EADock : design of a new molecular docking algorithm and some of its applications

3 Summary 3. 1 English The pharmaceutical industry has been facing several challenges during the last years, and the optimization of their drug discovery pipeline is believed to be the only viable solution. High-throughput techniques do participate actively to this optimization, especially when complemented by computational approaches aiming at rationalizing the enormous amount of information that they can produce. In siiico techniques, such as virtual screening or rational drug design, are now routinely used to guide drug discovery. Both heavily rely on the prediction of the molecular interaction (docking) occurring between drug-like molecules and a therapeutically relevant target. Several softwares are available to this end, but despite the very promising picture drawn in most benchmarks, they still hold several hidden weaknesses. As pointed out in several recent reviews, the docking problem is far from being solved, and there is now a need for methods able to identify binding modes with a high accuracy, which is essential to reliably compute the binding free energy of the ligand. This quantity is directly linked to its affinity and can be related to its biological activity. Accurate docking algorithms are thus critical for both the discovery and the rational optimization of new drugs. In this thesis, a new docking software aiming at this goal is presented, EADock. It uses a hybrid evolutionary algorithm with two fitness functions, in combination with a sophisticated management of the diversity. EADock is interfaced with .the CHARMM package for energy calculations and coordinate handling. A validation was carried out on 37 crystallized protein-ligand complexes featuring 11 different proteins. The search space was defined as a sphere of 15 R around the center of mass of the ligand position in the crystal structure, and conversely to other benchmarks, our algorithms was fed with optimized ligand positions up to 10 A root mean square deviation 2MSD) from the crystal structure. This validation illustrates the efficiency of our sampling heuristic, as correct binding modes, defined by a RMSD to the crystal structure lower than 2 A, were identified and ranked first for 68% of the complexes. The success rate increases to 78% when considering the five best-ranked clusters, and 92% when all clusters present in the last generation are taken into account. Most failures in this benchmark could be explained by the presence of crystal contacts in the experimental structure. EADock has been used to understand molecular interactions involved in the regulation of the Na,K ATPase, and in the activation of the nuclear hormone peroxisome proliferatoractivated receptors a (PPARa). It also helped to understand the action of common pollutants (phthalates) on PPARy, and the impact of biotransformations of the anticancer drug Imatinib (Gleevec®) on its binding mode to the Bcr-Abl tyrosine kinase. Finally, a fragment-based rational drug design approach using EADock was developed, and led to the successful design of new peptidic ligands for the a5ß1 integrin, and for the human PPARa. In both cases, the designed peptides presented activities comparable to that of well-established ligands such as the anticancer drug Cilengitide and Wy14,643, respectively. 3.2 French Les récentes difficultés de l'industrie pharmaceutique ne semblent pouvoir se résoudre que par l'optimisation de leur processus de développement de médicaments. Cette dernière implique de plus en plus. de techniques dites "haut-débit", particulièrement efficaces lorsqu'elles sont couplées aux outils informatiques permettant de gérer la masse de données produite. Désormais, les approches in silico telles que le criblage virtuel ou la conception rationnelle de nouvelles molécules sont utilisées couramment. Toutes deux reposent sur la capacité à prédire les détails de l'interaction moléculaire entre une molécule ressemblant à un principe actif (PA) et une protéine cible ayant un intérêt thérapeutique. Les comparatifs de logiciels s'attaquant à cette prédiction sont flatteurs, mais plusieurs problèmes subsistent. La littérature récente tend à remettre en cause leur fiabilité, affirmant l'émergence .d'un besoin pour des approches plus précises du mode d'interaction. Cette précision est essentielle au calcul de l'énergie libre de liaison, qui est directement liée à l'affinité du PA potentiel pour la protéine cible, et indirectement liée à son activité biologique. Une prédiction précise est d'une importance toute particulière pour la découverte et l'optimisation de nouvelles molécules actives. Cette thèse présente un nouveau logiciel, EADock, mettant en avant une telle précision. Cet algorithme évolutionnaire hybride utilise deux pressions de sélections, combinées à une gestion de la diversité sophistiquée. EADock repose sur CHARMM pour les calculs d'énergie et la gestion des coordonnées atomiques. Sa validation a été effectuée sur 37 complexes protéine-ligand cristallisés, incluant 11 protéines différentes. L'espace de recherche a été étendu à une sphère de 151 de rayon autour du centre de masse du ligand cristallisé, et contrairement aux comparatifs habituels, l'algorithme est parti de solutions optimisées présentant un RMSD jusqu'à 10 R par rapport à la structure cristalline. Cette validation a permis de mettre en évidence l'efficacité de notre heuristique de recherche car des modes d'interactions présentant un RMSD inférieur à 2 R par rapport à la structure cristalline ont été classés premier pour 68% des complexes. Lorsque les cinq meilleures solutions sont prises en compte, le taux de succès grimpe à 78%, et 92% lorsque la totalité de la dernière génération est prise en compte. La plupart des erreurs de prédiction sont imputables à la présence de contacts cristallins. Depuis, EADock a été utilisé pour comprendre les mécanismes moléculaires impliqués dans la régulation de la Na,K ATPase et dans l'activation du peroxisome proliferatoractivated receptor a (PPARa). Il a également permis de décrire l'interaction de polluants couramment rencontrés sur PPARy, ainsi que l'influence de la métabolisation de l'Imatinib (PA anticancéreux) sur la fixation à la kinase Bcr-Abl. Une approche basée sur la prédiction des interactions de fragments moléculaires avec protéine cible est également proposée. Elle a permis la découverte de nouveaux ligands peptidiques de PPARa et de l'intégrine a5ß1. Dans les deux cas, l'activité de ces nouveaux peptides est comparable à celles de ligands bien établis, comme le Wy14,643 pour le premier, et le Cilengitide (PA anticancéreux) pour la seconde.

