Solid-phase synthesis and NMR studies of modified oligonucleotides forming triplex helix and of oligonucleopeptides mimicking the topoisomerase I-DNA covalent complex

Report for the scientific sojourn carried out at the Institut de Biologia Molecular de Barcelona of the CSIC –state agency – from april until september 2007. Topoisomerase I is an essential nuclear enzyme that modulates the topological status of DNA, facilitating DNA helix unwinding during replication and transcription. We have prepared the oligonucleotide-peptide conjugate Ac-NLeu-Asn-Tyr(p-3’TTCAGAAGC5’)-LeuC-CONH-(CH2)6-OH as model compound for NMR studies of the Topoisomerase I- DNA complex. Special attention was made on the synthetic aspects for the preparation of this challenging compound especially solid supports and protecting groups. The desired peptide was obtained although we did not achieve the amount of the conjugate needed for NMR studies. Most probably the low yield is due to the intrinsic sensitive to hydrolysis of the phosphate bond between oligonucleotide and tyrosine. We have started the synthesis and the structural characterization of oligonucleotides carrying intercalating compounds. At the present state we have obtained model duplex and quadruplex sequences modified with acridine and NMR studies are underway. In addition to this project we have successfully resolved the structure of a fusion peptide derived from hepatitis C virus envelope synthesized by the group of Dr. Haro and we have synthesized and started the characterization of a modified G-quadruplex.

Selección de péptidos sintéticos del Virus de la Hepatitis G (GBV-C/HGV) inhibidores del Péptido de Fusión HIV-I

El GB virus C (GBV-C) o virus de l'hepatitis G (HGV) es un virus format per una única cadena de RNA que pertany a la familia Flaviviridae. En els últims anys, s'han publicat nombrosos treballs en els quals s'associa la coinfecció del GBV-C i del virus de la immunodeficiència humana (VIH) amb una menor progressió de l'esmentada malaltia així com amb una major supervivència dels pacients una vegada que la SIDA s'ha desenvolupat. El mecanisme pel qual el virus GBV-C/HGV exerceix un “efecte protector” en els pacients amb VIH encara no està descrit. L’estudi de la interacció entre els virus GBVC/HGV i VIH podria donar lloc al desenvolupament de nous agents terapèutics per al tractament de la SIDA.Treballs recents mostren com la capacitat inhibitòria del virus del GBV-C/HGV és deguda a la seva glicoproteina estructural E2. S’ha vist que aquesta proteina seria capaç d’inhibir la primera fase de replicació de VIH, així com la unió i la fusió amb les membranes cel•lulars. Sobre la base d’aquests estudis, l’objectiu d’aquest treball ha estat seleccionar inhibidors del pèptid de fusió del VIH utilitzant pèptids sintètics de la proteina E2 del GBV-C/HGV. El treball realitzat ha consistit en estudiar, utilitzant assajos biofísics de leakage i de lipid mixing, la capacitat dels pèptids de la proteina estructural del virus del GBV-C/HGV per inhibir la interacció i el procés de desestabilització de membranes induïdes pel pèptid de fusió de la glicoproteina de l’embolcall, GP41, del VIH. Aquests assajos, com es descriu en treballs anteriors, han resultat útils per a la selecció i la identificació de compostos amb activitat específica anti-GP41. Es pot afirmar que efectivament els pèptids seleccionats de la proteina E2 del virus del GBV-C/HGV inhibeixen l’activitat del pèptid de fusió del VIH probablement com a consequència d’un canvi conformacional en aquest darrer.

Evaluation of detection methods for Virus, Viroids and Phytoplasmas affecting pear and apple

The RT-PCR technique for the detection of apple stem grooving virus (ASGV), apple stem pitting virus (ASPV), apple chlorotic leaf spot virus (ACLSV), apple mosaic virus (ApMV) and pear blister canker viroid (PBCV) was evaluated for health control of fruit plants from nurseries. The technique was evaluated in purified RNA and crude extracts and also in phloem collected in autumn and from young spring shoots. The results obtained for phytoplasma detection with ribosomal and non-ribosomal primers are also presented.

Virus Papiloma Humano en el carcinoma escamoso de cabeza y cuello

Els carcinomes de cèl•lules escamoses de cap i coll (CCECC) estan relacionats en un 80% dels casos amb el tabac i/o l’alcohol. Per altra banda, la infecció per virus papil•loma humà (VPH), la malaltia de transmissió sexual més freqüent als Estats Units actualment, ha resultat ser oncogènica no només a nivell genital sinó també a nivell del tracte aero-digestiu superior, sobretot a oro-faringe. Els estudis realitzats a posteriori han demostrat que els pacients amb CCECC VPH+ no fumadors ni bebedors, solen ser més joves, presentar diferents marcadors tumorals, respondre més al tractament i tenir millor pronòstic.

Movilización de progenitores hematopoyéticos de sangre periférica para transplante autólogo en pacientes con linfomas e infección por el virus de la inmunodeficiencia humana

La infección por el virus de la inmunodeficiencia humana (VIH) es un factor limitante para la movilización de progenitores hematopoyéticos de sangre periférica (PHSP). En este estudio se compararon los resultados de dos estrategias de movilización de PHSP en 42 pacientes con linfoma e infección por el VIH remitidos para trasplante autogénico y los factores asociados con una movilización adecuada. La tasa de movilización satisfactoria (recolección &1,6x106 células CD34/Kg) con G-CSF (16/22 [72%]) fue similar a la obtenida con quimioterapia asociada a G-CSF (12/20 [60%]) (p=0,382). El estado de la enfermedad pretrasplante fue el único factor que influyó en la movilización (20/22 pacientes [91%] en remisión completa movilizaron adecuadamente frente a 5/12 [58%] en remisión parcial, p=0,038).