Evaluation of the chicken transcriptome by SAGE of B cells and the DT40 cell line

Background: The understanding of whole genome sequences in higher eukaryotes depends to a large degree on the reliable definition of transcription units including exon/intron structures, translated open reading frames (ORFs) and flanking untranslated regions. The best currently available chicken transcript catalog is the Ensembl build based on the mappings of a relatively small number of full length cDNAs and ESTs to the genome as well as genome sequence derived in silico gene predictions.Results: We use Long Serial Analysis of Gene Expression (LongSAGE) in bursal lymphocytes and the DT40 cell line to verify the quality and completeness of the annotated transcripts. 53.6% of the more than 38,000 unique SAGE tags (unitags) match to full length bursal cDNAs, the Ensembl transcript build or the genome sequence. The majority of all matching unitags show single matches to the genome, but no matches to the genome derived Ensembl transcript build. Nevertheless, most of these tags map close to the 3' boundaries of annotated Ensembl transcripts.Conclusions: These results suggests that rather few genes are missing in the current Ensembl chicken transcript build, but that the 3' ends of many transcripts may not have been accurately predicted. The tags with no match in the transcript sequences can now be used to improve gene predictions, pinpoint the genomic location of entirely missed transcripts and optimize the accuracy of gene finder software.

Estudi energètic de les llars del barri de Haër (Senegal)

En el present estudi s’han analitzat quines són les fonts energètiques utilitzades a les llars de Haër, així com les repercussions que aquestes tenen sobre el medi natural i socioeconòmic de les famílies. Per tal de poder identificar quines són aquestes fonts i els seus efectes, s’ha realitzat un inventari i una diagnosi energètica. S’ha estudiat l’ús de l’energia en dos àmbits domèstics principals: la il·luminació i el cuinat, analitzant la freqüència d’ús i quantificant el consum energètic familiar. Les fonts energètiques detectades són: llenya, carbó, gas, querosè, piles i espelmes, de les quals, la llenya, el querosè i el carbó són les majoritàriament utilitzades. El consum energètic per càpita és de 2.100 kWh/any. Per altra banda, l’obtenció d’algunes d’aquestes fonts energètiques, suposen un cost econòmic molt elevat per les economies familiars, arribant a suposar un 60% dels ingressos. A partir de les dades obtingudes a la diagnosi, s’ha aplicat un indicador per tal de quantificar la magnitud de l’impacte sobre el medi produït pel model energètic seguit dins de les llars. L’indicador estudiat ha estat la petjada energètica, amb la qual s’ha traduït aquest consum en unitats de superfície biològicament productiva, requerida per absorbir el CO2 emès. El resultat ha estat que una persona produeix anualment 2,09·10-2 tCO2, que requereix de 7,53·10-3 gha/persona de superfície forestal per ser absorbides. S’ha comparat aquest resultat amb la petjada energètica domèstica calculada pel poble d’Araós, el qual, amb un model energètic totalment diferent, té una petjada energètica de 1,53 gha/persona. Un cop detectats els problemes o impactes causats pel model energètic actual, es proposa una alternativa energètica per tal de reemplaçar algunes fonts convencionals, principalment el querosè dels quinqués. Així doncs, mitjançant l’aprofitament de l’energia solar, es plantegen dos models fotovoltaics adaptats a dues tipologies de llars diferents, amb l’objectiu de minimitzar el cost i optimitzar els recursos energètics. Finalment es planteja una solució financera per abordar el cost inicial de la instal·lació solar.

The ethnography of study abroad: what is study abroad as a cultural event?

