Modelling of crowded polymers elucidate effects of double-strand breaks in topological domains of bacterial chromosomes.

Using numerical simulations of pairs of long polymeric chains confined in microscopic cylinders, we investigate consequences of double-strand DNA breaks occurring in independent topological domains, such as these constituting bacterial chromosomes. Our simulations show a transition between segregated and mixed state upon linearization of one of the modelled topological domains. Our results explain how chromosomal organization into topological domains can fulfil two opposite conditions: (i) effectively repulse various loops from each other thus promoting chromosome separation and (ii) permit local DNA intermingling when one or more loops are broken and need to be repaired in a process that requires homology search between broken ends and their homologous sequences in closely positioned sister chromatid.

Intravenous immunoglobulin for treatment of mild-to-moderate Alzheimer's disease: a phase 2, randomised, double-blind, placebo-controlled, dose-finding trial.

BACKGROUND: Three small trials suggest that intravenous immunoglobulin can affect biomarkers and symptoms of mild-to-moderate Alzheimer's disease. We tested the safety, effective dose, and infusion interval of intravenous immunoglobulin in such patients. METHODS: We did a multicentre, placebo-controlled phase 2 trial at seven sites in the USA and five in Germany. Participants with probable Alzheimer's disease aged 50-85 years were randomly assigned (by a computer-generated randomisation sequence, with block sizes of eight) to infusions every 4 weeks (0·2, 0·5, or 0·8 g intravenous immunoglobulin per kg bodyweight, or placebo) or infusions every 2 weeks (0·1, 0·25, or 0·4 g/kg, or placebo). Patients, caregivers, investigators assessing outcomes, and staff at imaging facilities and the clinical research organisation were masked to treatment allocation, but dispensing pharmacists, the statistician, and the person responsible for final PET analyses were not. Treatment was masked with opaque pouches and infusion lines. The primary endpoint was median area under the curve (AUC) of plasma amyloid β (Aβ)(1-40) between the last infusion and the final visit (2 weeks or 4 weeks depending on infusion interval) in the intention-to-treat population. The trial is registered at ClinicalTrials.gov (NCT00812565) and controlled-trials.com (ISRCTN64846759). FINDINGS: 89 patients were assessed for eligibility, of whom 58 were enrolled and 55 included in the primary analysis. Median AUC of plasma Aβ(1-40) was not significantly different for intravenous immunoglobulin compared with placebo for five of the six intervention groups (-18·0 [range -1347·0 to 1068·5] for 0·2 g/kg, -364·3 [-5834·5 to 1953·5] for 0·5 g/kg, and -351·8 [-1084·0 to 936·5] for 0·8 g/kg every 4 weeks vs -116·3 [-1379·0 to 5266·0] for placebo; and -13·8 [-1729·0 to 307·0] for 0·1 g/kg, and -32·5 [-1102·5 to 451·5] for 0·25 g/kg every 2 weeks vs 159·5 [51·5 to 303·0] for placebo; p>0·05 for all). The difference in median AUC of plasma Aβ(1-40) between the 0·4 g/kg every 2 weeks group (47·0 [range -341·0 to 72·5]) and the placebo group was significant (p=0·0216). 25 of 42 (60%) patients in the intervention group versus nine of 14 (64%) receiving placebo had an adverse event. Four of 42 (10%) patients in the intravenous immunoglobulin group versus four of 14 (29%) receiving placebo had a serious adverse event, including one stroke in the intervention group. INTERPRETATION: Intravenous immunoglobulin may have an acceptable safety profile. Our results did not accord with those from previous studies. Longer trials with greater power are needed to assess the cognitive and functional effects of intravenous immunoglobulin in patients with Alzheimer's disease.

