Instrumentació i control d'actuadors fluídics per a sistemes analítics: sistema de regulació d'una microbomba de precisió a mode de xeringa

En aquest projecte s’ha implementat un sistema de control per a les bombes microfluídiques LPVX de The Lee Company funcionant a mode de xeringa. El sistema consisteix en un circuit controlador basat en el microxip UDN 296 B de Allegro MicroSystems, que conté dos Ponts en H per a controlar motors pas a pas i dos mòduls de Modulació d’Amplada de Polsos (PWM), governat a partir d’un programa de control com a instrument virtual dissenyat sota l’entorn LabVIEW. El programa de control permet indicar la quantitat de volum a aspirar o dispensar per la bomba i escollir entre una execució simple o una de continuada, podent-ne controlar en aquest segona opció el temps entre execució i execució. El programa també permet visualitzar el procés mitjançant la obtenció de la imatge d’una webcam amb DirectShow. Finalment també permet el control remot de l’Instrument Virtual a través de la xarxa d’Internet.

GSVA: gene set variation analysis for microarray and RNA-seq data

Gene set enrichment (GSE) analysis is a popular framework for condensing information from gene expression profiles into a pathway or signature summary. The strengths of this approach over single gene analysis include noise and dimension reduction, as well as greater biological interpretability. As molecular profiling experiments move beyond simple case-control studies, robust and flexible GSE methodologies are needed that can model pathway activity within highly heterogeneous data sets. To address this challenge, we introduce Gene Set Variation Analysis (GSVA), a GSE method that estimates variation of pathway activity over a sample population in an unsupervised manner. We demonstrate the robustness of GSVA in a comparison with current state of the art sample-wise enrichment methods. Further, we provide examples of its utility in differential pathway activity and survival analysis. Lastly, we show how GSVA works analogously with data from both microarray and RNA-seq experiments. GSVA provides increased power to detect subtle pathway activity changes over a sample population in comparison to corresponding methods. While GSE methods are generally regarded as end points of a bioinformatic analysis, GSVA constitutes a starting point to build pathway-centric models of biology. Moreover, GSVA contributes to the current need of GSE methods for RNA-seq data. GSVA is an open source software package for R which forms part of the Bioconductor project and can be downloaded at http://www.bioconductor.org.

Estimation of age- and stage-specific Catalan breast cancer survival functions using US and Catalan survival data

Background: During the last part of the 1990s the chance of surviving breast cancer increased. Changes in survival functions reflect a mixture of effects. Both, the introduction of adjuvant treatments and early screening with mammography played a role in the decline in mortality. Evaluating the contribution of these interventions using mathematical models requires survival functions before and after their introduction. Furthermore, required survival functions may be different by age groups and are related to disease stage at diagnosis. Sometimes detailed information is not available, as was the case for the region of Catalonia (Spain). Then one may derive the functions using information from other geographical areas. This work presents the methodology used to estimate age- and stage-specific Catalan breast cancer survival functions from scarce Catalan survival data by adapting the age- and stage-specific US functions. Methods: Cubic splines were used to smooth data and obtain continuous hazard rate functions. After, we fitted a Poisson model to derive hazard ratios. The model included time as a covariate. Then the hazard ratios were applied to US survival functions detailed by age and stage to obtain Catalan estimations. Results: We started estimating the hazard ratios for Catalonia versus the USA before and after the introduction of screening. The hazard ratios were then multiplied by the age- and stage-specific breast cancer hazard rates from the USA to obtain the Catalan hazard rates. We also compared breast cancer survival in Catalonia and the USA in two time periods, before cancer control interventions (USA 1975–79, Catalonia 1980–89) and after (USA and Catalonia 1990–2001). Survival in Catalonia in the 1980–89 period was worse than in the USA during 1975–79, but the differences disappeared in 1990–2001. Conclusion: Our results suggest that access to better treatments and quality of care contributed to large improvements in survival in Catalonia. On the other hand, we obtained detailed breast cancer survival functions that will be used for modeling the effect of screening and adjuvant treatments in Catalonia.