Charles d'Orléans. Le Livre d'Amis : poésies à la cour de Blois (1440-1465)

Né en 1394, Charles d'Orléans, prince à la fleur de lys, est fait prisonnier à la bataille d'Azincourt (1415). C'est avant tout l'image du poète vêtu de noir, exilé pendant vingt-cinq ans en Angleterre, qui s'est imposée auprès du public. Les ballades, rondeaux, chansons et complaintes écrites après son retour en France témoignent pourtant d'une conception du lyrisme bien moins marquée au sceau de la mélancolie que ne le voudrait notre vision romantique. S'il a été malheureux en politique, Charles d'Orléans a su faire de son château de Blois un centre culturel vivant où se rencontraient amis et écrivains de passage : leurs poésies côtoient celles du prince dans le célèbre manuscrit 25458, en partie autographe, du fonds français de la Bibliothèque Nationale de France. La présente édition/traduction réunit les textes de cette « coterie », avec l'espoir de permettre au lecteur de saisir le fonctionnement spécifique de l'album personnel de Charles d'Orléans, entre 1440 et 1465. Il s'agit d'un véritable Livre d'Amis non pas dominé par un seul je, mais fondé sur le désordre de l'écriture collaborative et de voix multiples qui se répondent à travers un réseau d'images et de thèmes qui donnent au recueil son unité. L'ordre des pièces, tel qu'il se présente dans le manuscrit, a été respecté afin de rendre au mieux l'aspect social et ludique d'une poésie qui naît de la dynamique culturelle et littéraire du cercle de Blois, réuni autour d'un prince et poète qui sait jouer de l'ironie et pratique volontiers le clin d'oeil allusif, réservé à ceux qui savent en goûter la finesse.

Targeting the JNK signaling pathway potentiates the antiproliferative efficacy of Rapamycin in LS174T colon cancer cells

