Paleoenvironmental evolution of the Helvetic shallow-water carbonate platform near the Barremian-Aptian boundary, and its relationship with paleoceanographic and paleoclimatic change in the Tethys

Abstract:During my doctoral research, I focused on deciphering the interactions between sea-level and climate change during the Late Barremian-Early Aptian, their expression in the Tethys basin and in the Helvetic carbonate platform. The research highlights are summarized here in three points: In the Helvetic Alps, the transition between the Lower Schrattenkalk (Upper Barremian) and the Rawil Member (Lowermost Aptian) is characterized by a change from a predominantly photozoan to a heterozoan carbonate-producing system, which coincides in time with a general increase in detrital and nutrient input. The clay mineral record shows the appearance of kaolinite within the Rawil Member, whereas this mineral is absent from the uppermost Lower and lowermost Upper Schrattenkalk Members. This indicates the installation of a warmer and more humid climate during this time period. A negative peak in 513C is recorded at the top of the Lower Schrattenkalk Member, and correlates with the well-known negative excursion of -l%o occurring in other basins and dated as latest Barremian, thus confirming a latest Barremian and earliest Aptian age for the Lower Schrattenkalk and Rawil Members, respectively. Furthermore, a sequence stratigraphie framework has been defined for the Rawil Member, based on both the ecology of faunal and floral assemblages, and their palaeoenvironmental interpretation, as well as on the stacking pattern of limestone beds observed during field prospection. The presence of a sequence boundary is postulated near the top of the Lower Schrattenkalk Member, which is correlated with the earliest Aptian SbAl defined in Vercors (France). The SbAl is characterized by a maximum of proximal assemblages and by the disappearance of several benthic foraminiferal species. Within the Rawil Member itself, the stacking pattern and microfacies trends are interpreted to represent the TST of the first Aptian sequence. With regards to the pelagic setting in the Tethyan realm, I investigated the Gorgo a Cerbara section (central Italy). There, thin organic-rich layers occur episodically in pelagic carbonates of the upper Barremian portion of the Maiolica Formation. They are associated with high Corg:Ptot ratios, which indicate the presence of intermittent dysoxic to anoxic conditions. Coarse correlations are also observed between TOC, Ρ and biogenic silica contents, indicating links between Ρ availability, productivity, and organic matter preservation. The corresponding 813Ccarb and δ180 records remain, however, quite stable, indicating that these brief periods of enhanced TOC preservation did not have sufficient impact on the marine carbon household to deviate 6,3C records, and are probably not the consequence of major climate change. On the other hand, organic-rich layers become more frequent around the Barremian-Aptian boundary in both pelagic and hemi-pelagic environments (Gorgo a Cerbara and La Bédoule, France), which are correlated with negative excursions in 6l3Ccarb and 613Corg records. During the earliest Aptian, at Gorgo a Cerbara, the frequency of organic-rich intervals progressively increases and redox-sensitive trace-element enrichments become more frequent, until the highest TOC-enriched level just below the "Livello Selli", indicator of Oceanic Anoxic Event la (OAEla). The latter is associated with the well-known negative spike in 613Ccarb and S,3Corg records, a diminution in the δ,80 record interpreted as the consequence of a wanning interval, an important peak in Ρ accumulation and high Cor::Ptot ratios indicating the prevalence of anoxic conditions. The Selli Level (OAEla) documents a general cooling phase and coincides with maximum RSTE enrichments as well as high Corg:Ptot ratios, which confirm the importance of anoxic conditions during OAE1 a at this site.During the Early Aptian, environmental change on the platform is expressed by orbitolinids proliferation that may be induced by both climate change