MetaNetX.org: a website and repository for accessing, analysing and manipulating metabolic networks.

SUMMARY: MetaNetX.org is a website for accessing, analysing and manipulating genome-scale metabolic networks (GSMs) as well as biochemical pathways. It consistently integrates data from various public resources and makes the data accessible in a standardized format using a common namespace. Currently, it provides access to hundreds of GSMs and pathways that can be interactively compared (two or more), analysed (e.g. detection of dead-end metabolites and reactions, flux balance analysis or simulation of reaction and gene knockouts), manipulated and exported. Users can also upload their own metabolic models, choose to automatically map them into the common namespace and subsequently make use of the website's functionality. Availability and implementation: MetaNetX.org is available at http://metanetx.org. CONTACT: help@metanetx.org.

Does metabolic compensation explain the majority of less-than-expected weight loss in obese adults during a short-term severe diet and exercise intervention?

Objective:We investigated to what extent changes in metabolic rate and composition of weight loss explained the less-than-expected weight loss in obese men and women during a diet-plus-exercise intervention.Design:In all, 16 obese men and women (41±9 years; body mass index (BMI) 39±6 kg m(-2)) were investigated in energy balance before, after and twice during a 12-week very-low-energy diet(565-650 kcal per day) plus exercise (aerobic plus resistance training) intervention. The relative energy deficit (EDef) from baseline requirements was severe (74%-87%). Body composition was measured by deuterium dilution and dual energy X-ray absorptiometry, and resting metabolic rate (RMR) was measured by indirect calorimetry. Fat mass (FM) and fat-free mass (FFM) were converted into energy equivalents using constants 9.45 kcal per g FM and 1.13 kcal per g FFM. Predicted weight loss was calculated from the EDef using the '7700 kcal kg(-1) rule'.Results:Changes in weight (-18.6±5.0 kg), FM (-15.5±4.3 kg) and FFM (-3.1±1.9 kg) did not differ between genders. Measured weight loss was on average 67% of the predicted value, but ranged from 39% to 94%. Relative EDef was correlated with the decrease in RMR (R=0.70, P<0.01), and the decrease in RMR correlated with the difference between actual and expected weight loss (R=0.51, P<0.01). Changes in metabolic rate explained on average 67% of the less-than-expected weight loss, and variability in the proportion of weight lost as FM accounted for a further 5%. On average, after adjustment for changes in metabolic rate and body composition of weight lost, actual weight loss reached 90% of the predicted values.Conclusion:Although weight loss was 33% lower than predicted at baseline from standard energy equivalents, the majority of this differential was explained by physiological variables. Although lower-than-expected weight loss is often attributed to incomplete adherence to prescribed interventions, the influence of baseline calculation errors and metabolic downregulation should not be discounted.

The role of palliative care in patients with neurological diseases.

Palliative care aims to improve the quality of life of patients and their families affected by life-threatening illness. This approach applies to a large and growing proportion of neurological disorders, most prominently stroke and dementia. Challenges in the palliative care of patients with incurable neurological diseases include the broad spectrum of the rate of symptom progression, a lack of reliable prognostic markers, scarcity of evidence for efficacy of symptomatic treatments, and a high prevalence of difficulties with communication, cognitive impairment and behavioural disturbances. A genuinely multidisciplinary approach to neurological palliative care is, therefore, required. However, palliative care is not an integral part of neurological training in most countries. This Perspectives article aims to underscore the importance of integrating palliative care into daily clinical practice. The basic principles and challenges of neurological palliative care are also outlined in the light of relevant literature.

