Meta-analysis of correlated traits via summary statistics from GWASs with an application in hypertension

Genome-wide association studies (GWASs) have identified many genetic variants underlying complex traits. Many detected genetic loci harbor variants that associate with multiple-even distinct-traits. Most current analysis approaches focus on single traits, even though the final results from multiple traits are evaluated together. Such approaches miss the opportunity to systemically integrate the phenome-wide data available for genetic association analysis. In this study, we propose a general approach that can integrate association evidence from summary statistics of multiple traits, either correlated, independent, continuous, or binary traits, which might come from the same or different studies. We allow for trait heterogeneity effects. Population structure and cryptic relatedness can also be controlled. Our simulations suggest that the proposed method has improved statistical power over single-trait analysis in most of the cases we studied. We applied our method to the Continental Origins and Genetic Epidemiology Network (COGENT) African ancestry samples for three blood pressure traits and identified four loci (CHIC2, HOXA-EVX1, IGFBP1/IGFBP3, and CDH17; p < 5.0 × 10(-8)) associated with hypertension-related traits that were missed by a single-trait analysis in the original report. Six additional loci with suggestive association evidence (p < 5.0 × 10(-7)) were also observed, including CACNA1D and WNT3. Our study strongly suggests that analyzing multiple phenotypes can improve statistical power and that such analysis can be executed with the summary statistics from GWASs. Our method also provides a way to study a cross phenotype (CP) association by using summary statistics from GWASs of multiple phenotypes.

CERN-MEDICIS: une nouvelle infrastructure pour la production de radioisotopes a usage medical [CERN-MEDICIS (Medical Isotopes Collected from ISOLDE): a new facility].

CERN-MEDICIS (Medical Isotopes Collected from ISOLDE) est une plateforme de recherche destinée à la production de radioisotopes biomédicaux. Inauguré en 2014, il produira progressivement un nombre croissant de radioisotopes grâce au faisceau de protons ISOLDE déjà existant. Ce projet réunit des spécialistes du cancer, des chirurgiens, des experts en médecine nucléaire, en radiochimie et radiopharmacie et les scientifiques du CERN. Les radioisotopes ainsi produits seront destinés à la recherche fondamentale contre le cancer, à des études précliniques ainsi qu'au développement de protocoles d'imagerie et de thérapie destinés aux patients.Le CERN, les HUG, le CHUV, l'ISREC et l'EPFL qui soutiennent ce projet seront les premiers bénéficiaires de ces radioisotopes novateurs dont la distribution sera ensuite étendue à d'autres centres européens. CERN-MEDICIS is a facility dedicated to research and development in life science and medical applications. The research platform was inaugurated in October 2014 and will produce an increasing range of innovative isotopes using the proton beam of ISOLDE for fundamental studies in cancer research, for new imaging and therapy protocols in cell and animal models and for preclinical trials, possibly extended to specific early phase clinical studies (phase 0) up to phase I trials. CERN, the University Hospital of Geneva (HUG), the University Hospital of Lausanne (CHUV), the Swiss Institute for Experimental Cancer (ISREC) at Swiss Federal Institutes of Technology (EPFL) that currently support the project will benefit of the initial production that will then be extended to other centers.

Fast and Rigorous Computation of Gene and Pathway Scores from SNP-Based Summary Statistics.

Integrating single nucleotide polymorphism (SNP) p-values from genome-wide association studies (GWAS) across genes and pathways is a strategy to improve statistical power and gain biological insight. Here, we present Pascal (Pathway scoring algorithm), a powerful tool for computing gene and pathway scores from SNP-phenotype association summary statistics. For gene score computation, we implemented analytic and efficient numerical solutions to calculate test statistics. We examined in particular the sum and the maximum of chi-squared statistics, which measure the strongest and the average association signals per gene, respectively. For pathway scoring, we use a modified Fisher method, which offers not only significant power improvement over more traditional enrichment strategies, but also eliminates the problem of arbitrary threshold selection inherent in any binary membership based pathway enrichment approach. We demonstrate the marked increase in power by analyzing summary statistics from dozens of large meta-studies for various traits. Our extensive testing indicates that our method not only excels in rigorous type I error control, but also results in more biologically meaningful discoveries.