Recent research in the field of study abroad shows that study abroad participation among all U.S. students increased 20% since 2001 and nearly 200,000 U.S. students currently go abroad each year. Additionally, about 8% of all undergraduate degree recipients receive part of their education abroad. Although quantitative studies have dominated research on study abroad, my research project calls for a qualitative approach since the goal is to understand what study abroad is as a cultural event, what authentic cultural immersion is, how program stakeholders understand and perceive cultural immersion, and how cultural immersion in programs can be improved. Following the tradition of ethnographic and case study approaches in study abroad research, my study also pivots on ethnography. As an ethnographer I collected data mainly through participant observation, semi-structured interviews, and document analysis. The study abroad participants were a group of undergraduate native speakers of English studying Spanish for seven weeks in Cádiz, a small costal city in southern Spain, as well as program coordinators, host community members, and professors. I also examined the specific program design features, particularly the in-class and out-of-class activities that students participated in. The goal was to understand if these features were conducive to authentic immersion in the language and culture. Eventually, I elaborated an ethnographic evaluation of the study abroad program and its design features suggesting improvements in order to enhance the significance and value of study abroad as a cultural event. Among other things, I discussed the difficulties that students had at the beginning of their sojourn to understand local people, get used to their host families’ small apartments, get adjusted to new schedules and eating habits, and venture out from the main group to individually explore the new social and cultural fabric and interact with the host community. The program evaluation revealed the need for carefully-designed pre-departure preparation sessions, pre-departure credit-bearing courses in intercultural communication, and additional language practice abroad and opportunities to come in contact with the local community through internships, volunteer or field work. My study gives an important contribution in study abroad research and education. It benefits students, teachers, and study abroad directors and coordinators in suggesting ideas on how to improve the program and optimize the students’ cultural experiences abroad. This study is also important because it investigated how US undergraduate learners studying the Spanish language and culture approach and perceive the study abroad experience in Spain.

Gestió d'una cooperativa de taxis emprant tecnologies Java

En aquest treball de final de carrera es proposa la creació d'un sistema per a gestionar d'una manera molt més eficaç els processos de treball d'una cooperativa de taxis, mitjançant la instal·lació d'equips GPS en els taxis i la implementació d'eines informàtiques que automatitzin i optimitzin el procés de designació.

Descripció de la tipologia d'usuaris derivats al servei de Teràpia Ocupacional Domiciliària a la comarca d'Osona: estudi descriptiu preliminar

Introducció Aquest treball, aborda l'atenció domiciliaria a les persones amb dependència des de la perspectiva de la teràpia ocupacional a la comarca d’Osona. Conèixer aquesta tipologia de persones i la seva problemàtica, ha de servir per adaptar les infraestructures d’aquests serveis a fi de donar millor resposta a les seves necessitats. Objectiu Descriure la tipologia d'usuaris que es deriven al servei de Teràpia Ocupacional Domiciliària a la comarca d'Osona Metodologia S'ha realitzat un estudi descriptiu preliminar d'una mostra (n=65) de usuaris de la base de dades del Banc D'ajudes Tècniques (BAT Osona) del Consell Comarcal d'Osona. En aquest estudi s'han analitzat les variables de sexe, edat, nivell funcional, diagnòstic, situació familiar, agents derivadors, motius de derivació i problemàtica principal detectada. Resultats S'indica un perfil femení de la mostra (72,09%), amb una mitjana d'edat de 74,41 anys. A nivell funcional, la mitjana de puntuació ha estat de 65 punts en l'Ìndex de Barthel, en persones amb patologia osteoarticular en el 18,60% dels casos. La situació familiar situa un perfil compartit de persones que viuen en família (41,86%) o soles (39,53%). En les derivacions al servei, el 58,13% dels casos es fa des dels Ajuntaments i per dificultats en el quarto de bany (46,51%). La problemàtica més detectada en aquests domicilis és la dificultat per l'accés a la banyera (67,40%). Conclusió Aquests resultats ens indiquen una clara tipologia de persones que s’han d’atendre i unes problemàtiques en la seva vivenda que provoquen serioses dificultats de desenvolupament funciona. Es precís, en futures investigacions acotar encara més aquets perfils i problemàtiques a fi de precisar les estratègies d’intervenció i optimitzar millor aquest tipus de recursos.

