Identification of potential small molecule binding pockets on Rho family GTPases

Rho GTPases are conformational switches that control a wide variety of signaling pathways critical for eukaryotic cell development and proliferation. They represent attractive targets for drug design as their aberrant function and deregulated activity is associated with many human diseases including cancer. Extensive high-resolution structures (.100) and recent mutagenesis studies have laid the foundation for the design of new structure-based chemotherapeutic strategies. Although the inhibition of Rho signaling with drug-like compounds is an active area of current research, very little attention has been devoted to directly inhibiting Rho by targeting potential allosteric non-nucleotide binding sites. By avoiding the nucleotide binding site, compounds may minimize the potential for undesirable off-target interactions with other ubiquitous GTP and ATP binding proteins. Here we describe the application of molecular dynamics simulations, principal component analysis, sequence conservation analysis, and ensemble small-molecule fragment mapping to provide an extensive mapping of potential small-molecule binding pockets on Rho family members. Characterized sites include novel pockets in the vicinity of the conformationaly responsive switch regions as well as distal sites that appear to be related to the conformations of the nucleotide binding region. Furthermore the use of accelerated molecular dynamics simulation, an advanced sampling method that extends the accessible time-scale of conventional simulations, is found to enhance the characterization of novel binding sites when conformational changes are important for the protein mechanism.

Formulario ICE

Desarrollo de una aplicación solicitada por el cliente Ibestat (Instituto de Estadística de las Islas Baleares) para llevar a cabo la gestión de la encuesta de Indicadores de Confianza Empresarial (ICE). Dispone de una parte frontal, que es accesible desde el exterior de la intranet de la Caib, y una parte interna para la configuración y explotación de la información. Esta aplicación estará ubicada en la DGTic.

Bristle pattern formation in the thorax formation of Drosophila: a systems level approach

A fundamental question in developmental biology is how tissues are patterned to give rise to differentiated body structures with distinct morphologies. The Drosophila wing disc offers an accessible model to understand epithelial spatial patterning. It has been studied extensively using genetic and molecular approaches. Bristle patterns on the thorax, which arise from the medial part of the wing disc, are a classical model of pattern formation, dependent on a pre-pattern of trans-activators and –repressors. Despite of decades of molecular studies, we still only know a subset of the factors that determine the pre-pattern. We are applying a novel and interdisciplinary approach to predict regulatory interactions in this system. It is based on the description of expression patterns by simple logical relations (addition, subtraction, intersection and union) between simple shapes (graphical primitives). Similarities and relations between primitives have been shown to be predictive of regulatory relationships between the corresponding regulatory factors in other Systems, such as the Drosophila egg. Furthermore, they provide the basis for dynamical models of the bristle-patterning network, which enable us to make even more detailed predictions on gene regulation and expression dynamics. We have obtained a data-set of wing disc expression patterns which we are now processing to obtain average expression patterns for each gene. Through triangulation of the images we can transform the expression patterns into vectors which can easily be analysed by Standard clustering methods. These analyses will allow us to identify primitives and regulatory interactions. We expect to identify new regulatory interactions and to understand the basic Dynamics of the regulatory network responsible for thorax patterning. These results will provide us with a better understanding of the rules governing gene regulatory networks in general, and provide the basis for future studies of the evolution of the thorax-patterning network in particular.

Desenvolupament en Moodle d’eines d’autoaprenentatge i avaluació continua en les àrees de Física i Matemàtiques

Aquesta comunicació presenta el projecte Aula de Tests desenvolupat com a suport en el desplegament de les assignatures de física i matemàtiques de primer curs dels estudis d'enginyeria de l’Escola Superior Politècnica de la Universitat Pompeu Fabra. El projecte té com a objectiu dissenyar eines d'auto aprenentatge i d'avaluació contínua accessible on-line a través de l'entorn Moodle per a afavorir el procés d'aprenentatge de l’estudiant. El context d’aquesta experiència es caracteritzaper la inherent dificultat dels estudis d’enginyeria, pel fet que molts estudiants entren a la universitat amb mancances substancials de coneixements en aquestes àrees així com la heterogeneïtat en quant a la formació pre-universitària. S’hi descriuen lescaracterístiques de les activitats programades i el context on s’han aplicat i es presenten els resultats de satisfacció, participació i notes que aporten informació útil al professorat per a adequar la planificació i les activitats els cursos següents.