RésuméLes récentes thérapies anticancéreuses développées visent principalement à inhiber les protéines mutées et responsables de la croissance des cellules cancéreuses. Dans ce contexte, l'inhibition d'une protéine appelée mTOR est une stratégie prometteuse. En effet, mTOR régule la prolifération et la survie cellulaire et mTOR est fréquemment activé dans les cellules tumorales.De nombreuses études ont démontré l'efficacité anti-tumorale d'inhibiteurs de mTOR telle que la rapamycine aussi bien dans des modèles expérimentaux que chez les patients souffrant de cancers. Ces études ont cependant également démontré que l'inhibition de mTOR induit l'activation d'autres protéines cellulaires qui vont induire la prolifération cellulaire et ainsi limiter l'effet anti-tumoral des inhibiteurs de mTOR. En particulier, la rapamycine induit l'activation de la voie de signalisation PI3K/Akt qui joue un rôle prépondérant dans la croissance cellulaire.Dans ce travail, nous avons étudié l'effet de la rapamycine sur une protéine appelée JNK ainsi que le rôle de JNK sur les effets anti-tumoraux de la rapamycine. JNK est une protéine impliquée dans la survie et la prolifération cellulaire. Elle est activée notamment par la voie de signalisation PI3K/Akt. De ce fait, nous avons émis l'hypothèse que la rapamycine induirait l'activation de JNK, réduisant ainsi l'efficacité anti¬tumorale de la rapamycine. En utilisant une lignée cellulaire tumorale (LS174T) dérivée du cancer colorectal, nous avons observé que la rapamycine induisait l'activation de JNK. Nous avons également observé que l'inhibition de JNK par le SP600125, un inhibiteur chimique de JNK, ou par la surexpression d'un dominant négatif de JNK dans les cellules LS174T potentialisait l'effet anti-tumoral de la rapamycine in vitro ainsi que dans un modèle murin de xénogreffe tumorale in vivo.En conclusion, nous avons observé que l'activation de JNK induite par la rapamycine entraine une réduction de l'effet anti-tumoral de cette dernière. Nous proposons ainsi que l'inhibition simultanée de JNK et de mTOR représente une nouvelle option thérapeutique en oncologie qu'il conviendra de confirmer dans d'autres modèles expérimentaux avant d'être testée dans des études cliniques.

Beneficial effects of combinatorial micronutrition on body fat and atherosclerosis in mice.

AIMS: More than two billion people worldwide are deficient in key micronutrients. Single micronutrients have been used at high doses to prevent and treat dietary insufficiencies. Yet the impact of combinations of micronutrients in small doses aiming to improve lipid disorders and the corresponding metabolic pathways remains incompletely understood. Thus, we investigated whether a combination of micronutrients would reduce fat accumulation and atherosclerosis in mice. METHODS AND RESULTS: Lipoprotein receptor-null mice fed with an original combination of micronutrients incorporated into the daily chow showed reduced weight gain, body fat, plasma triglycerides, and increased oxygen consumption. These effects were achieved through enhanced lipid utilization and reduced lipid accumulation in metabolic organs and were mediated, in part, by the nuclear receptor PPARα. Moreover, the micronutrients partially prevented atherogenesis when administered early in life to apolipoprotein E-null mice. When the micronutrient treatment was started before conception, the anti-atherosclerotic effect was stronger in the progeny. This finding correlated with decreased post-prandial triglyceridaemia and vascular inflammation, two major atherogenic factors. CONCLUSION: Our data indicate beneficial effects of a combination of micronutritients on body weight gain, hypertriglyceridaemia, liver steatosis, and atherosclerosis in mice, and thus our findings suggest a novel cost-effective combinatorial micronutrient-based strategy worthy of being tested in humans.

Du curatif au palliatif. Confrontation et renouvellement des pratiques hospitalières face à la fin de vie

Sur la base de données ethnographiques rendant compte d'échanges quotidiens entre une équipe mobile de soins palliatifs et différents services de « première ligne » d'un hôpital, cet article considère les relations d'intermédicalité entre ces cultures médicales divergentes. Dans un premier temps, les obstacles qui émergent lors de tentatives d'intégration du nouveau modèle proposé par les soins palliatifs seront discutés. En effet, celui-ci introduit une conception nouvelle de la trajectoire de la maladie incurable traduisant des valeurs fondamentales telles que prendre du temps et s'adapter aux besoins du patient tout en soulageant efficacement les symptômes liés à l'incurabilité et à la fin de vie. Les données recueillies dans cette enquête montrent que, tout en se confrontant à l'ordre hospitalier, les soins palliatifs participent dans une certaine mesure au renouvellement de pratiques institutionnelles. Dans un deuxième temps, ces confrontations et transformations seront lues à la lumière d'enjeux de pouvoir sous-jacents influençant le processus de reconnaissance des soins palliatifs dans le champ médical. En tant que nouvelle spécialité « à contre-courant », une forte adaptation est requise laissant poindre le risque d'assimilation de l'équipe mobile à l'institution hospitalière.

