Motion artifact reduction and vessel enhancement for free-breathing navigator-gated coronary MRA using 3D k-space reordering.

Breathing-induced bulk motion of the myocardium during data acquisition may cause severe image artifacts in coronary magnetic resonance angiography (MRA). Current motion compensation strategies include breath-holding or free-breathing MR navigator gating and tracking techniques. Navigator-based techniques have been further refined by the applications of sophisticated 2D k-space reordering techniques. A further improvement in image quality and a reduction of relative scanning duration may be expected from a 3D k-space reordering scheme. Therefore, a 3D k-space reordered acquisition scheme including a 3D navigator gated and corrected segmented k-space gradient echo imaging sequence for coronary MRA was implemented. This new zonal motion-adapted acquisition and reordering technique (ZMART) was developed on the basis of a numerical simulation of the Bloch equations. The technique was implemented on a commercial 1.5T MR system, and first phantom and in vivo experiments were performed. Consistent with the results of the theoretical findings, the results obtained in the phantom studies demonstrate a significant reduction of motion artifacts when compared to conventional (non-k-space reordered) gating techniques. Preliminary in vivo findings also compare favorably with the phantom experiments and theoretical considerations. Magn Reson Med 45:645-652, 2001.

The Hydrophobic interaction: modeling hydrophobic interactions and aggregation of non-polar particles in aqueous solutions