Mentoría para fomentar el éxito socioeducativo de jóvenes peruanos residentes en Barcelona

El programa de mentoría propuesto, toma como punto de partida la actual situación académica y social de jóvenes peruanos residentes en Barcelona y cercanías. Diversos estudios señalan la existencia de un alto índice de abandono escolar en Catalunya, así como un bajo rendimiento escolar que afecta principalmente a estudiantes extranjeros. El objetivo general es fomentar y optimizar la adecuada escolarización de jóvenes peruanos de entre 12 y 20 años. A través de procesos de mentoría y voluntariado se pretenden mejorar sus competencias escolares y sociales favoreciendo la creación de modelos de referencia positivos para los jóvenes en riesgo, así como espacios de aprendizaje, intercambio y acercamiento que fomenten la integración y la cohesión social entre las comunidades extranjera y autóctona. Para la realización del programa se prevé optimizar los recursos ya existentes, como los puntos de información juvenil y los centros de Asesoramiento Académica para jóvenes (CAAJ) y por otro lado se cuenta con la colaboración del Consulado General del Perú en Barcelona y de la escuela Virolai de Barcelona

Multiway Array Decomposition Analysis of EEGs in Alzheimer’s Disease

Methods for the extraction of features from physiological datasets are growing needs as clinical investigations of Alzheimer’s disease (AD) in large and heterogeneous population increase. General tools allowing diagnostic regardless of recording sites, such as different hospitals, are essential and if combined to inexpensive non-invasive methods could critically improve mass screening of subjects with AD. In this study, we applied three state of the art multiway array decomposition (MAD) methods to extract features from electroencephalograms (EEGs) of AD patients obtained from multiple sites. In comparison to MAD, spectral-spatial average filter (SSFs) of control and AD subjects were used as well as a common blind source separation method, algorithm for multiple unknown signal extraction (AMUSE). We trained a feed-forward multilayer perceptron (MLP) to validate and optimize AD classification from two independent databases. Using a third EEG dataset, we demonstrated that features extracted from MAD outperformed features obtained from SSFs AMUSE in terms of root mean squared error (RMSE) and reaching up to 100% of accuracy in test condition. We propose that MAD maybe a useful tool to extract features for AD diagnosis offering great generalization across multi-site databases and opening doors to the discovery of new characterization of the disease.

Disseny d'un sistema de control del consum d'aigua automàtic

Avui en dia s’ha convertit en una necessitat tenir cura del medi ambient i optimitzar els recursos naturals. En el camp per estalviar energia s’han fet grans progressos i disposem d’un gran ventall de dispositius que ens ajuden i ens faciliten l’optimització del consum d’energia. Però és una realitat que en l’estalvi del consum d’aigua el progrés ha estat molt menor i es limita molt a donar consells i repartir dosificadors d’aigua. Qui no ha vist carrers o jardins o cases inundades amb milers de litres d’aigua? Aquesta realitat m’ha portat a dissenyar i desenvolupar un prototip que em permeti tenir un millor control del consum d’aigua. El prototip, a trets principals, consta d’un sensor, una electrovàlvula i una placa Arduino Atmega. El sensor ens permet mesurar els litres consumits durant un cert període de temps. Passat aquest temps de mostreig es compara els litres consumits amb el consum habitual, en aquell període de temps. En cas de sobrepassar el volum programat es tancarà l’electrovàlvula de forma automàtica i rebrem un SMS al telèfon. L’activació de l’alarma es pot ajustar que sigui al igualar-se els dos valors, litres programats i litres consumits. També es pot programar el percentatge que cal sobrepassar de litres consumits per activar l’alarma, com el temps de mostreig. El fet de poder programar tots aquests valors ens permet fer un ajust ideal per a la instal·lació que es vol tenir controlada. A més, el prototip es pot utilitzar per enviar a la companyia d’aigua el valor del comptador de forma automàtica. D’aquesta forma la companyia d’aigua també optimitza recursos estalviant-se el desplaçament de personal a la instal·lació per fer la lectura corresponent. El prototip està basat amb un Arduino Atmega que ens permet el processament de les dades programades i capturades pel sensor. També s’ha incorporat una pantalla TFT Touch 2’8”, que permet visualitzar i programar els valors d’una forma molt més intuïtiva. Per enviar els SMS s’utilitza una placa d’Arduino Cel·lular Shield - SM5100B, a la qual només cal afegir una targeta SIM. A priori, el prototip té un elevat cost al fabricar una sola unitat i pot semblar poc útil. Però ens pot estalviar alguna sorpresa en les factures d’aigua si tenim una fuita i no ens n’adonem fins a veure el rebut de la companyia. Si es fabriqués a grans quantitats es podria abaratir el preu i fer-lo encara més engrescador.