Schwangerschaftsassoziierte Lebererkrankungen [Pregnancy-associated liver diseases]

Lebererkrankungen treten in der Schwangerschaft selten auf, können jedoch für Mutter und Kind dramatische Folgen haben, wenn sie nicht rechtzeitig erkannt werden. Prinzipiell unterscheidet man schwangerschaftsspezifische Lebererkrankungen von interkurrierenden Lebererkrankungen während der Schwangerschaft. Zu ersteren gehören die hepatischen Manifestationen der Hyperemesis gravidarum, die intrahepatische Schwangerschaftscholestase, die Leberbeteiligung bei Präeklampsie bzw. Eklampsie inkl. HELLP-Syndrom und die akute Schwangerschaftsfettleber. Die Differentialdiagnose schwangerschaftsassoziierter Lebererkrankungen basiert auf der Anamnese (Stadium der Schwangerschaft), der Klinik, wenigen Laboruntersuchungen und einer Ultrasonographie als primärem bildgebendem Verfahren. Die Behandlung der intrahepatischen Schwangerschaftscholestase mit Ursodeoxycholsäure verbessert den Pruritus und die mütterlichen Leberwerte. Eine engmaschige Überwachung der Schwangerschaft bleibt jedoch unabdingbar. Beim HELLP-Syndrom und der akuten Schwangerschaftsfettleber ist die rasche Entbindung anzustreben. Vorbestehende Lebererkrankungen bedürfen in der Schwangerschaft einer intensivierten Kontrolle. While liver diseases are a rare occurrence in pregnancy, they may have dramatic implications for mother and child if not detected in good time. A distinction is drawn between pregnancy-specific liver diseases and intercurrent liver diseases during pregnancy. The former include hepatic manifestations of hyperemesis gravidarum, intrahepatic cholestasis of pregnancy, hepatic involvement in preeclampsia or eclampsia, including the HELLP syndrome, and acute fatty liver of pregnancy. Differential diagnosis of pregnancy-associated liver disorders is based on history (stage of pregnancy), clinical findings, a few laboratory tests and ultrasound as the primary imaging technique. Treatment of intrahepatic cholestasis of pregnancy with ursodeoxycholic acid improves pruritus and maternal liver tests. Close monitoring of pregnancy remains however indispensable. In HELLP syndrome and acute fatty liver of pregnancy the aim should be rapid delivery. Preexisting liver diseases require intensified monitoring during pregnancy.

