T-Coffee: a web server for the multiple sequence alignment of protein and RNA sequences using structural information and homology extension

This article introduces a new interface for T-Coffee, a consistency-based multiple sequence alignment program. This interface provides an easy and intuitive access to the most popular functionality of the package. These include the default T-Coffee mode for protein and nucleic acid sequences, the M-Coffee mode that allows combining the output of any other aligners, and template-based modes of T-Coffee that deliver high accuracy alignments while using structural or homology derived templates. These three available template modes are Expresso for the alignment of protein with a known 3D-Structure, R-Coffee to align RNA sequences with conserved secondary structures and PSI-Coffee to accurately align distantly related sequences using homology extension. The new server benefits from recent improvements of the T-Coffee algorithm and can align up to 150 sequences as long as 10 000 residues and is available from both http://www.tcoffee.org and its main mirror http://tcoffee.crg.cat.

Creació del nucli d'un servidor web

Disseny i implementació d'un nou servidor web multifil i multiplataforma en C++.

ProyGes : soporte de gestión de proyectos

La aplicación tiene como objetivo llegar a la comunidad de alumnos, los cuales no pueden tener reuniones presenciales debido a su situación geográfica. La aplicación dispone de un conjunto de herramientas para poder centralizar toda la información que los usuarios vayan generando durante el desarrollo de los proyectos. Ha de ser una herramienta para facilitar la organización y la administración de los recursos de los usuarios de la plataforma. El proyecto que se presenta es una aplicación web, desarrollada en lenguajes PHP, SQL, HTML, JavaScript, CSS, Ajax, en un servidor Apache y base de datos MySQL.

Gestió de la informació d'interès d'un treballador autònom

L’objectiu principal d’aquest treball és fer un programa que permeti portar la informació que un treballador autònom li interessa, d’acord amb les seves necessitats. En el nostre cas es tracta d’un centre d’estètica, que té més d’una seu, el qual li interessa portar tota la cartilla de clients, centres associats, proveïdors ... a més de poder fer les factures corresponents als centres associats, poder calcular en el moment que en el treballador li interessi, els ingressos realitzats durant un període de temps determinat i poder portar una agenda actualitzada dels dos centres, on es mostren totes les visites que hi ha en un dia. Per tal de realitzar el programa, s’han portat a terme mitjançant dos aplicacions, i connectant-los en una base de dades. Per una banda tenim una aplicació implementada amb C++, per l’altra, una pàgina web amb PHP, finalment com a sistema gestor de base de dades utilitzem el MySQL Server. El programa fet amb C++, consta de tota la part d’entrada i/o modificacions de dades, en aquesta part només hi pot accedir el treballador autònom, ja que és la única persona que pot fer aquesta feina. En la pàgina web, hi pot accedir qualsevol persona que tingui un nom d’usuari i una contrasenya. A través de la web es pot fer qualsevol tipus de consulta, fer tot el control de les agendes, portar a terme tot el tema de facturació i ingressos, i com a excepció l’entrada de dades de clients, ja que s’ha de poder realitzar en qualsevol moment i lloc. Per acabar, tenim la necessitat de tenir un servidor, aquest ha d’estar format, mínim, per la base de dades. Com que l’aplicació amb C++ i la base de dades han d’estar ubicades al mateix lloc. A més, necessitem un servidor web per tal de tenir la nostra pàgina a la xarxa, per aconseguir això, utilitzem un programa anomenat DynDNS, que es fa servir per a convertir una IP dinàmica en una IP estàtica i d’aquesta manera convertir un ordinador qualsevol amb un servidor web.

