Development and validation of AMANDA, a new algorithm for selecting highly relevant regions in Molecular Interaction Fields

Descriptors based on Molecular Interaction Fields (MIF) are highly suitable for drug discovery, but their size (thousands of variables) often limits their application in practice. Here we describe a simple and fast computational method that extracts from a MIF a handful of highly informative points (hot spots) which summarize the most relevant information. The method was specifically developed for drug discovery, is fast, and does not require human supervision, being suitable for its application on very large series of compounds. The quality of the results has been tested by running the method on the ligand structure of a large number of ligand-receptor complexes and then comparing the position of the selected hot spots with actual atoms of the receptor. As an additional test, the hot spots obtained with the novel method were used to obtain GRIND-like molecular descriptors which were compared with the original GRIND. In both cases the results show that the novel method is highly suitable for describing ligand-receptor interactions and compares favorably with other state-of-the-art methods.

Stable complexes involving acetylcholinesterase and amyloid-ß-peptide change the biochemical properties of the enzyme and increase the neurotoxicity of Alzheimer's fibrils

Brain acetylcholinesterase (AChE) forms stable complexes with amyloid-beta peptide (Abeta) during its assembly into filaments, in agreement with its colocalization with the Abeta deposits of Alzheimer's brain. The association of the enzyme with nascent Abeta aggregates occurs as early as after 30 min of incubation. Analysis of the catalytic activity of the AChE incorporated into these complexes shows an anomalous behavior reminiscent of the AChE associated with senile plaques, which includes a resistance to low pH, high substrate concentrations, and lower sensitivity to AChE inhibitors. Furthermore, the toxicity of the AChE-amyloid complexes is higher than that of the Abeta aggregates alone. Thus, in addition to its possible role as a heterogeneous nucleator during amyloid formation, AChE, by forming such stable complexes, may increase the neurotoxicity of Abeta fibrils and thus may determine the selective neuronal loss observed in Alzheimer's brain.

Trets d'oralitat en la novel·la Effi Briest de Theodor Fontane i la seva traducció al català i al castellà. La traducció de la partícula nun

L’objectiu del treball és mostrar la problemàtica de la traducció d’un element característic de la llengua parlada en l’alemany al català i al castellà, i determinar quines tècniques s’utilitzen de manera més freqüent i efectiva per a realitzar-la. L’element d’estudi és la partícula nun, molt freqüent en la novel•la Effi Briest de Theodor Fontane. Una de les funcions d’aquesta partícula és l’expressió de modalitat.Després d’una aproximació a l’oralitat fingida es fa referència a l’autor i a la novel•la, i es mostren els trets d’oralitat que aquesta conté. Les diverses taules permeten justificar l’objecte del treball i realitzar les hipòtesis i valoracions sobre el funcionament de la partícula i la seva traducció al català i al castellà.El treball finalitza amb l’anàlisi comparativa de la traducció d’aquells fragments d’un dels capítols de la novel•la on apareix la partícula. L’anàlisi comprèn una part descriptiva i la crítica de les traduccions.

Projecte desplegament d'una xarxa d'operador de fibra òptica al 22@ i a diverses ciutats del continent

En la primera fase s’interconnectarien a través d’un anell de fibra òptica tres hotels d’una mateixa cadena en l’àrea del 22@ de Barcelona. S’ofereixen els serveis de: intranet, telefonia IP amb interconnexió a la PSTN, videoconferència i internet. Utilitzem VLANs per gestionar la qualitat de servei i la seguretat. El nostre model teòric inclou estimacions de tràfic, comparativa de fabricants, valoració econòmica i diagrama de Gantt d’implantació. A més, ampliem la gamma de serveis amb una xarxa Wimax al 22@ en previsió de futur ús. I augmentem la disponibilitat del servei amb un enllaç ràdio dedicat de backup des d’un dels nodes cap a la torre de Collserola, en la banda dels 18GHz, amb antenes parabòliques. Hem fet càlculs d’atenuació. En la segona i successives fases s’amplia la xarxa de FO a nivell nacional i internacional per a treballar com a operador d’empreses, amb un acurat disseny i selecció dels aparells òptics.