Malgré son importance dans notre vie de tous les jours, certaines propriétés de l?eau restent inexpliquées. L'étude des interactions entre l'eau et les particules organiques occupe des groupes de recherche dans le monde entier et est loin d'être finie. Dans mon travail j'ai essayé de comprendre, au niveau moléculaire, ces interactions importantes pour la vie. J'ai utilisé pour cela un modèle simple de l'eau pour décrire des solutions aqueuses de différentes particules. Récemment, l?eau liquide a été décrite comme une structure formée d?un réseau aléatoire de liaisons hydrogènes. En introduisant une particule hydrophobe dans cette structure à basse température, certaines liaisons hydrogènes sont détruites ce qui est énergétiquement défavorable. Les molécules d?eau s?arrangent alors autour de cette particule en formant une cage qui permet de récupérer des liaisons hydrogènes (entre molécules d?eau) encore plus fortes : les particules sont alors solubles dans l?eau. A des températures plus élevées, l?agitation thermique des molécules devient importante et brise les liaisons hydrogènes. Maintenant, la dissolution des particules devient énergétiquement défavorable, et les particules se séparent de l?eau en formant des agrégats qui minimisent leur surface exposée à l?eau. Pourtant, à très haute température, les effets entropiques deviennent tellement forts que les particules se mélangent de nouveau avec les molécules d?eau. En utilisant un modèle basé sur ces changements de structure formée par des liaisons hydrogènes j?ai pu reproduire les phénomènes principaux liés à l?hydrophobicité. J?ai trouvé une région de coexistence de deux phases entre les températures critiques inférieure et supérieure de solubilité, dans laquelle les particules hydrophobes s?agrègent. En dehors de cette région, les particules sont dissoutes dans l?eau. J?ai démontré que l?interaction hydrophobe est décrite par un modèle qui prend uniquement en compte les changements de structure de l?eau liquide en présence d?une particule hydrophobe, plutôt que les interactions directes entre les particules. Encouragée par ces résultats prometteurs, j?ai étudié des solutions aqueuses de particules hydrophobes en présence de co-solvants cosmotropiques et chaotropiques. Ce sont des substances qui stabilisent ou déstabilisent les agrégats de particules hydrophobes. La présence de ces substances peut être incluse dans le modèle en décrivant leur effet sur la structure de l?eau. J?ai pu reproduire la concentration élevée de co-solvants chaotropiques dans le voisinage immédiat de la particule, et l?effet inverse dans le cas de co-solvants cosmotropiques. Ce changement de concentration du co-solvant à proximité de particules hydrophobes est la cause principale de son effet sur la solubilité des particules hydrophobes. J?ai démontré que le modèle adapté prédit correctement les effets implicites des co-solvants sur les interactions de plusieurs corps entre les particules hydrophobes. En outre, j?ai étendu le modèle à la description de particules amphiphiles comme des lipides. J?ai trouvé la formation de différents types de micelles en fonction de la distribution des regions hydrophobes à la surface des particules. L?hydrophobicité reste également un sujet controversé en science des protéines. J?ai défini une nouvelle échelle d?hydrophobicité pour les acides aminés qui forment des protéines, basée sur leurs surfaces exposées à l?eau dans des protéines natives. Cette échelle permet une comparaison meilleure entre les expériences et les résultats théoriques. Ainsi, le modèle développé dans mon travail contribue à mieux comprendre les solutions aqueuses de particules hydrophobes. Je pense que les résultats analytiques et numériques obtenus éclaircissent en partie les processus physiques qui sont à la base de l?interaction hydrophobe.<br/><br/>Despite the importance of water in our daily lives, some of its properties remain unexplained. Indeed, the interactions of water with organic particles are investigated in research groups all over the world, but controversy still surrounds many aspects of their description. In my work I have tried to understand these interactions on a molecular level using both analytical and numerical methods. Recent investigations describe liquid water as random network formed by hydrogen bonds. The insertion of a hydrophobic particle at low temperature breaks some of the hydrogen bonds, which is energetically unfavorable. The water molecules, however, rearrange in a cage-like structure around the solute particle. Even stronger hydrogen bonds are formed between water molecules, and thus the solute particles are soluble. At higher temperatures, this strict ordering is disrupted by thermal movements, and the solution of particles becomes unfavorable. They minimize their exposed surface to water by aggregating. At even higher temperatures, entropy effects become dominant and water and solute particles mix again. Using a model based on these changes in water structure I have reproduced the essential phenomena connected to hydrophobicity. These include an upper and a lower critical solution temperature, which define temperature and density ranges in which aggregation occurs. Outside of this region the solute particles are soluble in water. Because I was able to demonstrate that the simple mixture model contains implicitly many-body interactions between the solute molecules, I feel that the study contributes to an important advance in the qualitative understanding of the hydrophobic effect. I have also studied the aggregation of