Disseny i implementació d'una web administrable pel sector del caravàning

Vivim en una era digital on cada vegada més les persones estem connectades a la xarxa, ja sigui a través del mòbil, ordinadors o altres dispositius. Actualment internet és un gran aparador i des de fa temps, les empreses han vist en aquest una manera de treure’n profit. És per això, junt amb el seu baix cost, que fa que qualsevol empresa disposi del seu propi espai a la xarxa. D’aquestes idees sorgeix el projecte de fer la web per AutoSuministres Motor. La principal funció de la web es donar-se a conèixer i ensenyar els seus productes, que en aquest cas, són autocaravanes i caravanes. Tot i així, la pàgina web contindrà un espai de reportatges on l’usuari podrà conèixer més a fons un model concret d’autocaravana o caravana i on també podrà demanar més informació mitjançant un formulari de contacte. Per tant, la pàgina web serà totalment administrable perquè els comercials puguin introduir els vehicles corresponents i l’usuari final pugui consultarlos correctament d’una manera fàcil i senzilla. Per tal de dur a terme aquesta web s’ha tingut en compte utilitzar eines de programació de distribució lliure com és el llenguatge PHP, la base de dades MySQL i jQuery.

Disseny i implementació d'una web administrable i d'una aplicació per dispositius mòbils

En la societat en què vivim cada vegada agafen més importància les pàgines web, ja que és una eina d’informació molt útil i ràpida de consultar. Per això, no s’entén que una activitat empresarial sigui del tipus que sigui, no tingui representació a la xarxa. No és necessari que l’activitat en qüestió hagi de vendre productes a través d’Internet, sinó que simplement aquesta representació pot ajudar a donar a conèixer l’empresa i a ampliar la cartera de clients. De la mateixa manera, els dispositius mòbils també s’estan convertint en una eina important en la societat d’avui en dia i una bona aplicació pot aportar-te un avantatge en moltes de les feines diàries de les persones. D’aquestes idees sorgeix el projecte de fer la web i l’aplicació pel centre de fisioteràpia Fisioripoll. La web serviria per tenir un lloc a la xarxa on donar-se a conèixer i poder captar nous clients, i l’aplicació funcionaria com a eina pel propi centre, seria una espècie d’agenda electrònica per saber les hores que tens reservades els pròxims dies. Per aconseguir un bon funcionament de la web, s’ha demanat que la pàgina sigui administrable en els seus continguts. És a dir, que els propis gestors del centre puguin canviar els texts, les imatges dels diferents apartats i gestionar les reserves dels clients. En canvi, l’aplicació serà només una eina de consulta i no s’hauria de gestionar res. Per tal de dur a terme aquesta web s’ha tingut en compte utilitzar eines de programació de distribució lliure com és el llenguatge PHP, la base de dades MySQL, jQuery, el framework Phonegap per tal de poder construir una web i una aplicació amb cost de programari nul.

Gestió de la informació d'interès d'un treballador autònom

L’objectiu principal d’aquest treball és fer un programa que permeti portar la informació que un treballador autònom li interessa, d’acord amb les seves necessitats. En el nostre cas es tracta d’un centre d’estètica, que té més d’una seu, el qual li interessa portar tota la cartilla de clients, centres associats, proveïdors ... a més de poder fer les factures corresponents als centres associats, poder calcular en el moment que en el treballador li interessi, els ingressos realitzats durant un període de temps determinat i poder portar una agenda actualitzada dels dos centres, on es mostren totes les visites que hi ha en un dia. Per tal de realitzar el programa, s’han portat a terme mitjançant dos aplicacions, i connectant-los en una base de dades. Per una banda tenim una aplicació implementada amb C++, per l’altra, una pàgina web amb PHP, finalment com a sistema gestor de base de dades utilitzem el MySQL Server. El programa fet amb C++, consta de tota la part d’entrada i/o modificacions de dades, en aquesta part només hi pot accedir el treballador autònom, ja que és la única persona que pot fer aquesta feina. En la pàgina web, hi pot accedir qualsevol persona que tingui un nom d’usuari i una contrasenya. A través de la web es pot fer qualsevol tipus de consulta, fer tot el control de les agendes, portar a terme tot el tema de facturació i ingressos, i com a excepció l’entrada de dades de clients, ja que s’ha de poder realitzar en qualsevol moment i lloc. Per acabar, tenim la necessitat de tenir un servidor, aquest ha d’estar format, mínim, per la base de dades. Com que l’aplicació amb C++ i la base de dades han d’estar ubicades al mateix lloc. A més, necessitem un servidor web per tal de tenir la nostra pàgina a la xarxa, per aconseguir això, utilitzem un programa anomenat DynDNS, que es fa servir per a convertir una IP dinàmica en una IP estàtica i d’aquesta manera convertir un ordinador qualsevol amb un servidor web.