Estimation of age- and stage-specific Catalan breast cancer survival functions using US and Catalan survival data

During the last part of the 1990s the chance of surviving breast cancer increased. Changes in survival functions reflect a mixture of effects. Both, the introduction of adjuvant treatments and early screening with mammography played a role in the decline in mortality. Evaluating the contribution of these interventions using mathematical models requires survival functions before and after their introduction. Furthermore, required survival functions may be different by age groups and are related to disease stage at diagnosis. Sometimes detailed information is not available, as was the case for the region of Catalonia (Spain). Then one may derive the functions using information from other geographical areas. This work presents the methodology used to estimate age- and stage-specific Catalan breast cancer survival functions from scarce Catalan survival data by adapting the age- and stage-specific US functions. Methods: Cubic splines were used to smooth data and obtain continuous hazard rate functions. After, we fitted a Poisson model to derive hazard ratios. The model included time as a covariate. Then the hazard ratios were applied to US survival functions detailed by age and stage to obtain Catalan estimations. Results: We started estimating the hazard ratios for Catalonia versus the USA before and after the introduction of screening. The hazard ratios were then multiplied by the age- and stage-specific breast cancer hazard rates from the USA to obtain the Catalan hazard rates. We also compared breast cancer survival in Catalonia and the USA in two time periods, before cancer control interventions (USA 1975–79, Catalonia 1980–89) and after (USA and Catalonia 1990–2001). Survival in Catalonia in the 1980–89 period was worse than in the USA during 1975–79, but the differences disappeared in 1990–2001. Conclusion: Our results suggest that access to better treatments and quality of care contributed to large improvements in survival in Catalonia. On the other hand, we obtained detailed breast cancer survival functions that will be used for modeling the effect of screening and adjuvant treatments in Catalonia

Disseny d'una màquina carregadora de planxa a l'empresa Serralleria i Alumini Vilaró (S.A.V)

Les empreses sempre han buscat com optimitzar el màxim els seus recursos i ser més eficients a la hora de realitzar les tasques que li han estat encomanades. És per aquest motiu que constantment les empreses realitzen estudis i valoracions de com poder millorar dia a dia. Aquest fet no és diferenciador a l’empresa Serralleria i Alumini Vilaró (S.A.V), que dia a dia estudia com optimitzar els seus processos o de vegades introduir-ne de nous per tal d’expandir la seva oferta de serveis. L’empresa és dedica a la fabricació de peces metàl•liques el procés ja sigui només de tall i mecanitzat, plegat, soldadura, acabats en inoxidable, pintura i fins i tot embalatge pel que fa a la part productiva, respecte a la part d’oficina tècnica també ofereix serveis de desenvolupament de productes segons especificacions del client i reenginyeria de qualsevol producte, analitzant la part que és vol millorar. En l’actualitat l’empresa ha detectat una mancança que creu que es podria solucionar, el problema és que l’empresa disposa de varies màquines de tall, entre les quals hi ha una màquina de tall làser i el problema principal és que la càrrega de les planxes del calaix de magatzem a la bancada de la màquina es realitza o bé manualment o a través d’un gripper sostingut al pont grua, depenent del pes de la planxa a transportar. L’objectiu principal d’aquest treball és fer el disseny d’una màquina que permeti automatitzar el procés de transportar la planxa metàl•lica del calaix de magatzem dipositat sobre una taula mòbil a la bancada de la màquina de tall. El disseny que pretenem fer és complet començant per fer un disseny estructural de la màquina més els seus respectius càlculs, moviments que volem aconseguir, tria de components ( motors, sensors ...), elaboració d’un pressupost per poder fer una estimació i finalment la elaboració del programa de control de tota la màquina més la interacció amb la màquina a través d’una pantalla tàctil. Es a dir, el que pretenem és realitzar un projecte que puguem fabricar en la realitat utilitzant tota la informació continguda dins del mateix