L'Accés dels joves a la vivenda

Abans d’endinsar-nos amb la temàtica d’aquest treball, voldríem comentar els motius que ens han dut a escollir aquest tema, així com els objectius i la metodologia seguida.“L’accés dels joves a la vivenda” ens ha semblat un tema interessant perquè a més a més de ser actual, preocupa a molta gent jove com nosaltres.Tot i analitzar diversos aspectes, la pregunta que ens formulem és si l’evoluciódels preus de la vivenda i els salaris han tingut realment una evolució diferent,és a dir, si entre aquestes dues variables s’ha produït un distanciament tal quehagi pogut produir la problemàtica de la vivenda.Pel que fa a la metodologia seguida, primer de tot, hem realitzar una exhaustiva recollida d’informació a través d’Internet, d’articles periodístics, etc. i hem fet una sèrie d’enquestes a persones de diverses edats, diferents classes socials, etc. per tal de comprovar si l’estudi realitzat a partir de la informació que hem trobat es corresponia amb el que pensa la gent sobre aquest tema.La recollida d’informació ha estat relativament fàcil (exceptuant el tema del lloguer), ja que d’informació sobre aquest tema n’hi ha força. Una altra cosa ha estat sintetitzar-la per tal de centrar-nos en la pregunta que ens hem formulat.L’objectiu d’aquest treball és veure si realment els pisos han experimentat un creixement desmesurat en comparació amb l’augment dels salaris, a què es deu aquest creixement dels pisos, si cada vegada elsespanyols estan més endeutats per culpa de les hipoteques i si tots aquest fets provoquen una endarreriment de l’economia.

Protocols psicològics d’actuació en situacions de crisi en el medi penitenciari

Una de les qüestions que ens preocupen com a psicòlegs i psicòlogues en l'àmbit penitenciari és saber fer front d’una manera vàlida i efectiva a les diverses situacions de crisi o emergència que es produeixen en aquest medi, encara que sigui puntualment, no per això deixen de ser significatives i a vegades traumàtiques, tant per a les persones preses com per al seu context. Tanmateix, som conscients que els professionals que assisteixen les persones o grups en crisi a la presó no són necessàriament psicòlegs, sinó que sovint són els funcionaris de vigilància o els mateixos membres de la direcció del centre els que han d’assumir aquestes funcions. És com a tècnics especialistes en el comportament i la personalitat humana i en la solució dels problemes relacionals que podem col·laborar i assessorar els responsables en la gestió d’aquests conflictes en procediments i estratègies del tractament més efectius a l’hora de negociar i assolir un equilibri adaptatiu entre les diverses parts que conformen els escenaris en crisi. Un dels objectius que ens plantejarem la comunitat de pràctiques en aquest curs 2009 és identificar les diverses situacions de crisi que es poden produir a la presó i elaborar un conjunt de protocols d’actuació psicològica que orientin el professional (el psicòleg inicialment però també d’altres agents del canvi dels comportaments antisocials) sobre quina és la millor manera d’intervenir-hi. No obstant això, es considera que més enllà de l'elaboració de guies o manuals d’intervenció (al cap i a la fi això es pot consultar en la literatura especialitzada sobre aquest tema), es tractava de ser el més pràctics possible i recollir en un tríptic aquella informació pertinent (allò imprescindible que s’ha de saber per actuar de manera efectiva i quins són els errors que cal evitar encara que només sigui per no complicar encara més les coses) que fos fàcil d’utilitzar per part del professional, és a dir, un recordatori esquematitzat però rigorós del pla d’acció que cal seguir per fer front a la crisi. També es pretén que sigui obert a les experiències i coneixements resolutius de qui intervé en aquestes situacions d’emergència i que permeti el feedback amb el grup de la comunitat de pràctiques, qui ho validaria, per tal d’anar incrementat progressivament la validesa i fiabilitat de l'instrument. Aquest curs presentem dos protocols/tríptics d’actuació: 1) notificació de males noticies/acompanyament en el dol; 2) intervenció en el risc de suïcidi o en conductes de autòlisi. La idea és elaborar-ne més en pròximes edicions. A més a més, com a protocol en format audiovisual, es presenta un curtmetratge on es desenvolupa una actuació psicològica per tal de desactivar una conducta violenta/ amenaçant.