and sea-level rise. In the basin, the successive black shales horizons from the Late Barremian until the OAE la are interpreted as the progressive impact of palaeoenvironmental change probably linked to the formation of the Ontong- Java plate-basalt plateau.RésuméCe travail de thèse a permis d'investiguer les interactions entre les variations du niveau marin et les changements climatiques sur la plate-forme helvétique ainsi qu'en domaine pélagique à la limite Barrémien-Aptien (Crétacé).Dans les Alpes helvétiques, la limite Barrémien-Aptien est marquée par la transition du Schrattenkalk inférieur, caractérisé par des carbonates photozaires, au Membre de Rawil caractérisé par des carbonates héterozoaires. Cette transition est marquée par une arrivée massive d'éléments détritiques et un apport de nutriments ayant entraîné la prolifération de foraminifères agglutinés tels que les orbitolines. L'analyse des minéraux argileux indique l'apparition de la kaolinite durant le Membre de Rawil, interprétée comme l'installation d'un climat plus chaud et humide. Un pic négatif en 513C est enregistré au sommet du Schrattenkalk inférieur correspond à l'excursion négative de -1%0 bien connue en domaine pélagique et datée comme Barrémien terminal. Cette corrélation apporte un contrôle chronostratigraphique supplémentaire permettant de dater le Schrattenkalk inférieur du Barrémien sup. et le Membre de Rawil de l'Aptien inf. D'autre part, une étude stratigraphique, basée sur des observations de terrain et sur l'interprétation d'assemblages floristiques et faunistiques en terme de paléoenvironnement a permis de mettre en évidence une limite de séquence au sommet du Schrattenkalk inf., corrélable avec la SbAl définie dans le Vercors. Durant la mise en place du Membre de Rawil, l'évolution des microfaciès est interprétée comme le « Transgressive System Tract » de la première séquence aptienne.En domaine pélagique, de minces couches riches en matière organique (MO) apparaissent dès le Barrémien sup. dans la coupe de Gorgo a Cerbara (Italie). Elles sont associées à un ratio C:P élevé indiquant des conditions épisodiquement dysoxiques à anoxiques. De plus, une corrélation nette entre Carbone Organique Total (TOC), phosphore (P) et silice biogénique est observée correspondant à un lien entre Ρ disponible, productivité et préservation de la MO. Pourtant, dans le même temps, le ÔI3C et le δ1βΟ restent constants indiquant des conditions environnementales stables et un cycle du carbone non perturbé par la préservation de MO qui ne serait pas la conséquence d'un changement climatique global mais juste d'un effet local.Ala limite Barrémien-Aptien, en domaine hémi-pélagique (La Bédoule, France) et pélagique (Gorgo a Cerbara), les couches riches en MO sont plus fréquentes et plus épaisses, elles se sont déposées en même temps qu'un pic négatif en 513CCARB et ô13Coib probablement dû à un épisode volcanique. A l'Aptien inf. le TOC des niveaux riches en MO augmente progressivement en même temps que la teneur en éléments traces jusqu'au dernier enrichissement avant l'événement anoxique océanique la (OAE la) correspondant au « niveau critique inf. », indiquant des conditions anoxiques moins restreintes. Celui-ci est également caractérisé par le fameux pic négatif en Ô13C (C3), une diminution du δ180 interprétée comme un réchauffement, par un pic en Ρ et un ratio C:P élevé. L'OAE 1 a, quant à lui, enregistre un refroidissement et coïncide avec le maximum en éléments traces ainsi qu'un fort ratio C:P mettant en valeur l'importance des conditions anoxiques pendant 1ΌΑΕ la dans cette coupe alors qu'aucune perturbation n'est enregistrés à La Bédoule probablement à cause de conditions paléogéographiques locales.Durant l'Aptien inf., les changements environnementaux sur la plate-forme se marquent par la prolifération d'orbitolines due à un changement climatique et une hausse du niveau marin. En domaine profond, la succession de niveaux riches en MO du Barrémien sup. jusqu'à l'OAE la documente l'impact progressif de changements paléoenvironnementaux, probablement liés à la formation du plateau d'Ontong Java à l'ouest de l'océan Pacifique.

