Unexpected genomic variability in clinical and environmental strains of the pathogenic yeast Candida parapsilosis

Invasive candidiasis is the most commonly reported invasive fungal infection worldwide. Although Candida albicans remains the main cause, the incidence of emerging Candida species, such as C. parapsilosis is increasing. It has been postulated that C. parapsilosis clinical isolates result from a recent global expansion of a virulent clone. However, the availability of a single genome for this species has so far prevented testing this hypothesis at genomic scales. We present here the sequence of three additional strains from clinical and environmental samples. Our analyses reveal unexpected patterns of genomic variation, shared among distant strains, that argue against the clonal expansion hypothesis. All strains carry independent expansions involving an arsenite transporter homolog, pointing to the existence of directional selection in the environment, and independent origins of the two clinical isolates. Furthermore, we report the first evidence for the existence of recombination in this species. Altogether, our results shed new light onto the dynamics of genome evolution in C. parapsilosis.

Comparative genomics of emerging pathogens in the Candida glabrata clade

BACKGROUND: Candida glabrata follows C. albicans as the second or third most prevalent cause of candidemia worldwide. These two pathogenic yeasts are distantly related, C. glabrata being part of the Nakaseomyces, a group more closely related to Saccharomyces cerevisiae. Although C. glabrata was thought to be the only pathogenic Nakaseomyces, two new pathogens have recently been described within this group: C. nivariensis and C. bracarensis. To gain insight into the genomic changes underlying the emergence of virulence, we sequenced the genomes of these two, and three other non-pathogenic Nakaseomyces, and compared them to other sequenced yeasts. RESULTS: Our results indicate that the two new pathogens are more closely related to the non-pathogenic N. delphensis than to C. glabrata. We uncover duplications and accelerated evolution that specifically affected genes in the lineage preceding the group containing N. delphensis and the three pathogens, which may provide clues to the higher propensity of this group to infect humans. Finally, the number of Epa-like adhesins is specifically enriched in the pathogens, particularly in C. glabrata. CONCLUSIONS: Remarkably, some features thought to be the result of adaptation of C. glabrata to a pathogenic lifestyle, are present throughout the Nakaseomyces, indicating these are rather ancient adaptations to other environments. Phylogeny suggests that human pathogenesis evolved several times, independently within the clade. The expansion of the EPA gene family in pathogens establishes an evolutionary link between adhesion and virulence phenotypes. Our analyses thus shed light onto the relationships between virulence and the recent genomic changes that occurred within the Nakaseomyces.

Control biológico de patógenos fúngicos en precosecha de frutas: mejora de la tolerancia de agentes de biocontrol al estrés hídrico y térmico

El control biológico ha demostrado ser una posible alternativa a los productos químicos de síntesis en el control de plagas y enfermedades. Sin embargo, esta técnica se ve limitada en muchos casos por las condiciones fluctuantes del medio y por el estrecho margen de condiciones ambientales bajo las cuales los agentes de biocontrol son capaces de establecerse y controlar de forma efectiva, así como por la dificultad de obtener un producto formulado final con viabilidad y vida útil adecuadas. El presente proyecto se planteaba como objetivo principal el estudio de los mecanismos de supervivencia en condiciones de estrés ambiental de dos agentes de biocontrol (Candida sake CPA-1 y Pantoea agglomerans CPA-2), con la finalidad de mejorar su competencia ecológica y su efectividad, mediante manipulación fisiológica. El enfoque era de gran novedad en el campo del biocontrol y no obstante los resultados obtenidos han sido muchos y muy satisfactorios y suponen una vía abierta para poder hacer del control biológico una estrategia competitiva y comparable a los productos químicos de síntesis. A continuación se describen los resultados obtenidos en cada uno de los objetivos para los dos agentes de biocontrol objeto de estudio por separado.

Producción y Técnicas de formulación de agentes de biocontrol efectivos frente a las principales enfermedades de postcosechas de fruta dulce

El principal objetivo del presente SubProyecto era estudiar el proceso de desarrollo de la levadura Candida sake como agente de biocontrol de las principales enfermedades de postcosecha de fruta de pepita, para su futura utilización comercial. Para ello se plantearon los siguientes objetivos específicos: 1º.- Optimización del proceso de producción del agente de bicontrol 2º.- Estudio de las técnicas de formulación del agente de biocontrol 3º.- Evaluación de la efectividad como agente de biocontrol a escala comercial, de los mejores productos obtenidos con el sistema de producción y formulación óptimos.

Candidiasis Peritoneal: prevalença i factors de risc. Estudi preliminar

Introducció: Un cultiu positiu de líquid peritoneal per a Càndida spp amb clínica associada, és diagnòstic de Candidiasis Peritoneal (CP). Objetius: L’objectiu primari és coneixer la prevalença de CP. Com objectius secundaris coneixer els possibles factors de risc. Tipus d’estudi: Prospectiu, observacional. Mètodes: S’agafa una mostra de 74 pacients amb diagnòstic de peritonitis (2007-2010). Durant la cirugía s’aspira líquid peritoneal lliure i és conrea. Resultats i conclusions: La prevalença va ser del 17.6% (46.15% C. albicans). L’ afectació del tracte gastro-intestinal-superior (OR 6.554) i l’aparició de fallada cardio-vascular durant la cirugia (OR 5.827), són factors de risc per a desenvolupar-la. És estudi preliminar.