Pla de gestió de senglars (Sus scrofa) en zones altament antropitzades. Parc Natural de la Serra de Collserola

By studying documents that define the species, as management experiences in Spain and the rest of the world, we have designed a new management plan. This Plan incorporates guidelines for cooperation and networking, as the newest techniques and technologies in the field of wildlife management. During this project, has highlighted the need for a protocol to monitor the effects caused by the animals, in order to define and optimize the actions and resources to use.

Saccharomyces cerevisiae as a model organism: a comparative study

Background: Model organisms are used for research because they provide a framework on which to develop and optimize methods that facilitate and standardize analysis. Such organisms should be representative of the living beings for which they are to serve as proxy. However, in practice, a model organism is often selected ad hoc, and without considering its representativeness, because a systematic and rational method to include this consideration in the selection process is still lacking. Methodology/Principal Findings: In this work we propose such a method and apply it in a pilot study of strengths and limitations of Saccharomyces cerevisiae as a model organism. The method relies on the functional classification of proteins into different biological pathways and processes and on full proteome comparisons between the putative model organism and other organisms for which we would like to extrapolate results. Here we compare S. cerevisiae to 704 other organisms from various phyla. For each organism, our results identify the pathways and processes for which S. cerevisiae is predicted to be a good model to extrapolate from. We find that animals in general and Homo sapiens in particular are some of the non-fungal organisms for which S. cerevisiae is likely to be a good model in which to study a significant fraction of common biological processes. We validate our approach by correctly predicting which organisms are phenotypically more distant from S. cerevisiae with respect to several different biological processes. Conclusions/Significance: The method we propose could be used to choose appropriate substitute model organisms for the study of biological processes in other species that are harder to study. For example, one could identify appropriate models to study either pathologies in humans or specific biological processes in species with a long development time, such as plants.

Hepatocyte nuclear factor 4alpha transactivates the mitochondrial alanine aminotransferase gene in the kidney of Sparus aurata

Alanine aminotransferase (ALT) plays an important role in amino acid metabolism and gluconeogenesis. The preference of carnivorous fish for protein amino acids instead of carbohydrates as a source of energy lead us to study the transcriptional regulation of the mitochondrial ALT (mALT) gene and to characterize the enzyme kinetics and modulation of mALT expression in the kidney of gilthead sea bream (Sparus aurata) under different nutritional and hormonal conditions. 5′-Deletion analysis of mALT promoter in transiently transfected HEK293 cells, site-directed mutagenesis and electrophoretic mobility shift assays allowed us to identify HNF4α as a new factor involved in the transcriptional regulation of mALT expression. Quantitative RT-PCR assays showed that starvation and the administration of streptozotocin (STZ) decreased HNF4α levels in the kidney of S. aurata, leading to the downregulation of mALT transcription. Analysis of the tissue distribution showed that kidney, liver, and intestine were the tissues with higher mALT and HNF4α expression. Kinetic analysis indicates that mALT enzyme is more efficient in catalyzing the conversion of L-alanine to pyruvate than the reverse reaction. From these results, we conclude that HNF4α transactivates the mALT promoter and that the low levels of mALT expression found in the kidney of starved and STZ-treated fish result from a decreased expression of HNF4α. Our findings suggest that the mALT isoenzyme plays a major role in oxidazing dietary amino acids, and points to ALT as a target for a biotechnological action to spare protein and optimize the use of dietary nutrients for fish culture.

