Solid-phase synthesis and NMR studies of modified oligonucleotides forming triplex helix and of oligonucleopeptides mimicking the topoisomerase I-DNA covalent complex

Report for the scientific sojourn carried out at the Institut de Biologia Molecular de Barcelona of the CSIC –state agency – from april until september 2007. Topoisomerase I is an essential nuclear enzyme that modulates the topological status of DNA, facilitating DNA helix unwinding during replication and transcription. We have prepared the oligonucleotide-peptide conjugate Ac-NLeu-Asn-Tyr(p-3’TTCAGAAGC5’)-LeuC-CONH-(CH2)6-OH as model compound for NMR studies of the Topoisomerase I- DNA complex. Special attention was made on the synthetic aspects for the preparation of this challenging compound especially solid supports and protecting groups. The desired peptide was obtained although we did not achieve the amount of the conjugate needed for NMR studies. Most probably the low yield is due to the intrinsic sensitive to hydrolysis of the phosphate bond between oligonucleotide and tyrosine. We have started the synthesis and the structural characterization of oligonucleotides carrying intercalating compounds. At the present state we have obtained model duplex and quadruplex sequences modified with acridine and NMR studies are underway. In addition to this project we have successfully resolved the structure of a fusion peptide derived from hepatitis C virus envelope synthesized by the group of Dr. Haro and we have synthesized and started the characterization of a modified G-quadruplex.

Sensibilització ambiental mitjançant un recurs educatiu audiovisual a l'alumnat de la Facultat de Ciències de l'Educació de la Universitat Autònoma de Barcelona: el cd-rom Àmbit

S’ha avaluat la validesa d’un instrument d’ambientalització universitària (el cd-rom Àmbit) que pretén generar un procés de reflexió i autoavaluació de l’impacte ambiental d’estudiants, professors i personal d’administració i serveis. S’ha dissenyat un qüestionari i un grup de discussió que s’han passat a quatre grups d’alumnes de la Facultat de Ciències de l’Educació de la Universitat Autònoma de Barcelona. Els resultats han estat analitzats estadísticament mitjançant el programa SPSS, i de forma qualitativa mitjançant l’anàlisi categorial. Es conclou que el cd-rom Àmbit és vàlid com a recurs educatiu ambiental i audiovisual. Per una banda, les dificultats tècniques no dificulten la navegació i els aspectes lúdics no emmascaren els continguts. Per l’altra, es considera, però, que genera poca sensibilització ambiental.

Creació d'un CD-Live LINUX UOC

Aquesta memòria recull les tasques realitzades per tal d'obtenir un CD que contingui una versió de LINUX personalitzada, amb la utilitat de poder ser utilitzada com a eina bàsica pels alumnes al llarg dels estudis cursats a la UOC. Es tracta d'un CD autoarrencable, cosa que vol dir que es pot executar directament des de qualsevol lector de CD, sense haver-se d'instal·lar permanentment en el disc dur dels PC.

Gestió del CD de Programari Lliure

La finalitat d'aquest treball és proporcionar al responsable de gestionar el CD de programari lliure que la UOC subministra als seus estudiants, una aplicació que sigui capaç de controlar, administrar i generar l'esmentat CD.

Procés de creació i personalització d'un CD-Live

Aquest projecte tracta del procés de creació d'un CD-Live (CD autoarrencable) complet amb els requeriments d'un alumne de la UOC, basat en el projecte Metadistros. El procés inclou tres grans apartats: en primer lloc, la configuració de l'equip per a poder crear les metadistribucions d'una manera genèrica; en segon lloc, la instal·lació i la configuració d'un sistema mínim, i, finalment, la personalització d'aquest sistema fins a tenir una distribució adaptada al perfil d'un alumne de la UOC.

Reconeixement de cd-roms musicals mitjançant visió per computador

Dissenyar, implementar i testejar un sistema per classificar imatges: disseny d’un sistema que primer aprèn com són les imatges d’una classe a partir d’un conjunt d’imatges d’entrenament i després és capaç de classificar noves imatges assignant-les-hi l’ etiqueta corresponent a una de les classes “apreses”. Concretament s’analitzen caràtules de cd-roms, les quals s’han de reconèixer per després reproduir automàticament la música del seu àlbum associat

Creació d'un entorn Servidor d'accés wi-fi, usuaris i configuracions, fent servir un Live CD

El projecte consisteix en crear un entorn servidor-client, el servidor del qual controlarà les dades dels usuaris, les configuracions i validacions d'aquest. A més el servidor controlarà l'accés wi-fi dels usuaris a la xarxa inal·làmbrica. Per últim s'estableixen els mecanismes per realitzar les còpies de seguretat i restauració de les dades. També s'inclouen els scripts per al tractament de les dades dels usuaris.

Caracterització de les metal·lotioneïnes CnMT1 i CnMT2 del fong Cryptococcus neoformans. Estudi de la capacitat coordinant davant dels ions Zn(II), Cd(II) i Cu(I)

En aquest treball de recerca, s’han estudiat les dues isoformes de metal·lotioneïna CnMT1 i CnMT2 presents en el fong patogen Cryptococcus neoformans. Recentment s’ha descobert que aquest fong té com a factor de virulència, els nivells de coure del medi on es troba. Les dues isoformes produïdes en medis rics en Zn(II) s’han utilitzat per a fer valoracions amb Cu(I) i Cd(II), i s’ha seguit l’evolució dels experiments mitjançant les tècniques DC, UV-vis, i ESI-MS. S’ha pogut observar que les dues isoformes tenen preferència per enllaçar Cu(I). Per altra banda també s’ha establert una gran homologia entre les dues seqüències.

