Differential expression of 240 kDa ConA-binding glycoprotein in vitro and in vivo detected by immunochemical methods.

The expression of the 240 ConA-binding glycoprotein (240 kDa), a marker of synaptic junctions isolated from the rat cerebellum, was studied by immunocytochemical techniques in forebrain and cerebellum from rat and chicken, and in chick dorsal root ganglia. Parallel studies were carried out either on tissue sections or in dissociated cell cultures. In all cases non neuronal cells were not immunostained. The tissue sections of cerebellum from rat and chick exhibited 240 kDa glycoprotein immunoreactivity, especially in the molecular layer, while the forebrain sections from rat and chick did not show any significant immunostaining. In contrast, in dissociated forebrain cell cultures, all neuronal cells expressed 240 kDa glycoprotein immunoreactivity, while glial cells remained totally unlabelled. In tissue sections of dorsal root ganglion (DRG), sensory neurons expressed the 240 kDa only after the embryonic day (E 10). A large number of small neurons in the dorsomedial part of DRG were immunostained with 240 kDa glycoprotein antiserum, whereas only a small number of neurons in the ventrolateral part of the ganglia displayed 240 kDa immunoreactivity. In dissociated DRG cells cultures (mixed or neuron-enriched DRG cell cultures) all the neuronal perikarya but not their processes were stained. These studies indicate that 240 kDa glycoprotein expression is completely modified in cultures of neurons of CNS or PNS since the antigen becomes synthetized in high amount by all cells independent of synapse formation. This demonstrates that the expression of 240 kDa is controlled by the cell environment.

The M-Coffee web server: a meta-method for computing multiple sequence alignments by combining alternative alignment methods.

The M-Coffee server is a web server that makes it possible to compute multiple sequence alignments (MSAs) by running several MSA methods and combining their output into one single model. This allows the user to simultaneously run all his methods of choice without having to arbitrarily choose one of them. The MSA is delivered along with a local estimation of its consistency with the individual MSAs it was derived from. The computation of the consensus multiple alignment is carried out using a special mode of the T-Coffee package [Notredame, Higgins and Heringa (T-Coffee: a novel method for fast and accurate multiple sequence alignment. J. Mol. Biol. 2000; 302: 205-217); Wallace, O'Sullivan, Higgins and Notredame (M-Coffee: combining multiple sequence alignment methods with T-Coffee. Nucleic Acids Res. 2006; 34: 1692-1699)] Given a set of sequences (DNA or proteins) in FASTA format, M-Coffee delivers a multiple alignment in the most common formats. M-Coffee is a freeware open source package distributed under a GPL license and it is available either as a standalone package or as a web service from www.tcoffee.org.

Variability of voriconazole plasma levels measured by new high-performance liquid chromatography and bioassay methods, [and] Voriconazole therapeutic drug monitoring in patients with invasive mycoses improves efficacy and safety outcomes

Rapport de synthèse1. Partie de laboratoireCette première étude décrit le développement et la validation, selon les standards internationaux, de deux techniques de mesure des concentrations sanguines de voriconazole, un nouvel agent antifongique à large spectre: 1) la chromatographic en phase liquide à haute pression et 2) le bio-essai utilisant une souche mutante de Candida hypersensible au voriconazole. Ce travail a aussi permis de mettre en évidence une importante et imprévisible variabilité inter- et intra-individuelle des concentrations sanguines de voriconazole malgré l'utilisation des doses recommandées par le fabriquant. Ce travail a été publié dans un journal avec "peer-review": "Variability of voriconazole plasma levels measured by new high- performance liquid chromatography and bioassay methods" by A. Pascual, V. Nieth, T. Calandra, J. Bille, S. Bolay, L.A. Decosterd, T. Buclin, P.A. Majcherczyk, D. Sanglard, 0. Marchetti. Antimicrobial Agents Chemotherapy, 2007; 51:137-432. Partie CliniqueCette deuxième étude a évalué de façon prospective l'impact clinique des concentrations sanguines de voriconazole sur l'efficacité et sécurité thérapeutique chez des patients atteints d'infections fongiques. Des concentrations sanguines élevées étaient significativement associés à la survenue d'une toxicité neurologique (encéphalopathie avec confusion, hallucinations et myoclonies) et des concentrations sanguines basses à une réponse insuffisante au traitement antifongique (persistance ou progression des signes cliniques et radiologiques de l'infection). Dans la majorité des cas, un ajustement de la dose de voriconazole, sur la base des concentrations mesurées, a abouti à une récupération neurologique complète ou à une résolution de l'infection, respectivement. Ce travail a été publié dans un journal avec "peer-review": " Voriconazole Therapeutic Drug Monitoring in Patients with Invasive Mycoses Improves Efficacy and Safety Outcomes" by A. Pascual, T. Calandra, S. Bolay, T. Buclin, J. Bille, and O. Marchetti. Clinical Infectious Diseases, 2008 January 15; 46(2): 201-11.Ces deux études, financées de façon conjointe par un "grant" international de la Société suisse d'infectiologie et la Société internationale de maladies infectieuses et par la Fondation pour le progrès en microbiologie médicale et maladies infectieuses (FAMMID, Lausanne), ont été réalisées au sein du Service des Maladies Infectieuses, Département de Médecine, au CHUV, en étroite collaboration avec la Division de Pharmacologie Clinique, Département de Médecine, au CHUV et l'Institut de Microbiologie du CHUV et de l'Université de Lausanne.