hydrophobic particles in aqueous solutions in the presence of cosolvents. Here I have demonstrated that the important features of the destabilizing effect of chaotropic cosolvents on hydrophobic aggregates may be described within the same two-state model, with adaptations to focus on the ability of such substances to alter the structure of water. The relevant phenomena include a significant enhancement of the solubility of non-polar solute particles and preferential binding of chaotropic substances to solute molecules. In a similar fashion, I have analyzed the stabilizing effect of kosmotropic cosolvents in these solutions. Including the ability of kosmotropic substances to enhance the structure of liquid water, leads to reduced solubility, larger aggregation regime and the preferential exclusion of the cosolvent from the hydration shell of hydrophobic solute particles. I have further adapted the MLG model to include the solvation of amphiphilic solute particles in water, by allowing different distributions of hydrophobic regions at the molecular surface, I have found aggregation of the amphiphiles, and formation of various types of micelle as a function of the hydrophobicity pattern. I have demonstrated that certain features of micelle formation may be reproduced by the adapted model to describe alterations of water structure near different surface regions of the dissolved amphiphiles. Hydrophobicity remains a controversial quantity also in protein science. Based on the surface exposure of the 20 amino-acids in native proteins I have defined the a new hydrophobicity scale, which may lead to an improvement in the comparison of experimental data with the results from theoretical HP models. Overall, I have shown that the primary features of the hydrophobic interaction in aqueous solutions may be captured within a model which focuses on alterations in water structure around non-polar solute particles. The results obtained within this model may illuminate the processes underlying the hydrophobic interaction.<br/><br/>La vie sur notre planète a commencé dans l'eau et ne pourrait pas exister en son absence : les cellules des animaux et des plantes contiennent jusqu'à 95% d'eau. Malgré son importance dans notre vie de tous les jours, certaines propriétés de l?eau restent inexpliquées. En particulier, l'étude des interactions entre l'eau et les particules organiques occupe des groupes de recherche dans le monde entier et est loin d'être finie. Dans mon travail j'ai essayé de comprendre, au niveau moléculaire, ces interactions importantes pour la vie. J'ai utilisé pour cela un modèle simple de l'eau pour décrire des solutions aqueuses de différentes particules. Bien que l?eau soit généralement un bon solvant, un grand groupe de molécules, appelées molécules hydrophobes (du grecque "hydro"="eau" et "phobia"="peur"), n'est pas facilement soluble dans l'eau. Ces particules hydrophobes essayent d'éviter le contact avec l'eau, et forment donc un agrégat pour minimiser leur surface exposée à l'eau. Cette force entre les particules est appelée interaction hydrophobe, et les mécanismes physiques qui conduisent à ces interactions ne sont pas bien compris à l'heure actuelle. Dans mon étude j'ai décrit l'effet des particules hydrophobes sur l'eau liquide. L'objectif était d'éclaircir le mécanisme de l'interaction hydrophobe qui est fondamentale pour la formation des membranes et le fonctionnement des processus biologiques dans notre corps. Récemment, l'eau liquide a été décrite comme un réseau aléatoire formé par des liaisons hydrogènes. En introduisant une particule hydrophobe dans cette structure, certaines liaisons hydrogènes sont détruites tandis que les molécules d'eau s'arrangent autour de cette particule en formant une cage qui permet de récupérer des liaisons hydrogènes (entre molécules d?eau) encore plus fortes : les particules sont alors solubles dans l'eau. A des températures plus élevées, l?agitation thermique des molécules devient importante et brise la structure de cage autour des particules hydrophobes. Maintenant, la dissolution des particules devient défavorable, et les particules se séparent de l'eau en formant deux phases. A très haute température, les mouvements thermiques dans le système deviennent tellement forts que les particules se mélangent de nouveau avec les molécules d'eau. A l'aide d'un modèle qui décrit le système en termes de restructuration dans l'eau liquide, j'ai réussi à reproduire les phénomènes physiques liés à l?hydrophobicité. J'ai démontré que les interactions hydrophobes entre plusieurs particules peuvent être exprimées dans un modèle qui prend uniquement en compte les liaisons hydrogènes entre les molécules d'eau. Encouragée par ces résultats prometteurs, j'ai inclus dans mon modèle des substances fréquemment utilisées pour stabiliser ou déstabiliser des solutions aqueuses de particules hydrophobes. J'ai réussi à reproduire les effets dûs à la présence de ces substances. De plus, j'ai pu décrire la formation de micelles par des particules amphiphiles comme des lipides dont la surface est partiellement hydrophobe et partiellement hydrophile ("hydro-phile"="aime l'eau"), ainsi que le repliement des protéines dû à l'hydrophobicité, qui garantit le fonctionnement correct des processus biologiques de notre corps. Dans mes études futures je poursuivrai l'étude des solutions aqueuses de différentes particules en utilisant les techniques acquises pendant mon travail de thèse, et en essayant de comprendre les propriétés physiques du liquide le plus important pour notre vie : l'eau.