Cefuroxime prophylaxis is effective in noninstrumented spine surgery : a double-blind, placebo-controlled study

Rapport de synthèse : Plusieurs investigateurs ont démontré que l'utilisation d'une antibiothérapie prophylactique lors d'interventions neurochirurgicales en terrain non infecté (chirurgie propre) réduisait le taux d'infection. Toutefois, ces taux d'infections sont très variables en fonction des types de chirurgie et de la durée des interventions. Les craniotomies, la mise en place ou le remplacement de shunt ventriculo-cardiaque, l'extirpation de méningiomes intracrâniens et les interventions d'une durée de plus de quatre heures sont grevées d'un taux d'infections post-opératoires plus élevé. Si une prophylaxie antibiotique est maintenant reconnue et utilisée dans ce type de chirurgie, il n'a jamais été démontré que cette pratique amène un bénéfice dans les cas de chirurgie pour hernie discale. Des études ont montré que de nombreux organismes potentiellement pathogènes pouvaient être collectés et cultivés à proximité voire dans le champ opératoire. Malgré ces observations, le taux d'infections post-opératoires reste peu important (entre 1-4% selon les centres). Il n'est actuellement pas possible de distinguer le rôle respectif d'une antibiothérapie prophylactique et des pratiques d'asepsie habituelles (y compris l'usage de solutions de rinçage antiseptiques) dans la faible incidence des infections post-opératoires en ce qui concerne la chirurgie des hernies discales. Lorsque des opérations de chirurgie dite «propre » sont grevées d'un taux de complications aussi bas, une prophylaxie antibiotique n'est généralement pas recommandée, en raison d'un rapport coût-bénéfice défavorable. Le but de cette étude est d'évaluer la nécessité d'une antibiothérapie prophylactique par une céphalosporine de seconde génération (cefuroxime 1,5 g intraveineuse) dans la prévention des infections post-opératoires au cours d'une chirurgie pour hernie discale. Il s'agit d'un essai clinique prospectif, contrôlé contre placebo en insu réciproque, à répartition aléatoire. L'étude a été conduite dans les services de neurochirurgie de l'Hôpital Universitaire de Genève et du Centre Hospitalier Universitaire Vaudois de Lausanne. L'ensemble des patients admis dans ces deux services pour une opération de hernie discale et ayant donné leur consentement ont été inclus dans l'étude qui s'est déroulé sur une période de 6 ans. Mille trois cent soixante-neuf patients opérés pour une hernie discale ont été inclus dans cet essai et 132 patients ont été exclus de l'analyse pour diverses raisons. Au total 1'237 patients ont été analysés, respectivement 613 et 624 patients dans le groupe cefuroxime et le groupe placebo. Les patients des deux groupes présentaient des caractéristiques identiques. Nous n'avons objectivé aucun effet secondaire indésirable attribuable à la cefuroxime ou au placebo. Huit (1.3%) patients du groupe cefuroxime et 18 patients (2.8%) du groupe placebo ont développé une infection du site opératoire (P=0.073). Neuf des patients infectés dans le groupe placebo présentaient une infection profonde du site opératoire (spondylodiscite, abcès épidural) et aucun dans le groupe cefuroxime (P<0.01). Tous les patients avec infection profonde du site opératoire ont été traités par antibiothérapie par voie intraveineuse pour au moins 4 semaines et il a été procédé à une reprise chirurgicale chez deux patients. Ces résultats montrent qu'il faut traiter 69 patients avec une antibiothérapie prophylactique de cefuroxime pour prévenir une infection du site opératoire. En conclusion, l'administration d'une dose de cefuroxime 1.5 g intraveineuse comme prophylaxie lors d'opération de hernie discale, permet de réduire significativement le risque d'infection profonde du site opératoire.

The double-edged sword of social capital: Three essays on entrepreneurship in developing nations