Fusion of data sets in multivariate linear regression with errors-in-variables

We consider the application of normal theory methods to the estimation and testing of a general type of multivariate regressionmodels with errors--in--variables, in the case where various data setsare merged into a single analysis and the observable variables deviatepossibly from normality. The various samples to be merged can differ on the set of observable variables available. We show that there is a convenient way to parameterize the model so that, despite the possiblenon--normality of the data, normal--theory methods yield correct inferencesfor the parameters of interest and for the goodness--of--fit test. Thetheory described encompasses both the functional and structural modelcases, and can be implemented using standard software for structuralequations models, such as LISREL, EQS, LISCOMP, among others. An illustration with Monte Carlo data is presented.

Adaptive learning in models with lagged variables

In this work I study the stability of the dynamics generated by adaptivelearning processes in intertemporal economies with lagged variables. Iprove that determinacy of the steady state is a necessary condition for the convergence of the learning dynamics and I show that the reciprocal is not true characterizing the economies where convergence holds. In the case of existence of cycles I show that there is not, in general, a relationship between determinacy and convergence of the learning process to the cycle. I also analyze the expectational stability of these equilibria.

The role of incidental variables of time in mood assessment

Determining what influences mood is important for theories of emotion and research onsubjective well-being. We consider three sets of factors: activities in which people areengaged; individual differences; and incidental variables that capture when mood ismeasured, e.g., time-of-day. These three factors were investigated simultaneously in a studyinvolving 168 part-time students who each responded 30 times in an experience samplingstudy conducted over 10 working days. Respondents assessed mood on a simple bipolarscale from 1 (very negative) to 10 (very positive). Activities had significant effects but,with the possible exception of variability in the expression of mood, no systematicindividual differences were detected. Diurnal effects, similar to those already reported inthe literature, were found as was an overall Friday effect. However, these effects weresmall. Lastly, the weather had little or no influence. We conclude that simple measures ofoverall mood are not greatly affected by incidental variables.

Perceptual mapping of practical ethics along the value chain: A multiple correspondence analysis with industry and cultural indices as supplementary variables

This paper presents findings from a study investigating a firm s ethical practices along the value chain. In so doing we attempt to better understand potential relationships between a firm s ethical stance with its customers and those of its suppliers within a supply chain and identify particular sectoral and cultural influences that might impinge on this. Drawing upon a database comprising of 667 industrial firms from 27 different countries, we found that ethical practices begin with the firm s relationship with its customers, the characteristics of which then influence the ethical stance with the firm s suppliers within the supply chain. Importantly, market structure along with some key cultural characteristics were also found to exert significant influence on the implementation of ethical policies in these firms.

Ignoring information in binary choice with continuous variables: When is less 'more'?

When can a single variable be more accurate in binary choice than multiple sources of information? We derive analytically the probability that a single variable (SV) will correctly predict one of two choices when both criterion and predictor are continuous variables. We further provide analogous derivations for multiple regression (MR) and equal weighting (EW) and specify the conditions under which the models differ in expected predictive ability. Key factors include variability in cue validities, intercorrelation between predictors, and the ratio of predictors to observations in MR. Theory and simulations are used to illustrate the differential effects of these factors. Results directly address why and when one-reason decision making can be more effective than analyses that use more information. We thus provide analytical backing to intriguing empirical results that, to date, have lacked theoretical justification. There are predictable conditions for which one should expect less to be more.

Estudio prospectivo de sintomatología visual positiva en fase aguda de ictus: incidencia y características.