Cross validation of experts versus registration methods for target localization in deep brain stimulation.

In the last five years, Deep Brain Stimulation (DBS) has become the most popular and effective surgical technique for the treatent of Parkinson's disease (PD). The Subthalamic Nucleus (STN) is the usual target involved when applying DBS. Unfortunately, the STN is in general not visible in common medical imaging modalities. Therefore, atlas-based segmentation is commonly considered to locate it in the images. In this paper, we propose a scheme that allows both, to perform a comparison between different registration algorithms and to evaluate their ability to locate the STN automatically. Using this scheme we can evaluate the expert variability against the error of the algorithms and we demonstrate that automatic STN location is possible and as accurate as the methods currently used.

On the diurnal soil water content dynamics during evaporation using dielectric methods

The water content dynamics in the upper soil surface during evaporation is a key element in land-atmosphere exchanges. Previous experimental studies have suggested that the soil water content increases at the depth of 5 to 15 cm below the soil surface during evapo- ration, while the layer in the immediate vicinity of the soil surface is drying. In this study, the dynamics of water content profiles exposed to solar radiative forcing was monitored at a high temporal resolution using dielectric methods both in the presence and absence of evaporation. A 4-d comparison of reported moisture content in coarse sand in covered and uncovered buckets using a commercial dielectric-based probe (70 MHz ECH2O-5TE, Decagon Devices, Pullman, WA) and the standard 1-GHz time domain reflectometry method. Both sensors reported a positive correlation between temperature and water content in the 5- to 10-cm depth, most pronounced in the morning during heating and in the afternoon during cooling. Such positive correlation might have a physical origin induced by evaporation at the surface and redistribution due to liquid water fluxes resulting from the temperature- gradient dynamics within the sand profile at those depths. Our experimental data suggest that the combined effect of surface evaporation and temperature-gradient dynamics should be considered to analyze experimental soil water profiles. Additional effects related to the frequency of operation and to protocols for temperature compensation of the dielectric sensors may also affect the probes' response during large temperature changes.

Comparison and validation of tissue modelization and statistical classification methods in T1-weighted MR brain images.

This paper presents a validation study on statistical nonsupervised brain tissue classification techniques in magnetic resonance (MR) images. Several image models assuming different hypotheses regarding the intensity distribution model, the spatial model and the number of classes are assessed. The methods are tested on simulated data for which the classification ground truth is known. Different noise and intensity nonuniformities are added to simulate real imaging conditions. No enhancement of the image quality is considered either before or during the classification process. This way, the accuracy of the methods and their robustness against image artifacts are tested. Classification is also performed on real data where a quantitative validation compares the methods' results with an estimated ground truth from manual segmentations by experts. Validity of the various classification methods in the labeling of the image as well as in the tissue volume is estimated with different local and global measures. Results demonstrate that methods relying on both intensity and spatial information are more robust to noise and field inhomogeneities. We also demonstrate that partial volume is not perfectly modeled, even though methods that account for mixture classes outperform methods that only consider pure Gaussian classes. Finally, we show that simulated data results can also be extended to real data.

