Pathway databases and tools for their exploitation: benefits, current limitations and challenges

In past years, comprehensive representations of cell signalling pathways have been developed by manual curation from literature, which requires huge effort and would benefit from information stored in databases and from automatic retrieval and integration methods. Once a reconstruction of the network of interactions is achieved, analysis of its structural features and its dynamic behaviour can take place. Mathematical modelling techniques are used to simulate the complex behaviour of cell signalling networks, which ultimately sheds light on the mechanisms leading to complex diseases or helps in the identification of drug targets. A variety of databases containing information on cell signalling pathways have been developed in conjunction with methodologies to access and analyse the data. In principle, the scenario is prepared to make the most of this information for the analysis of the dynamics of signalling pathways. However, are the knowledge repositories of signalling pathways ready to realize the systems biology promise? In this article we aim to initiate this discussion and to provide some insights on this issue.

Do protein–protein interaction databases identify moonlighting proteins?

One of the most striking results of the human (and mammalian) genomes is the low number of protein-coding genes. To-date, the main molecular mechanism to increase the number of different protein isoforms and functions is alternative splicing. However, a less-known way to increase the number of protein functions is the existence of multifunctional, multitask, or ‘‘moonlighting’’, proteins. By and large, moonlighting proteins are experimentally disclosed by serendipity. Proteomics is becoming one of the very active areas of biomedical research, which permits researchers to identify previously unseen connections among proteins and pathways. In principle, protein–protein interaction (PPI) databases should contain information on moonlighting proteins and could provide suggestions to further analysis in order to prove the multifunctionality. As far as we know, nobody has verified whether PPI databases actually disclose moonlighting proteins. In the present work we check whether well-established moonlighting proteins present in PPI databases connect with their known partners and, therefore, a careful inspection of these databases could help to suggest their different functions. The results of our research suggest that PPI databases could be a valuable tool to suggest multifunctionality.

Contamination of genomic databases by HIV-1 and its possible consequences. A study in Bioinformatics.

Peer-reviewed

REGSTATTOOLS: freeware statistical tools for the analysis of disease population databases used in health and social studies

Background: The repertoire of statistical methods dealing with the descriptive analysis of the burden of a disease has been expanded and implemented in statistical software packages during the last years. The purpose of this paper is to present a web-based tool, REGSTATTOOLS http://regstattools.net intended to provide analysis for the burden of cancer, or other group of disease registry data. Three software applications are included in REGSTATTOOLS: SART (analysis of disease"s rates and its time trends), RiskDiff (analysis of percent changes in the rates due to demographic factors and risk of developing or dying from a disease) and WAERS (relative survival analysis). Results: We show a real-data application through the assessment of the burden of tobacco-related cancer incidence in two Spanish regions in the period 1995-2004. Making use of SART we show that lung cancer is the most common cancer among those cancers, with rising trends in incidence among women. We compared 2000-2004 data with that of 1995-1999 to assess percent changes in the number of cases as well as relative survival using RiskDiff and WAERS, respectively. We show that the net change increase in lung cancer cases among women was mainly attributable to an increased risk of developing lung cancer, whereas in men it is attributable to the increase in population size. Among men, lung cancer relative survival was higher in 2000-2004 than in 1995-1999, whereas it was similar among women when these time periods were compared. Conclusions: Unlike other similar applications, REGSTATTOOLS does not require local software installation and it is simple to use, fast and easy to interpret. It is a set of web-based statistical tools intended for automated calculation of population indicators that any professional in health or social sciences may require.

Sensitivity of simulation results to competing SAM updates

Recently there has been a renewed research interest in the properties of non survey updates of input-output tables and social accounting matrices (SAM). Along with the venerable and well known scaling RAS method, several alternative new procedures related to entropy minimization and other metrics have been suggested, tested and used in the literature. Whether these procedures will eventually substitute or merely complement the RAS approach is still an open question without a definite answer. The performance of many of the updating procedures has been tested using some kind of proximity or closeness measure to a reference input-output table or SAM. The first goal of this paper, in contrast, is the proposal of checking the operational performance of updating mechanisms by way of comparing the simulation results that ensue from adopting alternative databases for calibration of a reference applied general equilibrium model. The second goal is to introduce a new updatin! g procedure based on information retrieval principles. This new procedure is then compared as far as performance is concerned to two well-known updating approaches: RAS and cross-entropy. The rationale for the suggested cross validation is that the driving force for having more up to date databases is to be able to conduct more current, and hopefully more credible, policy analyses.

Giving SBML support to ByoDyn

Report for the scientific stay at the California Institute of Technology during the summer of 2005. ByoDyn is a tool for simulating the dynamical expression of gene regulatory networks (GRNs) and for parameter estimation in uni- and multicellular models. A software support was carried out describing GRNs in the Systems Biology Markup Language (SBML). This one is a computer format for representing and storing computational models of biochemical pathways in software tools and databases. Supporting this format gives ByoDyn a wide range of possibilities to study the dynamical properties of multiple regulatory pathways.