Metabolic effects of fructose in humans

Abstract : Fructose is a simple sugar, whose consumption has increased over the past decades. In rodents, a high-fructose diet (HFrD) induces several features of the metabolic syndrome. The aim of the studies included in this thesis was to investigate the metabolic effects of a HFrD in humans, with a focus on insulin sensitivity and ectopic fat deposition. Moreover, we addressed the question whether these effects may differ between individuals according to gender and the genetic background. The first study was designed to evaluate the impact of a 4-week HFrD on insulin sensitivity and lipid metabolism in 7 healthy men. Insulin sensitivity, intrahepatocellular lipids (IHCL) and intramyocellular lipids (IMCL) contents were measured before and after 1 and 4 weeks of HFrD (1.5 g fructose/kg body weight/day). Insulin sensitivity was assessed by a 2-step hyperinsulinemic euglycemic clamp. IHCL and IMCL were measured by 1H-magnetic resonance spectroscopy (MRS). Fructose caused significant (P<0.05) increases in fasting plasma concentrations of triacylglycerol (TG) (+36%), VLDL-TG (+72%) and glucose (+6%) without any change in body weight, IHCL, IMCL, and insulin sensitivity. In the second study, muscle biopsies were taken from five of these healthy male subjects before and after 4 weeks of HFrD. mRNA concentrations of 18 genes involved in lipid and carbohydrate metabolism were quantified by real-time quantitative PCR. We found that a 4-week HFrD increased the expression of genes involved in lipid synthesis, while it decreased those involved in insulin sensitivity and lipid oxidation; these molecular changes maybe early markers of insulin resistance and altered lipid metabolism. The third study aimed at delineating whether male and females equally respond to a HFrD. For this purpose, higher doses of fructose (twice the dose of the previous study) were provided to 8 healthy young males and 8 healthy young females over 6 days. HFrD significantly increased fasting TG in males (+71 %), whereas this increase was markedly blunted in females (+16%). Males also developed hepatic insulin resistance, characterized by increased hepatic glucose output (+12%), and showed higher alanine aminotransferase concentration (+38%), but none of these effect was observed in females. This study suggests that short-term HFrD leads to hypertriglyceridemia and hepatic insulin resistance in men, but premenopausal women seem protected against these effects. Finally, the fourth study investigated whether healthy offspring of type 2 diabetic patients (OffT2D), a subgroup of individuals prone to metabolic disorders due to their genetic background, may have exacerbated response to HFrD. Eight healthy males (Ctrl) and 16 OffT2D received a HFrD and isocaloric diet in a randomized order. In both groups, HFrD significantly increased IHCL (Ctrl: +76%; OffT2D: +79%) and fasting plasma VLDL-TG (Ctrl: +51 %; OffT2D: +110%). In absolute values, these increments were significantly higher in OffT2D, suggesting that these individuals may be more prone to developing metabolic disorders when challenged by high fructose intake. In order to better delineate the specific effects of fructose vs the hypercaloric energy content, we repeated the complete metabolic investigations after an isocaloric high glucose diet in four of the eight Ctrl volunteers. After a high glucose diet, TG and IHCL concentrations remained similar to the control values, in contrast to the marked increases observed after the HFrD. In conclusion, the studies included in this thesis provided novel insights into the metabolic effects of fructose in humans. They showed that fructose may rapidly increase fasting VLDL-TG, IHCL and lead to hepatic insulin resistance; these effects seem specific to fructose, and potential mechanisms may involve both stimulation of hepatic de novo lipogenesis and decreased lipid oxidation. Moreover, the results suggest that women seem protected against such deleterious effects, while OffT2D displayed exacerbated response. Résumé : Le fructose est un sucre simple, dont la consommation a augmenté durant les dernières décennies. Dans les modèles animaux, un régime riche en fructose (RRFru) peut induire plusieurs composantes du syndrome métabolique. Le but de cette thèse était d'étudier les effets d'un régime riche en fructose sur la sensibilité à l'insuline et la déposition de lipides ectopiques chez l'humain, et si ces effets variaient selon le genre ou le background génétique. La première étude avait pour but d'évaluer l'effet d'un RRFru d'une durée de 4 semaines sur la sensibilité à l'insuline et le métabolisme des lipides chez des hommes sains. La sensibilité à l'insuline, les lipides intrahépatiques (IHCL) et intramusculaires (IMCL) ont été mesurés avant, et après 1 et 4 semaines du RRFru (1.5 g fructose/kg/jour). La sensibilité à l'insuline a été déterminée par un clamp hyperinsulinémique euglycémique, et les IHCL/IMCL par spectroscopie à résonnance magnétique. Le fructose a augmenté les concentrations plasmatiques à jeun des VLDL- triglycérides (TG) (+72%) et de glucose (+6%), sans induire de changement au niveau de la sensibilité à l'insuline, IHCL ou IMCL. Dans la deuxième étude, des biopsies de muscle squelettique ont été prélevées chez cinq de ces volontaires avant et après les 4 semaines de RRFru. Les concentrations de mRNA de 18 gènes impliqués dans le métabolisme des lipides et des hydrates de carbone ont été mesurées par RT-PCR quantitative. Le RRFru a augmenté l'expression de gènes impliqués dans la synthèse de lipides, et diminué celles de gènes impliqués dans la sensibilité à l'insuline et l'oxydation de lipides. Ces changements pourraient constituer des altérations précoces de la sensibilité à l'insuline et du métabolisme lipidique en réponse au fructose. La troisième étude avait pour but de définir si les réponses au RRFru étaient semblables entre les hommes et les femmes. Pour ceci, des doses plus