cerevisiae mutant cells growing on oleic or heptadecenoic acid and deficient in either the R-3- hydroxyacyl-CoA dehydrogenase or in the 3-ketothiolase activity, the last β-oxidation cycle steps, surprisingly contained PHAs of predominantly even-chain monomers. This is also noticed in wild- type and mutants grown on glucose or raffinose, indicating that the substrate used for PHA synthesis is generated from the degradation of intracellular short- and medium-chain fatty acids by the 3- oxidation cycle. Inhibition of fatty acid biosynthesis by cerulenin blocks the synthesis of PHAs from intracellular fatty acids but still enables the use of extracellular fatty acids for polymer production. Together, these results uncovered the existence of a substantial futile cycle whereby short- and medium-chain intermediates of the cytoplasmic fatty acid biosynthetic pathway are directed towards the peroxisomal β-oxidation pathway. In this thesis, no increase of the yield of PHA produced could be obtained. But the PHA synthesis confirmed the carbon flux into and through the β-oxidation core cycle and unveiled the existence of novel mechanisms. It is thus a good tool to study in vivo the flux of carbons in S. cerevisiae cells. Résumé Les polyhydroxyalkanoates (PHAs) sont une famille de polyesters naturellement synthétisés par un grand nombre de bactéries. Ayant des propriétés de thermoplastiques, d'élastomères et étant des ressources biodégradables et renouvelables, les PHAs représentent une bonne alternative aux plastiques dérivés du pétrole. Pour pallier aux coûts considérables de la production de PHAs par fermentation bactérienne, la synthèse de PHAs par des systèmes eucaryotes telles les plantes a été élaborée. Les coûts ont ainsi efficacement été diminués, mais le rendement de PHAs produits reste faible. Dans cette étude, Saccharomyces cerevisiae a été utilisé comme autre modèle eucaryote pour révéler les étapes limitantes de la production de PHAs. Les PHAs obtenus dans les cellules exprimant la F'HA synthase de Pseudomonas aeruginosa ont été analysés afin de comprendre le flux d'acides gras vers et à travers le cycle péroxisomal de la β-oxidation, principal producteur du substrat de la PHA synthase. Lorsque la souche S. cerevisiae de type sauvage se développe dans un milieu contenant du glucose et des acides gras, la composition des monomères de PHAs est influencée par la nature des acides gras extracellulaires. Ainsi, les monomères pairs sont générés par l'acide oléique (18:1Δ9cis), tandis que les impairs le sont par l'acide heptadécénoïque (17:1Δ10cis). La synthèse de PHAs est dépendante des deux premières enzymes de la β-oxidation; l'acyl-CoA oxidase et l'enzyme multifonctionnelle enoyl-CoA hydratase II / R-3-hydroxyacyl-CoA déshydrogénase. Les souches mutantes ne possédant pas les activités de la R-3-hydroxyacyl-CoA déshydrogénase ou de la 3- ketothiolase contiennent, en présence d'acide oléique ou heptadécénoïque, des PHAs composés essentiellement de monomères pairs. Cela a également été observé en présence de glucose ou de raffinose uniquement. Le substrat utilisé pour la synthèse de PHAs a ainsi été généré par la dégradation d'acides gras intracellulaires à chaîne courte et moyenne via le cycle de la β-oxidation. L'inhibition de la synthèse d'acides gras par la cérulénine a bloqué la synthèse de PHAs par les acides gras internes. Ces résultats ont révélés l'existence d'un cycle futile par lequel des intermédiaires à chaîne courte et moyenne de la synthèse cytoplasmique d'acides gras sont dirigés vers le cycle péroxisomal de la β-oxidation. Dans cette étude, le rendement de PHAs produits reste inchangé, mais l'analyse des PHAs permet de confirmer le flux de carbones vers et à travers le cycle péroxisomal de la β-oxidation et l'existence de nouveaux méchanismes a été dévoilée. Cette synthèse s'avère être un bon outil pour étudier in vivo le flux de carbones dans les cellules de S. cerevisiae.

