Programació d'aplicacions bioinformàtiques

Avui en dia la biologia aporta grans quantitats de dades que només la informàtica pot tractar. Les aplicacions bioinformàtiques són la més important eina d’anàlisi i comparació que tenim per entendre la vida i aconseguir desxifrar aquestes dades. Aquest projecte centra el seu esforç en l’estudi de les aplicacions dedicades a l’alineament de seqüències genètiques, i més concretament a dos algoritmes, basats en programació dinàmica i òptims: el Needleman&Wunsch i el Smith&Waterman. Amb l’objectiu de millorar el rendiment d’aquests algoritmes per a alineaments de seqüències grans, proposem diferents versions d’implementació. Busquem millorar rendiments en temps i espai. Per a aconseguir millorar els resultats aprofitem el paral·lelisme. Els resultats dels anàlisis de les versions els comparem per obtenir les dades necessàries per valorar cost, guany i rendiment.

Non-constant discounting in finite horizon: The free terminal time case

This paper derives the HJB (Hamilton-Jacobi-Bellman) equation for sophisticated agents in a finite horizon dynamic optimization problem with non-constant discounting in a continuous setting, by using a dynamic programming approach. A simple example is used in order to illustrate the applicability of this HJB equation, by suggesting a method for constructing the subgame perfect equilibrium solution to the problem.Conditions for the observational equivalence with an associated problem with constantdiscounting are analyzed. Special attention is paid to the case of free terminal time. Strotz¿s model (an eating cake problem of a nonrenewable resource with non-constant discounting) is revisited.

Heterogeneous discounting in consumption-investment problems. Time consistent solutions

[cat] En aquest treball s'analitza un model estocàstic en temps continu en el que l'agent decisor descompta les utilitats instantànies i la funció final amb taxes de preferència temporal constants però diferents. En aquest context es poden modelitzar problemes en els quals, quan el temps s'acosta al moment final, la valoració de la funció final incrementa en comparació amb les utilitats instantànies. Aquest tipus d'asimetria no es pot descriure ni amb un descompte estàndard ni amb un variable. Per tal d'obtenir solucions consistents temporalment es deriva l'equació de programació dinàmica estocàstica, les solucions de la qual són equilibris Markovians. Per a aquest tipus de preferències temporals, s'estudia el model clàssic de consum i inversió (Merton, 1971) per a les funcions d'utilitat del tipus CRRA i CARA, comparant els equilibris Markovians amb les solucions inconsistents temporalment. Finalment es discuteix la introducció del temps final aleatori.

Deciding the sale of a life policy in the viatical market: Implications on individual welfare

[cat] En aquest article, es presenta un model econòmic que permet determinar la venda o no d'una pòlissa de vida (total o en part) per part d'un assegurat malalt terminal en el mercat dels viatical settlements. Aquest mercat va aparèixer a finals de la dècada dels 80 a conseqüència de l'epidèmia de la SIDA. Actualment, representa una part del mercat dels life settlements. Les pòlisses que es comercialitzen en el mercat dels viaticals són aquelles on l'assegurat és malalt terminal amb una esperança de vida de dos anys o menys. El model és discret i considera només dos períodes (anys), ja que aquesta és la vida residual màxima que contempla el mercat. L'agent posseix una riquesa inicial que ha de repartir entre consum i herència. S'introdueix en primer lloc la funció d'utilitat esperada del decisor i, utilitzant programació dinàmica, es dedueix l'estratègia que reporta una utilitat més gran (no vendre/vendre (en part) la pòlissa en el moment zero/vendre (en part) la pòlissa en el moment ú). L'òptim depèn del preu de la pòlissa venuda i de paràmetres personals de l'individu. Es troba una expressió analítica per l'estratègia òptima i es realitza un anàlisi de sensibilitat.

Non-constant discounting in finite horizon: The free terminal time case

This paper derives the HJB (Hamilton-Jacobi-Bellman) equation for sophisticated agents in a finite horizon dynamic optimization problem with non-constant discounting in a continuous setting, by using a dynamic programming approach. A simple example is used in order to illustrate the applicability of this HJB equation, by suggesting a method for constructing the subgame perfect equilibrium solution to the problem.Conditions for the observational equivalence with an associated problem with constantdiscounting are analyzed. Special attention is paid to the case of free terminal time. Strotz¿s model (an eating cake problem of a nonrenewable resource with non-constant discounting) is revisited.

Heterogeneous discounting in consumption-investment problems. Time consistent solutions

[cat] En aquest treball s'analitza un model estocàstic en temps continu en el que l'agent decisor descompta les utilitats instantànies i la funció final amb taxes de preferència temporal constants però diferents. En aquest context es poden modelitzar problemes en els quals, quan el temps s'acosta al moment final, la valoració de la funció final incrementa en comparació amb les utilitats instantànies. Aquest tipus d'asimetria no es pot descriure ni amb un descompte estàndard ni amb un variable. Per tal d'obtenir solucions consistents temporalment es deriva l'equació de programació dinàmica estocàstica, les solucions de la qual són equilibris Markovians. Per a aquest tipus de preferències temporals, s'estudia el model clàssic de consum i inversió (Merton, 1971) per a les funcions d'utilitat del tipus CRRA i CARA, comparant els equilibris Markovians amb les solucions inconsistents temporalment. Finalment es discuteix la introducció del temps final aleatori.