Descripció de la tipologia d'usuaris derivats al servei de Teràpia Ocupacional Domiciliària a la comarca d'Osona: estudi descriptiu preliminar

Introducció Aquest treball, aborda l'atenció domiciliaria a les persones amb dependència des de la perspectiva de la teràpia ocupacional a la comarca d’Osona. Conèixer aquesta tipologia de persones i la seva problemàtica, ha de servir per adaptar les infraestructures d’aquests serveis a fi de donar millor resposta a les seves necessitats. Objectiu Descriure la tipologia d'usuaris que es deriven al servei de Teràpia Ocupacional Domiciliària a la comarca d'Osona Metodologia S'ha realitzat un estudi descriptiu preliminar d'una mostra (n=65) de usuaris de la base de dades del Banc D'ajudes Tècniques (BAT Osona) del Consell Comarcal d'Osona. En aquest estudi s'han analitzat les variables de sexe, edat, nivell funcional, diagnòstic, situació familiar, agents derivadors, motius de derivació i problemàtica principal detectada. Resultats S'indica un perfil femení de la mostra (72,09%), amb una mitjana d'edat de 74,41 anys. A nivell funcional, la mitjana de puntuació ha estat de 65 punts en l'Ìndex de Barthel, en persones amb patologia osteoarticular en el 18,60% dels casos. La situació familiar situa un perfil compartit de persones que viuen en família (41,86%) o soles (39,53%). En les derivacions al servei, el 58,13% dels casos es fa des dels Ajuntaments i per dificultats en el quarto de bany (46,51%). La problemàtica més detectada en aquests domicilis és la dificultat per l'accés a la banyera (67,40%). Conclusió Aquests resultats ens indiquen una clara tipologia de persones que s’han d’atendre i unes problemàtiques en la seva vivenda que provoquen serioses dificultats de desenvolupament funciona. Es precís, en futures investigacions acotar encara més aquets perfils i problemàtiques a fi de precisar les estratègies d’intervenció i optimitzar millor aquest tipus de recursos.

Free and fragmenting filling length

The filling length of an edge-circuit η in the Cayley 2-complex of a finite presentation of a group is the minimal integer length L such that there is a combinatorial null-homotopy of η down to a base point through loops of length at most L. We introduce similar notions in which the full-homotopy is not required to fix a base point, and in which the contracting loop is allowed to bifurcate. We exhibit a group in which the resulting filling invariants exhibit dramatically different behaviour to the standard notion of filling length. We also define the corresponding filling invariants for Riemannian manifolds and translate our results to this setting.

Operator expansion: definition and molecular integral applications

Es defineix l'expansió general d'operadors com una combinació lineal de projectors i s'exposa la seva aplicació generalitzada al càlcul d'integrals moleculars. Com a exemple numèric, es fa l'aplicació al càlcul d'integrals de repulsió electrònica entre quatre funcions de tipus s centrades en punts diferents, i es mostren tant resultats del càlcul com la definició d'escalat respecte a un valor de referència, que facilitarà el procés d'optimització de l'expansió per uns paràmetres arbitraris. Es donen resultats ajustats al valor exacte

The suitability of steam exploded vitis vinifera and alkaline lignin for the manufacture of fiberboard

The main objective of this study was to explore the suitability of Vitis vinifera as a raw material and alkaline lignin as a natural binder for fiberboard manufacturing. In the first step, Vitis vinifera was steam- exploded through a thermo-mechanical vapor process in a batch reactor, and the obtained pulp was dried, ground, and pressed to produce the boards. The effects of pretreatment factors and pressing conditions on the chemical composition of the fibers and the physico-mechanical properties of binderless fiberboards were evaluated, and the conditions that optimize these properties were found. A response surface method based on a central composite design and multiple-response optimization was used. The variables studied and their respective variation ranges were: pretreatment temperature (Tr: 190-210ºC), pretreatment time (tr: 5-10 min), pressing temperature (Tp: 190-210ºC), pressing pressure (Pp: 8-16MPa), and pressing time (tp: 3-7min). The results of the optimization step show that binderless fiberboards have good water resistance and weaker mechanical properties. In the second step, fiberboards based on alkaline lignin and Vitis vinifera pulp produced at the optimal conditions determined for binderless fiberboards were prepared and their physico-mechanical properties were tested. Our results show that the addition of about 15% alkaline lignin leads to the production of fiberboards that fully meet the requirements of the relevant standard specifications