élevées de fructose ont été administrées à 8 jeunes hommes et 8 jeunes femmes durant 6 jours. Le RRFru a augmenté les TG chez les hommes (+71 %), et de manière nettement plus modeste chez les femmes (+16%). Les hommes ont développé une résistance hépatique à l'insuline, ainsi qu'une augmentation des concentrations d'alanine aminotransférase (+38%), mais aucun de ces effets n'a été observé chez les femmes. Cette étude suggère qu'à court terme, un RRFru mène à une hypertriglycéridémie et résistance hépatique à l'insuline chez l'homme, tandis que les femmes semblent en être protégées. Finalement, la 4ème étude a investigué si des personnes apparentées à des patients diabétiques de type 2 (AppDT2), qui constituent un groupe d'individus à risque de développer des maladies métaboliques en raison de leur background génétique, avaient des réponses plus marquées au RRFru. Huit hommes sains (Ctrl) et 16 AppDT2 on reçu dans un ordre randomisé un RRFru et une diète isocalorique durant 6 jours. Dans les deux groupes, le RRFru a augmenté significativement les IHCL (Ctrl: +76%; AppDT2: +79%) et les VLDL-TG plasmatiques à jeun (Ctrl: +51%; AppDT2: +110%). En valeurs absolues, ces deux augmentations étaient plus importantes dans le groupe des AppDT2, suggérant que ces individus sont plus à risque de développer des problèmes métaboliques suite à un apport de fructose. Afin de définir les effets spécifiques du fructose, quatre des huit sujets Ctrl ont été soumis à un régime riche en glucose. Après le régime riche en glucose, les concentrations de TG et d'IHCL étaient semblables aux valeurs obtenues après une diète isocalorique, contrairement aux nombreux effets observés après le RRFru. En conclusion, ces différentes études ont démontré que chez l'humain, le fructose peut rapidement induire une augmentation des VLDL-TG à jeun, des IHCL et une résistance hépatique à l'insuline ; ces effets semblent être spécifiques au fructose. De plus, les différents résultats obtenus montrent que les femmes développent des effets moindres en réponse au fructose, contrairement aux AppDT2, chez qui les effets du fructose semblent plus marqués. Résumé grand public : Le fructose est un sucre simple, présent naturellement et en faibles quantités dans les fruits, mais également constituant du sucrose - appelé aussi sucre de table. Depuis les années 1970, la consommation de fructose a augmenté dans les pays industrialisés et émergents, principalement par le biais d'une hausse de consommation de boissons sucrées de type soda. Dans des modèles animaux tels que les rongeurs, un régime riche en fructose mène au développement de plusieurs facteurs de risques étroitement liés aux maladies cardiovasculaires, à l'obésité et au diabète de type 2; ceux-ci sont caractérisés par une augmentation des concentrations de glucose et de lipides sanguins, ainsi qu'une accumulation de lipides dits « ectopiques », à savoir dans le foie et les muscles. Le but de cette thèse était de définir les effets d'un régime riche en fructose chez l'être humain. De plus, nous nous sommes intéressés à savoir si ces effets étaient semblables entre différents groupes d'individus, à savoir des personnes de sexe masculin / féminin, ou des personnes dont au moins un des parents est diabétique de type 2. Pour ceci, différents groupes de volontaires (hommes, femmes, avec histoire familiale de diabète de type 2) âgés de 18-30 ans se sont soumis à une alimentation enrichie en fructose, d'une durée allant de 6 à 28 jours, suivant l'étude à laquelle ils participaient. La quantité de fructose consommée en plus de l'alimentation normale durant ces périodes équivalait au contenu en fructose de 2-4 litres de boissons sucrées par jour. Des prises de sang ont été effectuées au terme de chacun de ces différents régimes, ainsi que des mesures de sensibilité à l'insuline et de concentrations de lipides dans le foie et le muscle par résonnance magnétique nucléaire, en collaboration avec l'Hôpital de l'Ile de Berne. Les résultats montrent qu'après 6 jours de régime riche en fructose, les volontaires sains de sexe masculin ont presque doublé leurs concentrations de lipides sanguins et hépatiques. De plus, le foie de ces volontaires réagissait moins bien à l'insuline, ce qui pourrait mener à long terme à des maladies métaboliques comme le diabète de type 2. Un des mécanismes postulés est que le fructose pourrait stimuler la formation de lipides dans le foie, contribuant ainsi à un dysfonctionnement de cet organe. De manière surprenante, des femmes d'âge et d'IMC (Indice de Masse Corporelle) comparables aux hommes étudiés n'ont pas développé ces différents effets en réponse au régime riche en fructose. Il semblerait donc qu'elles possèdent certaines propriétés pouvant les «protéger », du moins à court terme, des problèmes métaboliques induits par le fructose. De tels mécanismes sont pour l'heure inconnus, mais il est possible que des différences hormonales, ou de répartition de la masse graisseuse dans le corps, puissent jouer un rôle. Enfin, nous avons également démontré que chez certaines personnes ayant au moins un parent (père ou mère) diabétique de type 2, les augmentations de lipides sanguins et hépatiques induits par le fructose étaient plus marquées que chez des volontaires sans parents diabétiques. Ceci est néanmoins à tempérer par le fait que nous avons observé une grande hétérogénéité des réponses parmi ces individus, découlant certainement d'interactions complexes entre différents facteurs tels que la génétique, le mode de vie, l'alimentation et l'activité physique. Ces différents résultats donnent lieu à une meilleure compréhension du rôle de facteurs alimentaires dans le développement de problèmes métaboliques tels que le diabète de type 2. Ils vont également permettre de tester différentes approches thérapeutiques. Bien qu'ayant été obtenus avec des doses de fructose importantes, ces études soulignent l'effet potentiellement dangereux pour la santé d'une alimentation riche en sucres.