Techniques de gastrostomie chez l'enfant et expérience lausannoise avec le bouton de gastrostomie à ballonnet (Mic-Key)

Résumé : Ce travail comprend deux parties : La première partie a pour but de présenter une revue des techniques de gastrostomie chez l'enfant. La gastrostomie est, par définition, un tractus fistuleux entre l'estomac et la paroi abdominale. Le but de la gastrostomie est de permettre la décompression gastrique, la nutrition entérale et l'apport médicamenteux. Les indications et contre-indications à la confection et utilisation de la gastrostomie sont détaillées dans ce travail. Historiquement, les premières gastrostomies étaient d'origine accidentelle ou infectieuse (fistule gastro-cutanée), incompatibles avec la vie. Sedillot, en 1845 décrivit la première gastrostomie chirurgicale sans cathéter, qui avait comme désavantage la présence de fuites. Depuis, les techniques se sont multipliées en évoluant vers la continence et l'utilisation de cathéters. En 1979 Gauderer décrivit pour la première fois une technique percutanée, réalisée sur un enfant âgé de 5 mois. Cette technique est appelée « Percutaneous Endoscopic Gastrostomy » (PEG). Elle a ensuite été élargie à la population adulte. Actuellement, il existe une grande multiplicité de techniques par abord « laparotomique », laparoscopique ou percutanée (endoscopique ou radiologique). Ces techniques peuvent être combinées. Toutes ces techniques nécessitent la présence intermittente ou continue d'un dispositif, qui permet le maintient de la gastrostomie ouverte et évite les fuites gastriques. Ces dispositifs sont multiples; initialement il s'agissait de cathéters rigides (bois, métal, caoutchouc). Ensuite ils ont été fabriqués en silicone, ce qui les rend plus souples et mieux tolérés par le patient. Pour éviter leur dislocation, ils possèdent un système d'amarrage intra-gastrique tel que : un champignon (Bard®), un ballonnet (Foley®, Mic-Key®), ou une forme spiralée du cathéter (« pig-tail ») et possèdent un système d'amarrage extra-gastrique (« cross-bar »). En 1982, Gauderer créa le premier dispositif à fleur de peau : le bouton de gastrostomie (BG). Actuellement, il en existe deux types : à champignon (Bard®) et à ballonnet (Mic-Key®). Il existe plusieurs types de complications liées à la technique opératoire, à la prise en charge et au matériel utilisé. Une comparaison des différentes techniques, matériaux utilisés et coûts engendrés est détaillée dans ce travail. La deuxième partie de ce travail est dédiée aux BG et plus spécifiquement au BG à ballonnet (Mic-Key®). Nous présentons les différents boutons et les techniques spécifiques. Le BG est inséré soit dans une gastrostomie préformée, soit directement lors de la confection d'une gastrostomie par laparotomie, laparoscopie ou de façon percutanée. Les complications liées au BG sont rapportées. D'autres utilisations digestives ou urologiques sont décrites. Nous présentons ensuite notre expérience avec 513 BG à ballonnet (Mic-Key®) dans une revue de 73 enfants. La pose du BG est effectuée dans une gastrostomie préformée sans recours à une anesthésie générale. La technique choisie pour la confection de la gastrostomie dépend de la pathologie de base, de l'état général du patient, de la nécessité d'une opération concomitante et du risque anesthésique. Nous apportons des précisions sur le BG telles que la dimension en fonction de l'âge, la durée de vie, et les causes qui ont amené au changement du BG. Nos résultats sont comparés à ceux de la littérature. Sur la base de notre expérience et après avoir passé en revue la littérature spécialisée, nous proposons des recommandations sur le choix de la technique et le choix du matériel. Ce travail se termine avec une réflexion sur le devenir de la gastrostomie. Si le futur consiste à améliorer et innover les techniques et les matériaux, des protocoles destinés à la standardisation des techniques, à la sélection des patients et à l'enseignement des soins devraient s'en suivre. La prise en charge de l'enfant ne se limite pas à la sélection appropriée de la technique et des matériaux, mais il s'agit avant tout d'une approche multidisciplinaire. La collaboration entre le personnel soignant, la famille et l'enfant est essentielle pour que la prise en charge soit optimale et sans risques.