On optimal dividend strategies with deficit or incomplete information

Rapport de synthèse Cette thèse consiste en trois essais sur les stratégies optimales de dividendes. Chaque essai correspond à un chapitre. Les deux premiers essais ont été écrits en collaboration avec les Professeurs Hans Ulrich Gerber et Elias S. W. Shiu et ils ont été publiés; voir Gerber et al. (2006b) ainsi que Gerber et al. (2008). Le troisième essai a été écrit en collaboration avec le Professeur Hans Ulrich Gerber. Le problème des stratégies optimales de dividendes remonte à de Finetti (1957). Il se pose comme suit: considérant le surplus d'une société, déterminer la stratégie optimale de distribution des dividendes. Le critère utilisé consiste à maximiser la somme des dividendes escomptés versés aux actionnaires jusqu'à la ruine2 de la société. Depuis de Finetti (1957), le problème a pris plusieurs formes et a été résolu pour différents modèles. Dans le modèle classique de théorie de la ruine, le problème a été résolu par Gerber (1969) et plus récemment, en utilisant une autre approche, par Azcue and Muler (2005) ou Schmidli (2008). Dans le modèle classique, il y a un flux continu et constant d'entrées d'argent. Quant aux sorties d'argent, elles sont aléatoires. Elles suivent un processus à sauts, à savoir un processus de Poisson composé. Un exemple qui correspond bien à un tel modèle est la valeur du surplus d'une compagnie d'assurance pour lequel les entrées et les sorties sont respectivement les primes et les sinistres. Le premier graphique de la Figure 1 en illustre un exemple. Dans cette thèse, seules les stratégies de barrière sont considérées, c'est-à-dire quand le surplus dépasse le niveau b de la barrière, l'excédent est distribué aux actionnaires comme dividendes. Le deuxième graphique de la Figure 1 montre le même exemple du surplus quand une barrière de niveau b est introduite, et le troisième graphique de cette figure montre, quand à lui, les dividendes cumulés. Chapitre l: "Maximizing dividends without bankruptcy" Dans ce premier essai, les barrières optimales sont calculées pour différentes distributions du montant des sinistres selon deux critères: I) La barrière optimale est calculée en utilisant le critère usuel qui consiste à maximiser l'espérance des dividendes escomptés jusqu'à la ruine. II) La barrière optimale est calculée en utilisant le second critère qui consiste, quant à lui, à maximiser l'espérance de la différence entre les dividendes escomptés jusqu'à la ruine et le déficit au moment de la ruine. Cet essai est inspiré par Dickson and Waters (2004), dont l'idée est de faire supporter aux actionnaires le déficit au moment de la ruine. Ceci est d'autant plus vrai dans le cas d'une compagnie d'assurance dont la ruine doit être évitée. Dans l'exemple de la Figure 1, le déficit au moment de la ruine est noté R. Des exemples numériques nous permettent de comparer le niveau des barrières optimales dans les situations I et II. Cette idée, d'ajouter une pénalité au moment de la ruine, a été généralisée dans Gerber et al. (2006a). Chapitre 2: "Methods for estimating the optimal dividend barrier and the probability of ruin" Dans ce second essai, du fait qu'en pratique on n'a jamais toute l'information nécessaire sur la distribution du montant des sinistres, on suppose que seuls les premiers moments de cette fonction sont connus. Cet essai développe et examine des méthodes qui permettent d'approximer, dans cette situation, le niveau de la barrière optimale, selon le critère usuel (cas I ci-dessus). Les approximations "de Vylder" et "diffusion" sont expliquées et examinées: Certaines de ces approximations utilisent deux, trois ou quatre des premiers moments. Des exemples numériques nous permettent de comparer les approximations du niveau de la barrière optimale, non seulement avec les valeurs exactes mais également entre elles. Chapitre 3: "Optimal dividends with incomplete information" Dans ce troisième et dernier essai, on s'intéresse à nouveau aux méthodes d'approximation du niveau de la barrière optimale quand seuls les premiers moments de la distribution du montant des sauts sont connus. Cette fois, on considère le modèle dual. Comme pour le modèle classique, dans un sens il y a un flux continu et dans l'autre un processus à sauts. A l'inverse du modèle classique, les gains suivent un processus de Poisson composé et les pertes sont constantes et continues; voir la Figure 2. Un tel modèle conviendrait pour une caisse de pension ou une société qui se spécialise dans les découvertes ou inventions. Ainsi, tant les approximations "de Vylder" et "diffusion" que les nouvelles approximations "gamma" et "gamma process" sont expliquées et analysées. Ces nouvelles approximations semblent donner de meilleurs résultats dans certains cas.

