Integrating quantitative proteomics and metabolomics in a cellular model of diabetic retinopathy

Diabetic retinopathy is the leading cause of visual loss in individuals under the age of 55. Most investigations into the pathogenesis of diabetic retinopathy have been concentrated on the neural retina since this is where clinical lesions are manifested. Recently, however, various abnormalities in the structural and secretory functions of retinal pigment epithelium that are essential for neuroretina survival, have been found in diabetic retinopathy. In this context, here we study the effect of hyperglycemic and hypoxic conditions on the metabolism of a human retinal pigment epithelial cell line (ARPE-19) by integrating quantitative proteomics using tandem mass tagging (TMT), untargeted metabolomics using MS and NMR, and 13C-glucose isotopic labeling for metabolic tracking. We observed a remarkable metabolic diversification under our simulated in vitro hyperglycemic conditions of diabetes, characterized increased flux through polyol pathways and inhibition of the Krebs cycle and oxidative phosphorylation. Importantly, under low oxygen supply RPE cells seem to consume rapidly glycogen storages and stimulate anaerobic glycolysis. Our results therefore pave the way to future scenarios involving new therapeutic strategies addressed to modulating RPE metabolic impairment, with the aim of regulating structural and secretory alterations of RPE. Finally, this study shows the importance of tackling biomedical problems by integrating metabolomic and proteomics results.

Finding and characterizing Partially Methylated Domains in human haematopoietic cells

DNA cytosine methylation has been demonstrated to be a central epigenetic modification that has essential roles in a myriad of cellular processes. Some examples of these include gene regulation, DNA-protein interactions, cellular differentiation, X-inactivation, maintenance of genome integrity by suppressing transposable elements and viruses, embryogenesis, genomic imprinting and tumourigenesis. This list is increasingly growing thanks to recent advances in genome-wide technologies, like Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS-Seq). The development of this technology in research has allowed the identification of new features of the DNA methylation landscape that was not possible using previous technologies, like Partially Methylated Domains (PMDs). PMDs have been found in several cell lines, as well as in both healthy and cancer primary samples. They have been described as regions with high variability in methylation levels across individual CpG sites and intermediate methylation levels on average with respect to the genome. Here, we performed an extensive search of PMDs in a big dataset of different haematopoietic primary cells from both myeloid and lymphoid lineages. We found and characterized significant PMDs in plasma B cells, confirming that PMDs are a phenomenon that is restricted to certain differentiated cells. Additionally, we found loci aberrantly hypomethylated in a myeloma sample which overlapped with plasma B cell PMDs. Genome-wide comparison of the myeloma and plasma B cell sample revealed that this is probably also the case for other loci.

Desenvolupament d'una app

El TFM ha consistit en participar i conèixer de prop tots el passos de desenvolupament d’una aplicació: elaboració d’un guió, realització de la part gràfica, programació i màrqueting. Per aquest motiu he realitzat unes hores de pràctiques a l'empresa Factoria Interactive SL. Durant aquest periòde vaig realitzar diversos guions per diferents apps relacionades amb continguts matemàtics i vaig participar en el programació de l'app "Dress up". I l'últim pas va consistir en penjar l'app a la botiga de Google Play. Per poder accedir a l'aplicació cal seguir el següent enllaç de Google Play: https://play.google.com/store/apps/details?id=eu.lafactoria.dressup&hl=es

Pla de gestió sostenible de la finca de la Casanova de dalt

En aquest Treball de Final de Grau es proposa un pla de gestió per a la finca de propietat privada de la Casanova de Dalt, situada al municipi de les Masies de Voltregà, a Osona. Aquesta finca no disposa de cap element que gestioni el patrimoni natural i cultural que conté, per aquest motiu és de gran interès la seva redacció. L’objectiu del projecte és analitzar els valors que posseeix la finca: faunístics, florístics, paisatgístics, culturals, etc. per avaluar la importància d’aquesta com a punt estratègic dins la comarca, ja que actua com a connector ecològic entre diferents espais protegits de la zona. Un cop obtinguda tota la informació s’han proposat uns objectius per a la finca i un seguit d’estratègies per aconseguir els objectius establerts. Com a resultats del projecte s’han elaborat 7 fitxes d’actuació per dur a terme a la finca. Aquestes fitxes corresponen a estratègies per a la gestió de l’espai i es basen en dues línies principals de treball, la conservació de la biodiversitat i l’ordenació d’usos. La primera està enfocada en conservar els principals valors naturals que presenta la finca i la segona està dirigida a fer compatibles les activitats ago-ramaderes que s’hi duen a terme amb els anteriors valors.

