Gene Ontology Function prediction in Mollicutes using Protein-Protein Association Networks

Abstract Background: Many complex systems can be represented and analysed as networks. The recent availability of large-scale datasets, has made it possible to elucidate some of the organisational principles and rules that govern their function, robustness and evolution. However, one of the main limitations in using protein-protein interactions for function prediction is the availability of interaction data, especially for Mollicutes. If we could harness predicted interactions, such as those from a Protein-Protein Association Networks (PPAN), combining several protein-protein network function-inference methods with semantic similarity calculations, the use of protein-protein interactions for functional inference in this species would become more potentially useful. Results: In this work we show that using PPAN data combined with other approximations, such as functional module detection, orthology exploitation methods and Gene Ontology (GO)-based information measures helps to predict protein function in Mycoplasma genitalium. Conclusions: To our knowledge, the proposed method is the first that combines functional module detection among species, exploiting an orthology procedure and using information theory-based GO semantic similarity in PPAN of the Mycoplasma species. The results of an evaluation show a higher recall than previously reported methods that focused on only one organism network.

A survey of potential vectors of apricot chlorotic leaf roll

A comparative survey was done in leafhopper populations captured in apricot orchards in two areas of Valencia, one with considerable natural spread of apricot chlorotic leaf roll (ACLR), and the other where such natural spread is virtually nonexistent. An identification of the leafhopper species found in the first and in the second area suggest that Neoaliturus haematoceps and/or Neoaliturus fertestratus are the potential vectors of ACLR, at least under the conditions of Valencia province. Psammotettix striatus and Austroagallia sinuata are potential secondary vextors of ACLR.

Investigaciones sobre la detección, difusión natural y control del enrollamiento clorótico del albaricoquero

Se ha aplicado la técnica de la tinción con el fluorocromo DAPI (4'-6- diamidino- 2-fenilindol) a la detección de organismos del tipo micoplasma («mycoplasma-like organisms» o MLOs) y al seguimiento, a lo largo de un año, de la distribución de MLOs en albaricoqueros enfermos de enrollamiento clorótico («apricot chloroiic leaf roll» o ACLR). Los resultados obtenidos confirman la poca fiabilidad de esta técnica para la detección precoz de micoplasmosis en árboles frutales, a causa de la baja concentración e irregular distribución de MLOs dentro de los árboles enfermos. Én cambio, la tinción con DAPI es útil para la observación a lo largo del año de la distribución de MLOs en diferentes partes de los árboles infectados por ACLR. A lo largo del invierno y la primavera, los MLOs fueron detectados solamente en las raíces y en los ramos formados el año anterior. La presencia de MLOs en los nuevos brotes no pudo ser detectada hasta el principio del verano. En trabajos previos se observaron grandes variaciones en la difusión natural del ACLR, incluso entre áreas próximas de la misma provincia de Valencia. Las investigaciones efectuadas ahora sobre las poblaciones de cicadélidos han mostrado que tanto el número de especies como el de individuos capturados son superiores en un área con una importante difusión natural del ACLR que en otra zona donde la difusión de la enfermedad es prácticamente nula. Las diferencias entre los cicadélidos capturados en estas dos áreas han proporcionado indicaciones acerca de las especies que tienen más probabilidades de ser vectores del ACLR. Se ha estudiado también, durante tres años, la influencia de tratamientos insecticidas y herbicidas sobre la difusión natural del ACLR en una plantación de albaricoqueros. En la mitad de la plantación que se dejó sin tratar, el número de cicadélidos capturados, así como el de nuevos árboles con síntomas de ACLR fue mayor que en la parte de la plantación que había sido tratada.