Innovació empresarial en el procés de transmissió de dades mitjançant una aplicació mòbil

Disposar d’informació de qualitat, en el moment oportú i en el volum adequat és el que actualment necessiten les empreses per poder prendre decisions òptimes. L’empresa JCM Technologies no és una excepció i és en la obtenció d’informació del procés productiu de l’empresa on aquest projecte pren part. L’objectiu d’aquest projecte de final de màster ha consistit en desenvolupar un sistema capaç d’aportar a l’empresa informació sobre els resultats obtinguts durant el control de qualitat dels productes, informació de la qual no disposava. Les dades existien però no es podien convertir en informació valuosa perquè no es disposava d’un mecanisme capaç tractar-les. Per complir els objectius marcats s’ha creat un sistema format pels següents elements: una aplicació per dispositius mòbils Android, una base de dades, un nou programa pel control de la qualitat i aplicatiu servidor. L’aplicació permet obtenir i visualitzar la informació. La base de dades és on es guarda la informació que envia el programa del control de qualitat i finalment, l’aplicatiu servidor habilita la comunicació entre els diferents elements descrits. El fet que dóna valor al sistema és que tots els elements que el formen tenen la capacitat de comunicar-se entre ells mitjançant Internet. Gràcies a això, és possible obtenir informació a temps real de la producció que s’està portant a terme a qualsevol punt del món. En conclusió, cal dir que els objectius s’han complert ja que s’ha aconseguit un sistema ràpid i segur. D’aquesta manera JCM Technologies pot disposar d’una informació molt valuosa que li permet que certes decisions no siguin preses a l’atzar.

Predictors of death among patients who completed tuberculosis treatment: a population-based cohort study.

Background: Mortality among patients who complete tuberculosis (TB) treatment is still high among vulnerable populations. The objective of the study was to identify the probability of death and its predictive factors in a cohort of successfully treated TB patients. Methods: A population-based retrospective longitudinal study was performed in Barcelona, Spain. All patients who successfully completed TB treatment with culture-confirmation and available drug susceptibility testing between 1995 1997 were retrospectively followed-up until December 31, 2005 by the Barcelona TB Control Program. Socio-demographic, clinical, microbiological and treatment variables were examined. Mortality, TB Program and AIDS registries were reviewed. Kaplan-Meier and a Cox regression methods with time-dependent covariates were used for the survival analysis, calculating the hazard ratio (HR) with 95% confidence intervals (CI). Results: Among the 762 included patients, the median age was 36 years, 520 (68.2%) were male, 178 (23.4%) HIV-infected, and 208 (27.3%) were alcohol abusers. Of the 134 (17.6%) injecting drug users (IDU), 123 (91.8%) were HIV-infected. A total of 30 (3.9%) recurrences and 173 deaths (22.7%) occurred (mortality rate: 3.4/100 person-years of follow-up). The predictors of death were: age between 4160 years old (HR: 3.5; CI:2.15.7), age greater than 60 years (HR: 14.6; CI:8.924), alcohol abuse (HR: 1.7; CI:1.22.4) and HIV-infected IDU (HR: 7.9; CI:4.713.3). Conclusions: The mortality rate among TB patients who completed treatment is associated with vulnerable populations such as the elderly, alcohol abusers, and HIV-infected IDU. We therefore need to fight against poverty, and promote and develop interventions and social policies directed towards these populations to improve their survival.