Protocol de conservació ex situ del Centre Ictiològic del Parc Natural del Delta de l'Ebre

En aquest Treball de Fi de Grau es pretén establir un protocol per a la conservació ex situ de les espècies que hi ha en el Centre Ictiològic del Parc Natural del Delta de l’Ebre. Les espècies que es troben en el CI són espècies vulnerables o en perill: espinós, samaruc, fartet, rabosa, llopet de riu i tritó palmat. Els objectius d’aquest protocol són: que el CI tingui un protocol propi, aprendre com funciona tot el centre, totes les espècies, com alimentar-les, com manipular-les i com tractar-les durant tot el seu cicle de vida. Un altre objectiu és el de veure si a finals d’any s’obté una alta població de cada espècie, quines són reintroduïdes, les patologies sorgides i els valors dels paràmetres químics de les basses naturals exteriors. El protocol s’elabora a partir de les pràctiques realitzades durant l’estiu del 2013 i els coneixements adquirits, la bibliografia i les dades del CI. Gràcies a això s’ha elaborat el treball. S’ha tractat la conservació ex situ; la problemàtica que sofreixen les espècies; cadascuna d’aquestes espècies; com funciona el CI a nivell de centre i a nivell de personal; les tasques que hi ha diàriament, setmanalment i ocasionalment segons les necessitats de l’estoc; el maneig sanitari; les patologies i com tractar-les; i l’anàlisi genètic. Els resultats obtinguts d’aquest protocol són els resultats numèrics obtinguts de l’any 2013 que són: 1. El gran nombre de cries nascudes de samaruc i fartet, menys de raboseta de riu, poques d’espinós i tritó palmat, i menys de llopet que tot just comença ara en el CI. 2. El total d’uns 5700 individus reitnroduits (samaruc, raboseta de riu i espinós de Girona). 3. La patologia més sorgida és el punt blanc. 4. I els paràmetres químics (amoni, nitrits, nitrats i fòsfor) no són molt elevats. La conclusió final i més important a la que arribo en fer el protocol és la gran importància que té el CI per a conservar aquestes espècies que no es saben apreciar fins que comencen a desparèixer. La existència del CI és més aviat una mesura correctora de tots els impactes que han sofert els habitatges de les espècies tractades i de la introducció d’espècies exòtiques que són una amenaça per les autòctones.

Validació del mètode analític per la determinació d'aminoàcids i carbohidrats d'un producte farmacèutic per HPLC

Per poder desenvolupar un producte farmacèutic és necessari establir un mètode d’anàlisis que permeti determinar i quantificar totes aquelles substàncies que conté, ja sigui referent als principis actius; a les impureses i productes de degradació, conservants, antioxidants,... Grans entitats com la ICH remarquen la importància de validar els mètodes analítics ja que és la via per demostrar que aquell producte compleix les garanties de qualitat prèviament establertes. Així doncs, l’objectiu d’aquest Treball Final de Grau és poder desenvolupar i validar dos mètodes analítics per a la determinació d’aminoàcids i carbohidrats respectivament, d’un producte farmacèutic per cromatografia líquida (HPLC). Per tal de poder concloure que aquell mètode és adequat per la determinació per la qual ha estat desenvolupat, és necessari obtenir resultats que compleixin els criteris d’acceptació corresponents als paràmetres que han de ser avaluats en una validació analítica. Aquests paràmetres són: la precisió, la selectivitat, l’exactitud i la linealitat i el rang. Els resultats d’aquest projecte han demostrat que els dos mètodes desenvolupats són adequats per a la determinació de tres dels principis actius (aminoàcid 1, aminoàcid 2 i carbohidrat 1) que conté el producte farmacèutic d’ús veterinari analitzat; i poden ser validats ja que compleixen els criteris d’acceptació dels paràmetres avaluats que proposa la ICH. El mètode per la determinació de carbohidrats no és vàlid per el carbohidrat 2, ja que durant el desenvolupament es va detectar que una bona part d’aquest passava a carbohidrat 1 (desplaçament de l’equilibri ceto-enòlic que hi ha entre el carbohidrat 1 i el carbohidrat 2 a pHs alts). És per aquest motiu, que es pot concloure que aquest mètode no és vàlid i es recomana seguir investigant per a poder desenvolupar un mètode analític adient.

