EGASP: the human ENCODE Genome Annotation Assessment Project

Background: We present the results of EGASP, a community experiment to assess the state-ofthe-art in genome annotation within the ENCODE regions, which span 1% of the human genomesequence. The experiment had two major goals: the assessment of the accuracy of computationalmethods to predict protein coding genes; and the overall assessment of the completeness of thecurrent human genome annotations as represented in the ENCODE regions. For thecomputational prediction assessment, eighteen groups contributed gene predictions. Weevaluated these submissions against each other based on a ‘reference set’ of annotationsgenerated as part of the GENCODE project. These annotations were not available to theprediction groups prior to the submission deadline, so that their predictions were blind and anexternal advisory committee could perform a fair assessment.Results: The best methods had at least one gene transcript correctly predicted for close to 70%of the annotated genes. Nevertheless, the multiple transcript accuracy, taking into accountalternative splicing, reached only approximately 40% to 50% accuracy. At the coding nucleotidelevel, the best programs reached an accuracy of 90% in both sensitivity and specificity. Programsrelying on mRNA and protein sequences were the most accurate in reproducing the manuallycurated annotations. Experimental validation shows that only a very small percentage (3.2%) of the selected 221 computationally predicted exons outside of the existing annotation could beverified.Conclusions: This is the first such experiment in human DNA, and we have followed thestandards established in a similar experiment, GASP1, in Drosophila melanogaster. We believe theresults presented here contribute to the value of ongoing large-scale annotation projects and shouldguide further experimental methods when being scaled up to the entire human genome sequence.

EGASP: the human ENCODE Genome Annotation Assessment Project

Background: Non-long terminal repeat (non-LTR) retrotransposons have contributed to shaping the structure and function of genomes. In silico and experimental approaches have been used to identify the non-LTR elements of the urochordate Ciona intestinalis. Knowledge of the types and abundance of non-LTR elements in urochordates is a key step in understanding their contribution to the structure and function of vertebrate genomes. Results: Consensus elements phylogenetically related to the I, LINE1, LINE2, LOA and R2 elements of the 14 eukaryotic non-LTR clades are described from C. intestinalis. The ascidian elements showed conservation of both the reverse transcriptase coding sequence and the overall structural organization seen in each clade. The apurinic/apyrimidinic endonuclease and nucleic-acid-binding domains encoded upstream of the reverse transcriptase, and the RNase H and the restriction enzyme-like endonuclease motifs encoded downstream of the reverse transcriptase were identified in the corresponding Ciona families. Conclusions: The genome of C. intestinalis harbors representatives of at least five clades of non-LTR retrotransposons. The copy number per haploid genome of each element is low, less than 100, far below the values reported for vertebrate counterparts but within the range for protostomes. Genomic and sequence analysis shows that the ascidian non-LTR elements are unmethylated and flanked by genomic segments with a gene density lower than average for the genome. The analysis provides valuable data for understanding the evolution of early chordate genomes and enlarges the view on the distribution of the non-LTR retrotransposons in eukaryotes.

The Catalan countries project (1931-1939)

In the evolution of Catalan nationalism, as much politician as cultural, the period of II Spanish Republic (1931-1939) was essential. The obtaining of the Statute of Autonomy (1931-1932) supposed the beginning of a stage of expansion in multiple aspects. One of them were the contacts with the Catalanists nuclei of the rest of the cultural space of Catalan language in which, at that time, it would begin to call Catalan Countries (Balearic Islands, Valencian Country, Andorra, Rosselló, to l'Alguer). On Those Collaborations between cultural organizations, political and particular parties Catalonia always will be the model to follow. The Increasing connections will be visualized on press, as well as on cultural celebrations, policy of parties and Constituent Courts. This evolution will be cut by the Franco victory in the Civil War in 1939.

La estela de Orfeo: poética de la trascendencia en Juan Eduardo Cirlot

El presente trabajo explora la figura de Orfeo y la corriente del orfismo con la finalidad de establecer una nueva interpretación del mito a nivel psicológico, histórico y filosófico. El resultado pretende servir de base para el estudio de la poesía en poetas contemporáneos que aluden a dicho mito, que lo reescriben para crear su propia versión o bien que lo utilizan de herramienta para elaborar su poética personal. En este caso se toma como ejemplo la obra del poeta español Juan Eduardo Cirlot, que es analizada desde el punto de vista de lo que se ha concluido en llamar “órfico”.

Transferring QTL technology to the pig breeding industry (PigQTech) - a demonstration project

The aim of the project has been to demonstrate how the farm animal breeding industry can utilise gene mapping technology to accelerate genetic improvement. Previous theoretical studies had suggested that the use of marker assisted selection could potentially increase the annual improvement for quantitative traits like backfat with about 10% and for more difficult traits such as meat quality and reproduction by as much as 40-60% compared with existing technology. The work has comprised two major tasks: 1. Commercially relevant populations have been screened for segregation at QTLs identified in experimental populations. The aim has been to establish optimal strategies for QTL detection in commercial pig populations and the extent to which QTLs explaining major phenotypic differences between divergent lines used in experimental studies also explain quantitative variation within commercial lines. The results are important for specifying future strategies for finding economically valuable QTLs. 2. Marker assisted backcrossing has been used to demonstrate how a QTL allele can be introgressed from one breed to another. The work has focused on the major fatness QTL on pig chromosome 4 previously identified in a wild pig/Large White intercross. The end result was not designed to be a commercially viable product in its own right, but the process has validated a number of points of major importance for the exploitation of QTLs in livestock.

