Understanding the two-component sensing System of virulent bacteria

Report for the scientific sojourn carried out at the l’ Institute for Computational Molecular Science of the Temple University, United States, from 2010 to 2012. Two-component systems (TCS) are used by pathogenic bacteria to sense the environment within a host and activate mechanisms related to virulence and antimicrobial resistance. A prototypical example is the PhoQ/PhoP system, which is the major regulator of virulence in Salmonella. Hence, PhoQ is an attractive target for the design of new antibiotics against foodborne diseases. Inhibition of the PhoQ-mediated bacterial virulence does not result in growth inhibition, presenting less selective pressure for the generation of antibiotic resistance. Moreover, PhoQ is a histidine kinase (HK) and it is absent in animals. Nevertheless, the design of satisfactory HK inhibitors has been proven to be a challenge. To compete with the intracellular ATP concentrations, the affinity of a HK inhibidor must be in the micromolar-nanomolar range, whereas the current lead compounds have at best millimolar affinities. Moreover, the drug selectivity depends on the conformation of a highly variable loop, referred to as the “ATP-lid, which is difficult to study by X-Ray crystallography due to its flexibility. I have investigated the binding of different HK inhibitors to PhoQ. In particular, all-atom molecular dynamics simulations have been combined with enhanced sampling techniques in order to provide structural and dynamic information of the conformation of the ATP-lid. Transient interactions between these drugs and the ATP-lid have been identified and the free energy of the different binding modes has been estimated. The results obtained pinpoint the importance of protein flexibility in the HK-inhibitor binding, and constitute a first step in developing more potent and selective drugs. The computational resources of the hosting institution as well as the experience of the members of the group in drug binding and free energy methods have been crucial to carry out this work.

Detecció, identificació de Mycobacterium tuberculosis i caracterització molecular de la resistència als principals antituberculosos en mostra clínica directa mitjançant piroseqüenciació: aplicabilitat en l’estudi de la clonalitat de les soques.

L’augment de soques de Mycobacerium tuberculosis multiresistents i l’aparició de soques extremadament resistents, ha posat de manifest la necessitat de disposar de nous mètodes de detecció precoç de M.tuberculosis i les seves resistències als principals fàrmacs antituberculosos, així com l’estudi eficaç dels brots, per a poder dur a terme un control eficient de la malaltia. L’objectiu de l’estudi va ser determinar la capacitat de la piroseqüenciació per a detectar i identificar micobacteris a partir d’aïllats clínics i mostra directa, determinar el seu patró de resistència a Rifampicina, Isoniacida, Etambutol, Fluoroquinolones, Canamicina i Capreomicina i explorar la seva potencialitat per a ser emprada en el tipatge molecular de les soques. Mitjançant la optimització de la tecnologia de la piroseqüenciació pels gens analitzats, i el disseny de primers específics, hem verificat la utilitat de la piroseqüenciació per al maneig de la tuberculosi. S’ha pogut estudiar la presència de mutacions relacionades amb resistències a fàrmacs de primera línia en el 96.5% de les posicions analitzades en soca clínica i en el 70.4% en mostra directa. Van concordar amb el resultats obtinguts per altres mètodes fenotípics i/o fenotípics el 97.1% i el 98.2% del resultats obtinguts en soca clínica i mostra directa respectivament. La piroseqüenciació ens ha permet analitzar la presència de mutacions relacionades amb resistències a antituberculosos de segona línia, servint com a mètode de confirmació en l’anàlisi d’altres mètodes genotípics. La tècnica ens ha permès també identificar els principals micobacteris no tuberculosos implicats en la infecció humana, sòls o en coinfecció. Resultats preliminars mostren que l’anàlisi amb piroseqüenciació pot ser d’utilitat per l’estudi clonal de les soques de M.tuberculosis. Les nostres observacions mostren la piroseqüenciació com una eina valuosa en l’àmbit clínic, ja que permet una reducció de la demora del diagnòstic, estudi filogenètic i detecció de resistències M.tuberculosis, i per tant una millora de l’aplicació del tractament adequat, ajudant al control de la malaltia.

Art a Girona, de la resistència a la normalització

Repàs de l’activitat artística, concretament de la producció d’art contemporani, a les terres gironines, especialment als nuclis de Girona, Figueres i Olot entre les dècades dels 40 als 80

És la diversitat sembrada una eina de resistència enfront a les males herbes en cultius farratgers?

