BioSuper: A web tool for the superimposition of biomolecules and assemblies with rotational symmetry

Background Most of the proteins in the Protein Data Bank (PDB) are oligomeric complexes consisting of two or more subunits that associate by rotational or helical symmetries. Despite the myriad of superimposition tools in the literature, we could not find any able to account for rotational symmetry and display the graphical results in the web browser. Results BioSuper is a free web server that superimposes and calculates the root mean square deviation (RMSD) of protein complexes displaying rotational symmetry. To the best of our knowledge, BioSuper is the first tool of its kind that provides immediate interactive visualization of the graphical results in the browser, biomolecule generator capabilities, different levels of atom selection, sequence-dependent and structure-based superimposition types, and is the only web tool that takes into account the equivalence of atoms in side chains displaying symmetry ambiguity. BioSuper uses ICM program functionality as a core for the superimpositions and displays the results as text, HTML tables and 3D interactive molecular objects that can be visualized in the browser or in Android and iOS platforms with a free plugin. Conclusions BioSuper is a fast and functional tool that allows for pairwise superimposition of proteins and assemblies displaying rotational symmetry. The web server was created after our own frustration when attempting to superimpose flexible oligomers. We strongly believe that its user-friendly and functional design will be of great interest for structural and computational biologists who need to superimpose oligomeric proteins (or any protein). BioSuper web server is freely available to all users at http://ablab.ucsd.edu/BioSuper webcite.

CBS: an open platform that integrates predictive methods and epigenetics information to characterize conserved regulatory features in multiple Drosophila genomes.

Background: Information about the composition of regulatory regions is of great value for designing experiments to functionally characterize gene expression. The multiplicity of available applications to predict transcription factor binding sites in a particular locus contrasts with the substantial computational expertise that is demanded to manipulate them, which may constitute a potential barrier for the experimental community. Results: CBS (Conserved regulatory Binding Sites, http://compfly.bio.ub.es/CBS) is a public platform of evolutionarily conserved binding sites and enhancers predicted in multiple Drosophila genomes that is furnished with published chromatin signatures associated to transcriptionally active regions and other experimental sources of information. The rapid access to this novel body of knowledge through a user-friendly web interface enables non-expert users to identify the binding sequences available for any particular gene, transcription factor, or genome region. Conclusions: The CBS platform is a powerful resource that provides tools for data mining individual sequences and groups of co-expressed genes with epigenomics information to conduct regulatory screenings in Drosophila.

Capturing user behavior in e-learning environments

Peer-reviewed

Telemedicina aplicada a la dismenorrea

En aquest projecte s’ha creat una aplicació d’ús mèdic que permet veure l’eficàcia dels tractament aplicats a pacient que pateixen de dismenorrea. Aquesta aplicació està dissenyada per a ser utilitzada per a dos tipus d’usuaris, el pacient que és l’encarregat d’introduir la informació sobre els seus símptomes en els moments que aquests apareixen, i l’investigador que analitza aquesta informació per a avaluar els tractaments utilitzats. L’aplicació consta d’un entorn amigable que facilita l’ús per part dels usuaris. La seva interfície web permet a l’investigador visualitzar les dades i exportar-les per a ser utilitzades en aplicacions estadístiques, i per altra banda, també ofereix la possibilitat al pacient de fer un seguiment de l’evolució dels seus símptomes a través de gràfiques.

Diseño de una aplicación web para la gestión de una revista científica

Este proyecto tiene como finalidad el análisis, diseño y desarrollo de una aplicación web en base a una revista científica. La mecánica de la revista consiste en la propia revisión y edición de los artículos por parte de los usuarios dados de alta en el aplicativo. Los usuarios que componen la web, puede tener diferentes perfiles: autor, editor, revisor, técnico editor y administrador. Cada usuario tiene unas tareas específicas en el flujo de revisión y edición. El proyecto se ha desarrollado sobre la plataforma ASP.NET y SQL para el diseño de la base de datos.

Usabilitat i disseny centrat en l'usuari : Pàgina web i intranet per serveis de manteniment d'equips mèdics

L'objectiu d'aquest projecte és millorar la situació actual del servei tècnic de reparació i manteniment d'equipament mèdic de l'Hospital Verge de la Cinta i dels centres d'atenció primària de Tortosa i crear unes interfícies clares, ordenades, fàcils i intuïtives per als usuaris, ja siguin els clients o els propis empleats, i que serviran de pont de comunicació amb el servidor central de l'organització on estarà tota la seva informació. Per crear les interfícies s'utilitzarà la metodologia del disseny centrat en l'usuari (DCU) i, a través d'un prototip, s'avaluaran les tasques que han de realitzar els usuaris (clients i empleats).

Disseny i implementació d'una pàgina web de subhastes

Amb la situació econòmica actual pot ser interessant poder vendre objectes que ja no s’utilitzen i també poder-ne comprar de segona mà. Amb aquesta idea sorgeix el projecte de crear una pàgina de subhastes online on la gent pugui comerciar amb les coses que ja no necessita. Tenint en compte el concepte inicial, el propietari de la pàgina no rebrà cap retribució ni percentatge de cada subhasta, tot l’import serà pel venedor. L’objectiu principal és el de poder oferir un lloc on després de registrar-se, els usuaris puguin veure i pujar per els articles que altres persones estan subhastant i també la possibilitat de crear les seves pròpies subhastes. Cada usuari disposarà d’un espai personal on veure les subhastes amb les que ha interactuat i així no perdre-les de vista i també on poder veure en cada moment l’estat de les subhastes que ha creat. La vista d’una subhasta s’actualitzarà automàticament sense haver de recarregar la pàgina i si algú puja durant l’últim minut la subhasta s’allargarà un minut més per evitar puges a l’últim moment i així maximitzar el preu final. Hi haurà un administrador que serà l’encarregat de gestionar el bon funcionament de la pàgina amb permís per afegir, editar, consultar i eliminar tota la informació disponible. Per portar a terme el projecte s’ha utilitzat PHP per la part de programació i MySQL com a sistema gestor de bases de dades.