Disseny i implementació d'una web administrable i d'una aplicació per dispositius mòbils

En la societat en què vivim cada vegada agafen més importància les pàgines web, ja que és una eina d’informació molt útil i ràpida de consultar. Per això, no s’entén que una activitat empresarial sigui del tipus que sigui, no tingui representació a la xarxa. No és necessari que l’activitat en qüestió hagi de vendre productes a través d’Internet, sinó que simplement aquesta representació pot ajudar a donar a conèixer l’empresa i a ampliar la cartera de clients. De la mateixa manera, els dispositius mòbils també s’estan convertint en una eina important en la societat d’avui en dia i una bona aplicació pot aportar-te un avantatge en moltes de les feines diàries de les persones. D’aquestes idees sorgeix el projecte de fer la web i l’aplicació pel centre de fisioteràpia Fisioripoll. La web serviria per tenir un lloc a la xarxa on donar-se a conèixer i poder captar nous clients, i l’aplicació funcionaria com a eina pel propi centre, seria una espècie d’agenda electrònica per saber les hores que tens reservades els pròxims dies. Per aconseguir un bon funcionament de la web, s’ha demanat que la pàgina sigui administrable en els seus continguts. És a dir, que els propis gestors del centre puguin canviar els texts, les imatges dels diferents apartats i gestionar les reserves dels clients. En canvi, l’aplicació serà només una eina de consulta i no s’hauria de gestionar res. Per tal de dur a terme aquesta web s’ha tingut en compte utilitzar eines de programació de distribució lliure com és el llenguatge PHP, la base de dades MySQL, jQuery, el framework Phonegap per tal de poder construir una web i una aplicació amb cost de programari nul.

Disseny i implementació d'una web administrable pel sector del caravàning

Vivim en una era digital on cada vegada més les persones estem connectades a la xarxa, ja sigui a través del mòbil, ordinadors o altres dispositius. Actualment internet és un gran aparador i des de fa temps, les empreses han vist en aquest una manera de treure’n profit. És per això, junt amb el seu baix cost, que fa que qualsevol empresa disposi del seu propi espai a la xarxa. D’aquestes idees sorgeix el projecte de fer la web per AutoSuministres Motor. La principal funció de la web es donar-se a conèixer i ensenyar els seus productes, que en aquest cas, són autocaravanes i caravanes. Tot i així, la pàgina web contindrà un espai de reportatges on l’usuari podrà conèixer més a fons un model concret d’autocaravana o caravana i on també podrà demanar més informació mitjançant un formulari de contacte. Per tant, la pàgina web serà totalment administrable perquè els comercials puguin introduir els vehicles corresponents i l’usuari final pugui consultarlos correctament d’una manera fàcil i senzilla. Per tal de dur a terme aquesta web s’ha tingut en compte utilitzar eines de programació de distribució lliure com és el llenguatge PHP, la base de dades MySQL i jQuery.

SGP-1: prediction and validation of homologous genes based on sequence alignments

Conventional methods of gene prediction rely on the recognition of DNA-sequence signals, the coding potential or the comparison of a genomic sequence with a cDNA, EST, or protein database. Reasons for limited accuracy in many circumstances are species-specific training and the incompleteness of reference databases. Lately, comparative genome analysis has attracted increasing attention. Several analysis tools that are based on human/mouse comparisons are already available. Here, we present a program for the prediction of protein-coding genes, termed SGP-1 (Syntenic Gene Prediction), which is based on the similarity of homologous genomic sequences. In contrast to most existing tools, the accuracy of SGP-1 depends little on species-specific properties such as codon usage or the nucleotide distribution. SGP-1 may therefore be applied to nonstandard model organisms in vertebrates as well as in plants, without the need for extensive parameter training. In addition to predicting genes in large-scale genomic sequences, the program may be useful to validate gene structure annotations from databases. To this end, SGP-1 output also contains comparisons between predicted and annotated gene structures in HTML format. The program can be accessed via a Web server at http://soft.ice.mpg.de/sgp-1. The source code, written in ANSI C, is available on request from the authors.