Trials, tricks and transparency: how disclosure rules affect clinical knowledge

Scandals of selective reporting of clinical trial results by pharmaceutical firms have underlined the need for more transparency in clinical trials. We provide a theoretical framework which reproduces incentives for selective reporting and yields three key implications concerning regulation. First, a compulsory clinical trial registry complemented through a voluntary clinical trial results database can implement full transparency (the existence of all trials as well as their results is known). Second, full transparency comes at a price. It has a deterrence effect on the incentives to conduct clinical trials, as it reduces the firms'gains from trials. Third, in principle, a voluntary clinical trial results database without a compulsory registry is a superior regulatory tool; but we provide some qualified support for additional compulsory registries when medical decision-makers cannot anticipate correctly the drug companies' decisions whether to conduct trials. Keywords: pharmaceutical firms, strategic information transmission, clinical trials, registries, results databases, scientific knowledge JEL classification: D72, I18, L15

Sistema de Informació i Gestió Integral de la Producció Pesquera Internacional (SIGIPPI)

Des de la ciència geogràfica combinada amb el coneixement biològic i comercial, aquest projecte pretén crear una eina basada en la biogeografia i les últimes tecnologies de la Informació Geogràfica, que permetrà a l’usuari disposar de informació actualitzada per cada espècie amb interès comercial. El projecte es basa en el desenvolupament d’una aplicació web de consulta, entrada i actualització de dades referents a la producció pesquera internacional. Les eines utilitzades són les bases de dades MySQL i PostgreSQL i programació web amb html, php i javacript. Aquesta aplicació està pensada per ser accessible des de qualsevol ordinador amb connexió a internet i es subdivideix en tres sub-aplicacions. La primera sub-aplicació es basa en l’entrada d’espècies a partir de l’estructura taxonòmica. Partint de l’arbre taxonòmic, l’usuari té la possibilitat d’entrar, eliminar o modificar qualsevol tàxon o espècie. La segona subaplicació és una eina de digitalització cartogràfica on-line on l’usuari podrà marcar, eliminar o modificar sobre un mapa les localitzacions de les espècies que estiguin entrades en la sub-aplicació anterior. Finalment, la tercera sub-aplicació és una eina d’entrada de dades quinzenals referent als comportaments pel que fa tan a les dimensions com a les disponibilitats de pesca per cada espècie i localització.

Recepción y difusión internacionales de Mercè Rodoreda: obra original, crítica y traducción

RESUM Recepción y difusión internacionales de Mercè Rodoreda: obra original, crítica y traducción té per objecte determinar la recepció i la difusió de l’obra original de Mercè Rodoreda, així com de l’obra crítica i de les traduccions, en el context internacional a partir de la interpretació de quatre bases de dades: obra literària de Mercè Rodoreda, obra crítica de Mercè Rodoreda i la seva obra, traductors i traduccions en funció de la llengua i de l’obra i, per últim, presència documental de Mercè Rodoreda a les Biblioteques Nacionals del món. El treball de recerca s’estructura de la següent manera. En primer lloc, plantegem i delimitem el tema, els objectius, la metodologia i la descripció de les bases de dades. Acte seguit, interpretem les bases de dades i exposem algunes consideracions. A continuació, presentem les conclusions finals que hem desenvolupat en cadascun dels àmbits en els que se centra la nostra recerca, així com el projecte de tesi doctoral i les noves línies de recerca. Per últim, exposem la bibliografia i els annexes, en els que incloem les bases de dades i reproduim els estudis traductològics comentats en el treball. Amb l’elaboració d’aquest treball de recerca pretenem, entre d’altres, donar a conèixer els gèneres literaris que va cultivar Mercè Rodoreda; recopilar l’obra crítica al voltant de l’autora i distingir la seva temàtica per determinar el nombre d’estudis crítics sobre traducció; identificar quins títols de l’obra de Mercè Rodoreda s’han traslladat a altres llengües, així com confirmar quina és l’obra més traduïda i quines les llengües a les que s’ha traslladat la seva obra; i, per últim, constatar la presència d’obres originals, estudis crítics i traduccions a les Biblioteques Nacionals del món i identificar-ne les possibles àrees d’expansió.