Deciding the sale of a life policy in the viatical market: Implications on individual welfare

[cat] En aquest article, es presenta un model econòmic que permet determinar la venda o no d'una pòlissa de vida (total o en part) per part d'un assegurat malalt terminal en el mercat dels viatical settlements. Aquest mercat va aparèixer a finals de la dècada dels 80 a conseqüència de l'epidèmia de la SIDA. Actualment, representa una part del mercat dels life settlements. Les pòlisses que es comercialitzen en el mercat dels viaticals són aquelles on l'assegurat és malalt terminal amb una esperança de vida de dos anys o menys. El model és discret i considera només dos períodes (anys), ja que aquesta és la vida residual màxima que contempla el mercat. L'agent posseix una riquesa inicial que ha de repartir entre consum i herència. S'introdueix en primer lloc la funció d'utilitat esperada del decisor i, utilitzant programació dinàmica, es dedueix l'estratègia que reporta una utilitat més gran (no vendre/vendre (en part) la pòlissa en el moment zero/vendre (en part) la pòlissa en el moment ú). L'òptim depèn del preu de la pòlissa venuda i de paràmetres personals de l'individu. Es troba una expressió analítica per l'estratègia òptima i es realitza un anàlisi de sensibilitat.

Consumption, investment and life insurance strategies with heterogeneous discounting

[cat] En aquest treball s'analitza l'efecte que comporta l'introducció de preferències inconsistents temporalment sobre les decisions òptimes de consum, inversió i compra d'assegurança de vida. En concret, es pretén recollir la creixent importància que un individu dóna a la herència que deixa i a la riquesa disponible per a la seva jubilació al llarg de la seva vida laboral. Amb aquesta finalitat, es parteix d'un model estocàstic en temps continu amb temps final aleatori, i s'introdueix el descompte heterogeni, considerant un agent amb una distribució de vida residual coneguda. Per tal d'obtenir solucions consistents temporalment es resol una equació de programació dinàmica no estàndard. Per al cas de funcions d'utilitat del tipus CRRA i CARA es troben solucions explícites. Finalment, els resultats obtinguts s'il·lustren numèricament.

Consumption, investment and life insurance strategies with heterogeneous discounting

[cat] En aquest treball s'analitza l'efecte que comporta l'introducció de preferències inconsistents temporalment sobre les decisions òptimes de consum, inversió i compra d'assegurança de vida. En concret, es pretén recollir la creixent importància que un individu dóna a la herència que deixa i a la riquesa disponible per a la seva jubilació al llarg de la seva vida laboral. Amb aquesta finalitat, es parteix d'un model estocàstic en temps continu amb temps final aleatori, i s'introdueix el descompte heterogeni, considerant un agent amb una distribució de vida residual coneguda. Per tal d'obtenir solucions consistents temporalment es resol una equació de programació dinàmica no estàndard. Per al cas de funcions d'utilitat del tipus CRRA i CARA es troben solucions explícites. Finalment, els resultats obtinguts s'il·lustren numèricament.

Sintonización dinámica de aplicaciones MPI

En la actualidad, la computación de altas prestaciones está siendo utilizada en multitud de campos científicos donde los distintos problemas estudiados se resuelven mediante aplicaciones paralelas/distribuidas. Estas aplicaciones requieren gran capacidad de cómputo, bien sea por la complejidad de los problemas o por la necesidad de solventar situaciones en tiempo real. Por lo tanto se debe aprovechar los recursos y altas capacidades computacionales de los sistemas paralelos en los que se ejecutan estas aplicaciones con el fin de obtener un buen rendimiento. Sin embargo, lograr este rendimiento en una aplicación ejecutándose en un sistema es una dura tarea que requiere un alto grado de experiencia, especialmente cuando se trata de aplicaciones que presentan un comportamiento dinámico o cuando se usan sistemas heterogéneos. En estos casos actualmente se plantea realizar una mejora de rendimiento automática y dinámica de las aplicaciones como mejor enfoque para el análisis del rendimiento. El presente trabajo de investigación se sitúa dentro de este ámbito de estudio y su objetivo principal es sintonizar dinámicamente mediante MATE (Monitoring, Analysis and Tuning Environment) una aplicación MPI empleada en computación de altas prestaciones que siga un paradigma Master/Worker. Las técnicas de sintonización integradas en MATE han sido desarrolladas a partir del estudio de un modelo de rendimiento que refleja los cuellos de botella propios de aplicaciones situadas bajo un paradigma Master/Worker: balanceo de carga y número de workers. La ejecución de la aplicación elegida bajo el control dinámico de MATE y de la estrategia de sintonización implementada ha permitido observar la adaptación del comportamiento de dicha aplicación a las condiciones actuales del sistema donde se ejecuta, obteniendo así una mejora de su rendimiento.