Les gangs en Suisse : délinquance, victimisation et facteurs de risque

Abstract Gang membership constitutes one of the strongest risk factors of delinquency. Research on this topic found that gang members commit more offences in general and are particularly more prone to violent offences than other juveniles. Indeed, they are responsible for approximately 50 to 86% of the total offences perpetrated by juvenile offenders. In Switzerland, as in other European countries, there is a reluctance to use the term of gang to talk about delinquent youth groups. However, this term implies many stereotypes that do not apply to the majority of juvenile American gangs. Thus, it appears that some delinquent youth groups in European countries can be described as gangs. This manifestation of juvenile delinquency is increasingly studied by European researchers, whose studies demonstrate the high level of delinquency committed by gang members. This research assesses the proportion of gangs in Switzerland and their level of involvement in delinquency. Victimization of gang members as well as risk factors of gang membership are also analyzed. For this research, data of two self-reported juvenile delinquency surveys were used, namely the survey of "les jeunes et l'insécurité" and the second wave of the International Self-Reported Delinquency Survey (ISRD-2). The first survey took place in the canton of Vaud among 4'690 teenagers, and the second one was conducted across Switzerland by interviewing 3'648 teenagers aged 12 to 16. The results from the ISRD-2 survey show that 4.6% of young Swiss belong to a gang, whereas this is the case for 6.5% of teenagers in the canton of Vaud. About a third of the gang members ara girls. A strong link between the commission of offences and gang membership was found in both surveys. A teenager who does not belong to a gang commits on average 1.9 offences per year, whereas this number increases to 7.2 offences for teenagers who have delinquent peers and to 16 offences for gang members. The risk of victimization is also stronger for a gang member than for a non-gang member, as it is 4 to 5 times higher for assaults and robberies. International comparisons based on the ISRD-2 survey have been conducted, highlighting the high level of delinquency of gang members and their vulnerability to victimization. Risk factors of gang membership include the influence of accessibility to drugs in the neighbourhoods, the lack of self-control of the teenagers and their consumption of cannabis. Résumé Un des facteurs de risque les plus importants de la délinquance juvénile est l'appartenance à un gang. Les recherches faites sur cette problématique indiquent que les membres de gangs commettent plus de délits et des délits plus violents que les autres jeunes et qu'ils sont responsables d'environ 50 â 86% des actes délinquants perpétrés. En Suisse, tout comme dans d'autres pays européens, une réticence existe à utiliser le terme de gang pour parler des bandes de jeunes délinquants. Pourtant, ce terme implique de nombreux stéréotypes qui ne correspondent toutefois pas à la majorité des gangs américains. Ainsi, il apparaît que certaines bandes de jeunes délinquants présentes dans des pays européens peuvent être qualifiées de gangs. Cette manifestation de ta délinquance juvénile est de plus en plus étudiée par les chercheurs européens qui démontrent également la sur-criminalité de leurs membres. I La présente recherche évalue dans quelle proportion tes membres de gangs existent en Suisse et Quel est leur niveau d'implication dans la délinquance. Leur victimisation ainsi que les facteurs de risque de l'affiliation à de tels groupes y sont également analysés. Pour ce faire, les données de deux enquêtes ont été utilisées, à savoir l'enquête des jeunes et de l'insécurité portant sur 4'690 élèves de 8'? et 9*? année scolaire du canton de Vaud, ainsi que la deuxième vague du sondage de délinquance auto-reportée portant sur 3'648 jeunes suisses ayant entre 12 et 16 ans (ISRD-2 -International Self Reported Delinquency-). Ainsi, 4.6% des jeunes suisses, selon la recherche de l'ISRD-2, et 6.5% des jeunes vaudois, selon l'enquête des jeunes et de l'insécurité, appartiennent à un gang ; un tiers des membres étant de sexe féminin. Un lien fort entre la commission de délits et l'affiliation à un gang a été mis en évidence dans les deux enquêtes. Un adolescent qui ne fait pas partie d'un gang commet en moyenne 1.9 délits par année, un jeune qui a des pairs délinquants en commet en moyenne 7.2, alors que la moyenne annuelle des jeunes qui appartiennent à un gang s'élève à 16. Le risque de devenir victime est également plus important lorsqu'un jeune fait partie de tels groupes, puisqu'il est 4 à 5 fois plus élevé pour les agressions et les brigandages. Des comparaisons internationales, basées sur l'enquête de l'lSRD-2, ont pu être effectuées, mettant en exergue la sur-criminalité des membres de gangs ainsi que leur vulnérabilité face à la victimisation. Des facteurs de risque de l'affiliation è un gang, tels que l'influence de l'accessibilité à la drogue dans les quartiers où habitent les jeunes, le manque d'autocontrôlé de ces derniers ou leur consommation de cannabis ont été relevés