Risk and global change : developing scientific methods for advocacy and awareness raising

Les catastrophes sont souvent perçues comme des événements rapides et aléatoires. Si les déclencheurs peuvent être soudains, les catastrophes, elles, sont le résultat d'une accumulation des conséquences d'actions et de décisions inappropriées ainsi que du changement global. Pour modifier cette perception du risque, des outils de sensibilisation sont nécessaires. Des méthodes quantitatives ont été développées et ont permis d'identifier la distribution et les facteurs sous- jacents du risque.¦Le risque de catastrophes résulte de l'intersection entre aléas, exposition et vulnérabilité. La fréquence et l'intensité des aléas peuvent être influencées par le changement climatique ou le déclin des écosystèmes, la croissance démographique augmente l'exposition, alors que l'évolution du niveau de développement affecte la vulnérabilité. Chacune de ses composantes pouvant changer, le risque est dynamique et doit être réévalué périodiquement par les gouvernements, les assurances ou les agences de développement. Au niveau global, ces analyses sont souvent effectuées à l'aide de base de données sur les pertes enregistrées. Nos résultats montrent que celles-ci sont susceptibles d'être biaisées notamment par l'amélioration de l'accès à l'information. Elles ne sont pas exhaustives et ne donnent pas d'information sur l'exposition, l'intensité ou la vulnérabilité. Une nouvelle approche, indépendante des pertes reportées, est donc nécessaire.¦Les recherches présentées ici ont été mandatées par les Nations Unies et par des agences oeuvrant dans le développement et l'environnement (PNUD, l'UNISDR, la GTZ, le PNUE ou l'UICN). Ces organismes avaient besoin d'une évaluation quantitative sur les facteurs sous-jacents du risque, afin de sensibiliser les décideurs et pour la priorisation des projets de réduction des risques de désastres.¦La méthode est basée sur les systèmes d'information géographique, la télédétection, les bases de données et l'analyse statistique. Une importante quantité de données (1,7 Tb) et plusieurs milliers d'heures de calculs ont été nécessaires. Un modèle de risque global a été élaboré pour révéler la distribution des aléas, de l'exposition et des risques, ainsi que pour l'identification des facteurs de risque sous- jacent de plusieurs aléas (inondations, cyclones tropicaux, séismes et glissements de terrain). Deux indexes de risque multiples ont été générés pour comparer les pays. Les résultats incluent une évaluation du rôle de l'intensité de l'aléa, de l'exposition, de la pauvreté, de la gouvernance dans la configuration et les tendances du risque. Il apparaît que les facteurs de vulnérabilité changent en fonction du type d'aléa, et contrairement à l'exposition, leur poids décroît quand l'intensité augmente.¦Au niveau local, la méthode a été testée pour mettre en évidence l'influence du changement climatique et du déclin des écosystèmes sur l'aléa. Dans le nord du Pakistan, la déforestation induit une augmentation de la susceptibilité des glissements de terrain. Les recherches menées au Pérou (à base d'imagerie satellitaire et de collecte de données au sol) révèlent un retrait glaciaire rapide et donnent une évaluation du volume de glace restante ainsi que des scénarios sur l'évolution possible.¦Ces résultats ont été présentés à des publics différents, notamment en face de 160 gouvernements. Les résultats et les données générées sont accessibles en ligne (http://preview.grid.unep.ch). La méthode est flexible et facilement transposable à des échelles et problématiques différentes, offrant de bonnes perspectives pour l'adaptation à d'autres domaines de recherche.¦La caractérisation du risque au niveau global et l'identification du rôle des écosystèmes dans le risque de catastrophe est en plein développement. Ces recherches ont révélés de nombreux défis, certains ont été résolus, d'autres sont restés des limitations. Cependant, il apparaît clairement que le niveau de développement configure line grande partie des risques de catastrophes. La dynamique du risque est gouvernée principalement par le changement global.¦Disasters are often perceived as fast and random events. If the triggers may be sudden, disasters are the result of an accumulation of actions, consequences from inappropriate decisions and from global change. To modify this perception of risk, advocacy tools are needed. Quantitative methods have been developed to identify the distribution and the underlying factors of risk.¦Disaster risk is resulting from the intersection of hazards, exposure and vulnerability. The frequency and intensity of hazards can be influenced by climate change or by the decline of ecosystems. Population growth increases the exposure, while changes in the level of development affect the vulnerability. Given that each of its components may change, the risk is dynamic and should be reviewed periodically by governments, insurance companies or development agencies. At the global level, these analyses are often performed using databases on reported losses. Our results show that these are likely to be biased in particular by improvements in access to information. International losses databases are not exhaustive and do not give information on exposure, the intensity or vulnerability. A new approach, independent of reported losses, is necessary.¦The researches presented here have been mandated by the United Nations and agencies working in the development and the environment (UNDP, UNISDR, GTZ, UNEP and IUCN). These organizations needed a quantitative assessment of the underlying factors of risk, to raise awareness amongst policymakers and to prioritize disaster risk reduction projects.¦The method is based on geographic information systems, remote sensing, databases and statistical analysis. It required a large amount of data (1.7 Tb of data on both the physical environment and socio-economic parameters) and several thousand hours of processing were necessary. A comprehensive risk model was developed to reveal the distribution of hazards, exposure and risk, and to identify underlying risk factors. These were performed for several hazards (e.g. floods, tropical cyclones, earthquakes and landslides). Two different multiple risk indexes were generated to compare countries. The results include an evaluation of the role of the intensity of the hazard, exposure, poverty, governance in the pattern and trends of risk. It appears that the vulnerability factors change depending on the type of hazard, and contrary to the exposure, their weight decreases as the intensity increases.¦Locally, the method was tested to highlight the influence of climate change and the ecosystems decline on the hazard. In northern Pakistan, deforestation exacerbates the susceptibility of landslides. Researches in Peru (based on satellite imagery and ground data collection) revealed a rapid glacier retreat and give an assessment of the remaining ice volume as well as scenarios of possible evolution.¦These results were presented to different audiences, including in front of 160 governments. The results and data generated are made available online through an open source SDI (http://preview.grid.unep.ch). The method is flexible and easily transferable to different scales and issues, with good prospects for adaptation to other research areas. The risk characterization at a global level and identifying the role of ecosystems in disaster risk is booming. These researches have revealed many challenges, some were resolved, while others remained limitations. However, it is clear that the level of development, and more over, unsustainable development, configures a large part of disaster risk and that the dynamics of risk is primarily governed by global change.

