Desarrollo de una plataforma bioinformática para la gestión de datos fenotípicos y moleculares

Este proyecto está orientado a ayudar a un grupo de investigadores del Departamento de Ciencia Animal y de los Alimentos (UAB), que se dedican a recopilar datos genómicos obtenidos en experimentos. La aplicación constará de dos partes. La primera es la parte de los usuarios, donde se podrá crear proyectos, insertar, modificar o eliminar datos y consultar la información ya existente en la aplicación. La segunda parte es la del administrador, que como tal podrá dar de alta a nuevos usuarios, restaurar versiones anteriores de la base de datos, eliminar usuarios y consultar las acciones realizadas por los usuarios.

Obtenció de jerarquies d'estats cel·lulars via web

Hi ha diversos mètodes d'anàlisi que duen a terme una agrupació global de la sèries de mostres de microarrays, com SelfOrganizing Maps, o que realitzen agrupaments locals tenint en compte només un subconjunt de gens coexpressats, com Biclustering, entre d'altres. En aquest projecte s'ha desenvolupat una aplicació web: el PCOPSamplecl, és una eina que pertany als mètodes d'agrupació (clustering) local, que no busca subconjunts de gens coexpresats (anàlisi de relacions linials), si no parelles de gens que davant canvis fenotípics, la seva relació d'expressió pateix fluctuacions. El resultats del PCOPSamplecl seràn les diferents distribucions finals de clusters i les parelles de gens involucrades en aquests canvis fenotípics. Aquestes parelles de gens podràn ser estudiades per trobar la causa i efecte del canvi fenotípic. A més, l'eina facilita l'estudi de les dependències entre les diferents distribucions de clusters que proporciona l'aplicació per poder estudiar la intersecció entre clusters o l'aparició de subclusters (2 clusters d'una mateixa agrupació de clusters poden ser subclusters d'altres clusters de diferents distribucions de clusters). L'eina és disponible al servidor: http://revolutionresearch.uab.es/