Ornementation et discours architectural de la "villa" gallo-romaine d'Orbe-Boscéaz : l'apport des peintures

La présente thèse s'inscrit dans la continuité de la publication des fouilles menées de 1986 à 2002 sur le site de la villa gallo-romaine d'Orbe-Boscéaz/VD par l'Institut d'archéologie et des sciences de l'antiquité de l'Université de Lausanne (URBA I, à paraître dans les Cahiers d'archéologie romande). Elle constitue l'analyse approfondie du corpus des peintures murales fragmentaires -succinctement présentées dans URBA I - appartenant à la pars urbana qui succéda, entre 161 et 180 apr. J.-C, à un édifice plus petit du Ier s. de notre ère -dont les peintures sont publiées dans l'ouvrage sus-mentionné. N'ayant subi que de très rares modifications, cette pars urbana de caractère palatial forme un "ensemble clos" autorisant une analyse globale de la conception architecturale et décorative voulue par le bâtisseur ou son commanditaire. Le corpus pictural, composé d'un matériel assez ingrat remplissant quelque 600 cagettes de stockage, offre de ce fait l'intérêt d'une grande homogénéité chronologique et reflète la cohérence et l'unité de la décoration peinte d'origine. Le travail de discrimination et de remontage des ensembles a permet d'individualiser au moins 220 décors et revêtements muraux; l'ensemble des hypothèses de restitution des peintures donne ainsi une image minimale de l'environnement pictural de la pars urbana. Ce corpus pictural n'est toutefois que l'une des composantes du programme décoratif, aussi l'analyse de ses caractéristiques est-elle confrontée à celle des autres composantes ornementales (architecture, placages de marbres et surtout le remarquable ensemble des mosaïques qui fait la célébrité du site). La conjugaison des divers éléments et leur répartition au sein d'un plan bien connu et très symétrique orientent sur les choix décoratifs majeurs, et permettent sinon de reconstituer, tout au moins d'approcher la conception du programme architectural et décoratif voulu par le commanditaire ou son architecte; ce programme, comme fréquemment, reflète le statut du commanditaire, le met évidemment en scène et tient un discours sur la villa, adressé tant aux habitants qu'aux visiteurs. On trouvera dans le travail six chapitres formant l'essentiel de l'exploitation du corpus pictural urbigène. Le premier chapitre est introductif, et présente dans ses grandes lignes la pars urbana de Boscéaz comme cadre de référence. Il est suivi par un état des lieux des peintures murales retrouvées sur le site, abordant leur répartition, leur état de conservation et la méthodologie adoptée pour leur traitement comme leur étude (chapitre 2). Le chapitre 3 constitue l'étude technique des enduits peints. Il réunit toutes les observations que l'on peut faire sur les techniques de réalisation des peinture murales, de la préparation et la pose des mortiers de support aux tours de main des peintres pour le rendu d'un motif. Ce chapitre s'inscrit dans la perspective, appliquée à Boscéaz, d'études marquantes comme celles sur les techniques de préparation des parois (Allag /Barbet 1972, Barbet 1995) sur l'identification des pigments (PACT 17, 1985, Béarat 1997, Colloque de Fribourg 1997) et sur l'analyse des mortiers (Coutelas 2003). Suit le catalogue des peintures, basé sur une sélection de 3414 plaques remontées et fragments (chapitre 4) : il propose une description rigoureuse et systématique des motifs, ainsi que leur analyse stylistique qui apporte les éléments comparatifs permettant la compréhension du matériel, et justifiant son interprétation, voire sa restitution. Les décors y sont présentés par local de découverte; un paragraphe introductif réunit les données de fouille et des informations sur le local ou le prélèvement des enduits, et donne le nombre et la détermination des décors retrouvés. Chacun d'eux fait l'objet d'une notice regroupant: une détermination par le mortier de support (le tectorium); les observations techniques diverses; la description, la restitution le cas échéant, et l'analyse stylistique. Cette dernière privilégie les comparaisons locales, en Suisse d'abord puis dans les pays limitrophes de façon à mettre en évidence les liens plausibles entre certains sites et les éventuels indices d'une production régionale. La documentation graphique qui accompagne chaque décor dans le volume d'illustrations est constituée avant tout des planches photographiques des fragments à l'échelle 1:3, accompagnés le cas échéant de dessins au trait justifiant la lecture des motifs. Ceux-ci permettent la reconstitution idéale

Résistances tacites face à la requalification d'un quartier urbain en voie de gentrification : Regard à partir du quartier Le Maupas, Lausanne.