Estudi d'alternatives de gestió de la fracció orgànica generada al municipi de l'Esquirol

L'entrada en vigor de la Directiva 1999/31/CE limita l'entrada de residus biodegradables a l'abocador i promou la gestió d'aquests residus per altres vies. El compostatge és una alternativa a la deposició en abocador que respecta el cicle natural de la matèria. A Catalunya, aquesta tècnica s'ha vist potenciada pels plans de gestió de residus PRECAT201 i PINFRECAT202. L'objecte d'aquest estudi és avaluar l'eficiència de la recollida selectiva al municipi de l'Esquirol; i comparar i avaluar diferents alternatives de gestió de la FORM3 dins i fora del municipi. La metodologia de l'estudi ha consistit en analitzar les dades de la recollida selectiva de l'ARC4, tant del municipi de l'Esquirol com de la resta de municipis del Collsacabra, i calcular els costos econòmics de la gestió de la FORM en el supòsit de tractament mitjançant l'autocompostatge, una planta de compostatge a petita escala o el tractament en una planta de compostatge convencional. Els resultats de l'estudi indiquen que la recollida selectiva del municipi de l'Esquirol obté uns valors per sobre dels objectius del PROGREMIC5, amb l'excepció de la FORM. Per tal de millorar la qualitat i la quantitat de la FORM recollida, l'estudi proposa en una primera fase: implantar el sistema de recollida selectiva porta a porta d'aquesta fracció i de la fracció resta; i en una segona fase: tractar la FORM en una petita planta de compostatge amb el sistema de sitges amb ventilació forçada.

Proyecto de una Torre Grúa. Normas de seguridad y salud laboral

This project is a tool for engineers and technicians in the development and knowledge of the most important construction equipment, tower crane. It consists of a memory, 10 annexes and an Excel spreadsheet to do the calculations automatically . Some of these annexes are: Annex 1. Types of cranes and elements of them. Annex 2. Mounting and dismounting. Annex 3. Useful clamping loads. Annex 4. Safety systems , etc. Every single annex separately, provides detailed explanations , both written and visual of problems and solutions in the world of tower cranes . Professionals are able to learn in an orderly way, definitions, developments, calculations, processes etc., Which will greatly easy people's job in the construction and in the writing of a project. Also a spreadsheet with the Excel program has been made to help engineers on calculations. This sheet is protected and it can be accesed only to enter the data needed to perform the calculations of the safety factor and weight of shoes . The results will tell us if there is a risk of tipping of the tower crane and the weight of shoes. This tool will greatly help engineers on their calculations. All documentation is based on laws, regulations and no legal rules status, they guarantee that we are always within the Spanish and legislative Autonomous framework. This fact makes the professional carries out a project to a successful future and a legalistic view. Also note that these rules are in constant change, which makes it necessary for the professional to always be in a constant revision of the legislation.

L'impacte d'un programa de tennis com a eina de millora de la qualitat de vida i l'estrès percebut en dones físicament inactives d'entre 43 i 50 anys

Introducció: L’activitat física és una necessitat imprescindible per a la salut de les persones, i tot i ser conscients dels seus beneficis encara es troben alts percentatges d’inactivitat física i sedentarisme. Per aquest motiu, els objectius principals d’aquest estudi són esbrinar si les dones adultes d’entre 43 i 50 anys que realitzen activitat física regularment, més concretament que practiquen l’esport del tennis, tenen una qualitat de vida i un estrès percebut millor que les que no realitzen activitat física, i per tant, valorar l’impacte d’un programa de tennis adequat i específic, és a dir, adaptat a les característiques i les necessitats dels alumnes, com a eina per millorar aquestes dues variables: l’estrès percebut i la qualitat de vida. Metodologia: El treball és un estudi experimental el qual consta d’una mostra total de 12 dones, 6 es varen assignar al grup control (practiquen el tennis) i 6 al grup intervenció (no realitzen AF), i totes elles de manera aleatòria. Les participants del grup intervenció varen realitzar un programa de 8 sessions de 60 minuts de treball durant 4 setmanes, mentre que les participants del grup control van seguir la seva rutina habitual. Les variables dependents (qualitat de vida i estrès percebut) es varen mesurar abans i després de la intervenció. Resultats: Els resultats obtinguts mostren, pel que fa al grup intervenció, millores significatives respecte a les dues variables mentre que el grup control presenta alguna mínima millora puntual però, en general no es produeixen canvis. Quan a la variable de qualitat de vida, les participants del grup intervenció han obtingut millores en les 8 dimensions del qüestionari un cop finalitzat el programa, les quals han estat més significatives pel que fa al rol emocional i la funció física. I respecte a l’estrès percebut, el grup intervenció ha aconsegui reduir el seu nivell d’estrès 3’17 punts. Discussió: Per tant, podem dir que el tennis, amb el disseny adequat d’un programa, millora l’estat de salut de les persones, en aquest cas redueix l’estrès percebut i millora la qualitat de vida. Extretes les conclusions i coneixent l’elevat nombre de dones que practiquen el tennis és de gran interès i molt factible oferir aquest programa a clubs de tennis amb l’objectiu de millorar la salut de les persones.