Creació d'una botiga virtual i automatització dels albarans, factures i cobraments

L’augment de la utilització de les noves tecnologies a la nostra societat permet a les empreses arribar al client d’una forma més rapida i facilitant la informació de manera àgil i ordenada. Amb aquest objectiu s’ha creat una botiga virtual que serà la part visible als usuaris i clients de l’empresa PRINTONER S.L , dedicada al sector dels consumibles, especialment els reciclats. Per l’empresa un dels objectius principals és oferir al client la possibilitat de comprar els seus productes de manera còmode a través d’Internet, ja que accedint amb un nom d’usuari i una contrasenya podrà obtenir totes les referències de les que es disposa, podrà tramitar les comandes i controlar-ne l’estat fins el moment de l’entrega. A part de les seccions destinades a usuaris i clients s’ha creat una zona d’administració, on els responsables de l’empresa podran gestionar tots els productes, modificar i visualitzar les comandes. A més aprofitant que aquestes quedaran guardades a una base de dades juntament amb els productes venuts, s’integrarà el sistema de facturació de l’empresa, cosa que fins el moment es feia de manera manual i maldestre. També es programarà una part on els responsables podran insertar reparacions i vendes informàtiques que s’hagin de facturar o per fer-ne un us estadístic en un futur. Tot això ens portarà a implementar un sistema d’usuaris registrats amb diferents permisos i diferents nivells d’accés a l’aplicació, fins a un total de 5. S’ha intentat fer de l’aplicació, un sistema a mida i que compleixi tots els requisits que l’empresa ens ha demanat, amb la previsió que més endavant s’hi pugui implementar un sistema de gestió d’estocs i altres millores per oferir als seus clients un servei inigualable. Per tal de portar a terme tot aquest treball s’ha utilitzat una tecnologia de lliure distribució com és el llenguatge PHP i la base de dades MySQL, aquesta opció a part d’una filosofia es produeix per intentar minimitzar els costos de l’aplicatiu. La finalitat de l’empresa amb aquest projecte és oferir millor imatge i servei, efectivitat i rapidesa en tot el procés de vendes, així com reduir costos de facturació i també de publicitat, ja que es podrà potenciar molt més la pàgina web via internet.

Desarrollo de una aplicación informática para la gestión de actividades docentes

Este proyecto consiste en el desarrollo de una aplicación informática que permite gestionar de forma automatizada y consistente los datos requeridos para la actividad docente de un profesor universitario. La aplicación permite gestionar: plan docente, asignaturas, horario docente, calendario de exámenes y proyectos final de carrera. Todas estas opciones tienen las funciones de, agregar, buscar, modificar y eliminar datos. Además tiene otras opciones como calendario docente y webs, cuya finalidad será consultar, de forma directa, páginas web de interés docente. Finalmente, la opción material docente tendrá como finalidad, crear, modificar y eliminar ficheros de diferente formato (word, excel, powerpoint, pdf) asociados a las asignaturas registradas en la aplicación. La aplicación se ha implementado en el sistema operativo Windows en el lenguaje de programación Java. Los datos utilizados se almacenan en la base de datos MySql Workbench. Para las validaciones de entrada de datos se ha utilizado JavaScript y JQuery. El diseño de la interfaz se ha llevado a cabo con Java Server Pages, Html, Css y framework Struts.

Phenol-Explorer 3.0: a major update of the Phenol-Explorer database to incorporate data on the effects of food processing on polyphenol content

Polyphenols are a major class of bioactive phytochemicals whose consumption may play a role in the prevention of a number of chronic diseases such as cardiovascular diseases, type II diabetes and cancers. Phenol-Explorer, launched in 2009, is the only freely available web-based database on the content of polyphenols in food and their in vivo metabolism and pharmacokinetics. Here we report the third release of the database (Phenol-Explorer 3.0), which adds data on the effects of food processing on polyphenol contents in foods. Data on >100 foods, covering 161 polyphenols or groups of polyphenols before and after processing, were collected from 129 peer-reviewed publications and entered into new tables linked to the existing relational design. The effect of processing on polyphenol content is expressed in the form of retention factor coefficients, or the proportion of a given polyphenol retained after processing, adjusted for change in water content. The result is the first database on the effects of food processing on polyphenol content and, following the model initially defined for Phenol-Explorer, all data may be traced back to original sources. The new update will allow polyphenol scientists to more accurately estimate polyphenol exposure from dietary surveys. Database URL: http://www.phenol-explorer.eu