Prevalencia de la infección tuberculosa y por el VIH en los usuarios de un programa de reducción de riesgos para usuarios de drogas por vía parenteral (UDVP)

FUNDAMENTO: Determinar la prevalencia de la infección tuberculosa y por el VIH, así como los factores asociados, en la población de usuarios del programa de reducción de riesgos de la ciudad de Lleida. MÉTODOS: La muestra la formaron los nuevos usuarios del programa en el período abril-junio de 1996, entre los los cuales se realizó un cuestionario para la recogida de datos de las variables: edad, sexo, resultado de la prueba de la tuberculina, vacunación BCG, conocimiento de la serología frente al VIH, ingreso en prisión y años de consumo de heroína. Se calculó la prevalencia de la infección tuberculosa y por el VIH, con el intervalo de confianza (IC) del 95%. La asociación de ambas variables con el resto de variables del estudio se determinó mediante la odds ratio (OR) y su IC del 95% . RESULTADOS: Acudieron 150 pacientes diferentes, de los cuales 45 eran nuevos usuarios. De ellos, el 80,0% eran varones, con una edad media de 31,1 años. La prevalencia de la coinfección fue del 8,9% (IC 95% 2,8-22,1). La prevalencia de la infección tuberculosa fue de 27,3% (IC 95% 12,4-43,0), siendo superior en los que tenían antecedentes de ingreso en prisión (OR=3,4; IC 95% 0,5-27,4). La prevalencia de la infección por el VIH fue del 36,1% (IC 95% 21,3-53,8), siendo superior en los que tenían una antigüedad, en el consumo de heroína, superior a los 11 años ( OR = 7,3; IC 95% 1,0-65,9). CONCLUSIONES: El antecedente de ingreso en prisión es el principal factor de riesgo de la infección tuberculosa. Los años de consumo se asocian con la infección por el VIH, especialmente a partir de los 11 años. Los programas de reducción de riesgos de nuestro país deberían realizar actividades de control de la infección tuberculosa y por VIH.

Dissemination of periodic mammography and patterns of use, by birth cohort, in Catalonia (Spain)

Background: In Catalonia (Spain) breast cancer mortality has declined since the beginning of the 1990s. The dissemination of early detection by mammography and the introduction of adjuvant treatments are among the possible causes of this decrease, and both were almost coincident in time. Thus, understanding how these procedures were incorporated into use in the general population and in women diagnosed with breast cancer is very important for assessing their contribution to the reduction in breast cancer mortality. In this work we have modeled the dissemination of periodic mammography and described repeat mammography behavior in Catalonia from 1975 to 2006. Methods: Cross-sectional data from three Catalan Health Surveys for the calendar years 1994, 2002 and 2006 was used. The dissemination of mammography by birth cohort was modeled using a mixed effects model and repeat mammography behavior was described by age and survey year. Results: For women born from 1938 to 1952, mammography clearly had a period effect, meaning that they started to have periodic mammograms at the same calendar years but at different ages. The age at which approximately 50% of the women were receiving periodic mammograms went from 57.8 years of age for women born in 1938–1942 to 37.3 years of age for women born in 1963–1967. Women in all age groups experienced an increase in periodic mammography use over time, although women in the 50–69 age group have experienced the highest increase. Currently, the target population of the Catalan Breast Cancer Screening Program, 50–69 years of age, is the group that self-reports the highest utilization of periodic mammograms, followed by the 40–49 age group. A higher proportion of women of all age groups have annual mammograms rather than biennial or irregular ones. Conclusion: Mammography in Catalonia became more widely implemented during the 1990s. We estimated when cohorts initiated periodic mammograms and how frequently women are receiving them. These two pieces of information will be entered into a cost-effectiveness model of early detection in Catalonia.

Disseny d'una màquina carregadora de planxa a l'empresa Serralleria i Alumini Vilaró (S.A.V)