ABSTRACT My study seeks to answer the main question: "how does entrepreneurs' social capital positively and negatively affect their resource mobilization efforts, and exploitation of entrepreneurial opportunity?" To answer this question, I develop a model for examining positive and negative effects of social capital on resource accumulation by entrepreneurs, and the subsequent effect of resource accumulation on the exploitation of entrepreneurial opportunity, and utilize data from Africa to ëmpirically test the relationships in this model. Developing nations are a suitable context because: a) They require entrepreneurship for economic development, b) They have received less attention in management and entrepreneurship research, c) Because of inadequately-developed institutions, entrepreneurs from developing nations face major resource mobilization challenges hence they often turn to their social ties for resources, and d) The communalistic and collectivistic nature of most developing nations -encouraging support and sharing of resources- may help us better understand how society's values and structures may contribute and also deduct firm resources. My study reveals that social capital contributes resources to entrepreneurs in developing nations at a cost that takes away resources, and that more resources but lower costs facilitate entrepreneurial opportunity exploitation. For entrepreneurs in developing nations, large networks, greater shared identity, and more trust are beneficial. To increase chances of raising more resources, entrepreneurs from communalistic societies should include network members from outside their communities. Besides providing financial support, policy-makers should develop training programs and advisory services on configuration of entrepreneurs' networks so as to achieve more resources at a low cost. My study insights can help improve entrepreneurs' resource accumulation efforts and the subsequent growth of their firms, leading to the overall economic growth of developing nations.

Reconstitution of the strand invasion step of double-strand break repair using human Rad51 Rad52 and RPA proteins.

The human Rad51 recombinase is essential for the repair of double-strand breaks in DNA that occur in somatic cells after exposure to ionising irradiation, or in germ line cells undergoing meiotic recombination. The initiation of double-strand break repair is thought to involve resection of the double-strand break to produce 3'-ended single-stranded (ss) tails that invade homologous duplex DNA. Here, we have used purified proteins to set up a defined in vitro system for the initial strand invasion step of double-strand break repair. We show that (i) hRad51 binds to the ssDNA of tailed duplex DNA molecules, and (ii) hRad51 catalyses the invasion of tailed duplex DNA into homologous covalently closed DNA. Invasion is stimulated by the single-strand DNA binding protein RPA, and by the hRad52 protein. Strikingly, hRad51 forms terminal nucleoprotein filaments on either 3' or 5'-ssDNA tails and promotes strand invasion without regard for the polarity of the tail. Taken together, these results show that hRad51 is recruited to regions of ssDNA occurring at resected double-strand breaks, and that hRad51 shows no intrinsic polarity preference at the strand invasion step that initiates double-strand break repair.

Effect of hip flexion angle on hamstring optimum length after a single set of concentric contractions.

The eccentric contraction mode was proposed to be the primary stimulus for optimum angle (angle at which peak torque occurs) shift. However, the training range of motion (or muscle excursion range) could be a stimulus as important. The aim of this study was to assess the influence of the training range of motion stimulus on the hamstring optimum length. It was hypothesised that performing a single set of concentric contractions beyond optimal length (seated at 80° of hip flexion) would lead to an immediate shift of the optimum angle to longer muscle length while performing it below (supine at 0° of hip flexion) would not provide any shift. Eleven male participants were assessed on an isokinetic dynamometer. In both positions, the test consisted of 30 consecutive knee flexions at 4.19 rad · s⁻¹. The optimum angle was significantly shifted by ∼15° in the direction of longer muscle length after the contractions at 80° of hip flexion, while a non-significant shift of 3° was found at 0°. The hamstring fatigability was not influenced by the hip position. It was concluded that the training range of motion seems to be a relevant stimulus for shifting the optimum angle to longer muscle length. Moreover, fatigue appears as a mechanism partly responsible for the observed shift.

MRE11-RAD50-NBS1 is a critical regulator of FANCD2 stability and function during DNA double-strand break repair.

Monoubiquitination of the Fanconi anaemia protein FANCD2 is a key event leading to repair of interstrand cross-links. It was reported earlier that FANCD2 co-localizes with NBS1. However, the functional connection between FANCD2 and MRE11 is poorly understood. In this study, we show that inhibition of MRE11, NBS1 or RAD50 leads to a destabilization of FANCD2. FANCD2 accumulated from mid-S to G2 phase within sites containing single-stranded DNA (ssDNA) intermediates, or at sites of DNA damage, such as those created by restriction endonucleases and laser irradiation. Purified FANCD2, a ring-like particle by electron microscopy, preferentially bound ssDNA over various DNA substrates. Inhibition of MRE11 nuclease activity by Mirin decreased the number of FANCD2 foci formed in vivo. We propose that FANCD2 binds to ssDNA arising from MRE11-processed DNA double-strand breaks. Our data establish MRN as a crucial regulator of FANCD2 stability and function in the DNA damage response.

