Coffee polyphenols change the expression of STAT5b and ATF-2 modifying cyclin D1 levels in cancer cells

Background: Epidemiological studies suggest that coffee consumption reduces the risk of cancer, but the molecular mechanisms of its chemopreventive effects remain unknown. Objective: To identify differentially expressed genes upon incubation of HT29 colon cancer cells with instant caffeinated coffee (ICC) or caffeic acid (CA) using whole genome microarrays. Results: ICC incubation of HT29 cells caused the overexpression of 57 genes and the underexpression of 161, while CA incubation induced the overexpression of 12 genes and the underexpression of 32. Using Venn-Diagrams, we built a list of five overexpressed genes and twelve underexpressed genes in common between the two experimental conditions. This list was used to generate a biological association network in which STAT5B and ATF-2 appeared as highly interconnected nodes. STAT5B overexpression was confirmed at the mRNA and protein levels. For ATF-2, the changes in mRNA levels were confirmed for both ICC and CA, whereas the decrease in protein levels was only observed in CA-treated cells. The levels of cyclin D1, a target gene for both STAT5B and ATF-2, were dowregulated by CA in colon cancer cells and by ICC and CA in breast cancer cells. Conclusions: Coffee polyphenols are able to affect cyclin D1 expression in cancer cells through the modulation of STAT5B and ATF-2.

Alineamiento múltiple de secuencias con T-Coffee: una aproximación paralela

Las aplicaciones de alineamiento múltiple de secuencias son prototipos de aplicaciones que requieren elevada potencia de cómputo y memoria. Se destacan por la relevancia científica que tienen los resultados que brindan a investigaciones científicas en el campo de la biomedicina, genética y farmacología. Las aplicaciones de alineamiento múltiple tienen la limitante de que no son capaces de procesar miles de secuencias, por lo que se hace necesario crear un modelo para resolver la problemática. Analizando el volumen de datos que se manipulan en el área de las ciencias biológica y la complejidad de los algoritmos de alineamiento de secuencias, la única vía de solución del problema es a través de la utilización de entornos de cómputo paralelos y la computación de altas prestaciones. La investigación realizada por nosotros tiene como objetivo la creación de un modelo paralelo que le permita a los algoritmos de alineamiento múltiple aumentar el número de secuencias a procesar, tratando de mantener la calidad en los resultados para garantizar la precisión científica. El modelo que proponemos emplea como base la clusterización de las secuencias de entrada utilizando criterios biológicos que permiten mantener la calidad de los resultados. Además, el modelo se enfoca en la disminución del tiempo de cómputo y consumo de memoria. Para presentar y validar el modelo utilizamos T-Coffee, como plataforma de desarrollo e investigación. El modelo propuesto pudiera ser aplicado a cualquier otro algoritmo de alineamiento múltiple de secuencias.

Developing and evaluating a pictogram-based Instant Messaging service for individuals with cognitive disabilities

Information and communication technologies pose accessibility problems to people with disabilities because its design fails to take into account their communication and usability requirements. The impossibility to access the services provided by these technologies creates a situation of exclusion that reduces the self-suficiency of disabled individuals and causes social isolation, which in turn diminishes their overall quality of life. Considering the importance of these technologies and services in our society, we have developed a pictogram-based Instant Messaging service for individuals with cognitive disabilities who have reading and writing problems. Along the paper we introduce and discuss the User Centred Design methodology that we have used to develop and evaluate the pictogram-based Instant Messaging service and client with individuals with cognitive disabilities taking into account their communication and usability requirements. From the results obtained in the evaluation process we can state that individuals with cognitive disabilities have been able to use the pictogram-based Instant Messaging service and client to communicate with their relatives and acquaintances, thus serving as a tool to help reducing their social and digital exclusion situation.

Improving the organisation and commercialisation of small coffee and cocoa producers in the Northern Amazon Region of Ecuador

Coffee and cocoa represent the main sources of income for small farmers in the Northern Amazon Region of Ecuador. The provinces of Orellana and Sucumbios, as border areas, have benefited from investments made by many public and private institutions. Many of the projects carried out in the area have been aimed at energising the production of coffee and cocoa, strengthening the producers’ associations and providing commercialisation infrastructure. Improving the quality of life of this population threatened by poverty and high migration flows mainly from Colombia is a significant challenge. This paper presents research highlighting the importance of associative commercialisation to raising income from coffee and cocoa. The research draws on primary information obtained during field work, and from official information from the Ministry of Agriculture. The study presents an overview of current organisational structures, initiatives of associative commercialisation, stockpiling of infrastructure and ownership regimes, as well as estimates for both ‘robusta’ coffee and national cocoa production and income. The analysis of the main constraints presents different alternatives for the implementation of public land policies. These policies are aimed at mitigating the problems associated with the organisational structure of the producers, with processes of commercialisation and with environmental aspects, among others.

A user-friendly web portal for T-Coffee on supercomputers

Background: Parallel T-Coffee (PTC) was the first parallel implementation of the T-Coffee multiple sequence alignment tool. It is based on MPI and RMA mechanisms. Its purpose is to reduce the execution time of the large-scale sequence alignments. It can be run on distributed memory clusters allowing users to align data sets consisting of hundreds of proteins within a reasonable time. However, most of the potential users of this tool are not familiar with the use of grids or supercomputers. Results: In this paper we show how PTC can be easily deployed and controlled on a super computer architecture using a web portal developed using Rapid. Rapid is a tool for efficiently generating standardized portlets for a wide range of applications and the approach described here is generic enough to be applied to other applications, or to deploy PTC on different HPC environments. Conclusions: The PTC portal allows users to upload a large number of sequences to be aligned by the parallel version of TC that cannot be aligned by a single machine due to memory and execution time constraints. The web portal provides a user-friendly solution.