Estudio del desarrollo y conectividad de las neuronas vasotocinérgicas en el prosencéfalo de pollo

En este Trabajo de Fin de Grado se estudia el origen embrionario de las distintas poblaciones neuronales que forman la amígdala medial extendida. La amígdala es una estructura del cerebro anterior involucrada en otorgar un significado emocional a los estímulos ambientales y en el control de distintos aspectos del comportamiento social (p.ej. comportamientos sexual, maternal, agresivo y afiliativo). Ante dichos estímulos, la amígdala pone en marcha una serie de reacciones de carácter motor, autonómico y endocrino que constituyen la respuesta emocional. Algunos desórdenes de carácter neuropsiquiátrico en humanos están relacionados con una disfunción en el control de las emociones y del comportamiento social, y varios de ellos se asocian a alteraciones en el desarrollo de la amígdala. El objetivo del presente trabajo ha sido investigar el origen de las neuronas de la amígdala medial extendida en embriones de pollo (E15 y E18) mediante ensayos de inmunocitoquímica, técnica utilizada para localizar las células que contienen el neuropéptido vasotocina (AVT) y proteínas reguladoras del desarrollo (la producida a partir del gen Otp) para ayudar en la delimitación de los distintos dominios embrionarios del prosencéfalo y distintas subdivisiones de la amígdala extendida. Los resultados de estos ensayos se combinaron con ensayos de trazado de conexiones para analizar la conectividad de las neuronas vasotocinérgicas de esta estructura. Los resultados obtenidos sugieren que las neuronas AVT-positivas podrían derivar del dominio Supra-Opto-Paraventricular (SPV), y algunas poblaciones alcanzarían su posición definitiva dentro del propio dominio por migración radial, mientras que otras invadirían otros dominios cerebrales por migración tangencial. En conclusión, la investigación proporciona importantes datos que clarifican aspectos relevantes del desarrollo y organización adulta de la amígdala extendida, y ayuda a establecer las bases para una mejor comprensión del control neural de las emociones y el comportamiento social en condiciones normales y patológicas.

Diferències en l'estil de joc ofensiu entre un equip consolidat a la 1a divisió i un equip d'ascens recent

L’objectiu del següent treball és buscar les diferències en l’estil de joc ofensiu (en els gols aconseguits) entre un equip consolidat a la 1a divisió espanyola (F.C Barcelona) i un equip d’ascens recent (Elx C.F). Per aconseguir-ho, s’analitzen els gols a favor per part dels dos equips durant les primeres 25 jornades de lliga 2013/2014. A través d’un full d’observació i tangent en compte totes les seves categories, es classifiquen cada un dels gols segons l’estil de joc ofensiu al qual pertany (Joc Combinatiu, Joc Directe o Joc Contraatac). Els resultats obtinguts demostren com existeixen diferències significatives en la utilització dels diferents estils de joc entre els dos equips. A més també es mostren diferències rellevants pel que fa al nombre total de gols aconseguits, en la presència d’una regularitat temporal (durant les 25 jornades) d’utilització d’un estil o altre i en la relació temporal (durant el partit) dels gols aconseguits entre els dos equips analitzats.

Eficacia del kinesiotape en el tratamiento de los esguinces crónicos de tobillo en el baloncesto

Es un estudio experimental de tipo ensayo clínico aleatorizado. El objetivo principal de este estudio es comprobar si hay una mejora en el esguince crónico del ligamento lateral externo del tobillo en jugadores de baloncesto con la aplicación de Kinesiotape. El estudio que se lleva a cabo tendrá una muestra de 28 individuos que pertenecen al Club Bàsquet Lliçà d’Amunt de entre 12 y 31 años y que tengan un esguince crónico de tobillo de más de 6 meses de evolución. Se harán dos grupos de 14 individuos cada uno de forma aleatorizada, el primero será el grupo intervención y el segundo el grupo control. Se valorará el dolor de los jugadores cada dos semanas mediante una escala EVA y un algómetro y la funcionalidad mediante la goniometría. Posteriormente se analizarán los resultados con el programa estadístico SPSS 19.0 (Ilinois, Chicago) y se elaborarán las conclusiones y un informe. Las principales limitaciones que podemos encontrar en este estudio son la pérdida de jugadores por diferentes motivos, que sufran alguna lesión de gravedad, que el calendario de competición nos afecte a la continuidad del estudio y la caída del kinesiotape antes de lo previsto y que no se informe al fisioterapeuta.