Impacts of upland open drains upon runoff generation: a numerical assessment of catchment-scale impacts

Shallow upland drains, grips, have been hypothesized as responsible for increased downstream flow magnitudes. Observations provide counterfactual evidence, often relating to the difficulty of inferring conclusions from statistical correlation and paired catchment comparisons, and the complexity of designing field experiments to test grip impacts at the catchment scale. Drainage should provide drier antecedent moisture conditions, providing more storage at the start of an event; however, grips have higher flow velocities than overland flow, thus potentially delivering flow more rapidly to the drainage network. We develop and apply a model for assessing the impacts of grips on flow hydrographs. The model was calibrated on the gripped case, and then the gripped case was compared with the intact case by removing all grips. This comparison showed that even given parameter uncertainty, the intact case had significantly higher flood peaks and lower baseflows, mirroring field observations of the hydrological response of intact peat. The simulations suggest that this is because delivery effects may not translate into catchment-scale impacts for three reasons. First, in our case, the proportions of flow path lengths that were hillslope were not changed significantly by gripping. Second, the structure of the grip network as compared with the structure of the drainage basin mitigated against grip-related increases in the concentration of runoff in the drainage network, although it did marginally reduce the mean timing of that concentration at the catchment outlet. Third, the effect of the latter upon downstream flow magnitudes can only be assessed by reference to the peak timing of other tributary basins, emphasizing that drain effects are both relative and scale dependent. However, given the importance of hillslope flow paths, we show that if upland drainage causes significant changes in surface roughness on hillslopes, then critical and important feedbacks may impact upon the speed of hydrological response. Copyright (c) 2012 John Wiley & Sons, Ltd.

Evolution of Genetic Techniques: Past, Present, and Beyond.

Genetics is the study of heredity, which means the study of genes and factors related to all aspects of genes. The scientific history of genetics began with the works of Gregor Mendel in the mid-19th century. Prior to Mendel, genetics was primarily theoretical whilst, after Mendel, the science of genetics was broadened to include experimental genetics. Developments in all fields of genetics and genetic technology in the first half of the 20th century provided a basis for the later developments. In the second half of the 20th century, the molecular background of genetics has become more understandable. Rapid technological advancements, followed by the completion of Human Genome Project, have contributed a great deal to the knowledge of genetic factors and their impact on human life and diseases. Currently, more than 1800 disease genes have been identified, more than 2000 genetic tests have become available, and in conjunction with this at least 350 biotechnology-based products have been released onto the market. Novel technologies, particularly next generation sequencing, have dramatically accelerated the pace of biological research, while at the same time increasing expectations. In this paper, a brief summary of genetic history with short explanations of most popular genetic techniques is given.

Percutaneous Endovascular Salvage Techniques for Implanted Venous Access Device Dysfunction.

PURPOSE: Implanted venous access devices (IVADs) are often used in patients who require long-term intravenous drug administration. The most common causes of device dysfunction include occlusion by fibrin sheath and/or catheter adherence to the vessel wall. We present percutaneous endovascular salvage techniques to restore function in occluded catheters. The aim of this study was to evaluate the feasibility, safety, and efficacy of these techniques. METHODS AND MATERIALS: Through a femoral or brachial venous access, a snare is used to remove fibrin sheath around the IVAD catheter tip. If device dysfunction is caused by catheter adherences to the vessel wall, a new "mechanical adhesiolysis" maneuver was performed. IVAD salvage procedures performed between 2005 and 2013 were analyzed. Data included clinical background, catheter tip position, success rate, recurrence, and rate of complication. RESULTS: Eighty-eight salvage procedures were performed in 80 patients, mostly women (52.5 %), with a mean age of 54 years. Only a minority (17.5 %) of evaluated catheters were located at an optimal position (i.e., cavoatrial junction ±1 cm). Mechanical adhesiolysis or other additional maneuvers were used in 21 cases (24 %). Overall technical success rate was 93.2 %. Malposition and/or vessel wall adherences were the main cause of technical failure. No complications were noted. CONCLUSION: These IVAD salvage techniques are safe and efficient. When a catheter is adherent to the vessel wall, mechanical adhesiolysis maneuvers allow catheter mobilization and a greater success rate with no additional risk. In patients who still require long-term use of their IVAD, these procedures can be performed safely to avoid catheter replacement.