Les empreses sempre han buscat com optimitzar el màxim els seus recursos i ser més eficients a la hora de realitzar les tasques que li han estat encomanades. És per aquest motiu que constantment les empreses realitzen estudis i valoracions de com poder millorar dia a dia. Aquest fet no és diferenciador a l’empresa Serralleria i Alumini Vilaró (S.A.V), que dia a dia estudia com optimitzar els seus processos o de vegades introduir-ne de nous per tal d’expandir la seva oferta de serveis. L’empresa és dedica a la fabricació de peces metàl•liques el procés ja sigui només de tall i mecanitzat, plegat, soldadura, acabats en inoxidable, pintura i fins i tot embalatge pel que fa a la part productiva, respecte a la part d’oficina tècnica també ofereix serveis de desenvolupament de productes segons especificacions del client i reenginyeria de qualsevol producte, analitzant la part que és vol millorar. En l’actualitat l’empresa ha detectat una mancança que creu que es podria solucionar, el problema és que l’empresa disposa de varies màquines de tall, entre les quals hi ha una màquina de tall làser i el problema principal és que la càrrega de les planxes del calaix de magatzem a la bancada de la màquina es realitza o bé manualment o a través d’un gripper sostingut al pont grua, depenent del pes de la planxa a transportar. L’objectiu principal d’aquest treball és fer el disseny d’una màquina que permeti automatitzar el procés de transportar la planxa metàl•lica del calaix de magatzem dipositat sobre una taula mòbil a la bancada de la màquina de tall. El disseny que pretenem fer és complet començant per fer un disseny estructural de la màquina més els seus respectius càlculs, moviments que volem aconseguir, tria de components ( motors, sensors ...), elaboració d’un pressupost per poder fer una estimació i finalment la elaboració del programa de control de tota la màquina més la interacció amb la màquina a través d’una pantalla tàctil. Es a dir, el que pretenem és realitzar un projecte que puguem fabricar en la realitat utilitzant tota la informació continguda dins del mateix

Innovació empresarial en el procés de transmissió de dades mitjançant una aplicació mòbil

Disposar d’informació de qualitat, en el moment oportú i en el volum adequat és el que actualment necessiten les empreses per poder prendre decisions òptimes. L’empresa JCM Technologies no és una excepció i és en la obtenció d’informació del procés productiu de l’empresa on aquest projecte pren part. L’objectiu d’aquest projecte de final de màster ha consistit en desenvolupar un sistema capaç d’aportar a l’empresa informació sobre els resultats obtinguts durant el control de qualitat dels … [+]productes, informació de la qual no disposava. Les dades existien però no es podien convertir en informació valuosa perquè no es disposava d’un mecanisme capaç tractar-les. Per complir els objectius marcats s’ha creat un sistema format pels següents elements: una aplicació per dispositius mòbils Android, una base de dades, un nou programa pel control de la qualitat i aplicatiu servidor. L’aplicació permet obtenir i visualitzar la informació. La base de dades és on es guarda la informació que envia el programa del control de qualitat i finalment, l’aplicatiu servidor habilita la comunicació entre els diferents elements descrits. El fet que dóna valor al sistema és que tots els elements que el formen tenen la capacitat de comunicar-se entre ells mitjançant Internet. Gràcies a això, és possible obtenir informació a temps real de la producció que s’està portant a terme a qualsevol punt del món. En conclusió, cal dir que els objectius s’han complert ja que s’ha aconseguit un sistema ràpid i segur. D’aquesta manera JCM Technologies pot disposar d’una informació molt valuosa que li permet que certes decisions no siguin preses a l’atzar.

Genetic Variation in the TP53 Pathway and Bladder Cancer Risk. A Comprehensive Analysis