Quand un vent de changement souffle sur une ville, comment les quartiers qui la composent résistent-ils ? Le Maupas, une portion de la ville de Lausanne, présente les signes précurseurs d'un quartier en voie de gentrification. L'adoption dans cette recherche d'une approche praxéologique des espaces publics urbains implique une définition de ce phénomène, capable de rendre compte de ses caractéristiques dynamique et processuelle. Il s'agit d'étudier l'impact des aménagements urbains et de leurs usages. Je propose ici de recourir à des éléments en rapport avec la culture, la mobilité et la convivialité, afin de fournir un éclairage sur les tendances que peut prendre le quartier du Maupas. Ces tendances ne s'accomplissent pas sans quelques résistances explicites et tacites capables de contrecarrer, ou du moins ralentir la reclassification en cours. « Le Maupas » is part of the city of Lausanne. Because of some precursory signs, this neighbourhood is considered to be in the process of gentrification. This article deals with a praxeologic approach. It involves a dynamic conception of the urban public spaces and of gentrification. Studying the culture, the mobility and the conviviality features of « le Maupas », I try to highlight how social uses of urban settings manage resistance to change.

Maternal exposure to polychlorinated biphenyls and the secondary sex ratio: an occupational cohort study.

Background: Though commercial production of polychlorinated biphenyls was banned in the United States in 1977, exposure continues due to their environmental persistence. Several studies have examined the associationbetween environmental polychlorinated biphenyl exposure and modulations of the secondary sex ratio, with conflicting results.Objective: Our objective was to evaluate the association between maternal preconceptional occupational polychlorinated biphenyl exposure and the secondary sex ratio.Methods: We examined primipara singleton births of 2595 women, who worked in three capacitor plants at least one year during the period polychlorinated biphenyls were used. Cumulative estimated maternal occupationalpolychlorinated biphenyl exposure at the time of the infant's conception was calculated from plant-specific job exposure matrices. A logistic regression analysis was used to evaluate the association between maternalpolychlorinated biphenyl exposure and male sex at birth (yes/no).Results: Maternal body mass index at age 20, smoking status, and race did not vary between those occupationally exposed and those unexposed before the child's conception. Polychlorinated biphenyl-exposed mothers were, however, more likely to have used oral contraceptives and to have been older at the birth of their first child than non-occupationally exposed women. Among 1506 infants liveborn to polychlorinated biphenyl-exposedprimiparous women, 49.8% were male; compared to 49.9% among those not exposed (n = 1089). Multivariate analyses controlling for mother's age and year of birth found no significant association between the odds of amale birth and mother's cumulative estimated polychlorinated biphenyl exposure to time of conception.Conclusions: Based on these data, we find no evidence of altered sex ratio among children born to primiparous polychlorinated biphenyl-exposed female workers.