Determinants of school efficiency : The case of primary schools in the State of Geneva, Switzerland

The public primary school system in the State of Geneva, Switzerland, is characterized by centrally evaluated pupil performance measured with the use of standardized tests. As a result, consistent data are collected among the system. The 2010-2011 dataset is used to develop a two-stage data envelopment analysis (DEA) of school efficiency. In the first stage, DEA is employed to calculate an individual efficiency score for each school. It shows that, on average, each school could reduce its inputs by 7% whilst maintaining the same quality of pupil performance. The cause of inefficiency lies in perfectible management. In the second stage, efficiency is regressed on school characteristics and environmental variables;external factors outside of the control of headteachers. The model is tested for multicollinearity, heteroskedasticity and endogeneity. Four variables are identified as statistically significant. School efficiency is negatively influenced by (1) the provision of special education, (2) the proportion of disadvantaged pupils enrolled at the school and (3) operations being held on multiple sites, but positively influenced by school size (captured by the number of pupils). The proportion of allophone pupils; schools located in urban areas and the provision of reception classes for immigrant pupils are not significant. Although the significant variables influencing school efficiency are outside of the control of headteachers, it is still possible to either boost the positive impact or curb the negative impact. Dans le canton de Genève (Suisse), les écoles publiques primaires sont caractérisées par un financement assuré par les collectivités publiques (canton et communes) et par une évaluation des élèves à l'aide d'épreuves standardisées à trois moments distincts de leur scolarité. Cela permet de réunir des informations statistiques consistantes. La base de données de l'année 2010-2011 est utilisée dans une analyse en deux étapes de l'efficience des écoles. Dans une première étape, la méthode d'analyse des données par enveloppement (DEA) est utilisée pour calculer un score d'efficience pour chaque école. Cette analyse démontre que l'efficience moyenne des écoles s'élève à 93%. Chaque école pourrait, en moyenne, réduire ses ressources de 7% tout en conservant constants les résultats des élèves aux épreuves standardisées. La source de l'inefficience réside dans un management des écoles perfectible. Dans une seconde étape, les scores d'efficience sont régressés sur les caractéristiques des écoles et sur des variables environnementales. Ces variables ne sont pas sous le contrôle (ou l'influence) des directeurs d'école. Le modèle est testé pour la multicolinéartié, l'hétéroscédasticité et l'endogénéité. Quatre variables sont statistiquement significatives. L'efficience des écoles est influencée négativement par (1) le fait d'offrir un enseignement spécialisé en classe séparée, (2) la proporition d'élèves défavorisés et (3) le fait d'opérer sur plusieurs sites différents. L'efficience des écoles est influencée positivement par la taille de l'école, mesurée par le nombre d'élèves. La proporition d'élèves allophones, le fait d'être situé dans une zone urbaine et d'offrir des classes d'accueil pour les élèves immigrants constituent autant de variables non significatives. Le fait que les variables qui influencent l'efficience des écoles ne soient pas sous le contrôle des directeurs ne signifie pas qu'il faille céder au fatalisme. Différentes pistes sont proposées pour permettre soit de réduire l'impact négatif soit de tirer parti de l'impact positif des variables significatives.

"Singularités" géotopiques de l'Imago Mundi - I

Nous tentons d'arraisonner le réel cartographique à travers le «mapping», cette géographie avant la lettre où l'esprit prend la place des cartes et les précède, par l'exploration de «singularités» géotopiques et les structurations de l'Imago Mundi. C'est en particulier par l'analyse des expressions cartographiques de l'origine, du centre et de la périphérie ou encore la notion de marginalité, en regard de l'histoire des représentations cartographiques, principalement ici à l'époque grecque archaïque, que nous pouvons discuter des ambivalences de ces notions et les replacer dans une modélisation ternaire qui éclaire leur statut épistémologique autant que géographique.

Contribution à une étude normative de l'épreuve de Rorschach auprès d'un groupe d'enfants de 8 à 14 ans non-consultants

Cette étude normative de l'épreuve de Rorschach porte sur une population suisse de 102 enfants et adolescents non-consultants de 8 à 14 ans, répartis par tranches d'âge, sexe et niveau intellectuel. Elle présente un aperçu des différentes méthodes utilisées dans l'interprétation du Rorschach et des normes francophones existantes. Une réflexion est aussi proposée autour de la question de l'utilité de l'analyse des facteurs quantitatifs au Rorschach. Suite à une présentation détaillée de la méthodologie de recherche, les résultats sont exposés et comparés aux normes antérieures. Ils ne révèlent pas de différences importantes avec ces dernières, à l'exception de la hausse du F%, de la baisse du F+% et du nombre de Banalités. Les comparaisons Age, Sexe et QI révèlent quelques différences entre les groupes.

Accompagner un patient suicidaire

A partir d'un terrain ethnographique réalisé dans une unité d'urgences psychiatriques, cet article s'intéresse en particulier à la prise de décision concernant le suivi des patients ayant des comportements ou des idées suicidaires. Face à l'imprévisibilité du suicide, l'évaluation du potentiel suicidaire permet de donner une assise formelle et scientifique au travail thérapeutique des soignants. Le choix du suivi (hospitalisation ou accompagnement ambulatoire) dépend toutefois de deux dimensions moins explicites : l'autonomie du patient et son adhésion au dispositif psychiatrique. L'analyse des discours des soignants permet ainsi de relever les logiques contradictoires qui sous-tendent cette décision : d'une part la nécessité de garder le lien avec le patient (en privilégiant un accompagnement) et d'autre part l'exigence de protéger sa vie (en optant pour une hospitalisation).