Brain damage in methylmalonic aciduria: 2-methylcitrate induces cerebral ammonium accumulation and apoptosis in 3D organotypic brain cell cultures.

BACKGROUND: Methylmalonic aciduria is an inborn error of metabolism characterized by accumulation of methylmalonate (MMA), propionate and 2-methylcitrate (2-MCA) in body fluids. Early diagnosis and current treatment strategies aimed at limiting the production of these metabolites are only partially effective in preventing neurological damage. METHODS: To explore the metabolic consequences of methylmalonic aciduria on the brain, we used 3D organotypic brain cell cultures from rat embryos. We challenged the cultures at two different developmental stages with 1 mM MMA, propionate or 2-MCA applied 6 times every 12 h. In a dose-response experiment cultures were challenged with 0.01, 0.1, 0.33 and 1 mM 2-MCA. Immunohistochemical staining for different brain cell markers were used to assess cell viability, morphology and differentiation. Significant changes were validated by western blot analysis. Biochemical markers were analyzed in culture media. Apoptosis was studied by immunofluorescence staining and western blots for activated caspase-3. RESULTS: Among the three metabolites tested, 2-MCA consistently produced the most pronounced effects. Exposure to 2-MCA caused morphological changes in neuronal and glial cells already at 0.01 mM. At the biochemical level the most striking result was a significant ammonium increase in culture media with a concomitant glutamine decrease. Dose-response studies showed significant and parallel changes of ammonium and glutamine starting from 0.1 mM 2-MCA. An increased apoptosis rate was observed by activation of caspase-3 after exposure to at least 0.1 mM 2-MCA. CONCLUSION: Surprisingly, 2-MCA, and not MMA, seems to be the most toxic metabolite in our in vitro model leading to delayed axonal growth, apoptosis of glial cells and to unexpected ammonium increase. Morphological changes were already observed at 2-MCA concentrations as low as 0.01 mM. Increased apoptosis and ammonium accumulation started at 0.1 mM thus suggesting that ammonium accumulation is secondary to cell suffering and/or cell death. Local accumulation of ammonium in CNS, that may remain undetected in plasma and urine, may therefore play a key role in the neuropathogenesis of methylmalonic aciduria both during acute decompensations and in chronic phases. If confirmed in vivo, this finding might shift the current paradigm and result in novel therapeutic strategies.