Determination of the size of quantum dots by fluorescence spectroscopy.

There has been a lack of quick, simple and reliable methods for determination of nanoparticle size. An investigation of the size of hydrophobic (CdSe) and hydrophilic (CdSe/ZnS) quantum dots was performed by using the maximum position of the corresponding fluorescence spectrum. It has been found that fluorescence spectroscopy is a simple and reliable methodology to estimate the size of both quantum dot types. For a given solution, the homogeneity of the size of quantum dots is correlated to the relationship between the fluorescence maximum position (FMP) and the quantum dot size. This methodology can be extended to the other fluorescent nanoparticles. The employment of evolving factor analysis and multivariate curve resolution-alternating least squares for decomposition of the series of quantum dots fluorescence spectra recorded by a specific measuring procedure reveals the number of quantum dot fractions having different diameters. The size of the quantum dots in a particular group is defined by the FMP of the corresponding component in the decomposed spectrum. These results show that a combination of the fluorescence and appropriate statistical method for decomposition of the emission spectra of nanoparticles may be a quick and trusted method for the screening of the inhomogeneity of their solution.

Study of biomacromolecule conformational changes by Scanning Force Microscopy

L?objectif de ce travail de thèse est l?étude des changements conformationels des biomacromolecules à l?échelle d?une molécule unique. Pour cela on a utilisé la Microscopie à Force Atomique (AFM) appliqué à l?étude des protéines et des acides nucléiques déposés sur une surface. Dans ce type de microscopie, une pointe très fine attachée à l?extrémité d?un levier est balayée au dessus d?une surface. L?interaction de la pointe avec la surface de l?échantillon induit la déflection du levier et ce phénomène permet de reconstruire la topographie de l?échantillon. Très importante dans cette technique est la possibilité de travailler en liquide. Cela permet de étudier les biomolécules en conditions quasi-physiologiques sans qu?elles perdent leur activité. On a étudié GroEL, la chaperonin de E.coli, qui est un homo oligomère avec une structure à double anneau qui joue un rôle très important dans le repliement des protéines dénaturées et celles qui viennent d?être synthétisées. En particulier on a focalisé notre attention sur la stabilité mécanique et sur les changements conformationels qui ont lieu pendant l?activité de GroEL. Une analyse détaillée des changements dans la stabilité mécanique et des effets produits par la liaison et l?hydrolyse de l?ATP est présentée dans ce travail. On a montré que le point le plus faible dans la structure de GroEL est l?interface entre les deux anneaux et que l?étape critique dans l?affaiblissement de la structure est l?hydrolyse de l?ATP. En ce qui concerne le changement conformationel, le passage d?une surface hydrophobe à hydrophile, induit par l?hydrolyse de l?ATP, a été montré. Ensuite on a étudié le changement dans la conformation et dans la topologie de l?ADN résultant de l?interaction avec des molécules spécifiques et en réponse à l?exposition des cellules de E.coli à des conditions de stress. Le niveau de surenroulement est un paramètre très sensible, de façon variée, à tous ces facteurs. Les cellules qui ont crus à de températures plus élevées que leur température optimale ont la tendance à diminuer le nombre de surenroulements négatif pour augmenter la stabilité thermique de leur plasmides. L?interaction avec des agents intercalant induit une transition d?un surenroulement négatif à un surenroulement positif d?une façon dépendante de la température. Finalement, l?effet de l?interaction de l?ADN avec des surfaces différentes a été étudié et une application pratique sur les noeuds d?ADN est présentée.