Biomechanical concept and clinical outcome of dual mobility cups

La luxation d'une prothèse totale de la hanche est une complication majeure en termes de morbidité pour le patient et des coûts pour le système de santé. Cette complication est retrouvée entre 2 à 3% selon les séries (1-3) pour des prothèses primaires, et beaucoup plus élevée suite à des révisions. Pour remédier à ce problème, des systèmes de prothèses contraintes sont une option, cependant associés à des descellements fréquents entre 10 à 26 % selon les séries (4-6). Ces échecs étant en partie expliqués par une usure rapide des surfaces de frottements due aux fortes contraintes, mais également par les contraintes cupule-os occasionnant des descellements mécaniques (7). Par conséquent, pour augmenter la stabilité, tout en évitant les contraintes sur le couple de frottement, Bousquet développe, en 1976, une prothèse totale de hanche « à double mobilité ». Ce système consiste à combiner deux articulations apparentes, premièrement une tête métallique dans un insert de polyéthylène, articulé lui- même dans la concavité d'une cupule métallique fixée au bassin. En tant que tel, ce système biomécanique réduirait en théorie le risque de luxation. Dès lors, on aperçoit depuis environ 15 ans une augmentation progressive de l'utilisation de ce type d'implants que ce soit comme implant primaire ou secondaire, chez des patients jeunes ou âgés. Cependant, des études in vitro, ont montré que des grandes surfaces de friction sont associées à une augmentation de l'usure du polyéthylène (8). En revanche, les données sur la cinématique et l'usure, in vivo, de ce type d'implant étaient jusqu'alors limitées. Depuis quelques années, un certain nombre d'études cliniques avec un follow up significatif ont été publiées. CONCLUSIONS ET PERSPECTIVES FUTURES La prothèse totale de hanche à double mobilité, développée par Bousquet dans les années 1970, est un concept novateur dans l'arthroplastie totale de hanche. Depuis sa première conception, de nombreuses améliorations ont été adoptées. Cependant, ses effets à long terme sur la survie de l'implant doivent encore être effectué. Certes, des études ont montré un net effet sur la réduction du taux de luxation des prothèses primaires, lors de révision ou après résection tumorale. Toutefois, compte tenu des données limitées à long terme sur le taux d'usure et le descellement aseptique, il convient d'utiliser ce type d'implant avec prudence, en particulier lors d'arthroplastie primaire chez des patients jeunes.

Pharmacogenetics of Antiviral Treatment

RESUME - FRANÇAISRésuméDans ce travail de thèse, l'importance de la pharmacogénétique des traitements antiviraux a été évaluée en déterminant, au moyen de trois différentes approches, l'impact de variations génétiques sur la pharmacocinétique de deux traitements antirétroviraux (à savoir l'efavirenz et le lopinavir) ainsi que sur la capacité de pouvoir éliminer le virus de l'hépatite C de façon naturelle ou suite à un traitement médicamenteux.L'influence des variations génétiques sur les taux plasmatiques de l'efavirenz et de ses métabolites primaires a été évaluée par l'analyse d'un seul gène candidat : le cytochrome P450 (CYP) 2A6, impliqué dans une voie métabolique accessoire de l'efavirenz. Cette étude a permis de démontrer que le génotype du CYP2A6 devient cliniquement déterminant en l'absence de fonction du CYP2B6, impliqué dans la voie métabolique principale, et que la perte simultanée des voies métaboliques principales et accessoires entraine une augmen¬tation du risque d'interruption du traitement, soulignant la valeur prédictive du génotypage.L'influence de la génétique sur la clairance du lopinavir a été évaluée par l'analyse à grande échelle de gènes candidats, à savoir les gènes potentiellement impliqués dans l'absorption, le métabolisme, la distribution et l'élimination d'un médicament. Cette étude a permis l'identification de 4 polymorphismes, dans des transporteurs et des enzymes métaboliques, associés à la clairance du lopinavir et expliquant 5% de la variabilité inter¬individuelle de ce phénotype.L'influence de la génétique sur la capacité d'éliminer le virus de l'hépatite C, de façon naturelle ou à la suite d'un traitement, a été évaluée par l'analyse du génome entier. Cette étude a permis l'identification d'un polymorphisme situé à proximité de l'interféron-X3. Quatre variations génétiques potentiellement causales ont ensuite pu être identifiées par reséquencage. Finalement, la contribution nette de ce gène sur l'élimination du virus a pu être évaluée dans une cohorte infectée par une seule et même source, permettant ainsi de contrôler l'effet de la diversité virale, du genre et de la présence de co-infections.Cette thèse a permis de mettre en évidence les diverses méthodes disponibles pour la recherche en pharmacogénétique, ainsi que l'importance du reséquencage pour l'identification de variations génétiques causales.SUMMARY - ENGLISHSummaryIn this thesis work the relevance of pharmacogenetics of antiviral treatment has been assessed by investigating, through three different approaches, the impact of host genetic variation on antiretroviral drug disposition (namely efavirenz and lopinavir) and on natural or treatment-induced clearance of hepatitis C virus.The influence of host genetic variation on efavirenz and its primary metabolite plasma levels was assessed by single candidate gene approach, through comprehensive analysis of cytochrome P450 (CYP) 2A6 - involved in efavirenz accessory metabolic pathway. The study could demonstrate that CYP2A6 genotype became increasingly relevant in the setting of limited CYP2B6 function - involved in efavirenz main metabolic pathway - and that individuals with both main and accessory metabolic pathways impaired were at higher risk for treatment discontinuation, overall emphasizing the predictive power of genotyping.The influence of host genetic variation on lopinavir clearance was assessed by large scale candidate gene approach, through analysis of genes involved in the absorption, distribution, metabolism and elimination. The study identified four genetic variants in drug transporters and metabolizing enzymes that explained 5% of the interindividual variability in lopinavir clearance.The influence of host genetic variation on hepatitis C virus (HCV) natural or treatment- induced clearance was assessed through genome-wide association study approach. This study identified an intergenic polymorphism, part of a linkage disequilibrium block encompassing the interferon-3 gene, as highly associated with treatment-induced and spontaneous HCV clearance. Resequencing and recombinant mapping lead to the identification of four potentially causal genetic variants. Finally, we could assess the net contribution of genetic variants in interferon-3 to clearance by controlling for viral diversity, gender and co-infection status in a single source infected cohort.This thesis highlights the various genetic tools available to pharmacogenetic discovery (candidate gene, pathway or and genome-wide approaches), and the importance of resequencing for mapping of causal variants.