Assessment of occlusive arterial disease of abdominal aorta and lower extremities arteries : value of multidetector CT angiography using and adaptative acquisition method

Rapport de synthèse : Objectif : Le but de ce travail est d`étudier l'angiographie par scanner multi-barrette (AS) dans l'évaluation de l'artériopathie oblitérante (AOMI) de l'aorte abdominale et des membres inférieurs utilisant une méthode adaptative d'acquisition pour optimiser le rehaussement artériel en particulier pour le lit artériel distal et les artères des pieds. Matériels et méthodes : Trente-quatre patients pressentant une AOMI ont bénéficié d'une angiographie trans-cathéter (ATC) et d'une AS dans un délai inférieur ou égal à 15 jours. L'AS a été effectuée du tronc coeliaque jusqu'aux artères des pieds en une seule acquisition utilisant une haute résolution spatiale (16x0.625 mm). La vitesse de table et le temps de rotation pour chaque examen ont été choisis selon le temps de transit du produit de contraste, obtenu après un bolus test. Une quantité totale de 130 ml de contraste à 4 ml/s a été utilisée. L'analyse des images de l'AS a été effectuée par deux observateurs et les données ATC ont été interprétées de manière indépendante par deux autres observateurs. L'analyse a inclus la qualité de l'image et la détection de sténose supérieure ou égale à 50 % par patient et par segment artériel. La sensibilité et la spécificité de l'AS ont été calculées en considérant l'ATC comme examen de référence. La variabilité Interobservateur a été mesurée au moyen d'une statistique de kappa. Résultas : L'ATC a été non-conclusive dans 0.7 % des segments, tandis que l'AS était conclusive dans tous les segments. Sur l'analyse par patient, la sensibilité et la spécificité totales pour détecter une sténose significative égale ou supérieure à 50 % étaient de 100 %. L'analyse par segment a montré des sensibilités et de spécificités variant respectivement de 91 à 100 % et de 81 à 100 %. L'analyse des artères distales des pieds a révélé une sensibilité de 100 % et une spécificité de 90 %. Conclusion : L'angiographie par CT multi-barrettes utilisant cette méthode adaptative d'acquisition améliore la qualité de l'image et fournit une technique non-invasive et fiable pour évaluer L'AOMI, y compris les artères distales des pieds.