Identificació de nous gens que participen en la remodelació del sistema traqueal de Drosophila melanogaster

Un dels organismes model més utilitzats en experimentació genètica és la Drosophila melanogaster ja que la facilitat de manipulació genètica i la seva simplicitat permeten estudiar processos biològics amb múltiples aplicabilitats en diferents àmbits d’estudi com el desenvolupament embrionari i la morfogènesis. La morfogènesi es un dels esdeveniments més importants durant el desenvolupament embrionari que permet la formació dels diferent teixits i òrgans, i que depèn de l'expressió genètica i de l'activació i coordinació de diferents vies de senyalització. Entendre com es coordinen aquest processos es fonamental per conèixer com es forma un òrgan. Així, l’objectiu principal d’aquest Treball de Final de Grau és identificar nous gens implicats en la formació del sistema traqueal (el nostre òrgan model) mitjançant un mini-­‐cribratge funcional de gens que s’expressen en la tràquea, a més de generar eines per a l'estudi de la via de senyalització FGF/Bnl durant la remodelació del sistema traqueal mitjançant la tècnica de knock in. Per a dur-­‐ho a terme, amb el suport de la base de dades de Gens i Genomes de Drosophila melanogaster (mod-­‐ENCODE Tissue Expression Data) s’han seleccionat gens candidats expressats a la tràquea en estat larvari. Un cop identificats, s'ha estudiat la seva possible funció en el desenvolupament de les tràquees mitjançant el seu silenciament amb el sistema UAS-­‐Gal4. Així hem vist que Vein (CG10491), CG17098, No Ocelli (CG4491) i Peptidasa (CG4017) presenten diversos fenotips que afecten la formació dels traqueoblasts. També hem vist que Vein, lligand de la via EGF és necessari per a la proliferació i supervivència de les cèl·∙lules traqueals del sac aeri. Finalment s’ha iniciat la generació d'un knock in en el gen branchless (bnl). Per aquest motiu s'han amplificat les regions 5’ i 3’ de l’exó 2 del gen Bnl i s'ha iniciat la seva clonació dirigida al vector de destí pTV-­‐Cherry. Aquesta tècnica generarà eines que permetran entendre la funció del gen bnl durant la remodelació del sistema traqueal.

Comparing assays for the measurement of AhR ligand activity

In this thesis (TFG) the results of the comparison of three assays for the measurement of AhR ligand activity are exposed. This study was part of a collaborative project aiming at the characterization of the AhR signaling activities of known naturally occurring compounds to explore the potential of using non-toxic compounds to treat inflammatory diseases via oral administration. The first goal of this project was to find an assay able to measure AhR-activity, so the comparison of different assays has been done in order to find the most convenient one according to the efficiency, sensitivity and precision. Moreover, other elements with operational nature such as price, toxicity of components or ease of use has been considered. From the use of compounds known from the literature to be AhR ligands, three assays have been tested: (1) P450-GloTM CYP1A2 Induction/Inhibition assay, (2) quantitative Polymerase Chain Reaction (qPCR) and (3) DR. CALUX® Bioassay. Moreover, a different experiment using the last assay was performed for the study in vivo of the transport of the compounds tested. The results of the TFG suggested the DR. CALUX® Bioassay as the most promising assay to be used for the screening of samples as AhR-ligands because it is quicker, easier to handle and less expensive than qPCR and more reproducible than the CYP1A2 Induction/Inhibition assay. Moreover, the use of this assay allowed having a first idea of which compounds are uptaken by the epithelial barrier and in with direction the transport happens.

Aplicación de un programa integral de actividad física en niños y niñas entre 6 y 12 años con sobrepeso y obesidad

El propósito de este estudio longitudinal prospectivo es abordar un plan integral de actividad física en niños y niñas entre 6 y 12 años que padezcan sobrepeso y obesidad. El programa se llevará a cabo en el Hospital de San Juan de Dios de Barcelona, donde se utilizarán una serie de variables de medida y tests que serán valorados antes, durante y después de este plan integral. Participarán dos profesionales de la salud, un fisioterapeuta y un nutricionista, quienes intervendrán en 20 niños y niñas con sobrepeso y obesidad. La finalidad de este estudio es disminuir el índice de masa corporal (IMC), así como el porcentaje de grasa corporal total (GCT) en los niños y niñas con sobrepeso y obesidad. También se pretende introducir y fomentar hábitos de vida saludables en relación a la actividad física y la alimentación en los niños y niñas y en su entorno familiar.