Textures et forme dans le premier livre de motets de Tomás Luis de Victoria

Contrairement à l'opinion formulée dans la littérature, les motets de Victoria sont majoritairement homophoniques. Cette prééminence se manifeste notamment dans le premier livre de motets du compositeur (Venise, 1572), qui comporte plus de la moitié des pièces qu'il a laissées dans le genre. Dans cette publication, 58% de l'ensemble des sections qui composent les motets sont homophoniques. En outre, plus le nombre de voix des pièces est élevé (5, 6 et 8 voix, par opposition aux motets à 4 voix), plus l'homophonie est utilisée. Cependant, les débuts des motets sont majoritairement imitatifs. Deux types de sections homophoniques jouent un rôle de poids. Le premier fait intervenir des sous-sections basées sur le même sujet dans une combinatoire répétition/variation. Dans les motets à 6, une opposition de registre aigu/grave renforce le procédé. Le second type voit se succéder des sous-sections nouvelles qui reposent sur des unités textuelles non répétées. Les sections homophoniques déploient une grande variété d'écriture, qui va de l'extrême « simplicité » à une complexité marquée. L'immédiate succession de sections bien différenciées constitue un marqueur formel fort. L'écriture, quel que soit le degré de complexité, repose régulièrement sur des modèles de progression intervallique. Si l'homophonie est prépondérante, son utilisation conjointe avec l'imitation reste primordiale dans la conception du motet qu'a le compositeur. Ces deux facteurs participent de la « modernité » des pièces. Ils répondent aux préoccupations humanistes des érudits de la musique, à qui le recueil est destiné et appartiennent de ce fait à la musica reservata.

Penser un modèle de complémentarité de trois épreuves projectives (Hand-Test, Rorschach et TAT) dans une perspective psychodynamique : un défi méthodologique et épistémologique

L'idée de complémentarité de certaines épreuves projectives s'est dessinée dès les années 1960, telles que Rorschach - test du Village, Rorschach - CAT et enfin Rorschach - TAT. L'essentiel des dispositifs projectifs mobilise les épreuves de Rorschach et de TAT dont la complémentarité a été largement pointée, notamment, par Anzieu et Chabert (1983), Chabert (1998), Roman (2006, 2007, 2009) et Emmanuelli et Azoulay (2001, 2008, 2009). Les épreuves de Hand-Test, Rorschach et TAT opèrent selon des dynamiques différentes à partir de consignes, sorte d'« injonction à imaginer » (Roman, 2008). Le défi méthodologique et épistémologique est d'envisager une complémentarité entre ces trois épreuves projectives, complémentarité qui ne va pas de soi dans la mesure où le Hand-Test a été pensé à partir du modèle de l'Analyse Structurale, le Rorschach et le TAT dans une perspective psychodynamique. L'enjeu du défi est de parvenir à se dégager du modèle de l'Analyse Structurale, d'une dimension déterministe et inscrire le Hand-Test dans une dimension processuelle d'une part, et de croiser ces trois épreuves afin de parvenir à mettre en avant les ressources du sujet quant à l'émergence de potentialités de transformations bien souvent, trop souvent, reléguées au second plan, voire négligées, lors de la prise en charge institutionnelle d'autre part. Ainsi, l'approche de la complémentarité des épreuves se trouve au service d'une compréhension de l'évolution du rapport à l'agir chez les adolescents. L'écart qui se donne à voir entre la conception des épreuves projectives envisagées dans une perspective psychodynamique et la manière d'appréhender le Hand-Test constitue le défi méthodologique et épistémologique que nous proposons de discuter.