Gestió i desenvolupament d'un conjunt comprensiu de pràctiques per les assignatures de sistemes operatius

En aquest projecte s'ha desenvolupat un entorn repositori de pràctiques per a emmagatzemar i donar una eina de control del material docent que es disposa. El desenvolupament dels mòduls del sistema s'han realitzat després de contemplar els diferents rols que existeixen dintre dels membres del personal docent, sent aquest becaris o professors. Atès que el personal destinat a l'ensenyament està sotmès a un alt grau de rotacions aquest sistema intentarà ser un punt de trobada de totes les seves aportacions, ajudant així la tasca d'avaluació i explicació de les pràctiques. L'estudi d'un nou ventall de pràctiques ha permès conèixer un nou entorn de treball, que ofereix camps no tractats fins al moment a través de la implantació d'un sistema operatiu simulat per sobre del sistema operatiu Linux.

Inequality and a repeated joint project

Agents voluntarily contribute to an infinitely repeated joint project. We investigate the conditions for cooperation to be a renegotiation-proof and coalition-proof equilibrium before examining the influence of output share inequality on the sustainability of cooperation. When shares are not equally distributed, cooperation requires agents to be more patient than under perfect equality. Beyond a certain degree of share inequality, full efficiency cannot be reached without redistribution. This model also explains the coexistence of one cooperating and one free-riding coalition. In this case, increasing inequality can have a positive or negative impact on the aggregate level of effort.

Portal web inmobiliario Luxury Properties con posicionamiento SEO

Este documento explica la metodología de trabajo utilizada durante el desarrollo de este proyecto. El resultado obtenido ha sido un producto que forma parte del portal web Luxury Porperties. Luxury Properties es una marca comercial, creada por la compañía Luxury Dreams, para identificar un portal web especializado en las propiedades de lujo. Para desarrollar este concepto, la empresa compró el dominio luxuryproperties.es con el objetivo de crear un sistema que implemente toda la lógica de negocio necesaria para la publicidad y mercadeo de sus productos. Al final del documento se encuentran las recomendaciones y las futuras valoraciones a tener en cuenta por el cliente en futuras ampliaciones del portal.

Automatic DVB signal analyser

El problema de controlar les emissions de televisió digital a tota Europa pel desenvolupament de receptors robustos i fiables és cada vegada més significant, per això, sorgeix la necessitat d’automatitzar el procés d’anàlisi i control d’aquests senyals. Aquest projecte presenta el desenvolupament software d’una aplicació que vol solucionar una part d’aquest problema. L’aplicació s’encarrega d’analitzar, gestionar i capturar senyals de televisió digital. Aquest document fa una introducció a la matèria central que és la televisió digital i la informació que porten els senyals de televisió, concretament, la que es refereix a l’estàndard "Digital Video Broadcasting". A continuació d’aquesta part, l’escrit es concentra en l’explicació i descripció de les funcionalitats que necessita cobrir l'aplicació, així com introduir i explicar cada etapa d’un procés de desenvolupament software. Finalment, es resumeixen els avantatges de la creació d’aquest programa per l’automatització de l’anàlisi de senyal digital partint d’una optimització de recursos.

Control de instrumentos mediante el bus GPIB programado con MATLAB

El proyecto que se expone a continuación está dedicado al control de instrumentos mediante el bus de instrumentación GPIB programado con el software Matlab. Está dividido en dos partes. La primera, será llevada a cabo en el laboratorio de docencia y el objetivo será controlar el osciloscopio y el generador de funciones. Como ejemplo del control realizado se desarrollará una aplicación que permitirá obtener el diagrama de Bode de módulo de cualquier sistema electrónico. La segunda parte será llevada a cabo en el laboratorio de investigación y el objetivo será controlar el analizador de semiconductores. En este caso, la aplicación desarrollada permitirá la realización de medidas para la caracterización de transistores. Las aplicaciones de ambas partes estarán realizadas mediante una interfaz gráfica de usuario diseñada con la herramienta GUIDE de Matlab.

