PhylomeDB v4: zooming into the plurality of evolutionary histories of a genome

Phylogenetic trees representing the evolutionary relationships of homologous genes are the entry point for many evolutionary analyses. For instance, the use of a phylogenetic tree can aid in the inference of orthology and paralogy relationships, and in the detection of relevant evolutionary events such as gene family expansions and contractions, horizontal gene transfer, recombination or incomplete lineage sorting. Similarly, given the plurality of evolutionary histories among genes encoded in a given genome, there is a need for the combined analysis of genome-wide collections of phylogenetic trees (phylomes). Here, we introduce a new release of PhylomeDB (http://phylomedb.org), a public repository of phylomes. Currently, PhylomeDB hosts 120 public phylomes, comprising >1.5 million maximum likelihood trees and multiple sequence alignments. In the current release, phylogenetic trees are annotated with taxonomic, protein-domain arrangement, functional and evolutionary information. PhylomeDB is also a major source for phylogeny-based predictions of orthology and paralogy, covering >10 million proteins across 1059 sequenced species. Here we describe newly implemented PhylomeDB features, and discuss a benchmark of the orthology predictions provided by the database, the impact of proteome updates and the use of the phylome approach in the analysis of newly sequenced genomes and transcriptomes.

eggNOG v4.0: nested orthology inference across 3686 organisms

With the increasing availability of various 'omics data, high-quality orthology assignment is crucial for evolutionary and functional genomics studies. We here present the fourth version of the eggNOG database (available at http://eggnog.embl.de) that derives nonsupervised orthologous groups (NOGs) from complete genomes, and then applies a comprehensive characterization and analysis pipeline to the resulting gene families. Compared with the previous version, we have more than tripled the underlying species set to cover 3686 organisms, keeping track with genome project completions while prioritizing the inclusion of high-quality genomes to minimize error propagation from incomplete proteome sets. Major technological advances include (i) a robust and scalable procedure for the identification and inclusion of high-quality genomes, (ii) provision of orthologous groups for 107 different taxonomic levels compared with 41 in eggNOGv3, (iii) identification and annotation of particularly closely related orthologous groups, facilitating analysis of related gene families, (iv) improvements of the clustering and functional annotation approach, (v) adoption of a revised tree building procedure based on the multiple alignments generated during the process and (vi) implementation of quality control procedures throughout the entire pipeline. As in previous versions, eggNOGv4 provides multiple sequence alignments and maximum-likelihood trees, as well as broad functional annotation. Users can access the complete database of orthologous groups via a web interface, as well as through bulk download.

Programa SIMCAT v4.1. Microsimulador de reformes impositives de la Generalitat de Catalunya.

SIMCAT v4.1 permet simular reformes dels següents impostos: IRPF, IPPF, Successions, Donacions, Transmissions Patrimonials, Actes Jurídics i Operacions Societàries. Aquest simulador permet confegir les figures contemplades específicament per a cada impost, seguint el seu esquema liquidatori: base imposable, reduccions, base liquidable, tarifa, deduccions, bonificacions i quota. Genera un informe per a cada reforma programada que conté: 1) Resultats descriptius i estadístics, relatius a les variables d’interès de qualsevol dels impostos mencionats, per tal de poder analitzar l’impacte global de la reforma programada. 2) Resultats distributius en forma de grups ordenats de contribuents, segons base imposable gravada, per tal de poder analitzar l’impacte específic per a cada grup de la reforma programada. 3) Resultats sintètics en forma dels índexs habitualment utilitzats per analitzar reformes impositives: desigualtat, concentració, progressivitat i redistribució. 4) Resultats corresponents als guanyadors i perdedors de cada reforma, respecte a la situació de partida o, àdhuc, permetent la comparació amb d’altres reformes. 5) Gràfics de corbes de Lorenz, de tipus impositius, de guanys i pèrdues. La informació que processa aquest simulador, òbviament, és específica de cada impost, però el seu ventall es situa aproximadament entre els 50.000 i 300.000 registres. Aquesta informació és l’input del microsimulador i la proporciona la Direcció General de Tributs i Jocs, del Departament d’Economia i Coneixement de la Generalitat de Catalunya, a partir de les autoliquidacions que s’efectuen en cada exercici fiscal anual.

Mòdul basat en regles per la gestió de laboratoris d'anà lisis clíniques

L'objectiu d'aquest projecte és desenvolupar el mòdul de Rule Engine (mòdul basat en regles), que com a part de l'Omega v4, vol dotar a un laboratori de les eines necessàries per comunicar-se amb les màquines d'anàlisis clíniques i poder gestionar de la manera més senzilla tots els aspectes relacionats amb el laboratori i el seu treball diari.