Evaluation d'un Espace de Prévention dans le cadre du Festival de Jazz de Montreux 2001: la Scène Bleue

L'initiative Scène Bleue (SB) se veut un espace, lieu de rencontre de jeunes adolescents âgés de 10 à 18 ans, dans le cadre de l'édition 2001 du Festival de Jazz de Montreux. Il s'agit de proposer une série d'animations permettant de faire la fête sans consommation de substances (légales et/ou illégales). Ce document fait l'historique du projet et de l'évaluation conduite par l'IUMSP. Cette évaluation comprend trois volets, correspondant à des temps différents : 1. Avant - documenter la perception des objectifs et les attentes des jeunes et des animateurs, avant le démarrage du projet SB. 2. Pendant - analyser la réalisation du projet in situ et recueillir informations et réactions auprès de la clientèle de la SB. 3. Après - examiner l'évolution des perceptions des différents acteurs, après le festival. Les résultats peuvent être résumés comme suit : la SB a rencontré un vif succès. La démonstration a été faite que le public concerné pouvait être attiré par un lieu avec des interdits relatifs à la consommation de substances : ainsi l'objectif de prévention primaire ciblant des jeunes âgés de 13 ans en moyenne a été atteint. Les visiteurs plus âgés, moins impliqués, ont malgré tout pu réaliser que faire la fête sans alcool ni drogues était possible. Le projet peut à l'avenir être consolidé en définissant des objectifs et des stratégies de prévention explicites. La participation des jeunes à cette entreprise collective partagée avec les animateurs et les reponsables peut être sollicitée davantage, notamment pour ce qui est de l'organisation et des choix concrets relatifs aux diverses animations. [Résumé]

Forensic processing of false identity and travel documents to produce intelligence: a novel approach to assist in fighting organized crime

The production and use of false identity and travel documents in organized crime represent a serious and evolving threat. However, a case-by-case perspective, thus suffering from linkage blindness and a limited analysis capacity, essentially drives the present-day fight against this criminal problem. To assist in overcoming these limitations, a process model was developed using a forensic perspective. It guides the systematic analysis and management of seized false documents to generate forensic intelligence that supports strategic and tactical decision-making in an intelligence-led policing approach. The model is articulated on a three-level architecture that aims to assist in detecting and following-up on general trends, production methods and links between cases or series. Using analyses of a large dataset of counterfeit and forged identity and travel documents, it is possible to illustrate the model, its three levels and their contribution. Examples will point out how the proposed approach assists in detecting emerging trends, in evaluating the black market's degree of structure, in uncovering criminal networks, in monitoring the quality of false documents, and in identifying their weaknesses to orient the conception of more secured travel and identity documents. The process model proposed is thought to have a general application in forensic science and can readily be transposed to other fields of study.

A New Look at Emotional Intelligence: A Dual-Process Framework

In this article, the author provides a framework to guide¦research in emotional intelligence. Studies conducted up¦to the present bear on a conception of emotional intelligence¦as pertaining to the domain of consciousness and¦investigate the construct with a correlational approach.¦As an alternative, the author explores processes underlying¦emotional intelligence, introducing the distinction¦between conscious and automatic processing as a potential¦source of variability in emotionally intelligent¦behavior. Empirical literature is reviewed to support the¦central hypothesis that individual differences in emotional¦intelligence may be best understood by considering¦the way individuals automatically process emotional¦stimuli. Providing directions for research, the author¦encourages the integration of experimental investigation¦of processes underlying emotional intelligence with¦correlational analysis of individual differences and¦fosters the exploration of the automaticity component¦of emotional intelligence.