Marcatge estructural i morfosintàctic del Corpus Tècnic amb l'estàndard SGML

L'edició de textos fent ús de mitjans informàtics ha comportat avantatges i inconvenients. Mentre que ha fet molt accessible l'edició acurada de textos també ha provocat tot un seguit de problemes, un del quals és la dificultat de compartir recursos.Per altra banda, la lingüística necessita emprar corpus voluminosos per conèixer amb més precisió i fonament el comportament real del llenguatge. És evident que l'obtenció i consegüent preparació d'un corpus per a la seva explotació esdevé un procés costós en temps i recursos, motiu pel qual és força atractiu i gairebé necessari compartir aquest material de recerca amb altres organitzacions. En aquest treball s'examinen les diferents propostes d'aplicació de l'estàndard SGML (Standard Generalized Markup Language) en la constitució de corpus textuals per a la recerca lingüística, amb èmfasi especial en les solucions proposades a l'Institut Universitari de Lingüística Aplicada de la Universitat Pompeu Fabra.

La evaluación de la creatividad publicitaria en el ámbito docente. Análisis teórico y proyecto de investigación

La docencia de la creatividad publicitaria convive con diversas contradicciones y vacíos. Si esto es propio de cualquier materia de estudio, aquí se suma el peculiar curso científico tanto de la creatividad como de la publicidad, dos fenómenos de descomunal repercusión social, cultural y económica, aparentemente asequibles, pero en gran medida desconocidos.El presente trabajo indaga en la posibilidad de sistematizar la evaluación de la creatividad publicitaria y estima el valor docente de dicha sistematización. En una primera fase se exploran los ámbitos de referencia que afectan al tópico, así comolas conexiones que establecen entre ellos, en la esfera académica y profesional. A continuación se orientan y discuten los hallazgos de la prospección, se formula una hipótesis y se diseña una investigación que conduzca a validarla o refutarla.

Disseny i implementació en un mòdul linux encastat d’una eina de gestió local per a equips de xarxa de l'empresa W-onesys S.L.

Aquest projecte, s’ha desenvolupat en un marc empresarial, concretament al departamentR+D+i de l’empresa Wonesys S.L. de Sant Cugat del Vallès. L’empresa es dedica aldesenvolupament d’equipament per transmissions òptiques.Les eines de gestió dels equips existents, no satisfan els requeriments de l’empresa i amb aquest projecte es busca la implementació d’una eina per fer-ho. Entre les aplicacions actuals es pot trobar, per una banda, un sistema EMS (Element Management System) que ofereix interfíciegràfica d’usuari, però que requereix una infrastructura complexa per ser executada. Per l’altra banda, fins a tres interfícies diferents per connectar directament amb els equips, dues d’elles basades en protocols estàndard i una tercera que implementa un protocol propietari. Es tractad’interfícies d’intercanvi de text, per tant, la gestió mitjançant les mateixes es fa molt poc pràctica tot i no requerir cap infrastructura complexa com en el cas anterior. Una combinació de les virtuts de les anteriors són, a grans trets, els requeriments de la nova aplicació. Es volconstruir, doncs, una aplicació amb interfície gràfica d’usuari complerta que pugui ser accessible de forma senzilla utilitzant, tan sols, un terminal com a maquinari de suport.Un anàlisi del mercat il·lustra que hi ha molta disparitat en aplicacions similars. Hi ha grans diferències entre aplicacions de fabricants d’equipament i altres que només fan aplicacions per tercers.De les diverses possibilitats presentades per dur a terme la implementació, després d’un detingut anàlisi, es considera que la millor opció és el desenvolupament d’una aplicació web. Com l’aplicació ha de residir en un sistema Linux encastat, es fa un repàs del concepte ‘encastat’. Es defineix el terme i es dóna una mirada al mercat. Es descriuen i es comparen les arquitecturesARM i x86 i es relacionen amb el món encastat.Al tractar-se d’un sistema encastat amb arquitectura diferent a la d’un entorn web habitual, l’elecció de les eines representa un paper molt important, així com el procés de compilació i configuració d’eines que tradicionalment s’obtenen compilades.S’han escollit eines de programari lliure i dissenyades especialment per a entorns encastats. El patró de disseny usat pel desenvolupament de l’aplicació web és el Model View Controller, que facilita l’estructuració i un correcte manteniment de l’aplicació.La utilització de la tecnologia web resulta en una aplicació senzilla d’utilitzar, sense necessitat d’instal·lació de cap tipus per part de l’usuari i amb una interfície gràfica molt versàtil. La valoració per part dels usuaris de l’aplicació, tant treballadors de l’empresa en tasques dedesenvolupament i depuració, com clients en equips en explotació, és molt positiva. Tant és així, que sorgeixen opcions per reformular el sistema EMS per unificar interfícies i reaprofitar codi.