El creixement de males herbes és un problema habitual als camps de cultiu de plantes farratgeres. Tradicionalment, molts agricultors han utilitzat tot tipus d’estratègies basades en l’energia exògena per evitar la invasió d’espècies no desitjades als monocultius. No obstant, diversos estudis han demostrat que no és la tàctica més adequada per fer front a aquesta situació. A més a més, s’han realitzat diverses anàlisis per tal de determinar la resistència dels policultius davant la invasibilitat i, al mateix temps, augmentar la productivitat, obtenint resultats més satisfactoris als policultius.

Obtención mediante procesos quimioenzimáticos de monoglicéridos, y derivados de los mismo, con posible actividad antimicrobiana

The dissertation accomplishes two aims: 1) to diagnose what prevents true beliefs from being knowledge; 2) to give an positive account of knowledge. Concerning the first aim, it offers an account of the notion of luck. It defends the view that luck is a form of risk and distinguishes two types of luck. Then, it applies the account to the problem of epistemic luck and distinguishes, accordingly, two types of epistemic luck. It is argued that these two types of epistemic luck explain the whole range of cases of not-known true belief. Concerning the second aim, the dissertation advances an account of knowledge in terms of the notion of cognitive control that deals with the two forms of epistemic luck distinguished.

Disseny d’un muntatge experimental per les practiques de Resistència de materials

Degut a l’augment del nombre de classes i d’alumnes en l’Àrea de Mecànica de MedisContinus i Teoria d’Estructures (MMCTE), s’ha fet necessari la reestructuració i ocupació denous espais per la realització de les pràctiques de Resistència de materials.Per tal de realitzar les pràctiques al nou laboratori de Resistència de materials, calredissenyar les pràctiques referents a Allargaments longitudinals en bigues sotmeses acompressió i tracció simple i la referent a la Deformada d’una biga biarticulada amb voladís.El disseny de les noves pràctiques ha de complir les condicions exigides pel client. A més,els muntatges de cada pràctica han d’anar muntats sobre un pòrtic adquirit recientment perl’Àrea de Mecànica de Medis Continus i Teoria d’Estructures (MMCTE) que actuaran debancada. La pràctica relacionada amb Allargaments longitudinals en barres sotmeses a compressió itracció simple consta d’un muntatge experimental (Muntatge 1) i un guió de pràctiques perl’alumnat i professorat docent La pràctica relacionada amb la Deformada d’una biga biarticulada amb voladís consta d’unmuntatge experimental (Muntatge 2) i un guió de pràctiques per l’alumnat i professoratdocent. Les dos pràctiques permeten comparar els valors obtinguts experimentalment de cadamuntatge amb uns resultats teòrics i d’aquesta manera validar l’èxit de cada muntatge

La relació entre el valor N30 de L'SPT i la resistència a la compressió simple

The unconfined compression strength is a geotechnical parameter frequently used to determine the bearing capacity of foundations on clayey soils. Its value can be obtained from the unconfined compression test and, among several in situ tests, the standard penetration test (SPT). However, a comparison between the values of such a strength determined by both tests in CL, CL-ML and CH soils shows that it does not exist an approximate relationship. In any case it is remarkable that values of the test conducted in the laboratory fit between the lower and the higher ones calculated from the standard penetration number. This is very important for those geotechnical reports in which the unconfined compression strength is only based on the SPT. In this way, if the lower value is taken to evaluate the ultimate soilbearing capacity the result will not be very accurate but it will probably be by the side of safety

La resistència liberal de Lleida davant la invasió dels Cent Mil Fills de Sant Lluís

Davant del fracàs de la contrarevolució interior efectuada pels reialistes, a partir pràcticament de l’inici del sistema constitucional inaugurat per la revolució de Riego, els elements més absolutistes van organitzar mitjançant la celebració del Congrés de Verona la invasió del territori espanyol per les tropes franceses (els Cent Mil Fills de Sant Lluís). La reacció de les institucions locals lleidatanes, sobretot la Paeria (l’Ajuntament) no es va fer esperar. Ràpidament van rebutjar ferventment la imposició estrangera i van organitzar la resistència a l’interior de la ciutat. Aquesta resistència va topar amb la penúria econòmica de la hisenda municipal, motiu pel qual van haver de realitzar una guerra defensiva, que va tenir èxit, ja que van resistir la invasió fins a l’últim dia d’octubre de l’any 1823 i es van convertir, juntament amb ciutats com ara Barcelona o Tarragona, en els baluards del liberalisme.