Introduction: Germline variants in TP63 have been consistently associated with several tumors, including bladder cancer, indicating the importance of TP53 pathway in cancer genetic susceptibility. However, variants in other related genes, including TP53 rs1042522 (Arg72Pro), still present controversial results. We carried out an in depth assessment of associations between common germline variants in the TP53 pathway and bladder cancer risk. Material and Methods: We investigated 184 tagSNPs from 18 genes in 1,058 cases and 1,138 controls from the Spanish Bladder Cancer/EPICURO Study. Cases were newly-diagnosed bladder cancer patients during 1998–2001. Hospital controls were age-gender, and area matched to cases. SNPs were genotyped in blood DNA using Illumina Golden Gate and TaqMan assays. Cases were subphenotyped according to stage/grade and tumor p53 expression. We applied classical tests to assess individual SNP associations and the Least Absolute Shrinkage and Selection Operator (LASSO)-penalized logistic regression analysis to assess multiple SNPs simultaneously. Results: Based on classical analyses, SNPs in BAK1 (1), IGF1R (5), P53AIP1 (1), PMAIP1 (2), SERINPB5 (3), TP63 (3), and TP73 (1) showed significant associations at p-value#0.05. However, no evidence of association, either with overall risk or with specific disease subtypes, was observed after correction for multiple testing (p-value$0.8). LASSO selected the SNP rs6567355 in SERPINB5 with 83% of reproducibility. This SNP provided an OR = 1.21, 95%CI 1.05–1.38, p-value = 0.006, and a corrected p-value = 0.5 when controlling for over-estimation. Discussion: We found no strong evidence that common variants in the TP53 pathway are associated with bladder cancer susceptibility. Our study suggests that it is unlikely that TP53 Arg72Pro is implicated in the UCB in white Europeans. SERPINB5 and TP63 variation deserve further exploration in extended studies.

Calidad de vida y cáncer de próstata: un programa progresivo de fuerza-resistencia = Quality of life and prostate cancer: a progressive resistance strength program

This article presents the design and implementation of a progressive resistance strength program adapted to prostate cancer. The initial model corresponds to the guide of the American College Sports Medicine Position Stand (ACSM, 2009). This program includes the most habitual symptoms related to the illness and its treatments. The study design is quasi-experimental. The sample is 33 subjects in treatment phase. Study variables are tumour classification TNM, anthropometric measures, resistance strength, hypertension, fatigue, incontinence, pain and quality of life. After 24 weeks a significant improvement on resistance strength capacity is observed. This result is more consistent in lower extremities. Also improves hypertension, urinary incontinence, pain and quality of life. As conclusion, the improvement of the quality of life is mediated by the functional and physical capacity of the ill person

Estimation of lung cancer diagnosis and treatment costs based on a patient-level analysis in Catalonia (Spain)

Background: Assessing of the costs of treating disease is necessary to demonstrate cost-effectiveness and to estimate the budget impact of new interventions and therapeutic innovations. However, there are few comprehensive studies on resource use and costs associated with lung cancer patients in clinical practice in Spain or internationally. The aim of this paper was to assess the hospital cost associated with lung cancer diagnosis and treatment by histology, type of cost and stage at diagnosis in the Spanish National Health Service. Methods: A retrospective, descriptive analysis on resource use and a direct medical cost analysis were performed. Resource utilisation data were collected by means of patient files from nine teaching hospitals. From a hospital budget impact perspective, the aggregate and mean costs per patient were calculated over the first three years following diagnosis or up to death. Both aggregate and mean costs per patient were analysed by histology, stage at diagnosis and cost type. Results: A total of 232 cases of lung cancer were analysed, of which 74.1% corresponded to non-small cell lung cancer (NSCLC) and 11.2% to small cell lung cancer (SCLC); 14.7% had no cytohistologic confirmation. The mean cost per patient in NSCLC ranged from 13,218 Euros in Stage III to 16,120 Euros in Stage II. The main cost components were chemotherapy (29.5%) and surgery (22.8%). Advanced disease stages were associated with a decrease in the relative weight of surgical and inpatient care costs but an increase in chemotherapy costs. In SCLC patients, the mean cost per patient was 15,418 Euros for limited disease and 12,482 Euros for extensive disease. The main cost components were chemotherapy (36.1%) and other inpatient costs (28.7%). In both groups, the Kruskall-Wallis test did not show statistically significant differences in mean cost per patient between stages. Conclusions: This study provides the costs of lung cancer treatment based on patient file reviews, with chemotherapy and surgery accounting for the major components of costs. This cost analysis is a baseline study that will provide a useful source of information for future studies on cost-effectiveness and on the budget impact of different therapeutic innovations in Spain.