T-Coffee: a web server for the multiple sequence alignment of protein and RNA sequences using structural information and homology extension

This article introduces a new interface for T-Coffee, a consistency-based multiple sequence alignment program. This interface provides an easy and intuitive access to the most popular functionality of the package. These include the default T-Coffee mode for protein and nucleic acid sequences, the M-Coffee mode that allows combining the output of any other aligners, and template-based modes of T-Coffee that deliver high accuracy alignments while using structural or homology derived templates. These three available template modes are Expresso for the alignment of protein with a known 3D-Structure, R-Coffee to align RNA sequences with conserved secondary structures and PSI-Coffee to accurately align distantly related sequences using homology extension. The new server benefits from recent improvements of the T-Coffee algorithm and can align up to 150 sequences as long as 10 000 residues and is available from both http://www.tcoffee.org and its main mirror http://tcoffee.crg.cat.

Estudi de casos pel control de síntesi d’instruments musicals virtuals mitjançant la veu cantada

Report for the scientific sojourn carried out at the Music Technology Area (Sound Processing and Control Lab), Faculty of Music, McGill University, Montreal, Canada, from October to December 2005.The aim of this research is to study the singing voice for controlling virtual musical instrument synthesis. It includes analysis and synthesis algorithms based on spectral audio processing. After digitalising the acoustic voice signal in the computer, a number of expressive descriptors of the singer are extracted. This process is achieved synchronously, thus all the nuance of the singer performance have been tracked. In a second stage, the extracted parameters are mapped to a sound synthesizer, the so-called digital musical instruments. In order achieve it, several tests with music students of the Faculty of Music, McGill University have been developed. These experiments have contributed to evaluate the system and to derive new control strategies to integrate: clarinet synthesis, bass guitar, visual representation of voice signals.

El marketing experiencial en espais i botigues de Barcelona

Des de la perspectiva del brand management, el present treball pretén demostrar que una incoherent aplicació del marketing experiencial en entorns espacials pot contribuir a malmetre la construcció de la marca. Per corroborar la hipòtesi, el treball consta d’una una part teòrica, on s’aborda des de la marca fins al marketing experiencial, i una part pràctica en què s’exposa l’anàlisi de cinc entorns espacials de la ciutat de Barcelona: Nespresso, IceBarcelona, Pans&Company, Sephora i Starbucks Coffee.

Missatgeria Instantània : Amb el suport de LaCOLLA

L'objectiu primari del projecte recau en la capacitat de connectar dos nodes amb connexió a xarxa, tant si és una simple LAN com si es tracta d'Internet, i fer possible d'establir-hi una comunicació bidireccional emprant el concepte de missatgeria instantània. L'objectiu secundari consisteix a estudiar el motor de comunicació distribuïda que ofereix LaCOLLA, i també la connexió de l'aplicació desenvolupada amb aquesta solució a fi d'emprar-la com a suport de comunicació.

Missatgeria instantània usant els recursos dels membres d'una xarxa col·laborativa distribuïda descentralitzada

El projecte consisteix a implementar una aplicació de missatgeria instantània a l'estil de les tradicionals que es fan servir a Internet, però sobre una infraestructura P2P anomenada LaColla, que és una implementació d'una xarxa distribuïda col·laborativa descentralitzada orientada a grups.

Chat seguro

L'objectiu d'aquest projecte ha estat elaborar una aplicació, un sistema xat o missatgeria instantània, que implementés tècniques criptogràfiques per a l'intercanvi segur d'informació punt per punt.

JBother per a LaColla

La tasca realitzada consisteix en la implementació d'una aplicació de missategria instantània (IM) a l'estil d'altres aplicacions tipus jabber o Messenger. A diferència d'aquestes però, l'aplicació serà totalment descentralitzada i ha d'utilitzar LaCOLLA.

Xat segur

L'objectiu d'aquest treball de final de carrera és crear un programari de missatgeria instantània deslligada de qualsevol servidor, de manera que cada usuari tingui un programa client/servidor amb el qual pugui rebre 'trucades' o fer-ne, en aquest últim cas indicant prèviament l'adreça IP del destinatari.

Sistema de missatgeria instantània punt a punt mitjançant xifrat per intercanvi de clau de sessió

L'objectiu del projecte es crear una aplicació de missatgeria instantània punt a punt de l'estil de ICQ o MSN Messenger amb la particularietat que la informació viatgi xifrada. D'aquesta manera els participants a la comunicació generaran automàticament una clan de cessió amb la que es xifraran els missatges que intercanvien.

VoWiFi & IM : Comunicaciones móviles en la red global

El principal objectiu d'aquest projecte és l'estudi de la tecnologia ViWiFi tant des del punt de vista de la seva base tècnica com de les seves possibles aplicacions actuals i futures, especialment referent a la integració de serveis addicionals com la missatgeria instantània. Una vegada analitzats els conceptes teòrics es realitza un estudi de les principals eines de codi obert que permeten implementar aquest tipus de plataformes, per a finalment concloure amb la instal·lació pràctica d'una plataforma de laboratori.