Dinámica de las exportaciones y base tecnológica en el crecimiento económico contemporáneo: una comparación entre las regiones de Francia, Italia y España

Este artículo estudia los factores de crecimiento económico a largo plazo en Francia, Italia y España desde una perspectiva comparativa. Se trata de combinar dos indicadores del potencial de crecimiento de las regiones, atendiendo al desarrollo de los intercambios exteriores y a la producción de innovaciones tecnológicas, en relación con los niveles del valor añadido bruto o Producto Interior Bruto por habitante. Estos factores se estudian en dos secciones. La primera está dedicada a la dimensión internacional de las economías regionales y cuantifica su contribución a las exportaciones totales de sus respectivos países. La segunda examina los resultados del análisis estadístico realizado sobre las patentes europeas de las regiones consideradas. Este enfoque permite comprobar los avances de la tendencia a la concentración espacial de los motores de la expansión de cada país en el período contemporáneo y aporta elementos útiles acerca de las relaciones entre espacios productivos, exportaciones industriales, capacidad de absorción de tecnología y crecimiento económico.

L' Ensenyament per tasques: programació d'una assignatura de traducció de l'alemany a l'espanyol

In this work we present a proposal for a course in translation from German into Spanish following the task based approach as known in second language acquisition. The aim is to improve the translation competence of translation students. We depart from the hypothesis that some students select inapropiate translation strategies when faced with certain translation problems leading them to translation errors. In order to avoid these translation errors originated by wrong application of such strategies we propose a didactic method which helps to prevent them by a) raising awareness of the different subcompetences required while translating, b) improving the ability to identify translation problems and relate them to the different subcompetences and c) enhancing the use of the most adequate strategy according to the characteristics of each problem. With regard to translation and how translation competence is acquired our work follows the communicative approach to translation theory as defended among others by Hatim & Mason (1990), Lörscher (1992) and Kiraly (1995), where translation is seen as a communicative activity which can be analized from a psycholinguistic perspective. In this sense we give operative definitions for what we understand by “translation problem”, “translation strategy”, “translation error”, “translation competence” and “translation”. Our approach to didactics adapts recent developments in Second Language Teaching within the communicative paradigm as is the task based approach by Nunan (1989) acquisition to translation. Fitting the recquirements of this pedagogic approach we present a planning for a translation course which is compatible with present translation studies.

Estudiant suite: la programació client-servidor

Treball de recerca realitzat per un alumne d’ensenyament secundari i guardonat amb un Premi CIRIT per fomentar l'esperit científic del Jovent l’any 2006. Mitjançant un programa informàtic, creat per un estudiant de batxillerat, els alumnes compartiran, a través d’internet,resums o fitxers amb informació rellevant sobre les matèries que estan estudiant sense la necessitat de coincidir en línia. El programa servidor permet donar d'alta i de baixa usuaris, control e les connexions i dels fitxers. A més a més s'encarrega d'emmagatzemar i codificar la informació (fitxers) que aporten els usuaris. El client permet l'identificació mitjançant un nom d'usuari i una contrasenya i la visualització de la informació que conté el servidor, com també permet l'aportació i modificació d'aquesta.

Interacción en los Sistemas Biológicos mediante nuevos índices basados en la Dinámica No Lineal

La majoria de sistemes biològics són complexes, formats per diverses parts connectades mitjançant vincles que contenen informació addicional i oculta a l’observador. Actualment, les aplicacions clíniques enregistren molts i diversos senyals les interaccions dels quals poden ésser estudiades mitjançant diferents tècniques: mètodes clàssics, generalment lineals, com ara la correlació i la coherència espectral; i mètodes no lineals que han estat definits i desenvolupats l’última dècada, com la predicció no lineal, la informació mútua i les entropies. Aquest projecte proposava l’obtenció d’eines pera l’anàlisi de: a) la coordinació dels músculs respiratoris en individus sans i pacients amb patologies respiratòries sotmesos a protocols d’esforç ventilatori, ja que es desconeix com es relacionen les activitats del diafragma i dels músculs accessoris de les vies aèries superiors; b)l’efecte de fàrmacs sobre la connectivitat funcional del cervell, ja que les eines i mètodes estàndard sovint no permeten extreure prou informació. Els resultats aconseguits han permès avaluar l’activitat muscular respiratòria mitjançant la funció d’informació mútua creuada (FIMC), demostrant que existeix un acoblament no lineal entre les activitats de diferents músculs. Aquesta coordinació muscular es veu afectada per una malaltia respiratòria com la Síndrome d’Apnea Obstructiva de la Son (SAOS), i s’han trobat diferències estadísticament significatives entre els pacients amb SAOS i els individus sans, especialment a nivells mitjans i alts d’esforç respiratori.