Étude retrospective observationnelle sur l'usage des biomarqueurs du liquide céphalo-rachidien de la maladie d'Alzheimer [Prospective and observational study of use of cerebrospinal fluid biomarkers of Alzheimer's disease]

Objectifs: Le dosage des biomarqueurs du liquide céphalorachidien (LCR) ne fait pas partie des recommandations de la démarche diagnostique de la maladie d'Alzheimer (MA) en France. Nous voulions analyser l'apport de leur dosage en pratique clinique quotidienne. Matériel et méthode: Étude rétrospective observationnelle, portant sur l'ensemble des dosages de biomarqueurs du LCR de la MA effectués entre le 1er novembre 2010 et le 30 septembre 2012 dans l'hôpital de jour (HDJ) et le service de médecine interne gériatrique (SMIG) du centre mémoire de ressources et de recherche (CMRR) des hôpitaux universitaires de Strasbourg (Alsace, France). Résultats: Quatre-vingt-dix-sept patients (femmes : 60,8 % ; âge moyen : 80 ± 6,5 ans) ont été considérés. En HDJ (n = 50), les biomarqueurs étaient utilisés pour le diagnostic positif de MA (64,0 %) ou le diagnostic différentiel entre les démences (36,0 %). Au SMIG (n = 47), leur dosage était effectué afin de confirmer une MA (19,1 %), de rechercher une pathologie cognitive sous-jacente à un syndrome confusionnel (17,0 %) ou pour diagnostiquer une démence chez des patients atteints de pathologies psychiatriques (29,8 %). Si 49,5 % des patients ont eu un diagnostic de MA confirmée, les biomarqueurs ont contribué à infirmer cette étiologie dans 9,2 % des cas. Le doute entre une MA et une autre étiologie persistait cependant encore chez 10 patients. Les analyses comparatives des taux des différents biomarqueurs ont montré que la protéine tau est observée avec un taux significativement plus élevé dans la MA que dans la démence vasculaire (p = 0,003) et à la limite de la significativité pour la maladie de Parkinson (p = 0,06). Le profil observé avec la Ptau est similaire mais avec une significativité atteinte vis-à-vis de la démence de la maladie de Parkinson (p = 0,01). En ce qui concerne l'Aβ1-42, si les taux moyens étaient les plus élevés dans les démences vasculaire et à corps de Lewy, (p < 0,0001 et p < 0,01), ils étaient plus faibles en cas de démence de la maladie de Parkinson mais sans atteindre le seuil de signification (p = 0,12). Conclusion: Cette étude a analysé l'utilisation des biomarqueurs de la MA en pratique courante. Si leur intérêt se positionne actuellement dans le diagnostic de la MA à un stade léger, ces biomarqueurs montrent leur utilité dans les situations où le diagnostic clinique est rendu difficile par un trouble psychiatrique et/ou une confusion, une clinique atypique où lorsque les tests cognitifs sont irréalisables.

Statistics in Public Understanding of Science review: How to achieve high statistical standards?

This article proposes a checklist to improve statistical reporting in the manuscripts submitted to Public Understanding of Science. Generally, these guidelines will allow the reviewers (and readers) to judge whether the evidence provided in the manuscript is relevant. The article ends with other suggestions for a better statistical quality of the journal.

Les expositions universelles comme communautés émotionnelles imaginées: du bon usage des émotions dans l'art d'instruire et de divertir

Cette contribution commence par établir que les expositions universelles sont traversées par un ensemble de dynamiques contradictoires qui reflètent celles intervenant dans le processus de la mondialisation qu'elles ont précisément pour vocation de mettre en scène. Parmi ces différents dynamiques, il en est une qui mérite que l'on s'y arrête de nouveau : celle ayant d'abord opposé sciences et loisirs avant de les associer comme organisateurs de la vie sociale. Comment les expositions universelles ont-elles représenté ces deux types d'activités qui leur ont été centrales ? L'article avance que l'évolution de la fonction de normalisation sociale attachée aux sciences et aux divertissements peut être éclairée par une analyse de l'usage qui a été fait des émotions par les organisateurs et commentateurs de ces manifestations. Le phénomène est examiné à la lumière des concepts d'émotionologie, d'émotif et de communauté émotionnelle développés par les historiens des émotions. This article starts from the premise that international exhibitions are driven by the same contradictory dynamics underlying the process of globalization which they seek to stage. Among these various dynamics, there is need to further study the one that has involved science and leisure as organizers of social life in a dyadic relationship evolving historically from opposition to accommodation. Drawing on the concepts of «emotionolgy », « emotives » and « emotional communities », the study attempts to show how changes in the normalizing functions of science and leisure can be highlighted through the shifting use of emotions by the organizers and commentators of world's fairs.