Study of the impact of tissue density heterogeneities on 3-dimensional abdominal dosimetry: comparison between dose kernel convolution and direct monte carlo methods.

Dose kernel convolution (DK) methods have been proposed to speed up absorbed dose calculations in molecular radionuclide therapy. Our aim was to evaluate the impact of tissue density heterogeneities (TDH) on dosimetry when using a DK method and to propose a simple density-correction method. METHODS: This study has been conducted on 3 clinical cases: case 1, non-Hodgkin lymphoma treated with (131)I-tositumomab; case 2, a neuroendocrine tumor treatment simulated with (177)Lu-peptides; and case 3, hepatocellular carcinoma treated with (90)Y-microspheres. Absorbed dose calculations were performed using a direct Monte Carlo approach accounting for TDH (3D-RD), and a DK approach (VoxelDose, or VD). For each individual voxel, the VD absorbed dose, D(VD), calculated assuming uniform density, was corrected for density, giving D(VDd). The average 3D-RD absorbed dose values, D(3DRD), were compared with D(VD) and D(VDd), using the relative difference Δ(VD/3DRD). At the voxel level, density-binned Δ(VD/3DRD) and Δ(VDd/3DRD) were plotted against ρ and fitted with a linear regression. RESULTS: The D(VD) calculations showed a good agreement with D(3DRD). Δ(VD/3DRD) was less than 3.5%, except for the tumor of case 1 (5.9%) and the renal cortex of case 2 (5.6%). At the voxel level, the Δ(VD/3DRD) range was 0%-14% for cases 1 and 2, and -3% to 7% for case 3. All 3 cases showed a linear relationship between voxel bin-averaged Δ(VD/3DRD) and density, ρ: case 1 (Δ = -0.56ρ + 0.62, R(2) = 0.93), case 2 (Δ = -0.91ρ + 0.96, R(2) = 0.99), and case 3 (Δ = -0.69ρ + 0.72, R(2) = 0.91). The density correction improved the agreement of the DK method with the Monte Carlo approach (Δ(VDd/3DRD) < 1.1%), but with a lesser extent for the tumor of case 1 (3.1%). At the voxel level, the Δ(VDd/3DRD) range decreased for the 3 clinical cases (case 1, -1% to 4%; case 2, -0.5% to 1.5%, and -1.5% to 2%). No more linear regression existed for cases 2 and 3, contrary to case 1 (Δ = 0.41ρ - 0.38, R(2) = 0.88) although the slope in case 1 was less pronounced. CONCLUSION: This study shows a small influence of TDH in the abdominal region for 3 representative clinical cases. A simple density-correction method was proposed and improved the comparison in the absorbed dose calculations when using our voxel S value implementation.