Aplicacions del CD-ROM al mercat editorial: experiències i perspectives a Europa

Atesa la importància que darrerament estan adquirint els suports òptics, presentem una descripció de les aplicacions editorials del CDROM existents actualment a Europa, tot fent especial esment al projecte ADONIS. A més, pretenem fer una avaluació de les possibilitats i perspectives d'aquest nou suport d'informació.

Structures of ethylenediaminetetraacetato (3-) metal complexes. I complexes with Co, Mg and Cd metals

(I): Hexaaquacobalt(II) aqua[ethylenediaminetetraacetato(3-)]cobaltate(II) dihydrate, [Co(H2O)6][Co(C10H13N2O8)(H2O)]2.2H2O (Ibis): Hexaaquamagnesium(II) aqua[ethylenediaminetetraacetato(3-)]magnesiate(II) dihydrate, [Mg(H2O)6][Mg(C10H13N2O8)(H2O)]2.2H2O (II):Tetraaquabis{aqua[ethylenediaminetetraacetato(3-)]cadmium(II)-O-O'}Cadmium(II) tetrahydrate

Structures of ethylenediaminetetraacetato (3-) metal complexes. I complexes with Co, Mg and Cd metals

(I): Hexaaquacobalt(II) aqua[ethylenediaminetetraacetato(3-)]cobaltate(II) dihydrate, [Co(H2O)6][Co(C10H13N2O8)(H2O)]2.2H2O (Ibis): Hexaaquamagnesium(II) aqua[ethylenediaminetetraacetato(3-)]magnesiate(II) dihydrate, [Mg(H2O)6][Mg(C10H13N2O8)(H2O)]2.2H2O (II):Tetraaquabis{aqua[ethylenediaminetetraacetato(3-)]cadmium(II)-O-O'}Cadmium(II) tetrahydrate

Structures of ethylenediaminetetraacetato (3-) metal complexes. I complexes with Co, Mg and Cd metals

(I): Hexaaquacobalt(II) aqua[ethylenediaminetetraacetato(3-)]cobaltate(II) dihydrate, [Co(H2O)6][Co(C10H13N2O8)(H2O)]2.2H2O (Ibis): Hexaaquamagnesium(II) aqua[ethylenediaminetetraacetato(3-)]magnesiate(II) dihydrate, [Mg(H2O)6][Mg(C10H13N2O8)(H2O)]2.2H2O (II):Tetraaquabis{aqua[ethylenediaminetetraacetato(3-)]cadmium(II)-O-O'}Cadmium(II) tetrahydrate

Disponibilitat per a les plantes de Mn, Cu, Zn i Cd en els sòls de diferents sistemes agrícoles a Catalunya

Es va avaluar el contingut del sòl en Mn, Cu, Zn, Ni i Cd fent una extracció amb DTPA, segons el mètode de Lindsay i Norvell (1969). Les mostres analitzades procedien de parcel·les agrícoles d'arreu de Catalunya, conservades al Banc de Mostres de Sòls del Mapa de Sòls de Catalunya del DARP. Els resultats es van agrupar per sistemes agrícoles en funció de l'origen de les mostres, ja que dins de cada un es pot assumir una reducció important en l'interval de variació de diferents factors. Es va realitzar una comparació estadística entre els valors mitjans dels diferents sistemes agrícoles, entre els valors mitjans de les dues profunditats de sòl considerades, i una interpretació agronòmica. Els resultats van indicar que els sòls procedents d'horticultura intensiva del Maresme són els que tenen continguts disponibles més elevats dels metalls considerats. D'altra banda, es fa palès que els valors estan condicionats tant pel material originari del sòl com per l'acció antròpica. Per al Cu i el Zn en les mostres de sòls del Maresme els continguts trobats estan molt per sobre dels mínims considerats com a agronòmicament satisfactoris.

Protein oligomers studied by solid-state NMR the case of the full-length nucleoid-associated protein histone-like nucleoid structuring protein

Members of the histone-like nucleoid structuring protein (H-NS) family play roles both as architectural proteins and as modulators of gene expression in Gram-negative bacteria. The H-NS protein participates in modulatory processes that respond to environmental changes in osmolarity, pH, or temperature. H-NS oligomerization is essential for its activity. Structural models of different truncated forms are available. However, high-resolution structural details of full-length H-NS and its DNA-bound state have largely remained elusive. We report on progress in characterizing the biologically active H-NS oligomers with solid-state NMR. We compared uniformly ((13)C,(15)N)-labeled ssNMR preparations of the isolated N-terminal region (H-NS 1-47) and full-length H-NS (H-NS 1-137). In both cases, we obtained ssNMR spectra of good quality and characteristic of well-folded proteins. Analysis of the results of 2D and 3D (13)C-(13)C and (15)N-(13)C correlation experiments conducted at high magnetic field led to assignments of residues located in different topological regions of the free full-length H-NS. These findings confirm that the structure of the N-terminal dimerization domain is conserved in the oligomeric full-length protein. Small changes in the dimerization interface suggested by localized chemical shift variations between solution and solid-state spectra may be relevant for DNA recoginition.

Aprendre llengua oral amb un recurs estimulant: el CD-Rom

En aquest article exposarem una proposta didàctica per treballar la llengua oral, valent-nos de les possibilitats que ens ofereixen les noves tecnologies, com ara la gravació i l"emmagatzematge de models de parla i d"imatges de vídeo en un suport digital: el CD-ROM. Aquesta proposta, tot i que es porta a terme en assignatures de nivell universitari dels ensenyaments de mestre i de comu- nicació audiovisual de la UB, és adaptable a diversos nivells educatius, com a l"ensenyament secundari o al de persones adultes, entre d"altres.