Endogeneizing know-how flows through the nature of R&D investments

In this paper we carefully link knowledge flows to and from a firm s innovation process with this firm s investment decisions. Three types of investments are considered: investments in applied research, investments in basic research, and investments in intellectual property protection. Only when basic research is performed, can the firm effectively access incoming knowledge flows and these incoming spillovers serve to increase the efficiency of own applied research. The firm can at the same time influence outgoing knowledge flows, improving appropriability of its innovations, by investing in protection. Our results indicate that firms with small budgets for innovation will not invest in basic research. This occurs in the short run, when the budget for know-how creation is restricted, or in the long-run, when market opportunities are low, when legal protection is not very important, or, when the pool of accessible and relevant external know-how is limited. The ratio of basic to applied research is non-decreasing in the size of the pool of accessible external know-how, the size and opportunity of the market, and, the effectiveness of intellectual property rights protection. This indicates the existence of economies of scale in basic research due to external market related factors. Empirical evidence from a sample of innovative manufacturing firms in Belgium confirms the economies of scale in basic research as a consequence of the firm s capacity to access external knowledge flows and to protectintellectual property, as well as the complementarity between legal and strategic investments.

The pricing of academic journals: A two-sided market perspective

More and more academic journals adopt an open-access policy, by which articlesare accessible free of charge, while publication costs are recovered through authorfees. We study the consequences of this open access policy on a journal s qualitystandard. If the journal s objective was to maximize social welfare, open accesswould be optimal as long as the positive externalities generated by its diffusionexceed the marginal cost of distribution. However, we show that if an open accessjournal has a different objective (such as maximizing readers payoffs, the impactof the journal or its profit), it tends to choose a quality standard below the sociallyefficient level.

Escriure poesia al convent entre la devoció i l'obediència. Primera aproximació a un manuscrit femení del segle XVIII

El manuscrit que ens disposem a donar a conèixer és un tresor documental interessantíssim per abordar l’estudi dels usos poètics de les dones d’època moderna als territoris de parla catalana, no només pel nombre de composicions recuperades d’una mateixa autora (un total de 53 poesies espirituals, no catalogades i desconegudes fins ara) sinó perquè es tracta d’un dels pocs autògrafs femenins accessibles per a la recerca. La inexistència de treballs dedicats exclusivament a la poesia femenina d’època moderna al panorama català, ens obliga necessàriament a iniciar el treball amb una primera part introductòria dedicada a qüestions relatives als usos poètics de les dones dels segles XVI-XVIII, tot centrant-nos en algunes autores de l’àmbit conventual, al qual pertany el manuscrit objecte d’estudi. En la segona part del treball, ens centrem particularment en l’anàlisi i estudi del manuscrit. Així doncs, en una primera aproximació, descrivim el contingut del quadern, íntegrament en castellà, que recull composicions d caire espiritual i devot, i esbossem les dades biogràfiques de l’autora, la religiosa dominica sor Eulària Teixidor. Tot partint dels interessants estudis apareguts en els darrers anys sobre la literatura conventual femenina, intentem vincular aquest manuscrit amb la variada producció monàstica escrita per nombroses religioses de l’època sota manament del confessor

Mètriques barrier walkthrough per a persones sordes

En aquest article es presenta un conjunt de mètriques manuals, les mètriques BAW, per avaluar l'accessibilitat web d'una pàgina dins d'un context específic i ofereix la possibilitat de quantificar el grau d'accessibilitat amb una fórmula.

