GENCODE: producing a reference annotation for ENCODE

Background: The GENCODE consortium was formed to identify and map all protein-coding genes within the ENCODE regions. This was achieved by a combination of initial manualannotation by the HAVANA team, experimental validation by the GENCODE consortium and a refinement of the annotation based on these experimental results.Results: The GENCODE gene features are divided into eight different categories of which onlythe first two (known and novel coding sequence) are confidently predicted to be protein-codinggenes. 5’ rapid amplification of cDNA ends (RACE) and RT-PCR were used to experimentallyverify the initial annotation. Of the 420 coding loci tested, 229 RACE products have beensequenced. They supported 5’ extensions of 30 loci and new splice variants in 50 loci. In addition,46 loci without evidence for a coding sequence were validated, consisting of 31 novel and 15putative transcripts. We assessed the comprehensiveness of the GENCODE annotation byattempting to validate all the predicted exon boundaries outside the GENCODE annotation. Outof 1,215 tested in a subset of the ENCODE regions, 14 novel exon pairs were validated, only twoof them in intergenic regions.Conclusions: In total, 487 loci, of which 434 are coding, have been annotated as part of theGENCODE reference set available from the UCSC browser. Comparison of GENCODEannotation with RefSeq and ENSEMBL show only 40% of GENCODE exons are contained withinthe two sets, which is a reflection of the high number of alternative splice forms with uniqueexons annotated. Over 50% of coding loci have been experimentally verified by 5’ RACE forEGASP and the GENCODE collaboration is continuing to refine its annotation of 1% humangenome with the aid of experimental validation.

El contexto escolar como escenario de educación superior en la formación de docentes. El prácticum en Quebec como modelo para reflexionar ante las nuevas titulaciones de grado

El diseño de los planes de estudio para las nuevas titulaciones de grado de Magisterio constituye, por su carácter profesionalizador basado en competencias y la ampliación de los estudios a cuatro cursos, una oportunidad para las facultades de educación de mejora de la calidad de la formación inicial de maestros. Gran parte del incremento de los créditos se destina a la ampliación de los periodos de prácticas en los centros escolares colaboradores. Se trata de un escenario de cambio profundo que deberá replantear la organización y revisar los modelos. La experiencia en Quebec nos proporciona elementos de análisis y de reflexión con la finalidad de llegar a orientaciones y a conclusiones transferibles a la organización de estos planes de estudio y para integrar el prácticum en una visión global e interdisciplinaria de la titulación.

GREUB, Yan. 'Les mots régionaux dans les farces françaises. Étude lexicologique sur le Recueil Tissier (1450-1550). Strasbourg: Société de Linguistique Romane, 2003.

El volum que presentem és el segon de la col.lecció «Bibliothèque de Linguistique Romane» (BiLiRo), que va iniciar la seva singladura el 2002 amb el Trésor étymologique des mots de la Franche-Comté de Colette Dondaine. La col.lecció es publica sota el patrocini de la Société de Linguistique Romane i és dirigida per l"infatigable Gilles Roques.