Molecular modeling of peptide-MHC class I complexes : applications to peptide based immunotherapy

Summary The specific CD8+ T cell immune response against tumors relies on the recognition by the T cell receptor (TCR) on cytotoxic T lymphocytes (CTL) of antigenic peptides bound to the class I major histocompatibility complex (MHC) molecule. Such tumor associated antigenic peptides are the focus of tumor immunotherapy with peptide vaccines. The strategy for obtaining an improved immune response often involves the design of modified tumor associated antigenic peptides. Such modifications aim at creating higher affinity and/or degradation resistant peptides and require precise structures of the peptide-MHC class I complex. In addition, the modified peptide must be cross-recognized by CTLs specific for the parental peptide, i.e. preserve the structure of the epitope. Detailed structural information on the modified peptide in complex with MHC is necessary for such predictions. In this thesis, the main focus is the development of theoretical in silico methods for prediction of both structure and cross-reactivity of peptide-MHC class I complexes. Applications of these methods in the context of immunotherapy are also presented. First, a theoretical method for structure prediction of peptide-MHC class I complexes is developed and validated. The approach is based on a molecular dynamics protocol to sample the conformational space of the peptide in its MHC environment. The sampled conformers are evaluated using conformational free energy calculations. The method, which is evaluated for its ability to reproduce 41 X-ray crystallographic structures of different peptide-MHC class I complexes, shows an overall prediction success of 83%. Importantly, in the clinically highly relevant subset of peptide-HLAA*0201 complexes, the prediction success is 100%. Based on these structure predictions, a theoretical approach for prediction of cross-reactivity is developed and validated. This method involves the generation of quantitative structure-activity relationships using three-dimensional molecular descriptors and a genetic neural network. The generated relationships are highly predictive as proved by high cross-validated correlation coefficients (0.78-0.79). Together, the here developed theoretical methods open the door for efficient rational design of improved peptides to be used in immunotherapy. Résumé La réponse immunitaire spécifique contre des tumeurs dépend de la reconnaissance par les récepteurs des cellules T CD8+ de peptides antigéniques présentés par les complexes majeurs d'histocompatibilité (CMH) de classe I. Ces peptides sont utilisés comme cible dans l'immunothérapie par vaccins peptidiques. Afin d'augmenter la réponse immunitaire, les peptides sont modifiés de façon à améliorer l'affinité et/ou la résistance à la dégradation. Ceci nécessite de connaître la structure tridimensionnelle des complexes peptide-CMH. De plus, les peptides modifiés doivent être reconnus par des cellules T spécifiques du peptide natif. La structure de l'épitope doit donc être préservée et des structures détaillées des complexes peptide-CMH sont nécessaires. Dans cette thèse, le thème central est le développement des méthodes computationnelles de prédiction des structures des complexes peptide-CMH classe I et de la reconnaissance croisée. Des applications de ces méthodes de prédiction à l'immunothérapie sont également présentées. Premièrement, une méthode théorique de prédiction des structures des complexes peptide-CMH classe I est développée et validée. Cette méthode est basée sur un échantillonnage de l'espace conformationnel du peptide dans le contexte du récepteur CMH classe I par dynamique moléculaire. Les conformations sont évaluées par leurs énergies libres conformationnelles. La méthode est validée par sa capacité à reproduire 41 structures des complexes peptide-CMH classe I obtenues par cristallographie aux rayons X. Le succès prédictif général est de 83%. Pour le sous-groupe HLA-A*0201 de complexes de grande importance pour l'immunothérapie, ce succès est de 100%. Deuxièmement, à partir de ces structures prédites in silico, une méthode théorique de prédiction de la reconnaissance croisée est développée et validée. Celle-ci consiste à générer des relations structure-activité quantitatives en utilisant des descripteurs moléculaires tridimensionnels et un réseau de neurones couplé à un algorithme génétique. Les relations générées montrent une capacité de prédiction remarquable avec des valeurs de coefficients de corrélation de validation croisée élevées (0.78-0.79). Les méthodes théoriques développées dans le cadre de cette thèse ouvrent la voie du design de vaccins peptidiques améliorés.