La formació: de la resistència a l’acadèmia 50 anys dels estudis de treball social a Lleida

El proppassat 20 de març, al Saló Victor Siurana de la UdL, els treballadors i treballadores socials de ponent vàrem commemorar els 50 anys dels estudis de Treball Social a la ciutat de Lleida.3 El que segueix és un breu relat de les vicissituds més importants de la trajectòria que han seguit aquests estudis i allò que han significat en les respectives contemporaneïtats que els ha tocat viure. Cal advertir, però, que és inevitablement una visió personal, construïda a partir de passar pel sedàs la meva pròpia trajectòria, primer com a alumne i després com a professional i docent, la qual crec que em permet interpretar amb certa perspectiva l’itinerari de la formació en Treball Social a la meva ciutat.

Prova de camp específica de valoració de la resistència en tennis: resposta cardíaca i efectivitat tècnica en jugadors de competició

Malgrat que la resistència específica del jugador té una influència directa sobre el rendiment en el tennis, un esport intermitent de llarga durada, les proves utilitzades per valorar-la no solen incloure tasques motrius properes a situacions de joc reals i poden ser considerades de baixa especificitat. L’objectiu d’aquest estudi és desenvolupar una prova de camp de valoració de la resistència específica en tennis (Specific Endurance Tennis Test, SET-Test), analitzant el comportament de la freqüència cardíaca (FC) i de paràmetres d’efectivitat tècnica (ET), per tal d’esbrinar una possible relació entre ambdós paràmetres i d’aquests amb el rendiment esportiu en jugadors de competició. Van participar set tennistes masculins, als quals els va ser administrada una prova triangular, progressiva, contínua i d’intensitat màxima conduïda per una màquina llançapilotes, durant la qual es va registrar la FC i, al mateix temps, paràmetres objectius d’ET (precisió i potència) mitjançant el càlcul de percentatge d’encerts i errors. S’observa un punt de deflexió de la FC (PDFC) en un 86 % dels subjectes estudiats, previ o coincident amb una disminució de l’ET (punt de deflexió de l’eficiència tècnica, PDET). Aquests dos punts mesurats de forma simultània al llarg de la prova es mostren relacionats amb el rendiment competitiu dels jugadors estudiats. Es conclou que la prova proposada sembla un mètode específic i vàlid per avaluar la resistència específica i la condició aeròbica en tennistes, tot i que calen més estudis per tal de confirmar les hipòtesis plantejades i la validesa externa de la prova.

A crise europeia: excepcionalidade econômica, gestão autoritária e emergência de formas ativas de resistência civil = The European crisis: economic exceptionality, authoritarian rulings and the emergence of active forms of civil resistance

Thirty years after neo-liberalism hegemony, the states shows its incapacity for driving democratically exceptional situations like global economical crisis. In this context, it seems a particularly interesting issue to exam the popular alternatives that are growing to reject the institutional paralysis. This work take these problems since European perspective, especially this one of Spain, and its scope is justify the new forms of civil disobedience that are growing. They are analyzed not like"paradoxes" of democracy, but like necessary instruments of participative democracy into a really exceptional scenario

Acción antimicrobiana in vitro de distintas medicaciones sobre Enterococcus faecalis y Actinomyces israelii

Objetivo: Se comparó in vitro la acción antimicrobiana de diversas medicaciones intraconducto frente a Enterococcus faecalis y Actinomyces israelii. Material y métodos: para evaluar las zonas de inhibición microbiana se utilizó el test de difusión en agar frente a diversas pastas, incluyendo una pasta con base de metronidazol (Grinazole ®), una pasta con base de dexametasona, tiretrocina, polimixana y neomicina (Septomixine forte ®) y otra de hidróxido de calciio (Calcipulpe ®) y paroclorofenol alcanforado (KRI-3 ®), frente a E. faecalis y A. israelii. Resultados: La acción inhibitoria frente a E. faecalis fue significativamente mayor (p< 0,05) con Septomixine forte ® (30,7 mm) seguido de KRI- 3 ® (22,5 mm), Calcipulpe ® (16,6 mm) y Grinazole ® (11,4 mm). La inhibición microbiana frente a E. israelii fue significativamente mejor con Septomixine forte ® (p< 0,05) (40,1 mm) seguido de KRI-3 ® (36,6 mm), Grinazole ® (7,6 mm) y Calcipulpe ® (6 mm). Conclusión: Septomixine forte ® fue la pasta antibiótica más efectiva frente a E. faecalis y A. israelii comunmente hallados en las infecciones endodóncicas.