<br/><br/>The aim of the present thesis work is to study the conformational changes of biomacromolecules at the single molecule level. To that end, Atomic Force Microcopy (AFM) imaging was performed on proteins and nucleic acids adsorbed onto a surface. In this microcopy technique a very sharp tip attached at the end of a soft cantilever is scanned over a surface, the interaction of the tip with the sample?s surface will induce the deflection of the cantilever and thus it will make possible to reconstruct the topography. A very important feature of AFM is the possibility to operate in liquid, it means with the sample immersed in a buffer solution. This allows one to study biomolecules in quasi-physiological conditions without loosing their activity. We have studied GroEL, the chaperonin of E.coli, which is a double-ring homooligomer which pays a very important role in the refolding of unfolded and newly synthetized polypeptides. In particular we focus our attention on its mechanical stability and on the conformational change that it undergoes during its activity cycle. A detailed analysis of the change in mechanical stability and how it is affected by the binding and hydrolysis of nucleotides is presented. It has been shown that the weak point of the chaperonin complex is the interface between the two rings and that the critical step to weaken the structure is the hydrolysis of ATP. Concerning the conformational change we have directly measured, with a nanometer scale resolution, the switching from a hydrophobic surface to a hydrophilic one taking place inside its cavity induced by the ATP hydrolysis. We have further studied the change in the DNA conformation and topology as a consequence of the interaction with specific DNA-binding molecules and the exposition of the E.coli cells to stress conditions. The level of supercoiling has been shown to be a very sensitive parameter, even if at different extents, to all these factors. Cells grown at temperatures higher than their optimum one tend to decrease the number of the negative superhelical turns in their plasmids in order to increase their thermal stability. The interaction with intercalating molecules induced a transition from positive to negative supercoiling in a temperature dependent way. The effect of the interaction of the DNA with different surfaces has been investigated and a practical application to DNA complex knots is reported.<br/><br/>Observer les objets biologiques en le touchant Schématiquement le Microscope a Force Atomique (AFM) consiste en une pointe très fine fixée a l?extrémité d?un levier Lors de l?imagerie, la pointe de l?AFM gratte la surface de l?échantillon, la topographie de celui-ci induit des déflections du levier qui sont enregistrées au moyen d?un rayon laser réfléchi par le levier. Ces donnés sont ensuit utilisés par un ordinateur pour reconstituer en 3D la surface de l?échantillon. La résolution de l?instrument est fonction entre autre de la dureté, de la rugosité de l?échantillon et de la forme de la pointe. Selon l?échantillon et la pointe utilisée la résolution de l?AFM peut aller de 0.1 A (sur des cristaux) a quelque dizaine de nanomètres (sur des cellules). Cet instrument est particulierment intéressant en biologie en raison de sa capacité à imager des échantillons immergés dans un liquide, c?est à dire dans des conditions quasiphysiologiques. Dans le cadre de ce travail nous avons étudié les changements conformationels de molécules biologiques soumises à des stimulations externes. Nous avons essentielment concentré notre attention sur des complexes protéiques nommé Chaperons Moléculaires et sur des molécules d?ADN circulaire (plasmides). Les Chaperons sont impliqués entre autre dans la résistance des organismes vivants aux stress thermiques et osmotiques. Leur activité consiste essentielment à aider les autres protéines à être bien pliés dans leur conformation finale et, en conséquence, à eviter que ils soient dénaturées et que ils puissent s?agréger. L?ADN, quant à lui est la molécule qui conserve, dans sa séquence, l?information génétique de tous les organismes vivants. Ce travail a spécifiquement concerné l?étude des changements conformationels des chaperonins suit a leur activation par l?ATP. Ces travaux ont montrés a l?échelle de molécule unique la capacité de ces protéines de changer leur surface de hydrophobique a hydrophilique. Nous avons également utilisé l?AFM pour étudier le changement du nombre des surenroulements des molécules d?ADN circulaire lors d?une exposition à un changement de température et de force ionique. Ces travaux ont permis de montrer comment la cellule regle le nombre de surenroulements dans ces molécules pour répondre et contrôler l?expression génétique même dans de conditions extrêmes. Pour les deux molécules en général, c?était très important d?avoir la possibilité de observer leur transitions d?une conformation a l?autre directement a l?échelle d?une seul molécule et, surtout, avec une résolution largement au dessous des la longueur d?onde de la lumière visible que représente le limite pour l?imagerie optique.