Scores composites CHC pour le WISC-IV: Normes Francophones

Bien que le manuel du WISC-IV fasse référence à la théorie de Cattell-Horn-Carroll (CHC), les indices calculés à partir de cette batterie (ICV, IRP, IMT et IVT) n'ont pas été définis sur la base du modèle CHC. Afin d'apporter un éclairage complémentaire sur les performances observées, nous recommandons néanmoins d'examiner les scores des subtests du WISC-IV en référence à la nomenclature des aptitudes cognitives proposées dans le modèle CHC. La première partie de cet article présente les normes francophones pour cinq facteurs CHC du WISC-IV, à savoir le raisonnement fluide (Gf), compréhension-connaissances (Gc), le traitement visuel (Gv), la mémoire à court terme (Gsm) et la vitesse de traitement (Gs), établies en utilisant une procédure d'approximation statistique. La seconde partie présente l'examen de la validité de ces normes, confrontées à des données recueillies sur un échantillon de 250 enfants. Nos résultats montrent que les corrélations entre les indices classiques du WISC-IV (ICV, IRP, IMT et IVT) et les scores composites CHC sont élevées, attestant de la validité des scores CHC. Ces normes permettent de calculer et d'utiliser les scores composites CHC en complément des indices standard, dans le cadre d'analyses normatives et ipsatives.

Fracture ostéoporotique chez les femmes ménopausées: l'alendronate réduit le risque. [Osteoporotic fracture in menopausal women: alendronate reduces the risk]

Cette rubrique présente les résultats d'une revue systématique publiée par la Collaboration Cochrane dans la Cochrane Library au premier trimestre 2008 (www.cochrane.org/). Volontairement limité à un champ de recherche circonscrit, cet article reflète l'état actuel des connaissances de ce domaine. Il ne s'agit donc pas de recommandations pour guider la prise en charge d'une problématique clinique considérée dans sa globalité (guidelines).

PROBLEMATIQUE DE LA CULTURE EN MEDECINE DE FAMILLE, UNE APPROCHE CENTREE SUR LE PATIENT

Problématique : En réaction à l'émergence de société plurielle, la communauté médicale a mis en place des outils de prise en charge de l'altérité. Cependant, la culture, issue notamment des origines, des croyances et des expériences est unique à chaque patient et lui sert à appréhender la maladie. Ce pourquoi, les outils de prise en compte de la culture, et de valorisation du patient, peuvent être potentiellement étendus à tous. Objectifs : Déterminer la place de la culture en médecine de famille, les enjeux qui en dépendent et la pertinence de l'utilisation des compétences transculturelles avec tous les patients. Perfectionner ces compétences dans le but de créer un modèle bio-psycho-socio-culturel améliorant la communication et la compréhension entre patients et thérapeutes. Méthodologie : Réalisation d'une revue de la littérature en déterminant comment la culture est intégrée à la médecine sous forme de savoir théorique. Réalisation d'une recherche qualitative de type exploratoire sur la base d'entretiens enregistrés auprès de 7 médecins de famille romands, pour montrer comment la notion de culture est intégrée en pratique. Comparaison entre médecine transculturelle et approche pratique de terrain. Résultats : La culture influe sur toutes les étapes de la consultation. La pratique des médecins est influencée par leur conception de la culture. La construction commune d'une représentation de la maladie, basée sur les conceptions du patient, améliore la collaboration thérapeutique. Les compétences cliniques transculturelles actuelles semblent être applicables à tous, mais nécessitent un léger développement en intégrant l'expérience pratique quotidienne de la médecine de famille. Conclusion : L'utilisation des compétences cliniques transculturelles (savoir, savoir-faire, savoir-être) avec tous les patients est réalisable et peut être affinée d'une quatrième compétence le savoir- percevoir : capacité d'être alerte et réceptif à toute subtilité culturelle qui ressurgit de l'interaction.