BioSuper: A web tool for the superimposition of biomolecules and assemblies with rotational symmetry

Background Most of the proteins in the Protein Data Bank (PDB) are oligomeric complexes consisting of two or more subunits that associate by rotational or helical symmetries. Despite the myriad of superimposition tools in the literature, we could not find any able to account for rotational symmetry and display the graphical results in the web browser. Results BioSuper is a free web server that superimposes and calculates the root mean square deviation (RMSD) of protein complexes displaying rotational symmetry. To the best of our knowledge, BioSuper is the first tool of its kind that provides immediate interactive visualization of the graphical results in the browser, biomolecule generator capabilities, different levels of atom selection, sequence-dependent and structure-based superimposition types, and is the only web tool that takes into account the equivalence of atoms in side chains displaying symmetry ambiguity. BioSuper uses ICM program functionality as a core for the superimpositions and displays the results as text, HTML tables and 3D interactive molecular objects that can be visualized in the browser or in Android and iOS platforms with a free plugin. Conclusions BioSuper is a fast and functional tool that allows for pairwise superimposition of proteins and assemblies displaying rotational symmetry. The web server was created after our own frustration when attempting to superimpose flexible oligomers. We strongly believe that its user-friendly and functional design will be of great interest for structural and computational biologists who need to superimpose oligomeric proteins (or any protein). BioSuper web server is freely available to all users at http://ablab.ucsd.edu/BioSuper webcite.

Creació d'una botiga virtual i automatització dels albarans, factures i cobraments

L’augment de la utilització de les noves tecnologies a la nostra societat permet a les empreses arribar al client d’una forma més rapida i facilitant la informació de manera àgil i ordenada. Amb aquest objectiu s’ha creat una botiga virtual que serà la part visible als usuaris i clients de l’empresa PRINTONER S.L , dedicada al sector dels consumibles, especialment els reciclats. Per l’empresa un dels objectius principals és oferir al client la possibilitat de comprar els seus productes de manera còmode a través d’Internet, ja que accedint amb un nom d’usuari i una contrasenya podrà obtenir totes les referències de les que es disposa, podrà tramitar les comandes i controlar-ne l’estat fins el moment de l’entrega. A part de les seccions destinades a usuaris i clients s’ha creat una zona d’administració, on els responsables de l’empresa podran gestionar tots els productes, modificar i visualitzar les comandes. A més aprofitant que aquestes quedaran guardades a una base de dades juntament amb els productes venuts, s’integrarà el sistema de facturació de l’empresa, cosa que fins el moment es feia de manera manual i maldestre. També es programarà una part on els responsables podran insertar reparacions i vendes informàtiques que s’hagin de facturar o per fer-ne un us estadístic en un futur. Tot això ens portarà a implementar un sistema d’usuaris registrats amb diferents permisos i diferents nivells d’accés a l’aplicació, fins a un total de 5. S’ha intentat fer de l’aplicació, un sistema a mida i que compleixi tots els requisits que l’empresa ens ha demanat, amb la previsió que més endavant s’hi pugui implementar un sistema de gestió d’estocs i altres millores per oferir als seus clients un servei inigualable. Per tal de portar a terme tot aquest treball s’ha utilitzat una tecnologia de lliure distribució com és el llenguatge PHP i la base de dades MySQL, aquesta opció a part d’una filosofia es produeix per intentar minimitzar els costos de l’aplicatiu. La finalitat de l’empresa amb aquest projecte és oferir millor imatge i servei, efectivitat i rapidesa en tot el procés de vendes, així com reduir costos de facturació i també de publicitat, ja que es podrà potenciar molt més la pàgina web via internet.