Lymph node stromal cells in homeostasis and immune response

Summary : Antigen-specific T lymphocytes constantly patrol the body to search for invading pathogens. Given the large external and internal body surfaces that need to be surveyed, a sophisticated strategy is necessary to facilitate encounters between T cells and pathogens. Dendritic cells present at all body surfaces are specialized in capturing pathogens and bringing them to T zones of secondary lymphoid organs, such as the lymph nodes and the spleen. Here, dendritic cells present antigenic fragments and activate the rare antigen-specific T lymphocytes. This induction of an immune response is facilitated in multiple ways by a dense network of poorly characterized stromal cells, termed fibroblastic reticular cells (FRCs). They constitutively produce the chemokines CCL21 and CCL19, which attract naïve T cells and dendritic cells into the T zone. Further, they provide an adhesion scaffold for dendritic cells and a migration scaffold for naïve T cells, allowing efficient screening of dendritic cell by thousands of T cells. FRCs also form a system of microchannels (conduits) that allows rapid transport of antigen or cytokines from the subcapsular sinus to the T zone. We characterized lymph node FRCS by flow cytometry, immunofluorescence microscopy, real time PCR and functional assays and could show that FRCs are a unique type of myofibroblasts which produce the T cell survival factor IL-7. This function was shown to be critically involved in regulating the size of the peripheral T cell pool and further demonstrates the importance of FRCs in maintaining immunocompetence. As we observed that some dendritic cells also express the receptor for IL-7, we expected a similar function of IL-7 in their survival. Surprisingly, we found no role for IL-7 in their survival but in their development. Analysis of hematopoietic precursors suggested that part of the dendritic cell pool develops out of an IL-7 dependent precursor, which maybe shared with lymphocytes. During the induction of an immune response, lymph node homeostasis is drastically altered when the lymph node expands several-fold in size to accommodate many more lymphocytes. Here, we describe that this expansion of the T zone is accompanied by the activation and proliferation of FRCs thereby preserving T zone architecture and function. This expansion of the FRC network is regulated by antigen-independent and -dependent events. It demonstrates the incredible plasticity of this organ allowing clonal expansion of antigen-specific lymphocytes. Résumé : Les lymphocytes T, spécifiques pour un antigène particulier, patrouillent constamment le corps à la recherche de l'invasion de pathogène. A cause des grandes surfaces externes et internes du corps, une stratégie sophistiquée est nécessaire afin de faciliter les rencontres entre les cellules T et les agents pathogènes. Les cellules dendritiques présentes dans toutes les surfaces du corps sont spécialisées dans la capture des agents pathogènes et dans le transport vers les zones T des organes lymphoïdes secondaires, comme les ganglions lymphatiques et la rate. Dans ces organes, les cellules dendritiques présentent les fragments antigéniques et activent les lymphocytes T rares. L'induction de cette réponse immunitaire est facilitée de différentes manières par un réseau dense de cellules strornales mal caractérisé, appelées 'fibroblastic reticular tells' (FRCs). FRCs produisent constitutivement les chimiokines CCL21 et CCL19, qui attirent les lymphocytes T naïfs et les cellules dendritiques vers la zone T. En outre, elles donnent une base d'adhérence pour les cellules dendritiques et elles attirent les cellules T naïves vers les cellules dendritiques. Les FRCs forment des petits canaux (ou conduits) qui permettent le transport rapide d'antigènes solubles ou de cytokines vers la zone T. Nous avons caractérisé les FRCs par cytométrie en flux, immunofluorescence et par PCR en temps réel et nous avons démontré que les FRCs sont un type unique de rnyofibroblastes qui produisent un facteur de survie des cellules T, l'Interleukine-7. Il a été démontré que cette fonction est cruciale afin d'augmenter la taille et la diversité du répertoire de cellules T, et ainsi, maintenir l'immunocompétence. Comme nous avons observé que certaines cellules dendritiques expriment également le récepteur de l'IL-7, nous avons testé une fonction similaire dans leur survie. Étonnamment, nous n'avons pas trouvé de rôle pour l'IL-7 dans leur survie, mais dans leur développement. L'analyse des précurseurs hématopoïétiques a suggéré qu'une fraction des cellules dendritiques se développe à partir des précurseurs dépendants de l'IL-7, qui sont probablement partagés avec les lymphocytes. Au cours de l'induction d'une réponse immunitaire, l'homéostasie du ganglion lymphatique est considérablement modifiée. En effet, sa taille augmente considérablement afin d'accueillir un plus grand nombre de lymphocytes. Nous décrivons ici que cet élargissement de la zone T est accompagné par l'activation et 1a prolifération des FRCs, préservant l'architecture et la fonction de la zone T. Cette expansion du réseau des FRCs est régie par des évènements à la fois dépendants et indépendants de l'antigène. Cela montre l'incroyable plasticité de cet organe qui permet l'expansion clonale des lymphocytes T spécifiques.

Stranger than Fiction: Métalepse de Genette et quelques univers filmiques contemporains

Dans le présent article, l'auteur examine certains commentaires développés par Gérard Genette à propos d'exemples filmiques dans l'ouvrage Métalepse, et tente de prolonger l'étude de cette « figure » dans le cadre des théories de la fiction en se penchant sur des films réalisés dans la dernière décennie. Il montre ainsi la pertinence de l'étude des phénomènes relevant de la métalepse pour aborder certaines productions cinématographiques contemporaines qui engagent des pratiques réflexives complexes. Par ailleurs, il aborde la façon dont Genette se positionne par rapport à l'objet cinéma - qu'il tient distance -, et propose d'autres ouvertures théoriques, notamment en tenant plus spécifiquement compte des théories de l'énonciation filmique. Enfin, il discute certains problèmes soulevés par la conception genettienne de la « diégèse » appliquée au cinéma, notamment dans le cas de l'analyse des implications du procédé du pont sonore et des sons dits « extradiégétiques ». L'étude s'achève par l'analyse de la transgression des niveaux narratifs dans un film à voix-over, Stranger than fiction (Marc Forster, 2006), qui constitue un lieu privilégié pour éprouver certaines remarques de Genette. This article discusses some reflections developed by Gérard Genette with respect to the filmic examples in Métalepse and tries to pursue the study of this figure within the framework of fiction theories, by focusing on certain films released in the last decade. The article also shows how the study of metalepsis can be important in order to address contemporary movies presenting complex self-reflexive strategies. Furthermore, it gives account of the particular way in which Genette deals with cinema and suggests some other possible theoretical developments, considering in particular the theories about filmic enunciation. Finally, the paper discusses some problems concerning Genette's idea of "diegesis" when it is applied to cinema and analyses the transgression of narrative levels in a voice-over film - in this case Stranger than Fiction (Marc Forster, 2006), which provides a particularly interesting example in order to test some of Genette's remarks.