WebQuest per a la Farmàcia Clínica i Atenció Farmacèutica : nova metodologia mitjançant moderna tecnologia

El projecte ha estat realitzat en la Unitat de Farmàcia Clínica i Farmacoteràpia de la Facultat de Farmàcia de la Universitat de Barcelona i ha estat a desenvolupar en dos anys. La finalitat del projecte ha estat oferir a l'alumne un material docent en suport digital, adaptat a una metodologia més creativa i de treball en grup, orientat a la millora de la seva formació, autonomia i rendiment acadèmic, en els aspectes relacionats amb la Farmàcia Clínica i Farmacoteràpia i l'Atenció Farmacèutica, i que consistirà en una primera aproximació a les directrius europees. Aquest material docent en suport digital són WebQuest (WQ) estructurades per temes i via Internet, la qual cosa possibilita un sistema dinàmic de fàcil retroalimentació i en constant actualització. Mitjançant la utilització d'aquest material docent es treballen aspectes com l'ús de metodologies docents centrades en l'alumne, autoaprenentatge a distància, aprenentatge seqüencial, treball en grup, participació activa i responsabilitat de l'alumne en el procés d'ensenyament aprenentatge i l'aproximació del mateix a la realitat professional entre altres, i tot això encaminat a promoure l'adaptació dels plans docents a l'Espai Europeu d'Educació Superior (EEES). En aquest sentit podem indicar que s'han elaborat cinc WQs, els títols del qual són Sistemes Personalitzats de Dosificació, Compliment terapèutic: el gran repte actual: informació al pacient, Compliment terapèutic: el gran repte actual: informació al professional sanitari, Dispensació activa en Diabetis mellitus tipus 2 i Dispensació activa en Hipertensión arterial. Cadascuna de les WQs elaborades consta dels apartats Introducció, Tasca, Procés, Recursos, Avaluació, Conclusió, Guia Didàctica i Crèdits. Les WQs estan allotjades en la pàgina web de la Unitat de Farmàcia Clínica i Farmacoteràpia, i a elles s'accedeix a través de l'adreça web http://www.ub.és/farcli/wp0.htm

Aplicación de la ingeniería del software sobre la herramienta MATE: Common y DMLib

Aquest projecte intenta implantar una metodologia de treball sobre MATE. MATE es una eina de sintonització d'aplicacions paral·leles sorgida de la tesis doctoral d'Anna Sikora a 2003. Vistos els resultats obtinguts, es va decidir donar un pas endavant i convertir-la en un producte software Open Source. Per fer-ho ha sigut necessari aplicar una serie d'estàndards i fer un proces de tests. En aquest treball s'ha creat part de la metodologia i s'han modificat dos dels mòduls principals.

After Art. Una propuesta de implementación digital en el Museu d'Art Contemporani de Barcelona a través de Google Art Project

L’aplicació de la tecnologia de Google Art Project al Museu d’Art Contemporani de Barcelona (MACBA) com a forma d’aproximació de l’art a un públic més internacional és el plantejament d’aquest treball. Amb aquesta finalitat es desenvoluparà una estratègia de comunicació digital que comprengui aquesta eina com a principal i abasti altres mètodes interactius a xarxes socials i a altres espais de socialització 2.0. L’elaboració d’aquesta estratègia estarà basada dins un context real de l’art contemporani a Barcelona i de la seva màxima compenetració amb aquesta innovadora iniciativa.

Estudio de la estructura y composición de carbonales (Acacia pennatula) en dos estadios de desarrollo. Diseño de protocolo para el seguimiento de la dinámica de la vegetación en el CIEA "El Limón", Estelí (Nicaragua)

Los carbonales son un tipo de bosque secundario originados por el abandono de un sistema de producción silvopastoril. Estos parches de bosque ocupan una superficie importante de la zona de amortiguamiento de la Reserva Natural del Tisey-La Estanzuela, área del bioma más amenazado del mundo, el Bosque Seco Tropical. La principal especie que compone esta comunidad vegetal es la Acacia pennatula, conocida comúnmente como carbón. Actualmente no hay muchos estudios sobre los carbonales, por lo que el presente proyecto pretende caracterizar la estructura y composición de la comunidad y describir algunos índices ecológicos básicos, en dos estadios diferentes. El análisis de los datos proporciona información de las principales diferencias en cuanto a estructura y composición que tienen lugar en los carbonales. La disminución natural de la densidad de individuos de A. pennatula con los años, parece tener un efecto positivo sobre la diversidad, composición y estructura de la comunidad. En base a estos datos, se ha diseñado un protocolo para realizar un estudio experimental de estas comunidades en el CIEA “El Limón”. En el protocolo, mediante diferentes tratamientos de tala en estadios tempranos, se obtendrán áreas de estudio que presenten un gradiente en la variable densidad de individuos de A. pennatula. El objetivo principal es describir y comparar la estructura, composición y dinámica del carbonal a lo largo del tiempo, y determinar que efecto tiene sobre la comunidad modificar esta variable. Los resultados obtenidos en el protocolo pueden utilizarse como base para desarrollar un plan de manejo para los carbonales que facilite la restauración del Bosque Tropical Seco y el aprovechamiento forestal.

Eina per a la visualització de molècules

Aquest TFC consisteix a construir una eina que permet visualitzar molècules en aquest format de visualització. L'eina haurà de permetre navegar al voltant de la molècula i emprar tècniques de selecció que permetin identificar àtoms, calcular distàncies i angles de torsió. A més, s'haurà de poder definir un eix i sobre aquest eix generar una rotació i gravar-la en una pel·lícula (en el format que sigui més senzill).