Desconocemos los mecanismos fisiopatológicos subyacentes a la aparición de alucinaciones/alucinosis visual en pacientes con ictus, su incidencia, características y valor predictivo topográfico o pronóstico. En este trabajo estudiamos prospectivamente 78 pacientes con ictus isquémico/hemorrágico agudo y ausencia de enfermedad neurodegenerativa/psiquiátrica basal o clínica alucinatoria previa, administrándoles cuestionario estandarizado sobre alucinaciones/alucinosis visual y realizándoles prueba de neuroimagen. Un subgrupo de pacientes también cuenta con EEG y evaluación neuropsicológica. La incidencia de alucinaciones/alucinosis fue del 16,7%, siendo la mayoría imágenes complejas, con presentación precoz y curso autolimitado. Se asoció con lesiones occipitales, defecto campimétrico inicial, y alteraciones del sueño entre otras variables.

Variables geoambientales en el Plan General de Ordenación Urbana de Cassá de la Selva

Se presentan de forma resumida los resultados geoambientales obtenidos en el estudio de un término municipal motivado más por sistemática de planteamiento por parte del responsable del Plan General, que por cuestión concreta planteada sobre este ámbito en aquel término municipal. Así y todo, la información obtenida influye sobre el Plan y pone de manifiesto circunstancias qenerales que sin ser aqudas son persistentes en el tiempo, por razones obvias del ámbito terrestre, al que pertenecen

Programació d'una aplicació gràfica per l'anàlisi de senyals usant LDB (Local Discriminant Bases) i MLDB (Modified LDB)

Tot seguit presentem un entorn per analitzar senyals de tot tipus amb LDB (Local Discriminant Bases) i MLDB (Modified Local Discriminant Bases). Aquest entorn utilitza funcions desenvolupades en el marc d’una tesi en fase de desenvolupament. Per entendre part d’aquestes funcions es requereix un nivell de coneixement avançat de processament de senyals. S’han extret dels treballs realitzats per Naoki Saito [3], que s’han agafat com a punt de partida per la realització de l’algorisme de la tesi doctoral no finalitzada de Jose Antonio Soria. Aquesta interfície desenvolupada accepta la incorporació de nous paquets i funcions. Hem deixat un menú preparat per integrar Sinus IV packet transform i Cosine IV packet transform, tot i que també podem incorporar-n’hi altres. L’aplicació consta de dues interfícies, un Assistent i una interfície principal. També hem creat una finestra per importar i exportar les variables desitjades a diferents entorns. Per fer aquesta aplicació s’han programat tots els elements de les finestres, en lloc d’utilitzar el GUIDE (Graphical User Interface Development Enviroment) de MATLAB, per tal que sigui compatible entre les diferents versions d’aquest programa. En total hem fet 73 funcions en la interfície principal (d’aquestes, 10 pertanyen a la finestra d’importar i exportar) i 23 en la de l’Assistent. En aquest treball només explicarem 6 funcions i les 3 de creació d’aquestes interfícies per no fer-lo excessivament extens. Les funcions que explicarem són les més importants, ja sigui perquè s’utilitzen sovint, perquè, segons la complexitat McCabe, són les més complicades o perquè són necessàries pel processament del senyal. Passem cada entrada de dades per part de l’usuari per funcions que ens detectaran errors en aquesta entrada, com eliminació de zeros o de caràcters que no siguin números, com comprovar que són enters o que estan dins dels límits màxims i mínims que li pertoquen.

Funcions de les aplicacions d'internet en la relació família-escola

El vincle entre família i escola és un aspecte clau en el clima d’aula, el clima de centre i l’èxit acadèmic. A la vegada ens trobem davant impediments, ja sigui de conciliació familiar i laboral o de prejudicis en la relació entre família i escola, que dificulten aquest vincle. D’altra banda ens trobem davant una societat de la informació i el coneixement que avança a un ritme accelerat i que ofereix il·limitades propostes d’intercanvi i comunicació. La present recerca pretén donar a conèixer quines funcions tenen les aplicacions d’internet en la relació família i escola. En segon lloc, l’estudi identifica els factors i les limitacions que condicionen aquesta relació. Finalment, la recerca proposa possibles pràctiques inclusives entorn les aplicacions d’internet, que poden contribuir a millorar el vincle entre escola i família, com també en el clima d’aula, el clima de centre i l’èxit acadèmic.