Estándares para e-learning adaptativo y accesible

Currently there are many standards that deal with accessibility issues regarding users’ models, learning scenarios, interaction preferences, devices capabilities, metadata for specifying the delivery of any resource to meet users’ needs, and software accessibility and usability. It is difficult to understand the existing relationships between these standards, as each one represents a different viewpoint and thus has its own sets of goals and scope. This paper gives an overview on existing standards addressing accessibility, usability and adaptation issues in e-learning, and discusses their application to cope with the objectives of the A2UN@ project, which focuses on attending the accessibility and adaptation needs for ALL in Higher Education

Programa d'anàlisi d'imatges de provetes metal·logràfiques

L’objectiu del present TFM és explorar les possibilitats del programa matemàtic MATLAB i la seva eina Entorn de Disseny d’Interfícies Gràfiques d’Usuari (GUIDE), desenvolupant un programa d’anàlisi d’imatges de provetes metal·logràfiques que es pugui utilitzar per a realitzar pràctiques de laboratori de l’assignatura Tecnologia de Materials de la titulació de Grau en Enginyeria Mecatrònica que s’imparteix a la Universitat de Vic. Les àrees d’interès del treball són la Instrumentació Virtual, la programació MATLAB i les tècniques d’anàlisi d’imatges metal·logràfiques. En la memòria es posa un èmfasi especial en el disseny de la interfície i dels procediments per a efectuar les mesures. El resultat final és un programa que satisfà tots els requeriments que s’havien imposat en la proposta inicial. La interfície del programa és clara i neta, destinant molt espai a la imatge que s’analitza. L’estructura i disposició dels menús i dels comandaments ajuda a que la utilització del programa sigui fàcil i intuïtiva. El programa s’ha estructurat de manera que sigui fàcilment ampliable amb altres rutines de mesura, o amb l’automatització de les rutines existents. Al tractar-se d’un programa que funciona com un instrument de mesura, es dedica un capítol sencer de la memòria a mostrar el procediment de càlcul dels errors que s’ocasionen durant la seva utilització, amb la finalitat de conèixer el seu ordre de magnitud, i de saber-los calcular de nou en cas que variïn les condicions d’utilització. Pel que fa referència a la programació, malgrat que MATLAB no sigui un entorn de programació clàssic, sí que incorpora eines que permeten fer aplicacions no massa complexes, i orientades bàsicament a gràfics o a imatges. L’eina GUIDE simplifica la realització de la interfície d’usuari, malgrat que presenta problemes per tractar dissenys una mica complexos. Per altra banda, el codi generat per GUIDE no és accessible, cosa que no permet modificar manualment la interfície en aquells casos en els que GUIDE té problemes. Malgrat aquests petits problemes, la potència de càlcul de MATLAB compensa sobradament aquestes deficiències.

Plantem un arbre

L’objecte de la proposta presentada en el concurs va ser desenvolupar un projecte d’hàbitat accessible per a persones amb paràlisi cerebral o discapacitat física greument afectades que resolgui les necessitats d’autonomia que han de permetre la seva emancipació.La proposta es va definir a partir d’un treball previ de comunicació amb usuaris, familiars, associacions, metges, neuròlegs i cuidadors. Aquest mètode fonamentat en el treball participatiu és la base d’un projecte de qualitat que pugui donar resposta a les necessitats dels usuaris reflectint aquestes inquietuds en els criteris adoptats al programa funcional i millorant els requisits de mínims que estableixen les normatives urbanístiques i sobretot edificatòries. Aquest mètode de treball participatiu i inclusiu és una constant clau durant tot el procés de projecte i posterior direcció de les obres.

Secondary UBVRI-CCD standard stars in the neighbourhood of Landolt standard stars

A list of 681 UBVRI secondary standard stars for CCD photometry is presented. Visual magnitude ranges from 9.7 to 19.4, and the B-V colour index varies from 1.15 to 1.97. The stars are grouped into 11 different fields, each of them is generally observable in a single CCD frame. The stars are located near Landolt UBVRI equatorial standards, accessible to telescopes in both hemispheres, and mainly within the 5 - 8 hours range of right ascension. Photometry, equatorial coordinates and finding charts are provided.