Comparative analysis of the transcriptome across distant species.

The transcriptome is the readout of the genome. Identifying common features in it across distant species can reveal fundamental principles. To this end, the ENCODE and modENCODE consortia have generated large amounts of matched RNA-sequencing data for human, worm and fly. Uniform processing and comprehensive annotation of these data allow comparison across metazoan phyla, extending beyond earlier within-phylum transcriptome comparisons and revealing ancient, conserved features. Specifically, we discover co-expression modules shared across animals, many of which are enriched in developmental genes. Moreover, we use expression patterns to align the stages in worm and fly development and find a novel pairing between worm embryo and fly pupae, in addition to the embryo-to-embryo and larvae-to-larvae pairings. Furthermore, we find that the extent of non-canonical, non-coding transcription is similar in each organism, per base pair. Finally, we find in all three organisms that the gene-expression levels, both coding and non-coding, can be quantitatively predicted from chromatin features at the promoter using a 'universal model' based on a single set of organism-independent parameters.

Traitement pharmacologique de la schizophrénie : évaluation comparative de la qualité des recommandations de pratique clinique = Comparative evaluation of clinical practice guidelines for the treatment of schizophrenia

De nombreuses recommandations de pratique clinique (RPC) ont été publiées, en réponse au développement du concept de la médecine fondée sur les preuves et comme solution à la difficulté de synthétiser et trier l'abondante littérature médicale. Pour faire un choix parmi le foisonnement de nouvelles RPC, il est primordial d'évaluer leur qualité. Récemment, le premier instrument d'évaluation standardisée de la qualité des RPC, appelé " AGREE " pour appraisal of guidelines for research and evaluation, a été validé. Nous avons comparé - avec l'aide de la grille " AGREE " - les six principales RPC publiées depuis une dizaine d'années sur le traitement de la schizophrénie : (1) les Recommandations de l'Agence nationale pour le développement de l'évaluation médicale (ANDEM) ; (2) The American Psychiatric Association (APA) practice guideline for the treatment of patients with schizophrenia ; (3) The quick reference guide of APA practice guideline for the treatment of patients with schizophrenia [APA - guide rapide de référence] ; (4) The schizophrenia patient outcomes research team (PORT) treatment recommandations ; (5) The Texas medication algorithm project " T-MAP " ; (6) The expert consensus guideline for the treatment of schizophrenia. Les résultats de notre étude ont ensuite été comparés avec ceux d'une étude similaire publiée en 2005 par Gæbel et al. portant sur 24 RPC abordant le traitement de la schizophrénie, réalisée également avec l'aide de la grille " AGREE " et deux évaluateurs [Br J Psychiatry 187 (2005) 248-255]. De manière générale, les scores des deux études ne sont pas trop éloignés et les deux évaluations globales des RPC convergent : chacune des six RPC est perfectible et présente différemment des points faibles et des points forts. La rigueur d'élaboration des six RPC est dans l'ensemble très moyenne, la prise en compte de l'opinion des utilisateurs potentiels est lacunaire et un effort sur la présentation des recommandations faciliterait leur utilisation clinique. L'applicabilité des recommandations est également peu considérée par les auteurs. Globalement, deux RPC se distinguent et peuvent être fortement recommandées selon les critères de la grille " AGREE " : " l'APA - guide rapide de référence " et le " T-MAP ".

Comparative efficacy of chelators to remove renal cadmium burden in isolated perfused rat kidneys

Trois agents chélateurs (l?acide diéthylène triamine penta-acétique, DTPA; l?acide méso-2,3- dimercaptosucchique, DMSA; l?acide 2,3-dimercapto- 1 -propanesulfonique, DMPS) ont été comparés quant à leur efficacité à mobiliser du cadmium (Cd) accumulé dans le tissu rénal. Des reins prélevés chez des rats exposés durant 3 j au Cd (acétate de Cd , 0.75 mg/kg.j, i.p) ont été isolés et perfusés in vitro, à l?aide d?un système de reperfusion utilisant une solution de Krebs-Henseleit, pH 7.4, contenant 8 acides aminés et 6% d?albumine. Les concentrations de Cd dans le perfusat et l?urine ont été mesurées par spectrométrie d?absorption atomique. Six périodes de clearance, après une période d?équilibration de 20 min, ont ?été obtenues. Le DMSA et le DMPS ont mobilisé le Cd à partir du tissu rénal, comme l?ont montré les augmentations dose-dépendantes des concentrations de Cd dans l?urine et le perfusat. L?accumulation de Cd était nettement plus élevée dans le perfusat que dans l?urine, indiquant que l?effet des chélateurs se marquait surtout au niveau tubulaire basolatéral. Le DTPA n?induisait qu?une faible mobilisation de Cd dans l?urine et le perfusat, et son efficacité était clairement inférieure à celle des autres chélateurs. Comme prévu, la quantité de Cd présente dans le tissu rénal après perfùsion par le DMSA ou le DMPS diminuait en fonction de l?efficacité des chélateurs, jusqu?à des valeurs inférieures de 46% au taux rénal de Cd avant perfusion. Le DMPS apparaissait induire une excretion urinaire de Cd plus importante que celle induite par le DMSA, une caractéristique qui pourrait être liée à une sécrétion tubulaire du chélateur, qui a été décrite antérieurement. Un intervalle de temps prolongé (1 -2 semaines) entre le moment de l?administration du Cd et la perfusion du rein avec le DMPS induisait une augmentation de l?excrétion urinaire de Cd. Tous les chélateurs se sont montrés néphrotoxiques à concentrations élevées.