Declaració sobre la perspectiva actual i els usos preferits per a la selecció i adquisició de la informació electrònica. Actualització núm. 1: Nous desenvolupaments en la subscripció de revistes electròniques

Aquesta Declaració afegeix noves perspectives a la primera "Declaració sobre la perspectiva actual i els usos preferits per a la selecció i adquisició de la informació electrònica" de l'ICOLC ("Statement of Current Perspective and Preferred Practices for the Selection and Purchase of Electronic Information") http://www.library.yale.edu/consortiastatement.html. La declaració original ha influït en les polítiques adoptades per consorcis de biblioteques de tot el món, i encara és considerada com una expressió vàlida dels temes importants sobre el desenvolupament de l'accés a la immensa col· lecció de bases de dades electròniques, llibres i revistes disponibles actualment. Des de que la Declaració original va ser redactada el 1998, han sorgit nous desenvolupaments –particularment les que fan referència a revistes electròniques- que tenen el potencial d'estimular o bé de dificultar el creixement de l'accés. Aquesta actualització conté recomanacions en algunes de les àrees més importants d'aquests nous desenvolupaments.

Object recognition for autonomous objects: comparison of two approaches

Report for the scientific sojourn at the Swiss Federal Institute of Technology Zurich, Switzerland, between September and December 2007. In order to make robots useful assistants for our everyday life, the ability to learn and recognize objects is of essential importance. However, object recognition in real scenes is one of the most challenging problems in computer vision, as it is necessary to deal with difficulties. Furthermore, in mobile robotics a new challenge is added to the list: computational complexity. In a dynamic world, information about the objects in the scene can become obsolete before it is ready to be used if the detection algorithm is not fast enough. Two recent object recognition techniques have achieved notable results: the constellation approach proposed by Lowe and the bag of words approach proposed by Nistér and Stewénius. The Lowe constellation approach is the one currently being used in the robot localization project of the COGNIRON project. This report is divided in two main sections. The first section is devoted to briefly review the currently used object recognition system, the Lowe approach, and bring to light the drawbacks found for object recognition in the context of indoor mobile robot navigation. Additionally the proposed improvements for the algorithm are described. In the second section the alternative bag of words method is reviewed, as well as several experiments conducted to evaluate its performance with our own object databases. Furthermore, some modifications to the original algorithm to make it suitable for object detection in unsegmented images are proposed.

Reconocimiento de objetos multi-clase basado en descriptores de forma

Este trabajo presenta un sistema para detectar y clasificar objetos binarios según la forma de éstos. En el primer paso del procedimiento, se aplica un filtrado para extraer el contorno del objeto. Con la información de los puntos de forma se obtiene un descriptor BSM con características altamente descriptivas, universales e invariantes. En la segunda fase del sistema se aprende y se clasifica la información del descriptor mediante Adaboost y Códigos Correctores de Errores. Se han usado bases de datos públicas, tanto en escala de grises como en color, para validar la implementación del sistema diseñado. Además, el sistema emplea una interfaz interactiva en la que diferentes métodos de procesamiento de imágenes pueden ser aplicados.

Bioinformática: consultas cruzadas a bases de datos biomédicas remotas

En la presente memoria se detallan con exactitud los pasos y procesos realizados para construir una aplicación que posibilite el cruce de datos genéticos a partir de información contenida en bases de datos remotas. Desarrolla un estudio en profundidad del contenido y estructura de las bases de datos remotas del NCBI y del KEGG, documentando una minería de datos con el objetivo de extraer de ellas la información necesaria para desarrollar la aplicación de cruce de datos genéticos. Finalmente se establecen los programas, scripts y entornos gráficos que han sido implementados para la construcción y posterior puesta en marcha de la aplicación que proporciona la funcionalidad de cruce de la que es objeto este proyecto fin de carrera.

Cultura i Societat en la guerra del Francès

Des de que començà aquest projecte, el grup de recerca ha intentat aprofundir el coneixement de la Catalunya de la Guerra del Francès (1808 -1814) a partir d’una òptica britànica. El grup pretenia així desenvolupar la relació que es va establir entre els catalans i els britànics al llarg de tota la guerra, des dels primers contactes permesos per la presència de la flota britànica en la costa catalana fins a la intervenció de forces britàniques en territori català. D’aquesta manera, i primerament, el grup inicià la consulta de les bases de dades i catàlegs catalans i britànics per a completar el nostre llistat de referències arxivístiques i bibliogràfiques. El segon pas van ésser les tres estades d’investigació que entre el 2006 i el 2007 es van fer a Anglaterra, principalment a Londres. La investigació es realitzà a la British Library, al Institute of Historical Research of the School of Advanced Studies de la University of London, al National Maritime Museum i als National Archives of the United Kingdom. A continuació, el grup analitzà la informació recollida de la lectura de fonts primàries i bibliogràfiques en aquests centres de recerca. Finalment, el grup creu que la intensa relació que es va establir entre les dues parts, reflecteix la importància que les autoritats britàniques van donar a Catalunya, i que el seu aïllament amb el centre polític del bàndol patriota va permetre que desenvolupés les seves pròpies dinàmiques i cronologies, encara que s’integraven en el desenvolupament general de la guerra.